Magyar vakcsiga (Bythiospeum hungaricum (Soós, 1927)) egy szisztematikai probléma vizsgálata genetikai módszerekkel



Hasonló dokumentumok
ANGYAL DOROTTYA. Bevezetés

ANGYAL DOROTTYA. Bevezetés

Brachydesmus troglobius Daday, 1889, az Abaligeti-barlang jellegzetes karimás ikerszelvényes faja. (fotó: Korsós Z.)

PANNON EGYETEM GEORGIKON KAR FESTETICS DOKTORI ISKOLA

A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások. Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék

Mivel korábban már végeztünk mikroszatellit elemzést (Liker et al 2009), a kiértékeléshez szükséges szoftverek és tapasztalat rendelkezésre áll.

DNS-szekvencia meghatározás

DNS molekulák elválasztása agaróz gélelektroforézissel és kapilláris elektroforézissel

DOKTORI ÉRTEKEZÉS BÍRÁLATA

A PNP kóroktanának molekuláris vizsgálata Dán Ádám és Rónai Zsuzsanna

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS

Molekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján

Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén

Animal welfare, etológia és tartástechnológia

A bioinformatika gyökerei

MIKROSZATELIT DNS- VIZSGÁLATOK A MOCSÁRI TEKNŐS NÉGY DUNÁNTÚLI ÁLLOMÁNYÁN

Orvosi Genomtudomány 2014 Medical Genomics Április 8 Május 22 8th April 22nd May

Evolúcióbiológia. Biológus B.Sc tavaszi félév

Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon

Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében

Engedélyszám: /2011-EAHUF Verziószám: Humángenetikai vizsgálatok követelménymodul szóbeli vizsgafeladatai

Molekuláris biológiai módszerek m. hibridizációs s technikák

mintasepcifikus mikrokapilláris elektroforézis Lab-on-Chip elektroforézis / elektrokinetikus elven DNS, RNS, mirns 12, fehérje 10, sejtes minta 6

1./ A neuron felépítése. Típusai. A membrán elektromos tulajdonságai: a nyugalmi és akcióspotenciál kialakulása. Idegrostok és típusai.

Molnár Levente Farkas

Új temékek az UD- GenoMed Kft. kínálatában!

A vas homeosztázis, oxidatív mutagenezis és az antibiotikum rezisztencia evolúciójának kapcsolata

Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással

Könyvtárak, szekvenálás, mutagenezis

Új temékek az UD-GenoMed Kft. kínálatában!

Pro Natura Karszt- és Barlangkutató Egyesület

Human genome project

Molekuláris biológiai módszerek alkalmazása a biológiai környezeti kármentesítésben

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére

Az őszi biológiai vízminősítés a Magyulában

Patogén mikroorganizmusok vizsgálata molekuláris biológiai módszerekkel

A BOMBINA BOMBINA ÉS BOMBINA VARIEGATA MORFOLÓGIAI ÉS TÉZISEK VÖRÖS JUDIT

Taxonómiai kutatások jelene és jövője a bagolylepkészetben

Mi történik a genetikai laboratóriumban?

Filogenetikai analízis. Törzsfák szerkesztése

A termesztett búza diploid őseinek molekuláris citogenetikai elemzése: pachytén- és fiber-fish.

Újabb zoológiai felfedezések Yucatán állam víz alatti barlangjaiban (Mexikó)

Molekuláris biológiai módszerek alkalmazása a maláriát okozó paraziták elterjedésének és prevalenciájának vizsgálatában

BALATONI NÁDASOK KLONÁLIS DIVERZITÁSÁNAK VIZSGÁLATA RAPD-PCR MÓDSZERREL

Mártírok útja 254, 1204 Budapest (Magyarország) Neme Nő Születési dátum Állampolgárság magyar

BÁLINT András Beszámoló az AGRISAFE által támogatott tanulmányútról 2008 november 2009 február. 1. Az IPK bemutatása 2.

Adatok egy kavicsbányató makrogerinctelen faunájához

SZAKMAI ÖNÉLETRAJZ. Tanulmányok: : TÁSI-AKG, Pécs : A Pécsi Tudományegyetem Természettudományi Karán Biológushallgató

Készítette: Dr. Ács Éva Kutatóhelyi témavezető

A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben

Az északi pocok mtdns kontroll régiójának elemzése

Hazai kagyló bibliográfia Hungarian Mussel Bibliography Összeállította/ Compiled by Bódis, E. Version:

Alu-inszerciós polimorfizmus saját hajszálból izolált DNS mintákbon

Szakmai Önéletrajz. Kutatási pályázatok, ösztöndíjak:

PATAKLAKÓ KÜLLŐFÉLÉK (CYPRINIDAE, GENUS: GOBIO) GENETIKAI VIZSGÁLATA REJTETT (KRIPTIKUS) FAJOK A KÁRPÁT-MEDENCÉBEN?

DNS munka a gyakorlatban Természetvédelmi genetika

Gyógyszerek és DNS mutációk kimutatása vérből

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI. Hepatitiszt okozó vírusok molekuláris vizsgálata. N. Szomor Katalin. Budapest 2009.

A Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában

Animal welfare, etológia és tartástechnológia

Fiatal kutatói beszámoló

Szent István Egyetem Állatorvos-tudományi Doktori Iskola. Sertés circovírusok járványtani vizsgálata

A Lumbricidae család revíziója (Annelida: Oligochaeta)

ANNALES MUSEI NATIONALIS HUNGARICI

Természetvédelmi biológia

Paleobiológiai módszerek és modellek 11. hét

FOLIA MUSEI HISTORICO-NATURALIS BAKONYIENSIS A BAKONYI TERMÉSZETTUDOMÁNYI MÚZEUM KÖZLEMÉNYEI Zirc, ;

Biológus MSc. Molekuláris biológiai alapismeretek

Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának vizsgálata

Genomikai Medicina és Ritka Betegségek Intézete Semmelweis Egyetem

Készítette: Pintér Zsuzsanna (Biológia környezettan V.)

4.3. Mikrofluidikai csipek analitikai alkalmazásai

Szakmai jelentés Az Ophrys fuciflora komplex filogeográfiai vizsgálata című, K69224 számú OTKA pályázathoz

Igazságügyi genetika alapjai

10. CSI. A molekuláris biológiai technikák alkalmazásai

Az örökítőanyag. Az élőlények örökítőanyaga minden esetben nukleinsav (DNS,RNS) (1)Griffith, (2)Avery, MacLeod and McCarty (3)Hershey and Chase

T-2 TOXIN ÉS DEOXINIVALENOL EGYÜTTES HATÁSA A LIPIDPEROXIDÁCIÓRA ÉS A GLUTATION-REDOX RENDSZERRE, VALAMINT ANNAK SZABÁLYOZÁSÁRA BROJLERCSIRKÉBEN

Budapesti Corvinus Egyetem Élelmiszertudományi Kar Mikrobiológiai és Biotechnológiai Tanszék

Szent István Egyetem ŐSHONOS MAGYAR TYÚKÁLLOMÁNYOK GENETIKAI DIVERZITÁSÁNAK VIZSGÁLATA KÜLÖNBÖZŐ MOLEKULÁRIS GENETIKAI MARKEREK SEGÍTSÉGÉVEL

Orchideák szimbionta gombapartnereinek azonosítása egyes hazai erdőkben és felhagyott bányákban

A hazai puhatestűek (Mollusca) élőhely- és fajmegőrzési prioritásai

Bemutatkozás Dr. Lehoczky István december 4..

Ph.D. értekezés tézisei. A c-típusú citokrómok biogenezisében résztvevő fehérjék. szerepe és génjeik szabályozása Sinorhizobium meliloti-ban

DNS molekulák elválasztása agaróz gélelektroforézissel és kapilláris elektroforézissel

Dr. Máthéné Dr. Szigeti Zsuzsanna és munkatársai

genetikai variációk, szerepük k a mindennapi transzfúziológiai ziológiai gyakorlatban

Kreditszám: 3 Számonkérés módja: kollokvium (írásbeli)

III. ATK Tudományos Nap

Molekuláris ökológia Általános Ökológia 2012

RÉSZLETEZŐ OKIRAT (1) a NAH /2017 nyilvántartási számú akkreditált státuszhoz

Tudományközi beszélgetések

Pannon Egyetem Georgikon Kar Festetics Doktori Iskola

A Kárpát-medence és a Balkán álkérész-faunája (Plecoptera) (Murányi Dávid, Kovács Tibor, Orci Kirill)

Soós Lajos nevéhez kötődő taxonok annotált listája

Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok

Guatemala denevérfaunája

Különbözı Mycoplasma gallisepticum törzsek összehasonlító vizsgálata több, döntıen PCR alapú molekuláris biológiai módszer segítségével

Animal welfare, etológia és tartástechnológia

Átírás:

Földtan, őslénytan, flóra, fauna, természetvédelem www.mecsek.gportal.hu 2013.07.01. Szerkesztő: Fazekas Imre E-mail: fazekas.hu@gmail.com Magyar vakcsiga (Bythiospeum hungaricum (Soós, 1927)) egy szisztematikai probléma vizsgálata genetikai módszerekkel Angyal Dorottya 1 Krízsik Virág 2 Fehér Zoltán 3 1PE-GK Állattani és Állattenyésztéstani Tanszék, 8360 Keszthely, Deák Ferenc utca 16. E-mail: angyal.dorottya@gmail.com 2MTM Molekuláris Taxonómiai Laboratórium, 1083 Budapest, Ludovika tér 2. 3MTM Állattár, 1088 Budapest, Baross utca 13. Bevezetés A Mecsek földalatti vizeinek egyik bennszülött gerinctelen faja a magyar vakcsiga (Bythiospeum hungaricum (Soós 1927)) (1. ábra). A fajt Soós Lajos 1927-ben írta le eredetileg Lartetia hungarica néven az Abaligeti-barlangból (Soós 1927). 1931- ben újabb vakcsiga egyedek kerültek elő a Nyugat-Mecsek keleti peremén fekvő forrásbarlangból, a Mánfai-kőlyukból. A minta Wágner Jánoshoz került, aki ez alapján új fajt írt le, melynek a Paladilhiopsis gebhardti H. Wagner,1931 nevet adta. A két barlangból gyűjtött példányok közötti fő alaktani különbségként a mánfai egyedek héjának kevésbé karcsú alakját találta (Wagner 1931) (2. ábra). 1956-ban a Természettudományi Múzeumban elpusztult a két taxon ott őrzött típusanyaga, ezért egy 1968-ban végzett revízió során Pintér László a Lartetia hungarica fajnak neotípust jelölt ki. A jól körülhatárolható morfológiai különbségek hiányára és a barlangok egymással érintkező vízrendszerére hivatkozva amellett érvelt, hogy a P. gebhardti ezzel konspecifikus (Pintér 1968). E közlemény megjelenése óta azonban vízfestések révén is beigazolódott, hogy a két barlang között nincs hidrológiai összeköttetés. Ezért feltételeztük, hogy az egymástól elszigetelten fejlődő populációk a genom szintjén észlelhető változásokon mehettek keresztül. Az Abaligeti-barlangból és a Mánfai-kőlyukból gyűjtött példányokon végzett molekuláris taxonómiai vizsgálattal szerettük volna eldönteni, hogy mekkora a populációk közti genetikai távolság és ez mikori szétválást valószínűsít, illetve, hogy ez alapján a két populáció tekinthető-e külön konzervációbiológiai egységnek vagy akár külön taxonnak. http//: www.mecsek.gportal.hu (2013.07.01.)

2 Angyal et al.: Magyar vakcsiga 1. ábra. Bythiospeum hungaricum (Soós, 1927) az Abaligeti-barlang patakjából (Leg.: 2010.10.11) 2. ábra. A két Paladilhiopsis fajt összehasonlító ábra WÁGNER JÁNOS 1942-ben, Magyarország barlangjainak puhatestű faunája címen publikált közleményéből (Barlangvilág, 1 2). Anyag és módszer Az Abaliget-barlangból (3. ábra) és a Mánfai-kőlyukból (4. ábra) gyűjtött, 96%- os etanolban tartósított Bythiospeum példányokon (1. táblázat) a Magyar Természettudományi Múzeum Molekuláris Taxonómiai Laboratóriumában végeztünk genetikai vizsgálatokat. Az egyedeket vákuum centrifugával kiszárítottuk (10 perc), majd sztereomikroszkóp alatt eltávolítottuk róluk a héjat. Az állatokat Polycar AT redukáló anyag hozzáadásával porrá törtük. Az így előkészített mintákból a QIAamp DNA Micro Kit segítségével izoláltuk a DNS-t (5. ábra). Az eljárás főbb lépései a sejtek lizálása, a DNS kötődése a QIAamp Min Eluate oszlop membránjához, a membrán lemosása és a DNS adszorbensről való leoldódása. A DNS koncentrációját az egyes mintákban gélelektroforézis

http//: www.mecsek.gportal.hu (2013.07.01.) 3 (6. ábra) és nanodrop segítségével ellenőriztük. Ezután polimeráz láncreakcióval (PCR) amplifikáltuk a variábilis mitokondriális citokróm-oxidáz I. gén (COI) egy szakaszát. A PCR során forward primerként LCO 1490-t (Folmer et al., 1994), reverse primerként COI-H-t (Machordom et al., 2003) használtuk. A PCR reakciót 25 ul-ben mértük össze, 0,25mM-os dntp, 0.4uM-os primer, 2mM-os MgCl2 és 2,128ug/ul BSA koncentrációt alkalmazva. A reakcióba 50ng DNS-t és 1U Fermentas Dream Taq-ot tettünk. A PCR hőprofilja a következő volt: 94 C 1 perc, majd 41-szer 94 C 1 perc, 40 C 1,5 perc, 72 C 1,5 perc, végül 72 C 6 perc. A Roche High Pure Purification Kit-tel tisztított PCR termékek szekvenálása Big-Dye fluoreszcens szekvenáló kittel ABI 3130-as szekvenátoron történt. 1. táblázat. A 2010. szeptember és 2011. október között gyűjtött B. hungaricum minták néhány adata

4 Angyal et al.: Magyar vakcsiga 3. ábra. A magyar vakcsiga élőhelye a Mánfaikőlyuk vízmű által hasznosított tárójában 4. ábra. A magyar vakcsiga élőhelye az Abaligetibarlang főági patakjában 5. ábra. DNS izolálás a mintákból 6. ábra. Gélelektroforézis

http//: www.mecsek.gportal.hu (2013.07.01.) 5 Eredmények és értékelésük A szekvencia analízis során a két barlangból származó minták vizsgált COI génszakaszán (639 bp) 44 bázispár eltérést (= 6,9%) tapasztaltunk. Ezek mindegyike szinonim, tehát aminosav változást nem okozó mutáció volt, melyből 7 mutáció az 1., míg 37 mutáció a 3. kodonpozícióban lokalizálódott. A tranzíció: transzverzió arány 40:4. Megfelelő kalibrációs pont nélkül nehéz pusztán a ráta alapján divergencia időt becsülni, de ha a COI mutációs rátáját 1,15% (Albrecht et al., 2006) és 8,6% (Pons et al. 2010) közé becsüljük, akkor a szétválás 3 millió és 0,4 millió év közé, a felső pliocén vagy még inkább a pleisztocén idejére tehető. Habár 6,9% eltérést a COI szekvenciák között már fajszintű különbségnek tartanak a Hydrobiidae családon belül (Bichain et al. 2007), a rendelkezésre álló egyetlen génszakasz alapján egyelőre nem mernénk messzemenő taxonómiai következtetéseket levonni. Viszont már most szükséges lenne önálló konzervációbiológiai egységként kezelni a két populációt és fontosnak tartjuk további vizsgálatok elvégzését (morfometria, további génszakaszok szekvenálása, ökológia) taxonómiai helyzetük tisztázása céljából. Felhasznált irodalom Albrecht, C., Trajanovski, S., Kuhn, K., Streit, B. & Wilke, T. 2006: Rapid evolution of an ancient lake species flock: Freshwater limpets (Gastropoda: Ancylidae) in the Balkan Lake Ohrid. Organisms, Diversity & Evolution 6: 294 307. Bichain, J., Gaubert, P., Samadi, S & Boisselier-Dubayle, M. 2007: A gleam in the dark: Phylogenetic species delimitation in the confusing spring-snail genus Bythinella Moquin-Tandon, 1856 (Gastropoda: Rissooidea: Amnicolidae). Molecular Phylogenetics and Evolution 45: 927 941. Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R. & Vrijenhoek, R. 1994: DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidasesubunit I from diverse metazoan invertebrates. Mol. Mar. Biol. Biotech. 3: 294 299. Marchordom, A., Araujo, R., Erpenbeck, D. & Ramos, M.A. 2003: Phylogeography and conservation genetics of the endangered European Margaritiferidae (Bivalvia: Unionidae). Biology Journal of the Linnean Society 8: 235 252. Pintér, L. 1968: Zur Kenntnis der Hydrobiiden das Mecsek-Gebirges (Ungarn) (Gastropoda: Prosobranchia). Acta Zoologica Academiae Scientiarium Hungaricae 14 (3-4): 441 445. Pons, J., Ribera, I., Bertranpetit, J. & Balke, M. 2010: Nucleotide substitution rates for the full set of mitochondrial protein-coding genes in Coleoptera. Molecular Phylogenetics and Evolution 56: 796-807. Soós, L. 1927: Adatok a magyarországi barlangok Mollusca-faunájának ismeretéhez. Állattani Közlemények 24: 163 180. Wagner, H. 1931: Vorläufige Mitteilung über die Molluskenfauna der Grotte von Mánfain Südungarn. Zoologischer Anzeiger (Leipzig) 95: 292.