A genetikai betegségtől a fehérje szerkezetig: Az ABCC6 transzporter betegség okozó misszensz mutánsainak vizsgálata

Hasonló dokumentumok
ABCC6: EGY ÚJONNAN AZONOSÍTOTT FEHÉRJE FAKTOR A LÁGY SZÖVETI KALCIFIKÁCIÓBAN

Gyógyszerrezisztenciát okozó fehérjék vizsgálata

Két kevéssé ismert humán ABCG fehérje expressziója és funkcionális vizsgálata: ABCG1 és ABCG4 jellemzése

Tézis tárgyköréhez kapcsolódó tudományos közlemények

Doktori tézisek. Doktori tézisek. A Drosophila MRP, az emberi hosszú multidrog rezisztencia-asszociált fehérjék nagykapacitású modellje

Molekuláris genetikai vizsgáló. módszerek az immundefektusok. diagnosztikájában

Xenobiotikum transzporterek vizsgálata humán keratinocitákban és bőrben

Az ABCG2 multidrog transzporter fehérje szerkezetének és működésének vizsgálata

TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben

I. Molekuláris genetikai, genom-szintű és populációgenetikai eredmények:

Transzporterek vizsgálata lipidmembránokban Sarkadi Balázs MTA-SE Molekuláris Biofizikai Kutatócsoport, MTA-TTK Budapest

Lymphoma sejtvonalak és gyerekkori leukémia (ALL) sejtek mikro RNS (mir) profiljának vizsgálata

Gyógyszer rezisztenciát okozó fehérjék vizsgálata

Maléth József. Az endoplazmás retikulum - plazma membrán mikrodomének szerepe az intracelluláris Ca 2+ szignalizáció szabályzásában

Mit tud a genetika. Génterápiás lehetőségek MPS-ben. Dr. Varga Norbert

2. Ismert térszerkezetű transzmembrán fehérjék adatbázisa: a PDBTM adatbázis. 3. A transzmembrán fehérje topológiai adatbázis, a TOPDB szerver

Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen

A doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban.

Bioinformatika és genomanalízis az orvostudományban. Biológiai adatbázisok. Cserző Miklós 2018

Válasz Dr. Szőllősi János opponensi véleményére

Fehérje expressziós rendszerek. Gyógyszerészi Biotechnológia

A pseudoxanthoma elasticum öröklődő betegség kialakulásáért felelős ABCC6/MRP6 gén transzkripciós szabályozásának vizsgálata F48684.

Molekuláris biológiai eljárások alkalmazása a GMO analitikában és az élelmiszerbiztonság területén

Kutatási beszámoló ( )

TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL

1b. Fehérje transzport

Klónozás: tökéletesen egyforma szervezetek csoportjának előállítása, vagyis több genetikailag azonos egyed létrehozása.

KALPAINOK SZABÁLYOZÁSA: AZ ENZIM AKTIVÁLÁSA IN VITRO ÉS IRÁNYÍTÁSA IN VIVO

Búza tartalékfehérjék mozgásának követése a transzgénikus rizs endospermium sejtjeiben

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A

AZ IS30 BAKTERIÁLIS INSZERCIÓS ELEM CÉLSZEKVENCIA VÁLASZTÁSÁNAK MOLEKULÁRIS TÉNYEZŐI DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI SZABÓ MÓNIKA

Algaközösségek ökológiai, morfológiai és genetikai diverzitásának összehasonlítása szentély jellegű és emberi használatnak kitett élőhelykomplexekben

NÖVÉNYGENETIKA. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP /1/A

A génterápia genetikai anyag bejuttatatása diszfunkcionálisan működő sejtekbe abból a célból, hogy a hibát kijavítsuk.

A szamóca érése során izolált Spiral és Spermidin-szintáz gén jellemzése. Kiss Erzsébet Kovács László

A plazma membrán mikrodomének szabályzó szerepe a sejtek növekedési és stressz érzékelési folyamataiban. Csoboz Bálint

Hátterükben egyetlen gén áll, melynek általában számottevő a viselkedésre gyakorolt hatása, öröklési mintázata jellegzetes.

FOLYÉKONY ÉS POR ALAKÚ MOSÓSZEREK IRRITÁCIÓS HATÁSÁNAK ÉS MOSÁSI TULAJDONSÁGAINAK ÖSSZEHASONLÍTÁSA

Genetikai panel kialakítása a hazai tejhasznú szarvasmarha állományok hasznos élettartamának növelésére

A genetikai lelet értelmezése monogénes betegségekben

Elméleti és kísérletes módszerek lipidek és membránfehérjék tanulmányozására

A Hardy-Weinberg egyensúly. 2. gyakorlat

~ 1 ~ Ezek alapján a következő célokat valósítottuk meg a Ph.D. munkám során:

T-2 TOXIN ÉS DEOXINIVALENOL EGYÜTTES HATÁSA A LIPIDPEROXIDÁCIÓRA ÉS A GLUTATION-REDOX RENDSZERRE, VALAMINT ANNAK SZABÁLYOZÁSÁRA BROJLERCSIRKÉBEN

DNS-szekvencia meghatározás

A humán ABCB6 transzmembrán fehérje sejten belüli lokalizációjának és funkciójának tanulmányozása

Szerkezet és funkció kapcsolata a membránműködésben. Folyadékkristályok típusai (1) Dr. Voszka István

Ellenanyag reagensek előállítása II Sándor Noémi

Többgénes jellegek. 1. Klasszikus (poligénes) mennyiségi jellegek. 2.Szinte minden jelleg több gén irányítása alatt áll

A TATA-kötő fehérje asszociált faktor 3 (TAF3) p53-mal való kölcsönhatásának funkcionális vizsgálata

Az AT 1A -angiotenzinreceptor G-fehérjétől független jelátvitelének vizsgálata C9 sejtekben. Doktori tézisek. Dr. Szidonya László

A plazmamembrán kalcium ATPáz (PMCA) 2 és 4 izoformák lokalizációjának szabályozása. Doktori értekezés tézisei

Bioinformatika 2 6. előadás

Dr. Csanády László: Az ioncsatorna-enzim határmezsgye: egyedi CFTR és TRPM2 csatornák szerkezete, működése c. MTA doktori értekezésének bírálata

Immunológia 4. A BCR diverzitás kialakulása

Bioinformatika előadás

Preeclampsia-asszociált extracelluláris vezikulák

transzporter fehérjék /ioncsatornák

Terápiarezisztencia-fehérjéket kódoló mrns kvantitatív kimutatása PCRtechnikával. nyirokcsomójában

Szerkezet és funkció kapcsolata a membránműködésben. Folyadékkristályok típusai (1) Dr. Voszka István

Összefoglalók Kémia BSc 2012/2013 I. félév

Natív antigének felismerése. B sejt receptorok, immunglobulinok

Multidrog rezisztens tumorsejtek szelektív eliminálására képes vegyületek azonosítása és in vitro vizsgálata

Pozitron emittáló izotópok. [18F]FDG előállítása. Általunk használt izotópok. Magreakció: Dual Beam 18F. Felezési idő (min) 109,7

Gyógyszermolekulák és ABC transzporterek kölcsönhatásának vizsgálatára alkalmas in vitro rendszerek fejlesztése és validálása

Zárójelentés. Állati rotavírusok összehasonlító genomvizsgálata. c. OTKA kutatási programról. Bányai Krisztián (MTA ATK ÁOTI)

A preventív vakcináció lényege :

Hogyan lesznek új gyógyszereink? Bevezetés a gyógyszerkutatásba

Hálózati modellek alkalmazása a molekuláris biológia néhány problémájára. Doktori (PhD) értekezés tézisei. Ágoston Vilmos

A Drosophila melanogaster poszt-meiotikus spermatogenezisében szerepet játszó gének vizsgálata. Ph.D. értekezés tézisei.

Növényvédelmi Tudományos Napok 2014

A Telomerase-specific Doxorubicin-releasing Molecular Beacon for Cancer Theranostics

TRANSZPORTEREK Szakács Gergely

avagy az ipari alkalmazhatóság kérdése biotechnológiai tárgyú szabadalmi bejelentéseknél Dr. Győrffy Béla, Egis Nyrt., Budapest

CYP2C19 polimorfizmusok szerepe a clopidogrel rezisztencia vizsgálatában iszkémiás stroke-on átesett betegekben

Flagellin alapú filamentáris nanoszerkezetek létrehozása

Norvég Finanszírozási Mechanizmus által támogatott projekt HU-0115/NA/2008-3/ÖP-9 ÚJ TERÁPIÁS CÉLPONTOK AZONOSÍTÁSA GENOMIKAI MÓDSZEREKKEL

KERINGŐ EXTRACELLULÁRIS VEZIKULÁK ÁLTAL INDUKÁLT GÉNEXPRESSZIÓS MINTÁZAT VIZSGÁLATA TROPHOBLAST SEJTVONALBAN

A nukleinsavak polimer vegyületek. Mint polimerek, monomerekből épülnek fel, melyeket nukleotidoknak nevezünk.

A humán HLTF fehérje HIRAN doménjének strukturális és funkcionális vizsgálata

B-sejtek szerepe az RA patológiás folyamataiban

HUMÁN ABC TRANSZPORTEREK FUNKCIONÁLIS VIZSGÁLATA. Homolya László

Sejtmozgás és adhézió Molekuláris biológia kurzus 8. hét. Kun Lídia Genetikai, Sejt és Immunbiológiai Intézet

In Situ Hibridizáció a pathologiai diagnosztikában és ami mögötte van.

TEMATIKA Biokémia és molekuláris biológia IB kurzus (bb5t1301)

Lipidek anyagcseréje és az ateroszklerózis (érelmeszesedés)

Mangalica specifikus DNS alapú módszer kifejlesztés és validálása a MANGFOOD projekt keretében

A gidrán fajta genetikai változatosságának jellemzése mitokondriális DNS polimorfizmusokkal Kusza Szilvia Sziszkosz Nikolett Mihók Sándor,

A PET szerepe a gyógyszerfejlesztésben. Berecz Roland DE KK Pszichiátriai Tanszék

Elválasztástechnikai és bioinformatikai kutatások. Dr. Harangi János DE, TTK, Biokémiai Tanszék

Bioinformatika 2 10.el

A humán multidrog transzporter MDR1 klinikai és biokémiai vizsgálata

Az X kromoszóma inaktívációja. A kromatin szerkezet befolyásolja a génexpressziót

ADATBÁNYÁSZAT I. ÉS OMICS

A T sejt receptor (TCR) heterodimer

PhD DISSZERTÁCIÓ TÉZISEI

Membrántranszport. Gyógyszerész előadás Dr. Barkó Szilvia

ONKOGÉN K-RAS MUTÁCIÓK: SZERKEZET ALAPÚ ALLÉL SPECIFIKUS INHIBITOR TERVEZÉS. Vértessy G. Beáta MedInProt Konferencia Budapest, április 22.

HAPMAP Nemzetközi HapMap Projekt. SNP GWA Haplotípus: egy kromoszóma szegmensen lévő SNP mintázat

Tüdő adenocarcinomásbetegek agyi áttéteiben jelenlévő immunsejtek, valamint a PD-L1 és PD-1 fehérjék túlélésre gyakorolt hatása

Átírás:

A genetikai betegségtől a fehérje szerkezetig: Az ABCC6 transzporter betegség okozó misszensz mutánsainak vizsgálata Doktori tézisek Fülöp Krisztina Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológia Doktori Iskola Klasszikus és Molekuláris Genetika Program Témavezető: Doktori Iskola vezetője: Doktori Program vezetője: Dr. Váradi András Dr. Erdei Anna Dr. Vellai Tibor Magyar Tudományos Akadémia, Természettudományi Kutatóközpont Enzimológiai Intézet 2014

Bevezetés Az ABC (ATP Binding Cassette) trranszporterek a nagy transzmembrán fehérjék családjába tartoznak. ATP hasításából származó energia terhére szubsztrátok transzportját végzik a plasmamembránon vagy más intracelluláris membránokon keresztül. Minimális funkcionális egységüket két ABC és két transzmembrán domén alkotja. Az ABC domének un. head to tail elrendeződésben találhatók; két kompozit katalitikus helyet alakítanak ki, amelyek az ATP kötés hatására nyerik el a zárt konformációt. Egy-egy katalitikus zsebet egy azonos ABC domén Walker-A és Walker-B motívuma valamint az ellenoldali ABC domén Signature motívuma képezi. A transzmembrán domének egy szubsztrát transzlokációs csatornát alakítanak ki, amely rigid intracelluláris hurkokon keresztül kapcsolódik az ABC doménekhez. Ezen intracelluláris régiók közvetítik az ATP hidrolízise során bekövetkező konformációs átrendeződéseket a transzlokációs csatorna felé. Az ABCC6 fehérje génjét érintő mutációkat két kötőszöveti kalcifikációval járó betegség hátterében azonosították. A pseudoxanthoma elasticum (PXE) recesszív betegség az elastikus rostok progresszív kalcifikációjával jár; tünetei elsősorban a bőrben, a közepes méretű artériák falában és a retina Bruch membránjában jelentkeznek. A betegeket érintő legsúlyosabb következményt a kardiovaszkuláris komplikációk jelentik, illetve a látáskárosodáshoz vagy teljes látáskieséshez vezető makula degeneráció. A PXE-t mind populáció szinten, mind az érintett csaláldokon belül, kifejezetten nagy fenotípusos variabilitás jellemzi. A generalized arterial calcification of infancy (GACI) betegség egy extrém ritka, nagyon súlyos érelmeszesedési tünetekkel járó betegség, amely perinatális vagy néhány hónapos korban az arteriák stenozisához, illetve miokardiális infarktushoz vezet. Az elmúlt 14 évben, az ABCC6 gén azonosítása óta, több, mint 400 szekvencia variációt írtak le. A mutációk nagy száma ellenére mindezidáig nem sikerült genotípus-fenotípus összefüggéseket feltárni. Az ABCC6 fehérje fiziológiás szerepéről, illetve a betegségek hátterében meghúzódó patológiás folyamatokról szintén nagyon keveset tudunk. Az ABCC6 fehérje elsősorban a hepatociták bazolaterális membránjában található, míg a betegség tüntei által érnitett szövetekből szinte alig kimutatható. Fiziológiás elhelyezkedésének megfelelően, illetve állatmodeleken végzett transzplantációs kísérletek alapján valószínűsíthető, hogy az 1

ABCC6 egy máig ismeretlen metabolit transzportját végzi a májból a vér felé, amely a keringési rendszeren keresztül a perifériás szövetek kalcifikációs folyamatainak megakadályozásában tölt be fontos szerepet. Ennek megfelelően a PXE betegséget ma metabolikus betegségként azonosítják. Egy másik egygénes Mendeli betegség, a PXE-like szindróma által érintett emberek kalcifikációs bőrtünetei nagyon hasonlóak a PXE-s betegek tüneteihez. A betegség hátterében álló GGCX (gamma-glutamyl carboxylase) gén egy a Ca-kötő fehérjék, például véralvadási faktorok illetve anti-kalcifikációs folyamatokban résztvevő fehérjék, másodlagos módosításáért felelős gamma-karboxilázt kódol. A GGCX fehérje kofaktorai K-vitamin vegyületek. PXE-like szindrómás betegekeknél a perifériás kalcikációs tünetek mellett a májban szintetizálódó véralvadási faktorok zavara is jelentkezik. Ennek alapján felmerült, hogy az ABCC6-nak szerepe lehet K-vitamin vegyületek májból való transzportjában. A májban elégséges a K-vitamin szint a koagulációs faktorok szintéziséhez, ennek megfelelően a PXE-s betegenél nem jelentkezik véralvadási zavar, a hiányos ABCC6 funkció következtében azonban a perifériás szövetekben az antikalcifikációs fehérjék aktiválása zavart szenved, aminek következtében meszesedési tünetek jelentkeznek. Dolgozatom első felében az ABCC6 K-vitamin vegyületek transzportjában betöltött lehetséges szerepére irányuló kísérleteimet részletezem, míg második felében az ABCC6 gén illetve ABCC6 fehérje betegséget okozó mutációval kapcsolatos munkáimat foglalom össze. Célkitűzések 1. Radioaktív és jelöletlen K3-vitamin glutation konjugátum (VK3GS) szintézise és tisztítása. ABCC1, ABCC2, ABCC3, ABCC6 és ABCG2 hepatikus transzporterek aktivitásának vizsgálata VK3GS szubsztrát kandidáns jelenlétében in vitro vezikuláris transzport kísérletekben. Az ABCC6 fehérje VK3GS K-vitmain konjugátum transzportjában betöltött szerepének tisztázása. 2. Az ABCC6 génben leírt több száz betegség okozó mutáció és szekvencia variáns jobb áttekinthetőségéhez egy, a rendelkezésre álló adatokat feldolgozó ABCC6 mutációs adatbázis létrehozása. 2

3. A gén kódoló régióját érintő nagyszámú betegséget okozó illetve neutrális mutációk, mint genetikai információ, fehérje térszerkezetben való elhelyezése, lehetőséget nyújthat szerkezet-funkcó összefüggések tanulmányozásához. Rokon fehérjék kristályszerkezeti koordinátái alpján célul tűztük ki ABCC6 homológiai modelek építését. 4. A betegséget okozó ABCC6 mutációk fehérjeszerkezetet, illetve funkciót érintő hatásainak in vitro vizsgálatához kiválasztottam négy gyakori betegséget okozó missens mutánst, amelyek a fehérje funkcionális illetve kiemelt szerkezeti struktúráit érintik. Célul tűztem ki ezek in vitro transzport aktivitásának, valamit in vitro MDCKII sejtvonalakban való lokalizációjának viszgálatát. Egy nemzetközi kollaborációs kísérletsorozatban elsősorban olyan betegség okozó mutánsokat terveztük azonosítani amelyek transzport funkciójukat megőrizték. PXE illetve GACI betegségekben a fehérje funkció kiesését ezen esetekben feltehetőleg stabilitási és az ennek következtében kialakuló lokalizációs defektusok okozhatják. Ezek a mutánsok kémiai chaperonok általi korrekción alapuló allélspecifikus terápia kiindulópontjául szolgálhatnak. Módszerek Adatfeldolgozás az ABCC6 mutációs adatbázishoz Az ABCC6 génben leírt szekvenciaváltozatokat a PubMed adatbázisban megtalálható közleményekből gyűjtöttük ki. Az online adatbázis a PXE International szervezettel való nemzetközi együttműködés során jött létre, LOVD formátumban az NCBI szerverén üzemel. Modell építés: Az ABCC6, Sav1866, HlyB-ABC, CFTR-ABC és P-gp fehérjék szekvenciáit ClustalW2 programmal, alapbeállítások mellett illesztettük. A homológiai modelleket a Sav1866 bakteriális ABC transzporter (PDB: 2ONJ 3.4Å), HlyB ABC-ABC dimmer (PDB: 1XEF 2.5Å) N-ABC CFTR homodimer (PDB: 2PZE 1.7Å) és az egér P-gp (PDB: 3G5U 3.8Å) koordinátáit felhasználva építettük. Kétszáz szerkezetet modelleztünk Modeller 9.3 program segítségével, amelyek közül azt választottuk ki, amihez a legkisebb objective function érték tatozott. Az ábrákat PyMOL programmal készítettük, a statisztikai adatokat Fisher exact teszttel értékeltük ki. 3

Az ABCC6 variánsok DNS konstrukciói Az S1121W, T1301I, Q1347H és R1459C mutánsokat overlap extension mutagenezis PCR módszerével készítettem pacuw21l bakulovírus expressziós vektorban, majd a mutagenezis kazettákat SpSldS retrovírusvektorba, valamint plive vektroba szubklónoztuk. Sejtkultúrák fenntartása Az Sf9 sejteket 27 C-on TNM-FH médiumban (FBS, penicillin, sztreptomicin); a Phoenix-Ampho és MDCKII sejteket CO 2 termosztátban 37 C-on, DMEM médiumban (FBS, penicillin, sztreptomicin) tartottuk fenn. S1121W, T1301I, Q1347H és R1459C mutánsok expressziója Sf9 rovarsejtekben Sf9 (Spodoptera frugiperda) rovarsejteket a gyártó (BaculoGold kit (BD Biosciences Pharmingen) által meghatározott körülmények között kotranszfektáltuk linearizált bakulovíussal és pacuw21l vector konstrukciókkal. A vírusfelülúszókat magas expressziós szint biztosításához végponthígításos módszerrel klónoztuk. Az amplifikált vírusfelülúszóval membránpreparálás céljára 3x10 7 sejtet fertőztünk, amelyeket 72 óra elteltével dolgoztunk fel. Membránpreparálás és a membránok fehérje tartalmának meghatározása Mosási és homogenizálási lépéseket követően a sejtek membrán frakcióját differenciálultracentrifugálás módszerével izoláltuk, 60.000g-n. A membrán frakció koncentrációját szuszpendálással 5-10 mg/ml koncentrációra állítottuk be, majd homogenizáltuk. A membránpreparátumokat felhasznállásig -70 C-on tároltuk. A vezikulák össz-fehérje tartalmát módosított Lowry módszerrel határoztuk meg. A uptake-kompetens insideout vezikulák relatív mennyiségét a különböző preparátumokban az endogén Sf9 Catranszporterek aktivitásának alapján hasonlítottuk össze. Leammli SDS-poliakilamide gél-electroforézis és immunoblot A membránpreparátumokat és sejtlizátumokat diszaggregáló pufferben vittük fel 6-7.5%-os poliakrilamid gélre. Az elektroforézist Protean gél-elektroforézis készülékkel (Biorad) végeztük. A fehérjéket polivinilidén-difluorid (PVDF) membránra blottoltuk sztenderd elektroblot technikával Mini-Trans-Blot, illetve semidry blot készülékekkel (Biorad), a gyártó által előírt körülményeknek megfelelően. A vad típusú és mutáns ABCC6 fehérjéket HB6 poliklonális, illetve M6II-7 monoklonális, valamint HRPkonjugált másodlagos ellenanyagokkal hívtuk elő. 4

A [ 3 H]K3GS konjugátum szintézise és tisztítása 280µM [ 3 H]GSH-t 0.1M etanolban oldott K3 vitaminhoz adtunk hozzá, majd a reakcióelegyet egy éjszakán át 4 o C-on inkubátuk szilanizált üvegcsövekben. [ 3 H]K3GS kristályokat vákum alatt szárítottuk, majd 5% trifluor acetátban oldottuk fel és HPLC-vel tisztítottuk. A jelöletlen VK3GS-t hasonlóképpen szintetizáltuk, majd kristályosítással és kloroformos mosással tisztítottuk. Mindkét esetben a vegyületek kémiai tisztaságát HPLC- MS módszerrel ellenőritük. A VK3GS oldatokat -20 o C-on, sötétfalú üvegekben felhasználásig, maximum 30 napig, tároltuk. [ 3 H]LTC4, [ 3 H]E 2-17G, [ 3 H]MTX és [ 3 H]K3GS transport mérések A vezikuláris transzport méréseket rapid filtrációs technika segítségével végeztük. Az ATP-függő transzport értékeket a 4mM MgATP jelenlétében illetve hiányában, vagy AMP jelenlétében mért értékek különbségeiből számítottuk. A radioaktivitást scintillációs detektor (Wallac 1409 DSA) segítségével határoztuk meg. A transzport kinetikai paramétereket Kaleidagraph (Synergy) program seítségével értékeltük. Az ABCC6 mutánsok retrovirális expressziója MDCKII sejtekben Phoenix-Ampho pakolósejteket SpSldS rekombináns retrovírus konstrukciókkal valamint M57 és GALV helper vektorokkal ko-transzfektáltuk. A transzfekciót kalciumfoszfát precipitációs módszerrel a gyártó (GIBCO) előírásait követve végeztük. A vírusfelülúszóval 6mg/ml polibrén jelenlétében MDCKII sejteket transzdukáltunk. A sejteket centrifugálást követően (1000g, 90min) 37 o C-os CO 2 termosztátban tartottuk fenn. MDCKII sejtek immunfestése és konfokális mikrosztkópia Nem polarizált sejtkultúra nyeréséhez a sejteket 8-lyukú kamrákon tartottuk fenn. Polarizált sejtkultúrához az MDCKII sejteket Transwelleken növesztettük, majd 8-10 nappal a konfluencia elérését követően immunfestettük. Mindkét esetben, immunfestés előtt a sejteket DPBS pufferben mostuk, fixáltuk 4% paraformaldehiddel és 5 percig előkezeltük jéghideg metanollal. Blokkolást követően a mintákat blokkoló oldatban oldott elsődleges, majd másodlagos ellenanyagokkal inkubáltuk egy-egy órán át. A sejtmagokat DAPI-val festettük meg, majd a mintákat konfokális mikroszkóp (Olympus IX-81/FV500 lézer-szkenning mikroszkóp) segítségével vizsgáltuk. A felvételeket Olympus FluoView 4.7 program segítségével készítettük. 5

Eredmények 1. VitK3 illetve GSH/[ 3 H]GSH felhasználásával szintetizáltam és tisztítottam a transzport kísérletekhez szükséges, kereskedelmi forgalomban nem kapható VK3GS illetve [ 3 H]VK3GS konjugátumokat. 2. Vezikuláris transzport kísérletekben vizsgáltam az ABCC6, ABCC1, ABCC2, ABCC3 és ABCG2 transzporterek ATP-függő VK3GS transzport aktivitását. Az ABCC6 fehérje esetén nem tudtam szignifikáns ATP-függő transzport aktivitást kimutatni. Megállapítottam, hogy az általunk elsősorban vizsgált ABCC6 transzporter feltehetően nem vesz részt a VK3GS K-vitamin konjugátum májból való exportjában [Fülöp et al., 2011]. 3. Kapcsolódó kísérletek alapján megállapítottam, hogy az ABCC1 transzporter nagy kapacitással, 1.45µM K M, és 240 pmol/mg membrán fehérje/perc V max paraméterekkel jellemezhetően transzportálja a VK3GS vegyületet [Fülöp et al., 2011]. A transzport specifikusnak bizonyult, az ABCC1 fehérje fiziológiás szubsztrátja, az LTC4 (500nM) 35%-ra, valamint az MK571 (10µM) MRP-inhibítor gátolta. A G771D variáns, az ABCC1 fehérje inaktív mutánsa esetén nem tudtam szignifikáns, ATP-függő transzport aktivitást kimutatni. 4. Ugyanezen kísérleti körülmények között az ABCC2 transzporter a VK3GS konjugátum egy lehetséges, kis kapacitású transzporterének bizonyult. 5. Az ABCC3, illetve ABCG2 transzporterek esetén VK3GS szubsztrát jelenlétében nem tapasztaltam szignifikáns ATP-fügő aktivitást. 6. Részt vettem az ABCC6 mutációs adatbázis létrehozásásban, amely tartalmazza valamennyi GACI, illetve PXE betegségekben leírt ABCC6 mutációt, valamint az ABCC6 génben napjainkig azonosított szekvenciavariációkat. Az adatbázis tartalmazza az egy-egy variánsra vonatkozó legszükségesebb információkat, úgymint: a DNS, illetve fehérje szintű szekvencia eltérést; a variáns státuszát a betegség szempontjából: polimorfizmus, vagy mutáció; a szekvenciaeltérés típusát; az érintett genomi pozíciót; az érintett régió nevét a génben illetve a fehérjében; valamint, hogy a szekvenciamegváltozás egy olyan mutáció-e, ami egy 5 CpG dinukleotid mutációjaként keletkezhetett. Az adatbázis tartalmazza valamennyi publikációt, amelyben az adott varáns szerepel. Amennyiben allélfrekvencia adatok is rendelkezésre álltak azokat is feltüntettük. Adataink nagyban hozzájárultak az 6

online ABCC6 mutációs adatbázis létrejöttéhez, amelyet a PXE International szervezettel együttműködésben hoztunk létre; az NCBI szerverén LOVD formátumban érhető el (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/lovd/home.php?select_db=abcc6). 7. Elemeztem a 4512 nukleotid hosszúságú cdns CG tartalmát és az 5 CpG dinukleotidok eloszlását a kódoló régióban. Megállapítottam továbbá, hogy a single nucleotide szubsztitúciók eloszlása nem random, a CpG nukleotidokat gyakrabban érinti mutáció. A kódoló régióban leírt single nucleotide szubsztitóciók 29%-a esik 5 CpG dinukleotid (312 nukleotid, 156 5 CpG) szekvenciarészre, amelyek a kódoló nukleotidok mindössze 6.9%-át alkotják. 8. Megmutattam, hogy az 5 CpG dinukleotidokat érintő mutációk jelentős mértékben hozzájárulnak az ABCC6 génben található betegséget okozó mutációk nagy számához (220), azok 20.5%-át adják (2013-ig publikált adatok alapján). 9. Részt vettem az ABCC6 fehérje homológiai modelljeinek elkészítésében. A Sav 1866 (PDB ID: 2ONJ, 3.4Å) bakteriális ABC fehérje nukleotid szubsztrát-kötött és az egér Abcb1 (PDB ID: 3G5U) apo állapotú kristályok térszerkezeti koordinátái alapján egy zárt és egy nyitot konfigurációjú modellt építettünk. 10. Elemeztük a betegség okozó misszensz ABCC6 mutációk eloszlását a model által jósolt funkcionális felszíneken, és azok szignifikáns dúsulását figyeltük meg az ABC-ABC, valamint az ABC-ICL kontakt felszíneken [Fülöp et al., 2009]. Megállapítottam továbbá, hogy nem a DNS-szerkezetre visszavezethető mutációs hot spotok okozzák a mutációk érintett felszíneken való dúsulását. 11. ABC fehérjékhez kapcsolt genetikai betegségeket okozó misszensz mutációkról online elérhető adatok alapján vitatjuk a Kelly és munkatársai által 2011-ben publikált a molekulamodellek prediktivitásáról szóló eredményeit, azaz hogy egyes aminosavcserét okozó megváltozások patogenitását illetően mennyiben bízhatunk meg a térszerkezeti modelek szerkezetet-, illetve funkcióváltozást jósló erejét illetően. 12. In vitro módszerekkel vizsgáltam négy gyakori PXE-t okozó misszensz ABCC6 mutáció: S1121W, T1301I, Q1347H és R1459C hatását a fehérje funkciójára, illetve lokalizációjára. Valamennyi variáns transzport aktivitása kísérleti rendszerünkben a vad típusú fehérjével összevethető volt, azonban in vitro emlős (MDCKII) 7

expressziós kísérleteimben a vad típustól eltérő lokalizációt mutattak [Pomozi, Brampton, Fülöp, Chen, Apana, Li, Uitto, LeSaux and Váradi, 2014]. Diszkusszió Az ABCC6 fehérje, egy ismeretlen vegyületet transzportál a májból a keringésbe. A PXE iletve GACI betegségek tünetei alapján azt gondoljuk, hogy ez a metabolit közvetlenül, vagy közvetve periferiás anti-kalcifikációs folyamatokban vesz részt. In vitro kísérleteim alpján megállapítottam, hogy az ABCC6 transzporter feltehetőleg nem vesz részt a K3GS, GSH-konjugált K-vitamin származék, májból való transzportjában, azaz nem ez a vegyület áll az ABCC6 függő kalcifikációs folyamatok hátterében. Mások in vitro és in vivo eredményei is témogatták megállapításomat. A PXE hátterében álló ABCC6 gén pozícionális klónozása óta több, mint 400 a gént érintő szekvenciavariációt írtak le. Ilyen nagy számú variáns esetén in vitro illetve in vivo módszerekkel nem tisztázható valamennyi megváltozás fehérje-szerkezetre, illetve funkcióra gyakorolt hatása. A szekvencia variánsokat és a rendelkezésre álló in vitro illetve in vivo adatokat, betegség asszociált gének esetén a mutációkat hordozó betegek klinikai adatait rendszerező adatbázisok kiemelkedő fontosságúak. Kutatócsoportunkban elkészítettünk egy ABCC6 mutációs adatbázist, amely nagymértékben hozzájárult az online elérhető, a betegek klinikai adatait is tartalmazó LOVD ABCC6 adatbázis létrejöttéhez ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/lovd/home.php?select_db=abcc6). Az általunk készített ABCC6 homológiai model [Fülöp et al, 2009], amely az online LOVD ABCC6 adatbázis felületén is elérhető, lehetőséget nyújt az egyes mutációk térszerkezetben való elhelyezésére, kiindulásul szolgáhat misszensz mutációk a fehérje szerkezet/funkció változásaira kifejtett hatásának tanulmányozásában. Az ABCC6 fehérje betegség okozó missszensz mutációinak fehérjeszerkezetben való nem homogén eloszlására irányuló megfigyelésünk, miszerint a fehérje struktúrális, illetve funkcionális felszínek a teljes fehérjeszerkezethez képest érzékenyebbek az aminosavcserét okozó mutációkra, az első genetikai bizonyítéka ezen felszínek kiemelt fontosságának. In vitro transzport aktivitási kísérletek, illetve in vitro és in vivo modelek amelyekben a fehérjék lokalizációját/érését/stabilitását vizsgálhatjuk a leggyakrabban használatos 8

rendszerek az egyes mutánsok fehérje aktivitásra, illetve szerkezetre gyakorolt hatásának vizsgálatában. Egy nemzetközi együttműködés keretein belül in vitro transzport aktivitási kísérletekben és lokalizációs vizsgálatokban jellemeztem négy gyakori, PXE-t okozó ABCC6 mutánst. Vizsgálataink célja olyan transzport aktív, betegség okozó mutációk azonosítása volt, ahol a betegségeket feltehetőleg a fehérje mutáció következtében sérült stabilitása, illetve az ennek következtében kialakuló lokalizációs defektusok okozzák. Célunk kémia chaperon molekulák alkalmazásával szerkezeti korrekción alapuló allélspecifikus terápia kifejlesztése PXE és GACI betegségekben. Publikációim: 1. Fülöp K, Barna L, Symmons O, Závodszky P, Váradi A.: Clustering of diseasecausing mutations on the domain-domain interfaces of ABCC6. Biochem Biophys Res Commun. 2009 Feb 13; 379(3): 706-9. 2. Váradi A, Szabó Z, Pomozi V, de Boussac H, Fülöp K, Arányi T.: ABCC6 as a target in pseudoxanthoma elasticum. Curr Drug Targets. 2011 May; 12(5): 671-82. Review. 3. Arányi T, Fülöp K, Symmons O, Pomozi V, Váradi A.: Predictable difficulty or difficulty to predict. Protein Sci. 2011 Jan; 20(1):1-3. 4. Le Saux O, Fülöp K, Yamaguchi Y, Iliás A, Szabó Z, Brampton CN, Pomozi V, Huszár K, Arányi T, Váradi A.: Expression and in vivo rescue of human ABCC6 disease-causing mutants in mouse liver. PLoS One. 2011; 6(9): e24738. 5. Fülöp K, Jiang Q, Wetering KV, Pomozi V, Szabó PT, Arányi T, Sarkadi B, Borst P, Uitto J, Váradi A.: ABCC6 does not transport vitamin K3-glutathione conjugate from the liver: relevance to pathomechanisms of pseudoxanthoma elasticum. Biochem Biophys Res Commun. 2011 Nov 25; 415(3): 468-71. 2. 6. Arányi T, Bacquet C, de Boussac H, Ratajewski M, Pomozi V, Fülöp K, Brampton CN, Pulaski L, Le Saux O, Váradi A.: Transcriptional regulation of the ABCC6 gene and the background of impaired function of missense disease-causing mutations. Front Genet. 2013 Mar 11; 4:27. 7. Pomozi V, Brampton C, Fülöp K, Chen LH, Apana A, Li Q, Uitto J, Le Saux O, Váradi A.: Analysis of pseudoxanthoma elasticum-causing missense mutants of ABCC6 in vivo; pharmacological correction of the mislocalized proteins. J Invest Dermatol. 2014 Apr; 134(4): 946-53. 9

Köszönetnyilvánítás Mindenekelőtt szeretnék köszönetet mondani témavezetőmnek, Váradi Andrásnak, aki PhD tanulmányaim során mindvégig támogatott, a mindennapokban felmerülő nehézségeket szakmai tapasztalatával és humorával könnyen feloldotta. Köszönettel tartozom Sarkadi Balázsnak, aki kritikai észrevételeivel, tanácsaival nagyban hozzájárult szakmai fejlődésemhez. Szeretném megköszönni Iliás Attilának és Sinkó Emesének, a rengeteg tapasztalatot és tudást amit kezdeti éveimben megosztottak velem. Köszönöm a kiegyensúlyozott, nyugodt légkört, amiben együtt dolgoztunk. Köszönettel tartozom Klein Izabellának, aki egyetemi éveim alatt segítette a tudományos élettel való első ismerkedéseimet. Szeretném megköszönni a rengetek szakmai tanácsot és technikai segítséget amit kísérleteink során Liliom Károlytól, Homolya Lászlótól, Bakos Évától és Arányi Tamástól kaptam. Köszönöm a K-vitamin konjugátum preparálása során kapott szakmai és technikai segítséget Szabó Pálnak. Szeretném megköszönni Barna Lászlónak a kitartó támogatást és motiváló légkört, amiben együtt dolgoztunk. Hálás vagyok Vermes Györgyi és Kis Judit asszisztenseknek, akik kiváló szaktudásukkal kísérleteinket az évek során támogatták. Szeretnék köszönetet mondani Szeri Flórának, Pomozi Violának és Köblös Gabriellának, valamit a Váradi- és Sarkadi-csoport valamennyi tagjának a rengeteg inspiráló szakmai és baráti beszélgetésért, a laborban töltött mindennapok jó hangulatáért. Végül hálával tartozom szüleimnek, hogy mind egyetemi éveim alatt, mind későbbi tanulmányaim során szeretettel és lelkesedéssel támogattak. Köszönöm családom valamennyi tagjának a rengeteg türelmet és a számomra bitosított szabadidőt, amivel lehetővé tették, hogy tudományos munkámat a gyermekvállalás mellett is folytathassam. Köszönöm azt a szeretetteli kiegyensúlyozott légkört, amivel férjem és gyermekeim támogatnak nap, mint nap. 10