Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK
|
|
|
- Elvira Balázsné
- 8 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK
2 Fehérjét kódol? Tulajdonságai? -Hol lokalizálódik? -Oldható? -3D szerkezete? -Accession #? -Annotációja elérhető? Már benne van az adatbázisokban? PCReztél,klónoztál egy gént, szekvencia a kezedben Egyéb információ? -Expresszió? -Mutációk? Vannak konzervált szakaszai? Illesztések? Domének? Funkciója? Vannak hasonló szekvenciák? -azonosság mértéke? % -Géncsalád/fehérjecsalád? Rokonsági kapcsolatok? -Törzsfa
3
4 NUKLEOTID SZEKVENCIA ADATBÁZISOK NCBI Genbank (USA) DDBJ (DNA DataBase of Japan) European nucleotide archive EBI TGI Gene Index Project Genom adatbázisok
5 FEHÉRJE ADATBÁZISOK - Swissprot manuálisan annotált, ellenőrzött - A Swissprotba még be nem került szekvenciák, fordítás alapján készült, szoftveresen annotált, nem ellenőrzött! - 3D szerkezetek alapján létrehozott szekvenciák PIR Protein Information Resource (UniProt konzorcium tagja)
6 SPECIALIZÁLT ADATBÁZISOK Faj, szövetspecifikus, szignál transzdukciós útvonal specifikus, stb ESTs Expressed Sequence Tag Gene Expression Omnibus (NCBI) Drosophila adatbázis TRANSFAC Transzkripciós faktor adatbázis Rfam RNS családok adatbázisa
7 Hogyan is kezdődött? Margaret Oakley Dayhoff : Az első fehérje adatbázis (1965) Az első program a szekvenciák illesztésére
8 Biológiai adatokat elérni, elemezni, tárolni, annotálni, vizuálisan elemezni Mi kellett ehhez? Jó számítógép Tároló kapacitás Megfelelő algoritmusok Valami megfelelő formátum Egymással összefüggő adatbázisok
9 Notepad, a barátunk TXT = fasta, genbank, xml, aln, nwk, cff
10 fasta formátum > Jellel kezdődik, mögötte bármilyen az adattal kapcsolatos információ jöhet, majd a szekvencia új sorban, általában nukelotidos sorokba betördelve Lehet nukleotid és lehet peptid szekvencia is! Tömör, lényegre törő Számos alkalmazás bemeneti adata Mi magunk is tudunk fasta fileokat gyártani
11 GenBank formátum Sok információt (ANNOTÁCIÓT) tartalmaz Nukleotid/Fehérje fastahoz képest kevésbé használják Előfordulhat, hogy pont az annotációra van szükségünk! Pl. referenciák, dns vagy mrns? milyen fajból? milyen szövetből?
12 Accession # A DNS vagy fehérje adat egyedi azonosítója Adott adatbázisra vonatkozik minden adatbázis más azonosító Lehetnek változatai Nem feltétlenül jelent unikális szekvencia információt pl.: ugyanazt a gént többen megtalálták, más-más azonosítóval jelölik Gén index (gi) egyedi azonosító és leginkább az NCBI használja, irodalomban szinte soha nem használjuk
13 Annotáció Minden amit arról a biológiai adatról tudnunk kell GenBank formátum Mi ez? Honnan származik #1? Publikáció? Honnan származik #2? faj molekula típusa fajta kromoszóma szövet fejlődési állapot mérete neve Szekvenciával kapcsolatos infók UniProt Q43659 Szekvencia
14 TrEMBL
15
16 Kereszt referenciák Milyen azonosítóval találjuk meg más adatbankokban? Ugyanaz a gén -sok fajtában -több kópiában Van róla szerkezet infó Melyik fehérje család? Milyen domének/funkció
17 Protein FAMilies Újabb és újabb infók (újabb fajokban, fajtákban azonos szekvencia, további publikációk, újabb információk (pl. promoter, szignál peptid)!
18 Hogyan kereshetünk a szekvencia adatbázisokban? Szabadszavas keresés gén neve (pl. Glu-A1x) fehérje család neve (pl. HMW glutenin) tovább szűkíthető pl. complete /partial seq pl. csak T. aestivumban Szekvencia alapján PCR szekvenálás- kromatogram-szekvencia
19 Szabadszavas keresés pl. NCBI Pl.: Grain softness protein Irodalom Egészségügyi vonatkozások Taxonómiai infók NUKLEOTID Expresszió Primerek
20 Szabadszavas keresés pl. NCBI Genom szintű információk Milyen genomokban? SNP variabilitás? gdna, cdna klóntárak? Gén szintű adatok Homológok? Expressziós profilok? FEHÉRJE ADATOK Konzerváltság? Domainek, funkció? Rokon fehérjék? Szerkezet? Milyen szabályozási útvonalakban vesz részt?
21 Nagyon sok találat lehet! Érdemes szűrni!
22 Keresés hasonlóság alapján Kell hozzá egy vagy több szekvencia (QUERY), amit egy másik szekvenciához, vagy egy adatbázis adataihoz hasonlítunk (SUBJECT) Kell hozzá egy megfelelő algoritmus (pl. BLAST, FASTA stb.) A keresés gyors és elég szenzitív kell legyen FASTA két szekvenciát hasonlít össze, hasonló nukleotid szekvenciák összehasonlítása esetében jobb, mint a BLAST BLAST jóval gyorsabb, általában véve hasonlóan érzékeny algoritmus - lokálisan illeszt - eredmény adott szempontok alapján értékelve (pl. score, e- value) - beállítható paraméterek (wordsize, gap cost, match scores, treshholds, stb) Wordsize - BLAST-nál protein wordsize min. 3 DNS min. 11
23 Variációk FASTA: FASTX: TFASTA: nukleotid/nukleotid vagy fehérje/fehérje Lefordított DNS-t fehérjéhez Fehérjét lefordított DNS-hez BLASTN: BLASTP: BLASTX: TBLASTN: TBLASTX: nukelotid / nukleotid adatbázis fehérje / fehérje adatbázis 6-frame fordított DNS / fehérje adatbázis fehérje / 6-frame fordított DNS adatbázis 6-frame fordított DNS / 6-frame fordított DNS adatbázis
24 Illesztés
25 Lokális vagy globális
26
27 Dilemma: DNS vagy fehérje adatbázisban keressünk? Attól függ!!! Mi a cél? (Pl. PCR primer tervezés, akkor DNS) Mi a biológiai kérdés? (pl. expresszált legyen? ) Melyikkel pontosabb? Melyikkel veszítünk kevesebb adatot? Hasonlóság alapján Melyiket??? Nukelotid szekvencia A, C, G, T nem kódoló Fehérje aminosav szint fehérje funkciója?
28 Dilemma: DNS vagy fehérje adatbázisban keressünk? Először fehérje szinten, utána nukleinsav szinten Mennyire átlátható, ha két nukleotid szekvenciát hasonlítunk össze? 3 x az aminosavak száma és csak A, C, T, G akár több ezer betű Mennyire pontos? Például egy 50%-os szekvencia azonosság sok vagy kevés? Jelenthet jó, de jelenthet rossz illesztést is! Ha lefordítjuk a nukelotid szekvenciát veszíthetünk információt? Degenerált kodontábla (egy aminosavat több kód is jellemezhet) Nagyon eltérő DNS szekvencia kódolhat hasonló fehérjét, hasonló DNS kódolhat nagyon eltérő funkciójú fehérjét
29 Konzerváltság fehérje szinten erősebb! DNS szinten jóval gyakoribb a mutáció, de ez nem feltétlen jelent változást fehérje szinten Domainek jelentősége Fehérjék funkciója, foglalkozása (Gene Ontology, GO terms)
30 Pár tipp a szekvencia adatbázisok használatához Használd a legfrissebb adatbázis verziókat. Elsőként BLASTolj! Utána jöhetnek a finomabb módszerek (FASTA, ) FASTA esetén mindkét szálon keress! Ha egy mód van rá fordítsd le nukleotidból aminosav sorenddé Mind a hat transzlációs keretet használd! E < 0.05 statisztikailag szignifikáns, általában biológiailag is értelmes eredmény. Ha a szekvenciád sok ismétlődő szakaszt tartalmaz készíts egy olyan szekvencia változatot, amiből ezeket törlöd és így ismételd meg a szekvencia keresést!
31 Hogy tudjuk elmenteni a találatokat? Fasta formátumban Igényeinknek megfelelően szűrt keresés után Akár több szekvnciát egyszerre Ne használj Word-öt a szekvenciák mentéséhez, szerkesztéséhez!!! A Word formáz, felesleges karaktereket szúr be!!! Nem tudod fasta formátumban menteni! Notepad stb. Táblázatos jellegű adatokat (pl. blast találati listáját) csv formátumban
32 Genomok genom projektek, genomböngészők Virális RNS genom bakteriofág MS2 (Fiers, 1976) Phi X174 Phage genom az első DNS genom (Sanger, 1977) Első baktérium genom- H. influenzae (1995) Első eukarióta genom S. cerevisiae (1995) Első növény Arabidopsis thaliana (2000) kétszikűek modell növénye Első egyszikű Oryza sativa (2002) Humán genom (2003) Jelentős technológiai fejlődés
33 Genomok mérete kódoló vs. nem kódoló Plant Genome Composition: Junk vs. Genes Arabidopsis Moss Rice Tomato Soy Canola Potato Human repetitive junk DNA (C. Guze 2005) Grass Corn Wheat valuable genespace
34 Miért kell nekünk ennyi (növényi) genomot szekvenálni? Új gének azonosítása Promoterek / génexpresszió szabályozása Génexpressziós vizsgálatok (qrt PCR, microarray, RNAseq) Metabolikus és szabályozási útvonalak mi, mikor, hol, miért, mit csinál? signalling Környezeti változások abiotikus (pl. fagy, hő, szárazság, só ) biotikus (kártevők ) Fejlődés biológiai ismeretek Nagyobb terméshozam, stabilitás Táplálkozástani vonatkozások Rokonsági kapcsolatok (pl. ha megvan a rizs szekvenciája, sokat elárul a búzáról is)
35 A hexaploid búza genomjának szekvenálása - A nagy kihívás International Wheat Genome Sequencing Consortium ( AA, BB, DD 3 pár genom Genomonként 7 kromoszóma Mérete 4 x humán genom Rengeteg a repetitív szakasz
36 Genom browserek
37 Genom browserek
38 Genom browser Rengeteg információ vizuális megjelenítés szükséges Vonalzó szerű kromoszóma ábrázolás, zoomolható Gének tulajdonságok a genomhoz illesztve
39 Genom browserek Kereshető Gén szerkezete irányultsága, 3 és 5 UTR, promoter, exon/intron) Hasonló szekvenciák kereshetőek Ortológok és paralógok Gén, transzkript, fehérje információk Expressziós adatok elérhetőek (EST szekvenciák ugyanúgy illesztve) pl. melyik szövetben termelődik?
40 Genom szinténiák Teljes genomok egymáshoz illeszthetőek Konzervált kromoszóma szakaszok, lókuszok stb Evolúciós elemzések
41 Hátradőlhetünk? Egy szekvenált genom = egy fajta genomját jelenti pl. búza Chinese Spring nevű fajta -ez egy nem termesztett fajta - minősége nem jó állatorvosi ló Amire kíváncsiak lennénk: a termesztett fajták hasznos tulajdonságokra nézve mekkora a változatosság? mi az ami meg is nyilvánul (fehérje expresszió) Megéri-e új és új fajtákat teljes egészében megszekvenálni? - NEM!!! csak amire kíváncsiak vagyunk NGS projectek, SNP analízis Humán genom 1000 genomes egyedi orvoslás
42 MTA Agrártudományi Kutatóközpont Mezőgazdasági Intézet Alkalmazott Genomikai Osztály
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban. Biológiai adatbázisok. Cserző Miklós 2018
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban Biológiai adatbázisok Cserző Miklós 2018 A mai előadás Mi az adatbázis A biológia kapcsolata az adatbázisokkal Az adatbázisok típusai Adatbázis formátumok,
Cserző Miklós Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban. Integrált biológiai adatbázisok
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban Integrált biológiai adatbázisok Cserző Miklós 2018 A mai előadás A genom annotálás jelentősége Genome Reference Consortium Gene Ontology Az ensembl pipeline
A tárgy címe: Bioinformatika
A tárgy címe: Bioinformatika Kötelezően választható tárgy IV. és V. évfolyamos biológus hallgatók számára; heti 2+3 óra Előkövetelmény: Biokémia főkollégium; genetika főkollégium; alapszintű számítógépes
Gyakorlati bioinformatika
Gyakorlati bioinformatika Szekvenciaillesztés PhD kurzus 2. Szekvenciaillesztés Bagossi Péter Fajtái: - egyszer ill. többszörös illesztés - globális ill. lokális illesztés Alkalmazása: - adatbázisokban
Human genome project
Human genome project Pataki Bálint Ármin 2017.03.14. Pataki Bálint Ármin Human genome project 2017.03.14. 1 / 14 Agenda 1 Biológiai bevezető 2 A human genome project lefolyása 3 Alkalmazások, kitekintés
Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése. Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola
Doktori értekezés tézisei Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése Sebestyén Endre Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola Vezetője:
BIOINFORMATIKA Ungvári Ildikó
1 BIOINFORMATIKA Ungvári Ildikó Az elmúlt évtizedekben a molekuláris biológiai, genomikai technológiák robbanásszerű fejlődése a biológiai adatok mennyiségének exponenciális növekedéséhez vezetett. Ebben
NÖVÉNYI GENOMIKA JÓRI BALÁZS
NÖVÉNYI GENOMIKA JÓRI BALÁZS Eötvös Loránd Tudományegyetem, Növényélettani és Molekuláris Növénybiológia Tanszék, 1117 Budapest, Pázmány P. sétány 1/c. Elfogadva: 2004. december 29. Bot. Közlem. 91(1 2):
I. A sejttől a génekig
Gén A gének olyan nukleinsav-szakaszok a sejtek magjainak kromoszómáiban, melyek a szervezet működését és növekedését befolyásoló fehérjék szabályozásához és előállításához szükséges információkat tartalmazzák.
A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése. Kiss Erzsébet Kovács László
A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése Kiss Erzsébet Kovács László Bevezetés Nagy gazdasági gi jelentıségük k miatt a gyümölcs lcsök, termések fejlıdésének mechanizmusát
Bioinformatika 2 4. előadás
4. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2018.09.24. Biológiai adatbázisok Felhasználó Keresõprogram BLAST Biológiai adatbázisok
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest. Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban. Szekvenciaelemzés. Cserző Miklós 2017
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban Szekvenciaelemzés Cserző Miklós 2017 A mai előadás Szekvencia analízis statisztikus szempontból Annotálás homológia alapján Az annotálás szempontjai
10. Genomika 2. Microarrayek és típusaik
10. Genomika 2. 1. Microarray technikák és bioinformatikai vonatkozásaik Microarrayek és típusaik Korrelált génexpresszió mint a funkcionális genomika eszköze 2. Kombinált megközelítés a funkcionális genomikában
Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok
AKÁCKÖRÚTON Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok Előző cikkünkben arról írtunk, milyen új eszköztárral rendelkezünk a XXI. században a genetikai vizsgálatok területén, és mit adhat a molekuláris
Fehérjék rövid bevezetés
Receptorfehérj rjék szerkezetének felderítése Homológia modellezés Fehérjék rövid bevezetés makromolekulák számos biológiai funkció hordozói: enzimatikus katalízis, molekula transzport, immunválaszok,
Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon
Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon Rövid tanulmányút 2011. 01.03-03. 30., John Inn Centre, Dept. of Crop Genetics, Norwich Research Park, Norwich NR4 7UH, UK Supervisor:
Genomadatbázisok Ld. Entrez Genome: Összes ismert genom, hierarchikus szervezésben (kromoszóma, térképek, gének, stb.)
Genomika Új korszak, paradigmaváltás, forradalom: a teljes genomok ismeretében a biológia adatokban gazdag tudománnyá válik. Új kutatási módszerek, új szemlélet. Hajtóerõk: Genomszekvenálási projektek
Génkifejeződési vizsgálatok. Kocsy Gábor
Génkifejeződési vizsgálatok MTA Mezőgazdasági Kutatóintézete Növényi Molekuláris Biológia Osztály A génkifejeződés A sejtmag géneket tartalmaz; (fehérjéket, RNSeket kódoló); A gének átíródnak mrns; Pre-mRNS
Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére
Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Dr. Czeglédi Levente Dr. Béri Béla Kutatás-fejlesztés támogatása a megújuló energiaforrások és agrár
Kromoszómák, Gének centromer
Kromoszómák, Gének A kromoszóma egy hosszú DNS szakasz, amely a sejt életének bizonyos szakaszában (a sejtosztódás előkészítéseként) tömörödik, így fénymikroszkóppal láthatóvá válik. A kromoszómák két
Bioinformatika 2 2. előadás
2. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2018.09.10. N.M. Luscombe, D. Greenbaum, M. Gerstein: International Medical Informatics
Human Genome Project, 1990-2005 5 évvel a tervezett befezés előtt The race is over, victory for Craig Venter. The genome is mapped* - now what?
2000 június 26 Új út kezdete, vagy egy út vége? Human Genome Project, 1990-2005 5 évvel a tervezett befezés előtt The race is over, victory for Craig Venter. The genome is mapped* - now what? 2000 június
Bevezetés a bioinformatikába. Harangi János DE, TEK, TTK Biokémiai Tanszék
Bevezetés a bioinformatikába Harangi János DE, TEK, TTK Biokémiai Tanszék Bioinformatika Interdiszciplináris tudomány, amely magába foglalja a biológiai adatok gyűjtésének,feldolgozásának, tárolásának,
Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia
Fehérje expressziós rendszerek Gyógyszerészi Biotechnológia Expressziós rendszerek Cél: rekombináns fehérjék előállítása nagy tisztaságban és nagy mennyiségben kísérleti ill. gyakorlati (therapia) felhasználásokra
Bioinformatika gyakorlat csilabusz
Bioinformatika gyakorlat csilabusz Cserháti Mátyás Szeged Tudományegyetem BioEdit Szekvencia szerkesztő és elemző program Honlap: http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html Telepítés: Elég egyszerű:
A DNS szerkezete. Genom kromoszóma gén DNS genotípus - allél. Pontos méretek Watson genomja. J. D. Watson F. H. C. Crick. 2 nm C G.
1955: 46 emberi kromoszóma van 1961: mrns 1975: DNS szekvenálás 1982: gén-bank adatbázisok 1983: R (polymerase chain reaction) Mérföldkövek 1 J. D. Watson F. H.. rick 2008 1953 2003 Watson genomja DNS
Összefoglalás első fejezete
Összefoglalás Az utóbbi években a transzkriptómikai vizsgálatokban alkalmazott technológiák fejlődésének köszönhetően a genom kutatás területén jelentős előrehaladás figyelhető meg. A disszertáció első
Bioinformatika előadás
10. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat Genomika vs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket vizsgáljuk,
DNS-szekvencia meghatározás
DNS-szekvencia meghatározás Gilbert 1980 (1958) Sanger 3-1 A DNS-polimerázok jellemzői 5'-3' polimeráz aktivitás 5'-3' exonukleáz 3'-5' exonukleáz aktivitás Az új szál szintéziséhez kell: templát DNS primer
TEMATIKA Biokémia és molekuláris biológia IB kurzus (bb5t1301)
Biokémia és molekuláris biológia I. kurzus (bb5t1301) Tematika 1 TEMATIKA Biokémia és molekuláris biológia IB kurzus (bb5t1301) 0. Bevezető A (a biokémiáról) (~40 perc: 1. heti előadás) A BIOkémia tárgya
Semmelweis Egyetem / Élettani Intézet / Budapest. Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban. Bevezetés. Cserző Miklós 2018
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban Bevezetés Cserző Miklós 2018 A mai előadás A kurzus menete Hol találkozunk bioinformatikával Mi a bioinformatika Miért van bioinformatika A számítógépekről
Molekuláris evolúció második gyakorlat
Molekuláris evolúció második gyakorlat Szekvenciák illesztése (alignment készítés) Szekvenciák szerkesztése Programok: ClustalX (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html) GeneDoc (http://www.psc.edu/biomed/genedoc/)
MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár
Fogyaszthatóak-e az ősibb búzafélék? Tönke, alakor, kamut a lisztérzékenység tükrében Juhász Angéla- Gell Gyöngyvér- Kovács Krisztina MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár
Genetika. Tartárgyi adatlap: tantárgy adatai
Genetika Előadás a I. éves Génsebészet szakos hallgatók számára Tartárgyi adatlap: tantárgy adatai 2.1. Tantárgy címe Genetika 2.2. Előadás felelőse Dr. Mara Gyöngyvér, docens 2.3. Egyéb oktatási tevékenységek
A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban.
A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. Az AHL szabályzórendszer génjei. Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar Multidiszciplináris
Az X kromoszóma inaktívációja. A kromatin szerkezet befolyásolja a génexpressziót
Az X kromoszóma inaktívációja A kromatin szerkezet befolyásolja a génexpressziót Férfiak: XY Nők: XX X kromoszóma: nagy méretű több mint 1000 gén Y kromoszóma: kis méretű, kevesebb, mint 100 gén Kompenzációs
transzláció DNS RNS Fehérje A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti fehérjék, transzportfehérjék
Transzláció A molekuláris biológia centrális dogmája transzkripció transzláció DNS RNS Fehérje replikáció Reverz transzkriptáz A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti
Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen
Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Azonosító szám: TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0011 Az orvosi
TÉMAKÖRÖK. Ősi RNS világ BEVEZETÉS. RNS-ek tradicionális szerepben
esirna mirtron BEVEZETÉS TÉMAKÖRÖK Ősi RNS világ RNS-ek tradicionális szerepben bevezetés BIOLÓGIAI MOLEKULÁK FEHÉRJÉK NUKLEINSAVAK DNS-ek RNS-ek BIOLÓGIAI MOLEKULÁK FEHÉRJÉK NUKLEINSAVAK DNS-ek RNS-ek
Bioinformatika 2 10.el
10.el őadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 24. Genomikavs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket
A HUMÁN GENOM PROJEKT Sasvári-Székely Mária* Semmelweis Egyetem, Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézet
A HUMÁN GENOM PROJEKT Sasvári-Székely Mária* Semmelweis Egyetem, Orvosi Vegytani, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézet *Levelezési cím: Dr. Sasvári-Székely Mária, Semmelweis Egyetem, Orvosi
Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése. Doktori (Ph.D.) értekezés. Készítette: Sebestyén Endre
Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése Doktori (Ph.D.) értekezés Készítette: Sebestyén Endre Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola
ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS
Az élettudományi-klinikai felsőoktatás gyakorlatorientált és hallgatóbarát korszerűsítése a vidéki képzőhelyek nemzetközi versenyképességének erősítésére TÁMOP-4.1.1.C-13/1/KONV-2014-0001 ADATBÁNYÁSZAT
Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén
Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Dr. Dallmann Klára A molekuláris biológia célja az élőlények és sejtek működésének molekuláris szintű
A minimális sejt. Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására
A minimális sejt Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására Anyagcsere Gánti kemoton elmélete Minimum sejt Top down: Meglevő szervezetek genomjából indulunk ki Bottom
A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások. Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék
A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék Endoszimbiotikus gén-transzfer (Timmis et al., 2004, Nat Rev Gen) Endoszimbiotikus
Bioinformatika előadás
Bioinformatika 2 11. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2016.11.28. Bioinformatics Szerkezeti genomika, proteomika, biológia
A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben
A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben Tory Kálmán Semmelweis Egyetem, I. sz. Gyermekklinika A ~20 ezer fehérje-kódoló gén a 23 pár kromoszómán A kromoszómán található bázisok száma: 250M
Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében
Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében Szántó-Egész Réka 1, Mohr Anita 1, Sipos Rita 1, Dallmann Klára 1, Ujhelyi Gabriella 2, Koppányné Szabó Erika
A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish.
OTKA K67808 zárójelentés 2012. A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish. A fluoreszcens in situ hibridizáció (FISH) olyan technikai fejlettséget ért
Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014. Április 8 Május 22 8th April 22nd May
Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014 Április 8 Május 22 8th April 22nd May Hét / 1st week (9. kalendariumi het) Takács László / Fehér Zsigmond Magyar kurzus Datum/ido Ápr. 8 Apr. 9 10:00 10:45
Molekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában
Molekuláris genetikai vizsgáló módszerek az immundefektusok diagnosztikájában Primer immundefektusok A primer immundeficiencia ritka, veleszületett, monogénes öröklődésű immunhiányos állapot. Családi halmozódást
Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján
Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján MOHR ANITA SIPOS RITA, SZÁNTÓ-EGÉSZ RÉKA, MICSINAI ADRIENN 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu, www.biomi.hu TÖRZS AZONOSÍTÁS
Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással
Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással Kovács Zoltán ügyvezető DEKUT Debreceni Kutatásfejlesztési Közhasznú Nonprofit Kft. Problémadefiníció Első generációs
A bioinformatika gyökerei
A bioinformatika gyökerei 1944: Avery a transforming principle a DNS 1952: Hershey és Chase perdöntő bizonyíték: a bakteriofágok szaporodásakor csak a DNS jut be a sejtbe 1953: Watson és Crick a DNS szerkezete
A Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában
A Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában Sipos Rita, Lukács Alena, Simon Janka, Szántó-Egész Réka, Micsinai Adrienn 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu,
DNS replikáció. DNS RNS Polipeptid Amino terminus. Karboxi terminus. Templát szál
DNS replikáció DNS RNS Polipeptid Amino terminus Templát szál Karboxi terminus Szuper-csavarodott prokarióta cirkuláris DNS Hisztonok komplexe DNS hisztonokra történő felcsvarodása Hiszton-kötött negatív
Szekvencia összehasonlítások II. Bioinformatika és genom analízis az orvostudományban (AOGENBIG_1M)
Szekvencia összehasonlítások II. Bioinformatika és genom analízis az orvostudományban (AOGENBIG_1M) Miklós István SOTE, 21. október 28. DNS-szekvenciák összeszerelése Ún. shot-gun szekvenálással lehet
10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai
10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai A DNS mint azonosító 3 milliárd bázispár az emberi DNS-ben (99.9%-ban azonos) 0.1%-nyi különbség elegendő az egyedek megkülönböztetéséhez Genetikai
A búzaszem fejlődésében szerepet játszó gének azonosítása bioinformatikai és molekuláris módszerekkel. Doktori (Ph.D.) értekezés SZŰCS ATTILA
A búzaszem fejlődésében szerepet játszó gének azonosítása bioinformatikai és molekuláris módszerekkel Doktori (Ph.D.) értekezés SZŰCS ATTILA MTA Szegedi Biológiai Központ, Növénybiológiai Intézet Témavezető:
A C. elegans TRA-1/GLI/Ci szex-determinációs faktor célgénjeinek meghatározása és analízise. Doktori értekezés tézisei.
A C. elegans TRA-1/GLI/Ci szex-determinációs faktor célgénjeinek meghatározása és analízise Doktori értekezés tézisei Hargitai Balázs Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori
A géntechnológiát megalapozó felfedezések
2010. december BIOTECHNOLÓGIA Rova tvezető: Dr. Heszky László akadémikus A géntechnológia genetikai alapjai c. I. fejezet 1-5. részében azokat a tudományos eredményeket mutattuk be, melyek bizonyítják,
A doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban.
A doktori értekezés tézisei A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban. Bíró Judit Témavezető: Dr. Fehér Attila Magyar Tudományos Akadémia
NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A
NÖVÉNYGENETIKA Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0010 A citológia és a genetika társtudománya Citogenetika A kromoszómák eredetét, szerkezetét, genetikai funkcióját,
TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben
TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben Vértessy G. Beáta egyetemi tanár TDK mind 1-3 helyezettek OTDK Pro Scientia különdíj 1 második díj Diákjaink Eredményei Zsűri különdíj 2 első díj OTDK
Új temékek az UD-GenoMed Kft. kínálatában!
Új temékek az UD-GenMed Kft. kínálatában! Műanyag termékek: SARSTEDT műanyag termékek teljes választéka Egyszer használats labratóriumi műanyag eszközök szövet és sejttenyésztéshez Vérvételi és diagnsztikai
7. SOKFÉLESÉG. Sokféleség
Sokféleség DIA 1 Egy populáció egyedei fenotípusos jegyeikben különböznek egymástól. Az egypetéjű ikreket leszámítva, nincs két egyforma egyed. A fenotípusos változékonyságot a genetikai változékonyság
13. RNS szintézis és splicing
13. RNS szintézis és splicing 1 Visszatekintés: Az RNS típusai és szerkezete Hírvivő RNS = mrns (messenger RNA = mrna) : fehérjeszintézis pre-mrns érett mrns (intronok kivágódnak = splicing) Transzfer
PROGRAMFÜZET. "GENETIKAI MŰHELYEK MAGYARORSZÁGON" XIII. Minikonferencia SZEPTEMBER 12.
PROGRAMFÜZET "GENETIKAI MŰHELYEK MAGYARORSZÁGON" XIII. Minikonferencia 2014. SZEPTEMBER 12. MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont Szeged, Temesvári krt. 62. Az előadások helye: SZBK nagyelőadó Az előadások
A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete)
A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete) A probléma bonyolultsága Általánosságban: találjuk meg egy tetszőleges szekvencia azon konformációját, amely a szabadentalpia
Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP)
Humán genom variációk single nucleotide polymorphism (SNP) A genom ~ 97 %-a két különböző egyedben teljesen azonos ~ 1% különbség: SNP miatt ~2% különbség: kópiaszámbeli eltérés, deléciók miatt 11-12 millió
Transzgénikus növények alkalmazása a funkcionális genomikai kutatásokban
Transzgénikus növények alkalmazása a funkcionális genomikai kutatásokban MTA Agrártudományi Kutatóközpont Növényi Sejtbiológia Osztály Gyakorlatban alkalmazható transzgénikus növények létrehozásának alapfeltétele:
Az AHL szabályzórendszer génjei. Doktori disszertáció tézisei. Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar
A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. Az AHL szabályzórendszer génjei. Doktori disszertáció tézisei Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai
A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen
A genomikai oktatás helyzete a Debreceni Egyetemen Bálint Bálint L. GNTP Oktatás és Tudásmenedzsment Munkabizottság, 2009. június 10. Tények Debreceni Egyetemről 21000 nappali és 33000 összes hallgató
A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban.
A bakteriális kommunikáció és kooperáció génjeinek elhelyezkedése ismert genomokban. Az AHL szabályzórendszer génjei. Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar Multidiszciplináris
HAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt. SNP GWA Haplotípus: egy kromoszóma szegmensen lévő SNP mintázat
HAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt A Nemzetközi HapMap Project célja az emberi genom haplotípus* térképének(hapmap; haplotype map) megszerkesztése, melynek segítségével katalogizálni tudjuk az ember
A mutáns fenotípushoz szorosan kapcsolt markerek (1N1R és U212D) segítségével BAC (Bacterial Artifical Chromosome) klónokat azonosítottunk egy másik
A szimbiotikus gümő kialakulásában résztvevő két gén azonosítása Medicago truncatulaból térképezésen alapuló génizolálással c. OTKA pályázat (T046645) zárójelentése A pályázat célja a Sinorhizobium meliloti
avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest
Iparilag alkalmazható szekvenciák, avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest Neutrokin α - jelentős kereskedelmi érdekek
Enumerációs-alapú diád predikciós algoritmus alkalmazása növényi promóterek analízisében. Cserháti Mátyás
Enumerációs-alapú diád predikciós algoritmus alkalmazása növényi promóterek analízisében Ph.D. értekezés tézisei Cserháti Mátyás Témavezetı: Dr. Pongor Sándor és Dr. Györgyey János MTA Szegedi Biológiai
NANOTECHNOLOGIA 6. előadás
NANOTECHNOLOGIA 6. előadás A plazmid: Ha meg akarjuk ismerni egy fehérje működését, akkor sokat kell belőle előállítanunk. Ezt akár úgy is megtehetjük, hogy a kívánt géndarabot egy baktérumba ültetjük
A replikáció mechanizmusa
Az öröklődés molekuláris alapjai A DNS megkettőződése, a replikáció Szerk.: Vizkievicz András A DNS-molekula az élőlények örökítő anyaga, kódolt formában tartalmazza mindazon információkat, amelyek a sejt,
Az Ig génátrendeződés
Az Ig génátrendeződés Háromféle változás játszódik le a molekula szerkezetét tekintve: B sejtek fejlődése alatt: VDJ átrendeződés (rekombináció) IgH izotípusváltás rekombináció (CSR) Szomatikus hipermutáció
Bioinformatika előadás
Bioinformatika 2 11. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2018.11.22. Szerkezeti genomika, proteomika, biológia A biológia forradalma
Molekuláris biológiai adatbázisok és adatbázis keresések. Barta Endre Tóth Gábor MBK Bioinformatikai Csoport
Molekuláris biológiai adatbázisok és adatbázis keresések Barta Endre Tóth Gábor MBK Bioinformatikai Csoport Adatbázisok: megvalósítás Szöveges adatbázis általában szekvenciális, néha indexelt megfelelő
Biológus MSc. Molekuláris biológiai alapismeretek
Biológus MSc Molekuláris biológiai alapismeretek A nukleotidok építőkövei A nukleotidok szerkezete Nukleotid = N-tartalmú szerves bázis + pentóz + foszfát N-glikozidos kötés 5 1 4 2 3 (Foszfát)észter-kötés
Az ADA2b adaptor fehérjéket tartalmazó hiszton acetiltranszferáz komplexek szerepének vizsgálata Drosophila melanogaster-ben
Az ADA2b adaptor fehérjéket tartalmazó hiszton acetiltranszferáz komplexek szerepének vizsgálata Drosophila melanogaster-ben DOKTORI TÉZIS Pankotai Tibor Témavezető: Dr. Boros Imre Miklós Szeged, 2007
Többgénes jellegek. 1. Klasszikus (poligénes) mennyiségi jellegek. 2.Szinte minden jelleg több gén irányítása alatt áll
Többgénes jellegek Többgénes jellegek 1. 1. Klasszikus (poligénes) mennyiségi jellegek Multifaktoriális jellegek: több gén és a környezet által meghatározott jellegek 2.Szinte minden jelleg több gén irányítása
NUKLEINSAVAK. Nukleinsav: az élő szervezetek sejtmagvában és a citoplazmában található, az átöröklésben szerepet játszó, nagy molekulájú anyag
NUKLEINSAVAK Nukleinsav: az élő szervezetek sejtmagvában és a citoplazmában található, az átöröklésben szerepet játszó, nagy molekulájú anyag RNS = Ribonukleinsav DNS = Dezoxi-ribonukleinsav A nukleinsavak
A géntechnológia genetikai alapjai (I./3.)
Az I./2. rész (Gének és funkciójuk) rövid összefoglalója A gének a DNS információt hordozó szakaszai, melyekben a 4 betű (ATCG) néhány ezerszer, vagy százezerszer ismétlődik. A gének önálló programcsomagként
ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS
VÍZMIKROBIOLÓGUSOK XI. ORSZÁGOS KONFERENCIÁJA - 2012 ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS LEHETŐSÉG, VAGY NEHÉZSÉG? MÁRIALIGETI KÁROLY EÖTVÖS LORÁND TUDOMÁNYEGYETEM, BUDAPEST 1953 JAMES D. WATSON, FRANCIS CRICK:
nyekkel kapcsolatos szabályoz lyozás Központi Budapest BME 2009
GM-növényekkel nyekkel kapcsolatos szabályoz lyozás Gelencsér Éva Központi Élelmiszer-tudományi Kutatóint intézet - KÉKIKI Budapest BME 2009 GM növények nyek a gyakorlatban Első generációs fejlesztések
A felgyorsult fehérje körforgás szerepe a transzlációs hibákkal szembeni alkalmazkodási folyamatokban
A felgyorsult fehérje körforgás szerepe a transzlációs hibákkal szembeni alkalmazkodási folyamatokban Ph.D. értekezés tézisei Kalapis Dorottya Témavezető: Dr. Pál Csaba tudományos főmunkatárs Biológia
PROKARIÓTA GENOMOK ÖSSZEHASONLÍTÓ ANALÍZISE BIOINFORMATIKAI MÓDSZEREKKEL. Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei. Kassainé Jáger Edit Andrea
PROKARIÓTA GENOMOK ÖSSZEHASONLÍTÓ ANALÍZISE BIOINFORMATIKAI MÓDSZEREKKEL Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei Kassainé Jáger Edit Andrea Biológia Doktori Iskola Vezetője: Dr. Erdei Anna egyetemi tanár, az
Új genetikai stratégia kidolgozása az Arabidopsis stressz válaszát szabályzó gének azonosítására
Új genetikai stratégia kidolgozása az Arabidopsis stressz válaszát szabályzó gének azonosítására Tézisfüzet Papdi Csaba Témavezető: Dr. Szabados László MTA Szegedi Biológiai Központ Növénybiológia Intézet
GENOMIKA TÖBBFÉLE MAKROMOLEKULA VIZSGÁLATA EGYIDŐBEN
GENOMIKA TÖBBFÉLE MAKROMOLEKULA VIZSGÁLATA EGYIDŐBEN Strukturális genomika Genomkönyvtárak DNS szekvenálás Genom programok Polimorfizmusok RFLP DNS könyvtár készítés humán genom 1. Emésztés RE-kal Emberi
AZ ALACSONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN
A martonvásári agrárkutatások hatodik évtizede AZ ALAONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN KOY GÁBOR, VÁGÚJFALVI ATTILA, TÓTH BALÁZS, SZALAI GABRIELLA,
1. A genomika alapjai - A humán genom. 1.1. Genomika
1. A genomika alapjai - A humán genom.... 1 1.1. Genomika... 1 1.2. Humán Genom Projekt... 1 1.3. DNS szekvenálás... 3 1.4. Résztvevők a humán genom projektben... 4 1.5. A HGP néhány eredménye... 4 1.6.
SOLiD Technology. library preparation & Sequencing Chemistry (sequencing by ligation!) Imaging and analysis. Application specific sample preparation
SOLiD Technology Application specific sample preparation Application specific data analysis library preparation & emulsion PCR Sequencing Chemistry (sequencing by ligation!) Imaging and analysis SOLiD
Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal
Intelligens Rendszerek Elmélete Dr. Kutor László Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal http://mobil.nik.bmf.hu/tantargyak/ire.html login: ire jelszó: IRE0 IRE / A természet általános kereső algoritmusa:
Molekuláris biológiai módszerek m. hibridizációs s technikák
Molekuláris biológiai módszerek m II: közvetlen k szekvencia analízis, hibridizációs s technikák Tordai Attila OVSZ Molekuláris Diagnosztikai Labor Bp., 2011. április 21. Labordiagnosztikai szinten tartó