Korszerű identifikálási módszerek a mikrobiológiai gyakorlatban



Hasonló dokumentumok
Hogyan segíti a MALDI-TOF MS az aerob baktériumok gyors species identifikálását. Kardos Gábor DEOEC Orvosi Mikrobiológiai Intézet

a NAT /2009 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

a NAT /2012 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Real time PCR módszerrel végzett patogén vizsgálatok tapasztalati

Nemzeti Akkreditáló Testület. RÉSZLETEZŐ OKIRAT a NAT /2015 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Budapesti Corvinus Egyetem Élelmiszertudományi Kar Mikrobiológiai és Biotechnológiai Tanszék

RÉSZLETEZŐ OKIRAT (1) a NAH /2018 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Nemzeti Akkreditáló Testület. MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (5) a NAT /2011 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

A mórahalmi székhelyű SeqOmics Biotechnológia Kft. Élelmiszerbiztonsági Laboratóriuma vállalja

MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZÕ OKIRAT(2)

SZAKKÉPZÉSI KERETTANTERV a(z) KLINIKAI LABORATÓRIUMI SZAKASSZISZTENS SZAKKÉPESÍTÉS-RÁÉPÜLÉSHEZ

Baktériumok tenyésztése

Nemzeti Akkreditáló Testület. RÉSZLETEZŐ OKIRAT a NAT /2015 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

a NAT /2009 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Patogén mikroorganizmusok vizsgálata molekuláris biológiai módszerekkel

Az élelmiszerek mikrobiális ökológiája. Mohácsiné dr. Farkas Csilla

SZENT ISTVÁN EGYETEM

Zöldségfeldolgozás-, hús-, tejipari mikrobiológia

Húsipari termékek minőségmegőrzési időtartamának. validálása az EU ajánlás tükrében

A baktériumok szaporodása

Rendszertan. Fajfogalom. Fajba sorolás. Nevezéktan. Az élőlények rendszere Nevezéktan és taxonómia A kórokozó mikroorganizmusok csoportjai

a NAT /2006 számú akkreditált státuszhoz

Nemzeti Akkreditáló Testület. MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (2) a NAT /2014 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

11. Szelektív toxicitás, kemoterápiás index és az antibakteriális kemoterápia alapelvei

Endofita baktériumok és enterális patogén baktériumok kolonizációja növényi szövetekben

a NAT /2006 számú akkreditált státuszhoz

a NAT /2007 számú akkreditált státuszhoz

Immunszupprimáltak, transzplantáltak és immunkompromittáltak infekciói. ORFI, 2016 Kádár János

A Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában

JAVÍTÁSI-ÉRTÉKELÉSI ÚTMUTATÓ. Orvosi laboratóriumi technikai asszisztens szakképesítés Mikrobiológiai vizsgálatok modul. 1.

Nemzeti Akkreditáló Testület. RÉSZLETEZŐ OKIRAT a NAT /2015 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Laboratóriumi vizsgálatok és szaktanácsadás

Nemzeti Akkreditáló Testület. MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (4) a NAT /2011 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

A BAKTÉRIUMOK AZONOSÍTÁSA: BIOKÉMIAI REAKCIÓK. Krizsán Gergely dr.

NEM STERIL TERMÉKEK MIKROBIOLÓGIAI VIZSGÁLATA: VIZSGÁLAT MEGHATÁROZOTT MIKROORGANIZMUSOKRA

RÉSZLETEZŐ OKIRAT (5) a NAH /2014 nyilvántartási számú (4) akkreditált státuszhoz

A Food Analytica Kft. fejlesztéseinek, eredményeinek bemutatása

Nemzeti Akkreditáló Hatóság. BŐVÍTETT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (1) a NAT /2014 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

RÉSZLETEZŐ OKIRAT (6) a NAH /2015 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz


Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján

ATP alapú és molekuláris technikák az élelmiszerbiztonság szolgálatában

a NAT /2007 számú akkreditálási ügyirathoz

AZ IBUPROFEN AEROB ÉS ANAEROB

Nemzeti Akkreditáló Testület. RÉSZLETEZŐ OKIRAT a NAT /2014 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

a NAT /2007 számú akkreditálási ügyirathoz

MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZÕ OKIRAT(2)

a NAT /2008 számú akkreditált státuszhoz

VÉDELEM. VÉDELEM JÓ KÖZÉRZET Szárítás Vízszigetelés Hôszigetelés Védelem Dekoráció VÉDELEM JÓ KÖZÉRZET JÓ KÖZÉRZET. Felületképzô rendszer

BD CHROMagar Orientation Medium

a NAT /2010 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

JAVÍTÁSI-ÉRTÉKELÉSI ÚTMUTATÓ. Endoszkópos szakasszisztens szakképesítés Endoszkópos beavatkozás lebonyolítása modul. 1.

a NAT /2008 számú akkreditált státuszhoz

A KLASSZIKUS* HÚGYÚTI INFEKCIÓK MIKROBIOLÓGIAI DIAGNOSZTIKÁJA

取扱微生物一覧表 rev.6 ATCC もしくはその他細胞バンク番号. Achromobacter xylosoxidans Acinetobacter baumannii

LABORATÓRIUMI VIZSGÁLATOK

JAVÍTÁSI-ÉRTÉKELÉSI ÚTMUTATÓ. Foglalkozásegészségügyi szakápoló szakképesítés Foglalkozásegészségügyi felmérés modul. 1.

A mikroorganizmusok pusztulása

10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai

取扱微生物一覧表 rev.5 ATCC もしくはその他細胞バンク番号. Achromobacter xylosoxidans Acinetobacter baumannii

Összehasonlító környezetmikrobiológiai. Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején

Dr. Erbszt András Szt. János Kh. Idegsebészeti Osztály NEVES BETEGBIZTONSÁGI FÓRUM

Nemzeti Akkreditáló Testület. RÉSZLETEZŐ OKIRAT a NAT /2013 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Ivóvizek mikrobiológiai jellemzői minőségirányítási elvárások

HÚSIPARI TERMÉKEK BIZTONSÁGOS ELTARTHATÓSÁGI IDEJÉNEK MEGHATÁROZÁSA FODOR ANDREA, ROHONCZY KATA, TABAJDINÉ DR. PINTÉR VERONIKA FOODMICRO KFT.

A baktériumok genetikája

Nemzeti Akkreditáló Testület. MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (3) a NAT /2012 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Táplálék intoleranciák laboratóriumi vizsgálata vérből és székletből

a NAT /2006 számú akkreditálási ügyirathoz

TERMÉKMINŐSÍTÉS ÉS TERMÉKHIGIÉNIA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A

a NAT /2012 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

1. A GYÓGYSZER NEVE 2. MINŐSÉGI ÉS MENNYISÉGI ÖSSZETÉTEL

Minimálisan hormon érzékeny korai emlı daganatos betegcsoport összehasonlító vizsgálata

A MALDI-TOF tömegspektrometria alkalmazási és fejlesztési lehetőségei a patogén mikroorganizmusok vizsgálatában

BMEVEMBA779 Biomérnöki számítás és tervezés 1

Az örökítőanyag. Az élőlények örökítőanyaga minden esetben nukleinsav (DNS,RNS) (1)Griffith, (2)Avery, MacLeod and McCarty (3)Hershey and Chase

Molekuláris diagnosztika

DUÁLIS KÉPZÉSI MÓDSZERTAN

Liofilchem Chromatic termékcsalád

Változások a minőség(biztosítás)irányítás területén

A MIKROORGANIZMUSOK A TERMÉSZETBEN

NAGY ÁTERESZTŐKÉPESSÉGŰ MOLEKULÁRIS BIOREMEDIÁCIÓS CENTRUM LÉTREHOZÁSA DR. KOVÁCS TAMÁS VEZÉRIGAZGATÓ-HELYETTES BUDAPEST,

E.coli vizsgálatának összehasonlító elemzése, különös tekintettel az EU mikrobiológiai kritériumaira

MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (1) a NAH /2015 nyilvántartási számú (1) akkreditált státuszhoz

JAVÍTÁSI-ÉRTÉKELÉSI ÚTMUTATÓ. Képi diagnosztikai és intervenciós asszisztens szakképesítés

Vasúti pálya függőleges elmozdulásának vizsgálata

Mi a bioinformatika? Bioinformatika: számítógépes módszerek kidolgozása és alkalmazása a biológiai információ kezelésére és elemzésére.

GYÓGYSZERKÉSZÍTMÉNYEK MIKROBIOLÓGIAI TISZTASÁGA

MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZÕ OKIRAT (1)

Nemzeti Akkreditáló Testület. SZŰKÍTETT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (2) a NAT /2012 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Táblagépes alkalmazások a gyógypedagógiai gyakorlatban súlyosan-halmozottan sérült gyermekek körében

DNS molekulák elválasztása agaróz gélelektroforézissel és kapilláris elektroforézissel

Ivóvíz mikrobiológiai körvizsgálatok értékelése. Bánfi Renáta, Schuler Eszter, dr. Vargha Márta

MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (3) a NAT /2013 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

MÓDOSÍTOTT RÉSZLETEZŐ OKIRAT (2) a NAH /2015 nyilvántartási számú (2) akkreditált státuszhoz

Nosocomialis infekciókat okozó baktériumok tipizálásának jelentősége a kórházi járványok felderítésében

Nemzeti Akkreditáló Testület. RÉSZLETEZŐ OKIRAT a NAT /2015 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

a NAT /2006 számú akkreditálási ügyirathoz

SZIGORLATI KÉRDÉSEK Általános és orális mikrobiológia III. éves fogorvostan-hallgatók

Átírás:

Korszerű identifikálási módszerek a mikrobiológiai gyakorlatban Mráz Balázs 1, Zoller Linda 1, Fodor Andrea 1, Szántó-Egész Réka 2, Tabajdiné Pintér Veronika 1 1 Wessling Hungary Kft. Mikrobiológiai Laboratórium FoodMicro 2 Biomi Kft.

Van-e benne...? Mennyi van benne? Salmonella Campylobacter Listeria monocytogenes Escherichia coli O157:H7 Enterobacteriaceae Escherichia coli Mezofil aerob mikroba Brochotrix thermosphacta Pseudompnas sp. Bacillus subtilis Tejsavbaktériumok Lactobacillus sp. Bifidobacterium sp. Élesztőgombák Hungalimentaria - 2011 2

Jelenlét kimutatás Szelektív/differenciáló tápközegek Műszeres vizsgálatok (PCR, VIDAS) Hungalimentaria - 2011 3

Hagyományos azonosítási módszerek, lépések Tiszta tenyészet készítése Mikroszkópos vizsgálat (sejtforma, mozgás) Gram-festés Biokémiai vizsgálatok Hungalimentaria - 2011 4

Kereskedelmi biokémiai tesztek Enterotube II (Enterobacteriaceae) ~80 baktérium Oxi/Ferm Tube II ~70 baktérium Oxidáz próba Pozitív Negatív Oxi/Ferm Tube II Anaerob glükóz hasznosítás Enterotube II Aerob glükóz hasznosítás Pozitív Negatív Pozitív Negatív Aeromonas spp., Plesiomonas shigelloides, Vibrio spp. Achromobacter spp., Alcaligenes spp., Bordetella bronchiseptica, Moraxella spp., Pasteurella spp. Enterobacteriaceae Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia Hungalimentaria - 2011 5

Kereskedelmi biokémiai tesztek BBL Crystal (GramPositive, E/NF, RG+, Anaerobe) ~450 mikroba API teszt ~600 mikroba Értékelés: pozitív/negatív,? Hungalimentaria - 2011 6

Genom szintű azonosítási módszerek, lépések Tiszta tenyészet készítése 24-72 óra (Gram-festés) DNS alapú technikák Szekvenálás ~5-9,5 óra Ribotipizálás ~8 óra Hungalimentaria - 2011 7

Szekvenálás I. A DNS-t alkotó bázisok sorrendjének meghatározása a 16S rdns 500-700bp hosszúságú szakaszán PCR (1.): 1200 1500 bp DNS fragment felsokszorozása Jelölő PCR (2.): ddntp beépítése Kapilláris gélelelektroforézissel történő szétválasztás Hungalimentaria - 2011 8

Szekvenálás II. Fluoreszcensz jel detektálása Összehasonlítás adatbázissal bázispár elhelyezkedés, hibák (N) helyzete/száma BLAST, RDP ingyenes MicroSeq library gyártói adatbázis ~2000 mikroba Hungalimentaria - 2011 9

Ribotipizálás I. Southern-blotting alapú molekuláris ujjlenyomat vizsgálata DNS emésztése restrikciós enzimekkel (EcoRI, PvuII) Fragmentek elválasztása gélelektroforézissel Fragmentek membránra vitele és rögzítése DNS jelölése Detektálás Adatbázisban szereplő mintázatokkal történő összehasonlítás ~1400 mikroba, ~7000 mintázat Akár törzs szintű meghatározás is lehetséges! Hungalimentaria - 2011 10

RiboPrinter Mintaelőkészítés ~30 perc/8 minta Teljesen automatizált folyamat Eredmény: 8 óra múlva Folyamatos üzemeltetés mellett egy munkanap alatt 32 minta futtatható. Hungalimentaria - 2011 11

Ribotipizálás elve I. Próba Törzs #1 Próba Törzs #2 Hungalimentaria - 2011 12

Növekvő fragment méret Mikrobiológiai Laboratórium - FoodMicro Ribotipizálás elve II. Törzs #1 Törzs #2 B D C B } D C Konzervatív fragmentek A E A E } Eltérés Azonos 16S szekvencia, eltérő RiboPrint TM mintázat Hungalimentaria - 2011 13

Adatbázis A folyamat végén a rendszer automatikusan létrehozza a RiboPrint TM mintázatot Konzervatív régió Az adatbázis folyamatosan frissül (ATTC, DSMZ, Riken) Felhasználás során automatikusan bővül+önállóan bővíthető Hungalimentaria - 2011 14

Másodlagos csoportosítás RiboCsoport Amennyiben a hasonlóság >90% Forrás Mikroba azonosítása Hungalimentaria - 2011 15

Másodlagos csoportosítás RiboCsoport Amennyiben a hasonlóság >90% Az adatbázisban nem szereplő mikrobák is besorolhatók. Forrás Mikroba azonosítása Hungalimentaria - 2011 16

Köszönöm megtisztelő figyelmüket!