2011. január 10. 2011. április 10. IPK Gatersleben (Németország)
Gatersleben (G-life) Country State District Town Administration Germany Saxony-Anhalt Salzlandkreis Seeland Basic statistics Area 16.00 km 2 (6.1 8 sq mi) Elevation 110 m (361 ft) Population 2,272 (31 December 2009)
Az Intézet: Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Létszám ~500, 180 kutató Alapterület 90 ha Labor terület 6325 m 2 Üvegház 3054 m 2
A munkám helyszíne: Genomzentrum Osztály: Cytogenetics and Genome Analysis Csoport: Gene and Genome Mapping Csoportvezető: Marion Röder
ALFexpress II DNA Analyser electrophoresis + laser fluorescent detection system PCR fluoreszcensen jelölt Left-primerrel acrylamid/bisacrylamid monomer tartalmú gél- UV polimerizáció 1 gél (kb 20ml) 4-5x használható, egy futtatás alkalmával 40 minta, egy gélen így összesen 160-200 minta elemezhető Futtatás időtartama: 50-80 perc fragmenthossz meghatározás a külső és a mintákhoz adott belső ismert hosszúságú fluoreszcens fragmentekez viszonyítás után.
Célkitűzés: Azonosított transzlokációs vonalakon fizikai térképezés SSR markerekkel eddig nem azonosított vonal meghatározása Búza SSR markerek tesztelése Agropyron fajokon, és búzával keresztezett utódaikon 83 Xgwm (Gatersleben wheat microsatellites) 31 GBMS (Gatersleben barley microsatellites)
5H árpa kromoszóma rövig karjának teminális része Nem teljes 7D rövidkar? Mv9kr1 x Igri búza árpa transzlokációs vonal, Azonosítva FISH-sel és SSR markerekkel Teljes 7D hosszúkar A tr. töréspont közelebb lehet a telomerhez mint az eddig ismert deléciós vonalak töréspontjai 7D.5HS transzlokációs vonal GISH mintázata cél: transzlokációs töréspont meghatározás fizikai térképezésének eddigi eredményei: (Nagy et al. 2002 Genome; Molnar-Láng et al. 2005 Plant Breed.; Sepsi et al. 2009 Cereal Res.Commun.)
23 pár 7D specifikus SSR marker Az összes 7DL specifikus marker bizonyította a teljes hosszú kar jelenlétét 7 marker jelezte a 7D rövid kar terminális részének hiányát A 7 marker közül 6 nem volt még fizikailag térképezve A jelen lévő mikroszatellitek közül kettő a terminális bin-re volt térképezve (Xgwm295 and Xgwm44) 7DS hiányzó része 7DS részlet Teljes 7DL 7 hiányzó marker Xgwm1000a,Xgwm295, Xgwm1002, Xgwm0044, Xgwm974, Xgwm780, Xgwm1007, Xgwm1154, Xgwm1242, Xgwm1168, Xgwm0121a, Xgwm1276, Xgwm1102 A 6 ezidáig nem térképezett marker fizikai helye a terminalis binen van de távolabb az Xgwm44 és Xgwm295-nél
4D centromerikus fragment 5HS részlet 4D.5HS transzl. vonal GISH mintázata 4D.5HS transzlokációs vonal Chinese Spring X Betzes keresztezésből származik az 5H kromoszómát SSR markerekkel azonosították 4D centromerikus fragmentet FISH-sel azonosították Xgwm1163 Xgwm819 Xgwm165(4DL) Xgwm624(4DL) Xgwm609(4DL) 4D 4D hiányzó rész 4D hiányzó rész Tíz 4D-specifikus SSR markert alkalmaztunk (3 ugyanaz a méret búzában és árpában) 2 marker helyzete eddig ismeretlen volt, a centromer közeli régión vannak jelen Xgwm165 korábban a 4HL centromerikus régióra volt térképezve (0.00-0.31) disztálisabb részen található
4H(4D)szubsztitúciós vonal Chinese Spring ph mutáns 4HL jelenlétét korábban SSR markerekkel azonsítottuk A búza kromoszóma kar 5DL-ként azonsítottuk FISH-sel, de SSR markerekkel ezelőtt még nem erősítettük meg 5DS-specifikus markerek: Xgwm205, Xgwm190, Xgwm358, Xgwm16; 5DL-specifikus markerek: Xgwm583, Xgwm292, Xgwm639, Xgwm654, Xgwm182, Xgwm174, Xgwm269, Xgwm272, Xgwm565, Xgwm271, Xgwm805, Xgwm212 and Xgwm700. Az 5DL jelenléte bizonyított a tesztelt markerekkel, azonban a rövidkar hiányát csupán 1 marker jelezte (Xgwm190)
Thinopyrum intermedium Genom: JJ s S 2n=6x=42 Agropyron glael: Agropyron glaucum Agropyron elongatum manapság: Agropyron glael Thinopyrum ponticum Genom: JJJJ s J s 2n = 10x = 70 2001: F 1 hibrid: Mv9kr 1 Agropyron glael 2004: BC 1 2005: BC 2 2006-:tenyészkert
23 különböző vonal, szülőpartnerekkel 32 búza SSR marker főleg B- genom specifikusak 22 marker használatával kaptunk terméket Thinopyrum ponticum-on és Th. intermedium-on 9 primer pár használható Thinopyrum specifikus markerként Minden vonalban jelen vannak a vizsgált búza mikorszatellitek Minden vonal hordoz valamennyi rész Agropyron kromoszómát A molekuláris citogenetikai vizsgálatok befejezése után az SSR analízis precízebb és jelentősebb lesz.
Köszönöm a figyelmet!