Klinikai Genomika Központ Biobankok Dr. Scholtz Beáta
Célunk: Tudásbázis és laboratóriumi infrastuktúra a Debreceni Egyetem biobank projektjeihez
Egy biobank felállításának folyamata 1. Miben tud közreműködni a Genomika Központ? 2. Infrastruktúra, know-how Tervezés Előkészítés Minták, adatok Kísérletek Fenntartás 3. Biobank projektjeink 4. Szolgáltatás és kollaboráció
Biobank tervezés: Kérdésfeltevés Betegcsoport kiválasztása Kísérlettervezés Pályázat Etikai engedélyek Tervezés Előkészítés Minták, adatok Kísérletek Fenntartás Biobank előkészítés: Adatbázis, mintakódolás Standard Operating Procedures (SOP): Mintakövetés Klinikai protokollok Mol. biol. protokollok
Előkészítés 1: a Biobank adatbázis Központi szerveren Hozzáférés interneten keresztül Adatvédelem, adatbázisvédelem Több felhasználó, különböző hozzáférési szintek Kereshető Utólagos módosítások (projekt alatt/után) Hosszútávú fenntartás Jelenleg: Projekt-specifikus adatbázis Költséges Nem fejleszthető IT háttér? Fejlesztési terv: Flexibilis biobank adatbázis Open source, freeware IT háttér cabig, catissue (USA) BBMRI projekt (EU)
Előkészítés 2. Előkészítés Minták, adatok Kísérletek Biobank előkészítés: Adatbázis, mintakódolás Standard Operating Procedures: Mintakövetés Klinikai protokollok Mol. biol. protokollok Klinikai mintagyűjtő csomagok összeállítása Előrenyomtatott kód Mintakísérő lapok Klinikai és mol. biol. protokollok összehangolása
Mintafeldolgozás: eddigi munkáink 1. Vérminták szérum vagy plazmafrakciójának, ill. vizeletmintáknak biobankolása 2. Genom DNS, RNS, mikrorns izolálása vérből friss szövetekből fagyasztott szövetből FFPE szövetből 3. Spontán és indukált sputum minták feldolgozása, sejtpo izolálása 4. Bronchoalveoláris lavage minták feldolgozása, sejtpopulá izolálása Végcél: Nagyszámú minta SOP alapú feldolgozása Proteomikai, genetikai, genomikai felhasználás
Mintafeldolgozás: eszközök Jelenleg: Vonalkód nyomtató Hermle asztali centrifugák: hűthető (Vacutainer) ln 2 tank Hűthető zúzóeszköz ln 2 fagyasztott mintákhoz Szövethomogenizátor friss mintákhoz QiaCube dedikált RNS izoláló robot 2 SANYO -70 C hűtő, 710 l (Hőm. monitor, riasztó, CO 2 1 Jouan -70 C hűtő, 520 l (riasztó, CO 2 backup) Fejlesztés: MMI UVcut lézer mikrodisszektor Ultracentrifuga Tárolókapacitás (-70 C hűtő)
Mintafeldolgozás: a laboratórium Jelenleg: ideiglenes labor, laboron belül elkülönített RNS ill. mintaizoláló munkafelület IVDI laboratórium: Mintafeldolgozás 1. Mintafeldolgozás 2. RNS/DNS/egyéb Pre-PCR - reagensek PCR - minta + reagens Post-PCR - amplifikált DNS fragment A minták mozgása egyirányú Asztali PCR box (UV)
Munkatársaink: A Biobankos csapat Góczi Noémi Horváth József Kerekes Tamás Pallér Ádám
Biobank projektek 1. Pfizer Inc. - Debreceni Egyetem COPD Biobank - Tüdőklinika, Dr. Csánky Eszter FFPE immunhisztokémia - Patológiai Intézet, Dr. Dezső Balázs Globális génexpressziós analízis - Genomika Központ Proteomikai analízis: Ciphergen >500 páciens, plazma, vizelet, BAL, sputum, tüdőszövet, RNS, DNS
Biobank projektek 2. Debreceni Egyetem, Genomika Központ SCLC Biobank - Tüdőklinika, Dr. Csánky Eszter FFPE minták - Patológiai Intézet, Dr. Dezső Balázs Globális génexpressziós ill. metilációs analízis - Genomika Központ >300 páciens, erős dohányos/tumoros, több mintavétel plazma, friss és FFPE tüdőszövet, RNS, DNS minták
3. SCHIZO-08 Biobank Biobank projektek Debreceni Egyetem és UD-GenoMed Richter Gedeon Vegyészeti Gyár NyRt. Magyar Klinikai Neurogenetikai Társaság Astrid Research Kutatásfejlesztési Kft. >500 páciens, több mintavétel, plazma, RNS, DNS minták
Egyetemi együttműködés: Klinikák és Genomika Központ Tervezés Előkészítés Minták, adatok Kísérletek Fenntartás K G K G K: Klinika, G: Genomika K G K
Egyetemi együttműködés: Klinikák és Genomika Központ Astra Zeneca : COPD plazma, vizelet, sputum minták Fő partner: Tüdőklinika, Dr. Szilassy Mária Tervezés Előkészítés Minták, adatok Kísérletek Fenntartás Neurológiai Klinika, Dr. Klekner Álmos
Egyetemi együttműködés: Klinikák és Genomika Központ 1. Szolgáltatás: UD GenoMed, Dr. Zahuczky Gábor Projekt-specifikus ár Profit visszaforgatása: állások finanszírozása, infrastruktúra fenntartása fejlesztése Publikációban: Materials and Methods Közvetlen szolgáltatás a Klinikai Projektvezetőnek Közvetett szolgáltatás: Harmadik partner részére, Klinikai Projektvezető közreműködésével 2. Tudományos kollaboráció Önköltség Közös pályázat, vagy Genomika költségeinek fedezése Klinikai Projektve pályázatából Publikáció társszerző
Klinikai Genomika Központ Biobankok Dr. Nagy László - Tudományos Igazgató Dr. Bálint L. Bálint - Projektvezető Dr. Scholtz Beáta - Projektvezető Dr. Zahuczky Gábor - Projektvezető
Köszönöm a figyelmet!