Budapest, 2014. február 22. Ritka Betegségek Világnapja A genetikai vizsgálatok jelene, jövője a Ritka Betegségek vonatkozásában dr. Kósa János PentaCore Laboratórium, Budapest Semmelweis Egyetem I. sz. Belgyógyászati Klinika
Bemutatkozás A PentaCore Laboratórium a Semmelweis Egyetem I. sz Belgyógyászati Klinikáján működik. Jelenleg több mint 1000 féle vizsgálatot végez. Ebből közel 800 genetikai teszt. Elérhető: vizelet, vérkép, rutin kémia, immunkémia, hormonok, panelek. Genetika: klasszikus genetika új-generácós NGS genetika 1. Rutin diagnosztika 2. Kutatás-fejlesztés 3. Publikálás 4. Oktatás
Genetikai betegségek unigénes betegségek (akár egy SNP) (1% alatt) poligénes betegségek (99+%, CVD, DM, asztma, magas vérnyomás, Alzheimer ) + KÖRNYEZET NATURE-NURTURE A devil, a born devil, on whose nature Nurture can never stick Shakespeare The Tempest Ördög, született ördög, nem ragad rajt az emberséges nevelés, hiába Shakespeare A Vihar (Babits Mihály fordítása)
Ritka betegségek vs. genetikai háttér http://globalgenes.org/#
Géndiagnosztika: Új technológiák Új lehetőségek
Számítástechnika forradalma
Számítástechnika forradalma
Genetika forradalma
Humán Genom Projekt
Mukoviszcidózis - Cisztás fibrózis Klorid ion csatorna a mirigyek kivezetőcsövének hámjában 27 exon, 4443 bp kódoló szakasz Minimum 1937 ismert mutáció Más mutációra más a gyógyszer Leggyakrabban előforduló 32 mutáció vizsgálata Negatív eredmény azt jelenti, hogy a 32 gyakori mutációt nem hordozza a minta Mit is jelent a negatív genetikai eredmény általában?
Cisztás fibrózis Ampliseq panel CFTR AmpliSeq panel, 58 amplikon delta[f508] R1066C Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Neurofibromatózis Incidencia 1:4000 Autoszómális, domináns öröklődés menet Jóindulatú neurofibromák keletkezése a bőrön (tejeskávé foltok) Esetek 10%-a malignussá válik Környező szöveteket károsíthatja Több típus; genotípus fenotípus összefüggése nem világos még Esetek felében de novo mutáció áll a háttérben Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
NF1 és NF2 gének a neurofibromatózis hátterében NF1 (neurofibromin 1), 58 exon, 8661 bp NF2 (neurofibromin 2), 17 exon, 1824 bp Oncogene. 2007 Jul 12;26(32):4609-16. Epub 2007 Feb 12. Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Neurofibromatózis Ampliseq panel NF AmpliSeq panel, 130 amplikon c.2693t>c, p.leu898pro Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Gyakoribb öröklődő betegségek gyors genetikai diagnosztikája Semmelweis Egyetem Gyermekklinikáival együttműködve Cisztás fibrózis (1:2500) Neurofibromatózis (1:4000) Fenilketonúria (1:10000) Hemokromatózis (1:500) Osteogenesis imperfecta (1:10000) Wilson-kór (1:30.000) Egyedi panelek Belső és külső minőségbiztosítás Validációs minták ismert, hagyományosan szekvenált DNS-ek
Rövid háttér Első új-generációs szekvenátor (NGS) klinikai alkalmazásban hazánkban 2012.08- Ion Torrent Personal Genome Machine 50+ beállított rutin esszé közel 600 egyedi minta (!) csírasejtes vagy szomatikus DNS mut. (öröklődő illetve tumorgenetika) minden patogén esetben gold-standard Sanger szekvenálással validálást végzünk együttműködés hazai és nemzetközi kutató és diagnosztikai laboratóriumokkal Life Technologies PGM referencia laboratórium vagyunk diagnosztikai tesztjeinket hazánkból elsőként regisztrálta a U.S. NCBI-Genetic Testing Registry
Ismeretlen vagy bizonytalan eredetű genetikai betegségek azonosítása Genetion - 740 öröklődő betegség szűrése egy lépésben (323 db gén nagy mélységű szekvenálása) Exom szekvenálás (??) minden (!) génünk elolvasása (~30.000 gén) Genom szekvenálás (?????) 3.000.000.000 bázispár elolvasása (1 millió oldalas könyv)
A nyers adat ma már könnyen megvan, de hogyan tovább? Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Bioinformatika kérdése Adatgenerálás, adatkiértékelés és adattárolás http://blog.goldenhelix.com/?p=822 http://www.ingenuity.com Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
NGS a klinikai gyakorlatban Kérdések Megfelelő minőségbiztosítás mellett már elfogadott (van?) Genetikai vizsgálat előtt és után felvilágosítás, konzultáció (kivel?) Pre-implantációs, Pre-natális szűrés lehet? (nem illetve igen?) Etikai, morális és jogi kérdések (interdiszciplináris konzultáció!) Felvilágosítás, oktatás! Páciens, orvos is! (azt sem tudjuk mit kérdezhetünk) Ö Kósa JP Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Neurofibromatózis NGS alapú diagnosztika Journal of Molecular Neuroscience cikk 2014.02.20.
Ritka Betegségek Világnapja Budapest, 2014. február 22. Köszönöm a figyelmüket! Kósa JP