Rendszertan. Fajfogalom. Fajba sorolás. Nevezéktan. Az élőlények rendszere Nevezéktan és taxonómia A kórokozó mikroorganizmusok csoportjai

Átírás

1 Rendszertan Nevezéktan és taxonómia A kórokozó mikroorganizmusok csoportjai Domain Ország (kingdom) Törzs (phylum) Osztály (classis) Rend (ordo) Család (familia) Nemzetség (genus) Faj (species) Eukarya Protista Kinetoplastida Haemosporidea Haemosporidia Plasmodiaceae Plasmodium falciparum Fajfogalom Hagyományos rokon egyedek csoportja Az aszexuálisan szaporodó élőlények (így a mikrobák nagy része) esetén a hagyományos fajfogalom helyett a genetikai hasonlóság egy bizonyos szintjeként határozzuk meg a faj fogalmát. Genomospecies genetikailag egységes species Fajkomplex a hagyományos módszerekkel (biokémiai aktivitás, szerológia) egy fajba sorolt, de genetikailag külön fajba tartozó genom-speciesek összessége (pl. M. tuberculosis complex M. tuberculosis, M. bovis, M. africanum és M. caprae) Egyes esetekben genetikailag egy fajba tartozó, de patogenetikailag különböző csoportokat külön fajként, esetleg külön genusként tartunk nyilván (Neisseria meningitidisés N. gonorrhoeae; Escherichia coli és Shigella spp.) Fajba sorolás Kritériumok DNS-DNS hibridizáció Konzervatív gének szekvenciái (rdns, rpob) Meghatározás Még mindig főképpen a fenotípus vizsgálata útján Biokémiai tesztek Esetleg szerológiai tulajdonságok A taxonómiai változásokat az orvosi mikrobiológia lassan követi, sokszor a hagyományos elnevezés és besorolás van elterjedve Nevezéktan Az élőlények rendszere Linné genus név species név (subspecies név) (variáns) Escherichia coli Staphylococcus cohnii ssp. cohnii Salmonella enterica ssp. Enterica sv. Typhi Faj alatti kategóriák: Alfaj Biovariánsok és szerovariánsok Izolátum egy mintából kitenyésztett (izolált) csoport Törzs, klón genetikailag rokon izolátumok csoportja Archaea (Crenarchaeot Euryarchaeot Nanoarchaeot Korachaeota) Extremofilek Metanogéne k Eubacteria Eukarya (Protist Chromist gombák, növények, állatok) Vírusok (DNS- RNSvírusok) 1

2 Humán patogén eubaktériumok Gram pozitívok Proteobacteria α-proteobacteria (Ehrlichi Bartonell Brucell Rickettsi Rhizobium) β-proteobacteria (Neisseri Burkholderi Alcaligenes) γ-proteobacteria (Aeromonas, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Vibrio) δ-proteobacteria ε-proteobacteria (Helicobacter, Campylobacter) Spirochaeták Chlamydiák Bacteroidetes Fusobacteria A baktériumok csoportosítása Nem taxonómiai alapokon történik Gram festés (sejtfalszerkezet alapján), ezen belül alak alapján Gram pozitívok (filogenetikailag rokonok) Gram negatívok (filogenetikailag igen diverzek) Sejtfal nélküli baktériumok (Mycoplasmatales; a Gram pozitívok filogenetikai rokonai) Saválló (sejtfalú) baktériumok (Mycobacteriumok; a Gram pozitívok filogenetikai rokonai) Nem festhető baktériumok (egyéb) (Rickettsi Chlamydi spirochaeták; filogenetikailag diverzek) Oxigénigény alapján Obligát aerob Aerotoleráns Fakultatív anaerob Obligát anaerob Mikroaerofil Gram pozitív baktériumok Gram pozitív coccusok Staphylococcusok Streptococcusok Gram pozitív pálcák Bacillus Listeria Corynebacterium Eubacterium Clostridium Actinomyces Propionibacterium Gardnerella Gram-szerint nem festhető baktériumok Saválló baktériumok Mycobacterium Nocardia Sejtfal nélküli baktériumok Mycoplasma Gram pozitív coccusok Staphylococcus Koaguláz pozitív S. aureus Koaguláz negatív S. epidermidis, S. haemolyticus, S. lugdunensis) Streptococcus Streptococcus S. pyogenes, S. agalactiae, S.pneumoniae, stb. Enterococcus E. faecalis, E. faecium, stb. Peptostreptococcus (obligát anaerob) 2

3 Gram pozitív pálcák Aerob/fakultatív anaerob: Bacillus B. anthracis, B. cereus, B. subtilis Listeria L. monocytogenes Corynebacterium C. diphtheriae, C. jeikeium, stb. Obligát anaerob: Eubacterium E. lentum Clostridium C. tetani, C. botulinum, C. perfringens, stb. Actinomyces A. israeli, A. naeslundii, stb. Propionibacterium P. acnes Gardnerella G. vaginalis Bacillus anthracis Clostridium tetani Corynebacterium diphtheriae Actinomyces israelii Saválló és sejtfal nélküli baktériumok Savállók(az Actinomycetes genetikai rokonai) Mycobacterium M. tuberculosis(complex), M. leprae, stb. Gyengén savállók (az Actinomycetes genetikai rokonai) Nocardia N. farcinic stb. (aktuálisan változó taxonómia) (ritka humán patogének Rhodococcus) Sejtfal nélküli baktériumok Mycoplasma M. hominis, M. pneumoniae, stb. Ureaplasma U. urealyticum Saválló festés (Ziehl-Neelsen) M. tuberculosis (LJ medium) Gram negatív baktériumok Gram negatív coccusok és coccobacillusok Neisseria Haemophilus Moraxella Acinetobacter Pasteurella Bordetella Francisella Brucella Veilonella Gram negatív pálcák Enterobacteriaceae Pseudomonadok Aeromonas Gram negatív anaerob pálcák Streptobacillus Gram negatív hajlított pálcák Vibrio Helicobacter Campylobacter Intracelluláris Gram negatív baktériumok Spirillum Spirochaeta Gram negatív coccusok és coccobacillusok Neisseria N. gonorrhoeae, N. meningitidis (genetikailag egyetlen faj) Haemophilus H. influenzae, H. ducreyi, stb. Moraxella M. lacunat M. (Branhamella) catarrhalis Acinetobacter A. baummannii (complex), A. lwoffii, stb. Pasteurella P. multocid stb. Bordetella B. pertussis, stb. Francisella F. tularensis Brucella B. melitensis, B. abortus, B. canis, B. suis Veillonella V. parvula(obligát anaerob) 3

4 Neisseria gonorrhoeae Francisella tularensis Gram negatív pálcák Enterobacteriaceae Escherichia E. coli Shigella (az E. coli-val egy genom-species) S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii, S. sonnei Salmonella S. enteric S. bongori (bonyolult nevezéktan szerológiai sajátságok alapján) Klebsiella K. pneumoniae, K. oxytoca Enterobacter E. aerogenes, E. cloacae, stb. Citrobacter C. freundii(complex), C. koseri, stb. Proteus P. mirabilis, P. morganii, P. vulgaris Serratia S. marcenscens, stb. további számos genus, sok közöttük lehet opportunista patogén Acinetobacter sp. Gram negatív pálcák Pseudomonadok(a taxonómia sokat változott, még mindig kérdéses) Pseudomonas P. aeruginos stb. Stenotrophomonas S. maltophilia Burkholderia B. cepacia(complex), B. mallei, B. pseudomallei, stb. további számos genus, sok közöttük lehet opportunista patogén Aeromonadok (a taxonómia sokat változott, még mindig kérdéses) Aeromonas taxonómiailag bizonytalan fajok, A. sobri stb. Plesiomonas P. shigelloides Obligát anaerobok (filogenetikailag két független nagy csoport) Bacteroides B. fragilis, stb. Prevotella P. melaninogenic stb. Porphyromonas P. gingivalis, stb. Fusobacterium F. nucleatum, F. necrophorum, stb. (filogenetikailag az előző három rokon csoporttól különbözik) Streptobacillus S. moniliformis(patkányharapási láz) Gram negatív hajlított pálcák Vibrio V. cholerae, V. vulnificus, V. parahaemolyticus, stb. Helicobacter H. pylori Campylobacter C. fetus, C. jejuni, C. coli, stb. Arcobacter A. butzleri, stb. Intracelluláris Gram negatív baktériumok Chlamydia (ATP parazita) Chlamydia C. trachomatis Chlamydophila (régebben Chlamydia) C. psittaci, C. pneumoniae további számos genus, közülük többről felmerült patogén szerep Rickettsia(NAD parazita) Rickettsia R. prowazeckii, R. slovac stb. Orientia (régebben Rickettsia) O. tsutsugamushi Coxiella C. burnettii Ehrlichia Ehrlichia E. chafeensis, E. sennetsu, E. ewingi Anaplasma A. phagocytophylum Bartonella(táptalajon tenyészthető) Bartonella B. quintan B. bacilliformis, B. henselae, stb. Legionella (táptalajon tenyészthető) L. pneumophil L. micdadei, stb. Spirillumok és spirochaeták Spirillum S. minor Spirochaeták Treponema T. pallidum ssp. pallidum, T. pertenue, T. vincenti stb. Borrelia B. recurrentis, B. burgdorferi, stb. Leptospira L. icterohaemorrhagiae(a taxonómia bonyolult) 4

5 Borrelia hermsii - Giemsa Treponema pallidum dark-field Leptospira sp. silver imp. 5