A racionális gyógyszertervezés lehetőségei. A racionális gyógyszertervezés lehetőségei. A racionális gyógyszertervezés lehetőségei
|
|
- Karola Hegedűs
- 5 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 Cél: kis koncentrációban kötődő célvegyület tervezése Agonista: segíti az enzim működését, hatékonyabb, mint a természetes szubsztrát Antagonista: gátolja az enzim működését, ellentétes hatású, mint a természetes szubsztrát Követelmény: sztérikus és elektrosztatikus komlementaritás Feltétel: a befolyásolni kívánt fehérje térszerkezetének meghatározása aktív hely azonosítása (nem egyértelmű) szubsztrát kötésben szereet játszó aminosavak azonosítása Mechanizmus lehet, hogy szimuláció szükséges Követelmény: sztérikus és elektrosztatikus komlementaritás Egyszerű megközelítés (fix szubsztrát) van der Waals és elektrosztatikus tagok otimálása (docking) Követelmény: sztérikus és elektrosztatikus komlementaritás Egyszerű megközelítés (fix szubsztrát) scoring fv-ek adatbázisokból statisztika alaján Muegge és Martin (999) J. Med. Chem. 42, Modell finomítása flexibilis modell a szubsztrát konformációs tulajdonságait is figyelembe veszi Problémák: flexibilis kötőhely flexibilis fehérje oldószer környezet ionok rotonáltsági állaotok MM, MD, MC algoritmussal otimálás ADATBÁZISOK
2 Megoldások: Megoldások: Termodinamikai integrálás: Szabadenergia számítások hosszútávú (elektrosztatikus) kölcsönhatások figyelembe vételével E Szabadenergia erturbáció: all-atom megközelítésben költségesek X Egyszerűsítések: makroszkóikus modellek: Poisson-Boltzmann (szemi-makroszkóikus) ionos környezet figyelembe vétele: + hidrofób effektusok, + entróia becslés hiba ± 2.5 kcal/mol (~ 60-as faktor K M ) makroszkóikus modellek: Generalized Born (GB) modell ε a + mean field megközelítés, sokszorosan töltött molekulákra, töményebb ionos oldatra nem érvényes. makroszkóikus modellek: Problémák: rosszul definiált ε merev fehérje lokális effektusok hiánya: nem adja vissza a reorganizációs effektust Ka eltolódások vizsgálatára nem alkalmas ligand kötésre nem ad kvantitatív eredményeket Exlicit/imlicit oldószermodell (MM/PBSA) kristályszerkezet relaxációja EXPLICIT MODELL szabadenergia számítások IMPLICIT MODELL 2
3 Exlicit/imlicit oldószermodell (kombináció) Probléma a szimulációk rövidsége További egyszerűsítések: u oldott anyag koordinátája, v oldószer koordinátája W(u) oldott anyag PMF Exlicit/imlicit oldószermodell MM-PBSA E MM : molekulamechanikai energia átlaga E PBSA : oldódási szabadenergia (PB) S MM : entróia becslés roblematikus entróia becslése betemetettség alaján vagy harmonikus közelítésben Thermodynamic cycle Thermodynamic cycle P+L P:L P+L P:L P+L P:L P+L P:L single window Zwanzig erturbation formula kis léések csak a referenciarendszert kell szimulálni Soft-otentials ΔG Mi a rendszer válasza atomok eltüntetésére és keletkezésére (reorganizációs robléma seciális esete) ε ij,σ ij Lennard-Jones araméterek α softening araméterek ΔG Relica exchange method bind ± kcal/mol magas energiagátak miatt nehéz a konfigurációs teret feltérkéezni több kiindulási konformáció csere hőmérséklet skálázás kb. 5-ször hatékonyabb (konfigurációs tér nagysága), mint a normál MD 3
4 λ-dinamika λ-dinamika kometitív kötési kísérlet, több ligandumot vizsgál egyszerre L: ligandumok száma, V env : kölcsönhatási energia a környezettel V i : belső kh. energia, F i : referencia otenciál, λ csatolási araméter konfigurációs és kémai tér (MD v. MC mintavételezés) ΔE i : két ligandum kölcsönhatási energiájának különbsége Szabadenergia extraolálása lineáris válasz lineáris válasz ΔV ΔV LRA gyorsabb konvergencia LRA gyorsabb konvergencia elektrosztatikában működik elektrosztatikában működik Szemiemirikus lineáris válasz közelítés (Åqvist) LIE Ω: átlagos szabad felszín (entróiabecslés) α,β,γ: emirikus araméterek Pictorial reresentation of free energy changes (PROFEC)(Kollman) Δv(i,j,k) : vdw energia megjelenítése térkéek segítségével Megleően jó eredmények ΔG bind ± kcal/mol számolása 4
5 i i, i i, i i, Hozzájárulások a kötési energiához Comutational alanine scanning PDLD/S közelítés V I ε Δ G in PT B B Δ G sol, w ( q = q )] 0 ε Δ G sol, w ( q = q )] 0 in w ε ( V + V ) qq µ q w ΔΔ G, B w ΔΔ G A, BH II ( V + V ) qq µ q VIII Δ G + Δ G sol, w sol, w ( q = 0 ) ε Δ G + Δ G sol, w sol, w ( q = 0 ) ε in w szerkezetek generálása a natív fehérjén Mdm2 és 53 comlex tesztrendszer gyors kvalitatív VI w Δ G PT B III IV VII B Massova és Kollman (999) J. Am. Chem. Soc. 2, PDLD/S közelítés (mutációk, ligandum kötés vizsgálata) V VI Δ G sol, w ( q = q )] 0 ε ( V + V ) qq µ q Δ G + Δ G sol, w sol, w ( q = 0 ) ε I III w ΔΔ G, B Hozzájárulások a kötési energiához II I III i III o IV (PDLD) modell: I: érdekes rész (l. aktív hely) II: fehérje többi része III: oldószer (i: belső, o: külső) IV: tömbfázis Konfigurációs átlagolás Lineáris válasz (LRA) wat wat Relaxed contribution el. h. rot rot Non-relaxed contribution elektrosztatikus hozzájárulások ~ 4 ε eff ~ 40 5
6 Mutációk hatása Ras 2 összes gerinc GTP GDP Összefoglalás flexibilis recetor-flexibilis ligand robléma nem megoldott ismert komlex térszerkezet alaján gyors és jó kötési energiák jóslása más ligandumra és mutánsra jól arametrizált szemi-mikroszkóikus módszerek (vagy kombinált mikro- és makroszkóikus módszerek) oldallánc Muegge et al. (996) Structure 4,
? ligandum kötés konformációs változás aktiválási energia számítás pka számítás kötési energiák
Szabadenergia Definíció:? ligandum kötés konformációs változás aktiválási energia számítás pka számítás kötési energiák Fázistér teljes térfogatára kell számítani! Mennyiség átlagértéke: Sokaság-átlag
RészletesebbenElektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások Definíciók
Jelentősége szubsztrát kötődés szolvatáció ionizációs állapotok (pka) mechanizmus katalízis ioncsatornák szimulációk (szerkezet) all-atom dipolar fluid dipolar lattice continuum Definíciók töltéseloszlás
RészletesebbenFehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis
Szerkezet Protein Data Bank (PDB) http://www.rcsb.org/pdb ~ 35 701 szerkezet közepes felbontás 1552 szerkezet d 1.5 Å 160 szerkezet d 1.0 Å 10 szerkezet d 0.8 Å (atomi felbontás) E globális minimum? funkció
RészletesebbenLIE. Lineáris Kölcsönhatás Módszere. Vázlat LIE. Fehérje-ligandum kölcsönhatás kvantitatív jellemzése számítógépes modellezéssel 2.
Fehérje-ligandum kölcsönhatás kvantitatív jellemzése számítógépes modellezéssel 2. rész Ferenczy György MTA-SE Molekuláris Biofizikai Kutatócsoport ferenczy.gyorgy@med.semmelweis-univ.hu Vázlat Kötődési
RészletesebbenErőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Probléma: fehérjéknél nagy dimenziók értelmetlen QM eredmények.
fehérjéknél nagy dimenziók értelmetlen QM eredmények Megoldás: egyszerűsítés dimenzió-csökkentés Közelítések Born-Oppenheimer közelítés (Ψ mol = Ψ el Ψ mag ; E tot =E el +E mag ) az energia párkölcsönhatások
RészletesebbenCélkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése
Célkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése Ferenczy György Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biokémiai folyamatok - Ligandum-fehérje kötődés
RészletesebbenBioinformatika 2 6. előadás
6. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2018.10.08. PDBj: http://www.pdbj.org/ Fehérjék 3D szerkezeti adatbázisai - PDBj 2 2018.10.08.
RészletesebbenMonte Carlo módszerek a statisztikus fizikában. Az Ising modell. 8. előadás
Monte Carlo módszerek a statisztikus fizikában. Az Ising modell. 8. előadás Démon algoritmus az ideális gázra időátlag fizikai mennyiségek átlagértéke sokaságátlag E, V, N pl. molekuláris dinamika Monte
RészletesebbenSzámítógépes szimulációk: molekuláris dinamika és Monte Carlo
Számítógépes szimulációk: molekuláris dinamika és Monte Carlo Boda Dezső Fizikai Kémiai Tanszék Pannon Egyetem boda@almos.vein.hu 2014. március 21. Boda Dezső (Pannon Egyetem) Habilitációs előadás 2014.
RészletesebbenKémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval
Kémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval Stirling András stirling@chemres.hu Elméleti Kémiai Osztály Budapest Stirling A. (MTA Kémiai Kutatóközpont) Reakciómechanizmus szimulációból 2007.
Részletesebben6. Termodinamikai egyensúlyok és a folyamatok iránya
6. ermodinamikai egyensúlyok és a folyamatok iránya A természetben végbemenő folyamatok kizárólagos termodinamikai hajtóereje az entróia növekedése. Minden makroszkoikusan észlelhető folyamatban a rendszer
RészletesebbenBIOFIZIKA Egészségügyi Mérnök MSc
BIOFIZIKA Egészségügyi Mérnök MSc A tárgy felelős előadója: Dr. Fidy Judit egyetemi tanár judit.fidy@eok.sote.hu SE Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Két aspektus 1. Molekuláris biofizika molekulaszerkezetek
RészletesebbenBioinformatika 2 9. előadás
9. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2017.11.06. Térszerkezet előrejelzés fő módszerei Homológia modellezés (komparatív modellezés):
RészletesebbenMolekuláris dinamika. 10. előadás
Molekuláris dinamika 10. előadás Mirőlis szól a MD? nagy részecskeszámú rendszerek ismerjük a törvényeket mikroszkópikus szinten? Hogyan tudjuk megérteni a folyadékok, gázok, szilárdtestek makroszkópikus
RészletesebbenMonte Carlo módszerek a statisztikus fizikában. Az Ising modell. 8. előadás
Monte Carlo módszerek a statisztikus fizikában. Az Ising modell. 8. előadás PI KISZÁMOLÁSI JÁTÉKOK A TENGERPARTON egy kört és köré egy négyzetet rajzolunk véletlenszerűen kavicsokat dobálunk megszámoljuk:
RészletesebbenHemoglobin - myoglobin. Konzultációs e-tananyag Szikla Károly
Hemoglobin - myoglobin Konzultációs e-tananyag Szikla Károly Myoglobin A váz- és szívizom oxigén tároló fehérjéje Mt.: 17.800 153 aminosavból épül fel A lánc kb 75 % a hélix 8 db hélix, köztük nem helikális
RészletesebbenMolekuláris dinamika I. 10. előadás
Molekuláris dinamika I. 10. előadás Miről is szól a MD? nagy részecskeszámú rendszerek ismerjük a törvényeket mikroszkópikus szinten minden részecske mozgását szimuláljuk? Hogyan tudjuk megérteni a folyadékok,
RészletesebbenA diplomaterv keretében megvalósítandó feladatok összefoglalása
A diplomaterv keretében megvalósítandó feladatok összefoglalása Diplomaterv céljai: 1 Sclieren résoptikai módszer numerikus szimulációk validálására való felhasználhatóságának vizsgálata 2 Lamináris előkevert
RészletesebbenA termodinamika törvényei
A termodinamika törvényei 2009. 03. 23-24. Kiss Balázs Termodinamikai Természeti környezetünk meghatározott tulajdonságú falakkal leválasztott része. nincs kölcsönhatás a környezettel izolált kissb3@gmail.com
Részletesebbendinamikai tulajdonságai
Szilárdtest rácsok statikus és dinamikai tulajdonságai Szilárdtestek osztályozása kötéstípusok szerint Kötések eredete: elektronszerkezet k t ionok (atomtörzsek) tö Coulomb- elektronok kölcsönhatás lokalizáltak
RészletesebbenKvalitatív elemzésen alapuló reakciómechanizmus meghatározás
Kvalitatív elemzésen alapuló reakciómechanizmus meghatározás Varga Tamás Pannon Egyetem, Folyamatmérnöki Intézeti Tanszék IX. Alkalmazott Informatika Konferencia ~ AIK 2011 ~ Kaposvár, Február 25. Tartalom
RészletesebbenEvans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség Osváth Szabolcs Evans-Searles fluktuációs tétel Denis J Evans, Ezechiel DG Cohen, Gary P Morriss (1993) Denis J Evans, Debra
RészletesebbenA fehérjék szerkezeti hierarchiája. Fehérje-szerkezetek! Klasszikus szerkezet-funkció paradigma. szekvencia. funkció. szerkezet! Myoglobin.
Myoglobin Fehérje-szerkezetek! MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGGQEVLIRLFK GPETLEKFDKFKLKSEDEMKASE DLKKGATVLTALGGILKKKGEAEIKPLAQSA TKKIPVKYLEFISECIIQVLQSK PGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG Fuxreiter Mónika! Debreceni
RészletesebbenZ bozonok az LHC nehézion programjában
Z bozonok az LHC nehézion programjában Zsigmond Anna Julia MTA Wigner FK Max Planck Institut für Physik Fizikus Vándorgyűlés Szeged, 2016 augusztus 24-27. Nehézion-ütközések az LHC-nál A-A és p-a ütközések
Részletesebben3. A kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás
3. A kémiai kötés Kémiai kölcsönhatás ELSŐDLEGES MÁSODLAGOS OVALENS IONOS FÉMES HIDROGÉN- KÖTÉS DIPÓL- DIPÓL, ION- DIPÓL, VAN DER WAALS v. DISZPERZIÓS Kémiai kötések Na Ionos kötés Kovalens kötés Fémes
RészletesebbenA rácsmodell. Szabadenergia felületek.
1. A spinüveg modell 2. A rácsmodellek típusai 3. A rácsmodellek elõnyei és hátrányai 4. A rácsmodellek elemzése 5. Egyszerû rácsmodellek 6. Rácsmodellek natív állapotai 7. Oldalláncok 8. Rácsmodellek
RészletesebbenKinetika. Általános Kémia, kinetika Dia: 1 /53
Kinetika 15-1 A reakciók sebessége 15-2 Reakciósebesség mérése 15-3 A koncentráció hatása: a sebességtörvény 15-4 Nulladrendű reakció 15-5 Elsőrendű reakció 15-6 Másodrendű reakció 15-7 A reakció kinetika
RészletesebbenA kémiai kötés eredete; viriál tétel 1
A kémiai kötés ereete; viriál tétel 1 Probléma felvetés Ha egy molekula atommagjai közötti távolság csökken, akkor a közöttük fellép elektrosztatikus taszításhoz tartozó energia n. Ugyanez igaz az elektronokra
RészletesebbenAZ ELEKTRON MÁGNESES MOMENTUMA. H mágneses erœtérben az m mágneses dipólmomentummal jellemzett testre M = m H forgatónyomaték hat.
AZ ELEKTRON MÁGNESES MOMENTUMA Mágneses dipólmomentum: m H mágneses erœtérben az m mágneses dipólmomentummal jellemzett testre M = m H forgatónyomaték hat. M = m H sinϕ (Elektromos töltés, q: monopólus
RészletesebbenHOMOGÉN EGYENSÚLYI ELEKTROKÉMIA: ELEKTROLITOK TERMODINAMIKÁJA
HOMOGÉN EGYENSÚLYI ELEKTROKÉMIA: ELEKTROLITOK TERMODINAMIKÁJA I. Az elektrokémia áttekintése. II. Elektrolitok termodinamikája. A. Elektrolitok jellemzése B. Ionok termodinamikai képződési függvényei C.
RészletesebbenMedInProt Szinergia IV. program. Szerkezetvizsgáló módszer a rendezetlen fehérjék szerkezetének és kölcsönhatásainak jellemzésére
MedInProt Szinergia IV. program Szerkezetvizsgáló módszer a rendezetlen fehérjék szerkezetének és kölcsönhatásainak jellemzésére Tantos Ágnes MTA TTK Enzimológiai Intézet, Rendezetlen fehérje kutatócsoport
RészletesebbenA SZILÁRDTEST FOGALMA. Szilárdtest: makroszkópikus, szilárd, rendezett anyagdarab. molekula klaszter szilárdtest > σ λ : rel.
A SZILÁRDTEST FOGALMA Szilárdtest: makroszkópikus, szilárd, rendezett anyagdarab. a) Méret: b) Szilárdság: molekula klaszter szilárdtest > ~ 100 Å ideálisan rugalmas test: λ = 1 E σ λ : rel. megnyúlás
RészletesebbenHajdú Angéla
2012.02.22 Varga Zsófia zsofiavarga81@gmail.com Hajdú Angéla angela.hajdu@net.sote.hu 2012.02.22 Mai kérdés: Azt tapasztaljuk, hogy egy bizonyos fajta molekulának elkészített oldata áteső napfényben színes.
RészletesebbenALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.
ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával www.chem.elte.hu/pr Kvíz az előző előadáshoz Programajánlatok október 18. 16:00 ELTE Kémiai Intézet 065-ös terem Észbontogató (www.chem.elte.hu/pr)
RészletesebbenSpeciális fluoreszcencia spektroszkópiai módszerek
Speciális fluoreszcencia spektroszkópiai módszerek Fluoreszcencia kioltás Fluoreszcencia Rezonancia Energia Transzfer (FRET), Lumineszcencia A molekuláknak azt a fényemisszióját, melyet a valamilyen módon
RészletesebbenFEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN. Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium. Alkímia Ma, Budapest,
FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium Alkímia Ma, Budapest, 2013.02.28. I. FEHÉRJÉK: L-α aminosavakból felépülő lineáris polimerek α H 2 N CH COOH amino
RészletesebbenFehérjeszerkezet, és tekeredés
Fehérjeszerkezet, és tekeredés Futó Kinga 2013.10.08. Polimerek Polimer: hasonló alegységekből (monomer) felépülő makromolekulák Alegységek száma: tipikusan 10 2-10 4 Titin: 3,435*10 4 aminosav C 132983
RészletesebbenÚJ CSALÁDTAG A KLÍMAMODELLEZÉSBEN: a felszíni modellek, mint a városi éghajlati hatásvizsgálatok eszközei
ÚJ CSALÁDTAG A KLÍMAMODELLEZÉSBEN: a felszíni modellek, mint a városi éghajlati hatásvizsgálatok eszközei Zsebeházi Gabriella és Szépszó Gabriella 43. Meteorológiai Tudományos Napok 2017. 11. 23. Tartalom
RészletesebbenOrvosi Biofizika I. 12. vizsgatétel. IsmétlésI. -Fény
Orvosi iofizika I. Fénysugárzásanyaggalvalókölcsönhatásai. Fényszóródás, fényabszorpció. Az abszorpciós spektrometria alapelvei. (Segítséga 12. tételmegértéséhezésmegtanulásához, továbbá a Fényabszorpció
RészletesebbenA kovalens kötés polaritása
Általános és szervetlen kémia 4. hét Kovalens kötés A kovalens kötés kialakulásakor szabad atomokból molekulák jönnek létre. A molekulák létrejötte mindig energia csökkenéssel jár. A kovalens kötés polaritása
RészletesebbenKolloidkémia 1. előadás Első- és másodrendű kémiai kötések és szerepük a kolloid rendszerek kialakulásában. Szőri Milán: Kolloidkémia
Kolloidkémia 1. előadás Első- és másodrendű kémiai kötések és szerepük a kolloid rendszerek kialakulásában 1 Órarend 2 Kurzussal kapcsolatos emlékeztető Kurzus: Az előadás látogatása ajánlott Gyakorlat
RészletesebbenBiológiai makromolekulák szerkezete
Biológiai makromolekulák szerkezete Biomolekuláris nemkovalens kölcsönhatások Elektrosztatikus kölcsönhatások (sóhidak: 4-6 kcal/m, dipól-dipól: ~10-1 kcal/m Diszperziós erők (~10-2 kcal/m) Hidrogén hidak
Részletesebbeny ij = µ + α i + e ij
Elmélet STATISZTIKA 3. Előadás Variancia-analízis Lineáris modellek A magyarázat a függő változó teljes heterogenitásának két részre bontását jelenti. A teljes heterogenitás egyik része az, amelynek okai
Részletesebben17_reakciosebessegi_elmelet.pptx
H A reakciókinetika tárgyalásának szintjei: I. FORMÁLIS REAKCIÓKINETIKA makroszkópikus szint matematikai leírás II. REAKCIÓMECHANIZMUSOK TANA molekuláris értelmező szint (mechanizmusok) III. A REAKCIÓSEBESSÉG
RészletesebbenFelhő használata mindennapi alkalmazások futtatására. Németh Zsolt MTA SZTAKI
Felhő használata mindennapi alkalmazások futtatására Németh Zsolt MTA SZTAKI Legyőzni a maláriát 45 másodpercenként meghal egy gyerek maláriában Évente 216 millió ember fertőződik meg és 650000 meghal
RészletesebbenÁtmenetifém-komplexek mágneses momentuma
Átmenetifém-komplexek mágneses momentuma Csakspin-momentum μ g e S(S 1) μ B μ n(n 2) μ B A komplexek mágneses momentuma többnyire közel van ahhoz a csakspin-momentum értékhez, ami az adott elektronkonfigurációjú
RészletesebbenMátrixhatvány-vektor szorzatok hatékony számítása
Mátrixhatvány-vektor szorzatok hatékony számítása Izsák Ferenc ELTE TTK, Alkalmazott Analízis és Számításmatematikai Tanszék & ELTE-MTA NumNet Kutatócsoport munkatárs: Szekeres Béla János Alkalmazott Analízis
RészletesebbenKémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Slide 1 /39
Kémiai kötés 4-1 Lewis elmélet 4-2 Kovalens kötés: bevezetés 4-3 Poláros kovalens kötés 4-4 Lewis szerkezetek 4-5 A molekulák alakja 4-6 Kötésrend, kötéstávolság 4-7 Kötésenergiák Általános Kémia, szerkezet
RészletesebbenÖnszerveződő szupramolekuláris arany komplexek
Önszerveződő szupramolekuláris arany komplexek Deák Andrea Szerves Kémiai Intézet Lendület Szupramolekuláris Kémiai Laboratórium Kémiai Nobel-díj 1987. Donald C. Cram (1919-2001) Jean-Marie Lehn (1939)
RészletesebbenBioinformatika előad
7.. előad adás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 03. Térszerkezet előrejelz rejelzés s főf módszerei Homológia modellezés
RészletesebbenA periódusos rendszer, periodikus tulajdonságok
A periódusos rendszer, periodikus tulajdonságok Szalai István ELTE Kémiai Intézet 1/45 Az előadás vázlata ˆ Ismétlés ˆ Történeti áttekintés ˆ Mengyelejev periódusos rendszere ˆ Atomsugár, ionsugár ˆ Ionizációs
RészletesebbenMakroszkópos tulajdonságok, jelenségek, közvetlenül mérhető mennyiségek leírásával foglalkozik (például: P, V, T, összetétel).
Mire kell? A mindennapi gyakorlatban előforduló jelenségek (például fázisátalakulások, olvadás, dermedés, párolgás) értelmezéséhez, kvantitatív leírásához. Szerkezeti anyagok tulajdonságainak változása
RészletesebbenRöntgensugárzás az orvostudományban. Röntgen kép és Komputer tomográf (CT)
Röntgensugárzás az orvostudományban Röntgen kép és Komputer tomográf (CT) Orbán József, Biofizikai Intézet, 2008 Hand mit Ringen: print of Wilhelm Röntgen's first "medical" x-ray, of his wife's hand, taken
RészletesebbenAz élő sejt fizikai Biológiája:
Az élő sejt fizikai Biológiája: Modellépítés, biológiai rendszerek skálázódása Kellermayer Miklós Fizikai biológia Ma már nem csak kvalitatív megfigyeléseket, hanem kvantitatív méréseket végzünk (biológiai
RészletesebbenTermodinamikai rendszerek. Kalorimetria. Extenzív és Intenzív mennyiségek. Hőkapacitás, fajhő Mennyi a felvett hő?
Termodinamikai rendszerek Kalorimetria Biofizika szeminárium 2014. 04.03. Nyitott Anyag és energiaáramlás Zárt Csak energia áramlás Izolált Se anyag se energia áramlás Hőmérséklet: az anyagot felépítő
RészletesebbenPeptidek és fehérjék 1. Fehérjék Fehérjetekeredés. Fehérje (protein) Fehérje (protein) Aminosavak. Aminosavak
Fehérjék Fehérjetekeredés Peptidek és fehérjék 1 peptid: rövid, peptid kötéssel összekapcsolt aminosavakból álló polimer (< ~50 aminosav) fehérje: hosszú, peptid kötéssel összekapcsolt aminosavakból álló
RészletesebbenA fehérjék szerkezete és az azt meghatározó kölcsönhatások
A fehérjék szerkezete és az azt meghatározó kölcsönhatások 1. A fehérjék szerepe az élõlényekben 2. A fehérjék szerkezetének szintjei 3. A fehérjék konformációs stabilitásáért felelõs kölcsönhatások 4.
RészletesebbenAnyagtudomány. Ötvözetek egyensúlyi diagramjai (állapotábrák)
Anyagtudomány Ötvözetek egyensúlyi diagramjai (állapotábrák) Kétkomponensű fémtani rendszerek fázisai és szövetelemei Folyékony, olvadék fázis Színfém (A, B) Szilárd oldat (α, β) (szubsztitúciós, interstíciós)
Részletesebbeny ij = µ + α i + e ij STATISZTIKA Sir Ronald Aylmer Fisher Példa Elmélet A variancia-analízis alkalmazásának feltételei Lineáris modell
Példa STATISZTIKA Egy gazdálkodó k kukorica hibrid termesztése között választhat. Jelöljük a fajtákat A, B, C, D-vel. Döntsük el, hogy a hibridek termesztése esetén azonos terméseredményre számíthatunk-e.
RészletesebbenKészítette: NÁDOR JUDIT. Témavezető: Dr. HOMONNAY ZOLTÁN. ELTE TTK, Analitikai Kémia Tanszék 2010
Készítette: NÁDOR JUDIT Témavezető: Dr. HOMONNAY ZOLTÁN ELTE TTK, Analitikai Kémia Tanszék 2010 Bevezetés, célkitűzés Mössbauer-spektroszkópia Kísérleti előzmények Mérések és eredmények Összefoglalás EDTA
RészletesebbenEnzimreakciók Aktiválási energia számítások Bevezetés a kinetikába. OH - + CH 3 Cl HO...CH HOCH 3 + Cl -
Bevezetés ketkáb Bevezetés ketkáb A B j k j,l C l D,j,l, kvtuállpotok őérséklettől függő sebesség álldó [ A] d[ B] d T dt dt )[ A][ B] [A], [B] A és B kocetrácój [ A ] f A ( T )[ A] f A eloszlásfüggvéy
RészletesebbenSzalai István. ELTE Kémiai Intézet 1/74
Elsőrendű kötések Szalai István ELTE Kémiai Intézet 1/74 Az előadás vázlata ˆ Ismétlés ˆ Ionos vegyületek képződése ˆ Ionok típusai ˆ Kovalens kötés ˆ Fémes kötés ˆ VSEPR elmélet ˆ VB elmélet 2/74 Periodikus
RészletesebbenAnyagok az energetikában
Anyagok az energetikában BMEGEMTBEA1, 6 krp (3+0+2) Környezeti tényezők hatása, időfüggő mechanikai tulajdonságok Dr. Tamás-Bényei Péter 2018. szeptember 19. Ütemterv 2 / 20 Dátum 2018.09.05 2018.09.19
RészletesebbenKémiai reakciók sebessége
Kémiai reakciók sebessége reakciósebesség (v) = koncentrációváltozás változáshoz szükséges idő A változás nem egyenletes!!!!!!!!!!!!!!!!!! v= ± dc dt a A + b B cc + dd. Melyik reagens koncentrációváltozását
RészletesebbenKutatási eredményeim a 2014 február 1- augusztus 31. a Varga József Alapítvány Pungor Ernő doktorjelölti ösztöndíjas időszak során
Kutatási eredményeim a 2014 február 1- augusztus 31. a Varga József Alapítvány Pungor Ernő doktorjelölti ösztöndíjas időszak során 1. projekt Kvaterner ammónium ligandot használó enzimek ligand kötőhelyének
RészletesebbenA borok tisztulása (kolloid tulajdonságok)
A borok tisztulása (kolloid tulajdonságok) Tisztasági problémák a borban Áttetszőség fogyasztói elvárás, különösen a fehérborok esetében Zavarosságok: 1. bor felületén (pl. hártya); 2. borban szétszórtan
RészletesebbenKolloidkémia 5. előadás Határfelületi jelenségek II. Folyadék-folyadék, szilárd-folyadék határfelületek. Szőri Milán: Kolloidkémia
Kolloidkémia 5. előadás Határfelületi jelenségek II. Folyadék-folyadék, szilárd-folyadék határfelületek 1 Határfelületi rétegek 2 Pavel Jungwirth, Nature, 2011, 474, 168 169. / határfelületi jelenségek
RészletesebbenGyógyszer-élelmiszer kölcsönhatások
Gyógyszer-élelmiszer kölcsönhatások Dietetikus MSc. képzés Dr. Horváth Péter Semmelweis Egyetem Gyógyszerészi Kémiai Intézet TEMATIKA Bevezetés Alapfogalmak Gyógyszerhatás kialakulása Gyógyszerek tulajdonságait
RészletesebbenMi mindenről tanúskodik a Me-OH néhány NMR spektruma
Mi mindenről tanúskodik a Me-OH néhány NMR spektruma lcélok és fogalmak: l- az NMR-rezonancia frekvencia (jel), a kémiai környezete, a kémiai eltolódás, l- az 1 H-NMR spektrum, l- az -OH és a -CH 3 csoportokban
RészletesebbenRadioaktív sugárzások tulajdonságai és kölcsönhatásuk az elnyelő közeggel. A radioaktív sugárzások detektálása.
Különböző sugárzások tulajdonságai Típus töltés Energia hordozó E spektrum Radioaktí sugárzások tulajdonságai és kölcsönhatásuk az elnyelő közeggel. A radioaktí sugárzások detektálása. α-sugárzás pozití
RészletesebbenAz elektronpályák feltöltődési sorrendje
3. előadás 12-09-17 2 12-09-17 Az elektronpályák feltöltődési sorrendje 3 Az elemek rendszerezése, a periódusos rendszer Elsőként Dimitrij Ivanovics Mengyelejev és Lothar Meyer vette észre az elemek halmazában
RészletesebbenKémiai kötések. Kémiai kötések kj / mol 0,8 40 kj / mol
Kémiai kötések A természetben az anyagokat felépítő atomok nem önmagukban, hanem gyakran egymáshoz kapcsolódva léteznek. Ezeket a kötéseket összefoglaló néven kémiai kötéseknek nevezzük. Kémiai kötések
RészletesebbenKörnyezeti kémia: A termodinamika főtételei, a kémiai egyensúly
Környezeti kémia: A termodinamika főtételei, a kémiai egyensúly Bányai István DE TTK Kolloid- és Környezetkémiai Tanszék 2013.01.11. Környezeti fizikai kémia 1 A fizikai-kémia és környezeti kémia I. A
RészletesebbenAz energia. Energia : munkavégző képesség (vagy hőközlő képesség)
Az energia Energia : munkavégző képesség (vagy hőközlő képesség) Megjelenési formái: Munka: irányított energiaközlés (W=Fs) Sugárzás (fényrészecskék energiája) Termikus energia: atomok, molekulák véletlenszerű
RészletesebbenDokkolás: mit, hogyan, mivel?
Dokkolás: mit, hogyan, mivel? Grolmusz Vince egy. tan. ELTE Matematikai Intézet & Uratim Kft. Iván Gábor és Szabadka Zoltán Áttekintés 1. (Bevezetés) 2. A receptorfehérje és a ligand modellezése 3. A kötési
RészletesebbenEjtési teszt modellezése a tervezés fázisában
Antal Dániel, doktorandusz, Miskolci Egyetem Robert Bosch Mechatronikai Tanszék Szabó Tamás, egyetemi docens, Ph.D., Miskolci Egyetem Robert Bosch Mechatronikai Tanszék Szilágyi Attila, egyetemi adjunktus,
RészletesebbenIdegen atomok hatása a grafén vezet képességére
hatása a grafén vezet képességére Eötvös Loránd Tudományegyetem, Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék Mahe Tisk'11 Vázlat 1 Kisérleti eredmények Kémiai szennyez k hatása a Fermi-energiára A vezet képesség
Részletesebben1) CO 2 hidrolízise a) semleges és b) bázikus körülmények között.
A 20072011 években az OTKA támogatásával a következő témák indultak el: (A jelen felsorolás eltér attól a csoportosítástól, amit a pályázat megírásakor alkalmaztam, mivel a témák jobban áttekinthetők így.
RészletesebbenAlapvető bimolekuláris kémiai reakciók dinamikája
Alapvető bimolekuláris kémiai reakciók dinamikája Czakó Gábor Emory University (008 011) és ELTE (011. december ) Szedres, 01. október 13. A Polanyi szabályok Haladó mozgás (ütközési energia) vs. rezgő
RészletesebbenKözlemény. Biostatisztika és informatika alapjai. Alapsokaság és minta
Közlemény Biostatisztika és informatika alajai. előadás: Az orvostudományban előforduló nevezetes eloszlások 6. szetember 9. Veres Dániel Statisztika és Informatika tankönyv (Herényi Levente) már kaható
RészletesebbenAtomszerkezet. Atommag protonok, neutronok + elektronok. atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok
Atomszerkezet Atommag protonok, neutronok + elektronok izotópok atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok periódusos rendszer csoportjai Periódusos rendszer A kémiai kötés Kémiai
RészletesebbenFizikai biológia. Modellépítés kiinduló szempontjai. Mitől élő az élő? Az élő sejt fizikai Biológiája
Fizikai biológia Az élő sejt fizikai Biológiája Kellermayer Miklós Ma már nem csak kvalitatív megfigyeléseket, hanem kvantitatív méréseket végzünk (biológiai adatok kvantitatív adatok). Kvantitatív adatokból
RészletesebbenA glükóz reszintézise.
A glükóz reszintézise. A glükóz reszintézise. A reszintézis nem egyszerű megfordítása a glikolízisnek. A glikolízis 3 irrevezibilis lépése más úton játszódik le. Ennek oka egyrészt energetikai, másrészt
RészletesebbenKatalízis. Tungler Antal Emeritus professzor 2017
Katalízis Tungler Antal Emeritus professzor 2017 Fontosabb időpontok: sósav oxidáció, Deacon process 1860 kéndioxid oxidáció 1875 ammónia oxidáció 1902 ammónia szintézis 1905-1912 metanol szintézis 1923
RészletesebbenMakromolekulák. Fehérjetekeredé. rjetekeredés. Biopolimer. Polimerek
Biopolimerek Makromolekulá Makromolekulák. Fehé Fehérjetekeredé rjetekeredés. Osztódó sejt magorsófonala 2011. November 16. Huber Tamá Tamás Dohány levél epidermális sejtjének aktin hálózata Bakteriofágból
RészletesebbenIBNR számítási módszerek áttekintése
1/13 IBNR számítási módszerek áttekintése Prokaj Vilmos email: Prokaj.Vilmos@pszaf.hu 1. Kifutási háromszög Év 1 2 3 4 5 2/13 1 X 1,1 X 1,2 X 1,3 X 1,4 X 1,5 2 X 2,1 X 2,2 X 2,3 X 2,4 X 2,5 3 X 3,1 X 3,2
RészletesebbenMEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak
Modul cím: MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak Egy átlagos emberben 10-12 kg fehérje van, mely elsősorban a vázizomban található.
RészletesebbenKémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Slide 1 /39
Kémiai kötés 12-1 Lewis elmélet 12-2 Kovalens kötés: bevezetés 12-3 Poláros kovalens kötés 12-4 Lewis szerkezetek 12-5 A molekulák alakja 12-6 Kötésrend, kötéstávolság 12-7 Kötésenergiák Általános Kémia,
RészletesebbenElektronegativitás. Elektronegativitás
Általános és szervetlen kémia 3. hét Elektronaffinitás Az az energiaváltozás, ami akkor következik be, ha 1 mól gáz halmazállapotú atomból 1 mól egyszeresen negatív töltésű anion keletkezik. Mértékegysége:
RészletesebbenA kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás
A kémiai kötés Kémiai kölcsönhatás ELSŐDLEGES MÁSODLAGOS KOVALENS IONOS FÉMES HIDROGÉN- KÖTÉS DIPÓL- DIPÓL, ION- DIPÓL, VAN DER WAALS v. DISZPERZIÓS Ionos kötés Na Cl Ionpár képződése e - Na + Cl - Na:
RészletesebbenNA61/SHINE: Az erősen kölcsönható anyag fázisdiagramja
NA61/SHINE: Az erősen kölcsönható anyag fázisdiagramja László András Wigner Fizikai Kutatóintézet, Részecske- és Magfizikai Intézet 1 Kivonat Az erősen kölcsönható anyag és fázisai Megfigyelések a fázisszerkezettel
RészletesebbenEnzimek. Enzimek! IUBMB: szisztematikus nevek. Enzimek jellemzése! acetilkolin-észteráz! legalább 10 nagyságrend gyorsulás. szubsztrát-specificitás
Enzimek acetilkolin-észteráz! Enzimek! [s -1 ] enzim víz carbonic anhydrase 6x10 5 10-9 karbonikus anhidráz acetylcholine esterase 2x10 4 8x10-10 acetilkolin észteráz staphylococcal nuclease 10 2 2x10-14
RészletesebbenKÖLCSÖNHATÁS ÉS DINAMIKA. az NMR spektroszkópia, mint a modern szem. Bodor Andrea
KÖLCSÖNHATÁS ÉS DINAMIKA az NMR spektroszkópia, mint a modern szem Bodor Andrea ELTE Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium A Magyar Tudomány Ünnepe, 2012.11.08. Edvard Munch: A Nap (1911-1916) AZ
RészletesebbenKémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39
Kémiai kötés 4-1 Lewis elmélet 4-2 Kovalens kötés: bevezetés 4-3 Poláros kovalens kötés 4-4 Lewis szerkezetek 4-5 A molekulák alakja 4-6 Kötésrend, kötéstávolság 4-7 Kötésenergiák Általános Kémia, szerkezet
RészletesebbenIdeális gáz és reális gázok
Ideális gáz és reális gázok Fizikai kémia előadások 1. Turányi Tamás ELTE Kémiai Intézet Állaotjelzők állaotjelző: egy fizikai rendszer makroszkoikus állaotát meghatározó mennyiség egykomonensű gázok állaotjelzői:
RészletesebbenOTKA nyilvántartási szám: F Töltéssel rendelkező oldalláncok szerepe retrovirális proteinázok szubsztrát-specificitásában Az elmúlt évtizedek
Az elmúlt évtizedek intenzív kutatásai ellenére is ma még komoly kihívást jelent az emberiség számára az évről évre egyre több áldozatot szedő betegség a szerzett immunhiányos szindróma (AIDS), amit a
RészletesebbenDiffúzió. Diffúzió sebessége: gáz > folyadék > szilárd (kötőerő)
Diffúzió Diffúzió - traszportfolyamat (fonon, elektron, atom, ion, hőmennyiség...) Elektromos vezetés (Ohm) töltés áram elektr. potenciál grad. Hővezetés (Fourier) energia áram hőmérséklet különbség Kémiai
RészletesebbenJegyzet. Kémia, BMEVEAAAMM1 Műszaki menedzser hallgatók számára Dr Csonka Gábor, egyetemi tanár Dr Madarász János, egyetemi docens.
Kémia, BMEVEAAAMM Műszaki menedzser hallgatók számára Dr Csonka Gábor, egyetemi tanár Dr Madarász János, egyetemi docens Jegyzet dr. Horváth Viola, KÉMIA I. http://oktatas.ch.bme.hu/oktatas/konyvek/anal/
RészletesebbenVíz. Az élő anyag szerkezeti egységei. A vízmolekula szerkezete. Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges
Az élő anyag szerkezeti egységei víz nukleinsavak fehérjék membránok Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges A Föld felszínének 2/3-át borítja Előfordulása az emberi szövetek felépítésében
Részletesebben