DNS viszgálatok, számítási módszerek

Hasonló dokumentumok
Populációgenetika. 2. Egy populáció egyedeinek a 90%-a AA, 10%-a aa genotípusú. Mekkorák az allélgyakoriságok?

POPULÁCIÓGENETIKA GYAKORLAT

Domináns-recesszív öröklődésmenet

ÁLLATTENYÉSZTÉSI GENETIKA


Mátrixok február Feladat: Legyen ( ( B = A =

A Hardy-Weinberg egyensúly. 2. gyakorlat

Tárgyév adata december 31. Tárgyév adata december 31. A tétel megnevezése

A Hardy Weinberg-modell gyakorlati alkalmazása




10. GYAKORLÓ FELADATSOR MEGOLDÁSA




É É É é é é é é í ű ó é É ö á ó é ő ő í ó á ö ő é ö ö é ó í í ú í é é í íú ó í ó é ő é ö é í é é ó é á á é á á ó ő ű é é ő ő ő í ó é é é í é é ó á Ű é

a védelmi feladatokban részt vevő elektronikus hírközlési szolgáltatók kijelöléséről és felkészülési feladataik meghatározásáról

ML/GL (164)

ÁLLATTENYÉSZTÉSI GENETIKA

2. Az önkormányzat és költségvetési szervei évi költségvetésének teljesítése

Horváth András vegyészszakértő BSZKI. Horváth András - BSZKI 1


Nincs öntermékenyítés, de a véges méret miatt a párosodó egyedek bizonyos valószínűséggel rokonok, ezért kerül egy

I/A. Az alkalmazottak adatai

8/2014. (X.10.) KLIK elnöki utasítás

A NAGYMAMA, AKI LEHOZOTT MINKET A FÁRÓL: A menopauza evolúciója és következményei

Hátterükben egyetlen gén áll, melynek általában számottevő a viselkedésre gyakorolt hatása, öröklési mintázata jellegzetes.

Csákberény Község Önkormányzat Képviselő-testületének

Populációgenetikai. alapok

ADÓZÁS 2016-ban INGATLAN BÉRBEADÁS ESETÉN

Első sorozat (2000. május 22. du.) 1. Oldjamegavalós számok halmazán a. cos x + sin2 x cos x. +sinx +sin2x =

á á ő ö á ő á ő ő őí á á á ő ö í í á ó ő í ó ó ö á á á á ó ö ö í á ő ö á ó í ő á á ű í á á ó á á í ó ó ö ü ö í ő ű í á ő á á á á á ó ö ö á á á ő ö ő ő

T/ számú törvényjavaslat. egyes törvényeknek az elektronikus anyakönyv kialakításával összefüggésben szükséges módosításáról

A csavarvonalról és a csavarmenetről

Számítógépes döntéstámogatás. Genetikus algoritmusok

HIVATALOS ÉRTESÍTÕ. 51. szám. A MAGYAR KÖZLÖNY MELLÉKLETE június 28., hétfõ. Tartalomjegyzék. III. Utasítások, jogi iránymutatások

ü ö ű ö ű ö Ö ö ú ü Á ü ü ö

4) Az ABCD négyzet oldalvektorai körül a=ab és b=bc. Adja meg az AC és BD vektorokat a és b vektorral kifejezve!

Arany Dániel Matematikai Tanulóverseny 2010/2011-es tanév első (iskolai) forduló haladók II. kategória

Szúnyogháló bepattintása A szúnyogháló felengedése (A) (R) Tanács Portalanítás Tisztítás

Országos Igazságügyi Orvostani Intézet 22. számú módszertani levele

ü ő ú í ő ö ő ő í ü ő ö ó Ü ü É ő ő ö Í ó Í ő ő ő ö ü í ő í ö í ú í ö ü í Ő ő ő ő ő í Ü ő ó ö ó ő ó Ö Ó ö í Ü í ó ú ó Ö Ü ó ő ő ő ő ő ü ó í í í ö ó ö

A a normál allél (vad típus), a a mutáns allél A allél gyakorisága 50% a allél gyakorisága 50%

Klinikai és Bírósági Alkalmazások Valószínűségszámítási Modellek BREUER-LÁBADY PÉTER

Feladatok. 6. A CYK algoritmus segítségével döntsük el, hogy aabbcc eleme-e a G = {a, b, c}, {S, A, B, C}, P, S nyelvtan által generált nyelvnek!

Hortobágy Községi Önkormányzat Képviselő-testületének

Rendelet. Önkormányzati Rendeletek Tára

!"#$ %&' " $ () *+ *,-./0 ( !"8 9:; < BCDE? FG < O = ; 5PQ RST? UVW "8XY=? Z[\]^_` < O 3?; < -? L "8XY Z[\ I <

ÁLLATTENYÉSZTÉSI GENETIKA

6. modul Egyenesen előre!

Sükösd Nagyközség Polgármestere 6346 Sükösd, Dózsa György u Telefon: 79/ Fax: 79/

FEGYVERNEKI SÁNDOR, Valószínűség-sZÁMÍTÁs És MATEMATIKAI

Algoritmusok Tervezése. 9. Előadás Genetikus Algoritmusok Dr. Bécsi Tamás

Pusztavám Község Önkormányzati Képviselő-testületének 1/2011.(II.17.) önkormányzati rendelete az önkormányzat évi költségvetéséről

A NEMZETI ERÕFORRÁS MINISZTÉRIUM HIVATALOS LAPJA

Az Egészségügyi Minisztérium módszertani levele Polgári perekben és büntetőügyekben végzett DNS vizsgálatokhoz és szakvéleményadáshoz

5.441 eft bg) térségi fejlesztési tanácstól az államháztartás központi alrendszerén belülről kapott EU-s forrásból származó pénzeszközből,

Kiváltott agyi jelek informatikai feldolgozása Statisztika - Gyakorlat Kiss Gábor IB.157.

Megoldások, megoldás ötletek (Jensen-egyenlőtlenség)

11.Négymezős táblázatok. Egyezés mérése: kappa statisztika Kockázat becslés: esélyhányados (OR) Kockázat becslés: relatív kockázat (RR)

4. előadás. Vektorok

Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal. A genetikus algoritmus működése. Az élet információ tárolói

Szelekció. Szelekció. A szelekció típusai. Az allélgyakoriságok változása 3/4/2013

Iktatószám: 33-2/2013/KIK/01

Á Á Ó É Á Ó É É Á Á ó ó é á ú í á á é á Á ó ű á ó í ó á á á ú ö űú é é ö ö ű ö ő á é ö ö é é ú ő á ú ő á ü á á ú ü á é ö ú ú á á á ú í á é ő é ó é é é

$ % E c c % 5 5 ^ 5 Y 4 c c D cb )*E B c / 2 1 >? J 2 U%!!"#J $%& + U' H ()* +,-* c.% /*0!"1Q6 Y!" 2 3 4!" 5$%6 67AB8 9:;0 U A>?!" :,-!A 5 4A A <= >?

Arany Dániel Matematikai Tanulóverseny 2010/2011-es tanév 2. forduló haladók II. kategória

!"#$%&'#(!)*+(!,(*-+.'!/0-!$#'!&+,,*('!/'!!!"#$%&%#'"()*+!,&()*,

A rendelet hatálya kiterjed az önkormányzatra, valamint annak költségvetési szerveire.

Két diszkrét változó függetlenségének vizsgálata, illeszkedésvizsgálat

Szakgyógyszerész-jelöltek Than Károly ÖSZTÖNDÍJÁRA

Cafeteria-Card Kft. jogelıdje. Magyar tulajdonosi kör 2008-ban tevékenység kibıvítése kártyakibocsátás Egyéb tapasztalatok:

Síkbeli egyenesek. 2. Egy egyenes az x = 1 4t, y = 2 + t parméteres egyenletekkel adott. Határozzuk meg

Gyógyszertár működési jogszabályok vs. standardok. dr. Horváth Sziklai Attila, hivatalvezető Magyar Gyógyszerészi Kamara

KÖTELEZŐEN ELLÁTANDÓ MEGYEI ÖNKORMÁNYZATI FELADATOK

[Biomatematika 2] Orvosi biometria



Matematika tanmenet (A) az HHT-Arany János Tehetségfejleszt Program el készít -gazdagító évfolyama számára

T/9369. számú. törvényjavaslat. az épített környezet alakításáról és védelméről szóló évi LXXVIII. törvény módosításáról

Mátrixok február Feladat: Legyen A = ( ( B =

+!"# $%& ' 89:;H 8 < _ < = > J!3J " P! +' " c - M$! A RM N T 6 < % + < % V O 2 2P ) ))! < T M[<%$ 9 O <% +!"<% AU=/9G<%+ U# <% X U*', <%+ X%# M[

ELŐ TERJESZTÉS. Zirc Városi Önkormányzat Képviselő-testülete november 12-i ülésére



Szakorvosjelöltek Hiányszakmás ÖSZTÖNDÍJÁRA

Hajdúnánás Városi Önkormányzat Képviselı-testületének 6/2015. (II. 23.) Önkormányzati Rendelete. az önkormányzat évi költségvetésérıl

678/C... Nyomatékkulcs 678, fémdobozban. 678/CV... Fémdobozok nyomatékkulcsokhoz 677-hez és 678-hoz

ü ő ú í ő ö ő ő í ő ö ó ü ü í ő ő ö í Í í ó Í ő ő ö ö ü í ő í ö ü ő í ú í ö ü í Í Ő ő ő ő ő Ü ő ő ö ó ő ó ö Á Ó Ö Ü í ú ó ö ü ó ő ő ő í ó í í ö ó ö ó

Rendelet tervezet. Pilisszentkereszt község Önkormányzat Képviselő-testületének./2015. (.) számú önkormányzati rendelete



ó ó É ö ó ó é á á ö ü ű ó ö ö ő é é é ű ó á é é é ű ó é á á é ö é í é á ő é á íí ó é á á í á ő é ü á ó ő á é ó é á á á ó é é ü ő ú é é ő ó ó ő á é é ő

5. Végezd el a kijelölt műveleteket, és ahol lehet, vonj össze!

ö ú í á á í ö á á í á í őí á í á á őí á á ő á ó ü ő á á í á í á ő á á ő ő á ű ő ö ú ú ő ő ö ő á á á í ó ö ő ő ö á ó á á í á ó á á ű ó ü á á ő ö á á á

Intelligens Rendszerek Elmélete. Párhuzamos keresés genetikus algoritmusokkal

*) )!"!#$%&' % $ $%&!"$%!"&! &(& % : ]Q : 4B% & c!"n & ' # &# PU '! ; T 89 ( =? >!" 7 1 / 7= 67 9 P <?!" b!" = L WM?!" 3 01!"BP =01!"N P " H!" - /!" c

44.- #676 +( #'8 +9 #+ '# 6: ; ) 5!44 #! " # $ % &'# ('# ( ) *+,-./--01 /.- /


Átírás:

DNS viszgálatok, számítási módszerek

Apasági vizsgálatok Kizárás: -a gyereknél az apától örökölt allél nem egyezik a feltételezett apáéval - 3 kizárás esetén az apaság kizárható -100% Anya: 12-13, kk. 12-17, vélelmezett apa: 14-16

Apasági számítás alapjai PI Paternity Index Apasági index CPI Combined Paternity index Kombinált Apasági Index W Probability of Paternity Apaság valószínűsége PE Probability of Exclusion Kizárás valószínűsége

PI PI = X/Y A B C D B C

PI PI = X/Y X =annak a valószínűsége, hogy egy a populációból véletlenszerűen kiválasztott AB típusú nőés egy ugyanazon populációból véletlenszerűen kiválasztott CD típusú férfi, és ezek gyermeke BC típusú Y =annak a valószínűsége, hogy egy a populációból véletlenszerűen kiválasztott AB típusú nőés egy ugyanazon populációból véletlenszerűen kiválasztott sem a nővel sem a gyerekkel nemrokon CD típusú férfi, és a nőgyermeke BC típusú gyermeke nem rokon a férfival.

PI X= 2p a p b A B C D 2p c p d 0,5 0,5 B C Probability = 2p a p b x 2p c p d x 0,5 x 0,5

PI Y= 2p a p b A B C D 2p c p d 0,5 p c B C Probability = 2p a p b x 2p c p d x 0,5 x p c

PI PI = 2p a p b x 2p c p d x 0,5 x 0,5 2p a p b x 2p c p d x 0,5 x p c PI = 0,5/p c Anya kk. Vél. Apa X Y PI A A AB 0,5 a 0,5/a A AB AB 0,5 a 0,5/a A AB BC 0,5 a 0,5/a AB A AB 0,25 0,5a 0,5/a AB A AC 0,25 0,5a 0,5/a BC AB AB 0,25 0,5a 0,5/a BC AB AC 0,25 0,5a 0,5/a BD AB AC 0,25 0,5a 0,5/a

PI Anya kk. Vél. Apa X Y PI A A A 1 a 1/a AB A A 0,5 0,5a 1/a B AB A 1 a 1/a BC AB A 0, 5 0,5a 1/a Anya kk. Vél. Apa X Y PI AB AB AC 0,25 0,5(a+b) 0,5/(a+b) Anya kk. Vél. Apa X Y PI AB AB A 0,5 0,5(a+b) 1/(a+b) AB AB AB 0,5 0,5(a+b) 1/(a+b)

CPI, W CPI = PI x PI x PI (0 vagy >0) W = CPI x P CPI x P + (1-p) P = 0 vagy 1 gyakorlatilag 0,5 apaságnál

CPI, W W = W = CPI x 0,5 CPI x 0,5 + (1-0,5) CPI CPI +1

PE PE = 1 (a 2-2ab) a = az allélgyakoriság, amit a biológiai apától örökölt. (a 2-2ab) = az Prob. of Inclusion (minden férfi aki a-t örökíthetett egy adott populációban) b = az összes többi allél gyakoriságának összege = (1-a) PE = 1 (a 2-2ab) = 1-{a 2 + 2a(1-a)} = (1-a) 2 PE = {1-(a+b)} 2 ha anya és gyerek is AB (a és b örökíthető és akkor minden férfit aki a-t/b-t )

Példa: Anya Gyerek Apa 14-17 15-17 15-16 15 allélgyak 0,2463 16-17 17-18 18-20 18 allélgyak 0,2219 22-22 22-22 22-24 22 allélgyak 0,1888 PI: Anya Gyerek Apa 14-17 15-17 15-16 0,5/a = 2,03 16-17 17-18 18-20 0,5/a = 2,25 CPI = 12,103875 22-22 22-22 22-24 0,5/a = 2,65 W = 92,3687% PE: Anya Gyerek Apa 14-17 15-17 15-16 (1-a) 2 = 0,5658 16-17 17-18 18-20 (1-a) 2 = 0,6054 22-22 22-22 22-24 (1-a) 2 = 0,6580

Problémás esetek Anyamentes apasági index (kicsit bonyolódnak az egyenletek ) Mutációs ráta PI = µ/a (mutációs ráta/mean PE) pl. 19-18/19-16/15-17... PI = 0,0017/0,6196 = 0,0027 (CPI!)

Kinship (rokonsági fok számítás) Teljes genotípust nézünk G x (l) ill. G y (l) = X és Y genotípusa Au itt alkalmazott algoritmus a legjobb ilesztést találja a két genotípus rokonsági fokára IBD fok = 2, 1 ill. 0 allél egyezés Ȉ 2, Ȉ 1 ill.ȉ 0 (0 Ȉ i 1, ill. Ȉ 2 + Ȉ 1 +Ȉ 0 =1) egy példa: X Y kinship f. Ȉ 2 + 0,5Ȉ 1 (p A +p B ) +2Ȉ 0 p A xp B AB AB Full sib. (1-p+q+2pq): Half sib. (p+q+4pq): Nem rokon 8pq

Kinship formula változása Példa: X Y Full Sib. Half sib Unrel. AB AB (1-p+q+2pq) (p+q+4pq) 8pq AA AA (1+p) 2 2p(1+p) (2p) 2 AA AB (1+p) (1+2p) 4p AB AC (1+2p) (1+4p) 8p AB CD 1 2 4 AA BB 1 2 4 AA BC 1 2 4

Likelihood ratio (alapok ) Sértett Gyanúsított Bűnjel A 2 -A 3 A 1 -A 2 A 1 -A 2 -A 3 8-9 7-8 7-8-9 Ügyész = Sértett+gyanúsított keveréke Ügyvéd = Sértett+ismeretlen keveréke H 0 = sértett hám + gyanúsított spermium 100% (1) H 1 = sértett hám + ismeretlen spermium H 2 = ismeretlen + ismeretlen stb.

Likelihood ratio H 1 = sértett hám + ismeretlen spermium Sértett ismeretlen Bűnjel A 2 -A 3??? A 1 -A 2 -A 3 8-9 7-7, 7-8, 7-9 7-8-9 p 7 =0,1; p 8 =0,2 és p 9 =0,3 allélgyakoriság H 1 alapján : L 1 = p 72 +(2x p 8 x p 9 )+(2 x p 7 x p 9 ) L 1 = (0,1x0,1)+(2 x 0,2x 0,3)+(2 x 0,1 x 0,3) = 0,11

Likelihood ratio H 0 = sértett hám + gyanúsított spermium 100% H 1 = sértett hám + ismeretlen spermium LR = H 0 /H 1 LR = 1 p 72 +(2x p 8 x p 9 )+(2 x p 7 x p 9 ) LR = 1/0,11 = 9,09 ami kb. annyit jelent, hogy a védelem hipotézise 9x kevésbé valószínű

Likelihood ratio H 2 = ismeretlen hám + ismeretlen spermium ismeretlen ismeretlen Bűnjel?????? A 1 -A 2 -A 3 7-7, 7-8, 7-9, 8-8, 8-9, 9-9 7-8-9 p 7 =0,1; p 8 =0,2 és p 9 =0,3 allélgyakoriság H 2 alapján L 2a = p 72 x (2 x p 8 x p 9 ) L 2a = (0,1x0,1)x(2 x 0,2 x 0,3) = 0,0012 Σp = 0,0012+0,0024 = 0,0432

Likelihood ratio H 0 = sértett hám + gyanúsított spermium 100% H 2 = ismeretlen hám + ismeretlen spermium LR = H 0 /H 1 LR = 1 Σp LR = 1/0,0432 = 23,15 ami kb. annyit jelent, hogy a védelem hipotézise 23x kevésbé valószínű

2024 © DocPlayer.hu Adatvédelmi irányelvek | Szolgáltatási feltételek | Visszajelzés