Szakmai beszámoló. az F49514 számú, című ifjúsági OTKA pályázathoz
|
|
- Rudolf Vörös
- 10 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 Szakmai beszámoló az F49514 számú, Lokális mechanikai stabilitás és rugalmasság a titin izomfehérjében című ifjúsági OTKA pályázathoz Pályázatom célja volt megvizsgálni és leírni a titin óriás izomfehérje egyes szakaszainak mechanikai tulajdonságait. A titinmolekulák az izomrost hossztengelyével párhuzamosan helyezkednek el, és legfőbb szerepük az izom passzív rugalmasságának biztosítása. Rugószerű működésük szolgáltatja azt az erőt, amely az izom megnyújtását követően visszaállítja annak eredeti hosszát. Ennek megfelelően a titinmolekula mechanikai tulajdonságainak ismerete nélkülözhetetlen a molekula funkciójának megértése szempontjából. Differenciálisan expresszálódó immunglobulin domének vizsgálata A titinmolekula tömegének mintegy 90%-át globuláris szerkezetű domének lineáris sorozata teszi ki. A domének az immunglobulin (Ig) illetve a fibronektin III típusú domének szupercsaládjába sorolhatók (1. ábra). 1. ábra. A titin moduláris felépítése. Munkánk során a titin megnyújtható, I-szakaszából, és azon belül a csak vázizomban kifejeződő, ún. differenciálisan expresszálódó régióból kiválasztott szakaszt állítottunk elő és vizsgáltunk meg. A nyolc, sorba kapcsolt, immunglobulin típusú doménből álló molekulaszakaszt (I55-62) bakteriális fehérjeexpressziós rendszerben termeltettük meg, majd egy egyedi molekulák mechanikai manipulációjára alkalmas atomerőmikroszkóp segítségével megnyújtottuk, hogy jellemezzük annak mechanikai tulajdonságait. A mérésekhez használt üveg fedőlemezek felszínét vákuum-gőzölés segítségével vékony arany réteggel vontuk be, hogy elősegítsük a molekulaszakasz egyik, két szomszédos ciszteint tartalmazó végének nagy erősségű kötődését a felszínhez (2a. ábra). 1
2 2. ábra. Titin domén oktamer mechanikai manipulációja atomerőmikroszkóppal. a) Kísérleti elrendezés. b) Az I55-62 domén oktamerre jellemző erő-megnyúlás görbe és a görbe egyes pontjaihoz tartozó állapotok. A kiterekedési görbéken megfigyelt fűrészfog-szerű csúcsok megfelelnek az egyes domének kitekeredésének (2b. ábra). A vizsgált szakaszt alkotó domének mechanikai stabilitását azon erő segítségével jellemeztük, amelynél az egyes domének kitekerednek. A csúcsok felszálló ágait a féregszerű lánc (wormlike chain, WLC) polimermodellt leíró egyenlettel illesztettük, amely alapján kiszámoltuk a domének kiterekedéséhez tartozó kontúrhossz növekményt. A kapott érték (29,8 ± 3,5 nm) igazolja, hogy valóban az adott doméneket nyújtottuk meg. Az I55-62 szakasz esetén, 500 nm/s húzási sebesség mellett mért kitekeredési erők átlaga 237 pn volt, az erők azonban viszonylag széles tartományban változtak (3. ábra). Az oktameren belül tehát valószínűleg egymástól eltérő stabilitású domének találhatók. 3. ábra. Az I55-62 domén oktamer kitekeredési erőinek eloszlása. Korábban felvetették, hogy a titin differenciálisan expresszálódó doménjei mechanikailag kevésbé stabilak, így megnyújtás hatására előbb tekerednek ki, és ezáltal megóvják a konstitutívan expresszálódó doméneket a kitekeredéstől. Eredményeink azonban azt mutatják, hogy a titin differenciálisan expresszálódó szakaszát alkotó domének stabilitása széles tartományban változhat, és nem szisztematikusan alacsonyabb, mint a konstitutívan expresszálódó doméneké. A fenti eredmények alapján egy nemzetközi folyóiratban publikált közlemény [1] és két konferencia-absztrakt jelent meg, amelyek közül az egyiket a szervezők előadásra jelölték ki. 2
3 A PEVK szakasz vizsgálata A titin felépítésében részt vevő egyedi szekvenciák közül a legismertebb és funkcionális szempontból is legfontosabb a titin I-szakaszbeli részében található PEVK szegmens, amely nevét a több mint 70%-át kitevő prolin (P), glutaminsav (E), valin (V) és lizin (K) aminosavakról kapta. A szarkomer megfeszítése során a tandem Ig szegmensek megnyúlása mellett a PEVK megnyúlása járul hozzá legjelentősebb mértékben a passzív izomerő kialakításához [2]. Korábbi munkák alapján feltételezhető volt, hogy a PEVK régió ideális polimerláncként viselkedik, amely nem vagy alig rendelkezik másodlagos szerkezettel, rugalmassága pedig leírható a féregszerű lánc (wormlike chain, WLC) modellel [3,4]. PEVK peptideken végzett vizsgálatok azt is kimutatták, hogy azok rendelkeznek a rendezetlen fehérjék legtöbb jellemzőjével [5]. További eredmények ugyanakkor arra utaltak, hogy másodlagos szerkezeti elemek (II típusú poliprolin hélixek) jelen lehetnek a PEVK-n belül [6,7]. Hogy megvizsgáljuk, a PEVK szakasz valóban ideális polimerláncként viselkedik-e, a PEVK szakaszból kiválasztott két peptidet egy 11 aminosav hosszúságú (WEEAYQEREVC, PEVK11) és egy 21 aminosav hosszúságú (WEEAYQEREVIQVQKEVYEEC, and PEVK21) peptidet állítuttunk elő szilárdfázisú szintézis segítségével. A peptidek N-terminálisára egy triptofán aminosavat, C-terminálisára pedig egy IAEDANS fluorofórt kapcsoltunk, és fluoreszcencia spektroszkópia segítségével követtük a triptofán mint donor és az IAEDANS mint akceptor között lejátszódó fluoreszcencia rezonancia energiatranszfert (FRET). Meghatároztuk az energiatranszfer hatásfokát (E), amelynek felhasználásával kiszámítottuk a donor és akceptor fluorofórok közötti távolságot: R = R 6 0 E R 6 0 6, ahol R 0 a Förster-féle kritikus távolság, amely mellett a transzfer hatásfoka 50% (a triptofán- IAEDANS pár esetén 2,2 nm). Az ideális polimerek konformációját leíró féregszerű lánc (WLC) modell összefüggést teremt a polimer kontúrhossza (a kontúr mentén mért hossz, L), vég-vég távolsága (R) és perzisztenciahossza között (a hajlítási merevségét leíró mennyiség, amely felfogható, mint azon legrövidebb szakasz hossza, amely még merevnek tekinthető, P): R 2 = 2PL 1 P L L 1 e P A vizsgált peptidek kontúrhosszát az aminosavak száma alapján számoltuk (L = aminosavak száma aminosavak távolsága (0,38 nm) + az IAEDANS molekula mérete (0,87 nm). A vég-vég távolságot a FRET mérések alapján határoztuk meg, a látszólagos perzisztenciahosszakat pedig a fentebb megadott WLC egyenlet alapján. Natív körülmények között (20 C és 0,2 M ionerő) az így meghatározott vég-vég távolság értékei 1,86 és 2,12 nm voltak a PEVK11 illetve PEVK21 peptidek esetén (számolt kontúrhosszaik 4,18 és 7,98 nm). Az ezen értékek alapján számolt látszólagos perzisztenciahosszak 0,41 illetve 0,28 nm-nek adódtak. Az általunk kapott értékek a korábbi, a PEVK szakaszon végzett vizsgálatokban kapott értékek tartományának alsó régiójában találhatók (0,1-2,5 nm, [8,9,10]) és hasonlóak a teljesen kitekeredett polipeptidek esetén mért értékekhez (0,4-0,44 nm, [11,12,13]). A PEVK21 peptid esetén 3
4 kapott alacsonyabb érték arra utal, hogy adott hatások a látszólagos perzisztenciahossz csökkenését eredményezik. A két peptid esetén kapott, jelentősen különböző értékek azt jelzik, hogy alakjuk nem írható le a WLC modellel, tehát nem tekinthetők ideális polimerláncnak. A jelenség hátterében a perzisztenciahosszban a peptidek szekvenciája mentén megfigyelhető inhomogenitások, valamint a lánc egyes elemei között fennálló kölcsönhatások állhatnak, amelyeket az ideális polimermodell kizár. Hogy bepillantást nyerjünk a PEVK szerkezeti dinamikájába, megvizsgáltuk a környezeti paraméterek hatását a peptidek konfigurációjára. A szerkezeti dinamika jellemzése érdekében kiszámoltuk az f ' paramétert (a donor fluoreszcencia intenzitásával normált transzferhatásfok): f ' = E F DA Az f ' érték a donor és akceptor fluorofórok közötti fehérjemátrix flexibilitását jellemzi [14]. A hőmérséklet 5-50 C tartományban történő növelése mellett az f ' paraméter mindkét peptid esetén monoton növekedést mutatott. 4. ábra. Hőmérséklet hatása a PEVK peptidek konformációs dinamikájára. A növekedés valószínűleg a termikus fluktuációk amplitúdóinak növekedésével magyarázható, ami a transzferhatásfokot, annak R 6 -tól való függése miatt abban az esetben is megváltoztatja, ha az átlagos donor-akceptor távolság változatlan marad [14]. Az f ' növekedésének meredeksége a két peptid esetén azonos volt, ami arra utal, hogy a termikus fluktuációk is azonos mértékben növekedtek. A monoton változás azt jelzi, hogy konformációs átmenetek nem történtek, vagy csak nagyon kis mértékűek voltak. Hogy megvizsgáljuk, léteznek-e a peptideken belül olyan kölcsönhatások, amelyek kémiai denaturánsok segítségével befolyásolhatók, guanidin-hidroklorid növekvő koncentrációja mellett meghatároztuk a vég-vég távolságokat. A 0-6 M denaturáns koncentráció tartományban a vég-vég távolságok kis mértékben és fokozatosan megnőttek (1,86 nm-ről 2,02 nm-re a PEVK11 és 2,12 nmről 2,32 nm-re a PEVK21 peptid esetén). 4
5 5. ábra. Kémiai denaturáns hatása a PEVK peptidek vég-vég távolságára. A mérést urea alkalmazásával megismételve, a fentiekhez hasonló eredményt kaptunk. A megfigyelések lehetséges magyarázata az, hogy a peptideken belül létezhetnek olyan kölcsönhatások, amelyek a vég-vég távolság csökkenését okozzák, és amelyek kémiai denaturánsok segítségével fokozatosan megszüntethetők. Hasonló mérések segítségével az ionerősség hatását is megvizsgáltuk növekvő koncentrációjú KCl oldat alkalmazásával. Eredményeink alapján a növekvő ionerősség hatására a vég-vég távolság és a látszólagos perzisztenciahossz lecsökkent. A változások alacsonyabb ionerősség mellett kisebb, moláros nagyságrendű KCl koncentrációk esetén azonban nagyobb mértékűek voltak. 6. ábra. Ionerősség hatása a PEVK peptidek vég-vég távolságára. A jelenség hátterében olyan, a peptid szegmensek között fennálló elektrosztatikus kölcsönhatások állhatnak, amelyek a peptidlánc kimerevedését okozhatják. A közeg ionerősségének növelésével az ionok leárnyékolhatják ezeket a kölcsönhatásokat, ami a vég-vég távolság csökkenéséhez vezethet. Ezek a megfigyelések összhangban vannak korábbi mérésekkel, amelyekben csökkenő ionerősség hatására miofibrillumok titin-alapú merevségének csökkenését [15], illetve humán fetális titin PEVK szakasz perzisztenciahosszának csökkenését mutatták ki [16]. Összefoglalva, eredményeink azt mutatják, hogy a titin PEVK szakasza valószínűleg nem tekinthető szerkezet nélküli, ideális polimerláncnak. A különböző hosszúságú peptidek perzisztenciahosszában megfigyelt különbség átmeneti másodlagos szerkezeti elemek illetve láncszegmensek közötti kölcsönhatások jelenlétét veti fel. Ezen kölcsönhatások valószínűleg elektrosztatikus természetűek, és ahogy korábban azt már felvetették [15] egy entalpikus járulékot jelenthetnek a PEVK szakasznak a WLC modellen alapuló, kizárólag entropikus eredetű rugalmasságán felül. Míg megfigyeléseinket rövid peptideken tettük, a korábbi munkák szinte 5
6 kizárólag hosszabb PEVK szegmensek vagy miofibrillumokon történtek. Bár rövid peptideken az ionerő-függő változások kis mértékűek voltak, a teljes (vázizomban akár több mint 2000 aminosav hosszúságú) PEVK szakasz esetén ezen hatások elég jelentősek lehetnek ahhoz, hogy egy mechanizmust szolgáltassanak a lokális rugalmasság finomhangolására az izomban. A PEVK peptidekhez kapcsolódó eredményeket három konferencián poszter formájában mutattuk be, valamint folyamatban van egy kézirat elkészítése. A titin kináz domén vizsgálata A titinnel kapcsolatos kutatásokban az utóbbi évek fordulatot hoztak, mivel a titin rugalmasságát meghatározó I-szakaszbeli elemek vizsgálata helyett a titin egyedi szekvenciáinak vizsgálata került előtérbe. Ezek az elemek a rugalmasság meghatározásában, valamint a mechanikai erő érzékelésében tölthetnek be fontos szerepet [17,18,19]. Két speciális elem, amelyeknek jelentőséget tulajdonítottak ebből a szempontból, a titin C-terminálisához közel található kináz domén, valamint a titin N-terminálisán található, annak Z-lemezhez történő horgonyzásában fontos Z1 és Z2 domének. További vizsgálataink tárgyául a fenti titin szakaszokat választottuk (1. ábra). Célul tűztük ki a titin kináz doménjének expresszióját, mechanikai tulajdonságainak vizsgálatát, valamint az ATP kötődés és hidrolízis követését a kináz domén mechanikai manipulációja során. A 2006-os évben csoportunk sikerrel fejlesztett ki egy módszert, amely segítségével megvalósítható biomolekulák egyidejű mechanikai és fluoreszcens vizsgálata [20]. A módszer alapja egy atomerőmikroszkóp és egy evaneszcens mező mikroszkóp ötvözése, amelyen belül a két vizsgálati technika térbeli és időbeli szinkronizációja is megoldott. Célunk volt az evaneszcens mező mikroszkóp használata fluoreszcens ATP analóg kötődésének és disszociációjának detektálására, miközben a kináz domént az atomerőmikroszkóp segítségével ellenőrzött mechanikai feszültségnek tesszük ki. A titin kináz domént az előtte és utána található két-két immunglobulin doménnel együtt (hogy azok fogantyúkként megkönnyítsék a kináz két végének megragadását) a rendelkézésre álló humán soleus izom cdns könyvtárból klónoztuk és beillesztettük egy bakteriális expressziós vektorba (pet28a). Bár a baktériumokban kimutatható volt az expresszált fehérje, annak kinyerése és tisztítása több különböző stratégia alkalmazásával sem sikerült megfelelő mértékben. A továbbiakban elkezdtük a fehérje expressziójának előkészítését egy baculovírus expressziós rendszerben. Időközben, 2008 nyarán Mathias Gautel munkacsoportja publikálta az általuk a titin kinázon végzett méréseket, amelyek során kimutatták, hogy a molekula mechanikai megfeszítése még a kináz domén kitekeredése előtt aktiválja az ATP kötést, így a kináz mechanikai erőszenzorként működhet [21]. A titin kinázhoz kapcsolódó kísérleteket ezt követően felfüggesztettük. A Z1Z2-telethonin komplex vizsgálata A titin Z-lemezhez való horgonyzásáért a titin N-terminálisán található két Ig-domén (Z1 és Z2), valamint a Z-lemezben található telethonin fehérje által alkotott komplex a felelős, amelyben a telethonin a Z1Z2 doméneken keresztül keresztköt két titinmolekulát (7. ábra). A Z1Z2-telethonin komplexben a komponensek egy palindrom-szerű elrendeződésben 2:1 arányú antiparallel szendvicset képeznek [22]. Horgony-funkciója miatt a komplexnek feltehetően nagy mechanikai stabilitással kell rendelkeznie. Bár molekuláris dinamikai szimulációkban a komplex 6
7 disszociációjához szükséges erők igen jelentősnek adódtak (>1000 pn), az erők nagyságáról kísérletes adatok nem álltak rendelkezésre. A szimuláció során kapott szokatlanul nagy erők ezen felül az atomerőmikroszkóp esetén alkalmazottnál több nagyságrenddel nagyobb húzási sebességek esetére vonatkoztak. 7. ábra. A Z1Z2-telethonin komplex elhelyezkedése az izom szarkomerben. Célunk ezért a Z1Z2-telethonin komplex létrehozása, valamint mechanikai stabilitásának vizsgálata volt. Vizsgálni kívántuk továbbá, hogy milyen nagyságú erők mellett tekerednek ki önmagukban a Z1 és Z2 domének, amelyeket nem stabilizál a telethonin. A Z1Z2 szekvenciáját humán soleus cdns könyvtárból erősítettük ki, majd pet28a expressziós vektorba illesztettük be. A telethonin petm11 vektorban állt rendelkezésünkre. BL21 E. coli sejtekben mindkét fehérjét sikerrel expresszáltuk és tisztítottuk. A klónozás során mindkét fehérje N-terminálisára egy hexahisztidin tag-et, a Z1Z2 C-terminálisára pedig két vicinális cisztein aminosavat illesztettünk. Az így kapott végek a fehérjék tisztításában kaptak szerepet, valamint alkalmasak specifikus kötések létrehozására a mechanikai manipulációs vizsgálatok során. Mivel a telethonin önmagában nem rendelkezik stabil szerkezettel, és aggregátumokat képez, a komplexet a denaturált komponensek lassú renaturációjával hoztuk létre. A komplex kialakulását kromatográfiával kombinált proteázhasítással illetve atomerőmikroszkópos topográfiai képalkotás segítségével igazoltuk. A Z1Z2 szakasz mechanikai stabilitásának vizsgálata során, mivel a két domén hosszúságú szakasz viszonylag rövid, és aránylag kevés sikeres, specifikusan az N- és C-terminális végeknél fogva történő megnyújtást tesz lehetővé, a C-terminális cisztein aminosavak felhasználásával négy domén hosszúságú Z1Z2 dimert képeztünk, redukáló környezetet használva a ciszteinek közötti diszulfid hidak létrehozására. A konstrukció atomerőmikroszkóppal történő mechanikai denaturációja során rögzített görbéken megfigyelhetők voltak a domének kitekeredésére jellemző fűrészfog-szerű csúcsok (8a. ábra), amelyek alapján meghatároztuk a kitekeredési eseményekhez tartozó erőt és kontúrhossz-növekményt. Utóbbi (29,3 ± 2,4 nm) közelítőleg azonos volt a domének aminosav sorrendjéből adódó, elméletileg várt értékekkel (32-34 nm), amit felhasználhattunk annak igazolására, hogy valóban a Z1Z2 doméneket nyújtottuk meg. Az 500 nm/s húzási sebesség mellett megfigyelt kitekeredési erő 122 ± 7 pn értékű volt. 7
8 a b c d 8. ábra. a) A Z1Z2 dimerek esetén atomerőmikroszkóppal mért erő-megnyúlás görbék. b) A Z1Z2 domének kitekeredési erőinek húzási sebességtől való függése. c) A kitekeredést kétállapotú modellben leíró energiaprofil. d) Példa Monte- Carlo szimuláció során kapott erő-megnyúlás görbékre. A kitekeredés energiaprofil jellemzése érdekében dinamikus erőspektroszkópiát végeztünk, azaz erő-megnyúlás görbéket gyűjtöttünk különböző húzási sebességek esetén, a nm/s tartományban. A görbék alapján meghatározott kitekeredési erők a húzási sebesség logaritmusa függvényében ábrázolva egy egyenessel voltak illeszthetők (8b. ábra). A függés arra utal, hogy a Z1Z2 domének kitekeredése leírható egy kétállapotú rendszerrel, amelynek energiaprofilját a 8c. ábra szemlélteti. Ebben az esetben a kitekeredési erő terhelési sebességtől (r) való függését az F = kt Δx ln rδx kt k 0 képlet írja le, ahol k a Boltzmann állandó, T az abszolút hőmérséklet, Δx a natív állapot távolsága a tranzíciós állapottól, vagyis az a távolság, amellyel megnövelve az adott domén vég-vég távolságát, az átbillen az átmeneti állapoton és kitekeredik. k 0 a nulla erő mellett mért kitekeredési sebesség, amely közvetlen összefüggésben van a natív és tranzíciós állapot közötti szabadenergia különbséggel (ΔG TN). A terhelési sebességet (időegységre eső erőnövekedés) a kitekeredési görbéknek a csúcspontban mért meredekségeként határoztuk meg. A fenti képlet alapján ezután illesztéssel meghatároztuk a kitekeredési energiaprofil paramétereit. Δx ily módon meghatározott értéke 0,52 nm, k 0 értéke pedig 0,0008 1/s volt. 8
9 Az így kapott paraméterekkel kétállapotú rendszert feltételezve, Monte-Carlo szimulációkat végeztünk (8d. ábra) [23]. A szimulációk során a különböző húzási sebességek esetén kapott kitekeredési erők a hibahatáron belül jól visszaadták a mérés során (8b. ábra) kapott ereményeket. A Z1Z2 domének esetén mért kitekeredési erők alacsonyabbak, mint más, korábban vizsgált immunglobulin típusú domének esetén mért értékek, ami arra utal, hogy a Z1Z2-telethonin komplex stabilizálásában a Z1Z2 domének önmagukban nem jelentősek. A komplex stabilitásában valószínűleg a Z1Z2 telethoninnal alkotott kötései játszanak lényeges szerepet, amelyeken keresztül a fehérjék egymás stabilitását növelik. A Z1Z2 domének vizsgálata során kapott eredményeinket egy kéziratban terveztük összefoglalni. Még dolgoztunk a kéziraton, amikor megjelent Matthias Rief munkacsoportjának egy publikációja [24] amelyben leírták a Z1Z2-telethonin komplex mechanikai stabilitásával kapcsolatos eredményeiket. Ennek keretében a Z1Z2 domének stabilitását telethonin hiányában is megvizsgálták, azok kitekeredési erőire 1 µm/s húzási sebesség mellett a 168 ± 2 pn értéket kapták. Ez az érték kis mértékben eltér, de összemérhető az általunk kapott, 142 ± 8 pn-os értékkel. A Z1Z2 domének vizsgálatához kapcsolódó eredményeket két konferencián poszter formájában mutattuk be. Jelenleg, a Rief munkacsoport cikkének megjelenése miatt célunk mérési eredményeinket kibővíteni, hogy azokat közlemény formájában publikálhassuk. Irodalomjegyzék 1. Grama L, Nagy A, Scholl C, Huber T, Kellermayer M (2005) Local Variability in the Mechanics of Titin's Tandem Ig Segments. Croatica Chemica Acta 78(3): Linke WA, Rudy DE, Centner T, Gautel M, Witt C, et al. (1999) I-band titin in cardiac muscle is a three-element molecular spring and is critical for maintaining thin filament structure. The Journal of Cell Biology. pp Labeit S, Kolmerer B, Linke WA (1997) The giant protein titin. Emerging roles in physiology and pathophysiology. Circulation Research. pp Linke WA, Ivemeyer M, Mundel P, Stockmeier MR, Kolmerer B (1998) Nature of PEVK-titin elasticity in skeletal muscle. Proc Natl Acad Sci USA. pp Duan Y, DeKeyser JG, Damodaran S, Greaser ML (2006) Studies on titin PEVK peptides and their interaction. Archives of Biochemistry and Biophysics. pp Ma K, Kan L, Wang K (2001) Polyproline II helix is a key structural motif of the elastic PEVK segment of titin. Biochemistry. pp Ma K, Wang K (2003) Malleable conformation of the elastic PEVK segment of titin: non-cooperative interconversion of polyproline II helix, beta-turn and unordered structures. Biochem J. pp Li H, Oberhauser AF, Redick SD, Carrion-Vazquez M, Erickson HP, et al. (2001) Multiple conformations of PEVK proteins detected by single-molecule techniques. Proc Natl Acad Sci USA. pp Nagy A (2005) Hierarchical Extensibility in the PEVK Domain of Skeletal-Muscle Titin. Biophysical Journal. pp Watanabe K (2002) Molecular Mechanics of Cardiac Titin's PEVK and N2B Spring Elements. Journal of Biological Chemistry. pp
10 11. Buscaglia M, Lapidus LJ, Eaton WA, Hofrichter J (2006) Effects of denaturants on the dynamics of loop formation in polypeptides. Biophys J 91: Oberhauser AF, Marszalek PE, Erickson HP, Fernandez JM (1998) The molecular elasticity of the extracellular matrix protein tenascin. Nature 393: Rief M, Gautel M, Oesterhelt F, Fernandez JM, Gaub HE (1997) Reversible unfolding of individual titin immunoglobulin domains by AFM. Science 276: Somogyi B, Matko J, Papp S, Hevessy J, Welch GR, et al. (1984) Forster-type energy transfer as a probe for changes in local fluctuations of the protein matrix. Biochemistry 23: Linke WA, Ivemeyer M, Mundel P, Stockmeier MR, Kolmerer B (1998) Nature of PEVK-titin elasticity in skeletal muscle. Proc Natl Acad Sci U S A 95: Forbes JG, Jin AJ, Ma K, Gutierrez-Cruz G, Tsai WL, et al. (2005) Titin PEVK segment: chargedriven elasticity of the open and flexible polyampholyte. J Muscle Res Cell Motil 26: LeWinter MM, Wu Y, Labeit S, Granzier H (2007) Cardiac titin: structure, functions and role in disease. Clin Chim Acta. pp Linke WA (2008) Sense and stretchability: the role of titin and titin-associated proteins in myocardial stress-sensing and mechanical dysfunction. Cardiovascular Research. pp Miller M (2004) The sensitive giant: the role of titin-based stretch sensing complexes in the heart. Trends in Cell Biology. pp Kellermayer MSZ, Karsai A, Kengyel A, Nagy A, Bianco P, et al. (2006) Spatially and temporally synchronized atomic force and total internal reflection fluorescence microscopy for imaging and manipulating cells and biomolecules. Biophysical Journal. pp Puchner EM, Alexandrovich A, Kho AL, Hensen U, Schäfer LV, et al. (2008) Mechanoenzymatics of titin kinase. Proc Natl Acad Sci USA. pp Zou P, Pinotsis N, Lange S, Song Y-H, Popov A, et al. (2006) Palindromic assembly of the giant muscle protein titin in the sarcomeric Z-disk. Nature. pp Rief M, Fernandez J, Gaub H (1998) Elastically coupled two-level systems as a model for biopolymer extensibility. Phys Rev Lett. pp Bertz M, Wilmanns M, Rief M (2009) The titin-telethonin complex is a directed, superstable molecular bond in the muscle Z-disk. Proc Natl Acad Sci U S A 106:
Nanomedicina Szimpózium, 2008. Nanomechanika: Egyedi Biomolekulák Manipulálása. Kellermayer Miklós
Nanomedicina Szimpózium, 28 Nanomechanika: Egyedi Biomolekulák Manipulálása Kellermayer Miklós Semmelweis Egyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet ÉLŐ SEJTBEN: BONYOLULT
Biomolekulák nanomechanikája A biomolekuláris rugalmasság alapjai
Fogorvosi Anyagtan Fizikai Alapjai Biomolekulák nanomechanikája A biomolekuláris rugalmasság alapjai Mártonfalvi Zsolt Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Semmelweis Egyetem Budapest Biomolekulák mint
Speciális fluoreszcencia spektroszkópiai módszerek
Speciális fluoreszcencia spektroszkópiai módszerek Fluoreszcencia kioltás Fluoreszcencia Rezonancia Energia Transzfer (FRET), Lumineszcencia A molekuláknak azt a fényemisszióját, melyet a valamilyen módon
A titin PEVK domén aktinkötő és mechanikai tulajdonságai
PhD értekezés A titin PEVK domén aktinkötő és mechanikai tulajdonságai Nagy Attila Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai Intézet Pécs 2006 A program megnevezése: Programvezető:
DNS, RNS, Fehérjék. makromolekulák biofizikája. Biológiai makromolekulák. A makromolekulák TÖMEG szerinti mennyisége a sejtben NAGY
makromolekulák biofizikája DNS, RNS, Fehérjék Kellermayer Miklós Tér Méret, alak, lokális és globális szerkezet Idő Fluktuációk, szerkezetváltozások, gombolyodás Kölcsönhatások Belső és külső kölcsöhatások,
Kollár Veronika
A harántcsíkolt izom szerkezete, az izommőködés és szabályozás molekuláris alapjai Kollár Veronika 2010. 11. 11. Az izom citoszkeletális filamentumok és motorfehérjék rendezett összeszervezıdésébıl álló
Fluoreszcencia módszerek (Kioltás, Anizotrópia, FRET)
Fluoreszcencia módszerek (Kioltás, Anizotrópia, FRET) Biofizika szeminárium PTE ÁOK Biofizikai Intézet Huber Tamás 2014. 02. 11-13. A gerjesztett állapotú elektron lecsengési lehetőségei Gerjesztés Fluoreszcencia
K68464 OTKA pályázat szakmai zárójelentés
K68464 OTKA pályázat szakmai zárójelentés A fehérjeaggregáció és amiloidképződés szerkezeti alapjai; a különféle morfológiájú aggregátumok kialakulásának körülményei és in vivo hatásuk vizsgálata Vezető
Fluoreszcencia módszerek (Kioltás, Anizotrópia, FRET) Modern Biofizikai Kutatási Módszerek
Fluoreszcencia módszerek (Kioltás, Anizotrópia, FRET) Modern Biofizikai Kutatási Módszerek 2012. 11. 08. Fotonok és molekulák ütközése Fény (foton) ütközése a molekulákkal fényszóródás abszorpció E=hν
Ragyogó molekulák: dióhéjban a fluoreszcenciáról és biológiai alkalmazásairól
Ragyogó molekulák: dióhéjban a fluoreszcenciáról és biológiai alkalmazásairól Kele Péter egyetemi adjunktus Lumineszcencia jelenségek Biolumineszcencia (biológiai folyamat, pl. luciferin-luciferáz) Kemilumineszcencia
Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások Definíciók
Jelentősége szubsztrát kötődés szolvatáció ionizációs állapotok (pka) mechanizmus katalízis ioncsatornák szimulációk (szerkezet) all-atom dipolar fluid dipolar lattice continuum Definíciók töltéseloszlás
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER (Nyitrai Miklós, )
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER (Nyitrai Miklós, 2010.11.30.) 1. Mi a citoszkeleton? 2. Polimerizá, polimerizás egyensúly 3. ilamentumok osztályozása 4. Motorfehérjék Citoszkeleton Eukariota sejtek dinamikus
Fluoreszcencia 2. (Kioltás, Anizotrópia, FRET)
Fluoreszcencia 2. (Kioltás, Anizotrópia, FRET) Gerjesztés A gerjesztett állapotú elektron lecsengési lehetőségei Fluoreszcencia 10-9 s k f Foszforeszcencia 10-3 s k ph 10-15 s Fizika-Biofizika 2. Huber
FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN. Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium. Alkímia Ma, Budapest,
FEHÉRJÉK A MÁGNESEKBEN Bodor Andrea ELTE, Szerkezeti Kémiai és Biológiai Laboratórium Alkímia Ma, Budapest, 2013.02.28. I. FEHÉRJÉK: L-α aminosavakból felépülő lineáris polimerek α H 2 N CH COOH amino
BIOMECHANIKA 3 Erőhatások eredete és következményei biológiai rendszerekben
BIOMECHANIKA 3 Erőhatások eredete és következményei biológiai rendszerekben A MOZGÁS MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSAI SZERVEZET SZINTŰ MOZGÁS AZ IZOMMŰKÖDÉS MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSAI DR. BUGYI BEÁTA- BIOFIZIKA
Az élő sejt fizikai Biológiája:
Az élő sejt fizikai Biológiája: Modellépítés, biológiai rendszerek skálázódása Kellermayer Miklós Fizikai biológia Ma már nem csak kvalitatív megfigyeléseket, hanem kvantitatív méréseket végzünk (biológiai
Tartalom. A citoszkeleton meghatározása. Citoszkeleton. Mozgás a biológiában A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER 12/9/2016
Tartalom A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER Nyitrai Miklós, 2016 november 29. 1. Mi a citoszkeleton? 2. Polimerizáció, polimerizációs egyensúly 3. Filamentumok osztályozása 4. Motorfehérjék A citoszkeleton meghatározása
Biofizika I 2013-2014 2014.12.02.
ÁTTEKINTÉS AZ IZOM TÍPUSAI: SZERKEZET és FUNKCIÓ A HARÁNTCSÍKOLT IZOM SZERKEZETE MŰKÖDÉSÉNEK MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSA IZOM MECHANIKA Biofizika I. -2014. 12. 02. 03. Dr. Bugyi Beáta PTE ÁOK Biofizikai Intézet
Polimerek fizikai, mechanikai, termikus tulajdonságai
SZÉCHENYI ISTVÁN EGYETEM ANYAGISMERETI ÉS JÁRMŰGYÁRTÁSI TANSZÉK POLIMERTECHNIKA NGB_AJ050_1 Polimerek fizikai, mechanikai, termikus tulajdonságai DR Hargitai Hajnalka 2011.10.05. BURGERS FÉLE NÉGYPARAMÉTERES
A fehérjék szerkezeti hierarchiája. Fehérje-szerkezetek! Klasszikus szerkezet-funkció paradigma. szekvencia. funkció. szerkezet! Myoglobin.
Myoglobin Fehérje-szerkezetek! MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGGQEVLIRLFK GPETLEKFDKFKLKSEDEMKASE DLKKGATVLTALGGILKKKGEAEIKPLAQSA TKKIPVKYLEFISECIIQVLQSK PGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG Fuxreiter Mónika! Debreceni
Hemoglobin - myoglobin. Konzultációs e-tananyag Szikla Károly
Hemoglobin - myoglobin Konzultációs e-tananyag Szikla Károly Myoglobin A váz- és szívizom oxigén tároló fehérjéje Mt.: 17.800 153 aminosavból épül fel A lánc kb 75 % a hélix 8 db hélix, köztük nem helikális
Immunológia alapjai előadás MHC. szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás.
Immunológia alapjai 5-6. előadás MHC szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás. Antigén felismerés Az ellenanyagok és a B sejt receptorok natív formában
A citoszkeletális rendszer
A citoszkeletális rendszer A citoszkeletális filamentumok típusai, polimerizációja, jellemzıik, mechanikai tulajdonságaik. Asszociált fehérjék 2013.09.24. Citoszkeleton Fehérjékbıl felépülı, a sejt vázát
PhD DISSZERTÁCIÓ TÉZISEI
Budapesti Muszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Fizikai Kémia Tanszék MTA-BME Lágy Anyagok Laboratóriuma PhD DISSZERTÁCIÓ TÉZISEI Mágneses tér hatása kompozit gélek és elasztomerek rugalmasságára Készítette:
A kálium-permanganát és az oxálsav közötti reakció vizsgálata 9a. mérés B4.9
A kálium-permanganát és az oxálsav közötti reakció vizsgálata 9a. mérés B4.9 Név: Pitlik László Mérés dátuma: 2014.12.04. Mérőtársak neve: Menkó Orsolya Adatsorok: M24120411 Halmy Réka M14120412 Sárosi
Al-Mg-Si háromalkotós egyensúlyi fázisdiagram közelítő számítása
l--si háromalkotós egyensúlyi fázisdiagram közelítő számítása evezetés Farkas János 1, Dr. Roósz ndrás 1 doktorandusz, tanszékvezető egyetemi tanár Miskolci Egyetem nyag- és Kohómérnöki Kar Fémtani Tanszék
Biológiai makromolekulák szerkezete
Biológiai makromolekulák szerkezete Biomolekuláris nemkovalens kölcsönhatások Elektrosztatikus kölcsönhatások (sóhidak: 4-6 kcal/m, dipól-dipól: ~10-1 kcal/m Diszperziós erők (~10-2 kcal/m) Hidrogén hidak
Hőmérsékleti sugárzás
Ideális fekete test sugárzása Hőmérsékleti sugárzás Elméleti háttér Egy ideális fekete test leírható egy egyenletes hőmérsékletű falú üreggel. A fala nemcsak kibocsát, hanem el is nyel energiát, és spektrális
Részletes szakmai beszámoló Az erbb proteinek asszociációjának kvantitatív jellemzése című OTKA pályázatról (F049025)
Részletes szakmai beszámoló Az erbb proteinek asszociációjának kvantitatív jellemzése című OTKA pályázatról (F049025) A pályázat megvalósítása során célunk volt egyrészt a molekulák asszociációjának tanulmányozására
Mikroszkóp vizsgálata és folyadék törésmutatójának mérése (8-as számú mérés) mérési jegyzõkönyv
(-as számú mérés) mérési jegyzõkönyv Készítette:, II. éves fizikus... Beadás ideje:... / A mérés leírása: A mérés során egy mikroszkóp különbözõ nagyítású objektívjeinek nagyítását, ezek fókusztávolságát
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség Osváth Szabolcs Evans-Searles fluktuációs tétel Denis J Evans, Ezechiel DG Cohen, Gary P Morriss (1993) Denis J Evans, Debra
Fehérjék nanomechanikai tulajdonságainak vizsgálata Atomi Er Mikroszkópiával NEMES CSILLA
DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI Fehérjék nanomechanikai tulajdonságainak vizsgálata Atomi Er Mikroszkópiával NEMES CSILLA Témavezet : Dr. Rozlosnik Noémi ELTE, Biológiai Fizika Tanszék Semmelweis Orvostudományi
EGYMOLEKULA BIOFIZIKA
Simons, Kai Ikonen, Elina (1997): Functional Rafts in Cell Membranes. Nature. 387, 6633, 569 572. DOI:10.1038/42408 Singer, Seymour J. Nicolson, Garth L. (1972): The Fluid Mosaic Model of The Structure
Egyedi molekula vizsgálatok
Élő sejtben: molekulagépezetek sokasága Egyedi molekula vizsgálatok Kellermayer Miklós Tovakúszó keratinocita Mikrotubulus dinamikus instabilitás Vezikulum transzport kinezinnel Fehérjeszintézis riboszómán
BIOMECHANIKA 2 Erőhatások eredete és következményei biológiai rendszerekben
BIOMECHANIKA 2 Erőhatások eredete és következményei biológiai rendszerekben A MOZGÁS MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSAI MOLEKULÁRIS MOZGÁS MOTORFEHÉRJÉK DR. BUGYI BEÁTA - BIOFIZIKA ELŐADÁS PÉCSI TUDOMÁNYEGYETEM
Mikroszkóp vizsgálata Folyadék törésmutatójának mérése
KLASSZIKUS FIZIKA LABORATÓRIUM 8. MÉRÉS Mikroszkóp vizsgálata Folyadék törésmutatójának mérése Mérést végezte: Enyingi Vera Atala ENVSAAT.ELTE Mérés időpontja: 2011. október 12. Szerda délelőtti csoport
Makromolekulák. Fehérjetekeredé. rjetekeredés. Biopolimer. Polimerek
Biopolimerek Makromolekulá Makromolekulák. Fehé Fehérjetekeredé rjetekeredés. Osztódó sejt magorsófonala 2011. November 16. Huber Tamá Tamás Dohány levél epidermális sejtjének aktin hálózata Bakteriofágból
Fehérjék nyomás által indukált szerkezetváltozásainak jellemzése infravörös és fluoreszcencia spektroszkópiai módszerekkel
Fehérjék nyomás által indukált szerkezetváltozásainak jellemzése infravörös és fluoreszcencia spektroszkópiai módszerekkel Doktori tézisek Somkuti Judit Semmelweis Egyetem Elméleti Orvostudományok Doktori
Bio-nanorendszerek. Vonderviszt Ferenc. Pannon Egyetem Nanotechnológia Tanszék
Bio-nanorendszerek Vonderviszt Ferenc Pannon Egyetem Nanotechnológia Tanszék Technológia: képesség az anyag szerkezetének, az anyagot felépítő részecskék elrendeződésének befolyásolására. A technológiai
A titin óriásfehérje nanomechanikája
A titin óriásfehérje nanomechanikája Doktori értekezés Mártonfalvi Zsolt Semmelweis Egyetem Elméleti Orvostudományok Doktori Iskola Témavezető: Dr. Kellermayer Miklós egyetemi tanár, D.Sc. Hivatalos bírálók:
Modern Fizika Labor. 17. Folyadékkristályok
Modern Fizika Labor Fizika BSc A mérés dátuma: 2011. okt. 11. A mérés száma és címe: 17. Folyadékkristályok Értékelés: A beadás dátuma: 2011. okt. 23. A mérést végezte: Domokos Zoltán Szőke Kálmán Benjamin
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER FUTÓ KINGA
A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER FUTÓ KINGA 2013.10.09. CITOSZKELETON - DEFINÍCIÓ Fehérjékből felépülő, a sejt vázát alkotó intracelluláris rendszer. Eukarióta és prokarióta sejtekben egyaránt megtalálható.
Egy antifungális diszulfid fehérje szerkezeti dinamikája és hideg/meleg kitekeredése (avagy PAF, a hűvös sárkány)
Egy antifungális diszulfid fehérje szerkezeti dinamikája és hideg/meleg kitekeredése (avagy PAF, a hűvös sárkány) Batta Gyula Debreceni Egyetem Szerkezeti Biológiai és Molekuláris Felismerési Műhely structbiol.unideb.hu
Modern Fizika Labor. 11. Spektroszkópia. Fizika BSc. A mérés dátuma: dec. 16. A mérés száma és címe: Értékelés: A beadás dátuma: dec. 21.
Modern Fizika Labor Fizika BSc A mérés dátuma: 2011. dec. 16. A mérés száma és címe: 11. Spektroszkópia Értékelés: A beadás dátuma: 2011. dec. 21. A mérést végezte: Domokos Zoltán Szőke Kálmán Benjamin
NÖVÉNYÉLETTAN. Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0010
NÖVÉNYÉLETTAN Az Agrármérnöki MSc szak tananyagfejlesztése TÁMOP-4.1.2-08/1/A-2009-0010 Sejtfal szintézis és megnyúlás Környezeti tényezők hatása a növények növekedésére és fejlődésére Előadás áttekintése
Citoszkeleton. Sejtek rugalmassága. Polimer mechanika: Hooke-rugalmasság. A citoszkeleton filamentumai. Fogászati anyagtan fizikai alapjai 12.
Fogászati anyagtan fizikai alapjai 12. Sejtek rugalmassága Citoszkeleton Eukariota sejtek dinamikus vázrendszere Három fő filamentum-osztály: A. Vékony (aktin) B. Intermedier C. Mikrotubulus Polimerizáció:
FLAGELLINALAPÚ MOLEKULÁRIS OBJEKTUMOK LÉTREHOZÁSA. Sebestyén Anett
Pannon Egyetem Műszaki Informatikai Kar Nanotechnológia Tanszék FLAGELLINALAPÚ MOLEKULÁRIS OBJEKTUMOK LÉTREHOZÁSA Doktori (PhD) értekezés tézisei Sebestyén Anett Környezettudományok Doktori Iskola Témavezető:
Biopolimer 12/7/09. Makromolekulák szerkezete. Fehérje szerkezet, és tekeredés. DNS. Polimerek. Kardos Roland DNS elsődleges szerkezete
Biopolimerek Makromolekulák szerkezete. Fehérje szerkezet, és tekeredés. Osztódó sejt magorsófonala Kardos Roland 2009.10.29. Dohány levél epidermális sejtjének aktin hálózat Bakteriofágból kiszabaduló
Immunológia alapjai előadás. Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői.
Immunológia alapjai 3 4. előadás Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői. Az antigén fogalma. Antitestek, T- és B- sejt receptorok: molekuláris szerkezet, funkciók, alcsoportok Az antigén meghatározása
TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL
TRIPSZIN TISZTÍTÁSA AFFINITÁS KROMATOGRÁFIA SEGÍTSÉGÉVEL Az egyes biomolekulák izolálása kulcsfontosságú a biológiai szerepük tisztázásához. Az affinitás kromatográfia egyszerűsége, reprodukálhatósága
Célkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése
Célkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése Ferenczy György Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biokémiai folyamatok - Ligandum-fehérje kötődés
A KAR-2, egy antimitotikus ágens egyedi farmakológiájának atomi és molekuláris alapjai
A KAR-2, egy antimitotikus ágens egyedi farmakológiájának atomi és molekuláris alapjai A doktori értekezés tézisei Horváth István Eötvös Loránd Tudományegyetem Biológia Doktori Iskola (A Doktori Iskola
3. Mesterséges izom:
3. Mesterséges izom: Erősíts polimer horgászzsinórt egy elektromos fúróra, majd kezdd el feltekerni a megfeszített zsinórt. Egy idő után a zsinóron rugó-szerű elrendezésben feszes spirálok képződnek. Hő
ERD14: egy funkcionálisan rendezetlen dehidrin fehérje szerkezeti és funkcionális jellemzése
Doktori értekezés tézisei ERD14: egy funkcionálisan rendezetlen dehidrin fehérje szerkezeti és funkcionális jellemzése DR. SZALAINÉ ÁGOSTON Bianka Ildikó Témavezetők Dr. PERCZEL András egyetemi tanár és
A módszerek jelentősége. Gyors-kinetika módszerek. A módszerek közös tulajdonsága. Milyen módszerekről tanulunk?
Gyors-kinetika módszerek módszerek jelentősége 2010. március 9. Nyitrai Miklós biológiai mechanizmusok megértése; iológiai folyamatok időskálája; Vándorló melanocita (Victor SMLL). ms skálán való mérések.
Immunológia alapjai előadás Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői. Az antigén fogalma. Antitestek, T- és B-sejt receptorok:
Immunológia alapjai 3 4. előadás Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői. Az antigén fogalma. Antitestek, T- és B-sejt receptorok: molekuláris szerkezet, funkciók, alcsoportok Az antigén meghatározása
Immunológia alapjai 5-6. előadás MHC szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás.
Immunológia alapjai 5-6. előadás MHC szerkezete és genetikája, és az immunológiai felismerésben játszott szerepe. Antigén bemutatás. Az immunrendszer felépítése Veleszületett immunitás (komplement, antibakteriális
Rövid anyagtudomány. Biomolekulák és sejtek mechanikai tulajdonságai ÉL SEJT: MOLEKULAGÉPEZETEK SOKASÁGA MIÉRT EGYEDI MOLEKULÁK?
Egészségügyi Mérnök MSc ÉL SEJT: MOLEKULAGÉPEZETEK SOKASÁGA Biomolekulák és sejtek mechanikai tulajdonságai Tovacsúszó keratinocita Mikrotubulus dinamikus instabilitás Kellermayer Miklós Semmelweis Egyetem
Kvalitatív elemzésen alapuló reakciómechanizmus meghatározás
Kvalitatív elemzésen alapuló reakciómechanizmus meghatározás Varga Tamás Pannon Egyetem, Folyamatmérnöki Intézeti Tanszék IX. Alkalmazott Informatika Konferencia ~ AIK 2011 ~ Kaposvár, Február 25. Tartalom
Kutatási beszámoló ( )
Kutatási beszámoló (2008-2012) A thrombocyták aktivációja alapvető jelentőségű a thrombotikus betegségek kialakulása szempontjából. A pályázat során ezen aktivációs folyamatok mechanizmusait vizsgáltuk.
Immunológia alapjai előadás. Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői
Immunológia alapjai 3 4. előadás Az immunológiai felismerés molekuláris összetevői Az antigén fogalma. Antitestek, T- és B- sejt receptorok: molekuláris szerkezet, funkciók, alcsoportok Az antigén meghatározása
Az élő sejt fizikai Biológiája: motorfehérjék, egyensúlytól távoli folyamatok
Tematika Az élő sejt fizikai Biológiája: motorfehérjék, egyensúlytól távoli folyamatok Kellermayer Miklós Motorfehérjék működése. A munkaciklus Egyensúlytól távoli folyamatok. Erővezérelt fehérjegombolyodás.
KÉRDŐÍV PÁLYÁZATOK ELBÍRÁLÁSÁNAK SZEMPONTJAIHOZ
KÉRDŐÍV PÁLYÁZATOK ELBÍRÁLÁSÁNAK SZEMPONTJAIHOZ A megpályázott munkakör: A megpályázott beosztás: EGYETEMI DOCENS IGAZGATÓ A PÁLYÁZÓ NEVE: Dr. Kellermayer Miklós Sándor Zoltán Születési éve: 1964 A megpályázott
A II. kategória Fizika OKTV mérési feladatainak megoldása
Nyomaték (x 0 Nm) O k t a t á si Hivatal A II. kategória Fizika OKTV mérési feladatainak megoldása./ A mágnes-gyűrűket a feladatban meghatározott sorrendbe és helyre rögzítve az alábbi táblázatban feltüntetett
Abszorpció, emlékeztetõ
Hogyan készültek ezek a képek? PÉCI TUDMÁNYEGYETEM ÁLTALÁN RVTUDMÁNYI KAR Fluoreszcencia spektroszkópia (Nyitrai Miklós; február.) Lumineszcencia - elemi lépések Abszorpció, emlékeztetõ Energia elnyelése
Fehérjeszerkezet, és tekeredés
Fehérjeszerkezet, és tekeredés Futó Kinga 2013.10.08. Polimerek Polimer: hasonló alegységekből (monomer) felépülő makromolekulák Alegységek száma: tipikusan 10 2-10 4 Titin: 3,435*10 4 aminosav C 132983
-Két fő korlát: - asztrogliák rendkívüli morfológiája -Ca szignálok értelmezési nehézségei
Nature reviewes 2015 - ellentmondás: az asztrociták relatív lassú és térben elkent Ca 2+ hullámokkal kommunikálnak a gyors és pontos neuronális körökkel - minőségi ugrás kell a kísérleti és analitikai
Mérési adatok illesztése, korreláció, regresszió
Mérési adatok illesztése, korreláció, regresszió Korreláció, regresszió Két változó mennyiség közötti kapcsolatot vizsgálunk. Kérdés: van-e kapcsolat két, ugyanabban az egyénben, állatban, kísérleti mintában,
2. Hangfrekvenciás mechanikai rezgések vizsgálata jegyzőkönyv. Zsigmond Anna Fizika Bsc II. Mérés dátuma: Leadás dátuma:
2. Hangfrekvenciás mechanikai rezgések vizsgálata jegyzőkönyv Zsigmond Anna Fizika Bsc II. Mérés dátuma: 2008. 09. 24. Leadás dátuma: 2008. 10. 01. 1 1. Mérések ismertetése Az 1. ábrán látható összeállításban
A harántcsíkolt izom struktúrája általános felépítés
harántcsíkolt izom struktúrája általános felépítés LC-2 Izom LC1/3 Izom fasciculus LMM S-2 S-1 HMM rod Miozin molekula S-1 LMM HMM S-2 S-1 Izomrost H Band Z Disc csík I csík M Z-Szarkomér-Z Miofibrillum
Vezetők elektrosztatikus térben
Vezetők elektrosztatikus térben Vezető: a töltések szabadon elmozdulhatnak Ha a vezető belsejében a térerősség nem lenne nulla akkor áram folyna. Ha a felületen a térerősségnek lenne tangenciális (párhuzamos)
Modern Fizika Labor. 2. Elemi töltés meghatározása
Modern Fizika Labor Fizika BSC A mérés dátuma: 2011.09.27. A mérés száma és címe: 2. Elemi töltés meghatározása Értékelés: A beadás dátuma: 2011.10.11. A mérést végezte: Kalas György Benjámin Németh Gergely
Reakciókinetika. Általános Kémia, kinetika Dia: 1 /53
Reakciókinetika 9-1 A reakciók sebessége 9-2 A reakciósebesség mérése 9-3 A koncentráció hatása: a sebességtörvény 9-4 Nulladrendű reakció 9-5 Elsőrendű reakció 9-6 Másodrendű reakció 9-7 A reakciókinetika
Az enzimműködés termodinamikai és szerkezeti alapjai
2017. 02. 23. Dr. Tretter László, Dr. Kolev Kraszimir Az enzimműködés termodinamikai és szerkezeti alapjai 2017. február 27., március 2. 1 Mit kell(ene) tudni az előadás után: 1. Az enzimműködés termodinamikai
Flagellin alapú filamentáris nanoszerkezetek létrehozása
Flagellin alapú filamentáris nanoszerkezetek létrehozása Vonderviszt Ferenc PE MÜKKI Bio-Nanorendszerek Laboratórium MTA Enzimológiai Intézete MTA MFA Bakteriális flagellumok Flagelláris filamentum: ~10
A fény tulajdonságai
Spektrofotometria A fény tulajdonságai A fény, mint hullámjelenség (lambda) (nm) hullámhossz (nű) (f) (Hz, 1/s) frekvencia, = c/ c (m/s) fénysebesség (2,998 10 8 m/s) (σ) (cm -1 ) hullámszám, = 1/ A amplitúdó
Elválasztástechnikai és bioinformatikai kutatások. Dr. Harangi János DE, TTK, Biokémiai Tanszék
Elválasztástechnikai és bioinformatikai kutatások Dr. Harangi János DE, TTK, Biokémiai Tanszék Fő kutatási területek Enzimek vizsgálata mannozidáz amiláz OGT Analitikai kutatások Élelmiszer analitika Magas
A diffúzió leírása az anyagmennyiség időbeli változásával A diffúzió leírása a koncentráció térbeli változásával
Kapcsolódó irodalom: Kapcsolódó multimédiás anyag: Az előadás témakörei: 1.A diffúzió fogalma 2. A diffúzió biológiai jelentősége 3. A részecskék mozgása 3.1. A Brown mozgás 4. Mitől függ a diffúzió erőssége?
Makromolekulák. Biológiai makromolekulák. Peptidek és fehérjék. Biológiai polimerek. Nukleinsavak (DNS vagy RNS) Poliszacharidok. Peptidek és fehérjék
Biológiai makromolekulák Makromolekulák A makromolekulák agyszámba ismétlődő, kovales kötéssel összekapcsolt kis egységekből (molekulából) felépülő egységek. Típusok: Szitetikus polimerek Pl. poly(viyl
Biofizika I 2013-2014 2014.12.03.
Biofizika I. -2014. 12. 02. 03. Dr. Bugyi Beáta PTE ÁOK Biofizikai Intézet A KERESZTHÍD CIKLUSHOZ KAPCSOLÓDÓ ERŐKIEJTÉS egy kereszthíd ciklus során a miozin II fej elmozdulása: í ~10 nm 10 10 egy kereszthíd
A biológiai mozgás molekuláris mechanizmusai
BIOLÓGIAI MOZGÁSOK A biológiai mozgás molekuláris mechanizmusai Kollektív mozgás Szervezet mozgása ( Az évszázad ugrása ) Szerv mozgás BIOLÓGIAI MOZGÁSOK BIOLÓGIAI MOZGÁSOK Ritmusosan összehúzódó szívizomsejt
Modern mikroszkópiai módszerek 2 2011 2012
FLUORESZCENCIA MIKROSZKÓPIA A mintának a megvilágító fény által kiváltott fluoreszcencia emisszióját képezzük le. 1 Bugyi Beáta - PTE ÁOK Biofizikai Intézet 2 FLUOROFÓROK BELSŐ (INTRINSIC) FLUORESZCENCIA
Rövid ismertető. Modern mikroszkópiai módszerek. A mikroszkóp. A mikroszkóp. Az optikai mikroszkópia áttekintése
Rövid ismertető Modern mikroszkópiai módszerek Nyitrai Miklós 2010. március 16. A mikroszkópok csoportosítása Alapok, ismeretek A működési elvek Speciális módszerek A mikroszkópia története ld. Pdf. Minél
Biomolekuláris nanotechnológia. Vonderviszt Ferenc PE MÜKKI Bio-Nanorendszerek Laboratórium
Biomolekuláris nanotechnológia Vonderviszt Ferenc PE MÜKKI Bio-Nanorendszerek Laboratórium Az élő szervezetek példája azt mutatja, hogy a fehérjék és nukleinsavak kiválóan alkalmasak önszerveződő molekuláris
Rezervoár kőzetek gázáteresztőképességének. fotoakusztikus detektálási módszer segítségével
Rezervoár kőzetek gázáteresztőképességének vizsgálata fotoakusztikus detektálási módszer segítségével Tóth Nikolett II. PhD hallgató SZTE Környezettudományi Doktori Iskola 2012. augusztus 30. Budapest,
Fogorvosi anyagtan fizikai alapjai 6.
Fogorvosi anyagtan fizikai alapjai 6. Mechanikai tulajdonságok 1. Kiemelt témák: Rugalmas alakváltozás Merevség és összefüggése a kötési energiával A geometriai tényezők szerepe egy test merevségében Tankönyv
Modern Fizika Labor. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: Az optikai pumpálás. A beadás dátuma: A mérést végezte:
Modern Fizika Labor A mérés dátuma: 2005.10.19. A mérés száma és címe: 7. Az optikai pumpálás Értékelés: A beadás dátuma: 2005.10.28. A mérést végezte: Orosz Katalin Tóth Bence Optikai pumpálás segítségével
Modern Fizika Labor. A mérés száma és címe: A mérés dátuma: Értékelés: Infravörös spektroszkópia. A beadás dátuma: A mérést végezte:
Modern Fizika Labor A mérés dátuma: 2005.10.26. A mérés száma és címe: 12. Infravörös spektroszkópia Értékelés: A beadás dátuma: 2005.11.09. A mérést végezte: Orosz Katalin Tóth Bence 1 A mérés során egy
Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis
Szerkezet Protein Data Bank (PDB) http://www.rcsb.org/pdb ~ 35 701 szerkezet közepes felbontás 1552 szerkezet d 1.5 Å 160 szerkezet d 1.0 Å 10 szerkezet d 0.8 Å (atomi felbontás) E globális minimum? funkció
RÉSZLETES BESZÁMOLÓ Az OTKA által támogatott konzorcium működésében az Uzsoki utcai Kórház feladata a szövetminták gyűjtése, előzetes feldolgozása, ill. a betegek utánkövetése, valamint az utánkövétésre
Katalízis. Tungler Antal Emeritus professzor 2017
Katalízis Tungler Antal Emeritus professzor 2017 Fontosabb időpontok: sósav oxidáció, Deacon process 1860 kéndioxid oxidáció 1875 ammónia oxidáció 1902 ammónia szintézis 1905-1912 metanol szintézis 1923
11/15/10! A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER! Polimerizáció! Polimerizációs egyensúly! Erő iránya szerint:! 1. valódi egyensúly (aktin)" Polimer mechanika!
11/15/10! A CITOSZKELETÁLIS RENDSZER! 1. Mi a citoszkeleton?! 2. Polimerizáció, polimerizációs egyensúly! 3. Filamentumok osztályozása! Citoszkeleton : Eukariota sejtek dinamikus vázrendszere! Három fő
[S] v' [I] [1] Kompetitív gátlás
8. Szeminárium Enzimkinetika II. Jelen szeminárium során az enzimaktivitás szabályozásával foglalkozunk. Mivel a klinikai gyakorlatban használt gyógyszerhatóanyagok jelentős része enzimgátló hatással bír
A sztereoizoméria hatása peptidek térszerkezetére és bioaktivitására OTKA PD Szakmai zárójelentés. Dr. Leitgeb Balázs
A sztereoizoméria hatása peptidek térszerkezetére és bioaktivitására OTKA PD 78554 Szakmai zárójelentés Dr. Leitgeb Balázs A projekt során azt tanulmányoztam, hogy a sztereoizoméria milyen hatásokat fejt
Peptid- és fehérjék másodlagos-, harmadlagos- és negyedleges szerkezete
Peptid- és fehérjék másodlagos-, harmadlagos- és negyedleges szerkezete Polipeptidek térszerkezete Tipikus (rendezett) konformerek em tipikus (rendezetlen) konformerek Periodikus vagy homokonformerek Aperiodikus
Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 5. mérés: Elektronspin rezonancia. 2008. március 18.
Modern Fizika Labor Fizika BSc A mérés dátuma: 28. március 18. A mérés száma és címe: 5. mérés: Elektronspin rezonancia Értékelés: A beadás dátuma: 28. március 26. A mérést végezte: 1/7 A mérés leírása:
Biomolekuláris rendszerek. vizsgálata. Semmelweis Egyetem. Osváth Szabolcs. A mikroszkópok legfontosabb típusai
Mekkorák a dolgok? Semmelweis Egyetem szabolcs.osvath@eok.sote.hu Osváth Szabolcs Biomolekuláris rendszerek vizsgálata Hans Jansen és Zacharias Jansen 1590-ben összetett mikroszkópot épít - pásztázó mikroszkópok
Polimerek alkalmazástechnikája BMEGEPTAGA4
Polimerek alkalmazástechnikája BMEGEPTAGA4 2015. október 21. Dr. Mészáros László A gyártástechnológia hatása PA 6 esetén 2 Gyártástechnológia Szakítószilárdság [MPa] Extrudálás 50 65 Tömbpolimerizáció
Molekuláris dinamika I. 10. előadás
Molekuláris dinamika I. 10. előadás Miről is szól a MD? nagy részecskeszámú rendszerek ismerjük a törvényeket mikroszkópikus szinten minden részecske mozgását szimuláljuk? Hogyan tudjuk megérteni a folyadékok,
XXXVI. KÉMIAI ELŐADÓI NAPOK
Magyar Kémikusok Egyesülete Csongrád Megyei Csoportja és a Magyar Kémikusok Egyesülete rendezvénye XXXVI. KÉMIAI ELŐADÓI NAPOK Program és előadás-összefoglalók Szegedi Akadémiai Bizottság Székháza Szeged,