Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Méret: px
Mutatás kezdődik a ... oldaltól:

Download "Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására"

Átírás

1 Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására

2 Alapfogalmak és omikák : Genomika Teljes humán genom szekvenciájának meghatározása: február Genom: Winkler, 1920; GENes and chromosomes Egy szervezet, sejt, egy organellum vagy egy vírus teljes kromoszomális és kromoszómán kívüli génjeinek összessége, azaz a szervezet teljes DNS-állománya (IUPAC) - Genomika: Roderick, 1986 (Genomics, folyóirat) genom szekvenciájára vonatkozó adatállomány új gének felfedezése géntérképezés genomok összehasonlítása (fajok, evolúció) új, gén alapú eljárások

3 Alapfogalmak és omikák : Proteomika Proteom: M. Wilkins (1994) Conference on Genome and Protein Maps, Siena, Italy Protein complement expressed by a genome. Egy szervezet, egy sejt, egy organellum vagy egy vírus összes proteinje, a szervezet teljes fehérjeállománya If the genome is a list of the instruments in an orchestra, the proteome is the orchestra playing a symphony. (R. Simpson) Proteomika: 1. Proteomok kvalitatív és kvantitatív analízise, összehasonlítása különböző körülmények között (pl. beteg vs egészséges) 2. Azonosítás (szekvencia, 3D szerkezet) és fehérjemódosítások 3. Kísérleti megfigyelések összegyűjtése adatbázisban 4. A fehérjék alábbi tulajdonságainak meghatározása: - lokalizáció - módosítások (pl. poszttranszlációs módosítások) - kapcsolatok (pl. metabolikus és jelátviteli utak) - aktivitás - funkció (predikció és kísérleti eredmények alpján) 5. Betegségek megértése, diagnosztika, gyógyszerek fejlesztése

4 További omikák Bioinformatika Adat Adat Adat Adat Genomika Transcriptomika Proteomika Metabolomika Gének mrns Fehérjék Metabolitok

5 Összefoglaló Genom Proteom Genomika sejttérképezés" Funkcionális genomika Proteomika

6

7 Proteomika mint kulcsszó az irodalomban Darab közlemény Év

8 Miért kell a proteomika? Az mrns expresszió nem mindig felel meg a fehérjeexpressziónak Biológiai minták (pl. szérum, vizelet stb.) nem alkalmas mrns expressziós analízisre Poszttranszlációs változások: nem lehet egyértelműen következtetni a DNS szekvencia alapján A fehérjék lokalizációjára és kölcsönhatásaira is lehet következtetni

9

10 Proteomikák Funkcionális Aktivitáson alapuló proteomika: Funkció összekapcsolása génexpressziós és/vagy fehérjefehérje interakciós adatokkal Kémia proteomika: Proteom-szintű vizsgálatok Enzimaktivitás meghatározására, sokféle kémiai könyvtár Toxikoproteomika: Specifikus fehérjék azonosítása és koncentrációváltozásuk mérése Integrált Mikrobiális proteomika Célzott proteomika: Szövetproteomika (Kezdeményezés: National Cancer Institute) Strukturális Filoproteomika: Ismeretlen bakteriális izolátumok azonosítása az adatbázisban szereplő fehérje biomarkerek hasonlósága alapján Statisztikus proteomika: High throughput 3D/4D fehérjeszerkezeti információ analízise és alkalmazása valamennyi élettudomány alapján

11 Az expressziótól az azonosításig és tovább... Eredet meghatározás (taxonómia) Sejtlizátum -Nukleinsav -Fehérje -Lipidek -Szénhidrátok Lízis Elválasztás Fehérje expresszió Izolált fehérje Primer szerkezet (aminosav sorrend) Alegységszerkezet Poszttranszlációs mód. Lokalizáció Térszerkezet (3D) Funkció Annotáció Rokonság más fehérjével Asszociáció betegséggel

12 Az expressziótól az azonosításig és tovább... Nehézségek Eredet (taxonomia) 1. Fehérje-expresszió expresszió 1. "Sokféle fehérje" : gén fehérje 2. Eltérô expressziós profil : mennyiség, minôség - idô - hômérséklet - fény/részecske - kémiai szignál -- "természetes" -- "környezeti" (gyógyszer, szennyezés stb) Sejtlizátum - nukleinsavak - fehérjék - lipidek - szénhidrátok... Lízis 1. Nem teljes, molekuláris szintû dezintegráció. 2. Oldékonyság (hidrofób fehérjék). 3. Enzimaktivitás, degradáció.

13 Az expressziótól az azonosításig és tovább... Nehézségek Sejtlizátum - nukleinsavak - fehérjék - lipidek - szénhidrátok... Elválasztás - elekroforézis - kromatográfia - UC... Izolált fehérje 1. "Sokféle fehérje" : fehérje; kb fehérje/minta, de csak kb választható el 2D gélelektroforézissel 2. Kicsi és nagy 3. Kis mennyiség ("ritka protein"). 4. Alacsony koncentráció. 5. Nagy mennyiség ("abundant protein"). 6. Magas koncentráció. 7. Membrán/hidrofób fehérje (oldékonysági problémák) Elôfrakcionálás pi _ Pl. Humán szérum : 600 folt, ebből 205 a pi 5-6 tartományban

14 Az expressziótól az azonosításig és tovább... Nehézségek Izolált fehérje Primer szerkezet - aminosavsorrend Szerkezetvizsgálat - kémiai, enzimatikus lebontás - MS - bioinformatika 1. Diszulfid híd - alegységszerkezet. 2. Oldallánc amidkötés. 3. Nem-kovalens komplex. 4. Poszt transzlációs változáson átesett fehérje. 5. Enzim "rezisztens" fehérje (lásd prion). 6. Adatbázisban nem szereplő fehérje Pl. Humán szérum : 600 folt, ebből 205 a pi 5-6 tartományban, ebből 105 található meg az adatbázisban.

15 Az expressziótól az azonosításig és tovább... Nehézségek Primer szerkezet - aminosavsorrend Annotáció Primer szerkezet - alegységek - poszttranszlációs modosulások Térszerkezet Lokalizáció Funkció(k) - Ca 2+ kötés - Zn finger - ATP kötés Rokonság más fehérjével Asszociáció betegséggel 1. Ismeretlen térszerkezet - izolálás, szintézis, X-ray/NMR - predikció. 2. Ismeretlen lokalizáció - sejtfrakcionálás, - radioaktiv izotópos bioszintézis 3. Ismeretlen funkció - kötődés - biológiai válasz mérése 4. Összehasonlító vizsgálatok - fajok, - "normál" vs "kezelt"

16 Proteomikai munkafolyamat Minta összegyűjtése Organellumok szétválasztása Tisztítás ellenanyag segítségével 1 és 2D gélelektroforézis RP-HPLC SCX HPLC (ioncserés) Fehérje gélek Fehérje(k) (pöttyök) kivágása minta Előkészítő lépések ESI-MS, MALDI-TOF Szerkezeti vagy tömeg információk MS peptidek Fehérje(k) Keresés adatbázisban Fehérje azonosítás SWISS-PROT TrEMBL RefSeq XPs Ensembl...

17 A médium összetételének hatása az E-coli fehérjeösszetételére Arg - Arg Farrell PHO (1978)

18 Mintaelőkészítési nehézségek Szövet, szerv, stádiumspecifikus expresszió Kis mennyiségben jelenlévő fehérjék Abundáns fehérjék Nem mindegy, hogy milyen körülményeket alkalmazunk Membránfehérjék problémája Arg - Arg A médium összetételének hatása az E-coli fehérjeösszetételére Farrell PHO (1978)

19 ProteoMiner (Bio-Rad) Biológiai minta ligand könyvtár Fehérjék kötődése nem kötődő fehérjék eltávolítása eluálás, analízis

20 Membrán fehérje oldatba vitele 2D elektroforézishez Miért reprezentálják csak 1%-t az összes azonosított fehérjének? 1. Kis mennyiségben vannak 2. Általában magas a pi értékük 3. Rosszul oldódnak vizes oldatban Megoldás 1. A lipid környezetből izolálni kell 2. Oldható formába kerüljenek 3. Oldatban maradjanak az IEF egész ideje alatt

21 Néhány lehetséges módszer Fehérjekeverék, amely több ezer egyedi fehérjét tartalmaz 2D-elektroforézis 2D-Kromatográfia 1. Dimenzió: IEF Emésztés 2. Dimenzió: PAGE Peptid keverék A pöttyök emésztése MS Adatok elemzése MS Adatok elemzése

22 Elválasztás: 2D gélelektroforézis Minta oldata Kiszárított gélcsík vájatok - passzív rehidratálás (20 C, egész éjszaka) / aktív - Izoelektromos fókuszálás ( V, 20 ; V, 150 ; 8 óra) gélcsík Futtatás (16 ma/gel, 30 perc, utána 24 ma/gél) Ekvilibrálás (DTT, SDS, jódacetamid) Fixálás, festés, mosás Akrilamid gél

23 Detektálás: festékek, szoftverek A detektálás alsó határa 1 ng Teljes sejtkivonatból azonosíthatók azok a fehérjék, amelyek kópia/sejt mennyiségben vannak jelen, de a regulátor fehérjék száma <10000 kópia/sejt Coomassie G250 vagy R250 Fluoreszcens festékek DIGE-hoz (Cy3, 5) Ezüst festés Kiértékelő szoftverek: Progenesis, DeCyder, PDQuest

24 Differenciál gélelektroforézis (DIGE) 1. Fehérje kivonat Egyes festékkel jelölt Kétféle jelölt minta összekeverése 2. Fehérje kivonat Kettes festékkel jelölt Elválasztás: 2D PAGE Gerjesztés: 1. hullámhossz gélkép Gerjesztés: 2. hullámhossz Képanalízis: képek egymásra vetítése Differenciál analízis Képanalízis: mennyiségi különbségek

25

26 Humán plazma részleges proteintérképe 2D gélelektroforézis alapján (JC Sanchez et al. 1995) kda méret pi = 4,0 6,0 izoelektromos pont tartományba eső fehérjekomponensek

27 Egészséges humán vastagbél epitélium fehérje térképe a sejtlizátum 2D gélelektroforézis alapján (MA Raymond et al. 1997).

28 Sejtmag fehérjék HeLa sejtekből Swiss-Prot

29 Sejtmag fehérjék HeLa sejtekből M w pi

30 Fibroblaszt lizátum fehérjéinek 2D gélelektroforézis képe A: egészséges, B: Down-kóros beteg mintája A B

31 Elválasztás után, tömegspektrometria előtt Gélcsík vagy gélpötty kivágása, mosás (vízzel, majd acetonitrillel) Redukálás: DTT (ha ez nem történik meg, akkor lehetséges, hogy a hasítóhelyek nem lesznek hozzáférhetőek) Alkilálás: jódacetamid, utána reagens eltávolítása, utolsó mosás: acetonitrillel, majd szárítás Emésztés gélben: enzimatikus vagy kémiai Emésztéshez használható reagensek: Tripszin: Lys, Arg mellett (fehérje:tripszin 50:1) Termolizin: Leu, Ile, Val, Phe, Met, Ala mellett BrCN: Met Extrakció (ACN, hangyasav; bepárlás után minta felvétele az eluensben)

32 Nem gél alapú elválasztási eljárások: kromatográfiás technikák peptidek, fehérjék analíziséhez Gélszűrés Hidrofób kölcsönhatás Ioncserés Fordított fázisú Affinitási

33 Multidimensional Protein Identification Technology (MudPIT) emésztés Denaturált fehérje komplex Peptidek Erős kationcserélő oszlop Fordított fázisú oszlop Peptidek 2D kromatográfiás elválasztása Peptid fragmentáció (MS/MS) Keresés adatbázisban A komplexben lévő fehérjék azonosítása

34 ICAT: Isotope Coded Affinity Tag 1. A fehérjék izolálása, izotóp jelzése jelzés kétféle típusú stabil izotóppal (peptidek szilárd fázisú kinyeréséhez: jelölt biotin) 2. A kétféle keverék egyesítése 3. Emésztés 4. Elválasztás 5. Tömegspektrometria 6. Azonosítás adatbázisok alapján

35 SILAC: Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture Alapja: aminosavak beépülése a sejt fehérjéibe Néhány osztódást várni kell a kezelés előtt

36 MALDI ESI LC-MS Proteomikában leggyakrabban használt Mikor melyik módszert? ESI Ioncsapda MALDI TOF-TOF Felbontás kicsi nagy Tömegpontosság 100 ppm 10 ppm Érzékenység Femto/pikomol Femtomol MS/MS + + Keverékek HPLC-vel igen nem Throughput alacsony (HPLC-vel) magas

37 Tömegspektrometria ionforrás analizátor detektor MALDI ESI TOF, ioncsapda, FT-ICR

38 Peptidek fragmentálódása

39 TQTXT (X = 19 aminosav) peptidkönyvtár vizsgálata ESI- FTICR tömegspektrometriával I,L [TQT Q T+ H] [TQT K T+ H ] M calc. (TQTQT): M calc. (TQTK T): X = [TQTX T+H ] + - Signals m /z G A S P V T N Q, K D E M F R Y W H TQTQT/TQTKT Ms különbség: 0,368 m /z

40 Keresés adatbázisban MS alapján MS-MS alapján Tömegspektrum MS/MS spektrum Peptide Mass Fingerprint (PMF) Fehérje azonosítás peptid tömeg alapján Szekvencia specifikus információ minden peptidre Fehérje azonosítás a peptidek szekvencia információja alapján Legalább 5 peptid tömegnek egyeznie kell Az azonosításhoz Legalább 2 fragmentációs mintázatnak egyeznie kell

41 Mit csinálnak a keresőmotorok? MS alapján történő keresés MS-MS alapján történő keresés A fehérjék elméleti emésztése Megkeresi a legjobb egyezést a kísérleti peptid tömeg és az elméleti peptid tömeg között A fehérjék elméleti emésztése Elméleti fragmens ionok generálása minden lehetséges triptikus peptidre, amely az emésztés során keletkezett Legjobb egyezés keresése peptid azonosításhoz Peptidek szekvenciáján alapuló fehérje azonosítás MASCOT: mindkét féle keresést tudja

42 Mascot - MS/MS, szekvencia és tömegadatok kombinált keresése - MSDB, SwissProt és NCBI adatbázisokban keres ExPASy (Expert Protein Analysis System) -2D gélelektroforézis adatbázis -Technikai információk -Keresés fehérje neve, azonosítója alapján

43 Protein Protein Sequence Databases: PIR, PRF, RefSeq, SwissProt, TrEMBL Protein Family Databases: InterPro, iproclass, Pfam, PIR-ALN, ProDom Protein Structure Databases: CSD, MMDB,NDH, PDB, Protein Structural Classification Databases: CATH, DSSP, FSSP, HSSP, SCOP, Post-translational Modification Databases: O-GlyBase, RESID, Protein-protein kölcsönhatás CuraGen: Portal.curagen.com DIP: Dipode-mbi.ucla.edu Interact: Bioinf.man.ac.uk/interactso.htm MIPS: mips.biochem.mpg.de ProNet: Pronet.doublewist.com

44 Ismert 3D szerkezettel rendelkező fehérjék száma ( Ismert 3D szerkezetek száma az évben megismert az addig megismert Év 2010

45 NiceProt View of SWISS-PROT: P16070 Entry name CD44 HUMAN Primary accession number P16070 Entered in SWISS-PROT in Release 14, April 1990 Sequence was last modified in Release 35, November 1997 Annotations were last modified in Release 41, March 2002 Protein name CD44 antigen [Precursor] Synonyms Phagocytic glycoprotein I PGP-1 HUTCH-I Extracellular matrix receptor-iii ECMR-III GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor Hermes antigen Hyaluronate receptor Heparan sulfate proteoglycan Epican CDw44 Gene name CD44 or LHR From Homo sapiens (Human) [TaxID: 9606] Taxonomy Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo. References [1] SEQUENCE FROM NUCLEIC ACID (VARIOUS ISOFORMS). TISSUE=Lymphoblast; MEDLINE= ; PubMed= ; [NCBI, ExPASy, EBI, Israel, Japan] Screaton G.R., Bell M.V., Jackson D.G., Cornelis F.B., Gerth U., Bell J.I.; "Genomic structure of DNA encoding the lymphocyte homing receptor CD44 reveals at least 12 alternatively spliced exons." Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89: (1992)

46 Apolipoprotein D: identification of fistula in perilymph Perilympha liquid Cerebrospinal liqued Human serum (clinical) Human serum (Sigma) Sun JP 1998

47 Apolipoprotein D: identification of fistula in perilymph - Neuraminidase + Neuraminidase

48 2D gelelectrophoresis map of proteins of fibroblast lysate from healthy (A) and from Down-diseased patient (B) A B

49 A proteomika alkalmazásai Sejt térkép Expressziós térkép Jelátvitel Proteom analízis Szerkezetmódisítás analízise Expressziós mechanizmus Gyógyszerek toxicitása Új gyógyszerek célbajuttatása Gyógyszerek mechanizmusai Proteomika (2DE, MS) Betegségek biomarkerei Az öregedés és metabolikus betegségek faktorai Ideg- és immunrendszer betegségeinek ellenőrzése Protein chip Különbségek kimutatása Nagy értékű termékek Ételek Búza, haszonállatok fehérje analízise stb. Mikrobiológia számára hasznos fehérjék felfedezése Strukturális genomika Bioinformatika

50 Összefoglalás Genom Proteom "Cell mapping" Genomika Proteomika Funkcionális genomika Tér és idő Interakciók

Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására

Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására Proteomika alapfogalmak, módszerek, példák a proteomika alkalmazására Alapfogalmak és omikák : Genomika Teljes humán genom szekvenciájának meghatározása: 2001. február Genom: Winkler, 1920; GENes and chromosomes

Részletesebben

A Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban elérhető szolgáltatások

A Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban elérhető szolgáltatások A Proteomika Szolgáltató Laboratóriumban elérhető szolgáltatások Dr. Csősz Éva Proteomika Szolgáltató Laboratórium műszerpark MALDI-TOF (ABSciex) PSZL ESI-4000 QTRAP (ABSciex) Kétdimenziós elektroforézis

Részletesebben

Bioinformatika 2 10.el

Bioinformatika 2 10.el 10.el őadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 24. Genomikavs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket

Részletesebben

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Dr. Czeglédi Levente Dr. Béri Béla Kutatás-fejlesztés támogatása a megújuló energiaforrások és agrár

Részletesebben

Proteomika Peptid szekvenálás. Dr. Csősz Éva Debreceni Egyetem ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet Proteomika Szolgáltató Laboratórium

Proteomika Peptid szekvenálás. Dr. Csősz Éva Debreceni Egyetem ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet Proteomika Szolgáltató Laboratórium Proteomika Peptid szekvenálás Dr. Csősz Éva Debreceni Egyetem ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet Proteomika Szolgáltató Laboratórium Fókuszterületek Omikák, rendszerbiológia hipotézis vezérelt

Részletesebben

SZTE-ELTE PROTEOMIKAI INNOVÁCIÓ: KONCEPCIÓ, EREDMÉNYEK, JÖVŐKÉP

SZTE-ELTE PROTEOMIKAI INNOVÁCIÓ: KONCEPCIÓ, EREDMÉNYEK, JÖVŐKÉP SZTE-ELTE PROTEOMIKAI INNOVÁCIÓ: KONCEPCIÓ, EREDMÉNYEK, JÖVŐKÉP Minden elméletet úgy is meg lehet alkotni, hogy az általa sugallt kísérletek csak magát az elméletet erősítsék meg Konrad Lorenz A SEJTMŰKÖDÉS

Részletesebben

Németh Anikó 1,2, Kosáry Judit 1, Fodor Péter 1, Dernovics Mihály 1

Németh Anikó 1,2, Kosáry Judit 1, Fodor Péter 1, Dernovics Mihály 1 Németh Anikó 1,2, Kosáry Judit 1, Fodor Péter 1, Dernovics Mihály 1 1 Budapesti Corvinus Egyetem Élelmiszertudomány Kar, Alkalmazott Kémia Tanszék 2 Wessling Hungary Kft., Élelmiszervizsgáló Laboratórium

Részletesebben

Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014. Április 8 Május 22 8th April 22nd May

Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014. Április 8 Május 22 8th April 22nd May Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014 Április 8 Május 22 8th April 22nd May Hét / 1st week (9. kalendariumi het) Takács László / Fehér Zsigmond Magyar kurzus Datum/ido Ápr. 8 Apr. 9 10:00 10:45

Részletesebben

Proteomika az élelmiszer-előállításában

Proteomika az élelmiszer-előállításában DEBRECENI EGYETEM Proteomika az élelmiszer-előállításában Czeglédi Levente Gulyás Gabriella Csősz Éva 2014., korrig 2015. TÁMOP-4.1.1.C-12/1/KONV-2012-0014 Élelmiszerbiztonság és gasztronómia vonatkozású

Részletesebben

Korszerű tömegspektrometria a. Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont

Korszerű tömegspektrometria a. Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont Korszerű tömegspektrometria a biokémi miában Szabó Pál MTA Kémiai Kutatóközpont Tematika Bevezetés: ionizációs technikák és analizátorok összehasonlítása a biomolekulák szemszögéből Mikromennyiségek mintaelőkészítése

Részletesebben

Peptidek LC-MS/MS karakterisztikájának javítása fluoros kémiai módosítással, proteomikai alkalmazásokhoz

Peptidek LC-MS/MS karakterisztikájának javítása fluoros kémiai módosítással, proteomikai alkalmazásokhoz Peptidek LC-MS/MS karakterisztikájának javítása fluoros kémiai módosítással, proteomikai alkalmazásokhoz Dr. Schlosser Gitta tudományos munkatárs MTA-ELTE Peptidkémiai Kutatócsoport MedInProt Tavaszi Konferencia

Részletesebben

Bioinformatika 2 5.. előad

Bioinformatika 2 5.. előad 5.. előad adás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 03. 21. Fehérje térszerkezet t megjelenítése A fehérjék meglehetősen összetett

Részletesebben

mintasepcifikus mikrokapilláris elektroforézis Lab-on-Chip elektroforézis / elektrokinetikus elven DNS, RNS, mirns 12, fehérje 10, sejtes minta 6

mintasepcifikus mikrokapilláris elektroforézis Lab-on-Chip elektroforézis / elektrokinetikus elven DNS, RNS, mirns 12, fehérje 10, sejtes minta 6 Agilent 2100 Bioanalyzer mikrokapilláris gélelektroforézis rendszer G2943CA 2100 Bioanalyzer system forgalmazó: Kromat Kft. 1112 Budapest Péterhegyi u. 98. t:36 (1) 248-2110 www.kromat.hu bio@kromat.hu

Részletesebben

TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL

TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL Az egyes biomolekulák izolálása kulcsfontosságú a biológiai szerepük tisztázásához. Az affinitás kromatográfia egyszerűsége, reprodukálhatósága

Részletesebben

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben Vértessy G. Beáta egyetemi tanár TDK mind 1-3 helyezettek OTDK Pro Scientia különdíj 1 második díj Diákjaink Eredményei Zsűri különdíj 2 első díj OTDK

Részletesebben

9. Előadás Fehérjék Előzmények Peptidkémia Analitikai kémia Protein kémia 1901 E.Fischer : Gly-Gly 1923 F. Pregl : Mikroanalitika 1952 Stein and Moore : Aminosav analizis 1932 Bergman és Zervas : Benziloxikarbonil

Részletesebben

A proteomika új tudománya és alkalmazása a rákdiagnosztikában

A proteomika új tudománya és alkalmazása a rákdiagnosztikában BIOTECHNOLÓGIAI FEJLESZTÉSI POLITIKA, KUTATÁSI IRÁNYOK A proteomika új tudománya és alkalmazása a rákdiagnosztikában Tárgyszavak: proteom; proteomika; rák; diagnosztika; molekuláris gyógyászat; biomarker;

Részletesebben

Genomika. Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel. DNS szekvenálási eljárások. DNS ujjlenyomat (VNTR)

Genomika. Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel. DNS szekvenálási eljárások. DNS ujjlenyomat (VNTR) Genomika (A genom, génállomány vizsgálata) Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel DNS szekvenálási eljárások DNS ujjlenyomat (VNTR) DNS chipek statikus és dinamikus információk vizsgálata

Részletesebben

Bioinformatika előadás

Bioinformatika előadás Bioinformatika 2 11. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2016.11.28. Bioinformatics Szerkezeti genomika, proteomika, biológia

Részletesebben

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján MOHR ANITA SIPOS RITA, SZÁNTÓ-EGÉSZ RÉKA, MICSINAI ADRIENN 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu, www.biomi.hu TÖRZS AZONOSÍTÁS

Részletesebben

10. Genomika 2. Microarrayek és típusaik

10. Genomika 2. Microarrayek és típusaik 10. Genomika 2. 1. Microarray technikák és bioinformatikai vonatkozásaik Microarrayek és típusaik Korrelált génexpresszió mint a funkcionális genomika eszköze 2. Kombinált megközelítés a funkcionális genomikában

Részletesebben

Proteomkutatás egy új tudományág születése

Proteomkutatás egy új tudományág születése BIOTECHNOLÓGIAI FEJLESZTÉSI POLITIKA, KUTATÁSI IRÁNYOK Proteomkutatás egy új tudományág születése Tárgyszavak: humán genom; genomika; proteomika; kutatás; fehérjeszerkezet; háromdimenziós szerkezet; gyógyszeripar.

Részletesebben

7. Rendszerszemléletű biológia a kémikus szemével. Genomika, proteomika, metabolomika

7. Rendszerszemléletű biológia a kémikus szemével. Genomika, proteomika, metabolomika 7. Rendszerszemléletű biológia a kémikus szemével Genomika, proteomika, metabolomika 7. Rendszerszemléletű biológia Redukcionista vs. Holisztikus szemlélet A rendszerszemléletű biológia (systems biology)

Részletesebben

Biotechnológiai gyógyszergyártás

Biotechnológiai gyógyszergyártás Biotechnológiai gyógyszergyártás Dr. Greiner István 2013. november 6. Biotechnológiai gyógyszergyártás Biotechnológiai gyógyszerek Előállításuk és analitikájuk Richter és a biotechnológia Debrecen A jövő

Részletesebben

A tömegspektrometria alapjai és alkalmazási köre a laboratóriumi diagnosztikában. Dr. Karvaly Gellért Balázs SE Laboratóriumi Medicina Intézet

A tömegspektrometria alapjai és alkalmazási köre a laboratóriumi diagnosztikában. Dr. Karvaly Gellért Balázs SE Laboratóriumi Medicina Intézet A tömegspektrometria alapjai és alkalmazási köre a laboratóriumi diagnosztikában Dr. Karvaly Gellért Balázs SE Laboratóriumi Medicina Intézet tömegspektrográfia ez az ős. tömegspektroszkópia elavult kifejezés

Részletesebben

A tömegspektrometria az endokrinológiai vizsgálatokban

A tömegspektrometria az endokrinológiai vizsgálatokban A tömegspektrometria az endokrinológiai vizsgálatokban Márk László PTE ÁOK Biokémiai és Orvosi Kémiai Intézet Bevezetés Milyen adatokat szolgáltat az MS? Pontos részecsketömeg Fragmentációs ujjlenyomat

Részletesebben

Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással

Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással Kovács Zoltán ügyvezető DEKUT Debreceni Kutatásfejlesztési Közhasznú Nonprofit Kft. Problémadefiníció Első generációs

Részletesebben

Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP)

Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) A genom ~ 97 %-a két különböző egyedben teljesen azonos ~ 1% különbség: SNP miatt ~2% különbség: kópiaszámbeli eltérés, deléciók miatt 11-12 millió

Részletesebben

5/11/2015 TÖMEGSPEKTROMETRIA. Tömegspektrometria - áttekintés. Ionizáció és analizátor. Tömegspektrométer. Analizátor: KVADRUPOL

5/11/2015 TÖMEGSPEKTROMETRIA. Tömegspektrometria - áttekintés. Ionizáció és analizátor. Tömegspektrométer. Analizátor: KVADRUPOL PÉCSI TUDOMÁNYEGYETEM ÁLTALÁNOS ORVOSTUDOMÁNYI KAR www.aok.pte.hu TÖMEGSPEKTROMETRIA Tömegspektrometria - áttekintés VIZSGÁLHATÓ MINTA: töltéssel rendelkezik (folyékony biológiai minták, fehérjék, peptidek,

Részletesebben

Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.)

Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.) Genomika Új korszak, paradigmaváltás, forradalom: a teljes genomok ismeretében a biológia adatokban gazdag tudománnyá válik. Új kutatási módszerek, új szemlélet. Hajtóerõk: Genomszekvenálási projektek

Részletesebben

Áttekintő tartalomjegyzék

Áttekintő tartalomjegyzék 4 Áttekintő tartalomjegyzék Új trendek a kromatográfiában (Gyémánt Gyöngyi, Kurtán Tibor, Lázár István) 5 Új technikák és alkalmazási területek a tömegspektrometriában (Gyémánt Gyöngyi, Kéki Sándor, Kuki

Részletesebben

Extracelluláris vezikulum fehérjék tömegspektrometriai vizsgálata

Extracelluláris vezikulum fehérjék tömegspektrometriai vizsgálata Extracelluláris vezikulum fehérjék tömegspektrometriai vizsgálata Doktori értekezés dr. Turiák Lilla Semmelweis Egyetem Gyógyszertudományok Doktori Iskola Témavezető: Hivatalos bírálók: Dr. Vékey Károly

Részletesebben

Tipizálási módszerek alkalmazása methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) törzsek molekuláris epidemiológiai vizsgálatai során

Tipizálási módszerek alkalmazása methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) törzsek molekuláris epidemiológiai vizsgálatai során Tipizálási módszerek alkalmazása methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) törzsek molekuláris epidemiológiai vizsgálatai során Ungvári Erika, Tóth Ákos Magyar Infektológiai és Klinikai Mikrobiológiai

Részletesebben

PROTEOMIKAI MÓDSZEREK ALKALMAZÁSA KÜLÖNBÖZŐ EREDETŰ FEHÉRJÉK VIZSGÁLATÁRA

PROTEOMIKAI MÓDSZEREK ALKALMAZÁSA KÜLÖNBÖZŐ EREDETŰ FEHÉRJÉK VIZSGÁLATÁRA BUDAPESTI CORVINUS EGYETEM DOKTORI ÉRTEKEZÉS PROTEOMIKAI MÓDSZEREK ALKALMAZÁSA KÜLÖNBÖZŐ EREDETŰ FEHÉRJÉK VIZSGÁLATÁRA HORVÁTHNÉ SZANICS ENIKŐ Központi Élelmiszer-tudományi Kutatóintézet Táplálkozástudományi

Részletesebben

Nagyhatékonyságú folyadékkromatográfia (HPLC)

Nagyhatékonyságú folyadékkromatográfia (HPLC) Nagyhatékonyságú folyadékkromatográfia (HPLC) Kromatográfiás módszerek osztályba sorolása 2 Elúciós technika A mintabevitel ún. dugószerűen történik A mozgófázis a kromatogram kifejlesztése alatt folyamatosan

Részletesebben

Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria.

Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria. A biomolekuláris szerkezet és dinamika vizsgálómódszerei: Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria. Smeller László A molekuláris szerkezet és dinamika vizsgáló módszereinek áttekintése

Részletesebben

Sciex X500R készülék bemutatása a SWATH alkalmazásai tükrében. Szabó Pál, MTA TTK

Sciex X500R készülék bemutatása a SWATH alkalmazásai tükrében. Szabó Pál, MTA TTK Sciex X500R készülék bemutatása a SWATH alkalmazásai tükrében Szabó Pál, MTA TTK Hagyományos QTOF rendszer Aggályok: Termetes Bonyolultnak tűnő Nem rutin feladatokra való Következmény: Nem merjük megvenni

Részletesebben

A tömegspektrometria kvalitatív és kvantitatív proteomikai alkalmazása. Szájli Emília

A tömegspektrometria kvalitatív és kvantitatív proteomikai alkalmazása. Szájli Emília A tömegspektrometria kvalitatív és kvantitatív proteomikai alkalmazása Ph.D. értekezés tézisei Szájli Emília Témavezető: Dr. Medzihradszky-Fölkl Katalin Kémia Doktori Iskola Szegedi Tudományegyetem Magyar

Részletesebben

Analizátorok. Cél: Töltött részecskék szétválasztása

Analizátorok. Cél: Töltött részecskék szétválasztása Analizátorok Cél: Töltött részecskék szétválasztása Analizátor típusok: mágnes (B) elektrosztatikus (ESA) kvadrupol (Q) ioncsapda (trap) repülési idő (TOF) lineáris ioncsapda (LIT) Fourier transzformációs

Részletesebben

A tárgy címe: Bioinformatika

A tárgy címe: Bioinformatika A tárgy címe: Bioinformatika Kötelezően választható tárgy IV. és V. évfolyamos biológus hallgatók számára; heti 2+3 óra Előkövetelmény: Biokémia főkollégium; genetika főkollégium; alapszintű számítógépes

Részletesebben

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS Az élettudományi-klinikai felsőoktatás gyakorlatorientált és hallgatóbarát korszerűsítése a vidéki képzőhelyek nemzetközi versenyképességének erősítésére TÁMOP-4.1.1.C-13/1/KONV-2014-0001 ADATBÁNYÁSZAT

Részletesebben

Biomolekuláris kölcsönhatások vizsgálata felületi plazmonrezonancia elvén működő Biacore keszülékkel

Biomolekuláris kölcsönhatások vizsgálata felületi plazmonrezonancia elvén működő Biacore keszülékkel Biomolekuláris kölcsönhatások vizsgálata felületi plazmonrezonancia elvén működő Biacore keszülékkel Biomolekuláris interakciók Fehérje-fehérje Fehérje-ligand Fehérje-DNS/RNS fehérje/ligand-lipid Alegység-kölcsönhatások,

Részletesebben

REKOMBINÁNS FEHÉRJÉK IPARI MÉRETŰ ELŐÁLLÍTÁSA I.

REKOMBINÁNS FEHÉRJÉK IPARI MÉRETŰ ELŐÁLLÍTÁSA I. Az élettudományi-klinikai felsőoktatás gyakorlatorientált és hallgatóbarát korszerűsítése a vidéki képzőhelyek nemzetközi versenyképességének erősítésére TÁMOP-4.1.1.C-13/1/KONV-2014-0001 REKOMBINÁNS FEHÉRJÉK

Részletesebben

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Dr. Dallmann Klára A molekuláris biológia célja az élőlények és sejtek működésének molekuláris szintű

Részletesebben

Bioinformatikai és proteomikai módszerek fejlesztése és alkalmazása a glikoproteomikai kutatásokban

Bioinformatikai és proteomikai módszerek fejlesztése és alkalmazása a glikoproteomikai kutatásokban Bioinformatikai és proteomikai módszerek fejlesztése és alkalmazása a glikoproteomikai kutatásokban Doktori Értekezés Ozohanics Olivér okleveles vegyész Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi

Részletesebben

Radionuklidok meghatározása környezeti mintákban induktív csatolású plazma tömegspektrometria segítségével lehetőségek és korlátok

Radionuklidok meghatározása környezeti mintákban induktív csatolású plazma tömegspektrometria segítségével lehetőségek és korlátok Radionuklidok meghatározása környezeti mintákban induktív csatolású plazma tömegspektrometria segítségével lehetőségek és korlátok Stefánka Zsolt, Varga Zsolt, Széles Éva MTA Izotópkutató Intézet 1121

Részletesebben

Engedélyszám: 18211-2/2011-EAHUF Verziószám: 1. 2460-06 Humángenetikai vizsgálatok követelménymodul szóbeli vizsgafeladatai

Engedélyszám: 18211-2/2011-EAHUF Verziószám: 1. 2460-06 Humángenetikai vizsgálatok követelménymodul szóbeli vizsgafeladatai 1. feladat Ismertesse a gyakorlaton lévő szakasszisztens hallgatóknak a PCR termékek elválasztása céljából végzett analitikai agaróz gélelektroforézis során használt puffert! Az ismertetés során az alábbi

Részletesebben

2012/1. 18 O-t tartalmazó reagenssel való

2012/1. 18 O-t tartalmazó reagenssel való VIZSGÁLATI MÓDSZEREK TESTING METHODS STABIL IZOTÓPPAL JELÖLT REAGENSEK ALKALMAZÁSA A KVANTITATÍV PROTEOMIKÁBAN APPLYING STABLE ISOTOPE LABELLING REAGENTS IN THE QUANTITATIVE PROTEOMIC LOVRITY ZITA, EMMER

Részletesebben

Agilent MassHunter szoftvercsalád

Agilent MassHunter szoftvercsalád Agilent MassHunter szoftvercsalád A szoftver szerepe a tömegspektrometriában Tölgyesi László Applikációs mérnök Kromat Kft. HPLC/MS Szeminárium Hotel Hélia 2010. január 14. Tartalom I. Rész MS Szoftver

Részletesebben

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A NÖVÉNYGENETIKA Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0010 A NÖVÉNYI TÁPANYAG TRANSZPORTEREK az előadás áttekintése A tápionok útja a növényben Növényi tápionok passzív és

Részletesebben

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Azonosító szám: TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0011 Az orvosi

Részletesebben

Biológiai módszerek alkalmazása környezeti hatások okozta terhelések kimutatására

Biológiai módszerek alkalmazása környezeti hatások okozta terhelések kimutatására Szalma Katalin Biológiai módszerek alkalmazása környezeti hatások okozta terhelések kimutatására Témavezető: Dr. Turai István, OSSKI Budapest, 2010. október 4. Az ionizáló sugárzás sejt kölcsönhatása Antone

Részletesebben

Az áramlási citométer és sejtszorter felépítése és működése, diagnosztikai alkalmazásai

Az áramlási citométer és sejtszorter felépítése és működése, diagnosztikai alkalmazásai Az áramlási citométer és sejtszorter felépítése és működése, diagnosztikai alkalmazásai Az áramlási citométer és sejtszorter felépítése és működése Kereskedelmi forgalomban kapható készülékek 1 Fogalmak

Részletesebben

A lézer-szkenning citometria lehetőségei. Laser-scanning cytometer (LSC) Pásztázó citométer. Az áramlási citometria fő korlátai

A lézer-szkenning citometria lehetőségei. Laser-scanning cytometer (LSC) Pásztázó citométer. Az áramlási citometria fő korlátai Az áramlási citométer bevezetésének fontosabb állomásai A lézer-szkenning citometria lehetőségei Bacsó Zsolt Coulter, 1949 Coulter számláló szabadalmaztatása Crosland-Taylor, 1953 sejtek hidrodinamikai

Részletesebben

Kromatográfiás módszerek

Kromatográfiás módszerek Kromatográfiás módszerek Mi a kromatográfia? Kromatográfia ugyanazon az elven működik, mint az extrakció, csak az egyik fázis rögzített ( állófázis ) és a másik elhalad mellette ( mozgófázis ). Az elválasztást

Részletesebben

LIPIDEK AZONOSÍTÁSA LC-MS/MS MÉRÉSI MÓDSZERREL

LIPIDEK AZONOSÍTÁSA LC-MS/MS MÉRÉSI MÓDSZERREL Egészségtudományi Közlemények, 3. kötet, 1. szám (2013), pp. 133 141. LIPIDEK AZONOSÍTÁSA LC-MS/MS MÉRÉSI MÓDSZERREL DR. LOVRITY ZITA 1, DR. EMMER JÁNOS 1, JUHÁSZNÉ SZALAI ADRIENN 1, DR. FODOR BERTALAN

Részletesebben

Foszfolipidek mint biomarkerek

Foszfolipidek mint biomarkerek Foszfolipidek mint biomarkerek Berkecz Róbert, Kovács Nóra és Janáky Tamás Szegedi Tudományegyetem, rvosi Vegytani Intézet, Lipidek csoportosítása Nyitray László, Pál Gábor, 2013 Lipidek csoportosítása

Részletesebben

Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia

Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia Fehérje expressziós rendszerek Gyógyszerészi Biotechnológia Expressziós rendszerek Cél: rekombináns fehérjék előállítása nagy tisztaságban és nagy mennyiségben kísérleti ill. gyakorlati (therapia) felhasználásokra

Részletesebben

Fehérjebiotechnológia Emri, Tamás Csősz, Éva Tőzsér, József Szerkesztette Tőzsér, József, Debreceni Egyetem

Fehérjebiotechnológia Emri, Tamás Csősz, Éva Tőzsér, József Szerkesztette Tőzsér, József, Debreceni Egyetem Fehérjebiotechnológia Emri, Tamás Csősz, Éva Tőzsér, József Szerkesztette Tőzsér, József, Debreceni Egyetem Fehérjebiotechnológia írta Emri, Tamás, Csősz, Éva, Tőzsér, József, Tőzsér, József, és Szerzői

Részletesebben

A Föld lakósságának 4 %-a szenved diabetes mellitusban. A diabetes következtében emelkedett vércukorszint hatására a fehérjék bázikus oldallánccal

A Föld lakósságának 4 %-a szenved diabetes mellitusban. A diabetes következtében emelkedett vércukorszint hatására a fehérjék bázikus oldallánccal A Föld lakósságának 4 %-a szenved diabetes mellitusban. A diabetes következtében emelkedett vércukorszint hatására a fehérjék bázikus oldallánccal rendelkező aminosavaihoz (lizin, arginin) glükóz molekulák

Részletesebben

2. Ismert térszerkezetű transzmembrán fehérjék adatbázisa: a PDBTM adatbázis. 3. A transzmembrán fehérje topológiai adatbázis, a TOPDB szerver

2. Ismert térszerkezetű transzmembrán fehérjék adatbázisa: a PDBTM adatbázis. 3. A transzmembrán fehérje topológiai adatbázis, a TOPDB szerver A 2005 és 2007 között megvalósított project célja transzmembrán fehérjék vizsgálata és az ehhez szükséges eljárások kifejlesztése volt. Ez utóbbi magába foglalta új adatbázisok és szerkezet becslő módszerek

Részletesebben

HPLC MS és HPLC MS/MS. Bobály Balázs, Fekete Jenő

HPLC MS és HPLC MS/MS. Bobály Balázs, Fekete Jenő HPLC MS és HPLC MS/MS Bobály Balázs, Fekete Jenő Készülék felépítése (melyik a műszer?) MS LC ionforrás tömeganalizátor detektor P atm 10-3 torr 10-6 torr 1 ml mozgófázisból keletkező gáz atm nyomáson

Részletesebben

Fehérjék glikozilációja, a cukorláncok heterogenitása, és ennek tömegspektrometria alapú vizsgálata

Fehérjék glikozilációja, a cukorláncok heterogenitása, és ennek tömegspektrometria alapú vizsgálata Fehérjék glikozilációja, a cukorláncok heterogenitása, és ennek tömegspektrometria alapú vizsgálata Vékey Károly és Drahos László MTA Természettudományi Kutatóközpont Budapest szénhidrátok N-glikoproteinek

Részletesebben

3. Sejtalkotó molekulák III.

3. Sejtalkotó molekulák III. 3. Sejtalkotó molekulák III. Fehérjék, fehérjeszintézis (transzkripció, transzláció, posztszintetikus módosítások). Enzimműködés 3.1 Fehérjék A genetikai információ egyik fő manifesztálódása Számos funkció

Részletesebben

The nontrivial extraction of implicit, previously unknown, and potentially useful information from data.

The nontrivial extraction of implicit, previously unknown, and potentially useful information from data. Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Méréstechnika és Információs rendszerek Tanszék Adatelemzés intelligens módszerekkel Hullám Gábor Adatelemzés hagyományos megközelítésben I. Megválaszolandó

Részletesebben

2012.11.27. Neuronok előkészítése funkcionális vizsgálatokra. Az alkalmazható technikák előnyei és hátrányai. Neuronok izolálása I

2012.11.27. Neuronok előkészítése funkcionális vizsgálatokra. Az alkalmazható technikák előnyei és hátrányai. Neuronok izolálása I Neuronok előkészítése funkcionális vizsgálatokra. Az alkalmazható technikák előnyei és hátrányai Sejtszintű elektrofiziológia 1.: csatornák funkcionális Sejtszintű elektrofiziológia 2.: izolált/sejtkultúrában

Részletesebben

Az ellenanyagok orvosbiológiai. PhD kurzus 2011/2012 II. félév

Az ellenanyagok orvosbiológiai. PhD kurzus 2011/2012 II. félév Az ellenanyagok orvosbiológiai alkalmazása PhD kurzus 2011/2012 II. félév Ellenanyaggal működő módszerek Analitikai felhasználás Analitikai felhasználás Ellenanyag / antigén kapcsolódás Az Ab/Ag kapcsolat

Részletesebben

A proteomikai módszerek fejlõdési irányai

A proteomikai módszerek fejlõdési irányai A proteomikai módszerek fejlõdési irányai Janáky Tamás Orvosi Vegytani Intézet, Szegedi Tudományegyetem 360 Degree CEO Perspective Of The Global Healthcare Industry 2008 Frost & Sullivan. All rights reserved.

Részletesebben

AZ ÉLET KÉMIÁJA... ÉLŐ ANYAG SZERVEZETI ALAPEGYSÉGE

AZ ÉLET KÉMIÁJA... ÉLŐ ANYAG SZERVEZETI ALAPEGYSÉGE AZ ÉLET KÉMIÁJA... ÉLŐ ANYAG SZERVEZETI ALAPEGYSÉGE A biológia az élet tanulmányozásával foglalkozik, az élő szervezetekre viszont vonatkoznak a fizika és kémia törvényei MI ÉPÍTI FEL AZ ÉLŐ ANYAGOT? HOGYAN

Részletesebben

FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN. Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium. Alkímia Ma, Budapest,

FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN. Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium. Alkímia Ma, Budapest, FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium Alkímia Ma, Budapest, 2013.02.28. I. FEHÉRJÉK: L-α aminosavakból felépülő lineáris polimerek α H 2 N CH COOH amino

Részletesebben

Biomolekuláris nanotechnológia. Vonderviszt Ferenc PE MÜKKI Bio-Nanorendszerek Laboratórium

Biomolekuláris nanotechnológia. Vonderviszt Ferenc PE MÜKKI Bio-Nanorendszerek Laboratórium Biomolekuláris nanotechnológia Vonderviszt Ferenc PE MÜKKI Bio-Nanorendszerek Laboratórium Az élő szervezetek példája azt mutatja, hogy a fehérjék és nukleinsavak kiválóan alkalmasak önszerveződő molekuláris

Részletesebben

Western blot technika

Western blot technika Western blot technika Immunoblot vagy Western blot - fehérjék vizsgálatára fejlesztették ki - módszer során az elektroforetikusan szétválasztott komponenseket szilárd hordozóra viszik - érzékenység vetekszik

Részletesebben

~ 1 ~ Ezek alapján a következő célokat valósítottuk meg a Ph.D. munkám során:

~ 1 ~ Ezek alapján a következő célokat valósítottuk meg a Ph.D. munkám során: ~ 1 ~ Bevezetés és célkitűzések A sejtekben egy adott időpillanatban expresszált fehérjék összessége a proteom. A kvantitatív proteomika célja a proteom, egy adott kezelés vagy stimulus hatására bekövetkező

Részletesebben

Immunológia alapjai előadás. Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői.

Immunológia alapjai előadás. Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői. Immunológia alapjai 3 4. előadás Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői. Az antigén fogalma. Antitestek, T- és B- sejt receptorok: molekuláris szerkezet, funkciók, alcsoportok Az antigén meghatározása

Részletesebben

Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben

Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben Duleba Mónika Környezettudományi Doktori Iskola I.

Részletesebben

Dr. Máthéné Dr. Szigeti Zsuzsanna és munkatársai

Dr. Máthéné Dr. Szigeti Zsuzsanna és munkatársai Kar: TTK Tantárgy: CITOGENETIKA Kód: AOMBCGE3 ECTS Kredit: 3 A tantárgyat oktató intézet: TTK Mikrobiális Biotechnológiai és Sejtbiológiai Tanszék A tantárgy felvételére ajánlott félév: 3. Melyik félévben

Részletesebben

Receptorok és szignalizációs mechanizmusok

Receptorok és szignalizációs mechanizmusok Molekuláris sejtbiológia: Receptorok és szignalizációs mechanizmusok Dr. habil Kőhidai László Semmelweis Egyetem Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet Sejtek szignalizációs kapcsolatai Sejtek szignalizációs

Részletesebben

NMR a peptid- és fehérje-kutatásban

NMR a peptid- és fehérje-kutatásban NMR a peptid- és fehérje-kutatásban A PDB adatbázisban megtalálható NMR alapú fehérjeszerkezetek számának alakulása az elmúlt évek során 4000 3500 3000 2500 2000 1500 1000 500 0 1987 1988 1989 1990 1991

Részletesebben

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Azonosító szám: TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0011 Az orvosi

Részletesebben

A keringı tumor markerek klinikai alkalmazásának aktuális kérdései és irányelvei

A keringı tumor markerek klinikai alkalmazásának aktuális kérdései és irányelvei A keringı tumor markerek klinikai alkalmazásának aktuális kérdései és irányelvei A TM vizsgálatok alapkérdései A vizsgálatok célja, információértéke? Az alkalmazás területei? Hogyan válasszuk ki az alkalmazott

Részletesebben

Alapfogalmak I. Elsősorban fehérjék és ezek szénhidrátokkal és lipidekkel alkotott molekulái lokalizációjának meghatározásának eszköze.

Alapfogalmak I. Elsősorban fehérjék és ezek szénhidrátokkal és lipidekkel alkotott molekulái lokalizációjának meghatározásának eszköze. Alapfogalmak I. Immunhisztokémia: Az immunhisztokémia módszerével szöveti antigének, vagy félantigének (haptének) detektálhatók in situ, specifikus antigén-antitest kötés alapján. Elsősorban fehérjék és

Részletesebben

Több oxigéntartalmú funkciós csoportot tartalmazó vegyületek

Több oxigéntartalmú funkciós csoportot tartalmazó vegyületek Több oxigéntartalmú funkciós csoportot tartalmazó vegyületek Hidroxikarbonsavak α-hidroxi karbonsavak -Glikolsav (kézkrémek) - Tejsav (tejtermékek, izomláz, fogszuvasodás) - Citromsav (citrusfélékben,

Részletesebben

DNS-szekvencia meghatározás

DNS-szekvencia meghatározás DNS-szekvencia meghatározás Gilbert 1980 (1958) Sanger 3-1 A DNS-polimerázok jellemzői 5'-3' polimeráz aktivitás 5'-3' exonukleáz 3'-5' exonukleáz aktivitás Az új szál szintéziséhez kell: templát DNS primer

Részletesebben

Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK

Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK Fehérjét kódol? Tulajdonságai? -Hol lokalizálódik? -Oldható? -3D szerkezete? -Accession #? -Annotációja elérhető? Már benne

Részletesebben

http://www.rimm.dote.hu Tumor immunológia

http://www.rimm.dote.hu Tumor immunológia http://www.rimm.dote.hu Tumor immunológia A tumorok és az immunrendszer kapcsolatai Tumorspecifikus és tumorasszociált antigének A tumor sejteket ölő sejtek és mechanizmusok Az immunológiai felügyelet

Részletesebben

A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen

A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen Bálint Bálint L. GNTP Oktatás és Tudásmenedzsment Munkabizottság, 2009. június 10. Tények Debreceni Egyetemről 21000 nappali és 33000 összes hallgató

Részletesebben

A zsírszövet mellett az agyvelő lipidekben leggazdagabb szervünk. Pontosabban az agy igen gazdag hosszú szénláncú politelítetlen zsírsavakban

A zsírszövet mellett az agyvelő lipidekben leggazdagabb szervünk. Pontosabban az agy igen gazdag hosszú szénláncú politelítetlen zsírsavakban BEVEZETÉS ÉS A KUTATÁS CÉLJA A zsírszövet mellett az agyvelő lipidekben leggazdagabb szervünk. Pontosabban az agy igen gazdag hosszú szénláncú politelítetlen zsírsavakban (LCPUFA), mint az arachidonsav

Részletesebben

Ph.D. értekezés tézisei. Dürgő Hajnalka. Témavezető: Dr. Medzihradszky-Fölkl Katalin. Biológia Doktori Iskola. MTA SZBK Biokémiai Intézet SZTE TTIK

Ph.D. értekezés tézisei. Dürgő Hajnalka. Témavezető: Dr. Medzihradszky-Fölkl Katalin. Biológia Doktori Iskola. MTA SZBK Biokémiai Intézet SZTE TTIK Gümő-specifikus NCR peptidek azonosítása, vad és mutáns Medicago truncatula gyökérgümők összehasonlító fehérjeanalízise, és az NCR247 lehetséges bakteriális interakciós partnereinek felderítése Ph.D. értekezés

Részletesebben

A fehérjék hierarchikus szerkezete

A fehérjék hierarchikus szerkezete Fehérjék felosztása A fehérjék hierarchikus szerkezete Smeller László Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biológiai funkció alapján Enzimek (pl.: tripszin, citokróm-c ) Transzportfehérjék

Részletesebben

A módszerek jelentősége. Gyors-kinetika módszerek. A módszerek közös tulajdonsága. Milyen módszerekről tanulunk?

A módszerek jelentősége. Gyors-kinetika módszerek. A módszerek közös tulajdonsága. Milyen módszerekről tanulunk? Gyors-kinetika módszerek módszerek jelentősége 2010. március 9. Nyitrai Miklós biológiai mechanizmusok megértése; iológiai folyamatok időskálája; Vándorló melanocita (Victor SMLL). ms skálán való mérések.

Részletesebben

Immunológia alapjai előadás MHC. szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás.

Immunológia alapjai előadás MHC. szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás. Immunológia alapjai 5-6. előadás MHC szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás. Antigén felismerés Az ellenanyagok és a B sejt receptorok natív formában

Részletesebben

A TÖMEGSPEKTROMETRIA ALAPJAI

A TÖMEGSPEKTROMETRIA ALAPJAI A TÖMEGSPEKTROMETRIA ALAPJAI web.inc.bme.hu/csonka/csg/oktat/tomegsp.doc alapján tömeg-töltés arány szerinti szétválasztás a legérzékenyebb módszerek közé tartozik (Nagyon kis anyagmennyiség kimutatására

Részletesebben

(11) Lajstromszám: E 008 257 (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA

(11) Lajstromszám: E 008 257 (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA !HU00000827T2! (19) HU (11) Lajstromszám: E 008 27 (13) T2 MAGYAR KÖZTÁRSASÁG Szellemi Tulajdon Nemzeti Hivatala EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA (21) Magyar ügyszám: E 0 727848 (22) A bejelentés

Részletesebben

Fehérjék rövid bevezetés

Fehérjék rövid bevezetés Receptorfehérj rjék szerkezetének felderítése Homológia modellezés Fehérjék rövid bevezetés makromolekulák számos biológiai funkció hordozói: enzimatikus katalízis, molekula transzport, immunválaszok,

Részletesebben

LC-MS QQQ alkalmazása a hatósági gyógyszerellenőrzésben

LC-MS QQQ alkalmazása a hatósági gyógyszerellenőrzésben LC-MS QQQ alkalmazása a hatósági gyógyszerellenőrzésben Jankovics Péter Országos Gyógyszerészeti Intézet Gyógyszerminőségi Főosztály 2010. január 14. A QQQ analizátor felépítése Forrás: Introducing the

Részletesebben

Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés

Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés A fehérjeszerkezet szintjei A fehérjetekeredés elmélete: Anfinsen kísérlet Levinthal paradoxon A feltekeredés tölcsér elmélet 2014.11.05. Aminosavak és fehérjeszerkezet

Részletesebben

CzB 2010. Élettan: a sejt

CzB 2010. Élettan: a sejt CzB 2010. Élettan: a sejt Sejt - az élet alapvető egysége Prokaryota -egysejtű -nincs sejtmag -nincsenek sejtszervecskék -DNS = egy gyűrű - pl., bactériumok Eukaryota -egy-/többsejtű -sejmag membránnal

Részletesebben

On-line és off-line helyszíni hibagáz analízis. Czikó Zsolt MaxiCont Kft. 2009/10/16 1

On-line és off-line helyszíni hibagáz analízis. Czikó Zsolt MaxiCont Kft. 2009/10/16 1 On-line és off-line helyszíni hibagáz analízis Czikó Zsolt MaxiCont Kft. 2009/10/16 1 Előadás vázlata: Oldott gáz analízis (DGA) Off-line On-line Foto-akusztikus eljárás GE Energy DGA eszközei Készülékek

Részletesebben

Az ellenanyagok orvosbiológiai. PhD kurzus 2011/2012 II. félév

Az ellenanyagok orvosbiológiai. PhD kurzus 2011/2012 II. félév Az ellenanyagok orvosbiológiai alkalmazása PhD kurzus 2011/2012 II. félév Ellenanyagok előállítása, tisztítása, jelölése, fragmentálása Monoklonális vs. poliklonális ellenanyagok Ellenanyagok előállítása

Részletesebben

Rövid és hosszútávú sejtkultúrák, funkcionális tesztek. Immunológiai és Biotechnológiai Intézet Pécsi Tudományegyetem

Rövid és hosszútávú sejtkultúrák, funkcionális tesztek. Immunológiai és Biotechnológiai Intézet Pécsi Tudományegyetem Rövid és hosszútávú sejtkultúrák, funkcionális tesztek Immunológiai és Biotechnológiai Intézet Pécsi Tudományegyetem Bevezetés Definíció: az élő szervezeten kívül (in( vitro) ) tartunk élő sejteket Cél:

Részletesebben