VÍZMIKROBIOLÓGUSOK XI. ORSZÁGOS KONFERENCIÁJA - 2012 ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS LEHETŐSÉG, VAGY NEHÉZSÉG? MÁRIALIGETI KÁROLY EÖTVÖS LORÁND TUDOMÁNYEGYETEM, BUDAPEST
1953 JAMES D. WATSON, FRANCIS CRICK: MOLECULAR STRUCTURE OF NUCLEIC ACIDS: A STRUCTURE FOR DEOXYRIBOSE NUCLEIC ACID. NATURE 171, 737-738, 1953. THIS STRUCTURE HAS NOVEL FEATURES WHICH ARE OF CONSIDERABLE BIOLOGICAL INTEREST. Oswald T. Avery, Colin M. MacLeod, Maclyn McCarty 1944
1977 F. SANGER, S. NICKLEN, A. R. COULSON: DNA SEQUENCING WITH CHAIN-TERMINATING INHIBITORS. PNAS 74, 5463-5467, 1977. A M MAXAM, W GILBERT: A NEW METHOD FOR SEQUENCING DNA. PNAS 74, 560-564, 1977.
AZ ELSŐ GENERÁCIÓ 1986/87-1996/97 APPLIED BIOSYSTEMS / LIFE TECHNOLOGIES - PHARMACIA-AMERSHAM /GE HEALTHCARE LAP/ (384)KAPILLÁRIS GÉLELEKTROFORÉZIS, RADIOAKTÍV/FLUORESZCENS JELÖLÉS 900-1100 OLVASÁSI HOSSZ, 2,88 MBÁZIS/NAP
MÓDSZEREK I. MINTAVÉTEL DÚSÍTÁS TÁPTALAJOKON (HÚSKIVONAT-PEPTON TÁPKÖZEG; ENDO-AGAR; EOZIN-METILÉNKÉK TÁPTALAJ; SZITA-FÉLE E-67 TÁPTALAJ; R2A MEDIUM; RAVAN TÁPKÖZEG) IZOLÁLÁS TISZTA TENYÉSZET TÖRZS
MÓDSZEREK II. MINTA TELJES DNS IZOLÁLÁS PCR (16S RDNS) KLÓNOZÁS KLÓNOZÁS ÉS BÁZISSORREND ELEMZÉS RESTRIKCIÓS EMÉSZTÉS KLÓNKÖNYVTÁR 16 S RDNS BÁZISSORREND ALAPÚ IDENTIFIKÁCIÓ
MÓDSZEREK III. (WGA/SHOTGUN SEQUENCING, METAGÉN/METAGENOM ELEMZÉS) GENOMIKA
BACTERIA EREDMÉNYEK I. A TENYÉSZTETT FAJOK SZÁMA AZ EGYES TÖRZSEKBEN (DIVÍZIÓ): A LEGTÖBB TENYÉSZTETT 10 100 FAJ 1 10 FAJ 0 FAJ
EREDMÉNYEK II. PLANKTONIKUS BAKTÉRIUMOK CSAPVÍZBŐL ÉS A DUNA VIZÉBŐL
EREDMÉNYEK III. TKE/mL Minta Sejtszám/mL szabványos oligotróf tápközegen Megnevezés Szám 22 C 37 C R2A PYE M27 RAVAN Kmegyeri főtelep 2454 207 260 0 0 0,26 0,17 0,46 0,59 Újpalotai gh. 2459 273 123 0 0 1,18 0,80 1,00 1,02 Rákosszentmihályi gh. 2460 181 993 0 0 1,36 0,60 1,12 0,50 Ilonatelepi gh. 2461 251 673 0 0 1,20 0,92 1,16 0,78 Sziget II/13. kút 2462 188 467 0 0 31,25 31,25 0,00 3,00 Sziget II. kgh. 2463 81 177 0 0 33,75 31,25 3,00 14,00 Tahi I/18. kút 2464 7 676 0 0 116,25 47,50 10,00 16,00 Tahi I klórozó injektor 2465 125 837 0 0 95,00 88,75 16,50 116,00 Tahi Y Tótfalui ág 2466 189 989 0 0 32,50 22,50 0,00 2,00 Kisoroszi 1. kút 2469 82 270 0 0 5,00 16,00 0,00 14,00
EREDMÉNYEK III. KEVERT KÚTVÍZ Tahi I. klórozó injektorának (2465) baktériumközösségének összetétele három módszer alkalmazásával CSAPVÍZ HÁLÓZATI VÉGPONTON Rákosszentmihályi gépház (2460) baktériumközösségének összetétele három módszer alkalmazásával 100% 100% 90% 90% 80% 80% 70% 70% 60% 60% Vízi aktinobaktérium 50% 40% Sphingomonas sp. 50% 40% 30% 30% 20% 10% Gallionella sp. 20% 10% Methylocella palustris 0% klónozás T-RFLP tenyésztés 0% klónozás T-RFLP tenyésztés KLÓNOZÁS T-RFLP TENYÉSZTÉS KLÓNOZÁS T-RFLP TENYÉSZTÉS KÖZÖSSÉGÖSSZETÉTEL MEGHATÁROZÁSA KLÓNOZÁSSAL, T-RFLP-VEL, TENYÉSZTÉSSEL
A MÁSODIK GENERÁCIÓ (ALAPOK: 1985-90, FORGALMAZÁS: 2005-2007) ROCHE: PIROSZEKVENÁLÁS; (JUNIOR) 35MB/12 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 400 BÁZIS (99% PONTOSSÁG); 100 000 SHOTGUN
ILLUMINA: SEQUENCING BY SYNTHESIS ; (MISEQ) 120MB-1.5GB/16,5 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 2*100 BÁZIS; (85% >Q30 PONTOSSÁG)
LIFE TECHNOLOGIES: SZEKVENÁLÁS LIGÁLÁSSAL; (SOLID) 100GB/7 NAP, HOSSZ: ÁTLAG 2*50 BÁZIS; (99,9% PONTOSSÁG)
A HARMADIK GENERÁCIÓ (ALAPOK: 1985-, FORGALMAZÁS: 2010-) LIFE TECHNOLOGIES: SEQUENCING BY SYNTHESIS+SEMICONDUCTOR ; (ION TORRENT PGM) 10-100MB/27 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 2*200 BÁZIS (99% PONTOSSÁG)
ADATFELDOLGOZÁS I. ELSŐ GENERÁCIÓ NYERS EREDMÉNYEK ELLENŐRZÉSE ILLESZTÉS ÖSSZERAKÁS ADATBÁZISBAN HOMOLÓGIA KERESÉS ( BLASZTOLÁS ), ANNOTÁCIÓ EREDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE: TAXONÓMIA, FILOGENETIKA, GENOMLEÍRÁS
ADATFELDOLGOZÁS II. ÚJ GENERÁCIÓ METAGENOM CSŐVEZETÉK PIPELINE - ADATTÖMEG ILLESZTÉS ÖSSZERAKÁS: GENOM ADATBÁZISOK (~700) - GENOMMÉRET ANNOTÁCIÓ ( BLASZTOLÁS ) GENOM SZINTEN CLUSTER OF ORTOLOGOUS GENES EREDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE: ÖKOLÓGIA, GENOMLEÍRÁS ADATBÁZISOK ÉPÍTÉSE (VASON, FELHŐBEN )
EREDMÉNYEK GENOMIKA, METAGENOMIKA, CÉLZOTT METAGENOMIKA TRANSZKRIPTOMIKA, METATRANSZKRIPTOMIKA EPIGENOMIKA, METILOMIKA INTERAKTOMIKA REZISZTOMIKA, TOXOMIKA ADAPTÁCIÓS GENOMIKA KIS RNS VILÁG SNP, INDEL BIOINFORMATIKA
E. COLI O104; H4; STX VIBRIO CHOLERAE HAITI STAPHYLOCOCCUS AUREUS MRSA HPV GENOTIPIZÁLÁS BACTEROIDES FRAGILIS ENTEROTOXIGÉN (ALPHA-BUG THEORY)
HUMÁN GENOM PROJEKT, 1000 EMBERI GENOM PROJEKT HUMÁN MIKROBIOM PROJEKT (MÁSODIK EMBERI GENOM PROJEKT) SZEMÉLYI GENOMIKA, REAL-TIME BETEGELLÁTÁS PUBLIC HEALTH 2.0 BARCODING THE LIFE ALTERNATÍV ENERGIAHORDOZÓK LEHETŐSÉG - NEHÉZSÉG NYITOTT ARHITEKTÚRÁJÚ RENDSZER BRAVE NEW WORLD