5. Az elektronkorreláció szerepe a metil-amin nagy amplitúdójú mozgásainak leírásában. DFT és poszt Hartree- Fock számítások

Hasonló dokumentumok
3. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés

4. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés

8. Egyszerû tesztek sûrûség funkcionál módszerek minõsítésére

Kémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval

Modern Fizika Labor. 12. Infravörös spektroszkópia. Fizika BSc. A mérés dátuma: okt. 04. A mérés száma és címe: Értékelés:

Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 12. mérés: Infravörös spektroszkópia május 6.

Átmenetifém-komplexek mágneses momentuma

Modern Fizika Labor. A mérés száma és címe: A mérés dátuma: Értékelés: Infravörös spektroszkópia. A beadás dátuma: A mérést végezte:

Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Probléma: fehérjéknél nagy dimenziók értelmetlen QM eredmények.

Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 13. mérés: Molekulamodellezés PC-n április 29.

Modern Fizika Labor. 2. Elemi töltés meghatározása

A mérés célkitűzései: A matematikai inga lengésidejének kísérleti vizsgálata, a nehézségi gyorsulás meghatározása.

Orvosi Biofizika I. 12. vizsgatétel. IsmétlésI. -Fény

Modern Fizika Labor Fizika BSC

ESR-spektrumok különbözı kísérleti körülmények között A számítógépes értékelés alapjai anizotróp kölcsönhatási tenzorok esetén

Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 5. mérés: Elektronspin rezonancia március 18.

Alapvető bimolekuláris kémiai reakciók dinamikája

Császár Attila. Molekularezgések. kvantummechanikája

Modern Fizika Labor. 5. ESR (Elektronspin rezonancia) Fizika BSc. A mérés dátuma: okt. 25. A mérés száma és címe: Értékelés:

Modern fizika laboratórium

Spektroszkópiai módszerek 2.

Folyadékszcintillációs spektroszkópia jegyz könyv

Tartószerkezet-rekonstrukciós Szakmérnöki Képzés

BÍRÁLAT. Kállay Mihály Automatizált módszerek a kvantumkémiában című MTA doktori értekezéséről.

Műszeres analitika. Abrankó László. Molekulaspektroszkópia. Kémiai élelmiszervizsgálati módszerek csoportosítása

Optika gyakorlat 6. Interferencia. I = u 2 = u 1 + u I 2 cos( Φ)

Modern Fizika Labor. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: Az optikai pumpálás. A beadás dátuma: A mérést végezte:

Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások Definíciók

Modern fizika laboratórium

Geofizikai kutatómódszerek I.

Fizikai kémia 2. Előzmények. A Lewis-féle kötéselmélet A VB- és az MO-elmélet, a H 2+ molekulaion

dinamikai tulajdonságai

Példa: Csúsztatófeszültség-eloszlás számítása I-szelvényben

Modern Fizika Laboratórium Fizika és Matematika BSc 8. Alkáli spektrumok

Alap-ötlet: Karl Friedrich Gauss ( ) valószínűségszámítási háttér: Andrej Markov ( )

Infravörös, spektroszkópia

Félmerev és flexibilis molekulák rezgési-forgási állapotainak kvantumkémiai számítása és jellemzése

Szemcsehatárok geometriai jellemzése a TEM-ben. Lábár János

Szilárdtestek el e ek e tr t o r n o s n zer e k r ez e et e e t

Lemez- és gerendaalapok méretezése

Elektronszínképek Ultraibolya- és látható spektroszkópia

Mechanika I-II. Példatár

A kvantummechanika kísérleti előzményei A részecske hullám kettősségről

Atommodellek de Broglie hullámhossz Davisson-Germer-kísérlet

Szakmai zárójelentés. A F68726 projektszámú OTKA keretében végzett kutatásokról.

2. Hangfrekvenciás mechanikai rezgések vizsgálata jegyzőkönyv. Zsigmond Anna Fizika Bsc II. Mérés dátuma: Leadás dátuma:

Átmenetifém-komplexek ESR-spektrumának jellemzıi

Császár Attila. Molekulaforgások. kvantummechanikája

2. ZH IV I.

Modern Fizika Labor. 11. Spektroszkópia. Fizika BSc. A mérés dátuma: dec. 16. A mérés száma és címe: Értékelés: A beadás dátuma: dec. 21.

Modern Fizika Labor Fizika BSC

A racionális gyógyszertervezés lehetőségei. A racionális gyógyszertervezés lehetőségei. A racionális gyógyszertervezés lehetőségei

Least Squares becslés

Atomok és molekulák elektronszerkezete

13. Előadás. A Grid Source panelen a Polarization fül alatt megadhatjuk a. Rendre az alábbi lehetőségek közül választhatunk:

Milyen elvi mérési és számítási módszerrel lehet a Thevenin helyettesítő kép elemeit meghatározni?

Precesszáló kompakt kettősök szekuláris dinamikája

Bevezetés a modern fizika fejezeteibe. 4. (a) Kvantummechanika. Utolsó módosítás: november 15. Dr. Márkus Ferenc BME Fizika Tanszék

Idegen atomok hatása a grafén vezet képességére

Al-Mg-Si háromalkotós egyensúlyi fázisdiagram közelítő számítása

Kosárra dobás I. Egy érdekes feladattal találkoztunk [ 1 ] - ben, ahol ezt szerkesztéssel oldották meg. Most itt számítással oldjuk meg ugyanezt.

? ligandum kötés konformációs változás aktiválási energia számítás pka számítás kötési energiák

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39

Pere Balázs október 20.

Kutatási terület. Szervetlen és szerves molekulák szerkezetének ab initio tanulmányozása

Deutériumjég-pelletek behatolási mélységének meghatározása videódiagnosztikával

Modern Fizika Labor Fizika BSC

Nehézségi gyorsulás mérése megfordítható ingával

Azonos és egymással nem kölcsönható részecskékből álló kvantumos rendszer makrókanónikus sokaságban.

Szivattyú-csővezeték rendszer rezgésfelügyelete. Dr. Hegedűs Ferenc

A kémiai kötés eredete; viriál tétel 1

Név... intenzitás abszorbancia moláris extinkciós. A Wien-féle eltolódási törvény szerint az abszolút fekete test maximális emisszióképességéhez

Gauss-Seidel iteráció

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39

Compton-effektus. Zsigmond Anna. jegyzıkönyv. Fizika BSc III.

GPK M1 (BME) Interpoláció / 16

A kémiai kötés magasabb szinten

Mézerek és lézerek. Berta Miklós SZE, Fizika és Kémia Tsz november 19.

Korszerű mérőeszközök alkalmazása a gépszerkezettan oktatásában

Optikai spektroszkópia az anyagtudományban 8. Raman spektroszkópia Anizotrópia IR és Raman spektrumokban

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Slide 1 /39

Abszorpciós spektroszkópia

Kinetika. Általános Kémia, kinetika Dia: 1 /53

Robotika. Kinematika. Magyar Attila

Matematikai geodéziai számítások 5.

Koherens lézerspektroszkópia adalékolt optikai egykristályokban

Forogj! Az [ 1 ] munkában találtunk egy feladatot, ami beindította a HD - készítési folyamatokat. Eredményei alább olvashatók. 1.

Hangfrekvenciás mechanikai rezgések vizsgálata

Jahn Teller-effektus Cs 3 C 60 -ban. Pergerné Klupp Gyöngyi. Matus Péter, Kamarás Katalin MTA SZFKI

Sajátértékek és sajátvektorok. mf1n1a06- mf1n2a06 Csabai István

I. DOZIMETRIAI MENNYISÉGEK ÉS MÉRTÉKEGYSÉGEK

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Slide 1 /39

OH ionok LiNbO 3 kristályban (HPC felhasználás) 1/16

Példa: Tartó lehajlásfüggvényének meghatározása végeselemes módszer segítségével

Regresszió számítás. Tartalomjegyzék: GeoEasy V2.05+ Geodéziai Kommunikációs Program

Kémiai kötés Lewis elmélet

Rezgés, Hullámok. Rezgés, oszcilláció. Harmonikus rezgő mozgás jellemzői

Műszeres analitika II. (TKBE0532)

Gazdaságosabb üzemanyag és üzemanyag ciklus a paksi reaktorok növelt teljesítményén

Kémiai kötések. Kémiai kötések. A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011

Átírás:

5. Az elektronkorreláció szerepe a metil-amin nagy amplitúdójú mozgásainak leírásában. DFT és poszt artree- Fock számítások VI. XIX. Csonka, G. I. and Sztraka L., Density functional and post artree-fock equilibrium geometries, potential energy surface and vibrational frequencies for methylamine, Chem. Phys. Lett. 233 (1995) 611. Sztraka, L., Csonka, G. I., Flexible ab initio geometry of methylamine and its internal rotation, J. Mol. Struct. 410-411 (1997) 387. 5.1. Bevezetés A metil-amin potenciálfelületét és inverziós energiagátját a korai közleményekben az alkalmazott egyszerûsítések következtében és a kísérleti adatok pontatlansága miatt csak bizonytalanul határozták meg. 1,2 Krêglewski 3 a feladatot a ougen-bunker-johns típusú 4 félmerev inverziós - belsõ forgási - forgási amiltonnal próbálta megoldani. Belátva a félmerev modellbõl fakadó közelítések hiányosságait, késõbb Krêglewski egy nem merev modellt vezetett be, 5 amelyben megengedte, hogy a kötéstávolságok és kötésszögek változzanak az inverzió koordinátája függvényében. A kötéstávolságok és kötésszögek változását azonban elméletileg nem alátámasztott egyszerû négyzetes függvényekkel írta le. Sztraka Lajos egy korábbi munkája 6 azt mutatta, hogy az elõbb említett nem merev modell segítségével nem lehet jó eredményeket kapni. Ezért a metil-amin geometriai paramétereinek a hiperfelületen történõ elmozdulástól való függését GGA-DFT számításokkal meghatároztam. Ez alapján az effektív forgási állandók meghatározhatók és a megfelelõ kísérleti adatokkal összevethetõk. A metil-amin F limit geometriája ismert volt, 7 ami azt mutatta, hogy a F módszer jól ismert hibája miatt az egyensúlyi C-N kötéstávolság túl rövid (145,34 pm). 8 Ezért feltétlenül szükség volt az elektronkorreláció figyelembevételére. A C-N kötés hosszára ellentmondó kísérleti adatok álltak rendelkezésre, de a legújabb mikrohullámú (MW) 9 és a rezgés szempontjából korrigált elektrondiffrakciós (ED) 10 (147.1(3) pm) adatok jó egyezést mutatnak. Ezek a korábbi ED adatot (146.7(2) pm) 11 elavulttá tették. A forgási és az inverziós gátmagasságra vonatkozó korábbi kísérleti adatok kisebbek (684 és1688 cm -1 ), 12,13 míg az újabb adatok valamivel nagyobbak (718 és1943 cm -1 ). 5 a Minimum s Fedı Ætmeneti Ællapot τ N N τ 5.1 ábra. A metil-amin minimális energiájú konformációja és fedõ állású átmeneti állapota. τ jelöli a C-N kötés és az N 2 sík közötti szöget. a és s jelöli a nitrogén elektronpárjához képest anti, illetve szin pozíciót. 27

5.2. Eredmények 5.1 táblázat. A metil-amin C s szimmetriájú lokális minimumának számított és kísérleti adatai. Geometriai paraméter a MP2/ CCD/ B3P86/ BP86/ Kísérleti MW b Kísérleti ED+MW c r (CN) 146.41 146.57 145.62 147.19 147.14 147.1(3) r (Ca) 109.90 110.18 110.16 111.20 109.87 110.1(3) r (C) 109.15 109.46 109.28 110.20 109.87 110.1(3) r (N) 101.18 101.31 101.34 102.47 100.96 101.9(6) < NCa 115.24 115.09 115.76 116.13 113.90 < NC 108.99 109.05 109.29 109.11 < C 107.23 107.23 106.76 106.78 108.00 108.4(5) < CN 109.68 109.58 110.09 109.35 110.27 111.5(7) < N 106.87 106.66 106.43 105.75 107.13 106.0(6) < ε d 4.17 4.03 4.31 4.68 2.93 2.97 < τ e 55.58 55.85 55.00 56.71 54.32 Energia f -95.54570-95.57095-96.20363-95.87372 a r - kötéstávolság (pm), < - kötés szög ( ), a anti pozíció a nitrogén magános párjához képest. b d 10. hivatkozás. c 11. hivatkozás. A számított ε = 2*(NC t -NC)/3. A kísérleti ε értéke a metilcsoport szimmetriatengelye és a C-N kötés hajlásszöge. e τ az N 2 szögfelezõje és a CN kötés szöge (lásd 5.1-es ábra). f Teljes energia (artree). A B-P86 és B3P86 DFT módszerek metil-aminnal kapcsolatos teljesítõképességének vizsgálata érdekében 3 kiválasztott konformáció, a lokális minimum (0 negatív frekvencia), a fedõ állású forgási átmeneti állapot (1 negatív frekvencia) és a forgási inverziós átmeneti állapot (2 negatív frekvencia) optimalizált geometriáját számítottuk ki, és összehasonlítottuk MP2 valamint CCD optimalizált geometriával tripla zéta polarizált bázison. A minimum esetében a rendelkezésre álló kísérleti geometriát is felhasználtuk az összehasonlításhoz (lásd 5.1. táblázat). A kísérleti C-N kötéstávolságot legjobban a BP86 módszer közelíti meg, míg a B3P86 módszer nagyon jó egyezést mutat az MP2 és CCD eredményekkel. Kötéstávolságokra az alábbi összefüggés érvényes: r(b3p86) < r(mp2) < r(ccd) < r(bp86), a DFT módszerekkel számított kötéstávolságok közrefogják a jó minõségû hagyományos módszerekkel számított kötéstávolságokat. A számítások szerint nem szükséges a hidrogénatomokra p polarizációs függvényt helyezni, mivel az egyensúlyi geometriát azok csak elhanyagolható mértékben befolyásolják (a C- és N- kötések 0,1 pm-rel megnyúlnak, a -N- kötésszög 1 fokkal csökken). Viszont a nehéz atomokon szükséges a d polarizációs függvény jelenléte. A DFT számítások normál és finom integrálási rács alkalmazásakor ugyanazt a geometriát adták. Az egyensúlyi geometria változása mellett ellenõriztük azt is, hogy a CCSD(T) és a DFT módszer mennyire képes bázis használatakor a belsõ forgási és inverziós gát magasságát megadni ill. hogyan változik a gátmagasság a bázis növelésekor. A számított belsõ forgási gát 868, 820, 810 és 688 cm -1 CCSD(T), BP86, B3P86 és BP86/6-311+G(2df) módszerekkel számítva. A két kísérleti érték 684 és 718 cm -1. 5 Az inverziós gát 28

2364, 1957, 1841 és 1697 cm -1 CCSD(T), BP86, B3P86 és BP86/6-311+G(2df) módszerekkel számítva. A két kísérleti érték 1688 és 1943 cm -1. 5 Ez alapján látható, hogy a BP86 módszerrel számított magas energiagátak a bázis hibájából adódnak és ez a módszer nagyon nagy bázissal képes a belsõ forgási és inverziós energiagátat jól reprodukálni. Az ammónia nagyfelbontású spektrumának analízise azt mutatja, hogy az ú.n. effektív zérus pont energiával korrigált gátmagasság 175 cm -1 -gyel magasabb mint a korrigálatlan. 14 Ez alapján a metil-aminban is a számított gátnak alacsonyabbnak kell lennie, mint a mértnek. Ezt a kritériumot a BP86/6-311+G(2df) módszerrel végzett számítások teljesítik, ha az újabb, magasabb kísérleti értéket 5 vesszük figyelembe. 5.2 táblázat. A metil-amin számított és mért IR hullámszámai (intenzitásai) zéruspont rezgési energiája. Szimmetria Rezgési mód F/ 6-31G(d) MP2/ BP86/ Kísérlet a a' N2 s-stretch 3730 ( 1) 3559 ( 1) 3372 ( 7) 3360 + C3 d-stretch 3245 ( 58) 3135 ( 40) 2984 ( 44) 2962 ++++++ C3 s-stretch 3158 ( 99) 3033 ( 80) 2867 (122) 2820 ++++++ N2 scis. 1841 ( 29) 1750 ( 36) 1672 ( 30) 1623 ++++ C3 d-deform 1648 ( 7) 1542 ( 8) 1466 ( 9) 1474 ++++ C3 s-deform 1608 ( 4) 1499 ( 2) 1421 ( 2) 1430 +++ C3 rock 1289 ( 19) 1213 ( 13) 1149 ( 7) 1130 +++ CN stretch 1148 ( 18) 1095 ( 8) 1035 ( 5) 1044 ++++ N2 wag. 947 (185) 913 (178) 850 (173) 780 ++++++ a" N2 a-stretch 3813 ( 0) 3654 ( 0) 3451 ( 3) 3424 + C3 d-stretch 3282 ( 51) 3179 ( 32) 3023 ( 41) 2985 ++++ C3 d-deform 1665 ( 1) 1562 ( 1) 1489 ( 4) 1485. N2 twist. 1497 ( 0) 1393 ( 0) 1332 ( 0) 1335. b C3 rock 1052 ( 0) 1000 ( 0) 962 ( 0) 972. b torzió 341 ( 47) 341 ( 45) 337 ( 44) 264 ++++ Zéruspont 15124 14433 13706 13544 energia a 15. hivatkozás. A kísérleti intenzitásokat + jelekkel érzékeltetjük, az alacsony intenzitású csúcsokat pont jelöli. Az N 2 wag. anharmonikus és inverziós felhasadást mutat. b 16. hivatkozás. Az energia hiperfelület görbületének helyes leírásáról a minimum közelében a számított és a mért infravörös spektrum összehasonlításával gyõzõdhetünk meg. Itt tekintettel kell lennünk arra, hogy a számított frekvenciák harmonikusak és a mért frekvenciákkal csak az anharmonikus korrekciók után vethetõk közvetlenül össze. A kísérleti spektrumban a két nagy amplitúdójú mozgáshoz az inverzióhoz (N2 wag.) és a belsõ rotációhoz tartozó torzió mutat jelentõs anharmonicitást, ami a rezgések jellegébõl következik. Ebben a két 29

esetben nem várható a kísérleti és a számított frekvenciák egyezése. Különben a BP86/6-311G(d) frekvenciák lényegesen jobban egyeznek a kísérleti értékekkel, mint az MP2 frekvenciák. A közölt értékek nem tartalmaznak semmilyen skálázást. A B-P86/ módszerrel számított jó egyensúlyi és átmeneti geometria, valamint az energia hiperfelület jó leírása megalapozta, hogy ezt a módszert válasszuk a teljes belsõ forgási - inverziós energiafelület és a geometriai paraméterek változásának meghatározásához. A geometriai paraméterek belsõ rotációtól és inverziótól való függése megmutatta, hogy a nagyfelbontású spektrumok tárgyalására használt korábbi modellek nagyon durva elhanyagolásokat tartalmaztak. Az egyik, gyakran alkalmazott közelítés a metilcsoport feltételezett C 3v szimmetriája egyáltalán nem érvényesül, a metilcsoporton belüli kötésszögek és kötéstávolságok jelentõsen eltérnek egymástól. A geometriai paraméter függvények az esetek nagy részében nem négyzetes függést mutatnak, annál bonyolultabb függvények szerint változnak. 5.3 táblázat. A metil-amin flexibilis geometriája alapján számított és mért forgási koefficiensek. Konstans Kísérleti a Számított b (csak inverzió) Számított c (belsõ forgás is) Különbség R J (Mz) 22169.39 22159.96 22169.04-0,35 R k (Mz) 80986.4 81327.7 80986.39 0,01 as (Mz) 460.51 464.26 460.25-0,26 ρ 0.64973 c 0.64976 a 16. hivatkozás. b [VI] c [XIX] A kísérleti adatokra illesztve. A BP86 módszerrel számított geometriai paraméterektõl függõ függvényekbõl kiszámíthatók a rotációs együttható függvények, majd ezeket az inverzió és a belsõ rotáció szerint átlagoljuk. A rotációs együttható függvények meghatározása és az átlagolás Sztraka Lajos munkája volt. Végül ezeket az átlagokat kell a kísérlettel összehasonlítani. Az elsõ tanulmányunkban csak a geometria inverziótól való függését tanulmányoztuk a belsõ forgás nélkül [VI]. A következõ munkánkban megállapítottuk a geometriai paraméterek belsõ forgástól való függését is [XIX]. A metil-amin alapállapotát jellemzõ R J, R k, as és ρ effektív rotációs együtthatók a kísérleti nagyfelbontású spektrumokból mint inverziós és belsõ forgási átlagok meghatározhatók. 17,18 Az R J -t a amilton mátrix fõátlójában lévõ J(J+1)-t tartalmazó tagból, R k -t a K 2 tagból és as -t a amilton mátrix nem diagonális elemeibõl lehet meghatározni. ρ az energiaszintek belsõ forgásból adódó periodikusságát írja le. Az 5.3 táblázatban közölt eredmények egyértelmûen mutatják, hogy a geometriai paraméterek belsõ forgástól való függésének figyelembevételével a számítás a kísérlethez jól illeszthetõ. 30

Irodalomjegyzék 1 T. Itoh, J. Phys Soc. Japan, 11 (1956) 264. 2 M. Tsuboi, A. Y. irakawa, K. Tamagake, Proc. Japan Acad. 42 (1966) 795. 3 M. Krêglewski, J. Mol. Spectr. 72 (1978) 1. 4 J. T. ougen, P. E. Bunker, J. W. C. Johns, J. Mol. Spectr. 34 (1970) 136. 5 M. Krêglewski, J. Mol. Spectr. 133 (1989) 10. 6 L. Sztraka, Acta Chim. ung. 124 (1987) 865. 7 Y. Xie, G. E. Scuseira, B. F. Yates, Y. Yamaguchi,. F. Schaefer, J. Am. Chem. Soc. 111 (1989) 5181. 8 W. J. ehre, J. A. Pople, P. v. R. Schleyer, L. Radom, Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley, New York, 1986. 9 K. Takagi, T. Kojima, J. Phys. Soc. Japan, 30 (1971) 1145. 10 T. Ijima, Bull. Chem. Soc. Japan, 59 (1986) 853. 11. K. igginbotham, L. S. Bartell, J. Chem. Phys. 42 (1965) 1131. 12 C. Bergelot, V. Stern, N. Goff, J. Kachmarsky, K. D. Möller, J. Mol. Spect. 92 (1982) 91. 13 M. Tsuboi, A. Y. irakawa, K. Tamagake, J. Mol. Spect. 22 (1967) 272. 14 V.Spirko: J. Mol. Spect. 101.(1983) 30. 15 A. P. Gray, R. C. Lord, J. Chem. Phys. 26 (1957) 690. 16 Y. amada, N. Tanaka, Y. Sugawara, A. Y. irakawa M. Tsuboi, S. Kato, K. Morokuma, J. Mol. Spect. 96 (1982) 313. 17 N.Ohashi, K.Takagi, J.T.ougen, W.B.Olson, W.J.Lafferty: J. Mol. Spect. 12 (1987) 443. 18 M.Krêglewski, G.Wlodarczak: J. Mol. Spect. 156 (1992) 383. 31