AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERŐ- MIKROSZKÓPPAL
|
|
- Jakab Székely
- 8 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERŐ- MIKROSZKÓPPAL Dr. Karsai Árpád Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai Intézet 2008
2 AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERŐ- MIKROSZKÓPPAL Dr. Karsai Árpád Program: Biokémia és molekuléris biológia Doktori Program vezetője: Dr. Sümegi Balázs Alprogram B-130 Funkcionális fehérjedinamika vizsgálata biofizikai módszerekkel Alprogramvezető: Dr. Somogyi Béla Dr. Nyitrai Miklós Témavezető ifj. Dr. Kellermayer Miklós Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai Intézet
3 2008 BEVEZETÉS Az Alzheimer-kór súlyos neurodegeneratív megbetegedés, melyet Alois Alzheimer írt le 1907-ben. A kórképre jellemző a kognitív és memória funkciók progresszív romlása, neuropszichiátriai és viselkedési zavarok, és a mindennapi életvitel jelentős minőségi leromlása. Az Alzheimer-kór incidenciája az életkor előrehaladtával progresszíven nő. A hetvenöt éven túli korcsoportban előfordulása eléri a 15%-ot. Ha figyelembe vesszük, hogy a fejlett országokra az átlagéletkor fokozatos növekedése, valamint a populáció elöregedése jellemző, érthetővé válik, hogy a kórkép, az érintett betegeken túl, nagy terheket ró a társadalomra is. A helyzetet súlyosbítja az a tény, hogy az elmúlt évtizedek kutatásai ellenére hatásos gyógymód nem áll rendelkezésünkre a már kialakult kórkép gyógyítására, a betegség progressziójának megállítására, vagy a kórkép kialakulásának megelőzésére. Ezen okok miatt egyre nagyobb figyelem irányul az Alzheimer-kór jobb megértésére. Az Alzheimer-kórban egy transzmembrán fehérje, az amyloid prekurzor protein (APP) aminosavból álló proteolitikus hasítási termékeiből, az amyloid-ß (Aß) peptidekből felépülő, oldhatatlan aggregátumok, úgynevezett amyloid plakkok alakulnak ki és rakódnak le a központi idegrendszer extracelluláris térrészeiben. Az Aß-peptidek keletkezése önmagában fiziológiás folyamat, de normál körülmények között a peptidek nem mutatnak aggregációs hajlamot. Alzheimer-kórban, eddig nem tisztázott okok miatt, a peptidek másodlagos szerkezete megváltozik. Ebben a tévesen, avagy kórosan tekeredett (misfolded) állapotban megnő a peptidek aggregációs hajlama, és felszaporodásukkal amyloid plakkokat hoznak létre a központi idegrendszerben. Az amyloid plakkok elsősorban a hippocampus és az amygdala területén valamint a frontális, temporális és parietális lebenyben figyelhetők meg. A plakkok megjelenésével párhuzamosan progrediáló idegsejt elhalás is zajlik, mely idővel makroszkóposan is kimutatható agyi atrófiához vezet. Az amyloid plakkok fő komponensei tehát az amyloid ß (Aß) -fibrillumok, Aß-peptidekből felépülő szigorúan rendezett szerkezetű struktúrák, melyeket a plakkok központi részében helyezkednek el, körbevéve disztrófikus dentritekkel és axonokkal, valamint reaktív astrocitákkal és aktivált microglia sejtekkel. Emellett fellép egy markáns, intracellulárisan megjelenő patológiás elváltozás, a neurofibrilláris kötegek megjelenése a neuronok sejttestjeiben, melynek hátterében a tau mikrotubulus kötő fehérje hiperfoszforilációja és aggregációja áll. Mivel az Aß-fibrillumok jelenléte, illetve mennyisége korrelációt mutat a kórkép súlyosságával, élénk figyelem irányul az Aß-fibrillumok szerkezetének valamint a
4 fibrillogenezis mechanizmusainak pontosabb megértésére. Ugyanakkor jelenleg sem tisztázott teljes mértékben, hogy az abnormális térszerkezetet felvett Aß-peptidek aggregációja áll-e elsődlegesen a neuronpusztulás és így az Alzheimer-kór kialakulásának hátterében, vagy egyéb, az Aß-fibrillumok és amyloid plakkok megjelenésével párhuzamosan zajló folyamat. Egyre több bizonyíték mutat arra, hogy maguk az amyloid plakkok rezervoárként szolgálnak olyan Aß-oligomerek számára, melyek direkt neurotoxikus tulajdonságokkal rendelkeznek. Túl az Alzheimer-kór orvosbiológiai jelentőségén az Aß-fibrillumok fizikokémiai- és önszervező tulajdonságai lehetővé teszik, hogy modellként szolgáljanak peptid alapú, önfelépítő struktúrák létrehozásához és vizsgálatához, melyek nanotechnológiai szempontból is értékes, az alapkutatáson túlmutató gyakorlati alkalmazási lehetőségeket rejthetnek magukban. VIZSGÁLÓ MÓDSZEREK Az első szerkezeti információk röntgendiffrakciós mérésekből származnak. A mérések tanúsága szerint az Aß-fibrillumokra és egyben minden más típusú amyloidra jellemző egy sajátos diffrakciós mintázat, mely arra utal, hogy a fibrillumok nagy fokban rendezett, ß- lemez szerkezetű monomerekből felépülő struktúrák. Morfológiai szempontból elektronmikroszkópos, illetve későbbiekben atomerő-mikroszkópos (AFM) és más pásztázó próba mikroszkópos megfigyelések gazdagították a rendelkezésünkre álló tudást. Lényegében ezen vizsgálómódszerek, valamint kémiai festési eljárások eredményeiből született meg az amyloid empirikus definíciója. Jelenleg amyloidnak tekinthető az a pepid vagy fehérje asszociátum, mely 1) mutatja a karakterisztikus röntgen diffrakciós mintázatot (később kerül részletesebb tárgyalásra) 2) nem elágazó fibrilláris struktúrákat alkot, 3) pozitív reakciót ad bizonyos festékmolekulákkal, melyek közül a Thioflavin-T és a Congo-vörös a legfontosabb. Hagyományos szerkezet-meghatározó módszerekkel nem sikerül közelebb jutni az amyloid fibrillumok pontos szerkezetének megismeréséhez. Ennek oka, hogy a felépülő fibrillumok és belőlük kialakuló aggregátumok vízben oldhatatlanok. Tovább nehezíti a helyzetet az a tény, hogy az Aß-peptidek nem kristályosíthatók. AZ EGYES Aß-FIBRILLUMOK FELTÉTELEZETT SZERKEZETE Az Alzheimer-kórban döntően kétféle Aß-peptidből képződnek Aß-fibrillumok: Aß1-40 és Aß1-42. Bár a két peptid csupán két aminosavban különbözik egymástól, mind szerkezetükben és mind tulajdonságaikban igen eltérő fibrillumokat alakítanak ki. 1
5 A jelenleg elfogadott modell szerint Aß1-40 fibrillumok esetében ß-szál kanyar ß- szál (más néven ß-ß-ív (Efimov, 1987)) szerkezetű monomerek sorakoznak a fibrillum hossztengelyére merőlegesen és alakítanak ki két ß-lemezt. A ß-ß ív szerkezetet egy a D23 és K28 aminosavak oldalláncai közt kialakuló só-híd stabilizálja (1. ábra). Két, helikálisan egymásba csavarodó ß-lemez duplex alakít ki egy protofilamentumot. Több, a fibrillum hossztengelyében egymással párhuzamosan futó protofilamentum alakítja ki az ugyancsak helikális szerkezetű fibrillumot. a c b 1. Ábra. Az Aß1-40 protofilamentum szerkezeti modellje. a. Aß1-40 peptid protofilamentumon belüli szerkezetének modellje (zöld: hidrofób oldallánc, piros: savas oldallánc, lila: bázikus oldallánc, kék: hidrofil oldallánc). Nyilak jelölik a peptid szerkezetét stabilizáló só-hidat. b. Aß1-40 peptidek által kialakított duplex szerkezeti modellje c. A helikális szerkezetű protofilamentum modellje. Egy a közelmúltban Aß1-42-es fibrillumokról megjelent munka szerint a ß-ß-ívet intermolekuláris és nem intramolekuláris kölcsönhatások stabilizálják. Ebben a modellben egyetlen ß-lemez duplex alakít ki egy protofilamentumot. Az Aß-protofilamentumok egymással párhuzamosan rendeződve építik fel a 4-8 nm vastag helikális Aß1-42 fibrillumot. Az érett fibrillumokra általánosan igaz, hogy rendezett szerkezetű, egyenes lefutású vagy helikális, el nem ágazódó struktúrák. Jellemző rájuk, hogy röntgen diffrakciós mintázatukon egy a fibrillum hossztengelyére merőleges 4,7 Å valamint a hossztengellyel párhuzamos 10,7 Å ismétlődést reprezentáló reflexió figyelhető meg. A 4,7 Å távolság megfelel az egyes ß-lemez konformációjú monomerek közötti hidrogén híd távolságnak, míg a 10,7Å megfelel a fibrillum hossztengelyére merőlegesen elhelyezkedő ß-lemezek oldalláncai közötti távolsággal. A hidrogén hidakkal összekapcsolódó ß-peptidek alakítják ki a fibrillumok hossztengelyében futó protofilamentumokat (2.ábra), melyeket ma a fibrillumok szerkezeti alapegységeinek tekintünk. 2
6 protofilamentum fibrillum 2. Ábra. Az Aß-fibrillumok szerkezetére jellemző a hierarchikus szerveződés. EGYEDI FIBRILLUMOK VIZSGÁLATA ATOMERŐ-MIKROSZKÓPPAL Az amyloid fibrillumok morfológiájának tanulmányozásában az AFM egy, egyre szélesebb körben használt, igen informatív vizsgálóeljárás. A mikroszkóp egy flexibilis rugólapon elhelyezkedő nanométeres végátmérőjű tűvel pásztázza le a mintát, topografikus, háromdimenziós, azaz magasság információt is tartalmazó képeket hozva létre. Legfőbb előnye más mikroszkópos technikákkal szemben, hogy alkalmas biológiai minták natív szerkezetének vizsgálatára, fiziológiás vagy fiziológiás körülményeket modellező kondíciók közt. Az AFM elvileg szubnanométeres, tipikus esetben 1-5 nanométeres részletek elkülönítésére ad lehetőséget, mely lehetővé teszi, hogy az amyloid minták a fibrillogenezis bármely stádiumában vizsgálhatók legyenek. Lehetőség van arra, hogy egymást követő pásztázások sorozatát elkészítve, az idő függvényében kövessük nyomon a mintában végbemenő morfológiai változásokat. Bár az AFM időbeli felbontása messze elmarad a fénymikroszkópos technikáktól, az átlagosan 2-4 perc alatt rögzített felvételekből összeállított képek sorozatai így is bepillantást engednek a fibrillum formálódás folyamatába, lehetővé téve a morfológiai változások időbeli követését akár egyetlen amyloid fibrillum esetében is. Így olyan jelenségek is megfigyelhetők, melyek molekulasokaságokon végzett kísérletek esetében kiátlagolódnának. 3
7 PEPTID ALAPÚ NANO-VEZETÉK HÁLÓZATOK Az amyloid peptidek kedvező fizikai-kémiai tulajdonságai elméletileg lehetővé teszik, hogy építőegységei lehessenek nano-léptékű önszerveződő rendszereknek és szerkezeteknek. Számos eredmény bizonyítja az amyloid alapú nano-skálájú struktúrák relevanciáját és elvi működőképességét. Élesztő sejtekben expresszálódó Sup35 fehérje N-terminális és középső, úgynevezett NM régiójának genetikai módosításával sikerült létrehozni olyan amyloid fibrillumokat, melyek egy cisztein SH csoportján keresztül képesek kolloidális arany partikulumok megkötésére, bizonyítva, hogy a célzott módosításokkal új tulajdonságokkal ruházhatók fel amyloid képzésre alkalmas fehérjék, anélkül, hogy alapvető tulajdonságaikat elveszítenék. Aß1-42 rendezett, hexagonálisan mintázatott mutató hálózatot képes kialakítani grafit (HOPG) felszínen. Alfa-synuclein esetében hasonló elrendeződést figyeltek meg csillám felszínen. A rendezett, megjósolható szerkezetű, valamint szabályozható hálózatok létrehozása kulcsfontosságú a célzott alkalmazhatóság szempontjából. 4
8 CÉLKITŰZÉSEK Kísérleteink során az Aß-fibrillumok szerkezeti dinamikáját, mechanikai stabilitását valamint a fibrillogenezis folyamatát terveztük tanulmányozni nanobiotechnológiai módszerekkel. 1. Munkánk során első lépésben szintetikus úton előállított különböző Aß-peptidekből (Aß1-42, Aß1-40, Aß25-35, Aß25-35_K28Ac, Aß25-35_G25Ac) kívántunk Aß-fibrillumokat előállítani, azokról nagy felbontású felvételeket készíteni atomerő-mikroszkóp segítségével, morfológiai vizsgálatok céljából. 2. Egyedi molekula manipulációs technikákkal, AFM segítségével, in-situ erőspektroszkópiás méréseken keresztül tanulmányozni kívántuk az egyes Aß-fibrillum variánsok szerkezeti dinamikáját, mechanikai stabilitását. 3. Vizsgálni kívántuk Aß25-35, illetve különböző helyeken acetilált peptidből felépülő Aß25-35 fibrillumok mechanikai stabilitását és csillámfelszínen mutatott káliumfüggő, trigonális orientációját. 4. Pásztázó próba kimográfiával az Aß25-35 és Aß1-42 fibrillumok polimerizációjának követésével kívántuk vizsgálni egyedi fibrillumok növekedési dinamikáját csillám és grafit felszínen. 5
9 EREDMÉNYEK ÉS KÖVETKEZTETÉSEK Aß-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIÁJA ÉS BELSŐ SZERKEZETI DINAMIKÁJA Aß-AMYLOID FIBRILLUMOK ERŐSPEKTROSZKÓPIÁJA Az Aß1-40 fibrillumokon elvégzett erőspektroszkópiás mérések során sikerült első ízben megörökíteni a ß-amyloidokra jellemző, karakterisztikus erőválaszokat. Kísérleteinkben kovalens keresztkötővel (GOPS) a felszínhez rögzített amyloid fibrillumokat manipuláltunk mechanikailag AFM segítségével. A kapott erőgörbék alapján két alapvető, elemi mechanikai választ figyeltünk meg: 1.) nem-lineáris rugalmas választ (3.a ábra) és 2.) erő platót. (3.b ábra) Gyakran megfigyelhető az elemi mechanikai jelenségek hierarchikus egymásra épülése, például többszörös erő platók formájában (3.c ábra), illetve a nemlineáris rugalmas viselkedés kombinálódása erő platókkal (3.d ábra). 3. Ábra. Aβ-fibrillumok molekuláris erőspektroszkópiája. a. Nem-lineáris rugalmas erőválasz. b. Erő plató. c. Hierarchikusan egymásra épülő, lépcsőt kialakító erő platók. d. Nem-lineáris erőválasz kombinálódása erő platóval. Betét ábrák: a kísérleti elrendezést szemléltetik. A mechanikailag perturbált amyloid fibrillumok esetében megfigyelt erő plató legelfogadhatóbb magyarázata az, hogy a filamentumot felépítő alegységet, azaz egy 6
10 protofilamentumot vagy - abban az esetben ha, egy protofilamentumot több ß-lemez egység épít fel egy ß-lemez egységet fejtünk le a fibrillum felszínéről. A hierarchikus erő plató azzal magyarázható, hogy több protofilamentumot illetve ß-lemez egységet fogunk és húzunk le egy időben a fibrillum felszínéről. Aß-AMYOLID FIBRILLUMOK MECHANIKAI UJJLENYOMATA Megfigyeléseink szerint az erő platók magassága ( plató erő ) diszkrét eloszlást mutat, melyben a csúcsok egy egységnyi plató erőnél és ennek egész számú többszöröseinél jelentkeznek (4. ábra). Az egységnyi plató erő megfeleltethető az egyetlen protofilamentum lecipzározásához szükséges erővel. Méréseink alapján megállapítottuk, hogy az egységnyi plató erő az Aß1-40 esetében 33 pn, az Aß25-35 esetében 41 pn. 4.Ábra. A plató erő eloszlása Aß1-40 (fent) és Aß25-35 fibrillumok (lent) esetén. A számok a plató átmenetben résztvevő polimerláncok (protofilamentumok) számát jelölik. Egyik lehetséges magyarázat lehet a különbségre az Aß1-40 és Aß25-35 fibrillumok esetében, a Lys 28 reziduum eltérő helyzete és ebből fakadó eltérő szerepe a fibrillumok stabilizálásában. Az Aß1-40 esetében a Lys 28 sóhidat alakít ki az Asp 23 reziduummal és így az Aß monomer, hajtűkanyar szerkezet stabilizálásában vesz részt, míg az Aß25-35 esetében elképzelhető, hogy intrafibrilláris stabilizáló kölcsönhatást alakít ki egy szomszédos protofilamentumban elhelyezkedő monomer Met 35 residuumával és így a fibrillum stabilizálásában játszik szerepet. 7
11 REVERZIBILIS JELENSÉGEK A FIBRILLUMOK BELSŐ DINAMIKÁJÁBAN Fontos megfigyelésünk, hogy a szétcipzározódás reverzibilis (5. ábra). Azaz, a lefejtett láncok képesek nagy sebességgel visszakapcsolódni, visszafeküdni a fibrillum felületére (összecipzározódás). Ez abban az esetben válik detektálhatóvá, ha az erőspektroszkópia során lefejtett fibrillum alegység a húzás során nem szakad le a rugólapka tűjéről (vagy a fibrillum felszínéről). Így a visszaengedés folyamán monitorozhatók a rendszer relaxációja alatt bekövetkező erőátmenetek. 5. Ábra. Aß1-40 fibrillumok reverzibilis és repetitív erőválaszai. a. Reverzibilis erő plató, mely esetében a plató egy nem-linéáris elasztikus erőválasszal csatoltan látható. b. Plató erők a húzási sebesség függvényében. A plató erőket ugyanazon a fibrillumon mértük egymásután, változó húzási sebesség mellett c. Reverzibilis erőátmenetek Aß1-40 fibrillumok esetében. Az ábra egymást követő húzási ciklusokat mutat. A betétábrán jól látható a rendszer két állapota közötti gyors fluktuáció. A reverzibilitásnak több megnyilvánulását is tapasztaltuk: 1) Az erő plató mind nyújtáskor, mind visszaengedéskor ugyanazt az elrendeződést mutatta, azaz a molekuláris rendszer ugyanazt az utat járta be mindkét irányú folyamat során. 2) Az erő plató magassága széles húzási sebességtartományban azonos volt, ami arra utal, hogy a reasszociáció lépései rövidebb időskálán zajlanak, mint a húzási kísérlettel kapcsolatos mechanikai lépések. 3) 8
12 Repetitív mechanikai ciklusokban, rugalmas viselkedéssel csatolt erő plató esetén ugyancsak tapasztaltunk reverzibilitást, és ilyenkor a rendszer két állapota: közötti, oda-vissza fluktuációt is tapasztaltunk, mely jelzi, hogy dinamikus egyensúlyról van szó. IN SITU ERŐSPEKTROSZKÓPIA Az Aß1-40 fibrillumokon végzett kísérleteinkben AFM segítségével követtük a fibrillumok kialakulását, illetve morfológiájának változását az inkubációs idő függvényében. A fibrillumok lassú kinetikával alakulnak ki (6. ábra). A peptidek beoldását követő második órában (0. nap), még csupán globuláris alakú aggregátumok figyelhetők meg, melyek átlagos magassága 1 nm, így feltételezhető, hogy ezek a struktúrák a fibrillumképződés kezdeti fázisában lévő peptid oligomerek. A második naptól megjelennek a jellegzetes, el nem ágazódó, változó hosszúságú Aß-fibrillumok, melyek magassága 6-8 nm. A további érés során, a hetedik nap után, egyrészt hossz- és magasságnövekedés figyelhető meg. A fibrillumok elérik a több mikrométeres hosszt, másrészt asszociációjukból elkezdenek kialakulnak a kevésbé rendezett szerkezetű Aß aggregátumok, miközben eltűnnek, az érés korábbi stádiumában lévő entitások. A lassú kinetikával növő Aß1-40 mintákat az érés különböző fázisaiban vizsgálva megállapítottuk, hogy a karakterisztikus, plató típusú erőválaszok csak az érett fibrillumokra jellemzők (6.ábra). 0. nap 2. nap 7. nap Erő (pn) Távolság (nm) 6. Ábra. Felső panel: Aß1-40 fibrillumok AFM morfológiájának változása az idő függvényében. A felvételek oszcillációs üzemmódban, levegőben, csillámfelszínre adszorbeált szárított mintáról készültek. Alsó panel: morfológiai megfigyelésekhez használt mintákkal egyidős preparátumok jellegzetes erőspektrumai. A méréseket GOPS aktivált üvegfelszínen, kovalensen rögzített fibrillumokon végeztük pufferben. 9
13 Megfigyeléseink arra utalnak, hogy az amyloid fibrillumok érésük során belső szerkezeti álalakulásokon mennek keresztül. Számos, mások által elvégzett vizsgálat is arra utal, hogy a protofilamentumok a fibrillumok alegységei, míg a globuláris előalakok és protofibrillumok nem rendelkeznek ilyen jól definiálható szerkezeti alegységekkel. Ezek a megfigyelések összhangban vannak és erősítik azt a feltételezésünket, hogy a mechanikai manipuláció során protofilamentum alegységek deszorpciója történik a fibrillum felszínéről. 10
14 Aß1-42 FIBRILLUM ATOMERŐ-MIKROSZKÓPOS VIZSGÁLATA Aß1-42 FIBRILLUMOK MORFOLÓGIÁJA Aß1-42 fibrillumok morfológiai vizsgálata során megállapítottuk, hogy az általunk vizsgált preparátumokban az fibrillumok hossza eléri a több mikrométert, továbbá balmenetes helikális szerkezetet mutattak (7.a,b,c ábra). Az átlagos fibrillum magasság mely abban az esetben, ha feltételezzük, hogy az adott struktúra a hossztengelyére szimmetrikus, atomerőmikroszkópos felvételek esetén, kis hibával megfeleltethető a fibrillum vastagságával, - 4,77±1,82 nm volt. Gyakoriság Távolság (nm) 7. Ábra. Aß1-42 fibrillumok szerkezeti elemzése. (a) Pásztázó atomerő-mikroszkópos, oszcillációs üzemmódban felvett magasságkontraszt felvétel, csillámfelszínre abszorbeált Aß1-42 fibrillumokról, pufferben. (b) Amplitúdókontraszt kép, az utóbbi (a) felvétel kinagyított része, melyen jobban kitűnik a fibrillumok balmenetes helikális szerkezete. Nyílhegyek jelzik a helicitás helyét és irányát. (c) Helikális szerkezetű fibrillum 3D rekonstrukciója. Nyílhegyek jelölik a periodikus magassági maximumokat. (d) A hélix periódicitásának hisztogramja A fibrillumok magasságát elemezve multimodális eloszlást kaptunk, lokális maximumok mutatkoztak ~4, ~6, ~9 és ~12 nm-es fibrillum magasságnál. 11
15 Aß1-42 FIBRILLUMOK ERŐSPEKTROSZKÓPIÁS VIZSGÁLATA Az Aß1-42 fibrillumokon elvégzett erőspektroszkópiás mérések alapján megállapítottuk, hogy hasonlóan a korábban vizsgált Aß-fibrillumokhoz, erőválaszok szempontjából az Aß1-42 is hasonlóan viselkedik, mint az Aß1-40 és Aß25-35 fibrillumok. Erőspektroszkópiás méréseink során két jellegzetes erőválaszt és azok egymásra épülő kombinációit tudtuk elkülöníteni: 1.) erő platókat 2.) nem-lineáris, rugalmas erőválaszt, mely az esetek egy részében reverzibilitást mutatott 3.) és ezek egymásra épülő kombinációját (8. ábra). Valamint az Aß1-42 esetében is megfigyeltünk reverzibilis folyamatokat és ismétlődő, egymással lényegében azonos erőgörbéket, egymást követő húzási ciklusok során. 8. Ábra. Aß1-42 fibrillumok jellegzetes erőspektrumai. a. Reprezentatív erő plató. F jelöli az erő plató magasságát. b. Többszörös erő platók, melyek lépcsőszerű elrendezésben. A hirtelen erőesések a lecipzározott protofilamentum, a rugólapka tűjéről történő, egymástól független leszakadásának következményei. c. Reverzibilis, nem-lineáris erőválasz. A paltó erők statisztikai elemzéséből kiderült, hogy az erők nagysága multimodális eloszlást mutat. Az alap plató erő értéke 23 pn nagyságúnak adódott (9.ábra). 12
16 9. Ábra. Az Aß1-42 fibrillumok erőspektrumainak elemzésével kapott plató erő értékek hisztogramja, összevetve az Aß1-40 fibrillumok korábbi mérések során kapott plató erő eloszlásával. Az Aß1-42 esetében az alap plató erő 23 pn nagyságúnak, míg az Aß1-40 esetében 33 pn nagyságúnak adódott. A hisztogramon az egyes plató erő értékek hat lokális maximumba csoportosulva helyezkednek el. Feltételezhető, hogy az egyes Aß1-42 fibrillumokat változó számú, maximális hat protofilamentum alegység építi fel. Az Aß1-42 és Aß1-40 esetében kapott különböző értékek is utalnak a fibrillumokat összetartó kölcsönhatások különbségére és így a fibrillumok eltérő belső szerkezetére. AZ Aß25-35_K28AC FIBRILLUMOK MECHANIKAI STABILITÁSÁNAK VIZSGÁLATA Az Aß25-35 és Aß25-35_K28Ac fibrillumok összehasonlító erőspektroszkópiás vizsgálatával arra kívántunk fényt deríteni, hogy a Lys 28 oldallánc részt vesz-e az Aß25-35 fibrillumok szerkezetének stabilizálásában, és ha igen, milyen mértékben? Feltételezhető ugyanis, hogy a Lys 28 oldallánc ε -aminocsoportja képes interakcióba lépni egy szomszédos protofilamentumban elhelyezkedő peptid C-terminális Met 35 karboxil, illetve az általunk vizsgált fibrillumok esetében a Met 35 amid csoportjával. A feltételezések szerint, ennek a kölcsönhatásnak a fibrillumok stabilizálásában lehet szerepe. 13
17 Az Aß25-35_K28Ac fibrillumokon elvégzett erőspektroszkópiás vizsgálatokból a következőket állapíthattuk meg: 1.) dominánsan erő plató típusú spektrumokat sikerült regisztrálnunk, melyek protofilamentumok a fibrillum felszínéről történő fokozatos deszorpciójára vezethetők vissza (10.a.b. ábra). 2.) Megfigyeltünk a már korábbiakban más típusú Aß amyloid fibrillumok esetében tapasztaltakhoz hasonló, reverzibilis erőátmeneteket, mely a lefejtett protofilamentum gyors visszacipzározódásának a jele. 3.) Az erőspektrumokat elemezve megállapítottuk, hogy plató erők multimodális eloszlást mutatnak, ahol az alap plató erő 22 pn szemben a vadtípus esetén mért 41 pn nagysággal (11.ábra). 10. Ábra. Mechanikai manipulációnak kitett Aß25-35wt azaz vad típusú és Aß25-35_K28Ac fibrillumok típusos erőválaszai. a. Erő plató az Aß25-35wt esetében. b Erő plató az Aß25-35_K28Ac esetében. A függőleges nyilak a plató erők nagyságát jelölik. c. Reverzibilis visszacipzározódást bemutató húzási görbe Aß25-35 Lys28 aminosav ε- amino csoporján acetilált peptidekből felépült fibrillum esetében. Az R szakaszok a húzási görbe reverzibilis szakaszát jelöli. 14
18 11. Ábra. Aß25-35_K28Ac peptid Lys28 aminosav ε-aminocsoporjának acetilálása hatására a kontrol Aß25-35wt fibrillumokhoz képest a plató erő lecsökken. Az eredményekből levonható az a következtetés, hogy az Aß25-35 peptid Lys 28 aminosav ε-aminocsoportjának szerepe lehet a fibrillumok belső szerkezetének stabilizálásában. Továbbá a mechanikai manipulációnak kitett Aß25-35_K28Ac peptidekből felépült fibrillumok is ugyanazokat a karakterisztikus jelenségek mutatják, mint amiket az Aß1-40, Aß1-42 és Aß25-35 esetében megfigyeltünk. 15
19 Aß25-35 FIBRILLUMOK KÁLIUM FÜGGŐ ORIENTÁCIÓJA CSILLÁMFELSZÍNEN Aß25-35 FIBRILLUMOK MORFOLÓGIÁJA CSILLÁMFELSZÍNEN AFM segítségével megvizsgáltuk csillámfelszínre adszorbeált Aß25-35 fibrillumok morfológiáját. A fibrillumok rájuk jellemző módon, nem véletlenszerűen mintázatot alakítanak (12.a ábra) ki, hanem szabályos trigonális elrendeződésben orientálódnak a felszínen (12.b ábra). Hasonló elrendezést figyeltek meg α-synuclein esetében csillámfelszínen. A csillám felülete negatív, hidrofil, hexagonális kristályszerkezetű. Felszíni oxigén atomok mintegy 0,52 nm átmérőjű hatszögekbe rendeződve helyezkednek el, negatív töltésű és szintén hexagonális mintázatot mutató K + kötőhelyeket alakítva ki. Két szomszédos K + kötőhely távolsága szintén 0,52 nm. A csillám hasítása esetén ezek a kötőhelyek szabaddá válnak, mivel a K + ionok elektrosztatikus kölcsönhatással kapcsolódnak a kötőhelyekhez. A minta felcseppentésekor a gyengén kötött K + ionok képesek az oldatba diffundálni, kialakítva egy dinamikus egyensúlyt a szabad és telített kötőhelyek arányában. Ez az egyensúly elsősorban a minta illetve a puffer K + tartalmának függvénye. A csillám kristályszerkezete és a fibrillumok által kialakított hexagonális mintázat egyezése önmagában sugallja azt a lehetőséget, hogy a csillám rendezett kötőhelyei határozzák meg a fibrillumok elhelyezkedését. a. 1 µm b. 200nm c. Gyakoriság Szög ( ) 12.Ábra. a. GOPS kezelt üvegfelszínhez kötött Aβ25-35 fibrillumok morfológiailag heterogének és véletlenszerű eloszlást mutatnak. (Pásztázó atomerő-mikroszkópos, oszcillációs üzemmódban, pufferben felvett magasságkontraszt felvétel) Betétábra: AFM kép 2D Fourier Transzformációja. b. Csillámfelszínre adszorbeált Aβ25-35 fibrillumok jellegzetes trigonális elrendeződésben. Betétábra: AFM kép 2D Fourier Transzformációja. (Pásztázó atomerő-mikroszkópos, oszcillációs üzemmódban, pufferben felvett magasságkontraszt felvétel) c. Fibrillumok három fő irányának szögeloszlása, egy horizontális referencia vonalhoz képest. 16
20 AZ ORIENTÁLT KÖTŐDÉS KÁLIUM FÜGGÉSE Az Aß25-35 fibrillumok orientált kötődése csillámfelszínhez erősen függ a médiumban lévő K + koncentrációtól (13. ábra). K + koncentráció növelésével gátolható az újabb fibrillumok letapadása. Ehhez a jelenséghez hasonlóan a már csillámfelszínhez kötődött fibrillumok megemelt K + koncentráció hatáshatására disszociálnak a felszínről. Ugyanakkor nagy eltérés mutatkozik a K + érzékenység tekintetében a kötődést gátló koncentrációtartomány és a disszociációt előidéző koncentrációtartomány között. Felületi fedettség ( % ) KCl koncebtráció (mm) Asszociáció Disszociáció 13. Ábra. Az Aß25-35 kötődését már 12 mm K + hozzáadása gátolja ( szürke körök), míg 500 mm K + hatására a lekötődött fibrillumok 60% disszociálódik ( fekete négyzetek). Ez a megfigyelés alátámasztja azt a hipotézist, hogy az Aß25-35 fibrillumok esetében elektrosztatikus kölcsönhatások határozzák meg a felszíni orientációt, melyek a fibrillumot felépítő egyes Aß25-35 peptidek valamely töltéssel rendelkező oldallánca és a csillám K + kötőhelye között alakul ki. AZ Aß25-35 ACETILÁLT VARIÁNSAINAK ORIENTÁCIÓJA CSILLÁMFELSZÍNEN Az Aß25-35 peptid két olyan pozitív töltésű csoporttal rendelkezik, melyek képesek lehetnek interakcióba lépni a csillámfelszín K + kötőhelyeivel. Az egyik az N-terminális aminocsoportja, a másik a Lys28 ε-aminocsoportja. Ezt a hipotézist olyan Aß25-35 variánsokkal kívántuk tesztelni, melyek esetében az említett aminocsoportokat a peptidszintézis során acetilálták. 17
21 Az Aß25-35_G25Ac fibrillumok a csillámfelszínen a vadtípushoz hasonlóan, trigonális elrendeződésben orientálódik, de a fibrillumok által bezárt szög sokkal nagyobb szórást mutat, (15.ábra) illetve megfigyelhetők olyan fibrillumok és fibrillum szakaszok, melyek jelentős mértékben eltérnek a fő orientációs iránytól. Az Aß25-35_K28Ac fibrillumok viselkedése ezzel szemben nagymértékben eltér a vadtípustól. Bár az elrendeződés dominánsan trigonális, a fibrillumok által bezárt szög nem szabályos 60, mint ez a szögeloszlási hisztogramon látható, valamint az Aß25-35_K28Ac fibrillumok képesek ellipszoid alakú struktúrákat létrehozni. a. c. 2 µm 2 µm Gyakoriság 8 b. d Szög ( ) Szög ( ) 14. Ábra. a. Aß25-35_G25Ac fibrillumok csillámfelszínen. b. Az Aß25-35_G25Ac fibrillumok szögeloszlási hisztogramja. Betétábárák: AFM kép 2D Fourier Transzformációja. (A képek magasságkontraszt felvételek, pufferben, oszcillációs üzemmódban készültek.) c. Aß25-35_K28Ac fibrillumok csillámfelszínen. d. Aß25-35_K28Ac fibrillumok szögeloszlási hisztogramja. Megállapítható, hogy az N-terminális aminocsoportja részt vesz a trigonális elrendeződés kialakításában, de szerepe feltehetőleg másodlagos, a Lys 28 ε-aminocsoportjához képest, mely eredményeink szerint elsősorban felelős a szabályos trigonális elrendeződés kialakításáért. 18
22 Aß25-35 FIBRILLUMOK NÖVEKEDÉSE CSILLÁMFELSZÍNEN Csak Aß25-35 peptideket tartalmazó mintákon elvégzett időfüggő AFM mérésekből kiderült, hogy az Aß25-35 fibrillumok a csillámfelszínen alakulnak ki (15.ábra). A mérés kezdetén globuláris jellegű, tehát az alkalmazott rugólap tűátmérőjével összevethető méretű, partikulumok és rövid, nm hosszú fibrillumok figyelhetők meg. Ezek alkotják a kezdeti növekedési magokat, melyekből kiindulva a felszínen nőnek ki az orientált fibrillumok. A hálózat növekedése során újabb kiindulási magok is keletkeznek, az oldatból a csillámfelszínre kötődő feltehetően Aß25-35 oligomerekből, melyekből újabb fibrillum növekedés indul. A növekedés egészen addig tart, 1.) amíg a növekvő fibrillum bele nem ütközik egy másik fibrillumba, illetve 2.) amíg szabad monomerek állnak rendelkezésre. Megfigyeltük, hogy a fibrillumok mindkét végükön növekednek, a növekedési sebesség pedig elérheti a 100 nm/perc értéket. 0 perc 25 perc 50 perc 75 perc 500 nm 15. Ábra. Csillámfelszínen növekvő Aß25-35 fibrillumok amplitúdókontraszt AFM képei, melyek ugyanarról a területről készültek, folyamatos pásztázás mellet. Az egyes képek között eltelt idő a képek bal felső sarkában van jelölve. Ha a kezdeti növekedési magok kialakulása után, a csillám pufferes lemosásával leállítjuk a folyamatot és lecseréljük a mintát 30 mm K + iont is és Aß25-35 monomereket tartalmazó mintára, újabb növekedési magok nem alakulnak ki, mivel (mint ezt korábban kimutattuk) 30 mm K + nagymértékben gátolja az Aß25-35 peptidek illetve oligomerek kötődését. Ugyanakkor a már kialakult fibrillumok a csillámfelszínről nem disszociálnak, mivel ehhez sokkal magasabb K + koncentráció lenne szüksége (13.ábra). Megfigyelhető (16.ábra), hogy, újabb növekedési magok nem alakulnak ki a felszínen, de a már kialakult magok illetve fibrillumok növekedése a megemelt K + koncentráció ellenére tovább folytatódik. 19
23 0. perc 28 perc 48 perc 67 perc 500 nm 16. Ábra. Csillámfelszínen, 30 mm K + jelenlétében növekvő Aß25-35 fibrillumok. A képek készítése előtt a felszín Aß25-35 magokkal lett bevonva 10 mm K + jelenlétében. Megjegyzendő, hogy 30 mm K + jelenlétében új magok lekötődése gátolt, ugyanakkor fibrillum növekedés megfigyelhető. Amplitúdókontraszt AFM képek ugyanarról a területről készültek, folyamatos pásztázás mellet. Az egyes képek között eltelt idő a képek bal felső sarkában van jelölve. Tehát a csillámon történő fibrillum növekedés esetében két különböző interakciónak van kulcsfontosságú szerepe: 1.) a peptid kötődése a csillámfelszín K + kötőhelyéhez. 2.) a peptid kötődése a fibrillumok szabad végéhez. 20
24 Aß-FIBRILLUMOK VIZSGÁLATA PÁSZTÁZÓ PRÓBA KIMOGRÁFIÁVAL Aß25-35 FIBRILLUMOK NAGYFELBONTÁSÚ NÖVEKEDÉSI DINAMIKÁJA A pásztázó próba kimográfia egy, a laboratóriumunk által a világon elsőként alkalmazott, vizsgálati módszer, mellyel egyedi amyloid fibrillumok növekedési dinamikáját követtük nagy tér- és időfelbontással. Az Aß25-35 fibrillumok pásztázó próba kimogramjai alapján következő megfigyeléseket tettünk: 1.) fibrillumok mindkét végükön nőnek, de az egyik végen (gyors vég) a növekedés jóval gyorsabb, mint a másikon (lassú vég). 2.) A fibrillumok nem csupán a csillámfelületen növekednek, hanem egy már meglevő fibrillum felületén is. Az ilyen fibrillum növekedési dinamikája hasonló a csillám felületén növekedőéhez. 3.) A fibrillumok nem folyamatosan, hanem a diszkontinuus, ugrásszerű növekedési mintát mutatnak. Hirtelen, gyors, lépésszerű növekedési periódusok váltakoznak növekedési szünetekkel vagy pauzákkal. (17.a ábra). A pauza az egymást követő lépések között eltelt idő. A nettó fibrillumnövekedés voltaképpen egymást követő ugrások és pauzák sorozata 17. Ábra. a. Kimogram. b. Kimogram időfüggő adatsorrá alakítva. A fehér és fekete nyílhegyek az apró diszkrét növekedési átmeneteket mutatják. Betét ábra: Szigmoid függvény illesztése egy lépcső alakú polimerizációs átmenetre. 21
25 Adaptált képanalízis algoritmusok segítségével a képi információt adatsorrá alakítottuk át. Becsléseink szerint a lassú végen az átlagos pauza egy nagyságrenddel nagyobb. A lépésnagyság hisztogram multimodális eloszlást mutat, melyben a csúcsok 8 nmnél és ennek integrális többszöröseinél jelentkeznek mind a gyors, mind a lassú vég esetében. A kimogramok alapos elemzésekor feltűnt, hogy nem csak felépülési, hanem kis számban disszociációs lépések is megfigyelhetők (18.ábra). Ez a jelenség visszavezethető lehet a pásztázó rugólap tűje által okozott mechanikai hatásra. Ugyanakkor a disszociációs lépések mechanizmusa valószínűleg ennél összetettebb, mivel korrelációt mutat a peptid koncentrációval. Távolság (nm) Idő (s) 18. Ábra. Polimerizációs és disszociációs lépések különböző Aß25-35 peptid koncentráció mellett elvégzett kimográfiás mérések esetében. A 35 µm peptid koncentráció mellett a polimerizáció dominál, ugyanakkor disszociációs lépések is megfigyelhetők (nyilakkal jelzett pontok) 21uM mellett elvégzett méréseknél a disszociáció, illetve a fibrillum növekedésének stagnálása sokkal dominánsabban jelentkezik. 22
26 VI.5.2. Aß1-42 FIBRILLUMOK NÖVEKEDÉSI DINAMIKÁJÁNAK VIZSGÁLATA Az Aß25-35 esetében csillámfelszínen megfigyeltekhez hasonló, trigonális mintázatot alakít ki az Aß1-42 HOPG felszínen (19.ábra). 19. Ábra. Trigonális elrendeződést mutató Aß1-42 fibrillumok amplitúdó (a.) és fázis kontraszt (b.) felvétele HOPG felszínen. A fibrillumok jellegzetes szigetszerű eloszlást mutatnak. A szigeteket alkotó rövidebb fibrillumok a növekedés kezdeti fázisában alakulnak ki. Ezt követően épülnek fel a szigetekből kinyúló hosszabb fibrillumok. Az Aß1-42 fibrillumokról rögzített kimogramok esetében (20.ábra) megfigyeltük, hogy a fibrillumokra a lépésekben történő disszociáció túlsúlya jellemző. Ugyanakkor a kimogramon rögzített dinamika ugyanazokat a karakterisztikus jegyeket hordozza magán, mint amiket a csillámfelszínen növő Aß25-35 esetében megfigyeltünk. Megjegyzendő, hogy az apró növekedési lépések csak a fibrillum egyik végén láthatók. 20. Ábra. Aß1-42 fibrillum kimogramja, fázis kontraszt felvételen. A kimogramon látható, hogy a disszociációs lépések dominálnak, ugyanakkor rövid növekedési lépések is megfigyelhetők a nyilakkal jelzett pontokon. 23
27 I. ÖSSZEFOGLALÁS 1. Megfigyeléseink alapján karakterizáltuk az Alzheimer-kór pathogenezisében szerepet játszó Aß1-42 és Aß1-40 továbbá Aß25-35 valamint Aß25-35 Lys 28 ε-acetilált amyloid β-fibrillumok mechanikai ujjlenyomatát, mely az amyloid belső szerkezetére, rugalmasságára, kölcsönhatásaira, és a kölcsönhatások dinamikájára utal. Megállapítottuk, hogy az Aß-fibrillumokra univerzálisan jellemző elemi mechanikai jelenségek: az erő platók, melyek megjelenése protofilamentumok fibrillumról történő deszorpciójával magyarázhatók, illetve nemlineáris rugalmas erőválasz, mely a hidrogén híd rendszer terhelésével hozható összefüggésbe. Továbbá megfigyelhető ezen erőválaszok hierarchikus egymásra épülése. Az elemi erőválaszok, illetve azok kombinációi a vizsgált Aß amyloid fibrillumok esetében spektrális mintázatukban nem, csupán az erőválaszok nagyságában térnek el egymástól. Ezek a megfigyelések felvetik annak a lehetőségét, hogy az általunk alkalmazott módszer alkalmas lehet a különböző peptidekből növesztett amyloid fibrillumok szerkezeti dinamikájának és fizikai-kémiai paramétereinek feltérképezésére. Az Aß25-35 valamint Aß25-35 Lys28ε-acetilált amyloid β-fibrillumokkal végzett kísérleteink külön rámutatnak a módszer érzékenységére. 2. Megállapítottuk, hogy az Aß25-35 fibrillumok esetében elektrosztatikus kölcsönhatások határozzák meg a felszíni orientációt, jelezve egyúttal azt, hogy az Aß25-35 fibrillumok felszíni tulajdonságai kevésbé hidrofób jellegűek, mint más amyloid fibrillumoké. Az Aß25-35 acetilált variánsainak vizsgálatával megállapítottuk, hogy a Lys28 ε- aminocsoportja kulcsfontosságú az orientált kötődés kialakításában. Karakterizáltuk az orientált Aß25-35 káliumfüggő kötődését és disszociációját, valamint kimutattuk, hogy a trigonális hálózat a csillámfelszínhez kötött, irányított növekedés útján jön létre. A kialakuló rendezett mintázat és annak modulálhatósága (K + koncentráció, Aß-peptid koncentráció változtatása) magában rejti a nanotechnológiai alkalmazhatóság lehetőségét. 24
28 3. Pásztázó próba kimográfiáva alkalmazásával betekintést nyertünk az Aß25-35 fibrillumok növekedésének dinamikájába. Megállapítottuk, hogy a fibrillumok növekedése során hirtelen, gyors, lépésszerű növekedési periódusok váltakoznak növekedési pauzákkal. A nettó fibrillumnövekedés voltaképpen egymást követő ugrások és pauzák sorozata. Továbbá a fibrillum végek eltérő növekedési rátát mutatnak, mely alapján elkülöníthető egy gyorsan és egy lassan növő vég. Megfigyeléseink magyarázhatók egy olyan kétállapotú modellel, melyben az Aß-fibrillum végei vagy növekvő, vagy blokkolt állapotban vannak. A blokkolt állapotban pauza lép fel, míg a növekvő állapotban gyors polimerizáció történik. A blokkolt állapotból a növekvőbe történő átmenet, és így a pauza időtartama, független a peptid koncentrációtól, jelezve, hogy a folyamatban peptidcsere nem megy végbe. Az átmenet során valószínűleg szerkezeti változás történik, mely elsőrendű kinetikát követ. HOPG felszínen növekvő Aß1-42 fibrillumok esetében alkalmazott pásztázó próba kimográfiás vizsgálatokból megállapítottuk, hogy esetükben is hasonló növekedési dinamika figyelhető meg, mint amit csillámfelszínen az Aß25-35 fibrillumok esetében tapasztaltunk. Tehát itt is elkülöníthető volt az egyes végek eltérő növekedési, illetve disszociációs dinamikája, melyre lépésekben bekövetkező, időben pauzákkal elválasztott események voltak jellemzők. A kimográfiás mérések tanulsága szerint Aß1-42 fibrillumoknál a disszociációs lépések dominálnak, mely a gyengébb fibrillum-felszín interakcióra illetve intrafibrilláris szerkezetre vezethető vissza. Feltételezzük, hogy a megfigyelt diszkontinus, lépésszerű növekedési dinamika általánosan jellemző lehet a felszín által irányított növekedés mutató amyloid fibrillumokra. 25
29 PUBLIKÁCIÓS LISTA A DOLGOZAT ALAPJÁUL SZOLGÁLÓ KÖZLEMÉNYEK 1. Kellermayer, M.S.Z., Grama, L., Karsai, Á., Nagy, A., Kahn, A., Datki, Z. and Penke, B. Reversible unzipping of amyloid ß-fibrils. J. Biol. Chem. 280(9), , IF 5,854 (2005) 2. Karsai, Á., Nagy, A., Kengyel, A., Mártonfalvi, Zs., Grama, L., Penke, B. and Kellermayer, M.S.Z. Effect of lysine-28 side chain acetylation on the nanomechanical behavior of Alzheimer amyloid ß25-35 fibrils. J. Chem. Inf. Mod. 45 (6), , IF 2.81 (2004) 3. Karsai, Á., Mártonfalvi, Zs., Nagy, A., Grama, L., Penke, B. and Kellermayer, M.S.Z. Mechanical manipulation of Alzheimer's amyloid ß1-42 fibrils. J. Struct Biol. 155, , IF 3.49 (2005) 4. Árpád Karsai, László Grama, Ünige Murvai, Katalin Soós, Botond Penke and Miklós S Z Kellermayer Potassium-dependent oriented growth of amyloid β25 35 fibrils on mica Nanotechnology 2007, IF.:3,037 (2006) 5. Kellermayer MS, Karsai A, Benke M, Soós K, Penke B. Stepwise dynamics of epitaxially growing single amyloid fibrils. Proc Natl Acad Sci U S A Jan 8;105(1): IF.: (2006) EGYÉB KÖZLEMÉNYEK 1. Csutora P., Karsai Á., Nagy T., Vas B, Kovács L.G., Rideg O., and Miseta A. Lithium induces phosphoglucomutase activity invarious tissues of rats and in bipolar patients Int J Neuropsychopharmacol Nov 1;:1-7 IF: 3,981 (2005) 2. Kiss, B., Karsai, Á. and Kellermayer, M.S.Z. Nanomechanical properties of desmin intermediate filaments. J. Struct Biol. 155, , 2006 IF 3.49 (2005) 3. Miklós S.Z. Kellermayer, Árpád Karsai, András Kengyel, Attila Nagy, Pasquale Bianco, Tamás Huber, Ágnes Kulcsár, Csaba Niedetzky, Roger Proksch and László Grama. Spatially and temporally synchronized atomic force and total internal reflection fluorescence microscopy for imaging and manipulating cells and biomolecules. Biohys. J. 91, , IF (2006) 26
30 4. Karsai A, Murvai U, Soós K, Penke B, Kellermayer MS. Oriented epitaxial growth of amyloid fibrils of the N27C mutant beta25-35 peptide. Eur Biophys J Jan 9 IF.:1,825 (2006) REFERÁLT FOLYÓIRATBAN MEGJELENT ABSZTRAKTOK 1. Kellermayer, M.S.Z., Grama, L., Karsai, Á., Nagy, A., Kahn, A., Datki, Z. and Penke, B. Reversible unzipping of amyloid ß-fibrils. Biophys. J. 88, 198A-199A, Kellermayer, M. S., Grama, L., Karsai, Á., Nagy, A., Kahn, A., Datki, Z., Penke, B. (2005) Structural dynamics of amyloid explored by manipulating individual fibrils FEBS Journal 272 (s1) F2-016P. 3. Miklós S.Z. Kellermayer, Árpád Karsai, Attila Nagy, András Kengyel, Tamás Huber, Zsolt Mártonfalvi and László Grama. Synchronized atomic force and total internal reflection fluorescence microscopy for imaging cells and biomolecules. Biophys J. 90, Árpád Karsai, László Grama, Attila Nagy and Miklós Kellermayer. Oriented, potassium-dependent binding of amyloid beta25-35 fibrils to mica. Biophys J. 90, Miklós S.Z. Kellermayer, Árpád Karsai, Margit Benke, Katalin Soós, and Botond Penke. Stepwise assembly dynamics of single amyloid fibrils revealed by scanning force kymography. Biophys. J Árpád Karsai, Ünige Murvai, Katalin Soós, Botond Penke, and Miklós SZ Kellermayer. Oriented, Chemically Functionalized Amyloid Network With Controllable Mesh Size For Nanotechnology Applications Biophys. J. 94:
AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERŐ- MIKROSZKÓPPAL
AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERŐ- MIKROSZKÓPPAL Dr. Karsai Árpád Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai Intézet 2008 AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK
Templát-vezérelt amiloid fibrillogenézis biofizikai vizsgálata. Doktori tézisek Murvai Csilla Ünige
Templát-vezérelt amiloid fibrillogenézis biofizikai vizsgálata Doktori tézisek Murvai Csilla Ünige Semmelweis Egyetem Elméleti Orvostudományok Doktori Iskola Témavezető: Dr. Kellermayer Miklós S. Z. egyetemi
AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERİ- MIKROSZKÓPPAL
AMYLOID BÉTA-FIBRILLUMOK MORFOLÓGIAI ÉS NANOMECHANIKAI VIZSGÁLATA ATOMERİ- MIKROSZKÓPPAL Dr. Karsai Árpád Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai Intézet 2008 Mottó Létezésem értelme
Hemoglobin - myoglobin. Konzultációs e-tananyag Szikla Károly
Hemoglobin - myoglobin Konzultációs e-tananyag Szikla Károly Myoglobin A váz- és szívizom oxigén tároló fehérjéje Mt.: 17.800 153 aminosavból épül fel A lánc kb 75 % a hélix 8 db hélix, köztük nem helikális
Biomolekulák nanomechanikája A biomolekuláris rugalmasság alapjai
Fogorvosi Anyagtan Fizikai Alapjai Biomolekulák nanomechanikája A biomolekuláris rugalmasság alapjai Mártonfalvi Zsolt Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Semmelweis Egyetem Budapest Biomolekulák mint
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER FUTÓ KINGA
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER FUTÓ KINGA 2013.10.09. CITOSZKELETON - DEFINÍCIÓ Fehérjékből felépülő, a sejt vázát alkotó intracelluláris rendszer. Eukarióta és prokarióta sejtekben egyaránt megtalálható.
Tartalom. A citoszkeleton meghatározása. Citoszkeleton. Mozgás a biológiában A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER 12/9/2016
Tartalom A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER Nyitrai Miklós, 2016 november 29. 1. Mi a citoszkeleton? 2. Polimerizáció, polimerizációs egyensúly 3. Filamentumok osztályozása 4. Motorfehérjék A citoszkeleton meghatározása
Nanomedicina Szimpózium, 2008. Nanomechanika: Egyedi Biomolekulák Manipulálása. Kellermayer Miklós
Nanomedicina Szimpózium, 28 Nanomechanika: Egyedi Biomolekulák Manipulálása Kellermayer Miklós Semmelweis Egyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet ÉLŐ SEJTBEN: BONYOLULT
Citoszkeleton. Sejtek rugalmassága. Polimer mechanika: Hooke-rugalmasság. A citoszkeleton filamentumai. Fogászati anyagtan fizikai alapjai 12.
Fogászati anyagtan fizikai alapjai 12. Sejtek rugalmassága Citoszkeleton Eukariota sejtek dinamikus vázrendszere Három fő filamentum-osztály: A. Vékony (aktin) B. Intermedier C. Mikrotubulus Polimerizáció:
K68464 OTKA pályázat szakmai zárójelentés
K68464 OTKA pályázat szakmai zárójelentés A fehérjeaggregáció és amiloidképződés szerkezeti alapjai; a különféle morfológiájú aggregátumok kialakulásának körülményei és in vivo hatásuk vizsgálata Vezető
Fehérjeszerkezet, és tekeredés
Fehérjeszerkezet, és tekeredés Futó Kinga 2013.10.08. Polimerek Polimer: hasonló alegységekből (monomer) felépülő makromolekulák Alegységek száma: tipikusan 10 2-10 4 Titin: 3,435*10 4 aminosav C 132983
FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN. Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium. Alkímia Ma, Budapest,
FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium Alkímia Ma, Budapest, 2013.02.28. I. FEHÉRJÉK: L-α aminosavakból felépülő lineáris polimerek α H 2 N CH COOH amino
Asztroglia Ca 2+ szignál szerepe az Alzheimer kórban FAZEKAS CSILLA LEA NOVEMBER
Asztroglia Ca 2+ szignál szerepe az Alzheimer kórban FAZEKAS CSILLA LEA 2017. NOVEMBER Az Alzheimer kór Neurodegeneratív betegség Gyógyíthatatlan 65 év felettiek Kezelés: vakcinákkal inhibitor molekulákkal
11/15/10! A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER! Polimerizáció! Polimerizációs egyensúly! Erő iránya szerint:! 1. valódi egyensúly (aktin)" Polimer mechanika!
11/15/10! A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER! 1. Mi a citoszkeleton?! 2. Polimerizáció, polimerizációs egyensúly! 3. Filamentumok osztályozása! Citoszkeleton : Eukariota sejtek dinamikus vázrendszere! Három fő
A fehérjék szerkezeti hierarchiája. Fehérje-szerkezetek! Klasszikus szerkezet-funkció paradigma. szekvencia. funkció. szerkezet! Myoglobin.
Myoglobin Fehérje-szerkezetek! MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGGQEVLIRLFK GPETLEKFDKFKLKSEDEMKASE DLKKGATVLTALGGILKKKGEAEIKPLAQSA TKKIPVKYLEFISECIIQVLQSK PGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG Fuxreiter Mónika! Debreceni
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER (Nyitrai Miklós, )
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER (Nyitrai Miklós, 2010.11.30.) 1. Mi a citoszkeleton? 2. Polimerizá, polimerizás egyensúly 3. ilamentumok osztályozása 4. Motorfehérjék Citoszkeleton Eukariota sejtek dinamikus
A citoszkeletális rendszer
A citoszkeletális rendszer A citoszkeletális filamentumok típusai, polimerizációja, jellemzıik, mechanikai tulajdonságaik. Asszociált fehérjék 2013.09.24. Citoszkeleton Fehérjékbıl felépülı, a sejt vázát
A kálium-permanganát és az oxálsav közötti reakció vizsgálata 9a. mérés B4.9
A kálium-permanganát és az oxálsav közötti reakció vizsgálata 9a. mérés B4.9 Név: Pitlik László Mérés dátuma: 2014.12.04. Mérőtársak neve: Menkó Orsolya Adatsorok: M24120411 Halmy Réka M14120412 Sárosi
Dózis-válasz görbe A dózis válasz kapcsolat ábrázolása a legáltalánosabb módja annak, hogy bemutassunk eredményeket a tudományban vagy a klinikai
Dózis-válasz görbe A dózis válasz kapcsolat ábrázolása a legáltalánosabb módja annak, hogy bemutassunk eredményeket a tudományban vagy a klinikai gyakorlatban. Például egy kísérletben növekvő mennyiségű
Az élő sejt fizikai Biológiája:
Az élő sejt fizikai Biológiája: Modellépítés, biológiai rendszerek skálázódása Kellermayer Miklós Fizikai biológia Ma már nem csak kvalitatív megfigyeléseket, hanem kvantitatív méréseket végzünk (biológiai
Fehérjék nanomechanikai tulajdonságainak vizsgálata Atomi Er Mikroszkópiával NEMES CSILLA
DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI Fehérjék nanomechanikai tulajdonságainak vizsgálata Atomi Er Mikroszkópiával NEMES CSILLA Témavezet : Dr. Rozlosnik Noémi ELTE, Biológiai Fizika Tanszék Semmelweis Orvostudományi
Több oxigéntartalmú funkciós csoportot tartalmazó vegyületek
Több oxigéntartalmú funkciós csoportot tartalmazó vegyületek Hidroxikarbonsavak α-hidroxi karbonsavak -Glikolsav (kézkrémek) - Tejsav (tejtermékek, izomláz, fogszuvasodás) - Citromsav (citrusfélékben,
Milyen simaságú legyen a minta felülete jó minőségű EBSD mérésekhez
1 Milyen simaságú legyen a minta felülete jó minőségű EBSD mérésekhez Havancsák Károly Dankházi Zoltán Ratter Kitti Varga Gábor Visegrád 2012. január Elektron diffrakció 2 Diffrakció - kinematikus elmélet
10. előadás Kőzettani bevezetés
10. előadás Kőzettani bevezetés Mi a kőzet? Döntően nagy földtani folyamatok során képződik. Elsősorban ásványok keveréke. Kőzetalkotó ásványok építik fel. A kőzetalkotó komponensek azonban nemcsak ásványok,
A napenergia magyarországi hasznosítását támogató új fejlesztések az Országos Meteorológiai Szolgálatnál
A napenergia magyarországi hasznosítását támogató új fejlesztések az Országos Meteorológiai Szolgálatnál Nagy Zoltán, Tóth Zoltán, Morvai Krisztián, Szintai Balázs Országos Meteorológiai Szolgálat A globálsugárzás
Biofizika I 2013-2014 2014.12.02.
ÁTTEKINTÉS AZ IZOM TÍPUSAI: SZERKEZET és FUNKCIÓ A HARÁNTCSÍKOLT IZOM SZERKEZETE MŰKÖDÉSÉNEK MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSA IZOM MECHANIKA Biofizika I. -2014. 12. 02. 03. Dr. Bugyi Beáta PTE ÁOK Biofizikai Intézet
PhD DISSZERTÁCIÓ TÉZISEI
Budapesti Muszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Fizikai Kémia Tanszék MTA-BME Lágy Anyagok Laboratóriuma PhD DISSZERTÁCIÓ TÉZISEI Mágneses tér hatása kompozit gélek és elasztomerek rugalmasságára Készítette:
Az anyagi rendszer fogalma, csoportosítása
Az anyagi rendszer fogalma, csoportosítása A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011 1 1 A rendszer fogalma A körülöttünk levő anyagi világot atomok, ionok, molekulák építik
CSAPADÉK ÉS TALAJVÍZSZINT ÉRTÉKEK SPEKTRÁLIS ELEMZÉSE A MEZŐKERESZTES-I ADATOK ALAPJÁN*
A Miskolci Egyetem Közleménye A sorozat, Bányászat, 66. kötet, (2004) p. 103-108 CSAPADÉK ÉS TALAJVÍZSZINT ÉRTÉKEK SPEKTRÁLIS ELEMZÉSE A MEZŐKERESZTES-I ADATOK ALAPJÁN* Dr.h.c.mult. Dr. Kovács Ferenc az
A módszerek jelentősége. Gyors-kinetika módszerek. A módszerek közös tulajdonsága. Milyen módszerekről tanulunk?
Gyors-kinetika módszerek módszerek jelentősége 2010. március 9. Nyitrai Miklós biológiai mechanizmusok megértése; iológiai folyamatok időskálája; Vándorló melanocita (Victor SMLL). ms skálán való mérések.
Abszorpciós spektroszkópia
Tartalomjegyzék Abszorpciós spektroszkópia (Nyitrai Miklós; 2011 február 1.) Dolgozat: május 3. 18:00-20:00. Egész éves anyag. Korábbi dolgozatok nem számítanak bele. Felmentés 80% felett. A fény; Elektromágneses
Fehérjék szerkezetének kialakulása II
Egy kis fehérje gombolyodása több párhuzamos úton Fehérjék szerkezetének kialakulása II Osváth Szabolcs Semmelweis Egyetem hélix kialakulás és kollapszus több párhuzamos úton további kollapszus és hélix
A T sejt receptor (TCR) heterodimer
Immunbiológia - II A T sejt receptor (TCR) heterodimer 1 kötőhely lánc lánc 14. kromoszóma 7. kromoszóma V V C C EXTRACELLULÁRIS TÉR SEJTMEMBRÁN CITOSZÓL lánc: VJ régió lánc: VDJ régió Nincs szomatikus
(1) A T sejtek aktiválása (2) Az ön reaktív T sejtek toleranciája. α lánc. β lánc. V α. V β. C β. C α.
Immunbiológia II A T sejt receptor () heterodimer α lánc kötőhely β lánc 14. kromoszóma 7. kromoszóma 1 V α V β C α C β EXTRACELLULÁRIS TÉR SEJTMEMBRÁN CITOSZÓL αlánc: VJ régió β lánc: VDJ régió Nincs
~ 1 ~ Ezek alapján a következő célokat valósítottuk meg a Ph.D. munkám során:
~ 1 ~ Bevezetés és célkitűzések A sejtekben egy adott időpillanatban expresszált fehérjék összessége a proteom. A kvantitatív proteomika célja a proteom, egy adott kezelés vagy stimulus hatására bekövetkező
Fehérjék szerkezetének kialakulása II. Semmelweis Egyetem. Osváth Szabolcs
Fehérjék szerkezetének kialakulása II Osváth Szabolcs Semmelweis Egyetem szabolcs.osvath@eok.sote.hu Egy kis fehérje gombolyodása több párhuzamos úton hélix kialakulás és kollapszus több párhuzamos úton
Tartalomjegyzék. Emlékeztetõ. Emlékeztetõ. Spektroszkópia. Fényelnyelés híg oldatokban 4/11/2016. A fény; Abszorpciós spektroszkópia
Tartalomjegyzék PÉCS TUDOMÁNYEGYETEM ÁLTALÁNOS ORVOSTUDOMÁNY KAR A fény; Abszorpciós spektroszkópia Elektromágneses hullám kölcsönhatása anyaggal; (Nyitrai Miklós; 2016 március 1.) Az abszorpció mérése;
Tartalomjegyzék. Emlékeztetõ. Emlékeztetõ. Spektroszkópia. Fényelnyelés híg oldatokban A fény; Abszorpciós spektroszkópia
Tartalomjegyzék PÉCS TUDOMÁNYEGYETEM ÁLTALÁNOS ORVOSTUDOMÁNY KAR A fény; Abszorpciós spektroszkópia Elektromágneses hullám kölcsönhatása anyaggal; (Nyitrai Miklós; 2015 január 27.) Az abszorpció mérése;
Fényérzékeny amorf nanokompozitok: technológia és alkalmazásuk a fotonikában. Csarnovics István
Új irányok és eredményak A mikro- és nanotechnológiák területén 2013.05.15. Budapest Fényérzékeny amorf nanokompozitok: technológia és alkalmazásuk a fotonikában Csarnovics István Debreceni Egyetem, Fizika
Natív antigének felismerése. B sejt receptorok, immunglobulinok
Natív antigének felismerése B sejt receptorok, immunglobulinok B és T sejt receptorok A B és T sejt receptorok is az immunglobulin fehérje család tagjai A TCR nem ismeri fel az antigéneket, kizárólag az
Funkcionális konnektivitás vizsgálata fmri adatok alapján
Funkcionális konnektivitás vizsgálata fmri adatok alapján Képalkotási technikák 4 Log Resolution (mm) 3 Brain EEG & MEG fmri TMS PET Lesions 2 Column 1 0 Lamina -1 Neuron -2 Dendrite -3 Synapse -4 Mikrolesions
Debreceni Egyetem Orvos- és Egészségtudományi Centrum Biofizikai és Sejtbiológiai Intézet
Debreceni Egyetem Orvos- és Egészségtudományi Centrum Biofizikai és Sejtbiológiai Intézet Az ioncsatorna fehérjék szerkezete, működése és szabályozása Panyi György www.biophys.dote.hu Mesterséges membránok
Bio-nanorendszerek. Vonderviszt Ferenc. Pannon Egyetem Nanotechnológia Tanszék
Bio-nanorendszerek Vonderviszt Ferenc Pannon Egyetem Nanotechnológia Tanszék Technológia: képesség az anyag szerkezetének, az anyagot felépítő részecskék elrendeződésének befolyásolására. A technológiai
Tubulin, mikrotubuláris rendszer és mikrotubulus asszociált fehérjék
Tubulin, mikrotubuláris rendszer és mikrotubulus asszociált fehérjék Talián Csaba Gábor PTE ÁOK, Biofizika Intézet 2012. február 21. Transzmissziós elektronmikroszkópos felvétel egy Heliozoa axopódiumának
Orvosi Biofizika I. 12. vizsgatétel. IsmétlésI. -Fény
Orvosi iofizika I. Fénysugárzásanyaggalvalókölcsönhatásai. Fényszóródás, fényabszorpció. Az abszorpciós spektrometria alapelvei. (Segítséga 12. tételmegértéséhezésmegtanulásához, továbbá a Fényabszorpció
MedInProt Szinergia IV. program. Szerkezetvizsgáló módszer a rendezetlen fehérjék szerkezetének és kölcsönhatásainak jellemzésére
MedInProt Szinergia IV. program Szerkezetvizsgáló módszer a rendezetlen fehérjék szerkezetének és kölcsönhatásainak jellemzésére Tantos Ágnes MTA TTK Enzimológiai Intézet, Rendezetlen fehérje kutatócsoport
Atomi és molekuláris kölcsönhatások. Pásztázó tűszondás mikroszkópia.
Atomi és molekuláris kölcsönhatások. Pásztázó tűszondás mikroszkópia. Kiss Balázs Nanobiotechnológia és Egyedi Molekula Kutatócsoport, Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet 2013. november 28. 2 Atomi kölcsönhatások
[Biomatematika 2] Orvosi biometria
[Biomatematika 2] Orvosi biometria 2016.02.29. A statisztika típusai Leíró jellegű statisztika: összegzi egy adathalmaz jellemzőit. A középértéket jelemzi (medián, módus, átlag) Az adatok változékonyságát
A.2. Acélszerkezetek határállapotai
A.. Acélszerkezetek határállapotai A... A teherbírási határállapotok első osztálya: a szilárdsági határállapotok A szilárdsági határállapotok (melyek között a fáradt és rideg törést e helyütt nem tárgyaljuk)
Szerkesztette: Vizkievicz András
Fehérjék A fehérjék - proteinek - az élő szervezetek számára a legfontosabb vegyületek. Az élet bármilyen megnyilvánulási formája fehérjékkel kapcsolatos. A sejtek szárazanyagának minimum 50 %-át adják.
Röntgendiffrakció. Orbán József PTE, ÁOK, Biofizikai Intézet november
Röntgendiffrakció Orbán József PTE, ÁOK, Biofizikai Intézet 2013. november Előadás vázlata Röntgen sugárzás Interferencia, diffrakció (elektromágneses hullámok) Kristályok szerkezete Röntgendiffrakció
Statisztikai következtetések Nemlineáris regresszió Feladatok Vége
[GVMGS11MNC] Gazdaságstatisztika 10. előadás: 9. Regressziószámítás II. Kóczy Á. László koczy.laszlo@kgk.uni-obuda.hu Keleti Károly Gazdasági Kar Vállalkozásmenedzsment Intézet A standard lineáris modell
Piri Dávid. Mérőállomás célkövető üzemmódjának pontossági vizsgálata
Piri Dávid Mérőállomás célkövető üzemmódjának pontossági vizsgálata Feladat ismertetése Mozgásvizsgálat robot mérőállomásokkal Automatikus irányzás Célkövetés Pozíció folyamatos rögzítése Célkövető üzemmód
NE HABOZZ! KÍSÉRLETEZZ!
NE HABOZZ! KÍSÉRLETEZZ! FOLYADÉKOK FELSZÍNI TULAJDONSÁGAINAK VIZSGÁLATA KICSIKNEK ÉS NAGYOKNAK Országos Fizikatanári Ankét és Eszközbemutató Gödöllő 2017. Ötletbörze Kicsiknek 1. feladat: Rakj három 10
ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.
ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával www.chem.elte.hu/pr Kvíz az előző előadáshoz Programajánlatok október 18. 16:00 ELTE Kémiai Intézet 065-ös terem Észbontogató (www.chem.elte.hu/pr)
A harántcsíkolt izom struktúrája általános felépítés
harántcsíkolt izom struktúrája általános felépítés LC-2 Izom LC1/3 Izom fasciculus LMM S-2 S-1 HMM rod Miozin molekula S-1 LMM HMM S-2 S-1 Izomrost H Band Z Disc csík I csík M Z-Szarkomér-Z Miofibrillum
Havancsák Károly Az ELTE TTK kétsugaras pásztázó elektronmikroszkópja. Archeometriai műhely ELTE TTK 2013.
Havancsák Károly Az ELTE TTK kétsugaras pásztázó elektronmikroszkópja Archeometriai műhely ELTE TTK 2013. Elektronmikroszkópok TEM SEM Transzmissziós elektronmikroszkóp Átvilágítós vékony minta < 100
SZAKÁLL SÁNDOR, ÁsVÁNY- És kőzettan ALAPJAI
SZAKÁLL SÁNDOR, ÁsVÁNY- És kőzettan ALAPJAI 6 KRISTÁLYTAN VI. A KRIsTÁLYOs ANYAG belső RENDEZETTsÉGE 1. A KRIsTÁLYOs ÁLLAPOT A szilárd ANYAG jellemzője Az ásványok néhány kivételtől eltekintve kristályos
A fény tulajdonságai
Spektrofotometria A fény tulajdonságai A fény, mint hullámjelenség (lambda) (nm) hullámhossz (nű) (f) (Hz, 1/s) frekvencia, = c/ c (m/s) fénysebesség (2,998 10 8 m/s) (σ) (cm -1 ) hullámszám, = 1/ A amplitúdó
Adatelemzési eljárások az idegrendszer kutatásban Somogyvári Zoltán
Adatelemzési eljárások az idegrendszer kutatásban Somogyvári Zoltán MTA KFKI Részecske és Magfizikai Intézet, Biofizikai osztály Az egy adatsorra (idősorra) is alkalmazható módszerek Példa: Az epileptikus
A vérképző rendszerben ionizáló sugárzás által okozott mutációk kialakulásának numerikus modellezése
A vérképző rendszerben ionizáló sugárzás által okozott mutációk kialakulásának numerikus modellezése Madas Balázs Gergely XXXIX. Sugárvédelmi Továbbképző Tanfolyam Hajdúszoboszló, Hunguest Hotel Béke 2014.
Összefoglalók Kémia BSc 2012/2013 I. félév
Összefoglalók Kémia BSc 2012/2013 I. félév Készült: Eötvös Loránd Tudományegyetem Kémiai Intézet Szerves Kémiai Tanszékén 2012.12.17. Összeállította Szilvágyi Gábor PhD hallgató Tartalomjegyzék Orgován
Biopolimer 12/7/09. Makromolekulák szerkezete. Fehérje szerkezet, és tekeredés. DNS. Polimerek. Kardos Roland DNS elsődleges szerkezete
Biopolimerek Makromolekulák szerkezete. Fehérje szerkezet, és tekeredés. Osztódó sejt magorsófonala Kardos Roland 2009.10.29. Dohány levél epidermális sejtjének aktin hálózat Bakteriofágból kiszabaduló
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség Osváth Szabolcs Evans-Searles fluktuációs tétel Denis J Evans, Ezechiel DG Cohen, Gary P Morriss (1993) Denis J Evans, Debra
Biomatematika 12. Szent István Egyetem Állatorvos-tudományi Kar. Fodor János
Szent István Egyetem Állatorvos-tudományi Kar Biomatematikai és Számítástechnikai Tanszék Biomatematika 12. Regresszió- és korrelációanaĺızis Fodor János Copyright c Fodor.Janos@aotk.szie.hu Last Revision
Templát-vezérelt amiloid fibrillogenézis biofizikai vizsgálata
Templát-vezérelt amiloid fibrillogenézis biofizikai vizsgálata Doktori értekezés Murvai Csilla Ünige Semmelweis Egyetem Elméleti Orvostudományok Doktori Iskola Témavezető: Dr. Kellermayer Miklós S. Z.
Segítség az outputok értelmezéséhez
Tanulni: 10.1-10.3, 10.5, 11.10. Hf: A honlapra feltett falco_exp.zip-ben lévő exploratív elemzések áttanulmányozása, érdekességek, észrevételek kigyűjtése. Segítség az outputok értelmezéséhez Leiro: Leíró
Havancsák Károly Nagyfelbontású kétsugaras pásztázó elektronmikroszkóp az ELTÉ-n: lehetőségek, eddigi eredmények
Havancsák Károly Nagyfelbontású kétsugaras pásztázó elektronmikroszkóp az ELTÉ-n: lehetőségek, eddigi eredmények Nanoanyagok és nanotechnológiák Albizottság ELTE TTK 2013. Havancsák Károly Nagyfelbontású
Atomi er mikroszkópia jegyz könyv
Atomi er mikroszkópia jegyz könyv Zsigmond Anna Julia Fizika MSc III. Mérés vezet je: Szabó Bálint Mérés dátuma: 2010. október 7. Leadás dátuma: 2010. október 20. 1. Mérés leírása A laboratóriumi mérés
A sejtek élete. 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék R C NH 2. C COOH 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános
A sejtek élete 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék e csak nézd! Milyen protonátmenetes reakcióra képes egy aminosav? R 2 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános képlete 5.2. A legegyszerűbb
Biometria az orvosi gyakorlatban. Korrelációszámítás, regresszió
SZDT-08 p. 1/31 Biometria az orvosi gyakorlatban Korrelációszámítás, regresszió Werner Ágnes Villamosmérnöki és Információs Rendszerek Tanszék e-mail: werner.agnes@virt.uni-pannon.hu Korrelációszámítás
Kabos: Statisztika II. t-próba 9.1. Ha ismert a doboz szórása de nem ismerjük a
Kabos: Statisztika II. t-próba 9.1 Egymintás z-próba Ha ismert a doboz szórása de nem ismerjük a doboz várhatóértékét, akkor a H 0 : a doboz várhatóértéke = egy rögzített érték hipotézisről úgy döntünk,
Mintavétel fogalmai STATISZTIKA, BIOMETRIA. Mintavételi hiba. Statisztikai adatgyűjtés. Nem véletlenen alapuló kiválasztás
STATISZTIKA, BIOMETRIA. Előadás Mintavétel, mintavételi technikák, adatbázis Mintavétel fogalmai A mintavételt meg kell tervezni A sokaság elemei: X, X X N, lehet véges és végtelen Mintaelemek: x, x x
Adatok statisztikai értékelésének főbb lehetőségei
Adatok statisztikai értékelésének főbb lehetőségei 1. a. Egy- vagy kétváltozós eset b. Többváltozós eset 2. a. Becslési problémák, hipotézis vizsgálat b. Mintázatelemzés 3. Szint: a. Egyedi b. Populáció
Rövid ismertető. Modern mikroszkópiai módszerek. A mikroszkóp. A mikroszkóp. Az optikai mikroszkópia áttekintése
Rövid ismertető Modern mikroszkópiai módszerek Nyitrai Miklós 2010. március 16. A mikroszkópok csoportosítása Alapok, ismeretek A működési elvek Speciális módszerek A mikroszkópia története ld. Pdf. Minél
TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL
TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL Az egyes biomolekulák izolálása kulcsfontosságú a biológiai szerepük tisztázásához. Az affinitás kromatográfia egyszerűsége, reprodukálhatósága
Dimenzióváltás becsapódásos fragmentációban
Dimenzióváltás becsapódásos fragmentációban Pál Gergő Témavezető: Dr. Kun Ferenc Debreceni Egyetem Döffi 2013, Balatonfenyves Heterogén anyagok fragmentációja Próbatest töredezési folyamata - nagy mennyiségű
Katalízis. Tungler Antal Emeritus professzor 2017
Katalízis Tungler Antal Emeritus professzor 2017 Fontosabb időpontok: sósav oxidáció, Deacon process 1860 kéndioxid oxidáció 1875 ammónia oxidáció 1902 ammónia szintézis 1905-1912 metanol szintézis 1923
Az agyi jelek adaptív feldolgozása MENTÁ LIS FÁ R A DT S ÁG MÉRÉSE
Az agyi jelek adaptív feldolgozása MENTÁ LIS FÁ R A DT S ÁG MÉRÉSE Bevezetés I. A fáradtság lehet fizikai: a normál testi funkciók hiánya mentális: csökkent agyi aktivitás vagy kognitív funkciók. Megjelenhet
Sejt. Aktin működés, dinamika plus / barbed end pozitív / szakállas vég 1. nukleáció 2. elongáció (hosszabbodás) 3. dinamikus egyensúly
Biofizikai módszerek a citoszkeleton vizsgálatára I: Kinetikai és steady-state spektroszkópiai módszerek Sejt Citoszkeletális rendszerek Orbán József, 2014 április Institute of Biophysics Citoszkeleton:
Nukleinsavak építőkövei
ukleinsavak Szerkezeti hierarchia ukleinsavak építőkövei Pirimidin Purin Pirimidin Purin Timin (T) Adenin (A) Adenin (A) Citozin (C) Guanin (G) DS bázisai bázis Citozin (C) Guanin (G) RS bázisai bázis
ahol m-schmid vagy geometriai tényező. A terhelőerő növekedésével a csúszó síkban fellép az un. kritikus csúsztató feszültség τ
Egykristály és polikristály képlékeny alakváltozása A Frenkel féle modell, hibátlan anyagot feltételezve, nagyon nagy folyáshatárt eredményez. A rácshibák, különösen a diszlokációk jelenléte miatt a tényleges
Többváltozós lineáris regressziós modell feltételeinek tesztelése I.
Többváltozós lineáris regressziós modell feltételeinek tesztelése I. - A hibatagra vonatkozó feltételek tesztelése - Kvantitatív statisztikai módszerek Petrovics Petra Többváltozós lineáris regressziós
Statisztikai módszerek a skálafüggetlen hálózatok
Statisztikai módszerek a skálafüggetlen hálózatok vizsgálatára Gyenge Ádám1 1 Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Villamosmérnöki és Informatikai Kar Számítástudományi és Információelméleti
Anyagok az energetikában
Anyagok az energetikában BMEGEMTBEA1, 6 krp (3+0+2) Környezeti tényezők hatása, időfüggő mechanikai tulajdonságok Dr. Tamás-Bényei Péter 2018. szeptember 19. Ütemterv 2 / 20 Dátum 2018.09.05 2018.09.19
Tubulin, mikrotubuláris rendszer és mikrotubulus asszociált fehérjék
Tubulin, mikrotubuláris rendszer és mikrotubulus asszociált fehérjék Talián Csaba Gábor PTE ÁOK, Biofizika Intézet 2011. február 22. Transzmissziós elektronmikroszkópos felvétel egy Heliozoa axopódiumának
MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak
Modul cím: MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak Egy átlagos emberben 10-12 kg fehérje van, mely elsősorban a vázizomban található.
A fehérjék hierarchikus szerkezete
Fehérjék felosztása A fehérjék hierarchikus szerkezete Smeller László Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biológiai funkció alapján Enzimek (pl.: tripszin, citokróm-c ) Transzportfehérjék
Szerkezetvizsgálat ANYAGMÉRNÖK ALAPKÉPZÉS (BSc)
Szerkezetvizsgálat ANYAGMÉRNÖK ALAPKÉPZÉS (BSc) TANTÁRGYI KOMMUNIKÁCIÓS DOSSZIÉ MISKOLCI EGYETEM MŰSZAKI ANYAGTUDOMÁNYI KAR ANYAGTUDOMÁNYI INTÉZET Miskolc, 2008. 1. Tantárgyleírás Szerkezetvizsgálat kommunikációs
Némethné Vidovszky Ágens 1 és Schanda János 2
Némethné Vidovszky Ágens 1 és Schanda János 2 1.Budapesti Műszaki Egyetem; 2 Pannon Egyetem 1 Áttekintés A fotometria két rendszere: Vizuális teljesítmény alapú Világosság egyenértékű fénysűrűség alapú
Többváltozós lineáris regressziós modell feltételeinek
Többváltozós lineáris regressziós modell feltételeinek tesztelése I. - A hibatagra vonatkozó feltételek tesztelése - Petrovics Petra Doktorandusz Többváltozós lineáris regressziós modell x 1, x 2,, x p
3. A kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás
3. A kémiai kötés Kémiai kölcsönhatás ELSŐDLEGES MÁSODLAGOS OVALENS IONOS FÉMES HIDROGÉN- KÖTÉS DIPÓL- DIPÓL, ION- DIPÓL, VAN DER WAALS v. DISZPERZIÓS Kémiai kötések Na Ionos kötés Kovalens kötés Fémes
Modern Fizika Labor Fizika BSC
Modern Fizika Labor Fizika BSC A mérés dátuma: 2009. május 4. A mérés száma és címe: 9. Röntgen-fluoreszencia analízis Értékelés: A beadás dátuma: 2009. május 13. A mérést végezte: Márton Krisztina Zsigmond
A kovalens kötés elmélete. Kovalens kötésű molekulák geometriája. Molekula geometria. Vegyértékelektronpár taszítási elmélet (VSEPR)
4. előadás A kovalens kötés elmélete Vegyértékelektronpár taszítási elmélet (VSEPR) az atomok kötő és nemkötő elektronpárjai úgy helyezkednek el a térben, hogy egymástól minél távolabb legyenek A központi
TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben
TDK lehetőségek az MTA TTK Enzimológiai Intézetben Vértessy G. Beáta egyetemi tanár TDK mind 1-3 helyezettek OTDK Pro Scientia különdíj 1 második díj Diákjaink Eredményei Zsűri különdíj 2 első díj OTDK
Az előadás tartalma. Debrecen 110 év hosszúságú csapadékadatainak vizsgálata Ilyés Csaba Turai Endre Szűcs Péter Ciklusok felkutatása
Miskolci Egyetem Környezetgazdálkodási Intézet Geofizikai és Térinformatikai Intézet MTA-ME Műszaki Földtudományi Kutatócsoport Debrecen 110 év hosszúságú csapadékadatainak vizsgálata Ilyés Csaba Turai
Kutatási beszámoló ( )
Kutatási beszámoló (2008-2012) A thrombocyták aktivációja alapvető jelentőségű a thrombotikus betegségek kialakulása szempontjából. A pályázat során ezen aktivációs folyamatok mechanizmusait vizsgáltuk.
A citoszkeletális rendszer, motorfehérjék.
A citoszkeletális rendszer, motorfehérjék. SCIENCE PHOTO LIBRARY Huber Tamás 2012. 10. 15. Citoszkeleton: eukarióta sejtek dinamikus fehérjevázrendszere Három fő filamentum-osztály: A. Intermedier B. Mikrotubulus
Víz. Az élő anyag szerkezeti egységei. A vízmolekula szerkezete. Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges
Az élő anyag szerkezeti egységei víz nukleinsavak fehérjék membránok Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges A Föld felszínének 2/3-át borítja Előfordulása az emberi szövetek felépítésében
[S] v' [I] [1] Kompetitív gátlás
8. Szeminárium Enzimkinetika II. Jelen szeminárium során az enzimaktivitás szabályozásával foglalkozunk. Mivel a klinikai gyakorlatban használt gyógyszerhatóanyagok jelentős része enzimgátló hatással bír