Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Méret: px
Mutatás kezdődik a ... oldaltól:

Download "Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK"

Átírás

1 Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK

2 Fehérjét kódol? Tulajdonságai? -Hol lokalizálódik? -Oldható? -3D szerkezete? -Accession #? -Annotációja elérhető? Már benne van az adatbázisokban? PCReztél,klónoztál egy gént, szekvencia a kezedben Egyéb információ? -Expresszió? -Mutációk? Vannak konzervált szakaszai? Illesztések? Domének? Funkciója? Vannak hasonló szekvenciák? -azonosság mértéke? % -Géncsalád/fehérjecsalád? Rokonsági kapcsolatok? -Törzsfa

3

4 NUKLEOTID SZEKVENCIA ADATBÁZISOK NCBI Genbank (USA) DDBJ (DNA DataBase of Japan) European nucleotide archive EBI TGI Gene Index Project Genom adatbázisok

5 FEHÉRJE ADATBÁZISOK - Swissprot manuálisan annotált, ellenőrzött - A Swissprotba még be nem került szekvenciák, fordítás alapján készült, szoftveresen annotált, nem ellenőrzött! - 3D szerkezetek alapján létrehozott szekvenciák PIR Protein Information Resource (UniProt konzorcium tagja)

6 SPECIALIZÁLT ADATBÁZISOK Faj, szövetspecifikus, szignál transzdukciós útvonal specifikus, stb ESTs Expressed Sequence Tag Gene Expression Omnibus (NCBI) Drosophila adatbázis TRANSFAC Transzkripciós faktor adatbázis Rfam RNS családok adatbázisa

7 Hogyan is kezdődött? Margaret Oakley Dayhoff : Az első fehérje adatbázis (1965) Az első program a szekvenciák illesztésére

8 Biológiai adatokat elérni, elemezni, tárolni, annotálni, vizuálisan elemezni Mi kellett ehhez? Jó számítógép Tároló kapacitás Megfelelő algoritmusok Valami megfelelő formátum Egymással összefüggő adatbázisok

9 Notepad, a barátunk TXT = fasta, genbank, xml, aln, nwk, cff

10 fasta formátum > Jellel kezdődik, mögötte bármilyen az adattal kapcsolatos információ jöhet, majd a szekvencia új sorban, általában nukelotidos sorokba betördelve Lehet nukleotid és lehet peptid szekvencia is! Tömör, lényegre törő Számos alkalmazás bemeneti adata Mi magunk is tudunk fasta fileokat gyártani

11 GenBank formátum Sok információt (ANNOTÁCIÓT) tartalmaz Nukleotid/Fehérje fastahoz képest kevésbé használják Előfordulhat, hogy pont az annotációra van szükségünk! Pl. referenciák, dns vagy mrns? milyen fajból? milyen szövetből?

12 Accession # A DNS vagy fehérje adat egyedi azonosítója Adott adatbázisra vonatkozik minden adatbázis más azonosító Lehetnek változatai Nem feltétlenül jelent unikális szekvencia információt pl.: ugyanazt a gént többen megtalálták, más-más azonosítóval jelölik Gén index (gi) egyedi azonosító és leginkább az NCBI használja, irodalomban szinte soha nem használjuk

13 Annotáció Minden amit arról a biológiai adatról tudnunk kell GenBank formátum Mi ez? Honnan származik #1? Publikáció? Honnan származik #2? faj molekula típusa fajta kromoszóma szövet fejlődési állapot mérete neve Szekvenciával kapcsolatos infók UniProt Q43659 Szekvencia

14 TrEMBL

15

16 Kereszt referenciák Milyen azonosítóval találjuk meg más adatbankokban? Ugyanaz a gén -sok fajtában -több kópiában Van róla szerkezet infó Melyik fehérje család? Milyen domének/funkció

17 Protein FAMilies Újabb és újabb infók (újabb fajokban, fajtákban azonos szekvencia, további publikációk, újabb információk (pl. promoter, szignál peptid)!

18 Hogyan kereshetünk a szekvencia adatbázisokban? Szabadszavas keresés gén neve (pl. Glu-A1x) fehérje család neve (pl. HMW glutenin) tovább szűkíthető pl. complete /partial seq pl. csak T. aestivumban Szekvencia alapján PCR szekvenálás- kromatogram-szekvencia

19 Szabadszavas keresés pl. NCBI Pl.: Grain softness protein Irodalom Egészségügyi vonatkozások Taxonómiai infók NUKLEOTID Expresszió Primerek

20 Szabadszavas keresés pl. NCBI Genom szintű információk Milyen genomokban? SNP variabilitás? gdna, cdna klóntárak? Gén szintű adatok Homológok? Expressziós profilok? FEHÉRJE ADATOK Konzerváltság? Domainek, funkció? Rokon fehérjék? Szerkezet? Milyen szabályozási útvonalakban vesz részt?

21 Nagyon sok találat lehet! Érdemes szűrni!

22 Keresés hasonlóság alapján Kell hozzá egy vagy több szekvencia (QUERY), amit egy másik szekvenciához, vagy egy adatbázis adataihoz hasonlítunk (SUBJECT) Kell hozzá egy megfelelő algoritmus (pl. BLAST, FASTA stb.) A keresés gyors és elég szenzitív kell legyen FASTA két szekvenciát hasonlít össze, hasonló nukleotid szekvenciák összehasonlítása esetében jobb, mint a BLAST BLAST jóval gyorsabb, általában véve hasonlóan érzékeny algoritmus - lokálisan illeszt - eredmény adott szempontok alapján értékelve (pl. score, e- value) - beállítható paraméterek (wordsize, gap cost, match scores, treshholds, stb) Wordsize - BLAST-nál protein wordsize min. 3 DNS min. 11

23 Variációk FASTA: FASTX: TFASTA: nukleotid/nukleotid vagy fehérje/fehérje Lefordított DNS-t fehérjéhez Fehérjét lefordított DNS-hez BLASTN: BLASTP: BLASTX: TBLASTN: TBLASTX: nukelotid / nukleotid adatbázis fehérje / fehérje adatbázis 6-frame fordított DNS / fehérje adatbázis fehérje / 6-frame fordított DNS adatbázis 6-frame fordított DNS / 6-frame fordított DNS adatbázis

24 Illesztés

25 Lokális vagy globális

26

27 Dilemma: DNS vagy fehérje adatbázisban keressünk? Attól függ!!! Mi a cél? (Pl. PCR primer tervezés, akkor DNS) Mi a biológiai kérdés? (pl. expresszált legyen? ) Melyikkel pontosabb? Melyikkel veszítünk kevesebb adatot? Hasonlóság alapján Melyiket??? Nukelotid szekvencia A, C, G, T nem kódoló Fehérje aminosav szint fehérje funkciója?

28 Dilemma: DNS vagy fehérje adatbázisban keressünk? Először fehérje szinten, utána nukleinsav szinten Mennyire átlátható, ha két nukleotid szekvenciát hasonlítunk össze? 3 x az aminosavak száma és csak A, C, T, G akár több ezer betű Mennyire pontos? Például egy 50%-os szekvencia azonosság sok vagy kevés? Jelenthet jó, de jelenthet rossz illesztést is! Ha lefordítjuk a nukelotid szekvenciát veszíthetünk információt? Degenerált kodontábla (egy aminosavat több kód is jellemezhet) Nagyon eltérő DNS szekvencia kódolhat hasonló fehérjét, hasonló DNS kódolhat nagyon eltérő funkciójú fehérjét

29 Konzerváltság fehérje szinten erősebb! DNS szinten jóval gyakoribb a mutáció, de ez nem feltétlen jelent változást fehérje szinten Domainek jelentősége Fehérjék funkciója, foglalkozása (Gene Ontology, GO terms)

30 Pár tipp a szekvencia adatbázisok használatához Használd a legfrissebb adatbázis verziókat. Elsőként BLASTolj! Utána jöhetnek a finomabb módszerek (FASTA, ) FASTA esetén mindkét szálon keress! Ha egy mód van rá fordítsd le nukleotidból aminosav sorenddé Mind a hat transzlációs keretet használd! E < 0.05 statisztikailag szignifikáns, általában biológiailag is értelmes eredmény. Ha a szekvenciád sok ismétlődő szakaszt tartalmaz készíts egy olyan szekvencia változatot, amiből ezeket törlöd és így ismételd meg a szekvencia keresést!

31 Hogy tudjuk elmenteni a találatokat? Fasta formátumban Igényeinknek megfelelően szűrt keresés után Akár több szekvnciát egyszerre Ne használj Word-öt a szekvenciák mentéséhez, szerkesztéséhez!!! A Word formáz, felesleges karaktereket szúr be!!! Nem tudod fasta formátumban menteni! Notepad stb. Táblázatos jellegű adatokat (pl. blast találati listáját) csv formátumban

32 Genomok genom projektek, genomböngészők Virális RNS genom bakteriofág MS2 (Fiers, 1976) Phi X174 Phage genom az első DNS genom (Sanger, 1977) Első baktérium genom- H. influenzae (1995) Első eukarióta genom S. cerevisiae (1995) Első növény Arabidopsis thaliana (2000) kétszikűek modell növénye Első egyszikű Oryza sativa (2002) Humán genom (2003) Jelentős technológiai fejlődés

33 Genomok mérete kódoló vs. nem kódoló Plant Genome Composition: Junk vs. Genes Arabidopsis Moss Rice Tomato Soy Canola Potato Human repetitive junk DNA (C. Guze 2005) Grass Corn Wheat valuable genespace

34 Miért kell nekünk ennyi (növényi) genomot szekvenálni? Új gének azonosítása Promoterek / génexpresszió szabályozása Génexpressziós vizsgálatok (qrt PCR, microarray, RNAseq) Metabolikus és szabályozási útvonalak mi, mikor, hol, miért, mit csinál? signalling Környezeti változások abiotikus (pl. fagy, hő, szárazság, só ) biotikus (kártevők ) Fejlődés biológiai ismeretek Nagyobb terméshozam, stabilitás Táplálkozástani vonatkozások Rokonsági kapcsolatok (pl. ha megvan a rizs szekvenciája, sokat elárul a búzáról is)

35 A hexaploid búza genomjának szekvenálása - A nagy kihívás International Wheat Genome Sequencing Consortium (www.wheatgenome.org) AA, BB, DD 3 pár genom Genomonként 7 kromoszóma Mérete 4 x humán genom Rengeteg a repetitív szakasz

36 Genom browserek

37 Genom browserek

38 Genom browser Rengeteg információ vizuális megjelenítés szükséges Vonalzó szerű kromoszóma ábrázolás, zoomolható Gének tulajdonságok a genomhoz illesztve

39 Genom browserek Kereshető Gén szerkezete irányultsága, 3 és 5 UTR, promoter, exon/intron) Hasonló szekvenciák kereshetőek Ortológok és paralógok Gén, transzkript, fehérje információk Expressziós adatok elérhetőek (EST szekvenciák ugyanúgy illesztve) pl. melyik szövetben termelődik?

40 Genom szinténiák Teljes genomok egymáshoz illeszthetőek Konzervált kromoszóma szakaszok, lókuszok stb Evolúciós elemzések

41 Hátradőlhetünk? Egy szekvenált genom = egy fajta genomját jelenti pl. búza Chinese Spring nevű fajta -ez egy nem termesztett fajta - minősége nem jó állatorvosi ló Amire kíváncsiak lennénk: a termesztett fajták hasznos tulajdonságokra nézve mekkora a változatosság? mi az ami meg is nyilvánul (fehérje expresszió) Megéri-e új és új fajtákat teljes egészében megszekvenálni? - NEM!!! csak amire kíváncsiak vagyunk NGS projectek, SNP analízis Humán genom 1000 genomes egyedi orvoslás

42 MTA Agrártudományi Kutatóközpont Mezőgazdasági Intézet Alkalmazott Genomikai Osztály

A tárgy címe: Bioinformatika

A tárgy címe: Bioinformatika A tárgy címe: Bioinformatika Kötelezően választható tárgy IV. és V. évfolyamos biológus hallgatók számára; heti 2+3 óra Előkövetelmény: Biokémia főkollégium; genetika főkollégium; alapszintű számítógépes

Részletesebben

Gyakorlati bioinformatika

Gyakorlati bioinformatika Gyakorlati bioinformatika Szekvenciaillesztés PhD kurzus 2. Szekvenciaillesztés Bagossi Péter Fajtái: - egyszer ill. többszörös illesztés - globális ill. lokális illesztés Alkalmazása: - adatbázisokban

Részletesebben

Human genome project

Human genome project Human genome project Pataki Bálint Ármin 2017.03.14. Pataki Bálint Ármin Human genome project 2017.03.14. 1 / 14 Agenda 1 Biológiai bevezető 2 A human genome project lefolyása 3 Alkalmazások, kitekintés

Részletesebben

BIOINFORMATIKA Ungvári Ildikó

BIOINFORMATIKA Ungvári Ildikó 1 BIOINFORMATIKA Ungvári Ildikó Az elmúlt évtizedekben a molekuláris biológiai, genomikai technológiák robbanásszerű fejlődése a biológiai adatok mennyiségének exponenciális növekedéséhez vezetett. Ebben

Részletesebben

Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése. Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola

Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése. Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola Doktori értekezés tézisei Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése Sebestyén Endre Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola Vezetője:

Részletesebben

NÖVÉNYI GENOMIKA JÓRI BALÁZS

NÖVÉNYI GENOMIKA JÓRI BALÁZS NÖVÉNYI GENOMIKA JÓRI BALÁZS Eötvös Loránd Tudományegyetem, Növényélettani és Molekuláris Növénybiológia Tanszék, 1117 Budapest, Pázmány P. sétány 1/c. Elfogadva: 2004. december 29. Bot. Közlem. 91(1 2):

Részletesebben

I. A sejttől a génekig

I. A sejttől a génekig Gén A gének olyan nukleinsav-szakaszok a sejtek magjainak kromoszómáiban, melyek a szervezet működését és növekedését befolyásoló fehérjék szabályozásához és előállításához szükséges információkat tartalmazzák.

Részletesebben

A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése. Kiss Erzsébet Kovács László

A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése. Kiss Erzsébet Kovács László A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése Kiss Erzsébet Kovács László Bevezetés Nagy gazdasági gi jelentıségük k miatt a gyümölcs lcsök, termések fejlıdésének mechanizmusát

Részletesebben

10. Genomika 2. Microarrayek és típusaik

10. Genomika 2. Microarrayek és típusaik 10. Genomika 2. 1. Microarray technikák és bioinformatikai vonatkozásaik Microarrayek és típusaik Korrelált génexpresszió mint a funkcionális genomika eszköze 2. Kombinált megközelítés a funkcionális genomikában

Részletesebben

Fehérjék rövid bevezetés

Fehérjék rövid bevezetés Receptorfehérj rjék szerkezetének felderítése Homológia modellezés Fehérjék rövid bevezetés makromolekulák számos biológiai funkció hordozói: enzimatikus katalízis, molekula transzport, immunválaszok,

Részletesebben

Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok

Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok AKÁCKÖRÚTON Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok Előző cikkünkben arról írtunk, milyen új eszköztárral rendelkezünk a XXI. században a genetikai vizsgálatok területén, és mit adhat a molekuláris

Részletesebben

Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon

Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon Rövid tanulmányút 2011. 01.03-03. 30., John Inn Centre, Dept. of Crop Genetics, Norwich Research Park, Norwich NR4 7UH, UK Supervisor:

Részletesebben

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Dr. Czeglédi Levente Dr. Béri Béla Kutatás-fejlesztés támogatása a megújuló energiaforrások és agrár

Részletesebben

Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.)

Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.) Genomika Új korszak, paradigmaváltás, forradalom: a teljes genomok ismeretében a biológia adatokban gazdag tudománnyá válik. Új kutatási módszerek, új szemlélet. Hajtóerõk: Genomszekvenálási projektek

Részletesebben

Human Genome Project, 1990-2005 5 évvel a tervezett befezés előtt The race is over, victory for Craig Venter. The genome is mapped* - now what?

Human Genome Project, 1990-2005 5 évvel a tervezett befezés előtt The race is over, victory for Craig Venter. The genome is mapped* - now what? 2000 június 26 Új út kezdete, vagy egy út vége? Human Genome Project, 1990-2005 5 évvel a tervezett befezés előtt The race is over, victory for Craig Venter. The genome is mapped* - now what? 2000 június

Részletesebben

Génkifejeződési vizsgálatok. Kocsy Gábor

Génkifejeződési vizsgálatok. Kocsy Gábor Génkifejeződési vizsgálatok MTA Mezőgazdasági Kutatóintézete Növényi Molekuláris Biológia Osztály A génkifejeződés A sejtmag géneket tartalmaz; (fehérjéket, RNSeket kódoló); A gének átíródnak mrns; Pre-mRNS

Részletesebben

Bioinformatika gyakorlat csilabusz

Bioinformatika gyakorlat csilabusz Bioinformatika gyakorlat csilabusz Cserháti Mátyás Szeged Tudományegyetem BioEdit Szekvencia szerkesztő és elemző program Honlap: http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html Telepítés: Elég egyszerű:

Részletesebben

Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia

Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia Fehérje expressziós rendszerek Gyógyszerészi Biotechnológia Expressziós rendszerek Cél: rekombináns fehérjék előállítása nagy tisztaságban és nagy mennyiségben kísérleti ill. gyakorlati (therapia) felhasználásokra

Részletesebben

MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár

MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár Fogyaszthatóak-e az ősibb búzafélék? Tönke, alakor, kamut a lisztérzékenység tükrében Juhász Angéla- Gell Gyöngyvér- Kovács Krisztina MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár

Részletesebben

Összefoglalás első fejezete

Összefoglalás első fejezete Összefoglalás Az utóbbi években a transzkriptómikai vizsgálatokban alkalmazott technológiák fejlődésének köszönhetően a genom kutatás területén jelentős előrehaladás figyelhető meg. A disszertáció első

Részletesebben

A DNS szerkezete. Genom kromoszóma gén DNS genotípus - allél. Pontos méretek Watson genomja. J. D. Watson F. H. C. Crick. 2 nm C G.

A DNS szerkezete. Genom kromoszóma gén DNS genotípus - allél. Pontos méretek Watson genomja. J. D. Watson F. H. C. Crick. 2 nm C G. 1955: 46 emberi kromoszóma van 1961: mrns 1975: DNS szekvenálás 1982: gén-bank adatbázisok 1983: R (polymerase chain reaction) Mérföldkövek 1 J. D. Watson F. H.. rick 2008 1953 2003 Watson genomja DNS

Részletesebben

DNS-szekvencia meghatározás

DNS-szekvencia meghatározás DNS-szekvencia meghatározás Gilbert 1980 (1958) Sanger 3-1 A DNS-polimerázok jellemzői 5'-3' polimeráz aktivitás 5'-3' exonukleáz 3'-5' exonukleáz aktivitás Az új szál szintéziséhez kell: templát DNS primer

Részletesebben

Molekuláris evolúció második gyakorlat

Molekuláris evolúció második gyakorlat Molekuláris evolúció második gyakorlat Szekvenciák illesztése (alignment készítés) Szekvenciák szerkesztése Programok: ClustalX (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html) GeneDoc (http://www.psc.edu/biomed/genedoc/)

Részletesebben

A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban.

A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. Az AHL szabályzórendszer génjei. Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar Multidiszciplináris

Részletesebben

Genetika. Tartárgyi adatlap: tantárgy adatai

Genetika. Tartárgyi adatlap: tantárgy adatai Genetika Előadás a I. éves Génsebészet szakos hallgatók számára Tartárgyi adatlap: tantárgy adatai 2.1. Tantárgy címe Genetika 2.2. Előadás felelőse Dr. Mara Gyöngyvér, docens 2.3. Egyéb oktatási tevékenységek

Részletesebben

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Dr. Dallmann Klára A molekuláris biológia célja az élőlények és sejtek működésének molekuláris szintű

Részletesebben

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Azonosító szám: TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0011 Az orvosi

Részletesebben

Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése. Doktori (Ph.D.) értekezés. Készítette: Sebestyén Endre

Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése. Doktori (Ph.D.) értekezés. Készítette: Sebestyén Endre Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése Doktori (Ph.D.) értekezés Készítette: Sebestyén Endre Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola

Részletesebben

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS Az élettudományi-klinikai felsőoktatás gyakorlatorientált és hallgatóbarát korszerűsítése a vidéki képzőhelyek nemzetközi versenyképességének erősítésére TÁMOP-4.1.1.C-13/1/KONV-2014-0001 ADATBÁNYÁSZAT

Részletesebben

A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások. Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék

A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások. Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék Endoszimbiotikus gén-transzfer (Timmis et al., 2004, Nat Rev Gen) Endoszimbiotikus

Részletesebben

A HUMÁN GENOM PROJEKT Sasvári-Székely Mária* Semmelweis Egyetem, Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézet

A HUMÁN GENOM PROJEKT Sasvári-Székely Mária* Semmelweis Egyetem, Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézet A HUMÁN GENOM PROJEKT Sasvári-Székely Mária* Semmelweis Egyetem, Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézet *Levelezési cím: Dr. Sasvári-Székely Mária, Semmelweis Egyetem, Orvosi

Részletesebben

TÉMAKÖRÖK. Ősi RNS világ BEVEZETÉS. RNS-ek tradicionális szerepben

TÉMAKÖRÖK. Ősi RNS világ BEVEZETÉS. RNS-ek tradicionális szerepben esirna mirtron BEVEZETÉS TÉMAKÖRÖK Ősi RNS világ RNS-ek tradicionális szerepben bevezetés BIOLÓGIAI MOLEKULÁK FEHÉRJÉK NUKLEINSAVAK DNS-ek RNS-ek BIOLÓGIAI MOLEKULÁK FEHÉRJÉK NUKLEINSAVAK DNS-ek RNS-ek

Részletesebben

Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014. Április 8 Május 22 8th April 22nd May

Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014. Április 8 Május 22 8th April 22nd May Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014 Április 8 Május 22 8th April 22nd May Hét / 1st week (9. kalendariumi het) Takács László / Fehér Zsigmond Magyar kurzus Datum/ido Ápr. 8 Apr. 9 10:00 10:45

Részletesebben

A minimális sejt. Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására

A minimális sejt. Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására A minimális sejt Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására Anyagcsere Gánti kemoton elmélete Minimum sejt Top down: Meglevő szervezetek genomjából indulunk ki Bottom

Részletesebben

Bioinformatika előadás

Bioinformatika előadás Bioinformatika 2 11. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2016.11.28. Bioinformatics Szerkezeti genomika, proteomika, biológia

Részletesebben

A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben

A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben Tory Kálmán Semmelweis Egyetem, I. sz. Gyermekklinika A ~20 ezer fehérje-kódoló gén a 23 pár kromoszómán A kromoszómán található bázisok száma: 250M

Részletesebben

Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében

Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében Szántó-Egész Réka 1, Mohr Anita 1, Sipos Rita 1, Dallmann Klára 1, Ujhelyi Gabriella 2, Koppányné Szabó Erika

Részletesebben

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján MOHR ANITA SIPOS RITA, SZÁNTÓ-EGÉSZ RÉKA, MICSINAI ADRIENN 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu, www.biomi.hu TÖRZS AZONOSÍTÁS

Részletesebben

Bioinformatika 2 10.el

Bioinformatika 2 10.el 10.el őadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 24. Genomikavs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket

Részletesebben

Szekvencia összehasonlítások II. Bioinformatika és genom analízis az orvostudományban (AOGENBIG_1M)

Szekvencia összehasonlítások II. Bioinformatika és genom analízis az orvostudományban (AOGENBIG_1M) Szekvencia összehasonlítások II. Bioinformatika és genom analízis az orvostudományban (AOGENBIG_1M) Miklós István SOTE, 21. október 28. DNS-szekvenciák összeszerelése Ún. shot-gun szekvenálással lehet

Részletesebben

A C. elegans TRA-1/GLI/Ci szex-determinációs faktor célgénjeinek meghatározása és analízise. Doktori értekezés tézisei.

A C. elegans TRA-1/GLI/Ci szex-determinációs faktor célgénjeinek meghatározása és analízise. Doktori értekezés tézisei. A C. elegans TRA-1/GLI/Ci szex-determinációs faktor célgénjeinek meghatározása és analízise Doktori értekezés tézisei Hargitai Balázs Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori

Részletesebben

Molekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában

Molekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában Molekuláris genetikai vizsgáló módszerek az immundefektusok diagnosztikájában Primer immundefektusok A primer immundeficiencia ritka, veleszületett, monogénes öröklődésű immunhiányos állapot. Családi halmozódást

Részletesebben

Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással

Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással Kovács Zoltán ügyvezető DEKUT Debreceni Kutatásfejlesztési Közhasznú Nonprofit Kft. Problémadefiníció Első generációs

Részletesebben

A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish.

A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish. OTKA K67808 zárójelentés 2012. A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish. A fluoreszcens in situ hibridizáció (FISH) olyan technikai fejlettséget ért

Részletesebben

10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai

10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai 10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai A DNS mint azonosító 3 milliárd bázispár az emberi DNS-ben (99.9%-ban azonos) 0.1%-nyi különbség elegendő az egyedek megkülönböztetéséhez Genetikai

Részletesebben

Transzgénikus növények alkalmazása a funkcionális genomikai kutatásokban

Transzgénikus növények alkalmazása a funkcionális genomikai kutatásokban Transzgénikus növények alkalmazása a funkcionális genomikai kutatásokban MTA Agrártudományi Kutatóközpont Növényi Sejtbiológia Osztály Gyakorlatban alkalmazható transzgénikus növények létrehozásának alapfeltétele:

Részletesebben

A géntechnológiát megalapozó felfedezések

A géntechnológiát megalapozó felfedezések 2010. december BIOTECHNOLÓGIA Rova tvezető: Dr. Heszky László akadémikus A géntechnológia genetikai alapjai c. I. fejezet 1-5. részében azokat a tudományos eredményeket mutattuk be, melyek bizonyítják,

Részletesebben

A doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban.

A doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban. A doktori értekezés tézisei A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban. Bíró Judit Témavezető: Dr. Fehér Attila Magyar Tudományos Akadémia

Részletesebben

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A NÖVÉNYGENETIKA Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0010 A citológia és a genetika társtudománya Citogenetika A kromoszómák eredetét, szerkezetét, genetikai funkcióját,

Részletesebben

Új temékek az UD-GenoMed Kft. kínálatában!

Új temékek az UD-GenoMed Kft. kínálatában! Új temékek az UD-GenMed Kft. kínálatában! Műanyag termékek: SARSTEDT műanyag termékek teljes választéka Egyszer használats labratóriumi műanyag eszközök szövet és sejttenyésztéshez Vérvételi és diagnsztikai

Részletesebben

avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest

avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest Iparilag alkalmazható szekvenciák, avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest Neutrokin α - jelentős kereskedelmi érdekek

Részletesebben

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben Vértessy G. Beáta egyetemi tanár TDK mind 1-3 helyezettek OTDK Pro Scientia különdíj 1 második díj Diákjaink Eredményei Zsűri különdíj 2 első díj OTDK

Részletesebben

DNS replikáció. DNS RNS Polipeptid Amino terminus. Karboxi terminus. Templát szál

DNS replikáció. DNS RNS Polipeptid Amino terminus. Karboxi terminus. Templát szál DNS replikáció DNS RNS Polipeptid Amino terminus Templát szál Karboxi terminus Szuper-csavarodott prokarióta cirkuláris DNS Hisztonok komplexe DNS hisztonokra történő felcsvarodása Hiszton-kötött negatív

Részletesebben

7. SOKFÉLESÉG. Sokféleség

7. SOKFÉLESÉG. Sokféleség Sokféleség DIA 1 Egy populáció egyedei fenotípusos jegyeikben különböznek egymástól. Az egypetéjű ikreket leszámítva, nincs két egyforma egyed. A fenotípusos változékonyságot a genetikai változékonyság

Részletesebben

A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete)

A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete) A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete) A probléma bonyolultsága Általánosságban: találjuk meg egy tetszőleges szekvencia azon konformációját, amely a szabadentalpia

Részletesebben

Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP)

Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) A genom ~ 97 %-a két különböző egyedben teljesen azonos ~ 1% különbség: SNP miatt ~2% különbség: kópiaszámbeli eltérés, deléciók miatt 11-12 millió

Részletesebben

A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban.

A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. Az AHL szabályzórendszer génjei. Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar Multidiszciplináris

Részletesebben

A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen

A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen Bálint Bálint L. GNTP Oktatás és Tudásmenedzsment Munkabizottság, 2009. június 10. Tények Debreceni Egyetemről 21000 nappali és 33000 összes hallgató

Részletesebben

HAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt. SNP GWA Haplotípus: egy kromoszóma szegmensen lévő SNP mintázat

HAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt. SNP GWA Haplotípus: egy kromoszóma szegmensen lévő SNP mintázat HAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt A Nemzetközi HapMap Project célja az emberi genom haplotípus* térképének(hapmap; haplotype map) megszerkesztése, melynek segítségével katalogizálni tudjuk az ember

Részletesebben

A replikáció mechanizmusa

A replikáció mechanizmusa Az öröklődés molekuláris alapjai A DNS megkettőződése, a replikáció Szerk.: Vizkievicz András A DNS-molekula az élőlények örökítő anyaga, kódolt formában tartalmazza mindazon információkat, amelyek a sejt,

Részletesebben

A mutáns fenotípushoz szorosan kapcsolt markerek (1N1R és U212D) segítségével BAC (Bacterial Artifical Chromosome) klónokat azonosítottunk egy másik

A mutáns fenotípushoz szorosan kapcsolt markerek (1N1R és U212D) segítségével BAC (Bacterial Artifical Chromosome) klónokat azonosítottunk egy másik A szimbiotikus gümő kialakulásában résztvevő két gén azonosítása Medicago truncatulaból térképezésen alapuló génizolálással c. OTKA pályázat (T046645) zárójelentése A pályázat célja a Sinorhizobium meliloti

Részletesebben

NANOTECHNOLOGIA 6. előadás

NANOTECHNOLOGIA 6. előadás NANOTECHNOLOGIA 6. előadás A plazmid: Ha meg akarjuk ismerni egy fehérje működését, akkor sokat kell belőle előállítanunk. Ezt akár úgy is megtehetjük, hogy a kívánt géndarabot egy baktérumba ültetjük

Részletesebben

Az Ig génátrendeződés

Az Ig génátrendeződés Az Ig génátrendeződés Háromféle változás játszódik le a molekula szerkezetét tekintve: B sejtek fejlődése alatt: VDJ átrendeződés (rekombináció) IgH izotípusváltás rekombináció (CSR) Szomatikus hipermutáció

Részletesebben

Molekuláris biológiai adatbázisok és adatbázis keresések. Barta Endre Tóth Gábor MBK Bioinformatikai Csoport

Molekuláris biológiai adatbázisok és adatbázis keresések. Barta Endre Tóth Gábor MBK Bioinformatikai Csoport Molekuláris biológiai adatbázisok és adatbázis keresések Barta Endre Tóth Gábor MBK Bioinformatikai Csoport Adatbázisok: megvalósítás Szöveges adatbázis általában szekvenciális, néha indexelt megfelelő

Részletesebben

PROKARIÓTA GENOMOK ÖSSZEHASONLÍTÓ ANALÍZISE BIOINFORMATIKAI MÓDSZEREKKEL. Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei. Kassainé Jáger Edit Andrea

PROKARIÓTA GENOMOK ÖSSZEHASONLÍTÓ ANALÍZISE BIOINFORMATIKAI MÓDSZEREKKEL. Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei. Kassainé Jáger Edit Andrea PROKARIÓTA GENOMOK ÖSSZEHASONLÍTÓ ANALÍZISE BIOINFORMATIKAI MÓDSZEREKKEL Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei Kassainé Jáger Edit Andrea Biológia Doktori Iskola Vezetője: Dr. Erdei Anna egyetemi tanár, az

Részletesebben

Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal

Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal Intelligens Rendszerek Elmélete Dr. Kutor László Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal http://mobil.nik.bmf.hu/tantargyak/ire.html login: ire jelszó: IRE0 IRE / A természet általános kereső algoritmusa:

Részletesebben

ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS

ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS VÍZMIKROBIOLÓGUSOK XI. ORSZÁGOS KONFERENCIÁJA - 2012 ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS LEHETŐSÉG, VAGY NEHÉZSÉG? MÁRIALIGETI KÁROLY EÖTVÖS LORÁND TUDOMÁNYEGYETEM, BUDAPEST 1953 JAMES D. WATSON, FRANCIS CRICK:

Részletesebben

Genetika 2. előadás. Bevezető

Genetika 2. előadás. Bevezető Genetika 2. előadás Genetikai alapelvek: hogyan öröklődnek a tulajdonságok Mendeli genetika Bevezető Mi okozza a hasonlóságokat és különbségeket a családtagok között? Gének: biológiai információ alapegysége

Részletesebben

nyekkel kapcsolatos szabályoz lyozás Központi Budapest BME 2009

nyekkel kapcsolatos szabályoz lyozás Központi Budapest BME 2009 GM-növényekkel nyekkel kapcsolatos szabályoz lyozás Gelencsér Éva Központi Élelmiszer-tudományi Kutatóint intézet - KÉKIKI Budapest BME 2009 GM növények nyek a gyakorlatban Első generációs fejlesztések

Részletesebben

1. A genomika alapjai - A humán genom. 1.1. Genomika

1. A genomika alapjai - A humán genom. 1.1. Genomika 1. A genomika alapjai - A humán genom.... 1 1.1. Genomika... 1 1.2. Humán Genom Projekt... 1 1.3. DNS szekvenálás... 3 1.4. Résztvevők a humán genom projektben... 4 1.5. A HGP néhány eredménye... 4 1.6.

Részletesebben

Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal. A genetikus algoritmus működése. Az élet információ tárolói

Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal. A genetikus algoritmus működése. Az élet információ tárolói Intelligens Rendszerek Elmélete dr. Kutor László Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal http://mobil.nik.bmf.hu/tantargyak/ire.html login: ire jelszó: IRE07 IRE 5/ Természetes és mesterséges genetikus

Részletesebben

AZ ALACSONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN

AZ ALACSONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN A martonvásári agrárkutatások hatodik évtizede AZ ALAONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN KOY GÁBOR, VÁGÚJFALVI ATTILA, TÓTH BALÁZS, SZALAI GABRIELLA,

Részletesebben

A MOLEKULÁRIS BIOLÓGIA ISMERETÁBRÁZOLÁSI PROBLÉMÁI

A MOLEKULÁRIS BIOLÓGIA ISMERETÁBRÁZOLÁSI PROBLÉMÁI Magyar Tudomány 2005/4 A MOLEKULÁRIS BIOLÓGIA ISMERETÁBRÁZOLÁSI PROBLÉMÁI Pongor Sándor a biológiai tudomány doktora, MTA Biológiai Központ, Szeged International Centre of Genetic Engineering and Biotechnology,

Részletesebben

VÁLASZ OPPONENSI VÉLEMÉNYRE

VÁLASZ OPPONENSI VÉLEMÉNYRE VÁLASZ OPPONENSI VÉLEMÉNYRE Dr. Taller János Tudományos főmunkatárs Pannon Egyetem, Georgikon Kar, Növénytudományi és Biotechnológiai Tanszék Biotechnológiai Kutatócsoport Farkas Valéria Tejtermelést és

Részletesebben

Silhavy Dániel. A növényi génexpresszió RNS-szintű minőségbiztosítási rendszereinek molekuláris biológiája. című Doktori Értekezésének bírálata.

Silhavy Dániel. A növényi génexpresszió RNS-szintű minőségbiztosítási rendszereinek molekuláris biológiája. című Doktori Értekezésének bírálata. Silhavy Dániel A növényi génexpresszió RNS-szintű minőségbiztosítási rendszereinek molekuláris biológiája című Doktori Értekezésének bírálata. Bíráló: Dr. Szabados László, MTA doktora MTA Szegedi Biológiai

Részletesebben

A TATA-kötő fehérje asszociált faktor 3 (TAF3) p53-mal való kölcsönhatásának funkcionális vizsgálata

A TATA-kötő fehérje asszociált faktor 3 (TAF3) p53-mal való kölcsönhatásának funkcionális vizsgálata Ph.D. ÉRTEKEZÉS TÉZISEI A TATA-kötő fehérje asszociált faktor 3 (TAF3) p53-mal való kölcsönhatásának funkcionális vizsgálata Buzás-Bereczki Orsolya Témavezetők: Dr. Bálint Éva Dr. Boros Imre Miklós Biológia

Részletesebben

A géntechnológia genetikai alapjai (I./3.)

A géntechnológia genetikai alapjai (I./3.) Az I./2. rész (Gének és funkciójuk) rövid összefoglalója A gének a DNS információt hordozó szakaszai, melyekben a 4 betű (ATCG) néhány ezerszer, vagy százezerszer ismétlődik. A gének önálló programcsomagként

Részletesebben

Bioinformatika 2 1. előadás

Bioinformatika 2 1. előadás 1. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat Bioinformatika Mi az? Bioinformatika: Tágabb értelemben: biológiai információ tárolása,

Részletesebben

Klinikai Genomika Központ Biobankok

Klinikai Genomika Központ Biobankok Klinikai Genomika Központ Biobankok Dr. Scholtz Beáta Célunk: Tudásbázis és laboratóriumi infrastuktúra a Debreceni Egyetem biobank projektjeihez Egy biobank felállításának folyamata 1. Miben tud közreműködni

Részletesebben

Epigenetikai Szabályozás

Epigenetikai Szabályozás Epigenetikai Szabályozás Kromatin alapegysége a nukleoszóma 1. DNS Linker DNS Nukleoszóma mag H1 DNS 10 nm 30 nm Nukleoszóma gyöngy (4x2 hiszton molekula + 146 nukleotid pár) 10 nm-es szál 30 nm-es szál

Részletesebben

Búza tartalékfehérjék mozgásának követése a transzgénikus rizs endospermium sejtjeiben

Búza tartalékfehérjék mozgásának követése a transzgénikus rizs endospermium sejtjeiben TÉMA ÉRTÉKELÉS TÁMOP-4.2.1/B-09/1/KMR-2010-0003 (minden téma külön lapra) 2010. június 1. 2012. május 31. 1. Az elemi téma megnevezése Búza tartalékfehérjék mozgásának követése a transzgénikus rizs endospermium

Részletesebben

Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis

Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis Szerkezet Protein Data Bank (PDB) http://www.rcsb.org/pdb ~ 35 701 szerkezet közepes felbontás 1552 szerkezet d 1.5 Å 160 szerkezet d 1.0 Å 10 szerkezet d 0.8 Å (atomi felbontás) E globális minimum? funkció

Részletesebben

Diagnosztikai célú molekuláris biológiai vizsgálatok

Diagnosztikai célú molekuláris biológiai vizsgálatok Diagnosztikai célú molekuláris biológiai vizsgálatok Dr. Patócs Attila, PhD MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport, Semmelweis Egyetem II. sz. Belgyógyászati Klinika Laboratóriumi Medicina Intézet Genetikai

Részletesebben

A fehérjék térszerkezetének jóslása

A fehérjék térszerkezetének jóslása A fehérjék térszerkezetének jóslása 1. A probléma bonyolultsága 2. A predikció szintjei 3. 1D predikciók (másodlagos szerkezet, hozzáférhetõség, transzmembrán hélixek 4. 2D predikciók (oldallánc kontaktusok,

Részletesebben

8. A fehérjék térszerkezetének jóslása

8. A fehérjék térszerkezetének jóslása 8. A fehérjék térszerkezetének jóslása A probléma bonyolultsága Általánosságban: találjuk meg egy tetszõleges szekvencia azon konformációját, amely a szabadentalpia globális minimumát adja. Egyszerû modellekben

Részletesebben

A kromoszómák kialakulása előtt a DNS állomány megkettőződik. A két azonos információ tartalmú DNS egymás mellé rendeződik és egy kromoszómát alkot.

A kromoszómák kialakulása előtt a DNS állomány megkettőződik. A két azonos információ tartalmú DNS egymás mellé rendeződik és egy kromoszómát alkot. Kromoszómák, Gének A kromoszóma egy hosszú DNS szakasz, amely a sejt életének bizonyos szakaszában (a sejtosztódás előkészítéseként) tömörödik, így fénymikroszkóppal láthatóvá válik. A kromoszómák két

Részletesebben

5. Molekuláris biológiai technikák

5. Molekuláris biológiai technikák 5. Molekuláris biológiai technikák DNS szaporítás kémcsőben és élőben. Klónozás, PCR, cdna, RT-PCR, realtime-rt-pcr, Northern-, Southernblotting, génexpresszió, FISH 5. Molekuláris szintű biológiai technikák

Részletesebben

A pseudoxanthoma elasticum öröklődő betegség kialakulásáért felelős ABCC6/MRP6 gén transzkripciós szabályozásának vizsgálata F48684.

A pseudoxanthoma elasticum öröklődő betegség kialakulásáért felelős ABCC6/MRP6 gén transzkripciós szabályozásának vizsgálata F48684. A pseudoxanthoma elasticum öröklődő betegség kialakulásáért felelős ABCC6/MRP6 gén transzkripciós szabályozásának vizsgálata F48684 Zárójelentés 2000-ben vált ismertté, hogy a pseudoxanthoma elasticum

Részletesebben

A HUMÁNGENETIKA LEGÚJABB EREDMÉNYEI Péterfy Miklós

A HUMÁNGENETIKA LEGÚJABB EREDMÉNYEI Péterfy Miklós A HUMÁNGENETIKA LEGÚJABB EREDMÉNYEI Péterfy Miklós Összefoglalás A humángenetika korunk egyik legdinamikusabban fejlődő tudományága. Ennek a fejlődésnek legfőbb mozgatórugója az, hogy a humángenetika,

Részletesebben

A Notch receptor-kódoló lin-12 és glp-1 gének cisz-szabályozó régióinak meghatározása Caenorhabditis elegansban - konzervált HOX kontroll?

A Notch receptor-kódoló lin-12 és glp-1 gének cisz-szabályozó régióinak meghatározása Caenorhabditis elegansban - konzervált HOX kontroll? A Notch receptor-kódoló lin-12 és glp-1 gének cisz-szabályozó régióinak meghatározása Caenorhabditis elegansban - konzervált HOX kontroll? Doktori értekezés tézisei Regős Ágnes Eötvös Loránd Tudományegyetem

Részletesebben

Egy új, a szimbiotikus gümőfejlődésben szerepet játszó ubiquitin ligáz funkcionális jellemzése

Egy új, a szimbiotikus gümőfejlődésben szerepet játszó ubiquitin ligáz funkcionális jellemzése Zárójelentés 76843 sz. pályázat 2009 2012 Egy új, a szimbiotikus gümőfejlődésben szerepet játszó ubiquitin ligáz funkcionális jellemzése A tervezett munka a kutatócsoportunkban korábban genetikai térképezésen

Részletesebben

Fehérjeszerkezet, és tekeredés

Fehérjeszerkezet, és tekeredés Fehérjeszerkezet, és tekeredés Futó Kinga 2013.10.08. Polimerek Polimer: hasonló alegységekből (monomer) felépülő makromolekulák Alegységek száma: tipikusan 10 2-10 4 Titin: 3,435*10 4 aminosav C 132983

Részletesebben

Klónozás: tökéletesen egyforma szervezetek csoportjának előállítása, vagyis több genetikailag azonos egyed létrehozása.

Klónozás: tökéletesen egyforma szervezetek csoportjának előállítása, vagyis több genetikailag azonos egyed létrehozása. Növények klónozása Klónozás Klónozás: tökéletesen egyforma szervezetek csoportjának előállítása, vagyis több genetikailag azonos egyed létrehozása. Görög szó: klon, jelentése: gally, hajtás, vessző. Ami

Részletesebben

CzB 2010. Élettan: a sejt

CzB 2010. Élettan: a sejt CzB 2010. Élettan: a sejt Sejt - az élet alapvető egysége Prokaryota -egysejtű -nincs sejtmag -nincsenek sejtszervecskék -DNS = egy gyűrű - pl., bactériumok Eukaryota -egy-/többsejtű -sejmag membránnal

Részletesebben

GOP -1.1.1-11-2012-0159

GOP -1.1.1-11-2012-0159 GOP -1.1.1-11-2012-0159 A KLÍMAVÁLTOZÁSHOZ ALKALMAZKODÓ GABONAFÉLÉK BIOTIKUS ÉS ABIOTIKUS REZISZTENCIA NEMESÍTÉSE, NÖVÉNYVÉDELMÉNEK FEJLESZTÉSE, VALAMINT AZ ÉLELMISZERBIZTONSÁG NÖVELÉSE A növény- és vetőmagtermesztésben,

Részletesebben

A funkcionális genomikai eszköztár szerepe az onkológiai kutatásokban

A funkcionális genomikai eszköztár szerepe az onkológiai kutatásokban Összefoglaló közlemény 21 A funkcionális genomikai eszköztár szerepe az onkológiai kutatásokban Bálint Bálint L. 1, Nagy László 1,2 1 Debreceni Egyetem Orvos- és Egészségtudományi Centrum, Biokémiai és

Részletesebben

MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár

MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár Búza, lisztérzékenységet okozó fehérjék nélkül? Juhász Angéla- Gell Gyöngyvér MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár A lisztérzékenység előtérbe kerülésével mind jelentősebbek

Részletesebben

Biológiai módszerek alkalmazása környezeti hatások okozta terhelések kimutatására

Biológiai módszerek alkalmazása környezeti hatások okozta terhelések kimutatására Szalma Katalin Biológiai módszerek alkalmazása környezeti hatások okozta terhelések kimutatására Témavezető: Dr. Turai István, OSSKI Budapest, 2010. október 4. Az ionizáló sugárzás sejt kölcsönhatása Antone

Részletesebben

2. 3. Keresés az Interneten. Navigáció az Interneten: Megoldások. Internetes keresés buktatói. 1. Keresőmotorok. Webes keresési lehetőségek

2. 3. Keresés az Interneten. Navigáció az Interneten: Megoldások. Internetes keresés buktatói. 1. Keresőmotorok. Webes keresési lehetőségek Keresés az Interneten Navigáció az Interneten: Keresőrendszerek, keresési tippek Egyszerű keresőrendszerek Tematikus keresőrendszerek, katalógusok Portálok Adatbázisok, online folyóiratok Elektronikus

Részletesebben