Proteomika Peptid szekvenálás. Dr. Csősz Éva Debreceni Egyetem ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet Proteomika Szolgáltató Laboratórium

Méret: px
Mutatás kezdődik a ... oldaltól:

Download "Proteomika Peptid szekvenálás. Dr. Csősz Éva Debreceni Egyetem ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet Proteomika Szolgáltató Laboratórium"

Átírás

1 Proteomika Peptid szekvenálás Dr. Csősz Éva Debreceni Egyetem ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet Proteomika Szolgáltató Laboratórium

2 Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt és hipotézismentes megközelítések Miért van szükség a proteomikára? Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? A proteomika módszertana A proteomika eszköztára A proteomika szerepe a diagnosztikában

3 Környezeti változás/ Stimulus Sejt Válasz Patológiás reakció Környezeti változás/ Stimulus Válasz Környezeti hatások mesterséges módosítása ( pl. gyógyszer adása) Válasz karakterizálása ( metabolitok szintjének vizsgálata szérumban)

4 Hipotézis-vezérelt és hipotézis nélküli megközelítések Környezeti változás/ Stimulus Válasz Környezeti hatások mesterséges módosítása Hipotézis-vezérelt megközelítés Válasz karakterizálása Egy jól körülhatárolt kérdés Egy jól értelmezhető válasz

5 A vak ember és az elefánt...

6 Hipotézis-vezérelt és hipotézis nélküli megközelítések Környezeti változás/ Stimulus Válasz Környezeti hatások mesterséges módosítása Hipotézis-vezérelt megközelítés Válasz karakterizálása Egy jól körülhatárolt kérdés Egy jól értelmezhető válasz Előnye: Pontos információt nyújt Hátránya: Lassú nem látjuk a fától az erdőt nehézkes lehet az egész megértése

7 Hipotézis-vezérelt és hipotézis nélküli megközelítések Környezeti változás/ Stimulus Válasz Környezeti hatások mesterséges módosítása Válasz karakterizálása Hipotézismentes megközelítés Egy kérdés Nagy információ halmaz

8 Omikák... a cél az egész megértése...??

9 Hipotézis-vezérelt és hipotézis nélküli megközelítések Környezeti változás/ Stimulus Válasz Környezeti hatások mesterséges módosítása Válasz karakterizálása Hipotézismentes megközelítés Egy kérdés Nagy információ halmaz Erősség: Omikák nagy mennyiségű adattal dolgoznak speciális adatgyűjtési és adatfeldolgozási módszerek szükségesek, rendszerszintű információkat kaphatunk Probléma lehet: A kapott adatok megbízhatóságának biztosítása, az adatok értelmezése

10 Omikák... a cél az egész megértése...? Genomika/transzkriptomika Proteomika Lipidomika Glikomika Metabolomika Foszfoproteomika

11 Hipotézis-vezérelt és hipotézis nélküli megközelítések

12 Modell nélkül? All models are wrong, but some are useful." George Box statistician All models are wrong, and increasingly you can succeed without them." Peter Norvig, Google Együtt-változások vizsgálata ok-okozati összefüggések vizsgálata nélkül

13

14 Rendszerbiológiai megközelítés Különböző módon nyert információk közös rendszerben történő kezelése Probléma lehet a vizualizáció Milyen gének aktívak adott időpillanatban? Milyen fehérjék vannak jelen adott időpillanatban? Melyek a foszforilált fehérjék adott időpillanatban? Melyek a glikozilált fehérjék adott időpillanatban? Milyen lipidek vannak jelen adott időpillanatban? Milyen metabolitok/kismolekulák vannak jelen adott időpillanatban? Milyen a citokinek mennyisége az adott időpillanatban? Rétegekben ábrázoljuk Interakciós hálózatokban ábrázoljuk

15 Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt és hipotézismentes megközelítések Miért van szükség a proteomikára? Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? A proteomika módszertana A proteomika eszköztára A proteomika szerepe a diagnosztikában

16 Proteomika bevezető * Genom DNS RNS Transzkriptom Fehérje Proteom PROTEOM: Meghatározott sejtben, szövetben, vagy organizmusban adott körülmények között, egy adott időpillanatban kifejeződő fehérjék összessége. PROTEOMIKA: egy adott sejt, szövet, vagy organizmus proteomjának szisztematikus vizsgálata

17 Miért van szükség proteomikára? Azonos a genom, de különböző a proteom vörös vértestek izomsejtek A különböző fehérjék változatos megjelenést eredményeznek azonos genom mellett

18 Miért van szükség proteomikára? A fehérjék szerepe: Struktúrfehérjék pl. aktin, miozin Enzimek Receptorok Szabályozó funkció pl. DNS kötő fehérjék Információ hordozók citokinek, hormonok, lokális mediátorok Stb. A sejt effektorai a fehérjék

19 Miért van szükség proteomikára? A fehérjék vizsgálata összetettebb képet ad a sejt működéséről

20 Miért van szükség proteomikára? Hogyan tudunk változást elérni, szabályozást végrehajtani? 1. Fehérjék mennyiségét változtatjuk Gén szinten mrns szinten Transzláció szinten Fehérje degradáció szinten 2. Meglévő fehérjék aktivitását változtatjuk Kovalens módosítás nélkül Allosztérikus módosítás Fehérje-fehérje interakció révén Kovalens módosítással Reverzibilis Foszforiláció Acetiláció Metiláció Irreverzibilis Limitált proteolízis

21 Miért van szükség proteomikára? * Microarray vs. proteomikai elemzés Microarray adat Proteomikai adat A microarray adatok jelentős mennyiségű és minőségű információt szolgáltatnak a biológiai folyamatok megértéséhez Az adott időpillanatban éppen bekapcsolt gének vizsgálatát teszi lehetővé Jól használható az egyes gének expresszió változásának vizsgálatára De a transzkriptom és a proteom nem azonos

22 Miért van szükség proteomikára? Miért vizsgáljunk fehérjéket? kb mrna tranzkript/osztódó sejt 2,4 mrns kópia/sejt kb. 95 millió fehérje/osztódó sejt 3919 fehérje kópia/sejt Marguerat, 2012, Cell A fehérje változások nagyobb dinamikus tartományban történnek, mint az mrns változások A transzkriptóm zsugorodik a nyugalmi időszakban A fehérjék globális mennyisége nem változik, de a proteóm átalakul

23 Miért van szükség proteomikára? A különböző fehérjék változatos megjelenést eredményeznek azonos genom mellett A sejt effektorai a fehérjék A transzkriptom és a proteom nem azonos A fehérje változások nagyobb dinamikus tartományban történnek, mint az mrns változások Míg a transzkriptóm zsugorodik a nyugalmi időszakban, a fehérjék globális mennyisége nem változik, hanem a proteóm átalakul A fehérjék vizsgálata összetettebb képet ad a sejt működéséről

24 Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt és hipotézismentes megközelítések Miért van szükség a proteomikára? Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? A proteomika módszertana A proteomika eszköztára A proteomika szerepe a diagnosztikában

25 Fehérjék azonosítása Komplexben levő fehérjék és interakciós partnerek azonosítása

26 Fehérjék poszt-transzlációs módosításainak azonosítása, lokalizálása Glikogén Sokszor maga a fehérje jelenléte/hiánya nem ad elegendő információt a tényleges működésre vonatkozóan Glikogén foszforiláz Glükóz-1P

27 Fehérjék poszt-transzlációs módosításainak azonosítása, lokalizálása Fruktóz-6-foszfát Foszfofrukto-2 kináz Fruktóz-6-foszfát ATP ADP Pi PF2K F2,6Páz P Fruktóz-2,6-biszfoszfát Fruktóz-2,6-biszfoszfát Csak a fehérje jelenléte/hiánya nem ad elegendő információt a tényleges működésre vonatkozóan

28 Fehérjék bizonyos térszerkezet-változásainak azonosítása Sup35 transzlációs terminációs faktor Riboszóma komplexhez kapcsolódik, leállítja a transzlációt Prion forma a riboszóma nem érzékeli a stop kodont, a fehérjék hossza megnő és a funkciója is megváltozik

29 A fehérjék térszerkezet-változása gyökeresen megváltoztathatja a fehérje funkcióját Natív, endogén PrP c PrP sc interakciója endogén PrP c -vel Spontán PrP sc keletkezik PrP sc interakciója endogén PrP c -vel

30 Fehérje interakciós hálózatok felépítése Az egyes fehérjék tulajdonságai, funkciói, a szervezetben betöltött szerepei jobban értelmezhetők és megérthetők a fehérje hálózatok szintjén

31 Fehérjék relatív vagy abszolút mennyiségének meghatározása Dr. Crhistina Ludwig jóvoltából

32 Milyen jellegű információt tud adni a proteomika?

33 Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? Fehérje azonosítása Fehérje lokalizációja Fehérje PTM meghatározása Fehérje szerkezeti adatok Fehérje-fehérje interakciók Mennyiségi információk

34 Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt és hipotézismentes megközelítések Miért van szükség a proteomikára? Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? A proteomika módszertana A proteomika eszköztára A proteomika szerepe a diagnosztikában

35 Fehérje elemzés vs. proteomika Fehérje elemzés egyetlen fehérje tanulmányozása: azonosítás, szerkezet és funkció meghatározás... top-down proteomika Proteomika a proteom vizsgálata bottom-up proteomika Top-down proteomika Bottom-up proteomika MS/MS analízis Fehérjék kinyerése Tripszines emésztés MS/MS analízis

36 Fehérje elemzés vs. proteomika

37 A proteomika módszertana Gél alapú módszerek Tömegspektrometriás módszerek Kétdimenziós gélelektroforézis Fehérjék emésztése Peptidek elválasztása és dúsítása kromatográfiás lépés Fehérjék emésztése Fehérje mintázat vizsgálata Tömegspektrometriás analízis

38 Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt és hipotézismentes megközelítések Miért van szükség a proteomikára? Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? A proteomika módszertana A proteomika eszköztára Kétdimenziós elektroforézis Tömegspektrometriás módszerek A proteomika szerepe a diagnosztikában

39 Kétdimenziós gélelektroforézis 2DE Hatékony módszer fehérjék elválasztására Nagyon érzékeny, nagy technikai tudást igénylő módszer Csak a legtisztább anyagokat lehet használni Az első dimenzió az izoelektromos fókuszálás a fehérjék elválasztása a pi alapján A második dimenzió az SDS-PAGE a fehérjék elválasztása a méret alapján Alkalmas teljes proteómok vizsgálatára Legjobban sejtkultúrák vizsgálatára használható

40 Izoelektromos fókuszálás ph 3 ph 10 A fehérjék amfoterek, emiatt a töltésük változik a környezetük ph-jától függően Izoelektromos pont: az a ph értek, amelyen a fehérje nettó töltése nulla A fehérjék elválasztása a pi alapján történik Izoelektromos fókuszáló készülék A fehérjék vándorolnak az elektromos térben és amint elérik az izoelektromos pontjuknak megfelelő ph értéket elveszítik töltésüket és vándorlásuk megszűnik

41 méret pi

42 Kétdimenziós elektroforézis A Minta B Minta 2DE 2DE gélanalízis kvalitatív és kvantitatív különbségek Alkalmas a teljes proteóm vizsgálatára Minőségi és mennyiségi adatot egyaránt szolgáltat Hátrány A technikai variációk kiküszöbölésére legalább három párhuzamossal kell dolgozni Munkaigényes és vegyszerigényes

43 Nagyhatékonyságú gélanalízis a különbségek kimutatása

44 A kétdimenziós elektroforézis eredményeinek kiértékelése Progenesis (NonLinear Dynamics) Delta2D (Decodon) PDQuest (BioRad) DeCyder (GE Healthcare) Melanie... Redfin (BioRad)

45 A 2D elektroforézis során nyert gélképek összehasonlítása Delta2D szoftverrel

46 H. Influenzae (Kontrol) DIGE differenciál gél elektroforézis H. Influenzae Jelölés DIGE festékkel (aktinonin kezelt) Minták összekeverése 2DE A minták összekeverésével kiküszöbölhetők az analízisek közti technikai különbségek Alkalmas a teljes proteóm vizsgálatára Minőségi és mennyiségi adatot egyaránt szolgáltat Hátrány Drága

47 Poszt-transzlációs módosítások kimutatására szolgáló festési eljárások Sypro Ruby Flamingo Minden fehérjét megfest ProQ Diamond Csak a foszfoproteineket festi ProQ Emerald Csak a glikoproteineket festi

48 Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt és hipotézismentes megközelítések Miért van szükség a proteomikára? Milyen jellegű információt tud adni a proteomika? A proteomika módszertana A proteomika eszköztára Kétdimenziós elektroforézis Tömegspektrometriás módszerek A proteomika szerepe a diagnosztikában

49 A fehérjék vizsgálata tömegspektrométer segítségével Lehetővé válik a teljes proteóm analízise vagy az egyedi fehérjék azonosítása Nagyon érzékeny, kis mintamennyiséget igénylő módszer MS/MS vizsgálatokkal a fehérje nagy biztonsággal azonosítható Fehérjét tartalmazó foltok kivágása Enzime (tripszi emészt A sejt lízise 2DE Fehérjék azonosítása Tömegspektrometriás analízis

50 A tömegspektrométer felépítése Minta bemenet Elektronika Ion forrás Tömeg analizátor Detektor Adatfeldolgozó rendszer Vákuum rendszer Tömeg spektrum

51 intenzitás A tömegspektrum Detektált jel Peptidek/fehérjék azonosítása m/z Adatbázisok (NCBInr, SwissProt), Speciális keresőprogramok (MASCOT), Kvantitálásra alkalmas szoftverek (ProteinPilot, MASCOT) használata Az tömegspetrometriás adatok és a fehérje funkció összekapcsolása Detektált jelek felvett spektrum fehérje azonosítás/kvantitálás

52 Fehérjék azonosítása

53 intenzitás intenzitás intenzitás Fehérjék azonosítása Intakt fehérje M W alapján Túl sok variációs lehetőség ritkán használható Fehérje azonosítás m/z m/z Tripszinnel emésztett fehérjéből származó peptidek m/z alapján PMF: peptide mass fingerprint Több variációs lehetőség ha van előzetes információ, használható. Közléshez nem elfogadott. Tripszinnel emésztett fehérjéből származó peptidek fragmentációja segítségével megállapított szekvencia alapján. Pontos információ, közléshez is elfogadott. m/z

54 Fehérje azonosítás tömegspektrometriával A fehérjéket tripszinnel emésztik Peptideket ionizálják és pontos tömegüket meghatározzák, hogy így azonosítsák a peptideket és fehérjéket (PMF), vagy ionokat választanak ki (anya ion/prekurzor ion) és fragmentálják őket (MS/MS spektrum) A keletkezett egyszeres töltésű ionokat (leány ionok) analizálják hogy a szekvenciát meghatározzák és azonosítják a peptidet, majd a peptidek segítségével a fehérjéket

55 Peptidek fragmentációja Az ütközési cellában történik, általában ütközés hatására Több típusa létezik, leggyakrabban a CID collision induced dissotiation ütközés indukálta disszociációt alkalmazzák Amikor a peptidek belépnek az ütközési cellába, akkor főként a peptid kötés mentén fragmentálódnak Minden egyes peptidre optimalizálni kell az ütközési energiát Ütközéses fragmentációkor főleg b és y típusú leány ionok keletkeznek

56 A b és y fragmens ionok y3 y2 y1 H 2 N Aminosav 1 Aminosav 2 Aminosav 3 Aminosav 4 COOH b1 b2 + + b3 H 2 N Aminosav 1 Aminosav 2 Aminosav 3 Aminosav 4 COOH b ion y ion y 4 y 3 y 2 y 1 MINTAPEPTID b 1 b 2 b 3 b 4

57 intenzitás intenzitás Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével Komplex minta Ionforrás Analizátor 1 Ütközési cella Analizátor 2 Detektor MS spektrum MS/MS spektrum fragmentáció m/z m/z b és y sorozatok azonosítása Peptid szekvencia megállapítása Fehérje azonosítása

58 Komplex minta Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével 1. Tömegspektrum (MS) felvétele Ionforrás Analizátor 1 Ütközési cella Analizátor 2 Detektor MS spektrum Prekurzor ion kiválasztása

59 Komplex minta Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével 2. Töltöttségi fok meghatározása Ionforrás Analizátor 1 Ütközési cella Analizátor 2 Detektor +2 - Töltöttségi fok megállapítása - Megfelelő ütközési energia kiszámolása

60 Komplex minta Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével 3. MS/MS spektrum felvétele Ionforrás Analizátor 1 Ütközési cella Analizátor 2 Detektor MS/MS spektrum Peptid fragmens ionok analízise

61 Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével Információ függő adatgyűjtés: IDA information dependent aquisition/dda data dependent aquisition MS (EMS) Kizárási listák Töltöttségi fok megállapítása (ER) MS/MS (EPI)

62 Intenzitás Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével A szekvencia meghatározása a spektrumban látható csúcsok különbségéből b 1 b 2 b 3 EPTID PEPTID PEPTI y 4 y 5 97 Pro(P) 129 Glu(E) 3 b 5 y y Ile/Leu Thr(T) b b 6 Glu(E) Pro(P) Thr(T) Ile/Leu Asp(D) 97 (I/L) Pro(P) m/z y 6 y 7 Aminosavak monoizotópos tömege Glicin Alanin Szerin Prolin Valin Treonin Cisztein Izoleucin Leucin Aszparagin Aszpartát Glutamin Lizin Glutamát Metionin Hisztidin Fenilalanin Arginin Tirozin Triptopfán

63 intenzitás MS/MS spektrum Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével Fehérjék azonosítása tömegspektrometriás szekvenálás és adatbázisok segítségével Adatbázis (pl. NCBInr, UniProt) m/z Keresőprogram (pl. MASCOT) Peptid szekvenciák Fehérjék

64 intenzitás intenzitás intenzitás intenzitás intenzitás Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével Fehérjék azonosítása tömegspektrometriás szekvenálással - áttekintés Tripszines emésztés Fehérje Triptikus fragmensek (peptidek) m/z LC-MS Fehérje Peptid szekvencia Peptid szekvencia Peptid szekvencia Peptid szekvencia m/z m/z m/z MS spektrum m/z MS/MS spektrum

65 intenzitás MS/MS spektrum Peptidek szekvenálása MS/MS segítségével Fehérjék azonosítása tömegspektrometriás szekvenálás és adatbázisok segítségével Adatbázis (pl. NCBInr, UniProt) m/z Keresőprogram (pl. MASCOT) De novo szekvenálás Peptid szekvenciák Fehérjék

Bioinformatika előadás

Bioinformatika előadás 10. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat Genomika vs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket vizsgáljuk,

Részletesebben

Proteomika az élelmiszer-előállításában

Proteomika az élelmiszer-előállításában DEBRECENI EGYETEM Proteomika az élelmiszer-előállításában Czeglédi Levente Gulyás Gabriella Csősz Éva 2014., korrig 2015. TÁMOP-4.1.1.C-12/1/KONV-2012-0014 Élelmiszerbiztonság és gasztronómia vonatkozású

Részletesebben

A Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban elérhető szolgáltatások

A Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban elérhető szolgáltatások A Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban elérhető szolgáltatások Dr. Csősz Éva Proteomika Szolgáltató Laboratórium műszerpark MALDI-TOF (ABSciex) PSZL ESI-4000 QTRAP (ABSciex) Kétdimenziós elektroforézis

Részletesebben

Bioinformatika 2 10.el

Bioinformatika 2 10.el 10.el őadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 24. Genomikavs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket

Részletesebben

Integráció. Csala Miklós. Semmelweis Egyetem Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Patobiokémiai Intézet

Integráció. Csala Miklós. Semmelweis Egyetem Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Patobiokémiai Intézet Integráció Csala Miklós Semmelweis Egyetem Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Patobiokémiai Intézet Anyagcsere jóllakott állapotban Táplálékkal felvett anyagok sorsa szénhidrátok fehérjék lipidek

Részletesebben

A sejtek élete. 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék R C NH 2. C COOH 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános

A sejtek élete. 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék R C NH 2. C COOH 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános A sejtek élete 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék e csak nézd! Milyen protonátmenetes reakcióra képes egy aminosav? R 2 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános képlete 5.2. A legegyszerűbb

Részletesebben

MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak

MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak Modul cím: MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak Egy átlagos emberben 10-12 kg fehérje van, mely elsősorban a vázizomban található.

Részletesebben

transzláció DNS RNS Fehérje A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti fehérjék, transzportfehérjék

transzláció DNS RNS Fehérje A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti fehérjék, transzportfehérjék Transzláció A molekuláris biológia centrális dogmája transzkripció transzláció DNS RNS Fehérje replikáció Reverz transzkriptáz A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti

Részletesebben

A glükóz reszintézise.

A glükóz reszintézise. A glükóz reszintézise. A glükóz reszintézise. A reszintézis nem egyszerű megfordítása a glikolízisnek. A glikolízis 3 irrevezibilis lépése más úton játszódik le. Ennek oka egyrészt energetikai, másrészt

Részletesebben

Peptidek LC-MS/MS karakterisztikájának javítása fluoros kémiai módosítással, proteomikai alkalmazásokhoz

Peptidek LC-MS/MS karakterisztikájának javítása fluoros kémiai módosítással, proteomikai alkalmazásokhoz Peptidek LC-MS/MS karakterisztikájának javítása fluoros kémiai módosítással, proteomikai alkalmazásokhoz Dr. Schlosser Gitta tudományos munkatárs MTA-ELTE Peptidkémiai Kutatócsoport MedInProt Tavaszi Konferencia

Részletesebben

Gyógyszerrezisztenciát okozó fehérjék vizsgálata

Gyógyszerrezisztenciát okozó fehérjék vizsgálata Gyógyszerrezisztenciát okozó fehérjék vizsgálata AKI kíváncsi kémikus kutatótábor 2017.06.25-07.01. Témavezetők : Telbisz Ágnes, Horváth Tamás Kutatók : Dobolyi Zsófia, Bereczki Kristóf, Horváth Ákos Gyógyszerrezisztencia

Részletesebben

Zsírsav szintézis. Az acetil-coa aktivációja: Acetil-CoA + CO + ATP = Malonil-CoA + ADP + P. 2 i

Zsírsav szintézis. Az acetil-coa aktivációja: Acetil-CoA + CO + ATP = Malonil-CoA + ADP + P. 2 i Zsírsav szintézis Az acetil-coa aktivációja: Acetil-CoA + CO + ATP = Malonil-CoA + ADP + P 2 i A zsírsav szintáz reakciói Acetil-CoA + 7 Malonil-CoA + 14 NADPH + 14 H = Palmitát + 8 CoA-SH + 7 CO 2 + 7

Részletesebben

Németh Anikó 1,2, Kosáry Judit 1, Fodor Péter 1, Dernovics Mihály 1

Németh Anikó 1,2, Kosáry Judit 1, Fodor Péter 1, Dernovics Mihály 1 Németh Anikó 1,2, Kosáry Judit 1, Fodor Péter 1, Dernovics Mihály 1 1 Budapesti Corvinus Egyetem Élelmiszertudomány Kar, Alkalmazott Kémia Tanszék 2 Wessling Hungary Kft., Élelmiszervizsgáló Laboratórium

Részletesebben

A TÖMEGSPEKTROMETRIA ALAPJAI

A TÖMEGSPEKTROMETRIA ALAPJAI A TÖMEGSPEKTROMETRIA ALAPJAI web.inc.bme.hu/csonka/csg/oktat/tomegsp.doc alapján tömeg-töltés arány szerinti szétválasztás a legérzékenyebb módszerek közé tartozik (Nagyon kis anyagmennyiség kimutatására

Részletesebben

Glikolízis. emberi szervezet napi glukózigénye: kb. 160 g

Glikolízis. emberi szervezet napi glukózigénye: kb. 160 g Glikolízis Minden emberi sejt képes glikolízisre. A glukóz a metabolizmus központi tápanyaga, minden sejt képes hasznosítani. glykys = édes, lysis = hasítás emberi szervezet napi glukózigénye: kb. 160

Részletesebben

,:/ " \ OH OH OH - 6 - / \ O / H / H HO-CH, O, CH CH - OH ,\ / "CH - ~(H CH,-OH \OH. ,-\ ce/luló z 5zer.~ezere

,:/  \ OH OH OH - 6 - / \ O / H / H HO-CH, O, CH CH - OH ,\ / CH - ~(H CH,-OH \OH. ,-\ ce/luló z 5zer.~ezere - 6 - o / \ \ o / \ / \ () /,-\ ce/luló z 5zer.~ezere " C=,1 -- J - 1 - - ---,:/ " - -,,\ / " - ~( / \ J,-\ ribóz: a) r.yílt 12"('.1, b) gyürus íormája ~.. ~ en;én'. fu5 héli'(ef1e~: egy menete - 7-5.

Részletesebben

Szerkesztette: Vizkievicz András

Szerkesztette: Vizkievicz András Fehérjék A fehérjék - proteinek - az élő szervezetek számára a legfontosabb vegyületek. Az élet bármilyen megnyilvánulási formája fehérjékkel kapcsolatos. A sejtek szárazanyagának minimum 50 %-át adják.

Részletesebben

5/11/2015 TÖMEGSPEKTROMETRIA. Tömegspektrometria - áttekintés. Ionizáció és analizátor. Tömegspektrométer. Analizátor: KVADRUPOL

5/11/2015 TÖMEGSPEKTROMETRIA. Tömegspektrometria - áttekintés. Ionizáció és analizátor. Tömegspektrométer. Analizátor: KVADRUPOL PÉCSI TUDOMÁNYEGYETEM ÁLTALÁNOS ORVOSTUDOMÁNYI KAR www.aok.pte.hu TÖMEGSPEKTROMETRIA Tömegspektrometria - áttekintés VIZSGÁLHATÓ MINTA: töltéssel rendelkezik (folyékony biológiai minták, fehérjék, peptidek,

Részletesebben

A biokémia alapjai. Typotex Kiadó. Wunderlich Lívius Szarka András

A biokémia alapjai. Typotex Kiadó. Wunderlich Lívius Szarka András A biokémia alapjai Wunderlich Lívius Szarka András Összefoglaló: A jegyzet elsősorban egészségügyi mérnök MSc. hallgatók részére íródott, de hasznos segítség lehet biomérnök és vegyészmérnök hallgatók

Részletesebben

Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.)

Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.) Genomika Új korszak, paradigmaváltás, forradalom: a teljes genomok ismeretében a biológia adatokban gazdag tudománnyá válik. Új kutatási módszerek, új szemlélet. Hajtóerõk: Genomszekvenálási projektek

Részletesebben

A tömegspektrometria az endokrinológiai vizsgálatokban

A tömegspektrometria az endokrinológiai vizsgálatokban A tömegspektrometria az endokrinológiai vizsgálatokban Márk László PTE ÁOK Biokémiai és Orvosi Kémiai Intézet Bevezetés Milyen adatokat szolgáltat az MS? Pontos részecsketömeg Fragmentációs ujjlenyomat

Részletesebben

INFORMATIKA EMELT SZINT%

INFORMATIKA EMELT SZINT% Szövegszerkesztés, prezentáció, grafika, weblapkészítés 1. A fényképezés története Táblázatkezelés 2. Maradékos összeadás Adatbázis-kezelés 3. Érettségi Algoritmizálás, adatmodellezés 4. Fehérje Maximális

Részletesebben

A proteomika új tudománya és alkalmazása a rákdiagnosztikában

A proteomika új tudománya és alkalmazása a rákdiagnosztikában BIOTECHNOLÓGIAI FEJLESZTÉSI POLITIKA, KUTATÁSI IRÁNYOK A proteomika új tudománya és alkalmazása a rákdiagnosztikában Tárgyszavak: proteom; proteomika; rák; diagnosztika; molekuláris gyógyászat; biomarker;

Részletesebben

Aminosavak általános képlete NH 2. Csoportosítás: R oldallánc szerkezete alapján: Semleges. Esszenciális aminosavak

Aminosavak általános képlete NH 2. Csoportosítás: R oldallánc szerkezete alapján: Semleges. Esszenciális aminosavak Aminosavak 1 Aminosavak általános képlete N 2 soportosítás: oldallánc szerkezete alapján: Apoláris Poláris Bázikus Savas Semleges Esszenciális aminosavak 2 (apoláris) Glicin Név Gly 3 Alanin Ala 3 3 Valin

Részletesebben

Táplálkozási ismeretek. Fehérjék. fehérjéinek és egyéb. amelyeket

Táplálkozási ismeretek. Fehérjék. fehérjéinek és egyéb. amelyeket Táplálkozási ismeretek haladóknak I. Az előző három fejezetben megismerkedtünk az alapokkal (táplálék-piramis, alapanyag-csere, napi energiaszükséglet, tápanyagok energiatartalma, naponta szükséges fehérje,

Részletesebben

Fehérjék elválasztására alkalmazható mikrofludikai rendszerek Bioanalyzer, LabChip rendszerek. A készülékek működési elve, felépítésük, alkalmazásuk.

Fehérjék elválasztására alkalmazható mikrofludikai rendszerek Bioanalyzer, LabChip rendszerek. A készülékek működési elve, felépítésük, alkalmazásuk. Fehérjék elválasztására alkalmazható mikrofludikai rendszerek Bioanalyzer, LabChip rendszerek. A készülékek működési elve, felépítésük, alkalmazásuk. Kapilláris elektroforézis tömegspektrometriás detektálással

Részletesebben

MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK BIOKÉMIA AZ AMINOSAVAK ANYAGCSERÉJE 1. kulcsszó cím: Az aminosavak szerepe a szervezetben

MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK BIOKÉMIA AZ AMINOSAVAK ANYAGCSERÉJE 1. kulcsszó cím: Az aminosavak szerepe a szervezetben Modul cím: MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK BIOKÉMIA AZ AMINOSAVAK ANYAGCSERÉJE 1. kulcsszó cím: Az aminosavak szerepe a szervezetben A szénhidrátokkal és a lipidekkel ellentétben szervezetünkben nincsenek aminosavakból

Részletesebben

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Dr. Czeglédi Levente Dr. Béri Béla Kutatás-fejlesztés támogatása a megújuló energiaforrások és agrár

Részletesebben

DER (Felületén riboszómák találhatók) Feladata a biológiai fehérjeszintézis Riboszómák. Az endoplazmatikus membránrendszer. A kódszótár.

DER (Felületén riboszómák találhatók) Feladata a biológiai fehérjeszintézis Riboszómák. Az endoplazmatikus membránrendszer. A kódszótár. Az endoplazmatikus membránrendszer Részei: DER /durva (szemcsés) endoplazmatikus retikulum/ SER /sima felszínű endoplazmatikus retikulum/ Golgi készülék Lizoszómák Peroxiszómák Szekréciós granulumok (váladékszemcsék)

Részletesebben

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS Az élettudományi-klinikai felsőoktatás gyakorlatorientált és hallgatóbarát korszerűsítése a vidéki képzőhelyek nemzetközi versenyképességének erősítésére TÁMOP-4.1.1.C-13/1/KONV-2014-0001 ADATBÁNYÁSZAT

Részletesebben

(11) Lajstromszám: E 007 952 (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA

(11) Lajstromszám: E 007 952 (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA !HU00000792T2! (19) HU (11) Lajstromszám: E 007 92 (13) T2 MAGYAR KÖZTÁRSASÁG Magyar Szabadalmi Hivatal EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA (21) Magyar ügyszám: E 04 73892 (22) A bejelentés napja:

Részletesebben

9. előadás Sejtek közötti kommunikáció

9. előadás Sejtek közötti kommunikáció 9. előadás Sejtek közötti kommunikáció Intracelluláris kommunikáció: Elmozdulás aktin szálak mentén miozin segítségével: A mikrofilamentum rögzített, A miozin mozgékony, vándorol az aktinmikrofilamentum

Részletesebben

Genomika. Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel. DNS szekvenálási eljárások. DNS ujjlenyomat (VNTR)

Genomika. Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel. DNS szekvenálási eljárások. DNS ujjlenyomat (VNTR) Genomika (A genom, génállomány vizsgálata) Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel DNS szekvenálási eljárások DNS ujjlenyomat (VNTR) DNS chipek statikus és dinamikus információk vizsgálata

Részletesebben

Fehérjék. Készítette: Friedrichné Irmai Tünde

Fehérjék. Készítette: Friedrichné Irmai Tünde Fehérjék Készítette: Friedrichné Irmai Tünde http://www.youtube.com/watch?v=haee7lnx i2u http://videoklinika.hu/video/tarnai_tejsavo http://shop.biotechusashop.hu/nitro_gold_pr o_enzy_fusion 2200_g_zsak_394

Részletesebben

Komplex fehérjeanalitikai módszerek alkalmazása. a Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban - a. teljes proteomikai munkafolyamat kivitelezése

Komplex fehérjeanalitikai módszerek alkalmazása. a Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban - a. teljes proteomikai munkafolyamat kivitelezése Komplex fehérjeanalitikai módszerek alkalmazása a Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban - a teljes proteomikai munkafolyamat kivitelezése Dr. Csősz Éva Proteomika Szolgáltató Laboratórium Biokémiai és

Részletesebben

Korszerű tömegspektrometria a. Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont

Korszerű tömegspektrometria a. Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont Korszerű tömegspektrometria a biokémi miában Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont Tematika Bevezetés: ionizációs technikák és analizátorok összehasonlítása a biomolekulák szemszögéből Mikromennyiségek mintaelőkészítése

Részletesebben

Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására

Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására Alapfogalmak és omikák : Genomika Teljes humán genom szekvenciájának meghatározása: 2001. február Genom: Winkler, 1920; GENes and chromosomes

Részletesebben

3. Sejtalkotó molekulák III.

3. Sejtalkotó molekulák III. 3. Sejtalkotó molekulák III. Fehérjék, fehérjeszintézis (transzkripció, transzláció, posztszintetikus módosítások). Enzimműködés 3.1 Fehérjék A genetikai információ egyik fő manifesztálódása Számos funkció

Részletesebben

Extracelluláris vezikulum fehérjék tömegspektrometriai vizsgálata

Extracelluláris vezikulum fehérjék tömegspektrometriai vizsgálata Extracelluláris vezikulum fehérjék tömegspektrometriai vizsgálata Doktori értekezés dr. Turiák Lilla Semmelweis Egyetem Gyógyszertudományok Doktori Iskola Témavezető: Hivatalos bírálók: Dr. Vékey Károly

Részletesebben

Áttekintő tartalomjegyzék

Áttekintő tartalomjegyzék 4 Áttekintő tartalomjegyzék Új trendek a kromatográfiában (Gyémánt Gyöngyi, Kurtán Tibor, Lázár István) 5 Új technikák és alkalmazási területek a tömegspektrometriában (Gyémánt Gyöngyi, Kéki Sándor, Kuki

Részletesebben

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben Vértessy G. Beáta egyetemi tanár TDK mind 1-3 helyezettek OTDK Pro Scientia különdíj 1 második díj Diákjaink Eredményei Zsűri különdíj 2 első díj OTDK

Részletesebben

Transzláció. Szintetikus folyamatok Energiájának 90%-a

Transzláció. Szintetikus folyamatok Energiájának 90%-a Transzláció Transzláció Fehérje bioszintézis a genetikai információ kifejeződése Szükséges: mrns: trns: ~40 Riboszóma: 4 rrns + ~ 70 protein 20 Aminosav aktiváló enzim ~12 egyéb enzim Szintetikus folyamatok

Részletesebben

TEMATIKA Biokémia és molekuláris biológia IB kurzus (bb5t1301)

TEMATIKA Biokémia és molekuláris biológia IB kurzus (bb5t1301) Biokémia és molekuláris biológia I. kurzus (bb5t1301) Tematika 1 TEMATIKA Biokémia és molekuláris biológia IB kurzus (bb5t1301) 0. Bevezető A (a biokémiáról) (~40 perc: 1. heti előadás) A BIOkémia tárgya

Részletesebben

A lézer-szkenning citometria lehetőségei. Laser-scanning cytometer (LSC) Pásztázó citométer. Az áramlási citometria fő korlátai

A lézer-szkenning citometria lehetőségei. Laser-scanning cytometer (LSC) Pásztázó citométer. Az áramlási citometria fő korlátai Az áramlási citométer bevezetésének fontosabb állomásai A lézer-szkenning citometria lehetőségei Bacsó Zsolt Coulter, 1949 Coulter számláló szabadalmaztatása Crosland-Taylor, 1953 sejtek hidrodinamikai

Részletesebben

Endogén szteroidprofil vizsgálata folyadékkromatográfiával és tandem tömegspektrométerrel. Karvaly Gellért

Endogén szteroidprofil vizsgálata folyadékkromatográfiával és tandem tömegspektrométerrel. Karvaly Gellért Endogén szteroidprofil vizsgálata folyadékkromatográfiával és tandem tömegspektrométerrel Karvaly Gellért Miért hasznos a vegyületprofilok vizsgálata? 1 mintából, kis mintatérfogatból, gyorsan nyerhető

Részletesebben

Fehérje O-glikoziláció tömegspektrometriás vizsgálata. Darula Zsuzsanna MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont Proteomikai Laboratórium

Fehérje O-glikoziláció tömegspektrometriás vizsgálata. Darula Zsuzsanna MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont Proteomikai Laboratórium Fehérje O-glikoiláció tömegspektrometriás visgálata Darula Zsusanna MTA Segedi Biológiai Kutatóköpont Proteomikai Laboratórium Fehérjeanalitika 6-as évektől: 9-es évektől: Edman sekvenálás Tömegspektrometria

Részletesebben

A piruvát-dehidrogenáz komplex. Csala Miklós

A piruvát-dehidrogenáz komplex. Csala Miklós A piruvát-dehidrogenáz komplex Csala Miklós szénhidrátok fehérjék lipidek glikolízis glukóz aminosavak zsírsavak acil-koa szintetáz e - piruvát acil-koa légz. lánc H + H + H + O 2 ATP szint. piruvát H

Részletesebben

The nontrivial extraction of implicit, previously unknown, and potentially useful information from data.

The nontrivial extraction of implicit, previously unknown, and potentially useful information from data. Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Méréstechnika és Információs rendszerek Tanszék Adatelemzés intelligens módszerekkel Hullám Gábor Adatelemzés hagyományos megközelítésben I. Megválaszolandó

Részletesebben

Anyagszerkezet vizsgálati módszerek

Anyagszerkezet vizsgálati módszerek Kromatográfia Folyadékkromatográfia-tömegspektrometria Anyagszerkezet vizsgálati módszerek Pannon Egyetem Mérnöki Kar Anyagszerkezet vizsgálati módszerek Kromatográfia 1/ 25 Folyadékkromatográfia-tömegspektrometria

Részletesebben

4. FEHÉRJÉK. 2. Vázanyagok. Az izmok alkotórésze (pl.: a miozin). Inak, izületek, csontok szerves komponensei, az ún. vázfehérjék (szkleroproteinek).

4. FEHÉRJÉK. 2. Vázanyagok. Az izmok alkotórésze (pl.: a miozin). Inak, izületek, csontok szerves komponensei, az ún. vázfehérjék (szkleroproteinek). 4. FEÉRJÉK 4.0. Bevezetés A fehérjék elsısorban α-l-aminosavakból felépülı biopolimerek. A csak α-laminosavakat tartalmazó fehérjék a proteinek. evüket a görög proteios szóból kapták, ami elsırangút jelent.

Részletesebben

1. Az élő szervezetek felépítése és az életfolyamatok 17

1. Az élő szervezetek felépítése és az életfolyamatok 17 Élődi Pál BIOKÉMIA vomo; Akadémiai Kiadó, Budapest 1980 Tartalom Bevezetés 1. Az élő szervezetek felépítése és az életfolyamatok 17 Mi jellemző az élőre? 17. Biogén elemek 20. Biomolekulák 23. A víz 26.

Részletesebben

~ 1 ~ Ezek alapján a következő célokat valósítottuk meg a Ph.D. munkám során:

~ 1 ~ Ezek alapján a következő célokat valósítottuk meg a Ph.D. munkám során: ~ 1 ~ Bevezetés és célkitűzések A sejtekben egy adott időpillanatban expresszált fehérjék összessége a proteom. A kvantitatív proteomika célja a proteom, egy adott kezelés vagy stimulus hatására bekövetkező

Részletesebben

Sejttenyésztési alapismeretek

Sejttenyésztési alapismeretek Sejttenyésztési alapismeretek 1. Bevezetés A sejteknek ún. sejtkultúrákban történő tenyésztése (a sejteket az eredeti helyükről eltávolítva in vitro tartjuk fenn ill. szaporítjuk) és tanulmányozása több

Részletesebben

Tömegspektrometria. Mintaelőkészítés, Kapcsolt technikák OKLA 2017

Tömegspektrometria. Mintaelőkészítés, Kapcsolt technikák OKLA 2017 Tömegspektrometria Mintaelőkészítés, Kapcsolt technikák OKLA 2017 Mintabeviteli rendszer Működési elv Vákuumrendszer Ionforrás Tömeganalizátor Detektor Electron impact (EI) Chemical ionization (CI) Atmospheric

Részletesebben

Bioinformatika 2 5.. előad

Bioinformatika 2 5.. előad 5.. előad adás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 03. 21. Fehérje térszerkezet t megjelenítése A fehérjék meglehetősen összetett

Részletesebben

Glikolízis. Csala Miklós

Glikolízis. Csala Miklós Glikolízis Csala Miklós Szubsztrát szintű (SZF) és oxidatív foszforiláció (OF) katabolizmus Redukált tápanyag-molekulák Szállító ADP + P i ATP ADP + P i ATP SZF SZF Szállító-H 2 Szállító ATP Szállító-H

Részletesebben

Apoptózis. 1. Bevezetés 2. Külső jelút 3. Belső jelút

Apoptózis. 1. Bevezetés 2. Külső jelút 3. Belső jelút Jelutak Apoptózis 1. Bevezetés 2. Külső jelút 3. Belső jelút Apoptózis Sejtmag 1. Kondenzálódó sejtmag apoptózis autofágia nekrózis Lefűződések Összezsugorodás Fragmentálódó sejtmag Apoptotikus test Fagocita

Részletesebben

Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés

Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés A fehérjeszerkezet szintjei A fehérjetekeredés elmélete: Anfinsen kísérlet Levinthal paradoxon A feltekeredés tölcsér elmélet 2014.11.05. Aminosavak és fehérjeszerkezet

Részletesebben

Jelutak. Apoptózis. Apoptózis Bevezetés 2. Külső jelút 3. Belső jelút. apoptózis autofágia nekrózis. Sejtmag. Kondenzálódó sejtmag

Jelutak. Apoptózis. Apoptózis Bevezetés 2. Külső jelút 3. Belső jelút. apoptózis autofágia nekrózis. Sejtmag. Kondenzálódó sejtmag Jelutak Apoptózis 1. Bevezetés 2. Külső jelút 3. Belső jelút Apoptózis Sejtmag Kondenzálódó sejtmag 1. autofágia nekrózis Lefűződések Összezsugorodás Fragmentálódó sejtmag Apoptotikus test Fagocita bekebelezi

Részletesebben

A minimális sejt. Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására

A minimális sejt. Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására A minimális sejt Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására Anyagcsere Gánti kemoton elmélete Minimum sejt Top down: Meglevő szervezetek genomjából indulunk ki Bottom

Részletesebben

PROTEOMIKA Darula Zsuzsa, Gulyás Éva, Klement Éva és Medzihradszky-Fölkl Katalin 1

PROTEOMIKA Darula Zsuzsa, Gulyás Éva, Klement Éva és Medzihradszky-Fölkl Katalin 1 PROTEOMIKA Darula Zsuzsa, Gulyás Éva, Klement Éva és Medzihradszky-Fölkl Katalin 1 Napjainkig a tudományos kutatás általában úgy folyt, hogy a kutatók felállítottak egy hipotézist, ennek alapján kísérleteket

Részletesebben

7. Rendszerszemléletű biológia a kémikus szemével. Genomika, proteomika, metabolomika

7. Rendszerszemléletű biológia a kémikus szemével. Genomika, proteomika, metabolomika 7. Rendszerszemléletű biológia a kémikus szemével Genomika, proteomika, metabolomika 7. Rendszerszemléletű biológia Redukcionista vs. Holisztikus szemlélet A rendszerszemléletű biológia (systems biology)

Részletesebben

Receptorok és szignalizációs mechanizmusok

Receptorok és szignalizációs mechanizmusok Molekuláris sejtbiológia: Receptorok és szignalizációs mechanizmusok Dr. habil Kőhidai László Semmelweis Egyetem Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet Sejtek szignalizációs kapcsolatai Sejtek szignalizációs

Részletesebben

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Azonosító szám: Az orvosi biotechnológiai mesterképzés

Részletesebben

ORVOSI KÉMIA GYAKORLATOK 2014/2015, ÁOK, FOK, OLKDA 1.év/1. félév CSOPORT A GYAKORLATI TEREM CSOPORT B GYAKORLATI TEREM

ORVOSI KÉMIA GYAKORLATOK 2014/2015, ÁOK, FOK, OLKDA 1.év/1. félév CSOPORT A GYAKORLATI TEREM CSOPORT B GYAKORLATI TEREM TAN. HÉT 1., 8-14. 2., 15-21. 3., 22-28. ORVOSI KÉMIA GYAKORLATOK 2014/2015, ÁOK, FOK, OLKDA 1.év/1. félév CSOPORT A GYAKORLATI TEREM CSOPORT B GYAKORLATI TEREM Balesetvédelmi és tűzvédelmi oktatás. Alapvető

Részletesebben

Az élő szervezetek felépítése I. Biogén elemek biomolekulák alkotóelemei a természetben előforduló elemek közül 22 fordul elő az élővilágban O; N; C; H; P; és S; - élő anyag 99%-a Biogén elemek sajátosságai:

Részletesebben

Transzláció. Leolvasás - fehérjeszintézis

Transzláció. Leolvasás - fehérjeszintézis Transzláció Leolvasás - fehérjeszintézis Fehérjeszintézis DNS mrns Transzkripció Transzláció Polipeptid A trns - aminosav kapcsolódás 1 A KEZDETEK ELŐTT Az enzim aktiválja az aminosavat azáltal, hogy egy

Részletesebben

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Dr. Dallmann Klára A molekuláris biológia célja az élőlények és sejtek működésének molekuláris szintű

Részletesebben

Igény a pontos minőségi és mennyiségi vizsgálatokra: LC-MS/MS módszerek gyakorlati alkalmazása az élelmiszer-analitikában

Igény a pontos minőségi és mennyiségi vizsgálatokra: LC-MS/MS módszerek gyakorlati alkalmazása az élelmiszer-analitikában : LC-MS/MS módszerek gyakorlati alkalmazása az élelmiszer-analitikában Tölgyesi Ádám Hungalimentária, Budapest 2017. április 26-27. Folyadékkromatográfiás hármas kvadrupol rendszerű tandem tömegspektrometria

Részletesebben

A tömegspektrometria alapjai és alkalmazási köre a laboratóriumi diagnosztikában. Dr. Karvaly Gellért Balázs SE Laboratóriumi Medicina Intézet

A tömegspektrometria alapjai és alkalmazási köre a laboratóriumi diagnosztikában. Dr. Karvaly Gellért Balázs SE Laboratóriumi Medicina Intézet A tömegspektrometria alapjai és alkalmazási köre a laboratóriumi diagnosztikában Dr. Karvaly Gellért Balázs SE Laboratóriumi Medicina Intézet tömegspektrográfia ez az ős. tömegspektroszkópia elavult kifejezés

Részletesebben

Humán maradványok molekuláris diagnosztikája

Humán maradványok molekuláris diagnosztikája Humán maradványok molekuláris diagnosztikája Márk László PTE ÁOK Biokémiai és Orvosi Kémiai Intézet Antropológia módszerei Nem Életkor Elhalálozási idő Igazságügyi vonatkozások Patológiás és traumás elváltozások

Részletesebben

Immunológia alapjai. 10. előadás. Komplement rendszer

Immunológia alapjai. 10. előadás. Komplement rendszer Immunológia alapjai 10. előadás Komplement rendszer A gyulladás molekuláris mediátorai: Miért fontos a komplement rendszer? A veleszületett (nem-specifikus) immunválasz része Azonnali válaszreakció A veleszületett

Részletesebben

Analizátorok. Cél: Töltött részecskék szétválasztása

Analizátorok. Cél: Töltött részecskék szétválasztása Analizátorok Cél: Töltött részecskék szétválasztása Analizátor típusok: mágnes (B) elektrosztatikus (ESA) kvadrupol (Q) ioncsapda (trap) repülési idő (TOF) lineáris ioncsapda (LIT) Fourier transzformációs

Részletesebben

TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL

TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL Az egyes biomolekulák izolálása kulcsfontosságú a biológiai szerepük tisztázásához. Az affinitás kromatográfia egyszerűsége, reprodukálhatósága

Részletesebben

A KOLESZTERIN SZERKEZETE. (koleszterin v. koleszterol)

A KOLESZTERIN SZERKEZETE. (koleszterin v. koleszterol) 19 11 12 13 C 21 22 20 18 D 17 16 23 24 25 26 27 HO 2 3 1 A 4 5 10 9 B 6 8 7 14 15 A KOLESZTERIN SZERKEZETE (koleszterin v. koleszterol) - a koleszterin vízben rosszul oldódik - szabad formában vagy koleszterin-észterként

Részletesebben

Foszfolipidek mint biomarkerek

Foszfolipidek mint biomarkerek Foszfolipidek mint biomarkerek Berkecz Róbert, Kovács Nóra és Janáky Tamás Szegedi Tudományegyetem, rvosi Vegytani Intézet, Lipidek csoportosítása Nyitray László, Pál Gábor, 2013 Lipidek csoportosítása

Részletesebben

3. Aminosavak gyártása

3. Aminosavak gyártása 3. Aminosavak gyártása Előállításuk Fehérje-hidrolizátumokból: cisztein, leucin, aszparaginsav, tirozin, glutaminsav Kémiai szintézissel: metionin, glicin, alanin, triptofán (reszolválás szükséges) Biotechnológiai

Részletesebben

Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria.

Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria. A biomolekuláris szerkezet és dinamika vizsgálómódszerei: Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria. Smeller László A molekuláris szerkezet és dinamika vizsgáló módszereinek áttekintése

Részletesebben

Kollokviumi vizsgakérdések biokémiából humánkineziológia levelező (BSc) 2015

Kollokviumi vizsgakérdések biokémiából humánkineziológia levelező (BSc) 2015 Kollokviumi vizsgakérdések biokémiából humánkineziológia levelező (BSc) 2015 A kérdés 1. A sejtről általában, a szervetlen alkotórészeiről, a vízről részletesen. 2. A sejtről általában, a szervetlen alkotórészeiről,

Részletesebben

AMINOSAVAK, FEHÉRJÉK

AMINOSAVAK, FEHÉRJÉK AMINOSAVAK, FEHÉRJÉK Az aminosavak olyan szerves vegyületek, amelyek molekulájában aminocsoport (-NH2) és karboxilcsoport (-COOH) egyaránt előfordul. Felosztás A fehérjéket feloszthatjuk aszerint, hogy

Részletesebben

A fehérjék hierarchikus szerkezete

A fehérjék hierarchikus szerkezete Fehérjék felosztása A fehérjék hierarchikus szerkezete Smeller László Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biológiai funkció alapján Enzimek (pl.: tripszin, citokróm-c ) Transzportfehérjék

Részletesebben

Agilent MassHunter szoftvercsalád

Agilent MassHunter szoftvercsalád Agilent MassHunter szoftvercsalád A szoftver szerepe a tömegspektrometriában Tölgyesi László Applikációs mérnök Kromat Kft. HPLC/MS Szeminárium Hotel Hélia 2010. január 14. Tartalom I. Rész MS Szoftver

Részletesebben

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján MOHR ANITA SIPOS RITA, SZÁNTÓ-EGÉSZ RÉKA, MICSINAI ADRIENN 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu, www.biomi.hu TÖRZS AZONOSÍTÁS

Részletesebben

Az aminosav anyagcsere orvosi vonatkozásai Csősz Éva

Az aminosav anyagcsere orvosi vonatkozásai Csősz Éva Az aminosav anyagcsere orvosi vonatkozásai Csősz Éva E-mail: cseva@med.unideb.hu Általános reakciók az aminosav anyagcserében 1. Nitrogén eltávolítás: transzaminálás dezaminálás: oxidatív nem oxidatív

Részletesebben

TÉMAKÖRÖK. Ősi RNS világ BEVEZETÉS. RNS-ek tradicionális szerepben

TÉMAKÖRÖK. Ősi RNS világ BEVEZETÉS. RNS-ek tradicionális szerepben esirna mirtron BEVEZETÉS TÉMAKÖRÖK Ősi RNS világ RNS-ek tradicionális szerepben bevezetés BIOLÓGIAI MOLEKULÁK FEHÉRJÉK NUKLEINSAVAK DNS-ek RNS-ek BIOLÓGIAI MOLEKULÁK FEHÉRJÉK NUKLEINSAVAK DNS-ek RNS-ek

Részletesebben

2011.02.21. Royal Jelly (Méhanya-pempő) Első Magyar Apiterápia Konferencia Budapest. Medicus curat, natura sanat.

2011.02.21. Royal Jelly (Méhanya-pempő) Első Magyar Apiterápia Konferencia Budapest. Medicus curat, natura sanat. Első Magyar Apiterápia Konferencia Budapest A Méhanya-pempő összetevői és azok mézben történő feldolgozásának kérdései Dr. Sebők Péter Dietetikus, méhész Pécs Royal Jelly (Méhanya-pempő) Az anya súlya

Részletesebben

2. A jelutak komponensei. 1. Egy tipikus jelösvény sémája 2. Ligandok 3. Receptorok 4. Intracelluláris jelfehérjék

2. A jelutak komponensei. 1. Egy tipikus jelösvény sémája 2. Ligandok 3. Receptorok 4. Intracelluláris jelfehérjék Jelutak 2. A jelutak komponensei 1. Egy tipikus jelösvény sémája 2. Ligandok 3. Receptorok 4. Intracelluláris jelfehérjék Egy tipikus jelösvény sémája 1. Receptor fehérje Jel molekula (ligand; elsődleges

Részletesebben

CzB 2010. Élettan: a sejt

CzB 2010. Élettan: a sejt CzB 2010. Élettan: a sejt Sejt - az élet alapvető egysége Prokaryota -egysejtű -nincs sejtmag -nincsenek sejtszervecskék -DNS = egy gyűrű - pl., bactériumok Eukaryota -egy-/többsejtű -sejmag membránnal

Részletesebben

Tematika. Korszerű tömegspektrometria a. Ionforrás. Gyors atom bombázás. Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont. Cél: Töltött részecskék előállítása

Tematika. Korszerű tömegspektrometria a. Ionforrás. Gyors atom bombázás. Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont. Cél: Töltött részecskék előállítása Tematika Korszerű tömegspektrometria a biokémi miában Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont Bevezetés: ionizációs technikák és analizátorok összehasonlítása a biomolekulák szemszögéből Mikromennyiségek mintaelőkészítése

Részletesebben

3. Sejtalkotó molekulák III. Fehérjék, enzimműködés, fehérjeszintézis (transzkripció, transzláció, poszt szintetikus módosítások)

3. Sejtalkotó molekulák III. Fehérjék, enzimműködés, fehérjeszintézis (transzkripció, transzláció, poszt szintetikus módosítások) 3. Sejtalkotó molekulák III. Fehérjék, enzimműködés, fehérjeszintézis (transzkripció, transzláció, poszt szintetikus módosítások) 3.1 Fehérjék, enzimek A genetikai információ egyik fő manifesztálódása

Részletesebben

Szénhidrátok monoszacharidok formájában szívódnak fel a vékonybélből.

Szénhidrátok monoszacharidok formájában szívódnak fel a vékonybélből. Vércukorszint szabályozása: Szénhidrátok monoszacharidok formájában szívódnak fel a vékonybélből. Szövetekben monoszacharid átalakítás enzimjei: Szénhidrát anyagcserében máj központi szerepű. Szénhidrát

Részletesebben

Egy idegsejt működése

Egy idegsejt működése 2a. Nyugalmi potenciál Egy idegsejt működése A nyugalmi potenciál (feszültség) egy nem stimulált ingerelhető sejt (neuron, izom, vagy szívizom sejt) membrán potenciálját jelenti. A membránpotenciál a plazmamembrán

Részletesebben

Immunológia alapjai. 16. előadás. Komplement rendszer

Immunológia alapjai. 16. előadás. Komplement rendszer Immunológia alapjai 16. előadás Komplement rendszer A gyulladás molekuláris mediátorai: Plazma enzim mediátorok: - Kinin rendszer - Véralvadási rendszer Lipid mediátorok Kemoattraktánsok: - Chemokinek:

Részletesebben

ALLOSZTÉRIKUSAN SZABÁLYOZÓ METABOLITOK HATÁSA A PIRUVÁT-KINÁZ L és M IZOENZIMRE

ALLOSZTÉRIKUSAN SZABÁLYOZÓ METABOLITOK HATÁSA A PIRUVÁT-KINÁZ L és M IZOENZIMRE ALLOSZTÉRIKUSAN SZABÁLYOZÓ METABOLITOK HATÁSA A PIRUVÁT-KINÁZ L és M IZOENZIMRE A glukóz piruváttá (illetve laktáttá) történő átalakulása során (glikolízis), illetve a glukóz reszintézisben (glukoneogenezis)

Részletesebben

Jelutak. 2. A jelutak komponensei Egy tipikus jelösvény sémája. 2. Ligandok 3. Receptorok 4. Intracelluláris jelfehérjék

Jelutak. 2. A jelutak komponensei Egy tipikus jelösvény sémája. 2. Ligandok 3. Receptorok 4. Intracelluláris jelfehérjék Jelutak 2. A jelutak komponensei 1. Egy tipikus jelösvény sémája 2. Ligandok 3. Receptorok 4. Intracelluláris jelfehérjék Egy tipikus jelösvény sémája Receptor fehérje Jel molekula (ligand; elsődleges

Részletesebben

A T sejt receptor (TCR) heterodimer

A T sejt receptor (TCR) heterodimer Immunbiológia - II A T sejt receptor (TCR) heterodimer 1 kötőhely lánc lánc 14. kromoszóma 7. kromoszóma V V C C EXTRACELLULÁRIS TÉR SEJTMEMBRÁN CITOSZÓL lánc: VJ régió lánc: VDJ régió Nincs szomatikus

Részletesebben

HPLC MS és HPLC MS/MS. Bobály Balázs, Fekete Jenő

HPLC MS és HPLC MS/MS. Bobály Balázs, Fekete Jenő HPLC MS és HPLC MS/MS Bobály Balázs, Fekete Jenő Készülék felépítése (melyik a műszer?) MS LC ionforrás tömeganalizátor detektor P atm 10-3 torr 10-6 torr 1 ml mozgófázisból keletkező gáz atm nyomáson

Részletesebben

Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP)

Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) A genom ~ 97 %-a két különböző egyedben teljesen azonos ~ 1% különbség: SNP miatt ~2% különbség: kópiaszámbeli eltérés, deléciók miatt 11-12 millió

Részletesebben

Tömegspektrometria. Bevezetés és Ionizációs módszerek

Tömegspektrometria. Bevezetés és Ionizációs módszerek Tömegspektrometria Bevezetés és Ionizációs módszerek Tömegspektrometria A tömegspektrometria, különösen korszerű elválasztási módszerekkel kapcsolva, a mai analitikai gyakorlat leghatékonyabb módszere.

Részletesebben