Félmerev és flexibilis molekulák rezgési-forgási állapotainak kvantumkémiai számítása és jellemzése

Hasonló dokumentumok
Mátyus Edit. Prof. Dr. Császár Attila. Molekulaspektroszkópiai Laboratórium, Kémiai Intézet

Adatbázis alapú molekulaspektroszkópia

Alapvető bimolekuláris kémiai reakciók dinamikája

Császár Attila. Molekularezgések. kvantummechanikája

Kémiai reakciók dinamikája ab initio potenciális energia felületeken

Császár Attila. Molekulaszerkezet és Dinamika Laboratórium ELTE TTK, Kémiai Intézet

Adalékok molekulák rezgési-forgási színképének számításához

Nukleinsav bázis-származékok és modellpeptidek szerkezetének és önszerveződésének vizsgálata

Degenerált állapotok és nemadiabatikus folyamatok molekuláris rendszerekben

A D 2 17 O és D 2 18 O molekulák

Molekulaszerkezet és dinamika

Jelen pályázat egyik kijelölt bírálója a pályázat értékelésekor felrótta, hogy számára "kicsit zavaró, hogy a [pályázat] cím[e] lefedi az egész

Szakmai önéletrajz Szalay Péter

Hatékony programozási módszerek a soktestproblémában

Atomok és molekulák elektronszerkezete

Szakmai önéletrajz Szalay Péter

Császár Attila. Molekulaforgások. kvantummechanikája

Szakmai beszámoló

NITROGÉN TARTALMÚ HETEROCIKLUSOS VEGYÜLETEK REZGÉSI SPEKTROSZKÓPIÁJA

Rezgési-forgási intenzitások

A kutatás időtartama: október szeptember 30. stúdiumokat folytattunk. A kutatási terv két fő pillére a soktest kölcsönhatást

A kémiai kötés eredete; viriál tétel 1

Szakdolgozat Vegyész MSc. Sarka János. A H5 + molekulaion és izotopológjai nagyfelbontású spektroszkópiájának kvantumkémiai vizsgálata.

Süle Zoltán publikációs listája

ÖNÉLETRAJZ. Mende Tamás. Munkahely: Miskolci Egyetem, Fémtani és Képlékenyalakítástani Tanszék 3515, Miskolc-Egyetemváros Telefon: (46) / 1538

Kémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval

Emlékeztető. az ELTE Kémiai Doktori Iskola Tanácsának június 10-i üléséről

Referenciaértékek származtatása a kísérleti és számításos kémiában. Barna Dóra

GÁZOK FOURIER-TRANSZFORMÁCIÓS INFRAVÖRÖS

Gabonacsíra- és amarant fehérjék funkcionális jellemzése modell és komplex rendszerekben

AZ ACETON ÉS AZ ACETONILGYÖK NÉHÁNY LÉGKÖRKÉMIAILAG FONTOS ELEMI REAKCIÓJÁNAK KINETIKAI VIZSGÁLATA

Teller Ede ujjlenyomatai a molekulafizikában

BÍRÁLAT. Kállay Mihály Automatizált módszerek a kvantumkémiában című MTA doktori értekezéséről.

5. Az elektronkorreláció szerepe a metil-amin nagy amplitúdójú mozgásainak leírásában. DFT és poszt Hartree- Fock számítások

Kristályosítók modell prediktív szabályozása

PÁLYÁZAT. Eötvös Loránd Tudományegyetem. Természettudományi Kar, Kémiai Intézet. intézetigazgató. munkakör betöltésére

January 16, ψ( r, t) ψ( r, t) = 1 (1) ( ψ ( r,

JÓVÁHAGYÁS. szervezet. Név Dr. Szakonyi Lajos KPI Oktatási Minisztérium

SZÁMÍTÓGÉPES KÉMIA ALAPJAI VEGYÉSZMÉRNÖK BSc. NAPPALI TÖRZSANYAG

A kárpát-medencei erdőállományok meteorológiai/éghajlati hatásainak vizsgálata Drüszler Áron

Irányítási struktúrák összehasonlító vizsgálata. Tóth László Richárd. Pannon Egyetem Vegyészmérnöki és Anyagtudományok Doktori Iskola

([P2]: Eq.4) C N/[ [(+(discr(q 1 )) 1/2 -B)/(2A)] 3 dq 1 ],

Modern Fizika Labor. A mérés száma és címe: A mérés dátuma: Értékelés: Infravörös spektroszkópia. A beadás dátuma: A mérést végezte:

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

Műholdas és modell által szimulált globális ózon idősorok korrelációs tulajdonságai

Bírálat. Czakó Gábor Kémiai reakciók dinamikája ab initio potenciális energia felületeken c. MTA doktori értekezéséről

Publikációs lista. Dr. Molnárka-Miletics Edit Széchenyi István Egyetem Matematika és Számítástudományi Tanszék

MÉRÉSTECHNIKAI ÉS KEMOMETRIAI MÓDSZEREK

Sajátértékek és sajátvektorok. mf1n1a06- mf1n2a06 Csabai István

2. ZH IV I.

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

A FOTOAKUSZTIKUS SPEKTROSZKÓPIA SZÉLESKÖRŰ ALKALMAZHATÓSÁGÁNAK ALÁTÁMASZTÁSA AZ IPARBAN, A BIOLÓGIÁBAN ÉS A KÖRMYEZETVÉDELEMBEN

Általános Kémia előadás kv1c1al1/2

Baranyáné Dr. Ganzler Katalin Osztályvezető

Publikációs lista. Gódor Győző július 14. Cikk szerkesztett könyvben Külföldön megjelent idegen nyelvű folyóiratcikk...

4. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés

Kémiai és bioipari adatrendszerek és folyamatok minőségellenőrzésének informatikai eszközei. Viczián Gergely

Munkabeszámoló. Sinkovicz Péter. Témavezető: Szirmai Gergely. Kvantumoptikai és Kvantuminformatikai Osztály. Lendület program

Mi is volt ez? és hogy is volt ez?

SZAKMAI ÖNÉLETRAJZ Mészáros János Péter

Kémia az abszolút nullától több ezer fokig. Magyarfalvi Gábor Alkímia ma február 23.

Tárgymutató. dinamika, 5 dinamikai rendszer, 4 végtelen sok állapotú, dinamikai törvény, 5 dinamikai törvények, 12 divergencia,

Csomós Petra. Loránd Tudományegyetem, Budapest. függvénytan, valós és komplex vonalintegrál)

Kvantum kontrol frekvencia csörpölt lézer indukált kónikus keresztez désekkel

8. Egyszerû tesztek sûrûség funkcionál módszerek minõsítésére

A munkabizottság megalakulásától napjainkig, Wolfram Ervin öröksége

Pere Balázs október 20.

MUNKATERV / BESZÁMOLÓ

A Feldspar fordító, illetve Feldspar programok tesztelése

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

és alkalmazások, MSc tézis, JATE TTK, Szeged, Témavezető: Dr. Hajnal Péter

Protoncserélő membrános hidrogén - levegő tüzelőanyag-cellák működési elve, szabályozása és alkalmazása

Idegen atomok hatása a grafén vezet képességére

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

Kurzus neve. ETR-es kód. Oktatók (laboránsok) és %- os részvételük. Státusz

B. Függelék: Molekulaspektroszkópia

Önéletrajz Katona József Gimnázium (Arany János tehetséggondozó Program), Kecskemét

Számítógéppel irányított rendszerek elmélete. Gyakorlat - Mintavételezés, DT-LTI rendszermodellek

VÍZGŐZKONCENTRÁCIÓ-MÉRÉS DIÓDALÉZERES FOTOAKUSZTIKUS MÓDSZERREL

DOKTORI (PhD) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI

II. Képzettségre vonatkozó adatok

Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások Definíciók

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

Az alábbi fogalmak és törvények jelentését/értelmezését/matematikai alakját (megfelelő mélységben) ismerni kell: Newtoni mechanika

Gábor Krajsovszky. List of Publications

Miskolci Egyetem GÉPÉSZMÉRNÖKI ÉS INFORMATIKAI KAR. Osztályozási fák, durva halmazok és alkalmazásaik. PhD értekezés

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

Szakmai önéletrajz. Nyelvvizsga: Angol orvosi szaknyelv középfok (Bizonyítvány száma: D A 794/1997), orosz alapfok.

Gauss-Seidel iteráció

Városi légszennyezettség vizsgálata térinformatikai és matematikai statisztikai módszerek alkalmazásával

Kutatói kompetenciák a könyvtártudományi doktori képzés a szakmai innovációért

Zárójelentés OTKA 49743: Modell alapú digitális jelfeldolgozás Doktori iskola pályázat Vezető: Kollár István

Fénnyel indukált ultragyors dinamikai folyamatok molekuláris rendszerekben

ÉLELMISZERTUDOMÁNYI KAR

P-gráf alapú workflow modellezés fuzzy kiterjesztéssel

Az egydimenziós harmonikus oszcillátor

... Dr. Záray Gyula Dr. Surján Péter Dr. Rábai József Dr. Novák Zoltán

Beszámoló OTKA T Nanoelektronikia kvantum-eszközök tér-idő dinamikájának szimulációja környezeti hatások figyelembevételével

Quadkopter szimulációja LabVIEW környezetben Simulation of a Quadcopter with LabVIEW

Nemlineáris optimalizálási problémák párhuzamos megoldása grafikus processzorok felhasználásával

Átírás:

Doktori értekezés tézisei Fábri Csaba Félmerev és flexibilis molekulák rezgési-forgási állapotainak kvantumkémiai számítása és jellemzése Témavezető Prof. Dr. Császár Attila Molekulaszerkezet és Dinamika Laboratórium, Kémiai Intézet Eötvös Loránd Tudományegyetem Kémia Doktori Iskola Doktori iskola vezetője: Prof. Dr. Inzelt György Elméleti és fizikai kémia, anyagszerkezetkutatás doktori program Doktori program vezetője: Prof. Dr. Surján Péter Eötvös Loránd Tudományegyetem Budapest, 2012

1 Bevezetés Doktori munkám során olyan általános módszereket fejlesztettem ki, melyek lehetővé teszik N-atomos molekulák rezgési-forgási energiaszintjeinek és hullámfüggvényeinek variációs alapú számítását és értelmezését. Az első megközelítés, mely a DEWE nevet kapta, az N-atomos molekulákra általánosan alkalmazható Eckart Watson Hamilton kinetikus energia operátoron alapul. Ennek köszönhetően félmerev molekulák vizsgálatára alkalmazható, melyek potenciális energia felülete egy jól definiált minimummal rendelkezik. A második eljárás a GENIUSH, mely általánosan alkalmazható N-atomos molekulák rezgési-forgási energiaszintjeinek és hullámfüggvényeinek variációs alapú számítására tetszőleges rezgési koordinátákban. A rezgési-forgási állapotok pontos és hatékony számítása mellett nagy hangsúlyt fektettem az eredmények értelmezését segítő eljárások fejlesztésére. 2 Alkalmazott módszerek Doktori munkám fő célja N-atomos molekulák rezgési-forgási energiaszintjeinek és hullámfüggvényeinek számítására és értelmezésére alkalmas eljárások fejlesztése volt. A programozási munkámhoz a Fortran 90, C++ és Python nyelveket, illetve a BLAS, LAPACK és MKL könyvtárakat használtam. 3 Eredmények Módszerfejlesztés 1. Továbbfejlesztettem a Dr. Mátyus Edit által a csoportunkban kifejlesztett DEWE (Discrete variable representation of the Eckart Watson Hamiltonian with a numerically Exact inclusion of arbitrary potential energy surfaces) programot. Munkám eredményeképpen a DEWE programmal variációs rezgési-forgási számításokat végezhetünk [1]. Mivel a DEWE az N-atomos molekulákra általánosan alkalmazható Eckart Watson Hamilton kinetikus energia operátoron alapul, úgynevezett félmerev molekulák vizsgálatára alkalmazható, melyek potenciális energia felülete egy jól definiált minimummal rendelkezik. 2

2. Továbbfejlesztettem a Dr. Mátyus Edit által a csoportunkban kifejlesztett GENIUSH (General rovibrational code with Numerical, Internal coordinate, User-Specified Hamiltonians) programot. Munkám eredményeképpen a GENIUSH programmal variációs rezgési-forgási számításokat végezhetünk [2]. A DEWE fő hiányosságát sikeresen orvosolja a GENIUSH eljárás, ugyanis a GENIUSH segítségével olyan nagy amplitúdójú mozgásokkal rendelkező flexibilis molekulákra is sikerrel végezhetünk variációs rezgésiforgási számításokat, melyek potenciális energia felületén több hozzáférhető minimumot találunk. A GENIUSH programban tetszőleges belső koordinátákat és molekulacentrált koordináta-rendszereket használhatunk a számítások során. A GENIUSH lehetővé teszi redukált dimenziójú modellek használatát is. 3. A számított rezgési-forgási energiaszintek és hullámfüggvények szimmetriatulajdonságait a SAL (szimmetriaadaptált Lánczos) módszer segítségével állapítottam meg. A jelenlegi saját implementációt a DEWE program tartalmazza, mely jelenleg ad 2h (M) csoportot és annak részcsoportjait kezeli. 4. Munkám során elérhetővé tettem a rezgések és forgások közti csatolást minimalizáló Eckart-redszert a GENIUSH programban. A megoldás általánosan alkalmazható N- atomos molekulákra. 5. Az RRD (rigid rotor decomposition, merev pörgettyű felbontás) eljárást [3] programoztam be és használtam a számított rezgési-forgási energiaszintek és hullámfüggvények asszignációjára. 6. Kifejlesztettem és beprogramoztam a VS (vibrational subspace, rezgési altér) módszert, mely lehetővé teszi a magas J forgási kvantumszám értékekhez tartozó rezgésiforgási állapotok pontos és hatékony számítását és asszignációját. A VS eljárás a vizsgált molekula rezgési állapotait alkalmazza rezgési bázisként a rezgési-forgási számítások során. Mind a DEWE, mind pedig a GENIUSH program alkalmas VS számítások elvégzésére. Numerikus eredmények 1. Rezgési-forgási számításokat végeztem a flexibilis NH 3 molekulára a GENIUSH programmal. A teljes dimenziójú számítások mellett különféle redukált dimenziójú modellekre is számoltam rezgési-forgási energiaszinteket és hullámfüggvényeket. 3

2. Rezgési-forgási számításokat végeztem a ketén (C 2 H 2 O) molekulára a DEWE programmal. A számított rezgési-forgási energiaszintekhez és hullámfüggvényekhez nulladrendű rezgési-forgási kvantumszámokat és szimmetriacímkéket rendeltem az RRD és SAL módszerek segítségével. A DEWE-VS programmal kiszámítottam a ketén magas J forgási kvantumszámokhoz tartozó rezgési-forgási állapotait. A kísérleti átmenetek MARVEL analízise után a DEWE programmal számított elméleti és a MARVEL programmal számított kísérleti energiaszinteket felhasználva színképvonalakat asszignáltam a ketén kísérleti rezgési-forgási színképében. 3. A GENIUSH-VS program segítségével validáltam a H 16 2 O MARVEL energiaszintjeit. A validálás során J = 25-ig számítottam ki számos rezgési-forgási energiaszintet és hullámfüggvényt. A számított állapotokat az RRD eljárás segítségével J, K a, K c merev pörgettyű kvantumszámokkal és C 2v (M) szimmetriacímkékkel láttam el. Az így kapott energiaszinteket és kvantumszámokat összehasonlítottam a MARVEL energiaszintekkel a validálás során. 4 Publikációk Cikkek 1 C. Fábri, E. Mátyus, T. Furtenbacher, B. Mihály, T. Zoltáni, L. Nemes, A. G. Császár, J. Chem. Phys. 135, 094307 (2011). 2 C. Fábri, E. Mátyus, A. G. Császár, J. Chem. Phys. 134, 074105 (2011). 3 E. Mátyus, C. Fábri, T. Szidarovszky, G. Czakó, W. D. Allen, A. G. Császár, J. Chem. Phys. 133, 034113 (2010). 4 A. G. Császár, C. Fábri, T. Szidarovszky, E. Mátyus, T. Furtenbacher, G. Czakó, The fourth age of quantum chemistry: molecules in motion, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 1085 (2012). Poszterek P1 C. Fábri, A. G. Császár, Efficient rovibrational computations: the vibrational subspace method and the Eckart embedding using internal coordinates, Anharmonicity 4

in medium-sized molecules and clusters, Marne la Vallée, Franciaország, 2012 P2 C. Fábri, A. G. Császár, Toward the line list of methane, WATOC, Santiago de Compostela, Spanyolország, 2011 P3 C. Fábri, T. Szidarovszky, G. Magyarfalvi, G. Tarczay: Transferable scaling factors for the analysis of gas-phase and matrix isolation vibrational spectra, 20 th International Conference on High Resolution Molecular Spectroscopy, Prága, Csehország, 2008 P4 G. Czakó, C. Fábri, A. G. Császár, V. Szalay, B. T. Sutcliffe, G. Tasi, Adiabatic Jacobi Corrections in H 2+ -Like Systems, Molecular Quantum Mechanics: Analytic Gradients and Beyond, A Conference in Honor of Peter Pulay, Budapest, Magyarország, 2007 Előadások E1 Fábri Csaba, Mátyus Edit, Császár Attila: Sokatomos molekulák rezgési-forgási állapotai, XVI. Nemzetközi Vegyészkonferencia, Kolozsvár, Románia, 2010. E2 Csaba Fábri: Variational rotational-vibrational computations for medium-sized molecules, Center for Computational Chemistry, University of Georgia, Athens, GA, USA, 2010 E3 A. Császár, E. Mátyus, G. Czakó, C. Fábri, T. Furtenbacher, T. Szidarovszky: Quantum Spectroscopy, 23rd Austin Symposium on Molecular Structure and Dynamics, Austin, TX, USA, 2010 E4 Fábri Csaba, Czakó Gábor, Császár Attila: Túl a Born-Oppenheimer közelítésen: A H + 2 izotopológjainak rezgései, XII. Anyagszerkezet-kutatási Konferencia, Mátrafüred, Magyarország, 2009 E5 Császár Attila, Furtenbacher Tibor, Mátyus Edit, Czakó Gábor, Fábri Csaba, Szidarovszky Tamás: Spectropedia, Molecular Modeling in Chemistry and Biochemistry, Kolozsvár, Románia, 2009 5