Chip-technológia bioinformatikai szemmel I. SZE Bioinformatika

Átírás

1 Chip-technológia bioinformatikai szemmel I. SZE Bioinformatika MTA SZBK Funkc. Genomika Laboratórium Funkcionálsi Genomika Labor MTA SZBK

2 Kromoszómák genetikai állomány hordozói sejt DNS Gének információ hordozók mrns AAAAAA AAAAAA AAAAAA Fehérjék sejtfunkciók ellátása

3 Molekuláris kapcsolók és hálózatok: a rendszerbiológia elemei JELÁTALAKÍTÁS KAPCSOLÁS RNA JELTOVÁBBÍTÁS Kulcsszavak: kapcsolók

4 Molekuláris kapcsolók és hálózatok: a rendszerbiológia elemei Moduláris egység: együttes expresszió Transzkripció szintű szabályozás RNS szintű szabályozás Kulcsszavak: kapcsolók és modulok

5 Génhálózatok, skála-független tulajdonság, redundancia és érzékenység

6 Sejthálózatok és génhálózatok, kapcsolatok és jelek

7 Környezeti hatások, gyógyszerek, fertőzések Rendszerbiológia biológia lényege szövet, szerv szint G T P daganat képződés, gyulladás, különböző betegségek Minőségi és mennyiségi változások funkciók felderítése G T P sejtosztódás, differenciáció, sejthalál sejt szint

8 Environmental stimuli, treatments, infections Funkcionális genomika lényege monitor quantitative and qualitative alterations P P P P P P P T analysis of active genes AAAAA AAAAA AAAAA AAAAA T G G

9 Az 1990-es években egy forradalmian új technika, fejlődött ki a gén és fehérje funkciók analízisére. Csip-technológia A biocsipek nagyszámú (több ezer) cdns, oligonukleotid vagy fehérjemolekula részletet tartalmazó kémiailag aktivált tárgylemezek A biocsipek nagyszámú gén vagy fehérje együttes funkció analízisére alkalmasak DNA-chip Lab.BRC, Szeged

10 Mire alkalmasak a chipek? G Genom Mutációk, Egy nukleotid eltérések (SNP), deléció, inszerció, Genom amplifikációk DNS-chipek AAAAA AAAAA AAAAA AAAAA mrns T Transzkriptom Gén kifejeződés megváltozása, Splice variánsok azonosítása Fehérjék P mirns Kis szabályozó RNS-ek kifejeződése Proteom Kifejeződés, módosítások, kölcsönhatások DNA-chip Lab.BRC, Szeged Fehérje-chipek

11 Microarray Célmolekula Minta Microarray technológiák a funkcionális genomikában Fragmentek Szubcelluláris Sejtek Szervek Organizmusok Közösségek DNS, RNS Fehérjék Sejtek Szövetek Genomika Proteomika Citomika

12 A DNS-csip technológia komplementer nukleinsavláncok hibridizációján alapul

13 Dot-blot technika Radioaktív génspecifikus próba Különböző sejtekből preparált teljes RNS-ek szilárd hordozóra kötve Hibridizáció Teljes RNS jelölése A pozitív RNS minták jelölődnek Reverz dot-blot technika Génspecifikus minták rögzítése szilárd hordozóhoz Hibridizáció Pozitív génspecifikus minták jelölődnek DNS-chip technika DNA-chip Lab.BRC, Szeged ,000 Génspecifikus minta Hibridizálás

14 macroarray A csipek hordozó szerinti osztályozása nylon membránon néhány 100 génspecifikus minta (DNS darab) radioaktív jelölés kis minta sűrűség ( pont/cm 2 ) microarray üveglemezen több génspecifikus minta (DNS darab) fluoreszcens jelölés közepes mintasűrűség (5000 pont/cm 2 ) chip üveglemezen több génspecifikus minta (DNS darab) fluoreszcens jelölés nagy minta sűrűség (10.000pont/cm 2 )

15 Egy csipkísérlet általános lépései cdns klón és/vagy DNS szekvencia nyomtatás biológiai minta szövetből, sejtkultúrából Makroarray Mikroarray Chip RNS, DNS, fehérje néhány 100, vagy több 1.000, gén, fehérje Hibridizálás, fehérje-ellenanyag kölcsönhatás X jelölt minta adatfeldolgozás, bioinformatika, génműködésre vonatkozó információk értékelése

16 DNS-chipek/DNS-microarrayek készítése Laboratory of Functional Genomics.BRC, Szeged

17 Nyomtatótű a MicroArrayer robothoz 100 micron 180 micron spot 65 nl 1nL/spot DNA-chip Lab.BRC, Szeged

18 DNS-chipek minőségellenőrzése

19 DNA-chip Lab.BRC, Szeged Human-I Mouse-I Rat-I DNS-chip

20 CHIPKÉSZÍTÉS Oligonukleotid alapú chip készítése in situ szintézis Affymetrix DNA-chip Lab.BRC, Szeged

21 Maskless arrays (Nimblegen)

22 Alternative Technologies to Develop High Density Oligonucleotide Microarrays inkjet-printed microarrays (e.g. Agilent) maskless array synthesizer (e.g. Nimblegen)

23 DLP projectors *DLP technology was developed by Texas Instruments. *The technology uses tiny micro mirrors mounted on a computer chip. *The mirrors tilt slightly at speeds as fast as 7,000 times per second, to allow varying shades of light to be reflected. *Color is generated by a color wheel divided in to the 3 primary colors spinning at ultra high speeds. Pictures from Wikipedia

24 Probe length: range of 60- mers(50-75mer (ChIP-chip) 60mer (CGH) Probe Tm: kept constant by modifying the lenghts Probe density: 2.1 million probes/array (2*10 8 bp with a 100bp resolution) Always the current annotation used!

25 Génkifejeződés tanulmányozása cdns vagy oligonukleotid chip transzkriptom analízise aktív-inaktív gének detektálása bonyolult adat és statisztikai analízis aktív gének vizsgálata Jelölt cdns hibridizáció AAAAA AAAAA AAAAA AAAAA mosás mrns detektálás DNA-chip Lab.BRC, Szeged biológiai anyag Adat analízis: relatív aktivitás mérése a színessel jelölt gének aktívak a feketék nem

26 Jelölt próba készítése: két különböző minta együttes analízise beteg, gyógyszerrel kezelt, különböző környezeti hatásoknak kitett sejt vagy szövet kontroll minta (egészséges, kezeletlen) sejt vagy szövet RNS tisztítás Cy5 dctp jelölt cdns cdns írás RNS-ből (reverz transzkripció) Hibridizáció, mosás Szkennelés Cy3 dctp jelölt cdns DNA-chip Lab.BRC, Szeged

27 DNS-chipek alkalmazásai: (1) szövetspecifikus génexpresszió különbségek vizsgálata RNS cdns cdns-chip 4000 különböző Arabidopsis génmintát tartalmaz DNA-chip Lab.BRC, Szeged

28 Két színnel történő jelölési technika DNS-chip kísérletben kontrol beteg szövet/sejt extrakció RNS extrakció adatanalízis jelölt cdns szintézis hibridizálás adatfeldolgozás

29 cdns könyvtárak, klónok Pozitív klónok SZEKVENÁLÁSA Egyedi PCR amplifikátumok Gélelektroforézis, géldokumentáció Klón név, méret, -pozíció Expressziós KISÉRLETEK Képek, adatok Új klónok névjegyzéke DNA-chip Laboratory, BRC., Szeged Átrendezés 384-es lemezek

30 CARP Gene database & bioinformatics tools for microarray selection acgctcgactacgactactactgactacgact acgactcacgctcgacgactacgactagcat cagcatcgactccgcgcacatcagctactatt ctactgacgagctacgcgcagcagcggagc atctactactctgacgagctattcagctactcta NCBI: over uncurated sequences CarpBase: over expressed sequence tags (ESTs) Probe Design gene-specific oligonucleotide sequences homology search Blast sequence comparisons EST contig construction DNA-microarray construction cured ESTs, functional groups, gene families, annotation

31 Carp DNA-microarray format Analysis of 8 carps in 1 microarray experiment gene analysis each

32 Gene expression study of carps in response to different diets And stress conditions Hypoxia stress Selenium deficiency Confinement stress Sample collection (gill, blood, liver) RNA preservation transportation RNA preparation cdna conversion (banking for future studies) DNA-microarray HTS-QRT-PCR Laboratory of Functional Genomics.BRC, HAKI, Szarvas

33 Lézer szkenner Cy5 Képanalízis Lézer szkenner Cy3 beteg, gyógyszerrel kezelt, különböző környezeti hatásoknak kitett sejt vagy szövet Cy5 dctp jelölt cdns kontroll minta (egészséges, kezeletlen) sejt vagy szövet Cy3 dctp jelölt cdns

34 Gyógyszer-indukált génexpresszióváltozás vizsgálata Mycobacterium tuberculosis-ban cdns-chip technikával 1. cdns-chip készítése 2. RNS izolálás, és próbakészítés M. tuberculosis-ból 3,834 ORF (össz. becsült ORF 97%-a) PCR génspecifikus primerekkel, tisztítás és felvitel poli-l-lizinnel bevont mikroszkóplemezekre robot segítségével 4. Adatfeldolgozás Kezeletlen, kontroll baktériumok 3. Hibridizáció Isoniaziddal kezelt baktériumok RNS izoláció, jelölt cdns készítése Cy3-dUTP és Cy5-dUTP felhasználásával Reverz transzkripció reakcióban. EREDMÉNYEK: - Isoniazid több olyan gént indukált, melyek a gyógyszerhatás mechanizmusával kapcsolatos fehérjéket kódolnak: II-es típusú zsírsavszintetázt, trehalóz dimikolil transzferázt. - további indukált gének: valószínűleg a gyógyszer toxikus hatásával magyarázható általános hatás miatt - egy új efflux proteint kódoló gén indukcióját is megfigyelték PNAS (1999) 96, Az eredmények olyan információkat szolgáltathatnak, melyek gyógyszer hatásmechanizmusokat, új targeteket tárhatnak fel.

35 halolajjal etetett N-3 politelítetlen zsírsavakat tartalmazó diéta hatásának vizsgálata cdns-chip technológiával kontroll Génexpressziós változások RNS cdns szinaptikus plaszticitás citoszkeleton jelátviteli folyamatok energia metabolizmus membrán asszociáció ioncsatorna képzés transzkripciós faktorok Pozitív hatás a mentális funkciókra, Tanulás, memória patkány cdns-chip 3200 génspecifikus minta 6400 mintapont

36 in old rat hippocampus there are a few clones exhibiting changes one clone induced dramatically Puskás, L.G., Kitajka, K., et al. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, Laboratory of Functional Genomics.BRC, Szeged

37 DNS-chipek képelemzése

38 log 2 (ratio) Ábrázolási módszerek 2. log2 arány B transthyretin Spot label

39 Adatfeldolgozás, statisztikai analízis R1=(CH1I-CH1Bk)/(CH2I-CH2Bk) R1M=IF(CHB1<0.55,"",IF(CHB2<0.55,"",IF(FLAG=1,"",R1))) R1MN=IF(R1M="","",R1M/NoF) R1MNA=IF(R1MN="","",IF(R1MNx="","",IF(RMN1Rep>=RMN1x, IF(RMN1Rep/RMN1x<2,(RMN1x+RMN1x)/2,""),IF(RMN1x/RMN1Rep<2, (RMN1Rep+RMN1x)/2,"")))) R1 R1M R1MN R1MNA MRATM MRATMNMRATMNA Plate code Clone name Accesion No MO7/2 W MO7/3 W MO7/5 Mouse s-adenosylmethionine synthetase W29782 mrna MO7/6 W MO7/7 W MO7/8 W MO7/11 W MO7/13 W MO7/14 EST W MO7/15 W MO7/16 W MO7/17 ESTs, Highly similar to GLYCOGEN PHOSPHORYL W MO7/18 W MO7/19 W MO7/20 W MO7/21 AA MO7/22 TALIN W MO7/23 Pale ear W MO7/24 W17959

40 log 2 ratio Génexpressziós arányok Corynebacterium glutamicum-ban aerob és anaerob körülmények között 7 5,6 4,2 2,8 1,4 0-1,4-2,8-4,2 Corrected (1000) Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase permease Starvation-inducible DNA-binding_protein transcriptional regulator Malate/lactate dehydrogenase Phosphoenolpyruvate carboxylase Methionine synthase_ii NADH dehydrogenase ribosomal protein L16, S19 sensory histidine kinase F0F1-type_ATP synthase Myo-inositol-1- -phosphate synthase ABC-type transporter Acetyl-CoA hydrolase Funkcionálsi Genomika Labor MTA SZBK

41 -4x -4x +4x -4x -4x -2x Funkcionálsi Genomika Labor MTA SZBK

42 Génexpressziós változások Ac915-tel kezelt KO-egér májkarcinómában Tumorigenesis: DEN, 15 naposan egyszeri 50 ul-es kezelés, 4 hónap normál táp Kezeletlen kontroll Kezeletlen Ac915 kezelés: Egészséges szövet izolálás Tumor izolálás Egészséges szövet izolálás

43 Funkcionális elemzés Ac-915 tumor / induced tumor DAVID bioinformatics WEB alapú rendszer Input: gén lista Funkcionális csoportok (GO terms, pathways, tissue expression pattern etc.) Géncsoportosítás azonos funkció szerint Szingnifikancia analízis, p-value

44 Overexpresszált gének. Ac-915 tumor / induced tumor Cyp2c54 Cyp2j9 Cyp2e1 Cyp2c55 Cyp2c37 Ptgs1 Cyp4a12b cytochrome p450 cytochrome p450, family 2, subfamily j, polypeptide 9 cytochrome p450, family 2, subfamily e, polypeptide 1 cytochrome p450, family 2, subfamily c, polypeptide 55 cytochrome p450, family 2. subfamily c, polypeptide 37 prostaglandin-endoperoxide synthase 1 cdna sequence bc060945

45 Represszált gének. Ac-915 tumor / induced tumor Term Count % PValue Genes Myh11, Arhgef11, Myo7a, Epb4.1l2, Dlg1, Arpc2, Tagln, Trpm7, GO: ~cytoskeleton organization Tubd1, Snap23, Rdx, Ndel1, Birc5, Actg2, Krt1, Ppp4c, Pfn2, Tbce, % 1.17E-05 and biogenesis Wasl, Lcp1, Tubb4, Cenpj, Vill, Tuba1a, Fmn1, Capn3, Dnaic1, Rhoq, GO: ~microtubule cytoskeleton % Cetn3, Dynlt3, Tubb4, Cenpj, Nek2, Akap9, Cenpf, Tubd1, Tuba1a, Cdc2a, Ndel1, Birc5, Brca1, Npm1, Dnaic1, Ppp4c, GO: ~cell cycle % Gadd45a, Rras, Dlg1, Ncapd2, Cdca3, Anxa1, Cdc2a, Birc5, Brca1, Psmd13, Npm1, Tgfa, Rbm7, Jun, Pcnp, Btg3, Cetn3, Tsc2, Mns1, 9.93E-04 Ccna2, Maff, Nek2, Cdkn2c, Cenpf, Ddit3 (DNA-damage inducible transcript 3), Txnip, Ccnb1, Ube2c, Pttg1, Btg3, Cetn3, Dlg1, Ccna2, Nek2, Ncapd2, Cenpf, Cdca3, Cdc2a, Birc5, GO: ~mitotic cell cycle % Ccnb1, Ube2c, Tgfa, Pttg1, Arhgef11, Cetn3, Birc5, Ccnb1, Ccna2, Nek2, Ube2c, Ncapd2, Cdca3 GO: ~cell division % (cell division cycle associated 3), Pttg1, Cdc2a, Arhgef11, Ing2, Tsc2, Wasl, Tubb4, Myo7a, Egfr, Epb4.1l2, Dlg1, GO: ~cell morphogenesis % Igfbp4, Ctnna1, Rdx, Ndel1, Alcam, Brms1l, Igfbp7, Rhoq, Cdc42se1, Tbce, Btg1, Pak2, Pla2g4a, Snapin, Myo7a, Egfr, Snap23, Tff3, Pdpk1, Rab7, Sec23ip,

46 Genomi átrendeződések és változások vizsgálata csiptechnikával

47 01 p p13-p21 01 p p p q21 01 q q q q24-q25 01 q31-q32 02 p13-p12 02 q13 02 q34-q35 03 p p q 03 q21.1-q p p p q27 07 p15.3-7p14 07 p p23 08 q21.2-q p p13 09 q q32-q p q23 12 p13 12 q 13 q q24-q31 16 q p13 17 p13 18 p11.1-q q p p q q q q q q q q13.1 Xp11.3-p11.23 Genomszintű változások, kromoszóma rendellenességek, amplifikációk, deléciók detektálása Paraffinba ágyazott minták normál daganat DNS PCR Metasztázisok, tumorok, multiplex tumorok jellemzése, igazolása 9 Génátrendeződési arányok Tüdő génarány agy génarány -16

48

49 Log 2 ratio Log 2 ratio CGH nagyfelbontású (385K) teljes genom array-vel Nő vs. férfi gdns Chromosomes 1-22, X, Y 1 and 2 copy gains Pajzsmirigy tumor

50 Szabályozóelemek, transzkripciós kötőhelyek azonosítása ChIP (kromatin immunprecipitációval) és DNS-chip hibridizációval DNS-fehérje kölcsönhatás igazolása DNS-chip hibridizálás

51 1. SNP 3 pozíció 2. SNP 2 pozíció Pontmutációk (SNP) detektálása Jelölt DNS Oligonukleotid alapú chipek egy nukleotid eltérés azonosítása hibridizáció CCATGG Vad típus CCCTGG Mutáns GCTACC Vad típus GTTACC Mutáns DNS mosás A G T C A G T C detektálás DNA-chip Lab.BRC, Szeged 1. SNP 2. SNP Adat analízis 1. SNP: 3. pozíció A-C 2. SNP: 2. pozíció C-T

52 Mutációk, SNP-k detektálása oligonukleotid chipekkel Vad típus, teljes komplementer Mutáns, nukleotid eltérés mosás Detektálás + - DNA-chip Lab.BRC, Szeged

53 Mutációk detektálásának specificitása CypTC CypTCb CypHH19 CypHH19b CypHH17 CypHH17b CypSSb CypSS CypTC CypTCb CypHH19 CypHH19b CypHH17 CypHH17b CypSS CypSSb Komplementer 1 mutáció 2 mutáció 3 mutáció DNA-chip Lab.BRC, Szeged

54

55 Nagysűrűségű oligonukleotid alapú DNS-chipek

56 Funkcionálsi Genomika Labor MTA SZBK

57

58 DNS-chip technika korlátai Oligonukleotid chipek, mutáció, SNP analízis: - minta felsokszorozása, multiplex PCR - kis mintaszámnál költségek - csak ismert szekvenciákra alkalmazható cdns-chipek, génexpresszió-vizsgálatok: - eredmények megbízhatósága kb % homológ szakaszok kereszthibridizációja, torz normalizáció, jelölési technikák hibája, szélsőségesen kis és nagy intenzitású adatok (háttér-telítődés) miatt. DNA-chip Laboratory, BRC, Szeged

59 Egyedi genomi eltérések detektálása? Újgenerációs szekvenálási stratégiák

60 Szekvenálás DNS-chip technológiával NNNNNNNNNN 4 N variáció 8nt: nt: Problémák - Kódvisszafejtés nem mindig egyértelmű - Ismétlődő szakaszok problematikája - Hibridizáció miatti hibák

61 Új generációs szekvenálási módszerek SOLID (Applera) Sequencing by oligonucleotide ligation detection adatpont/reakció Egyedi molekulák felsokszorozása gyöngyökön, emulziós PCR-ral LIGÁLÁS - HIBRIDIZÁLÁS CGTCGCGCACTGTGCAA GCAGCGCG GACACGTT

62 Átfogó fehérjekifejeződés és fehérjemódosítások vizsgálata fehérjecsip technikával

63 Protein microarrays on epoxide surfaces for direct labeling and analysis of total protein extracts on traditional epoxide glass surface resulted in high background, low specificity, low sensitivity Solution: use of secondary antibodies and strong blocking buffers HAS, BRC, Laboratory of Functional Genomics

64 Fehérje-chipek - eltérően kifejeződő vagy módosított fehérjék azonosítására Kezeletlen, kontroll Kezelt bár ígéretes technológia, mégsem annyira megalapozott, mint a DNS-csip módszer Antitestek, amelyek a jelátviteli és egyéb folyamatokban résztvevő fehérjéket ismeri fel Signal transduction Ca associated Cell stress Cell cycle/nuclear Cell cycle Cytoskeleton Neurobiology Apoptosis Egyes fehérjékre, fehérjecsaládokra összpontosít MTA SZBK, Funkcionális Genomika Laboratórium

65 Tüdőtumor fehérjecsipes vizsgálata cdk5 Caspase 7 chk1 HSP Adaptin cdc26 CyclinE Synaptotagmin Caspase11 Nicastrin MTA SZBK, Funkcionális Genomika Laboratórium

66 M Reproducibility and sensitivity of DNA and protein microarrays DNA microarray Protein microarray Laboratory of Functional Genomics.BRC, Szeged A

67 Specificitás és érzékenység meghatározása Caspase 9 100ng/ml 30ng/ml 3ng/ml High level buffer Low level

68 alacsonyabb kifejeződés Magas koleszterin tartalmú diéta hatása agyi fehérjekifejeződési mintázatra Cy5 Normál Cy3 magas koleszterin Cy3 átlag, normalizált értékek Cy5 HAS, BRC, Laboratory of Functional Genomics

69 Magas koleszterin tartalmú diéta hatása agyi fehérjekifejeződési mintázatra Phospolipase c gamma 1 PKC beta, gamma NAK synuclein

70 Confirmation DNA and protein microarray results DNA microarray Norm.Fluoro cyt C cyt F farnesyl F farnesyl C actin C, F synuclein F synuclein C clathrin F clathrin C Quantitative real-time PCR Protein microarray a-synuclein HAS, BRC, Laboratory of Functional Genomics Ponceau Western-blot

71 Flow of genetic information Secretion from cell Cytoplasm Cell nucleus transcription translation Degradation Internal stimuli Degradation Activity Modification Cell membrane Transcriptional stimuli DNA-chip Laboratory, BRC, Szeged

72 Genomikai kutatások eszközei DNS-chipek, microarrayek Új generációs szekvenátorok valós-idejű PCR SOLID/454

73 Nanokapilláris valós-idejű PCR reakciótér 48x64 almátrix

74 Adott projektre tervezett gének vizsgálata nanokapilláris QRT-PCR-vel 48 almátrix 64 esszé almátrixonként 48 minta QRT-PCR microarray lemezenként AVIDIN Kft

75 AViBioT program az adatok normalizálása belső kontrollok alapján

76 Kooperáció: MTA SZBK, Comgenex zrt., Targetex Kft. 480 vizsgált, citotoxikus anyag szűrése toxikológiai panelen A normalizált génexpressziós értekeket hierarchikus klaszterezési eljárásnak vetettük alá. A referencia-minták közös klaszterben mutatkoztak, amely hasonló hatásmechanizmusra utal 480 minta (52 gén/minta) 10 lemezen: 1 koncentrációban (EC10) 1 időpontban (24 h) máj sejteken Összesen QRT-PCR Vass L, et al. (2009) Toxicogenomics screening of small molecules using high-density, nanocapillary real-time PCR. Int J Mol Med.23:65-74.

77 mirns expresszió globális és közepes áteresztőképességű szűrése mirns QRT-PCR (Rotorgene) mir-9 mir-21 P1 P2 P1 P2 P1 P2 mirns microarray (Agilent) Patkány szív, Humán vastagbélrák Humán gliómák mir-23b Taqman mirns assay (Avidin) hsa-mir-31 y n n MIRNA-ID HUMAN MOUSE RAT DROSOPHILA CENORHABDITIS DANIO hsa-mir-32 y y y hsa-let-7a y y y n y n hsa-mir-34a y y y hsa-let-7b y y y n n n hsa-let-7c y y y n n n hsa-mir-92a y n n hsa-let-7d y y y n n n mmu-mir-93 y y y hsa-let-7e y y y n n n mmu-mir-96 y y y hsa-let-7f y y y n n n hsa-mir-98 y y y hsa-let-7g y y n n n n hsa-mir-100 y y y hsa-mir-1 y y n n n n hsa-mir-101 y y y hsa-mir-9 y y y y n n hsa-mir-103 y y y hsa-mir-10a y y y n n n hsa-mir-105 y n n hsa-mir-10b y y n n n n hsa-mir106a y n n hsa-mir-15a y y n n n n hsa-mir106b y y y hsa-mir-15b y y y n n n hsa-mir107 y y y hsa-mir-16 y y y n n n hsa-mir-122 y y y hsa-mir-17 y y y n n n hsa-mir-18a y y y n n n mmu-mir-124ay y y hsa-mir-19a y y y n n n hsa-mir-125b y y y hsa-mir-19b y y y n n n hsa-mir-126 y y y hsa-mir-20a y y y n n n hsa-mir-127 y y y hsa-mir-20b y y n n n n hsa-mir-128a y y y hsa-mir-21 y y y n n n hsa-mir-129 y y y hsa-mir-22 y y y n n n hsa-mir-130a y y y hsa-mir-23a y y y n n n hsa-mir-130b y y y hsa-mir-23b y y y n n n hsa-mir-132 y y y hsa-mir-24 y y y n n n hsa-mir-133a y y y hsa-mir-25 y y y n n n hsa-mir-133b y y y hsa-mir-26a y y y n n n hsa-mir-27a y y y n n n mmu-mir-134 y y y hsa-mir-27b y y y n n n hsa-mir-135a y y y hsa-mir-29a y y y n n n hsa-mir-136 y n y hsa-mir-29b y y y n n n mmu-mir-137 y y y hsa-mir-29c y y y n n n hsa-mir-138 y y y hsa-mir-30b y y y n n n hsa-mir-140-3py y y hsa-mir-30c y y y n n n hsa-mir-141 y y y hsa-mir-143 y y n

78 DNS-chipek diagnosztikai lehetőségei Új megoldások, tervek, ötletek I. (Új) alkalmazási területek Prenatális diagnosztika (multigénes betegségek azonosítása, kockázati tényezők, genetikai betegségek felfedése) Orvosi mikrobiológia (multidrog, antibiotikum rezisztencia kimutatása) Onkológia (kemoterápia kimenetelének jóslása, alosztályok meghatározása, tipizálás) Igazságügy (DNS-ujjlenyomat és embertípusok anozosítása) Alapkutatás (diagnosztikai jelentőséggel bíró, új genetikai markerek felfedezése) Pszichiátria (elmebetegségek, hajlamok, személyiségi jegyek megállapítása) Farmakogenetika (egyénre szabott gyógyszerek) Egy sejt monitorozása, új amplifikációs módszerek DNS-chip Labor, SZBK

79 Hagyományos és chip adatok egy adott klinikai kórképre Funkcionálsi Genomika Labor MTA SZBK