TIPIZÁLÁSI MÓDSZEREK KIDOLGOZÁSA CANDIDA FAJOK ELKÜLÖNÍTÉSÉRE



Hasonló dokumentumok
MIKROSZKÓPIKUS GOMBÁK MIKOTOXIN-BONTÓ KÉPESSÉGÉNEK. Péteri Adrienn Zsanett DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI

PH.D. ÉRTEKEZÉS TÉZISEI KÉSZÍTETTE: KESZTHELYI ANDREA TÉMAVEZETŐ: DR. KUCSERA JUDIT

A basidiomycota élesztőgomba, a Filobasidium capsuligenum IFM törzse egy olyan

Éter típusú üzemanyag-adalékok mikrobiális bontása: a Methylibium sp. T29 jelű, új MTBE-bontó törzs izolálása és jellemzése

Biomassza alapú bioalkohol előállítási technológia fejlesztése metagenomikai eljárással

Tipizálási módszerek alkalmazása methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) törzsek molekuláris epidemiológiai vizsgálatai során

Fiatal kutatói beszámoló

A pályázat vezetését 2004-ben, a témavezető, Dr. Kevei Ferenc hirtelen halála után vettem át. Az elmúlt két és fél év során az általa megkezdett

Szent István Egyetem Állatorvos-tudományi Doktori Iskola. Háziállatokból izolált Histophilus somni törzsek összehasonlító vizsgálata

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI AZ OPPORTUNISTA HUMÁNPATOGÉN CANDIDA PARAPSILOSIS ÉLESZTŐGOMBA ELLENI TERMÉSZETES ÉS ADAPTÍV IMMUNVÁLASZ VIZSGÁLATA

A növény inváziójában szerepet játszó bakteriális gének

Caspofungin, micafungin és nikkomycin Z in vitro hatékonyságának vizsgálata mikro- és makrodilúciós módszerekkel a fontosabb Candida fajok ellen

TIPIZÁLÁSI MÓDSZEREK KIDOLGOZÁSA CANDIDA FAJOK ELKÜLÖNÍTÉSÉRE

Kis molekulatömegű antimikrobiális fehérjék és kódoló génjeik vizsgálata

Egy 10,3 kb méretű, lineáris, a mitokondriumban lokalizált DNS-plazmidot izoláltunk a

GAZDA - PATOGÉN KÖLCSÖNHATÁS VIZSGÁLATA CANDIDA FERTŐZÉSEK SORÁN

Molekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában

Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia

A PENICILLIUM CHRYSOGENUM LAKTÓZ HASZNOSÍTÁSÁNAK VIZSGÁLATA

ÖNÉLETRAJZ. Gyermekei: Lőrinc (1993), Ádám (1997) és Árpád (1997) Középiskola: JATE Ságvári Endre Gyakorló Gimnáziuma,

A Multi Locus Sequence Typing (MLST) alkalmazhatósága az élelmiszermikrobiológiában

EGYETEMI DOKTORI (Ph.D.) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI

Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben

Bakteriális identifikáció 16S rrns gén szekvencia alapján

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI AZ OPPORTUNISTA HUMÁNPATOGÉN CANDIDA PARAPSILOSIS PATOMECHANIZMUSÁNAK MOLEKULÁRIS SZABÁLYOZOTTSÁGA TÓTH RENÁTA TÉMAVEZETŐ:

ÁLLATTENYÉSZTÉSI TUDOMÁNYOK DOKTORI ISKOLA Doktori Iskola vezető: Dr. Bánszki Tamás, MTA doktora. Témavezetők: mezőgazdaság-tudomány kandidátusa

Különbözı Mycoplasma gallisepticum törzsek összehasonlító vizsgálata több, döntıen PCR alapú molekuláris biológiai módszer segítségével

A humán papillomavírusok prognosztikai szerepe a méhnyak rákmegel z elváltozásaiban

DNS-szekvencia meghatározás

Nosocomialis infekciókat okozó baktériumok tipizálásának jelentősége a kórházi járványok felderítésében

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI. Bevezetés

Bevezetés-Acinetobacter

Egy Polycomb Response Element (PRE) in situ vizsgálata Drosophila melanogaster-ben génkonverzió segítségével. Kozma Gabriella

In Situ Hibridizáció a pathologiai diagnosztikában és ami mögötte van.

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI A BIOAKTÍV LIPIDEK ÉS A ZSÍRSAV-BIOSZINTÉZIS SZEREPE A CANDIDA PARAPSILOSIS VIRULENCIÁJÁBAN GRÓZER ZSUZSANNA BARBARA

A humán mitokondriális genom: Evolúció, mutációk, polimorfizmusok, populációs vonatkozások. Egyed Balázs ELTE Genetikai Tanszék

Különböző Capsicum annuum var. grossum paprikafajták endofita baktériumainak izolálása, jellemzése és molekuláris biológiai vizsgálata

A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése. Kiss Erzsébet Kovács László

A doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban.

Evolúcióbiológia. Biológus B.Sc tavaszi félév

A VASFELVÉTELBEN SZEREPET JÁTSZÓ GÉNEK MOLEKULÁRIS. Nyilasi Ildikó DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI

SZENT ISTVÁN EGYETEM MIKOFENOLSAV MIKROBIOLÓGIAI ELŐÁLLÍTÁSA, A TERMELŐ MIKROORGANIZMUS JELLEMZÉSE. Doktori értekezés tézisei.

Összehasonlító környezetmikrobiológiai. Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS

A DOKTORI (Ph.D.) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI. Sajben-Nagy Enikı Ilona

Nagy Emese: Polimorfizmus és rokonsági körök vizsgálata kukoricában (Zea mays) Témavezetők: Cs. L. Marton G Gyulai

Az örökítőanyag. Az élőlények örökítőanyaga minden esetben nukleinsav (DNS,RNS) (1)Griffith, (2)Avery, MacLeod and McCarty (3)Hershey and Chase

Klinikailag releváns Pseudomonas aeruginosa törzsek jellemzése

EGYETEMI DOKTORI (Ph. D.) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI

A caspofungin farmakodinámiájának vizsgálata Candida albicans, C. krusei és C. inconspicua izolátumok ellen

A PNP kóroktanának molekuláris vizsgálata Dán Ádám és Rónai Zsuzsanna

Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A projekt

12/4/2014. Genetika 7-8 ea. DNS szerkezete, replikáció és a rekombináció Hershey & Chase 1953!!!

2011. január április 10. IPK Gatersleben (Németország) május 17. Kruppa Klaudia

Doktori (Ph.D.) tézisek. Szabó Zsuzsanna. Semmelweis Egyetem Klinikai Orvostudományok Doktori Iskola 2/16 program: Bırgyógyászat és venerológia

DOKTORI (Ph.D.) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI VESZPRÉMI EGYETEM GEORGIKON MEZGAZDASÁGTUDOMÁNYI KAR KESZTHELY


A KUTATÁS CÉLJA ÉS MUNKATERVE

ELTE Doktori Iskola Evolúciógenetika, evolúciós ökológia, konzervációbiológia program Programvezető: Dr. Szathmáry Eörs, akadémikus, egyetemi tanár

Budapesti Corvinus Egyetem Élelmiszertudományi Kar Mikrobiológiai és Biotechnológiai Tanszék

avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI. Hepatitiszt okozó vírusok molekuláris vizsgálata. N. Szomor Katalin. Budapest 2009.

Conserved ortholog set (COS) markerek térképezése Aegilops kromoszómákon

Molekuláris diagnosztika

CANDIDAtest 21. Kódszám:

Önéletrajz Dr. Bányai Orsolya.

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben

Publikációs lista Szabó Szilárd

Nemzetközi folyóiratban megjelent tudományos közlemények, könyvfejezet

Szakmai önéletrajz febr.16.

A C1 orf 124/Spartan szerepe a DNS-hiba tolerancia útvonalban

HAPMAP Nemzetközi HapMap Projekt. SNP GWA Haplotípus: egy kromoszóma szegmensen lévő SNP mintázat

Engedélyszám: /2011-EAHUF Verziószám: Humángenetikai vizsgálatok követelménymodul szóbeli vizsgafeladatai

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére

Ph.D. Tézisek összefoglalója. Dr. Paulik Edit. Szegedi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Népegészségtani Intézet

A baktériumok genetikája

A humán astrovírusok jellemzői és szerepük a hazai gasztroenterális fertőzésekben klinikai, molekuláris epidemiológiai és filogenetikai vizsgálatok

Staphylococcus haemolyticus törzsek antibiotikum rezisztenciájának. nak lis megoszlása. sa alapján. Kardos Szilvia,


Vélemény. Dr. Szabó Dóra Béta-laktám rezisztens Gram-negatív baktériumok vizsgálata című doktori értekezéséről.

Mikrobiális fitáz enzim előállítása és jellemzése

Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei

A molekuláris biológia eszközei

EGYETEMI DOKTORI (Ph. D.) ÉRTEKEZÉS. Majoros László. érzékenységének vizsgálata flukonazol, amphotericin B, 5-fluorocitozin. és caspofungin iránt

ZÁRÓJELENTÉS A MOLEKULÁRIS ONKOGENEZIS MECHANIZMUSAI GYAKORI DAGANATOKBAN C. PÁLYÁZAT TELJESÍTÉSÉRŐL

Többgénes jellegek. 1. Klasszikus (poligénes) mennyiségi jellegek. 2.Szinte minden jelleg több gén irányítása alatt áll

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A

A MIKROBIOLÓGIA GYAKORLAT FONTOSSÁGA A KÖZÉPISKOLÁBAN MÚLT, JELEN, JÖVŐ SPENGLER GABRIELLA

Szakmai beszámoló (időközi beszámoló: )

Biokatalitikus Baeyer-Villiger oxidációk Doktori (PhD) értekezés tézisei. Muskotál Adél. Dr. Vonderviszt Ferenc

A MIKROSZKOPIKUS GOMBÁK, MINT A MÁSODLAGOS

A gidrán fajta genetikai változatosságának jellemzése mitokondriális DNS polimorfizmusokkal Kusza Szilvia Sziszkosz Nikolett Mihók Sándor,

Egy új DNS motívum típus in silico jellemzése és szerepe a génszabályozásban Zárójelentés - OTKA # PD73575, BIOIN Cserző Miklós

Kutatási zárójelentés

Hazai méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok

Bemutatkozás Dr. Lehoczky István december 4..

Nyugat-magyarországi Egyetem. Doktori (Ph. D.) értekezés tézisei

CzB Élettan: a sejt

AZ EMBERI MIKROBIOM: AZ EGYÉN, MINT SAJÁTOS ÉLETKÖZÖSSÉG Duda Ernő

Átírás:

SZEGEDI TUDOMÁNYEGYETEM TERMÉSZETTUDOMÁNYI ÉS INFORMATIKAI KAR MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK BIOLÓGIA DOKTORI ISKOLA TIPIZÁLÁSI MÓDSZEREK KIDOLGOZÁSA CANDIDA FAJOK ELKÜLÖNÍTÉSÉRE DOKTORI (PhD) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI KÉSZÍTETTE: FARKAS ZOLTÁN ISTVÁN TÉMAVEZETŐ: DR. PFEIFFER ILONA SZEGED 2010

Bevezetés Napjainkban a gombafertőzések száma világszerte növekszik, a nozokomiális fertőzéseket okozó mikroorganizmusok közül a Candida nemzetség tagjai a negyedik helyet foglalják el. Az Ascomycota élesztők Saccharomycetales rendjének Candida albicans kládja főként opportunista humán patogén gombákat foglal magába. A felszíni és szisztémás Candida albicans fertőzések száma az elmúlt évtizedek során egyre nő az antibakteriális antibiotikumok széleskörű alkalmazása és az immunkomprimált betegek növekvő száma miatt. Habár a C. albicans a normál humán flóra tagja, ennek ellenére opportunista patogénként a gombafertőzések 45-60%-áért (Magyarországon ez az adat 77-80%) felelős. Immunkompetens egyénekben a gomba jelenléte jóindulatú, csak legyengült immunrendszerrel bíró betegek esetén okoz fertőzést. A felszíni fertőzések mellett (candidiázis, orofaringeális candidiázis és vulvovaginitisz), a C. albicans súlyos fertőzéseket képes okozni, mint például a candidemia és disszeminált candidiázis, melyek magas mortalitással asszociáltak. A Candida fertőzések növekvő száma miatt egyre sürgetőbb különböző megelőzési stratégiák kidolgozása, amihez fontos újabb és újabb molekuláris tipizálási módszerek megalkotása. A már meglévő módszerek többsége kromoszómális markereken (mikroszatellit hossz polimorfizmus (microsatellite length polymorphism=mlp)), Ca3 fingerprinting, RAPD (random amplification of polymorphic DNA), multilocus sequence typing (MLST)) illetve enzim polimorfizmuson (multilocus enzyme elektrophoresis (MLEE)) alapul. A fent említett módszerek kiegészítéseként lehetőség van extrakromoszómális elemek, például mitokondriális DNS alapú technikák kidolgozására. A mitokondriális genommal kapcsolatos eddigi eredmények főleg Ascomycota élesztőgombákhoz kötődnek. Ezen belül a Candida nemzetségbe tartozó fajok mtdns-e egy igen intenzíven tanulmányozott terület. A C. albicans mtdns szerveződésére jellemző a cirkuláris konformáció, mérete a génbankban található SC 5314 törzs esetén 40420 bp (génbank hozzáférési szám: AF285261). Egy meglévő epidemiológiai jelentőséggel bíró módszer az EO3 tipizálás, aminek alapja a mitokondriális DNS duplikált régiójában található faj-specifikus régió, az EO3 DNS-szintű polimorfizmus vizsgálata. 1

Biológiai társulásokban az élőlények, így a mikrobák is, az élettér benépesítéséért ill. tápanyagokhoz való hozzájutásért folytatott kompetíció során különböző specifikus vagy nem specifikus anyagcsere termékeket termelnek a velük kompetícióban levő fajok elpusztítására. Gombáknál ilyen specifikus anyagcsere termék lehet az általában a termelő törzzsel közeli rokonságban álló fajokat pusztító killer toxin. Számos Pichia fajról mutatták ki, hogy kiemelkedő antagonista tulajdonságokkal rendelkezik különböző Candida fajok ellen. A killer szenzitivitási mintázat vizsgálata olcsó, bár kevéssé standardizálható tipizálási módszer lehet különböző élesztőgombák, így Candida fajok elkülönítésére. Célkitűzések: - klinikai C. albicans izolátumok mitokondriális polimorfizmus vizsgálata - törzsgyűjteményes C. albicans törzsek mitokondriális polimorfizmus vizsgálata - típusok mtdns-ének fizikai és funkcionális térképezése - új tipizálási módszerek megalapozása - klinikai C. parapsilosis izolátumok polimorfizmus vizsgálata - Candida maltosa teljes genom szekvenálása - C. albicans klád tagjainak fajok közötti és fajon belül törzsek közötti mitokondriális intron tartalom vizsgálat - Pichia anomala VKM Y-159 törzs Candida fajok ellen aktív toxinjának jellemzése - toxintermelés optimalizálása - hatásspektrum, hatásmechanizmus, receptor hely, biokémiai sajátosságok leírása 2

Felhasznált módszerek Klasszikus mikrobiológiai módszerek: törzsek fenntartása toxin termeltetése UV mutagenezis Molekuláris módszerek: Mitokondriális DNS izolálás mtdns RFLP RFLP PCR Fizikai térképezés Klónozás Transzformálás Random szekvenálás PFGE (pulzáló mezejű gélelektroforézis) Fehérje alapú vizsgálatok: SDS PAGE Natív PAGE Ioncserés kromatográfia (kation- és anioncsere) Affinitás kromatográfia Toxin hatásmechanizmusának felderítésére irányuló módszerek: Kompetíciós analízis Áramlási citometria Életképesség vizsgálat: PI (propidium jodid) Sejtciklus vizsgálat: DAPI 3

Eredmények Klinikai Candida izolátumok mtdns polimorfizmus vizsgálata Kísérleteink során huszonhárom klinikai C. parapsilosis izolátum esetén vizsgáltuk a mtdns polimorfizmus jelenségét. Minden törzs esetén azonos RFLP mintázatot kaptunk, mely megegyezik az irodalomban publikált adatokkal. A 2004-2005-ös években egy debreceni kórházban 103 Candida izolátumot gyűjtöttek be, amiből 44 eset (42,7%) bizonyult C. albicans-nak. Totál DNS-t négy bázis felismerőhelyű restrikciós enzimekkel emésztve vizsgáltuk a mtdns RFLP mintázatát: HaeIII - azonos mintázat, Hin6I - kettő típus, HinfI - négy RFLP mintázat. A legtöbb izolátumot, szám szerint 23-at tartalmazó csoportot I. típusként jelöljük, a II. és III. típus megközelítőleg azonos számú izolátumot foglal magában, 11-et illetve 9-et, míg a IV. csoportot mindössze 1 izolátum képviseli. A mtdns RFLP típusok egy-egy képviselőjének izolált mtdns-ét frekventáltan hasító enzimekkel (BglII és EcoRV) emésztettük, mindkét restrikciós enzimmel jól elkülönülő mintázatot kaptunk a négy típus esetén. A III: típus emésztési képe és a kapott fragmentumok mérete azonosnak bizonyult a génbankban található SC 5314 törzs in silico emésztésével, mely törzs mtdns mérete 40420 bp. Ezt követően a mtdns RFLP típusok képviselőinek izolált mtdns-ét számos hasítóhellyel rendelkező enzimmel emésztettük. PvuII-vel történő emésztés után a típusok (I.: 10930; II.: 9132; III.: 5796; IV.: 17471) azonos mintázatot mutattak, minden típusban 6 fragmentum figyelhető meg, melyek összmérete ~40 kb. A legkisebb dupla fragmentum - amely a duplikált régió része - méretében agaróz gélelektroforézis során ~50 bp eltérés figyelhető meg az I., II. és IV. típusok esetén a III. típushoz viszonyítva. A legkisebb PvuII-es fragmentum köré primereket terveztünk, majd adott régió nukleotid szekvenciáját meghatároztuk: az 5796 (III) és 9132 (II), és 17471 (IV) törzs esetén egy 55 bp deléciót detektáltunk a cox3 gént megelőző intergénikus régióban. Ez a PvuII fragmentum tartalmazza a japán kutatók által korábban leírt EO3 régiót. 4

Klinikai Candida albicans izolátumok mtdns térképezése Elkészítettük a négy mtdns RFLP típus (I.: 10930; II.: 9132; III.: 5796; IV.: 17471) fizikai térképét EcoRI-EcoRV enzimeket felhasználva. Mivel a III. típusba tartozó 5796 törzs EcoRV és BglII emésztési képe megegyezik a génbankban található SC5314 törzs in silico emésztésével, ezért annak térképét vettük alapul a továbbiakban. Szekvencia adatok alapján elmondhatjuk, hogy a típusokban bekövetkezett EcoRV hasítóhely keletkezésekért és megszűnésekért pontmutációk (pl.: GAT/ATC helyett GGT/ATC, azaz A G tranzíció) felelősek. Elkészítettük a típusok parciális funkcionális térképét is, és megállapítottuk, hogy a génsorrend nem változott a génbankban található SC 5314 törzshöz képest. Candida albicans izolátumok tipizálási módszerei Az általunk vizsgált klinikai izolátumok négy fő típusát sikerült besorolni az EO3 csoportokba: az 5796 (III) az L, a 9132 (II) és 10930 (I) az MII, míg a 17471 (IV) MI csoportba tartozik. Az általunk vizsgált klinikai C. albicans populáció egyik tagja sem mutatott azonos képet az S típussal. Egy új tipizálási módszer kidolgozásához a térképeket alapul véve kiválasztottunk egy olyan régiót, amely EcoRV hasítási mintázata eltér a négy típusban: az FZRV régió az EcoRI 1. fragmentumon található. Az SC5314-es törzs szekvenciája alapján e régió (FZRV) köré primer-párt terveztünk, és vizsgáltuk a 44 izolátum PCR-RFLP képét EcoRV enzimet használva. Az összes izolátum a totál DNS RFLP besorolásának megfelelő mintázatot mutatta (I. nincs hasítóhely-1551 bp; II. két hasítóhely-920 bp, 403 bp, 228 bp; III. egy hasítóhely-1323 bp, 228 bp; IV. egy hasítóhely-1323 bp, 228 bp). A IV. típusba csak egy izolátum (17471) tartozik, melynek PCR-RFLP képe EcoRV-öt használva nem, BglII-t alkalmazva azonban eltérő a III. típus mintázatától. Különböző földrajzi helyekről származó, törzsgyűjteményes C. albicans izolátumok szintén besorolhatóak voltak az általunk létrehozott mtdns RFLP típusok valamelyikébe, de a földrajzi elhelyezkedés és a mtdns típus között szoros korrelációt nem tudtunk megállapítani az izolátumok kis száma miatt. 5

Klinikai Candida albicans izolátumok kariotipizálása Megvizsgáltuk négy mtdns típus elektroforetikus kariotipusát is, ami az I., III. és IV. típus esetén megegyezik a C. albicans 1006 törzsével, míg a II. típus egy plusz kromoszóma sávot tartalmaz, ami 3. és 4. kromoszóma között helyezkedik el (1,8 Mb és 1,7 Mb). A C. albicans WO-1 törzse szintén hordoz egy extra kromoszómát a 1006 törzshöz képest, de annak mérete (1,65 Mb) különbözik a II. típusnál megfigyelttől. Candida maltosa mt genom szekvencia szintű elemzése Restrikciós térképezést (EcoRV-PstI, illetve HindIII-PstI) követően a pozsonyi Comenius Egyetem Biokémiai Tanszékével kooperációban a Candida maltosa teljes mt genomját megszekvenáltattuk. A CBS 5611 törzs mitokondriális DNS-e 62949 bp méretűnek és cirkuláris konformációjúnak bizonyult. A genom a standard mt génkészletet hordozza: atp6-8-9, cox1, cox2, cox3, cob, nad1-2-3-4-4l-5-6, rns, rnl, illetve 26 db trns. A gének közül 3-ban található 2-2 intron: a cox1, cob és rnl. A mt genom két repeat régiót tartalmaz: direkt szálon a 12859-27237 bp, illetve a komplementer szálon a 40937-55315 bp szakasz, melyek kódoló régiót nem tartalmaznak. A repeat régiók, illetve az intronok jelenléte is hozzájárul a nagy genom mérethez. A Candida albicans klád tagjainak komparatív intron anlízise Az intronok vizsgálata alapul szolgálhat további tipizálási módszerek kidolgozásához, hiszen azok megléte, illetve hiánya illetve méretbeli különbségük lehetővé teszi az őket övező exon szekvenciákra írt primerek segítségével fajspecifikus PCR termékek előállítását. A C. albicans klád 14 vizsgált törzse és a külcsoportként használt D. hanseniaspora közül csak a L. elongisporus bizonyult intron-mentesnek. Az intronok száma és azok mérete nincs korrelációban a teljes mitokondriális genom mérettel. Négy gén, nevezetesen a cox1, cob, rnl és a nad5 génje tartalmaz intront, amelyek többsége I. típusú intron, II. típus csak négy esetben volt jelen. 6

Pichia anomala VKM Y-159 törzs által termelt toxin hatásspektrum vizsgálata Az általunk vizsgált P. anomala törzs killer toxinját több Candida törzs ellen teszteltük: különböző humán patogén Candida fajok ellen jó antagonista tulajdonságúnak bizonyult (pl: C. norvegica, C. tropicalis, C. guilliermondii, C. albicans, C. dubliniensis, C. glabrata, C. inconspicua, C. lypolitica, C. viswanathii). Vannak azonban olyan Candida fajok, amik ellen nincs gátló hatás, így a toxin alkalmas lehet különböző Candida fajok tipizálására. Pichia anomala VKM Y-159 törzs toxintermelésének optimalizálása A toxintermeléshez a 4-es ph-jú komplett tápoldatban (YM4, YPD4) 20 C-on való tenyésztés bizonyult a legmegfelelőbbnek. C. norvegica ellen a toxin aktivitása ph függetlennek bizonyult a savas tartományban (ph 2 - ph 6), míg C. guilliermondii ellenében csak ph 3-4 tartományban tapasztaltunk aktivitást, magasabb ph-n az aktivitás elveszett. Kísérleteinket követően elmondhatjuk, hogy a P. anomala VKM Y- 159 törzs kétféle toxint termel: egy C. norvegica ellenes N toxint, illetve egy C. norvegica mellett számos egyéb Candida faj ellen aktív GN toxint. Pichia anomala VKM Y-159 törzs által termelt toxin(ok) jellemzése Mindkét toxin stabilnak bizonyult különböző hőmérsékleten történő inkubálásokat követően és viszonylag ellenállónak bizonyult proteináz K és pronáz E hatására is. Ezen eredmények után felmerült annak lehetősége, hogy a toxin nem fehérje, hanem lipid természetű. A toxin kémiai természetére irányuló kísérleteink alapján azonban a P. anomala GN toxinjáról nem lehet eldönteni, hogy lipid természetű-e vagy sem, míg a 10 kda-nál kisebb N toxin esetén felmerül ennek lehetősége. A toxin hatásmódját élőcsíraszám meghatározásos módszerrel vizsgáltuk. A vizsgált toxinok cidikus hatásúak, ezt csészés kísérlettel és áramlási citometriás vizsgálatokkal is igazoltuk Az áramlás 7

citometriás mérések eredményei azt mutatták, hogy egyik toxin sem a sejtciklust gátolja. Sejtfalkomponens affinitás vizsgálatok alapján elmondhatjuk, hogy a GN toxin sejtfal receptora a β-1,6 D-glükán. A csak C. norvegica ellenes toxin kötődése egy - illetve kétértékű ionokkal inkubálva gátolható, azaz a toxinnak az érzékeny sejtekhez történő kapcsolódása általános ionos kölcsönhatáson alapszik. Ezeket az eredményeket a protoplasztokon végzett vizsgálatok is alátámasztották. Pichia anomala VKM Y-159 törzs által termelt toxin fehérje analízise Fehérje analízis során a GN toxin méretéről pontos adatot nem tudtunk meg, vagy a 6-14 kda mérettartományban detektálható több fehérje egyike, vagy a 38-49 kda mérettartományba esik a kérdéses toxin. Oszlopkromatográfiás tisztítást követően nem zárhatjuk ki, hogy a toxin mérete a 62-98 kda tartományba esik. UV mutagenezissel előállított nem termelő mutánsok extracelluláris fehérje mintázata nem különül el a vad típusétól, így nem tudtuk a toxint azonosítani SDS PAGE módszerrel. Pichia anomala VKM Y-159 törzs által termelt toxin genetikai hátterének vizsgálata P. anomala sejtekben extrakromoszómális elemeket keresve PFGE technikával nem tudtunk kimutatni se plazmidot, se vírust, azaz elmondhatjuk a killer fenotípus kromoszómához kapcsolt. 8

Összefoglalás Vizsgáltuk hazai C. albicans izolátumok mtdns polimorfizmusát. Négy mtdns RFLP mintázatátot különítettünk el: I típus: 23, II típus: 11, III típus: 9, IV típus: 1 izolátum. Elkészítettük a típusokat képviselő törzsek fizikai térképét (EcoRI-EcoRV). Kiválasztottuk az FZRV régiót, melynek EcoRV emésztési mintázata eltér az I., II., illetve III-IV. típusok esetén. Az általunk megállapított mtdns típusok besorolhatóak az EO3 típusokba. Az FZRV tipizálás alkalmazható a hazai és külföldi izolátumok elkülönítésére is. Parciális géntérképezést követően elmondhatjuk, hogy az I., II. és IV. típusban nem változott meg a génsorrend a III. típushoz képest. Vizsgáltuk klinikai C. parapsilosis izolátumok mtdns polimorfizmusát, de a szakirodalmi adatokkal megegyezően, nem tapasztaltunk variabilitást. Elvégeztük a Candida maltosa teljes mt genom szekvenálását. A C. albicans kládon belül fajok között és fajon belül törzsek között vizsgáltuk a mitokondriális intronok jelenlétét, azok pozícióját és típusát. Felvettük a P. anomala VKM Y-159 törzs killer toxinjának hatásspektumát. Optimálizáltuk a toxintermelés körülményeit (ph, hőmérséklet). Kétféle toxin (N és GN) meglétét állapítottuk meg, ezek hőstabilak, proteináz K és pronáz E rezisztensek. A C. norvegia ellenes N toxint lipid természetűnek, míg a több Candida faj ellen is aktív GN toxint fehérje természetűnek állapítottuk meg. Leírtuk a toxinok hatásmódját, melyek cidikusak, és nem a sejtciklusra hatnak. A GN toxin receptoraként a ß-1,6 D-glükánt azonosítottuk, míg az N toxin kapcsolódása általános ionos kölcsönhatáson alapszik. PFGE kísérletek során extrakromoszómális elemeket nem találtunk, azaz a killer fenotípus kromoszómához kapcsolt. 9

Közlemények jegyzéke Doktori munkához kapcsolódó cikkek: Farkas Z, Kocsubé S, Tóth M, Vágvölgyi C, Kucsera J, Varga J, Pfeiffer I (2008). Genetic variability of Candida albicans isolates in a university hospital in Hungary. Mycoses 52: 318 325 Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (Közlésre beadva). Mitochondrial haplotypes distribution in a Candida albicans population. Pfeiffer I, Farkas Z, Golubev WI (2004). dsrna viruses in Nadsonia fulvescens. Journal of General and Applied Microbiology 50: 97-100 Pfeiffer I, Golubev WI, Farkas Z, Kucsera J, Golubev N (2004). Mycocin production in Cryptococcus aquaticus. Antonie van Leeuwenhoek 86(4): 369-375 Doktori munkához kapcsolódó poszterek: Pfeiffer I, Farkas Z, Golubev WI (2003). Isolation of virus-like particles from Nadsonia fulvescens strains. 14th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology, Balatonfüred, Magyarország Keszthelyi A, Farkas Z, Hamari Z, Kucsera J, Pfeiffer I (2006). Killer toxins against pathogenic yeasts. 34th Annual Conference on Yeast, abstract book: p.66, Smolenice, Slovakia Kószó A, Farkas Z, Pfeiffer I, Golubev WI (2005). Killer élesztőgombák biokontroll aktivitásának vizsgálata (Biocontrol activity of killer yeasts). Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 52 (2) p. 266 III. Magyar Mikológiai Konferencia, Mátrafüred, Magyarország (2005) Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (2007). Mitochondrial DNA polymorphism among Candida albicans clinical isolates in Hungary. 35th Annual Conference on Yeast, abstract book: p.48, Smolenice, Slovakia, 2007 Keszthelyi A, Farkas Z, Hamari Z, Pfeiffer I, Vágvölgyi C, Kucsera J (2007). Comparison of killer toxin producing and toxin non-producing Filobasidium capsuligenum strains. 35th Annual Conference on Yeast, abstract book: p.53, Smolenice, Slovakia, 2007 Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (2007). Differences in the organisation of the mitochondrial DNA of Candida albicans isolates. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 54 Supplement p. 30, 2007 10

15th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology, Budapest, Hungary (2007) Valach M, Farkas Z, Pfeiffer I, Kucsera J, Kosa P, Tomaska L, Nosek J (2007). Comparative analysis of mitochondrial genomes in yeast species from the Candida albicans-candida parapsilosis clade. World Conference on Research Integrity, Calouste Gulbenkian Foundation, Lisbon, Portugal Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (2008). Study of the mitochondrial DNA polymorphism among Candida albicans clinical isolates in Hungary. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 55 Number 2: p. 190 IV. Magyar Mikológiai Konferencia, Debrecen, 2008 Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (2008). Mitochondrial DNA polymorphism of Candida albicans strains. 36th Annual Conference on Yeast, abstract book: p.67, Smolenice, Slovakia Valach M, Farkas Z, Pfeiffer I, Kucsera J, Tomaska L, Nosek J (2008). Genome organization and comparative analysis of mitochondrial DNA of the yeasts Candida maltosa and C. neerlandica. 36th Annual Conference on Yeast, abstract book: p.76, Smolenice, Slovakia Valach M, Farkas Z, Pfeiffer I, Kucsera J, Tomaska L, Nosek J (2008). A survey of the complete mitochondrial genomes among Candida species provides clues to the evolutionary origin of the linear chromosomal form. Meeting of International Research Scholars, Lisbon, Portugal, abstract book pg.: 33 Farkas Z, Bánlaki R, Szepesi Á, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (2009). Differentiation of Candida albicans isolates on the basis of polymorphic mtdna. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 56 Supplement, p. 146 2nd Central European Forum for Microbiology. Hotel Helikon, Keszthely, 2009. október 7-9. Kriston-Pál É, Farkas Z, Hamari Z, Vágvölgyi C, Pfeiffer I, Kucsera J (2009). Killer Properties of the Yeast Biota in a Winery of the Villany Region. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 56 Supplement, p. 192 2nd Central European Forum for Microbiology. Hotel Helikon, Keszthely, 2009. október 7-9. Egyéb cikkek: Dávid E, Militár B, Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Manikandan P, Santhosh BN, Bhaskar P, Pfeiffer I (2009). Characterisation of Cryptococcus isolates from HIV-positive patients with meningitis. Central European Journal of Occupational and Environmental Medicine, 14(4): 391-398 11

Egyéb poszterek: Hamari Z, Amillis S, Apostolaki A, Drevet C, Farkas Z, Vágvölgyi C, Diallinas G, Scazzocchio C (2007). Identification and characterisation of a novel nucleobase-related transporter family in Aspergillus nidulans. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 54 Supplement p. 45 15th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology, Budapest, Hungary (2007) Keszthelyi A, Farkas Z, Hamari Z, Pfeiffer I, Vágvölgyi C, Kucsera J (2008). Proposal for two varietas within the species Filobasidium capsuligenum. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 55 Number 2: p. 206 IV. Magyar Mikológiai Konferencia, Debrecen, 2008 Dávid E, Militár B, Farkas Z, Kucsera J, Vágvölgyi C, Manikandan P, Santhosh NB, Bhaskar M, Pfeiffer I (2009). Characterisation of clinical Cryptococcus isolates from HIV-positive patients with meningitis. 11TH Regional Conference on Environment and Health, Szeged, Hungary Farkas Z, Dávid E, Militár B, Kucsera J, Vágvölgyi C, Manikandan P, Santhosh NB, Bhaskar M, Pfeiffer I (2009). The occurence of cryptococcosis in an indian hospital - identification and characterisation of the strains. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 56 Supplement, p. 146 2nd Central European Forum for Microbiology. Hotel Helikon, Keszthely, 2009. október 7-9. Korsós G, Hunyadkürti J, Farkas Z, Márki-Zay J, Kucsera J, Vágvölgyi C, Pfeiffer I (2009). In Vitro Activity of Different Statins on the Permeability of Yeast Plasma Membrane. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica Volume 56 Supplement, p. 186 2nd Central European Forum for Microbiology. Hotel Helikon, Keszthely, 2009. október 7-9. Konferencia-előadások: Farkas Z (2006). Investigation of the dsrna viruses of yeasts. Bioenergetika 2006, Karlov, Czech Republic 12