Új tartalékfehérje gének izolálása a Bánkúti 1201 búzafajtából. doktori értekezés tézisei. készítette: Nagy Ila Julietta. témavezető: Dr Takács Imre
|
|
- Emil Balázs
- 5 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 Új tartalékfehérje gének izolálása a Bánkúti 1201 búzafajtából doktori értekezés tézisei készítette: Nagy Ila Julietta Biológia Doktori Iskola Doktori Iskola vezetője: Erdei Anna Kísérletes Növénybiológia Program vezetője: Szigeti Zoltán témavezető: Dr Takács Imre 2006
2 Bevezetés A prolaminok a búza endospermiumában halmozódnak fel a virágzást követő négy-öt hét folyamán (Reeves és mtsai. 1986). A csírázás idején lebomlanak és aminosavakkal táplálják a fejlődő csíranövényt. Emellett hatalmas gazdasági jelentőségük is van, mivel ezek a fehérjék teszik lehetővé, hogy a lisztből kenyeret süthessünk. A búzalisztben lévő tartalékfehérjék víz és dagasztás hatására egy kiterjedt fehérje mátrixot képeznek, amelyet sikérnek (glutén) nevezünk. A sikérkomplexet nagyszámú fehérje alkotja, melyek technológiai szempontból két jól elkülöníthető csoportra oszthatók: gliadinokra és gluteninekre. Mindkét csoport nagyszámban tartalmaz cisztein aminosavakat, melyek diszulfid kötéseket képeznek. Míg azonban a gliadinok esetében a diszulfid hidak csak molekulán belül jönnek létre és ebből következően csak momomer formában mutathatók ki, addig a glutenin molekulák intermolekuláris kötések létrehozására is képesek. A glutenin alegységekből felépülő makropolimerek alapvetően meghatározzák a kenyér sütőipari minőségét. A gliadinok között alfa, gamma és omega gliadinokat különböztethetünk meg, a gluteninek kismolekulatömegű (LMW) és nagymolekulatömegű (HMW) frakciókra oszthatók fel. A HMW glutenin gének a Glu1 lókuszon találhatók, párokba rendeződve, minden lókuszon egy nagyobb x és egy kisebb y típusú gén helyezkedik el. Az LMW glutenin gének túlnyomó részét a Glu 3 lókusz tartalmazza. Payne (1987) szerint a sütőipari minőség meghatározásában a HMW glutenin gének, azokon belül is a Glu1D lókusz génjei különösen erős hatással bírnak: az 1Dx5+1Dy10 allélkombináció a jó minőségű fajtákra jellemző, míg az 1Dx2 vagy 1Dx3 valamint 1Dy12 kombináció a gyengébb minőségű fajtákban fordul elő. A régi magyar búzafajták világhírűek voltak kiváló minőségükről. Bár agronómiai jellemzőik miatt ma már kiszorultak a köztermesztésből, a modern biotechnológiai eljárások lehetővé teszik értékes génjeik izolálását és felhasználását. Érdekes módon ezek a fajták kivétel nélkül a 2x+12y allélkombinációt hordozzák a D genomon, megtörve a Payne szabályt. A régi fajták legismertebb képviselője a Bánkúti 1201, amely egészen a 70-es évekig maradt köztermesztésben. A martonvásári Mezőgazdasági Kutatóintézetben immár évtizedes múltra tekint vissza a Bánkúti 1201 fajta molekuláris szintű kutatása. Az elmúlt évek során kollégáink nagyszámú izogén törzset izoláltak ebből az eredetileg heterogén fajtából, megteremtve a genetikai alapot a jelen dolgozat tárgyát is képező molekuláris biológiai kutatásokhoz (Vida és mtsai., 1998). Ezt követően számos új HMW és LMW glutenin gént izoláltunk a fent említett törzsekből (Juhász és mtsai., 2003, Nagy és mtsai., 2003).
3 Az alábbi kutatási tervet tűztük ki célul: 1. Az előzményekre támaszkodva a Bánkúti 1201/11310 vonal napos szemterméseiből az mrns izolálását, melyből cdns könyvtárat létrehozva lehetőség nyílik minél nagyobb számú tartalék fehérje génjének izolálására. 2. A fent említett vonal HMW-x típusú glutenin génjei közül a D genomon kódoltnak teljes hosszában való izolálása annak eldöntésére, hogy a Dx2-es, vagy a Dx3-as típus fordul-e elő ebben a vonalban. 3. A cdns könyvtárból LMW-glutenin gének izolálása specifikus radioaktív próbával jelzett hibridizáció során, az izolált gének szekvenálása, és a szekvenálási adatok összevetése az adatbanki adatokkal. mrns izolálás Anyag és módszer Bánkúti 1201/11310 vonal napos szemterméseiből Dynabeads mrna DIRECT kittel izoláltuk a mrns frakciót a gyártó cég instrukciói alapján, majd a procedúrát megismételtük, hogy a rrns-ek koncentrációját elfogadhatóra csökkentsük. cdns klónozás cdns szintézishez 2-5µg mrns-t használtunk fel. A reakciókat a SuperScript TM Plasmid System for cdna Synthesis and Plasmid Cloning kit (Gibco-BRL) segítségével végeztük. A rekombináns plazmidokat elektroporációval vittük be DH10B elektromax (Gibco-BRL) sejtekbe, BioRad elektroporátor segítségével. A baktérium sejteket 60µg/ml ampicillin tartalmú LB táptalajra szélesztettük és 37 C-on éjszakán át tenyésztettük. A véletlenszerűen kiválasztott kolóniákban PCR amplifikációval és restrikciós analízissel ellenőriztük a cdns inzertek jelenlétét és méretét. A kolóniákat fiziológiás sóoldattal lemostuk a táptalajról, majd folyékony nitrogénben lefagyasztottuk és 80 C-on tároltuk későbbi felhasználásig. A génbank szűrése A HMW x gének keresésekor kb klónt szűrtünk a HMW-x próbával. Az LMW-glutenin szekvenciát tartalmazó klónokat összesen kb kolónia között kerestük. A kolóniákat steril nejlon filterekre (Amersham Hybond-N) replikáltuk, amelyeket Maniatis és munkatársai (1982) által leírtak szerint kezeltünk, majd 0,25M Na 2 HPO 4, 1mM EDTA, 1%BSA, 7%SDS összetételű
4 prehibridizációs oldatban inkubáltuk 2 órán át 65 C-on, majd hozzáadtuk a radioaktív próbát tartalmazó hibridizációs oldatot és órán át 65 C-on inkubáltuk. A háttér aktivitás eltávolítása érdekében a filtereket a következő séma szerint mostuk: 2xSSPE, 0,1% SDS 10 perc 20 C kétszer, 1xSSPE, 0,1% SDS 30 perc 65 C, 0,2xSSPE, 0,1% SDS 30 perc 65 C. Ezután a filtereket KODAK X-OMAT XAR-5 filmen exponáltuk a pozitív klónok azonosítása végett. DNS jelölés A HMW-x klónok azonosításához az Ax2 *B allél bázispár hosszú fragmentumát (Juhász és mtsai., 2001) illetve a Dx5-ös génnek a prim51/prim52-es primerpárral amplifikált 450 bp hosszú fragmentumát (N-terminálisát) használtuk próbaként (D Ovidio és mtsai., 1994). Az LMW-glutenin DNS próba készítéséhez a Ciaffi M. és mtsai., (1999) által izolált LMW1D1 gén C terminális szakaszát használtuk, amelyet specifikus primerekkel amplifikáltunk PCR reakció útján. A PCR terméket low-melting 1%-os TAE agarózgélből (Sigma) izoláltuk vissza QIAEX II. kit (Quiagen) segítségével ng DNS-t jelöltünk Pharmacia Oligolabelling kittel 2 ΜΒq [α- 32 P] dctp (111 TBq/mmol) felhasználásával. PCR amplifikáció és klónozás A cdns génbankból ötvenezer kolóniát növesztettünk fel és kivontuk belőlük a plazmid DNS-t (Qiagen Plasmid Kit). A kiméra specifikus primerek szekvenciái a következők voltak: GliNF1: 5 ATACAGGTCGACCCTAGTGG 3, a primer kötőhely az M16064 gamma-gliadin gén N- terminális doménjében található 60 bázispár távolságra a start kódontól (Sugiyama és mtsai. 1986). LMWCR2: 5 TTATCAGTAGGCACCAACTC 3, a primer az LMW1D1 gén végéhez kapcsolódik átfedve a stop kódonokat (Ciaffi és mtsai. 1999). A PCR reakció 0,4 µm primert (külön-külön), 200 µm dntp-t, 1,5 mm MgCl 2 -ot, 20 ng plazmid DNS-t és 2,5 egység Taq polimerázt (Promega) tartalmazott 15 µl térfogatban. A program a következő volt: 94 C/4 perc (egy ciklus), 95 C/ 0,5 perc, 55 C/0,5 perc, 72 C/1 perc (harminc ciklus), 72 C/20 perc. A genomi DNS-ből indított PCR reakciónál a primerkoncentrációt megdupláztuk, a primerkötő hőmérsékletet 60 C-ra, a ciklusszámot pedig 40-re növeltük. 100 ng genomi DNS adtunk 50 µl reakcióelegyhez. A Taq polimerázt Herculase DNS polimerázzal (Stratagen) helyettesítettük. Az amplifikált fragmenteket a PCR 2.1 TOPO TA Cloning kit (Invitrogen) segítségével klónoztuk. Szekvencia elemzés A nagytisztaságú plazmid DNS-t Qiagen Plasmid Kit segítségével állítottuk elő. A szekvenáló
5 reakcióhoz az ABI Prism BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit-et használtunk, majd a mintákat egy ABI 310 automata szekvenátorral olvastuk le. A kapott szekvenciaadatokat a GCG szoftvercsomaggal elemeztük (Genetics Computer Group). Eredmények összefoglalása 1. A Bánkúti 1201/ es genotípusból cdns könyvtárat készítettünk napos szemtermésből, vagyis az antézis utáni napon izoláltuk a fejlődő búzaszemből az mrns-t. Az mrns-ről átírt dupla szálú cdns a frakcionálás után mintegy 100ng-nyi mennyiségét arra alkalmas plazmidba építettük be, majd a rekombináns plazmidokat E. coli sejtekbe transzformáltuk. Az elektroporációt követően körülbelül kolóniát kaptunk 1ng cdns-re vetítve, tehát a génbank nagysága kb. 6 millió klón. A PCR és restrikciós analízis alapján a klónok 90%-a tartalmaz inzertet. 2. Több, mint kolóniát szűrtünk a Bánkúti 1201-es cdns génkönyvtárból 1Dx5 próbával, ahhoz hogy a D genomon kódolt HMWx típusú gén teljes szekvenciáját izolálni tudjuk. A szekvenciaanalízis alapján egyértelműen bizonyítást nyert, hogy a Dx2 allél fordul elő Bánkúti 1201/ es genotípusban. 3. A Bánkúti 1201-es cdns bankból mintegy 1100 klónt szűrtünk az LMW1D1 gén C- terminális régióját használva próbaként (Nagy és mtsai., 2003). Az LMW-GS specifikus transzkriptumok parciális koncentrációja meghaladja a 3%-ot a szóbanforgó fejlődési stádiumban. Összesen 30 klónt izoláltunk és térképeztünk. A 9 leghosszabb klónt szekvenáltuk meg. Négy azonosnak bizonyult az LMW1D1 génnel, amelyet legelsőként izoláltak, és gyakorisága alapján domináns alegységnek tűnik a Bánkúti 1201 fajtában is. Négy klón az Ikeda és munkatársai (2002) által publikált géncsaládokhoz mutat nagyfokú homológiát, ezek közül egy a referencia génhez képest egy 132 aminosavnyi deléciót tartalmaz. A kilencedik olyan rekombináns szekvenciát tartalmazott, amely ezidáig teljesen ismeretlen volt a szakirodalomban (lásd később). 4. Az LMW1D1 próbával izolált klónok között találtunk egy olyan unikális szerkezetű rekombináns (kiméra) gént is, amely ezidáig teljesen ismeretlen volt. A gén N-terminális vége gamma gliadin, a C-terminális része viszont LMW-GS specifikus szekvenciákat tartalmazott. Gamma-gliadin és LMW1D1 specifikus primerekkel a cdns bankból 8 klónt izoláltunk, a genomból 6 fragmentumot klónoztunk, (ebből négy azonos volt a cdnsekkel). A szekvenálás után mind hasonló szerkezetűnek bizonyultak. Ezek a szekvenciák minden bizonnyal valamilyen rekombinációs folyamat révén jöttek létre a genomban.
6 Következtetések HMW-glutenin gének izolálása és jellemzése A D genomon kódolt HMW-glutenin gén teljes hosszában való izolálása céljából kolóniahibridizációt végeztünk. A röntgenfilmen nagyszámú pozitív jelet kaptunk, ezek alapján a HMW-x gének (transzkriptumok) parciális koncentrációja 1%-ra becsülhető. Az összesen ötvenegy izolált klónt restrikciós analízisnek vetettünk alá. A négy leghosszabb inszertet tartalmazó klón között teljes hosszúságú Ax2 *B és Bx7 szekvenciákat tartalmazó klónokat azonosítottunk. A HMW-x pozitív klónok közül a rövidebb Dx fragmenteket tartalmazókat restrikciós analízissel azonosítottuk. A négy ilyen klón segítségével a keresett allél 3' végének a szekvenciáját meghatároztuk. Mivel az első szűrési kísérletben (kb klón) teljes hosszúságú Dx-es gént nem találtunk, a továbbiakban nagyobb számú populációt vizsgáltunk. A génbankból 10x5000 klónt növesztettünk fel. Az izolált DNS-t kétféle kombinációban hasítotuk endonukleázokkal és Sothern blott alapján egy csoportot választottunk ki, mely tartalmazta a keresett klónt. Kolónia hibridizáció után izoláltuk 2 telepet, amelyek nagy valószínűséggel ugyanazt a klónt képviselik A szekvenálás során kiderült, hogy a klón 45 bp-ral a startkodon előtt kezdődik, tehát a gén 5, nem transzlálódó részéből is tartalmaz egy szakaszt. A repetitív régió átszekvenálásához szubklónozást alkalmaztuk. A szekvenciaanalízis alapján kiderült, hogy a Dx2 gén van ebben a vonalban. LMW-glutenin gének izolálása és jellemzése A Bánkúti 1201-es cdns bankból mintegy 1100 klónt szűrtünk, az LMW1D1 gén C-terminális régióját használva próbaként (Nagy és mtsai., 2003). A pozitív kolóniák száma jóval meghaladta a harmincat, tehát az LMW-GS specifikus transzkriptumok parciális koncentrációja meghaladja a 3%-ot, a szóban forgó fejlődési stádiumban, mivel a használt kondíciók mellett lehetnek olyan LMW-glutenin gének, melyekkel nem hibridizál a jelölt próba. A transzkripció mértéke azonban még ennél magasabb is lehet, amikor az a legnagyobb mértékű. Az expressziós profilja ezeknek a géneknek genotípusonként különbözik, jelen genotípusnál pontosan nem ismert. Összesen 30 klónt izoláltunk és PCR reakcióval ellenőriztük az inszertek hosszát. Túlnyomó többségük túlságosan rövid inszertet tartalmazott, a 9 leghosszabb klónt szekvenáltuk meg. Egy közülük (B21) olyan rekombináns szekvenciát (kiméra) tartalmazott, amely eddig teljesen ismeretlen volt a szakirodalomban (lásd: lent). A maradék 8 klón jellemzőit és csoportosítását az 1. táblázat tartalmazza. Az első csoportot négy LMW1D1 specifikus klón alkotja (közülük három teljes hosszúságú),
7 100%-os homológiát mutatva a referencia génhez (Colot és mtsai., 1989). Három klón olyan LMW-glutenin génekkel mutat nagyfokú homológiát melyeket a közelmúltban izoláltak japán kutatók egy helyi puhaszemű búzafajtából (Ikeda és mtsai., 2002). Klón jele Aminosav szám Osztályozás Homológia foka Klón hossza B4 307 LMW1D1 100% Teljes B LMW1D1 100% Teljes B LMW1D1 100% Teljes B LMW1D1 100% Részleges B6 195 G5 100% Részleges B G5 99% Részleges B G4 98% Részleges B G2 <50% Részleges 1.Táblázat A 8 megszekvenált LMW-GS pozitív klón jellemzői. A klónokat az adatbázis és Ikeda és mtsai., (2002) szekvencia adataihoz való homológia alapján csoportosítottuk. A csoportokat az N- és a C-terminális konzervált domén szekvenciái alapján állították fel. A G2 csoportba sorolt szekvenciák N-terminálisa az LMW glutenin alegységek m (LMWGS-m) típusai közül a kenyérbúza fajtákban leggyakrabban előfordulónak megfelelő (Lew és mtsai., 1992, Masci és mtsai., 1998). A G4 csoportba tartozó szekvenciák csak az első helyen levő izoleucinnal térnek el az LMWGS-m típusától (Masci és mtsai., 1998). A G5 csoportba sorolt szekvenciák a kenyérbúzában második leggyakrabban előforduló LMW-GS-m típusba sorolhatóak (Masci és mtsai., 1998). Különlegességük abban áll, hogy az N-terminális rész hidrofóbabb, mint más LMW glutenin alegységek esetében, aminek köszönhetően a tészta rugalmasságát növelheti (Belton 1999). A G4 és G5 csoportba tartozó nukleotid szekvenciákat először Ikeda és munkatársai (2002) írták le. Mindhárom csoport tagjai 8-8 cisztein aminosavat tartalmaznak, melyek közül az első és a hetedik vesz részt molekulák közti kötések kialakításában. Az általunk izolált alléleknél az N-terminális konzervált domént illetően egyik esetben sem rendelkezünk szekvencia adattal. A csoportosítást a C-terminális szekvenciák homológiái alapján végeztük, bármifajta következtetést csak megfelelő óvatossággal lehet levonni, hiszen a teljes szekvenciák izolálása még módosíthatja az osztályozást. A B12-es klón teljes hosszát vizsgálva nem mutatott szignifikáns homológiát semmilyen ismert prolamin szekvenciával, a G2 osztályba tartozó fehérjékhez képest az általunk izolált génszakasz egy 132 aminosavnyi deléciót tartalmaz. Amennyiben a deléciótól eltekinünk, a homológiái foka 93%-nak adódik, a deléció előtti 36 aminosavnyi szakaszon 81%, a deléció utáni 92 aminosavnyi szakaszon pedig 97%-os az egyezés a két fehérje között. A deléció következtében a ciszteinek száma 5-tel csökken, ami azt jelenti, hogy ha feltételezzük, hogy a gén N-terminális konzervált doménje nem tér el a referencia géntől, akkor az általunk izolál génszakasz egy 3 cisztein aminosavat tartalmazó glutenin fehérje génjének a 3' vége lehet. Az első két cisztein a tipikus LMW gluteninek 1. és 7. cisztein aminosavjának felel meg, így feltételezhetően képes intermolekuláris
8 kötésre, amiből ugyanolyan működésre következtethetünk, mint ami a "normális" LMW gluteninekre jellemző. Ami az izolált klónok megoszlását illeti, az elég aránytalannak mondható. Az LMW1D1 eredetű cdns-ek frekvenciája nagyon magas (50%). A nagy parciális koncentrációjából, ill. a 100%-os konzerváltságából következően ez a gén fontos komponense lehet az LMW-GS családnak. A maradék négy klón már sokkal inkább megoszlott (három különböző szekvencia csoport). A B21- es szekvencia (ltsd. következő fejezet) különleges tulajdonságai alapján egy eddig ismeretlen rekombináns gént, géncsaládot reprezentál. Gliadin-Glutenin kiméra szerkezetű gének izolálása és jellemzése A cdns génbankot LMW glutenin specifikus próbával szűrtük, annak érdekében, hogy ismeretlen LMW glutenin géneket vagy alléleket izoláljunk (Nagy és mtsai. 2003). A nagyszámú pozitív klón között egy olyan szekvenciát azonosítottunk (B21), amely egészen sajátos amfipoláris struktúrát mutatott. A DNS fragmentum N-terminális része gamma-gliadin, a C-terminális része LMW glutenin szekvenciákat tartalmazott. A két különböző eredetű fragmentum fúziója egy viszonylag rövid rekombináns gént eredményezett. A feltételezett fehérje termék azonban még ennél is rövidebb lett, mivel a fúzió során kereteltolódás történt, ami az eredeti aminosav szekvencia jelentős részét eltávolította (a stop kódon feljebb tolódott). A kereteltolódás emellett természetesen teljesen megváltoztatta a glutenin domén aminosav sorrendjét is, olyan módon, hogy az új szekvencia már semmilyen homológiát nem mutat az ismert prolamin génekkel. Az egyetlen cisztein, amelyet a glutenin domén eredetileg tartalmazott szintén elveszett, viszont a kereteltolódásos mutáció egy új ciszteint hozott létre egy másik pozícióban. Ezt a gént Ch1-nek neveztük el kiméra szerkezete miatt. Mivel feltételeztük, hogy a rekombinációs esemény, amely a Ch1 gént létrehozta többször is megismétlődhetett, kiméra specifikus PCR primerekkel teszteltük mind a cdns könyvtárat, mind a genomi DNS-t. Ilyen módon további kilenc molekuláris kimérát sikerült izolálnunk. A kiméra gének legfontosabb jellemzőit az 2. táblázat foglalja össze. A feltüntetett szekvenciák figyelemreméltó variabilitást mutatnak mind nagyságukat, mind eredetüket, mind pedig a gliadin/glutenin szekvenciák arányát illetően. Amennyiben a kódoló szekvenciákat vesszük számításba (vagyis a fehérjetermék hosszát), úgy a legkisebb molekula a Ch6, mindössze 82 aminosavval. A Ch2 és Ch4 ezzel szemben majdnem négyszer nagyobb, elérve ill. megközelítve a parentális gének hosszát (318 ill. 307 aminosav). A gliadin/ glutenin arány is igen széles határok között változik, a két szélső értéket a Ch7 (63%/37%) és a Ch4 (11%/89%) képviseli. Fontos megjegyezni, hogy a gliadin fragment hossza sohasem haladja meg a 420 nukleotidot, így a ciszteinek minden esetben a glutenin fragmentben
9 találhatóak (a gliadinok nem tartalmaznak ciszteint a molekula N-terminális részén). Szembetűnő, hogy számos kiméra tartalmaz hosszabb-rövidebb deléciókat, amelyek azonban sohasem változtatják meg a leolvasási keretet (hárommal oszthatóak). A deléciók határain rövid szekvencia ismétlődések fedezhetők fel, amelyek arra utalnak, hogy ezek az átrendeződések genetikai rekombináció útján jöttek létre. A széleskörben elterjedt nézetek szerint a prolamin gének repetitív régiójában bekövetkező rekombinációs folyamatok döntő szerepet játszottak ezen géncsalád evolúciójában (Kreis és mtsai. 1985, D Ovidio és mtsai. 1996). A leghosszabb deléciót a Ch3 klón hordozza a glutenin doménben. Ez a mutáció különös jelentőséggel bír, mivel a Ch3 gén láthatólag a Ch4-ből keletkezett egy 597 bp hosszú delécióval, amely eltávolította a glutenin fragment túlnyomó részét. Ehhez hasonló közvetlen leszármazás a többi kiméra esetében nem fedezhető fel, azonban egy másfajta kapcsolat a Ch1 és Ch2 szekvenciák között is kimutatható. Mindkét gén ugyanazt a deléciót hordozza. Ebben az esetben a deléció vélhetőleg a gliadin szülői génben következett be a glutenin előddel történt rekombináció előtt. Egyelőre nem világos, hogy a kiméra szekvenciák miért tartalmaznak nagy számban olyan deléciókat, amelyek a szülői génekben nem fordulnak elő. Elképzelhető, hogy ezek a mutációk egyfajta melléktermékei annak a rekombinációs folyamatnak, amely létrehozta ezeket a rekombináns géneket. A rekombináns prolamin gének különféleképpen csoportosíthatók szerkezeti tulajdonságaik alapján. A Ch1,6,7,8 és 10- es klónok kereteltolódásos mutációt hordoznak, következtetésképpen protein termékük nem is tekinthető valódi tartalékfehérjének a megváltozott aminosav sorrend miatt. Nagy különbség van a szóbanforgó gének között a ciszteinek számában is. A Ch2 és Ch4 tartalmazza mind a hét glutenin eredetű ciszteint a C-terminális régióból. A legtöbbjük azonban csak egy ciszteinnel rendelkezik, vagy az eredeti pozícióban, vagy a kereteltolódás által módosított helyen. A Ch10-es különleges helyet foglal el a kimérák között, mivel egyáltalán nem tartalmaz ciszteint az omega- gliadinokhoz hasonlóan. Bár jelenleg nem áll rendelkezésünkre egyértelmű bizonyíték, hogy a kiméra proteinek valóban kimutathatóak az endospermiumban, a feltételezett fehérjék bizonyos tulajdonságai kikövetkeztethetőek a szekvencia adatokból. A csoporton belül jól elkülöníthető családot alkotnak a kereteltolódást nem tartalmazó polipeptidek, amelyek valószínűleg láncterminálóként működnek. Rendkívűl eltérő ciszteintartalmuk ellenére ezek a molekulák ugyanis csak egyetlen olyan szulfhidril csoportot tartalmaznak, amely intermolekuláris kötésre képes (Köhler és mtsai. 1993). A kereteltolódást hordozó klónok egy kivételével szintén egyetlen ciszteinnel rendelkeznek, amelynek pontos térbeli pozíciója nem ismert, mivel a prolaminokétól teljesen eltérő aminosav szekvenciában foglal helyet. A Ch10-es fehérje egyetlen ciszteint sem tartalmaz, így fukcionális szempontból egyértelműen gliadinnak tekinthető. Mindent összevetve tehát azt mondhatjuk, hogy a tíz feltételezett kiméra protein közül funkcionális szempontból kilenc valószínűleg gluteninként, egy
10 pedig gliadinként viselkedik. A kiméra fehérjék közül a Ch1-et sikerült eddig termeltetni bakteriális rendszerben, majd poliakrilamid gélen azonosítani. A kapott termék molekulatömege jó egyezést adott az elméleti értékkel, bizonyítva, hogy az új, egyszeres stop kódon valóban működőképes (a normál prolamin gének kettős stop kódont tartalmaznak). Ugyanakkor a termék nem oldódott etanolban, tehát fizikai-kémiai jellemzői eltérnek a szülői génekétől. Ami a kiméra gének kromoszómális lokalizációját illeti, közvetlen bizonyítékaink egyelőre nincsenek. A közvetett bizonyítékok azonban arra utalnak, hogy ezek a szekvenciák a D genomhoz kapcsolhatók. Az 1. táblázatban feltüntetett glutenin szülői szekvenciák közül egy kivételével (ab062863) mindegyik a D genomhoz köthető (D Ovidio és Masci, 2004). A gliadin szülők genomi pozíciója ismeretlen. A rekombináns tartalékfehérje gének tulajdonságait és jelentőségét illetően még számos nyitott kérdés vár megoldásra. Bizonyításra szorul a kiméra fehérjék jelenléte a lisztben, valamint tisztázni kell funkcionális tulajdonságaikat is. Jelenleg nem ismerjük ezeknek a szekvenciáknak az előfordulását a különböző genotípusokban, rokonsági körökben. Hasonlóképpen megfejtésre várnak annak a rekombinációs folyamatnak a részletei is, amely a múltban létrehozta ezeket a különös géneket. Elnevezés Fragment méret (bp) Gliadinglutenin határ (bp) a Gliadin arány Deléciók (bp) b A protein hossza (a.sav) d Ciszteinek száma Homológ szekvenciák Gliadin rész Glutenin rész Ch1 c,g (+) 63% 24 (206.) 151 (42) 1 af X13306 Ch2 c (-) 33% 24 (206.) af X13306 Ch3 c (-) 31% 597 (99.) af X13306 Ch4 c (-) 11% af X13306 Ch5 c,g (-) 50% M16064 X13306 Ch6 c,g (+) 40% - 82 (42) 1 M16064 X13306 Ch7 c (+) 65% 69 (157.) 176 (40) 1 af ab Ch8 c,g (+) 37% 93 (46.) 122 (40) 1 af ab Ch9 g (-) 50% M16064 ab Ch10 g (+) 58% - 168(49) 0 M16064 ab táblázat. Az izolált kiméra gének főbb strukturális jellemzői. a: Kereteltolódás van (+), kereteltolódás nincs (-). b: A deléciók helye zárójelben van feltüntetve. d: A zárójelben lévő szám a kereteltolódás által eltávolított aminosavak számát jelöli. c: cdns könyvtárból izolált klónok, g: Genomi DNS-ből izolált klónok. Irodalomjegyzék Bedő, Z., Kárpáti, M., Vida, Gy., Krammarik-Kissimon, J. and Láng, L. (1995). Good breadmaking quality wheat (Triticum aestivum L.) genotypes with 2+12 subunit composition at the Glu-D1 locus. Cer. Res. Comm., 23, 3: Belton, P. S. (1999). On the elasticity of wheat gluten. J. Cereal Sci., 29: Ciaffi, M., Lee, Y. K., Tamás, L., Gupta, R., Skerritt, J. and Appels, R. (1999). The low-molecularweight glutenin subunit proteins of primitive wheats. III. The genes from D-genome species. Theor.
11 Appl. Genet., 98: Colot, V., Bartels, D., Thompson, R. and Flawell, R. (1989). Molecular characterization of an active wheat LMW glutenin gene and its relation to other wheat and barley prolamin genes. Mol. Gen. Genet., 216: D Ovidio, R., Porceddu, E. and Lafiandra, D.(1994). Pcr analysis of genes encoding allelic variants of high-molecular-weight glutenin subunits at the Glu-D1 locus. Theor. Appl. Genet., 88: D Ovidio, R., Lafiandra, D. and Porceddu, E. (1996). Identification and molecular characterization of a large insertion within the repetitive domain of a high-molecular-weight glutenin subunit gene from hexaploid wheat. Theor. Appl. Genet., 93: D Ovidio, R. and Masci, S. (2004). The low-molecular-weight glutenin subunits of wheat gluten. J. Cereal Sci., 39: Ikeda, T. M., Nagamine, T., Fukuoka, H. and Yano, H. (2002). Identification of new low-molecularweight glutenin subunit genes in wheat. Theor. Appl. Genet., 104: Juhász, A., Tamás, L., Karsai, I., Vida, Gy., Láng, L. and Bedő, Z. (2001). Identification, cloning and characterisation of a HMW-Glutenin gene from an old Hungarian wheat variety, Bánkúti Euphytica, 119: Juhász, A.-Larroque, O. R.-Tamás, L.-Hsam, S. L. K.-Zeller, F. J.-Békés, F.-Bedő, Z.: Bánkúti 1201-an old Hungarian wheat variety with special storage protein composition. Theor. Appl. Genet., 107 (4): Köhler, P., Belitz, H. D. and Wieser, H. (1993). Disulphide bonds in wheat gluten: further cysteine peptides from high-molecular-weight (HMW) and low-molecular-weight (LMW) subunits of glutenin and from γ-gliadins. Z. Lebensm. Unters. Forsch., 196: Kreis, M., Forde, B. G., Rahman, S., Miflin, B. J. and Shewry, P. R. (1985a). Molecular evolution of the seed storage proteins of barley, rye and wheat. Journal of Molecular Biology, 183: Lew, E. J.-L., Kuzmicky, D. D. and Kasarda, D. D. (1992). Characterization of low-molecularweight glutenin subunits by reversed-phase high-performance liquid chromatography, sodium dodegyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis, and N-terminal amino-acid sequencing. Cereal Chem., 69: Maniatis, T., Fritsch, E. F., and Sambrook, J. (1982). Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York. Masci, S., D' Ovidio, R., Lafiandra, D. and Kasarda, D. D. (1998). Characterization of a lowmolecular-weight glutenin subunit gene from bread wheat and the corresponding protein that represents a major subunit of the glutenin polymer. Plant Physiol., 118,4: Nagy, I. J., Takács, I., Tamás, L. and Bedő, Z. (2003). Molecular cloning and characterization of low-molecular-weight sequences from an old Hungarian wheat variety, Bánkúti Cer Res Comm., 31 (1-2): Payne, P. I. (1987). Genetics of wheat storage proteins and the effect of allelic variation on bread making quality. Ann Rev Plant Physiol., 38: Reeves, C. D.-Krishnan, H. B.-Okita, T. W.: Gene Expression in Developing Wheat Endosperm. Plant Physiol., 82: Sugiyama, T., Rafalski, A., and Söll, D. (1986). The nucleotide sequence of a wheat γ-gliadin clone. Plant Sci., 44: Vida, Gy., Bedő, Z., Láng, L. and Juhász, A. (1998). Analysis of the quality traits of a Bánkúti 1201 population. Cer. Res. Comm., 26, 3:
A sikérfehérjék összetétele, hatásuk a sikér reológiai tulajdonságaira (Szemle)
A sikérfehérjék összetétele, hatásuk a sikér reológiai tulajdonságaira (Szemle) Uri Csilla Tóth Árpád Sipos Péter Borbélyné Varga Mária Győri Zoltán Debreceni Egyetem Agrártudományi Centrum, Mezőgazdaságtudományi
RészletesebbenBúza tartalékfehérjék mozgásának követése a transzgénikus rizs endospermium sejtjeiben
TÉMA ÉRTÉKELÉS TÁMOP-4.2.1/B-09/1/KMR-2010-0003 (minden téma külön lapra) 2010. június 1. 2012. május 31. 1. Az elemi téma megnevezése Búza tartalékfehérjék mozgásának követése a transzgénikus rizs endospermium
RészletesebbenA termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish.
OTKA K67808 zárójelentés 2012. A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish. A fluoreszcens in situ hibridizáció (FISH) olyan technikai fejlettséget ért
RészletesebbenSzelekciós lehetőségek a búza minőség-orientált nemesítésében fehérjekémiai és DNS markerekkel
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem, Vegyészmérnöki Kar Biokémiai és Élelmiszertechnológiai Tanszék Szelekciós lehetőségek a búza minőség-orientált nemesítésében fehérjekémiai és DNS markerekkel
RészletesebbenOszvald Mária. A búza tartalékfehérjék tulajdonságainak in vitro és in vivo vizsgálata rizs modell rendszerben
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék PHD ÉRTEKEZÉS TÉZISEI Készítette: Oszvald Mária A búza tartalékfehérjék tulajdonságainak in vitro
RészletesebbenA sikéralkotó fehérjék bioszintézise és a sikérkomplex reológiai sajátságai
BUDAPESTI MŰSZAKI ÉS GAZDASÁGTUDOMÁNYI EGYETEM VEGYÉSZMÉRNÖKI ÉS BIOMÉRNÖKI KAR OLÁH GYÖRGY DOKTORI ISKOLA A sikéralkotó fehérjék bioszintézise és a sikérkomplex reológiai sajátságai c. PhD értekezés Készítette:
RészletesebbenMaterials and methods
Research background and aims of the study Similar to the landraces and to other old Hungarian varieties, Bánkúti 1201 is a genetically heterogeneous population. They may possess special storage protein
RészletesebbenDNS-szekvencia meghatározás
DNS-szekvencia meghatározás Gilbert 1980 (1958) Sanger 3-1 A DNS-polimerázok jellemzői 5'-3' polimeráz aktivitás 5'-3' exonukleáz 3'-5' exonukleáz aktivitás Az új szál szintéziséhez kell: templát DNS primer
RészletesebbenA genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben
A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben Tory Kálmán Semmelweis Egyetem, I. sz. Gyermekklinika A ~20 ezer fehérje-kódoló gén a 23 pár kromoszómán A kromoszómán található bázisok száma: 250M
RészletesebbenA búza 1Bx7 HMW glutenin alegység túltermelés molekuláris alapjainak vizsgálata
OTKA F049637 Dr. Gárdonyi Márk A búza 1Bx7 HMW glutenin alegység túltermelés molekuláris alapjainak vizsgálata ZÁRÓJELENTÉS Budapest, 2007. február 28. Bevezetés: A gabonakereskedelem a fogyasztói és a
RészletesebbenADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS
Az élettudományi-klinikai felsőoktatás gyakorlatorientált és hallgatóbarát korszerűsítése a vidéki képzőhelyek nemzetközi versenyképességének erősítésére TÁMOP-4.1.1.C-13/1/KONV-2014-0001 ADATBÁNYÁSZAT
RészletesebbenBakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján
Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján MOHR ANITA SIPOS RITA, SZÁNTÓ-EGÉSZ RÉKA, MICSINAI ADRIENN 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu, www.biomi.hu TÖRZS AZONOSÍTÁS
RészletesebbenDNS molekulák elválasztása agaróz gélelektroforézissel és kapilláris elektroforézissel
DNS molekulák elválasztása agaróz gélelektroforézissel és kapilláris elektroforézissel Gyakorlat helye: BIOMI Kft. Gödöllő, Szent-Györgyi A. u. 4. (Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ épülete volt
RészletesebbenA szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése. Kiss Erzsébet Kovács László
A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése Kiss Erzsébet Kovács László Bevezetés Nagy gazdasági gi jelentıségük k miatt a gyümölcs lcsök, termések fejlıdésének mechanizmusát
Részletesebbentranszláció DNS RNS Fehérje A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti fehérjék, transzportfehérjék
Transzláció A molekuláris biológia centrális dogmája transzkripció transzláció DNS RNS Fehérje replikáció Reverz transzkriptáz A fehérjék jelenléte nélkülözhetetlen minden sejt számára: enzimek, szerkezeti
RészletesebbenA Hardy-Weinberg egyensúly. 2. gyakorlat
A Hardy-Weinberg egyensúly 2. gyakorlat A Hardy-Weinberg egyensúly feltételei: nincs szelekció nincs migráció nagy populációméret (nincs sodródás) nincs mutáció pánmixis van allélgyakoriság azonos hímekben
RészletesebbenA bioinformatika gyökerei
A bioinformatika gyökerei 1944: Avery a transforming principle a DNS 1952: Hershey és Chase perdöntő bizonyíték: a bakteriofágok szaporodásakor csak a DNS jut be a sejtbe 1953: Watson és Crick a DNS szerkezete
RészletesebbenEgy 10,3 kb méretű, lineáris, a mitokondriumban lokalizált DNS-plazmidot izoláltunk a
Egy 10,3 kb méretű, lineáris, a mitokondriumban lokalizált DNS-plazmidot izoláltunk a Fusarium proliferatum (Gibberella intermedia) ITEM 2337-es törzséből, és a plazmidot pfp1- nek neveztük el. Proteináz
RészletesebbenFehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia
Fehérje expressziós rendszerek Gyógyszerészi Biotechnológia Expressziós rendszerek Cél: rekombináns fehérjék előállítása nagy tisztaságban és nagy mennyiségben kísérleti ill. gyakorlati (therapia) felhasználásokra
RészletesebbenMlo gén alapú lisztharmat rezisztencia: régi harc új megvilágításban Mlo gene based powdery mildew resistance: an old battle in a new light
Vitányi Beáta 1 Nagy Katalin 2 Fekete Anna Katalin 3 Dudás Brigitta 4 Jenes Barnabás 5 Mlo gén alapú lisztharmat rezisztencia: régi harc új megvilágításban Mlo gene based powdery mildew resistance: an
RészletesebbenBaranyáné Dr. Ganzler Katalin Osztályvezető
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Biokémiai és Élelmiszertechnológiai Tanszék Kapilláris elektroforézis alkalmazása búzafehérjék érésdinamikai és fajtaazonosítási vizsgálataira c. PhD értekezés
RészletesebbenGENOMIKA TÖBBFÉLE MAKROMOLEKULA VIZSGÁLATA EGYIDŐBEN
GENOMIKA TÖBBFÉLE MAKROMOLEKULA VIZSGÁLATA EGYIDŐBEN Strukturális genomika Genomkönyvtárak DNS szekvenálás Genom programok Polimorfizmusok RFLP DNS könyvtár készítés humán genom 1. Emésztés RE-kal Emberi
RészletesebbenBiológus MSc. Molekuláris biológiai alapismeretek
Biológus MSc Molekuláris biológiai alapismeretek A nukleotidok építőkövei A nukleotidok szerkezete Nukleotid = N-tartalmú szerves bázis + pentóz + foszfát N-glikozidos kötés 5 1 4 2 3 (Foszfát)észter-kötés
RészletesebbenIn situ hibridizáció különböző módszereinek adaptálása és továbbfejlesztése búza genetikai alapanyagok elemzésére
OTKA F037331 Zárójelentés 2006. In situ hibridizáció különböző módszereinek adaptálása és továbbfejlesztése búza genetikai alapanyagok elemzésére Kísérleteinkben célul tűztük ki a transzgének kimutatására
RészletesebbenBiomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással
Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással Kovács Zoltán ügyvezető DEKUT Debreceni Kutatásfejlesztési Közhasznú Nonprofit Kft. Problémadefiníció Első generációs
Részletesebben2011. január április 10. IPK Gatersleben (Németország) május 17. Kruppa Klaudia
2011. január 10. 2011. április 10. IPK Gatersleben (Németország) Gatersleben (G-life) Country State District Town Administration Germany Saxony-Anhalt Salzlandkreis Seeland Basic statistics Area 16.00
RészletesebbenTARTALOMJEGYZÉK. 5.4 A tartalékfehérjék mennyiségi meghatározása Növényi anyag SE-HPLC RP-HPLC 37
TARTALOMJEGYZÉK 1 Bevezetés 3 2 Rövidítések jegyzéke 4 3 Irodalmi bevezetés 5 3.1 Búza és eredete 5 3.2 A búzanemesítés kezdetei, a tájfajták jelentősége 5 3.2.1 A magyar búzanemesítés kezdetei 6 3.2.2
RészletesebbenMTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár
Fogyaszthatóak-e az ősibb búzafélék? Tönke, alakor, kamut a lisztérzékenység tükrében Juhász Angéla- Gell Gyöngyvér- Kovács Krisztina MTA ATK Mezőgazdasági Intézete, Alkalmazott Genomikai Osztály, Martonvásár
RészletesebbenHátterükben egyetlen gén áll, melynek általában számottevő a viselkedésre gyakorolt hatása, öröklési mintázata jellegzetes.
Múlt órán: Lehetséges tesztfeladatok: Kitől származik a variáció-szelekció paradigma, mely szerint az egyéni, javarészt öröklött különbségek között a társadalmi harc válogat? Fromm-Reichmann Mill Gallton
RészletesebbenMolekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén
Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén Dr. Dallmann Klára A molekuláris biológia célja az élőlények és sejtek működésének molekuláris szintű
RészletesebbenJuhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK
Juhász Angéla MTA ATK MI Alkalmazott Genomikai Osztály SZEKVENCIA ADATBÁZISOK Fehérjét kódol? Tulajdonságai? -Hol lokalizálódik? -Oldható? -3D szerkezete? -Accession #? -Annotációja elérhető? Már benne
RészletesebbenA basidiomycota élesztőgomba, a Filobasidium capsuligenum IFM 40078 törzse egy olyan
A basidiomycota élesztőgomba, a Filobasidium capsuligenum IFM 40078 törzse egy olyan fehérjét (FC-1 killer toxint) választ ki a tápközegbe, amely elpusztítja az opportunista patogén Cryptococcus neoformans-t.
RészletesebbenThe relationship between gluten proteins and baking quality
The relationship between gluten proteins and baking quality A gabonafehérjék és a sütőipari minőség kapcsolata Móré Mariann 1 Győri Zoltán 2 Sipos Péter 1 1 Debreceni Egyetem, Agrár- és Gazdálkodástudományok
RészletesebbenTipizálási módszerek alkalmazása methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) törzsek molekuláris epidemiológiai vizsgálatai során
Tipizálási módszerek alkalmazása methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) törzsek molekuláris epidemiológiai vizsgálatai során Ungvári Erika, Tóth Ákos Magyar Infektológiai és Klinikai Mikrobiológiai
RészletesebbenA humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások. Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék
A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék Endoszimbiotikus gén-transzfer (Timmis et al., 2004, Nat Rev Gen) Endoszimbiotikus
RészletesebbenNUKLEINSAVAK. Nukleinsav: az élő szervezetek sejtmagvában és a citoplazmában található, az átöröklésben szerepet játszó, nagy molekulájú anyag
NUKLEINSAVAK Nukleinsav: az élő szervezetek sejtmagvában és a citoplazmában található, az átöröklésben szerepet játszó, nagy molekulájú anyag RNS = Ribonukleinsav DNS = Dezoxi-ribonukleinsav A nukleinsavak
RészletesebbenA növény inváziójában szerepet játszó bakteriális gének
A növény inváziójában szerepet játszó bakteriális gének merisztéma korai szimbiotikus zóna késői szimbiotikus zóna öregedési zóna gyökér keresztmetszet NODULÁCIÓ növényi jel Rhizobium meliloti rhizobium
RészletesebbenSzakmai zárójelentés. 1. Strukturális genomika Az RPS13 gén szekvenciájához homológ régió deléciója M. sativa-ban
Szakmai zárójelentés 1. Strukturális genomika 1. 1. Az RPS13 gén szekvenciájához homológ régió deléciója M. sativa-ban A diploid lucerna (Medicago sativa) genetikai térképének megszerkesztése során csoportunk
RészletesebbenNÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A
NÖVÉNYGENETIKA Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0010 A citológia és a genetika társtudománya Citogenetika A kromoszómák eredetét, szerkezetét, genetikai funkcióját,
Részletesebben5. Molekuláris biológiai technikák
5. Molekuláris biológiai technikák DNS szaporítás kémcsőben és élőben. Klónozás, PCR, cdna, RT-PCR, realtime-rt-pcr, Northern-, Southernblotting, génexpresszió, FISH 5. Molekuláris szintű biológiai technikák
RészletesebbenDr. GYŐRI ZOLTÁN DSc.
DEBRECENI EGYETEM AGRÁRTUDOMÁNYI CENTRUM MEZŐGAZDASÁGTUDOMÁNYI KAR ÉLELMISZERTUDOMÁNYI, MINŐSÉGBIZTOSÍTÁSI ÉS MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK NÖVÉNYTERMESZTÉSI ÉS KERTÉSZETI TUDOMÁNYOK DOKTORI ISKOLA Doktori iskola
Részletesebbenavagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest
Iparilag alkalmazható szekvenciák, avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest Neutrokin α - jelentős kereskedelmi érdekek
RészletesebbenBÁLINT András Beszámoló az AGRISAFE által támogatott tanulmányútról 2008 november 2009 február. 1. Az IPK bemutatása 2.
BÁLINT András Beszámoló az AGRISAFE által támogatott tanulmányútról 2008 november 2009 február 1. Az IPK bemutatása 2. A TILLING módszer Hol található az IPK? Gatersleben Általános adatok az IPK-ról Leibniz
RészletesebbenOrvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014. Április 8 Május 22 8th April 22nd May
Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics 2014 Április 8 Május 22 8th April 22nd May Hét / 1st week (9. kalendariumi het) Takács László / Fehér Zsigmond Magyar kurzus Datum/ido Ápr. 8 Apr. 9 10:00 10:45
RészletesebbenMolekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában
Molekuláris genetikai vizsgáló módszerek az immundefektusok diagnosztikájában Primer immundefektusok A primer immundeficiencia ritka, veleszületett, monogénes öröklődésű immunhiányos állapot. Családi halmozódást
RészletesebbenIn Situ Hibridizáció a pathologiai diagnosztikában és ami mögötte van.
In Situ Hibridizáció a pathologiai diagnosztikában és ami mögötte van. Kneif Józsefné PTE KK Pathologiai Intézet Budapest 2017. 05. 26 Kromoszóma rendellenesség kimutatás PCR technika: izolált nukleinsavak
RészletesebbenA Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában
A Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában Sipos Rita, Lukács Alena, Simon Janka, Szántó-Egész Réka, Micsinai Adrienn 2100 Gödöllő, Szent-Györgyi Albert út 4. info@biomi.hu,
RészletesebbenA PENICILLIUM CHRYSOGENUM LAKTÓZ HASZNOSÍTÁSÁNAK VIZSGÁLATA
EGYETEMI DOKTORI (PH.D.) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI A PENICILLIUM CHRYSOGENUM LAKTÓZ HASZNOSÍTÁSÁNAK VIZSGÁLATA Nagy Zoltán Témavezet : Dr. Biró Sándor Debreceni Egyetem Mikrobiológiai és Biotechnológiai Tanszék
RészletesebbenDOKTORI ÉRTEKEZÉS. Molekuláris biológiai módszerek fejlesztése gluténmentesség ellenırzésére. Némedi Erzsébet
DOKTORI ÉRTEKEZÉS Molekuláris biológiai módszerek fejlesztése gluténmentesség ellenırzésére Némedi Erzsébet Központi Élelmiszer-tudományi Kutatóintézet Budapest 2009 TARTALOMJEGYZÉK JELÖLÉSEK ÉS RÖVIDÍTÉSEK
RészletesebbenCreated with novapdf Printer ( Please register to remove this message.
BUDAPESTI MŰSZAKI ÉS GAZDASÁGTUDOMÁNYI EGYETEM VEGYÉSZMÉRNÖKI ÉS BIOMÉRNÖKI KAR OLÁH GYÖRGY DOKTORI ISKOLA A sikéralkotó fehérjék bioszintézise és a sikérkomplex reológiai sajátságai c. PhD értekezés tézisei
RészletesebbenKlónozás: tökéletesen egyforma szervezetek csoportjának előállítása, vagyis több genetikailag azonos egyed létrehozása.
Növények klónozása Klónozás Klónozás: tökéletesen egyforma szervezetek csoportjának előállítása, vagyis több genetikailag azonos egyed létrehozása. Görög szó: klon, jelentése: gally, hajtás, vessző. Ami
RészletesebbenHAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt. SNP GWA Haplotípus: egy kromoszóma szegmensen lévő SNP mintázat
HAPMAP -2010 Nemzetközi HapMap Projekt A Nemzetközi HapMap Project célja az emberi genom haplotípus* térképének(hapmap; haplotype map) megszerkesztése, melynek segítségével katalogizálni tudjuk az ember
RészletesebbenA TATA-kötő fehérje asszociált faktor 3 (TAF3) p53-mal való kölcsönhatásának funkcionális vizsgálata
Ph.D. ÉRTEKEZÉS TÉZISEI A TATA-kötő fehérje asszociált faktor 3 (TAF3) p53-mal való kölcsönhatásának funkcionális vizsgálata Buzás-Bereczki Orsolya Témavezetők: Dr. Bálint Éva Dr. Boros Imre Miklós Biológia
RészletesebbenGenetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére
Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére Dr. Czeglédi Levente Dr. Béri Béla Kutatás-fejlesztés támogatása a megújuló energiaforrások és agrár
Részletesebben(11) Lajstromszám: E 007 751 (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA
!HU000007751T2! (19) HU (11) Lajstromszám: E 007 751 (13) T2 MAGYAR KÖZTÁRSASÁG Magyar Szabadalmi Hivatal EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA (21) Magyar ügyszám: E 04 810619 (22) A bejelentés napja:
RészletesebbenAz Ig génátrendeződés
Az Ig génátrendeződés Háromféle változás játszódik le a molekula szerkezetét tekintve: B sejtek fejlődése alatt: VDJ átrendeződés (rekombináció) IgH izotípusváltás rekombináció (CSR) Szomatikus hipermutáció
RészletesebbenKromoszómák, Gének centromer
Kromoszómák, Gének A kromoszóma egy hosszú DNS szakasz, amely a sejt életének bizonyos szakaszában (a sejtosztódás előkészítéseként) tömörödik, így fénymikroszkóppal láthatóvá válik. A kromoszómák két
RészletesebbenA kromoszómák kialakulása előtt a DNS állomány megkettőződik. A két azonos információ tartalmú DNS egymás mellé rendeződik és egy kromoszómát alkot.
Kromoszómák, Gének A kromoszóma egy hosszú DNS szakasz, amely a sejt életének bizonyos szakaszában (a sejtosztódás előkészítéseként) tömörödik, így fénymikroszkóppal láthatóvá válik. A kromoszómák két
RészletesebbenAZ ALACSONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN
A martonvásári agrárkutatások hatodik évtizede AZ ALAONY HŐMÉRSÉKLET HATÁSÁRA BEKÖVETKEZŐ REDOX ÉS GÉNEXPRESSZIÓS VÁLTOZÁSOK GABONAFÉLÉKBEN KOY GÁBOR, VÁGÚJFALVI ATTILA, TÓTH BALÁZS, SZALAI GABRIELLA,
RészletesebbenMagyar vakcsiga (Bythiospeum hungaricum (Soós, 1927)) egy szisztematikai probléma vizsgálata genetikai módszerekkel
Földtan, őslénytan, flóra, fauna, természetvédelem www.mecsek.gportal.hu 2013.07.01. Szerkesztő: Fazekas Imre E-mail: fazekas.hu@gmail.com Magyar vakcsiga (Bythiospeum hungaricum (Soós, 1927)) egy szisztematikai
RészletesebbenAz anafázis promoting complex (APC/C) katalitikus modulja Drosophila melanogasterben. Nagy Olga
Ph.D. értekezés tézisei Az anafázis promoting complex (APC/C) katalitikus modulja Drosophila melanogasterben Nagy Olga Témavezető: Dr. Deák Péter MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont Biológia Doktori Iskola
RészletesebbenA DNS szerkezete. Genom kromoszóma gén DNS genotípus - allél. Pontos méretek Watson genomja. J. D. Watson F. H. C. Crick. 2 nm C G.
1955: 46 emberi kromoszóma van 1961: mrns 1975: DNS szekvenálás 1982: gén-bank adatbázisok 1983: R (polymerase chain reaction) Mérföldkövek 1 J. D. Watson F. H.. rick 2008 1953 2003 Watson genomja DNS
RészletesebbenÚj genetikai stratégia kidolgozása az Arabidopsis stressz válaszát szabályzó gének azonosítására
Új genetikai stratégia kidolgozása az Arabidopsis stressz válaszát szabályzó gének azonosítására Tézisfüzet Papdi Csaba Témavezető: Dr. Szabados László MTA Szegedi Biológiai Központ Növénybiológia Intézet
Részletesebben10. Genomika 2. Microarrayek és típusaik
10. Genomika 2. 1. Microarray technikák és bioinformatikai vonatkozásaik Microarrayek és típusaik Korrelált génexpresszió mint a funkcionális genomika eszköze 2. Kombinált megközelítés a funkcionális genomikában
RészletesebbenTöbbgénes jellegek. 1. Klasszikus (poligénes) mennyiségi jellegek. 2.Szinte minden jelleg több gén irányítása alatt áll
Többgénes jellegek Többgénes jellegek 1. 1. Klasszikus (poligénes) mennyiségi jellegek Multifaktoriális jellegek: több gén és a környezet által meghatározott jellegek 2.Szinte minden jelleg több gén irányítása
RészletesebbenConserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon
Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon Rövid tanulmányút 2011. 01.03-03. 30., John Inn Centre, Dept. of Crop Genetics, Norwich Research Park, Norwich NR4 7UH, UK Supervisor:
RészletesebbenA Drosophila telomer védelmét szolgáló fehérjék fajképzésben betöltött lehetséges szerepének vizsgálata
A Drosophila telomer védelmét szolgáló fehérjék fajképzésben betöltött lehetséges szerepének vizsgálata Ph. D. értekezés tézisei Vedelek Balázs Témavezetők: Prof. Boros Imre Miklós tanszékvezető egyetemi
RészletesebbenA géntechnológiát megalapozó felfedezések
2010. december BIOTECHNOLÓGIA Rova tvezető: Dr. Heszky László akadémikus A géntechnológia genetikai alapjai c. I. fejezet 1-5. részében azokat a tudományos eredményeket mutattuk be, melyek bizonyítják,
RészletesebbenMangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében
Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében Szántó-Egész Réka 1, Mohr Anita 1, Sipos Rita 1, Dallmann Klára 1, Ujhelyi Gabriella 2, Koppányné Szabó Erika
RészletesebbenNANOTECHNOLOGIA 6. előadás
NANOTECHNOLOGIA 6. előadás A plazmid: Ha meg akarjuk ismerni egy fehérje működését, akkor sokat kell belőle előállítanunk. Ezt akár úgy is megtehetjük, hogy a kívánt géndarabot egy baktérumba ültetjük
RészletesebbenA GABONAFÉLÉK EGYEDFEJLŐDÉSÉT ÉS KALÁSZOLÁSÁT MEGHATÁROZÓ GENETIKAI KOMPONENSEK TANULMÁNYOZÁSA
A martonvásári agrárkutatások hatodik évtizede A GABONAFÉLÉK EGYEDFEJLŐDÉSÉT ÉS KALÁSZOLÁSÁT MEGHATÁROZÓ GENETIKAI KOMPONENSEK TANULMÁNYOZÁSA KARSAI ILDIKÓ 1, MÉSZÁROS KLÁRA 2, KŐSZEGI BÉLA 3, PATRICK
RészletesebbenA búza tartalékfehérjék tulajdonságainak in vitro és in vivo vizsgálata rizs modell rendszerben
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék A búza tartalékfehérjék tulajdonságainak in vitro és in vivo vizsgálata rizs modell rendszerben
RészletesebbenAZ IS30 BAKTERIÁLIS INSZERCIÓS ELEM CÉLSZEKVENCIA VÁLASZTÁSÁNAK MOLEKULÁRIS TÉNYEZŐI DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI SZABÓ MÓNIKA
AZ IS30 BAKTERIÁLIS INSZERCIÓS ELEM CÉLSZEKVENCIA VÁLASZTÁSÁNAK MOLEKULÁRIS TÉNYEZŐI DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI SZABÓ MÓNIKA Gödöllő 2007. 1 A Doktori Iskola megnevezése: Szent István Egyetem Biológia Tudományi
RészletesebbenMUTÁCIÓK. A mutáció az örökítő anyag spontán, maradandó megváltozása, amelynek során új genetikai tulajdonság keletkezik.
MUTÁCIÓK A mutáció az örökítő anyag spontán, maradandó megváltozása, amelynek során új genetikai tulajdonság keletkezik. Pontmutáció: A kromoszóma egy génjében pár nukleotidnál következik be változás.
RészletesebbenZárójelentés. Állati rotavírusok összehasonlító genomvizsgálata. c. OTKA kutatási programról. Bányai Krisztián (MTA ATK ÁOTI)
Zárójelentés Állati rotavírusok összehasonlító genomvizsgálata c. OTKA kutatási programról Bányai Krisztián (MTA ATK ÁOTI) 2012 1 Az Állati rotavírusok összehasonlító genomvizsgálata c. programban azt
RészletesebbenKönyvtárak, szekvenálás, mutagenezis
Könyvtárak, szekvenálás, mutagenezis GÉNKÖNYVTÁRAK GENOMIÁLIS KÖNYVTÁR (könyvtár rendelésre: pl. Stratagene) vektor: -fág (helyettesítő), kozmid, YAC, PAC, BAC méret: N = ln(1-p)/ln[1-(i/g)] klónok száma
RészletesebbenI. A sejttől a génekig
Gén A gének olyan nukleinsav-szakaszok a sejtek magjainak kromoszómáiban, melyek a szervezet működését és növekedését befolyásoló fehérjék szabályozásához és előállításához szükséges információkat tartalmazzák.
RészletesebbenAz ellenanyagok szerkezete és funkciója. Erdei Anna Immunológiai Tanszék ELTE
Az ellenanyagok szerkezete és funkciója Erdei Anna Immunológiai Tanszék ELTE Bev. 1. ábra Immunhomeosztázis A veleszületett és az adaptív immunrendszer szorosan együttműködik az immunhomeosztázis fenntartásáért
RészletesebbenMolekuláris biológiai módszerek alkalmazása a biológiai környezeti kármentesítésben
Molekuláris biológiai módszerek alkalmazása a biológiai környezeti kármentesítésben Dr. Kovács Tamás, Kovács Árpád László Kármentesítés Aktuális Kérdései 2013 Budapest, 2013.03.21-22 Bioremediáció során
RészletesebbenAntiszenz hatás és RNS interferencia (a génexpresszió befolyásolásának régi és legújabb lehetőségei)
Antiszenz hatás és RNS interferencia (a génexpresszió befolyásolásának régi és legújabb lehetőségei) Az antiszenz elv története Reverz transzkripció replikáció transzkripció transzláció DNS DNS RNS Fehérje
RészletesebbenBioinformatika előadás
10. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat Genomika vs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket vizsgáljuk,
RészletesebbenCserző Miklós Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban. Integrált biológiai adatbázisok
Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban Integrált biológiai adatbázisok Cserző Miklós 2018 A mai előadás A genom annotálás jelentősége Genome Reference Consortium Gene Ontology Az ensembl pipeline
RészletesebbenTranszláció. Szintetikus folyamatok Energiájának 90%-a
Transzláció Transzláció Fehérje bioszintézis a genetikai információ kifejeződése Szükséges: mrns: trns: ~40 Riboszóma: 4 rrns + ~ 70 protein 20 Aminosav aktiváló enzim ~12 egyéb enzim Szintetikus folyamatok
RészletesebbenÚj temékek az UD- GenoMed Kft. kínálatában!
Új temékek az UD- GenoMed Kft. kínálatában! Szolgáltatásaink: Medical Genomic Technologies Kft. Betegtoborzás és biobanking Bioinformatika o Adatelemzés/adatbányászás o Integrált adatbázis készítés Sejtvonal
RészletesebbenZáró Riport CR
Záró Riport CR16-0016 Ügyfél kapcsolattartója: Jessica Dobbin Novaerus (Ireland) Ltd. DCU Innovation Campus, Old Finglas Road, Glasnevin, Dublin 11, Ireland jdobbin@novaerus.com InBio Projekt Menedzser:
RészletesebbenA doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban.
A doktori értekezés tézisei A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban. Bíró Judit Témavezető: Dr. Fehér Attila Magyar Tudományos Akadémia
RészletesebbenZárójelentés. A szkizofrénia diagnosztizálására alkalmas perifériás genetikai marker azonosítása c. T számú OTKA témáról
Zárójelentés A szkizofrénia diagnosztizálására alkalmas perifériás genetikai marker azonosítása c. T 038373 számú OTKA témáról 2006 1. Bevezetés Korunk egyik leggyakoribb pszichiátriai betegsége, a szkizofrénia,
RészletesebbenA DNS replikációban kulcsszerepet játszó PCNA fehérje variánsok előállítása és rekombináns DNS technológia segítségével való kifejezése
A DNS replikációban kulcsszerepet játszó PCNA fehérje variánsok előállítása és rekombináns DNS technológia segítségével való kifejezése PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen) Csiszár Mónika, Kós Tamás,
RészletesebbenAlgaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben
Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben Duleba Mónika Környezettudományi Doktori Iskola I.
RészletesebbenA kvantitatív PCR alkalmazhatósága a fertőző bronchitis vakcinák hatékonysági vizsgálatában. Derzsy Napok, Sárvár, 2011 Június 2-3.
A kvantitatív PCR alkalmazhatósága a fertőző bronchitis vakcinák hatékonysági vizsgálatában Pénzes Zoltán PhD, Soós Pál PhD, Nógrády Noémi PhD, Varga Mária, Jorge Chacón PhD, Zolnai Anna PhD, Nagy Zoltán
Részletesebben12/4/2014. Genetika 7-8 ea. DNS szerkezete, replikáció és a rekombináció. 1952 Hershey & Chase 1953!!!
Genetika 7-8 ea. DNS szerkezete, replikáció és a rekombináció 1859 1865 1869 1952 Hershey & Chase 1953!!! 1879 1903 1951 1950 1944 1928 1911 1 1. DNS szerkezete Mi az örökítő anyag? Friedrich Miescher
RészletesebbenKörnyezetvédelmi analitika II. (BMEVESAM108) Immunanalitika, Lab-on-a-chip
Környezetvédelmi analitika II. (BMEVESAM108) Immunanalitika, Lab-on-a-chip Helyszín: Ch 1.emelet 106. Gyakorlatvezetők: Hajas Lívia és Török Kitti Email: ktorok@mail.bme.hu Lab-on-a-chip (LOC) technika
RészletesebbenÖsszehasonlító környezetmikrobiológiai. Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején
Összehasonlító környezetmikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea Eötvös Loránd Tudományegyetem, Mikrobiológiai Tanszék
RészletesebbenBioinformatika 2 10.el
10.el őadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 24. Genomikavs. proteomika A genomika módszereivel nem a tényleges fehérjéket
RészletesebbenA replikáció mechanizmusa
Az öröklődés molekuláris alapjai A DNS megkettőződése, a replikáció Szerk.: Vizkievicz András A DNS-molekula az élőlények örökítő anyaga, kódolt formában tartalmazza mindazon információkat, amelyek a sejt,
RészletesebbenGÉNKLÓNOZÁS ÉS GÉNMANIPULÁCIÓ
GÉNKLÓNOZÁS ÉS GÉNMANIPULÁCIÓ Génklónozás Bármilyen klónozási eljárás célja, hogy egy ún. klónt, azaz tökéletesen egyforma szervezetek csoportját állítsák elő. Néhány növény, egyszerűen dugványozással
RészletesebbenGenomika. Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel. DNS szekvenálási eljárások. DNS ujjlenyomat (VNTR)
Genomika (A genom, génállomány vizsgálata) Mutációk (SNP-k) és vizsgálatuk egyszerű módszerekkel DNS szekvenálási eljárások DNS ujjlenyomat (VNTR) DNS chipek statikus és dinamikus információk vizsgálata
RészletesebbenHuman genome project
Human genome project Pataki Bálint Ármin 2017.03.14. Pataki Bálint Ármin Human genome project 2017.03.14. 1 / 14 Agenda 1 Biológiai bevezető 2 A human genome project lefolyása 3 Alkalmazások, kitekintés
RészletesebbenPopulációgenetikai. alapok
Populációgenetikai alapok Populáció = egyedek egy adott csoportja Az egyedek eltérnek egymástól morfológiailag, de viselkedésüket tekintve is = genetikai különbségek Fenotípus = külső jellegek morfológia,
RészletesebbenRÉGI MAGYAR BÚZAFAJTÁK, MINT LEHETSÉGES KALÁSZFUZÁRIUM REZISZTENCIAFORRÁSOK
Hagyomány és haladás a növénynemesítésben RÉGI MAGYAR BÚZAFAJTÁK, MINT LEHETSÉGES KALÁSZFUZÁRIUM REZISZTENCIAFORRÁSOK LÁSZLÓ EMESE, PUSKÁS KATALIN, SZUNICS LÁSZLÓ, VEISZ OTTÓ, VIDA GYULA MTA Mezőgazdasági
Részletesebben