COBAS AMPLICOR IN VITRO DIAGNOSZTIKAI CÉLRA.

COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test CT IN VITRO DIAGNOSZTIKAI CÉLRA. Rendelési információ AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 US: 83319 COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR 100 Tests P/N: 20757470 122 DK Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 US: 83276 COBAS AMPLICOR 500 Tests P/N: 20759899 123 WB Wash Buffer ART: 07 5989 9 US: 83314 Az alábbi készlet az AMPLICOR CT/NG Amplification Kit segítségével amplifikált mintákban Neisseria gonorrhoeae kimutatására használható. Neisseria gonorrhoeae kimutatása egy felhasználási lehetőség. COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: 20757535 122 Neisseria gonorrhoeae ART: 07 5753 5 Detection Kit US: 83278 Az alábbi készlet az AMPLICOR CT/NG Amplification Kit segítségével amplifikált CT/NG belső kontroll kimutatására használható. Chlamydia kultúra transzport tápközegbe levett vizelet vagy tamponos minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatása egy felhasználási lehetőség. A belső kontroll kimutatása kötelező olyan tamponos minták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. COBAS AMPLICOR 100 Tests P/N: 20757608 122 IC DK Internal Control Detection Kit ART: 07 5760 8 US: 83281 Az alábbi készlet endocervicalis és urethralis tamponos minták levételére és transzportjára használható. AMPLICOR STD STD SWAB 50 Tests P/N: 20753920 122 Swab Specimen Collection and ART: 07 5392 0 Transport Kit US: 83075 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 1/35 P/N: 04741862 190

Felhasználás célja A COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis (CT) Test egy kvalitatív in vitro vizsgálat a C. trachomatis DNS-ének kimutatására klinikai mintákban COBAS AMPLICOR Analizátor segítségével. A vizsgálat a C. trachomatis urogenitális mintákban való kimutatására a polimeráz-láncreakció [Polymerase Chain Reaction (PCR)] nukleinsav-amplifikációs technikát és nukleinsav-hibridizációt alkalmazza. A vizsgálat összegzése és magyarázata Az eljárás alapelvei A Chlamydiák Gram-negatív, nem mozgó baktériumok, amelyek eukarióta sejtek obligát intracelluláris parazitáiként léteznek, miután nem képesek ATP szintézisére. A Chlamydia nemzetségbe négy ismert faj tartozik: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum, és C. pneumoniae (TWAR). A C. psittaci és C. pecorum elsősorban állati kórokozók 1-3. A C. trachomatis fertőzéseket a szexuális úton terjedő betegségek [sexually transmitted diseases (STD)] második vezető okaként tartják számon világszerte mintegy 89,1 millió évi esetszámmal. 4 Az Egyesült Államokban mintegy 3 millió eset fordul elő évente 5. A C. trachomatis ismerten a következő betegségeket okozza: cervicitis, kismedencei gyulladásos betegség [pelvic inflammatory disease (PID)], csecsemőkori conjunctivitis, csecsemőkori pneumonia, urethritis, epididymitis és proctitis 1,6. A C. trachomatis ugyancsak a leggyakoribb okozója a non-gonococcalis urethritisnek (NGU) férfiakban (az esetek mintegy 25 55%-a). Nőkben a kezeletlen chlamydia fertőzéseknek súlyos következményei vannak. Miután ezeknek a fertőzéseknek mintegy háromnegyede tünetmentes, sok eset nem kerül felismerésre és kezeletlen marad, ezáltal további problémákhoz vezetve különösen terhes nőkben. Chlamydia-fertőzött nők újszülöttjei nagy kockázattal betegszenek meg zárványtestes conjunctivitisben és pneumoniában. A C. trachomatis kimutatására klinikai mintákban számos módszer hozzáférhető. Ilyen módszerek egyebek között a fertőzött szövet Giemsa-festése, chlamydia zárványtestek kimutatása fertőzött sejttenyészetben fluoreszcens antitestfestés segítségével, direkt antigén-kimutatás fluoreszcens antitestfestés és nukleinsavpróbák segítségével 1,7-9. A tenyésztés nagy mértékben specifikus, de a rutin klinikai gyakorlatban alkalmazva 100%-nál kisebb az érzékenysége. Mivel a chlamydia tenyésztése nem 100% érzékenységű, ezért felmerült, hogy többszörös nem tenyésztéses vizsgálatokat alkalmazzanak azon fertőzött minták azonosítására, amelyekből a kórokozó nem volt tenyészthető 10. A nem tenyésztéses vizsgálati módszerek az organizmusok olyan alkotórészeinek (fehérje vagy nukleinsav) azonosítására szolgálnak, amelyekről feltételezik, hogy a fertőző organizmussal együttesen fordulnak elő. Ezek a módszerek a tenyésztéssel sikertelenül azonosított további pozitív mintákat mutathatnak ki. Mivel ezen módszerek specificitása 100% alatt van, ezért javasolt a C. trachomatis antigén- vagy nukleinsav-verifikálása egy másik módszerrel (1993 CDC ajánlott művelet) 4. A COBAS AMPLICOR CT Test négy fő lépésből épül fel: a minta előkészítése; a target DNS amplifikálása CT-specifikus komplementer primerek felhasználásával PCR során 11,12 ; az amplifikált termékek hibridizációja target specifikus oligonukleotid próbákhoz és a kötődött, amplifikált termékek kolorimetriás kimutatása. Egy PCR-vizsgálat kifejlesztése magában foglalja az amplifikálandó target DNS adott régiójának azonosítását, és két rövid biotinilált oligonukleotid primer szintézisét, amelyek a target szekvenciával szomszédos régiókhoz komplementerek. Ezek a biotinilált primerek kötődnek a komplementer szomszédos régiókhoz, és a DNSpolimeráz 5'-3' irányban a reakcióelegyben nagy mennyiségben jelen lévő dezoxinukleotid-trifoszfátok (dntp-k) felhasználásával láncot szintetizál, ezáltal egy 2/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis biotinilált komplementer DNS-szekvenciát hozva létre, amelyet amplikonnak neveznek. Egy az amplikonra specifikus oligonukleotid próba van egy szilárd hordozóra (mikropartikulumra) kötve, és ehhez történik az amplikon hibridizációja (capture). A vizsgálat kimutatási rendszere egy avidin-tormaperoxidáz konjugátumot (HRP) alkalmaz, amely a mikropartikulumok felületére hibridizált biotinilált amplikonhoz kötődik. A színképződéshez hidogén-peroxid szubsztrát és tetrametilbenzidin (TMB) kromofór használatos. A COBAS AMPLICOR CT Test egy multiplex vizsgálat, amely lehetővé teszi a C. trachomatis target DNS, a Neisseria gonorrhoeae target DNS és a CT/NG belső kontroll DNS párhuzamos amplifikálását. A master mix reagens C. trachomatis-ra, N. gonorrhoeae-re és CT/NG belső kontrollra specifikus biotinilált primer párokat tartalmaz. Az amplifikált N. gonorrhoeae DNS kimutatására is van a felhasználónak lehetősége. A belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan tamponos minták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. A Chlamydia kultúra transzport tápközegbe levett és transzportált vizelet vagy tamponos minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatása egy felhasználási lehetőség. Minta előkészítése Tamponos mintáról vagy vizeletüledékből gyűjtött urogenitális hámsejteket a chlamydia retikuláris testekben lévő DNS felszabadításához detergens oldattal kell kezelni. Majd a roncsolt minta amplifikálásra való előkészítéséhez egy második detergens oldat hozzáadása szükséges. PCR-amplifikáció A targetszekvencia kiválasztása A kromoszomális DNS mellett a C. trachomatis tartalmaz még egy megközelítően 7500 bázispár nagyságú rejtett plazmidot, amely valamennyi C. trachomatis szerovariánsra jellemző 13,14. A COBAS AMPLICOR CT Test a C. trachomatis rejtett plazmid DNS-én lévő mintegy 208 nukleotid hosszú szekvenciának megfelelő CP24 és CP27 biotinilált primereket használja. Targetamplifikáció A mintákat amplifikációs csövekben (A-csövekben) lévő amplifikáló elegyhez adják, ahol a PCR-amplifikálás megtörténik. A kettős szálú DNS hélix denaturálása és a C. trachomatis rejtett plazmidján lévő specifikus primer targetszekvenciák szabaddá tétele végett a reakcióelegyet fel kell melegíteni. Az elegy kihűlésével a biotinilált CP24 és CP27 primerek a target DNS-hez kapcsolódnak. A hőstabil Thermus aquaticus DNS-polimeráz (Taq pol) dezoxinukleozid-trifoszfátok (dntps), azaz dezoxiadenozin-, dezoxiguanozin-, dezoxicitidin- és dezoxiuridin- (dezoxitimidin helyett) trifoszfátok feleslegének jelenlétében a kapcsolódott primerhez a target templátnak megfelelően egy 208 bázispár hosszú kettős szálú DNS-molekulát szintetizál, amelyet amplikonnak neveznek. A COBAS AMPLICOR Analizátor automatikusan a folyamatot adott számú cikluson keresztül ismétli, az amplikon DNS-mennyisége ciklusonként elméletileg megduplázódik. Belső kontroll amplifikálás Az enzimreakción alapuló amplifikálási műveletek során, amilyen a PCR is, a klinikai mintákban jelen lehetnek gátlóanyagok, amelyek csökkenthetik a hatékonyságot. A CT/NG belső kontroll lehetővé teszi az olyan feldolgozott minták azonosítását, amelyekben a PCR-amplifikációt esetleg zavaró anyagok vannak jelen. A CT/NG belső kontroll egy nem-fertőző, rekombináns plazmid DNS a C. trachomatis targetszekvenciával identikus régiókhoz kötődő primerrel, a C. trachomatis targetszekvenciához hasonló hosszúságú és bázisösszetételű random belső szekvenciával, és egy egyedi próbához kötődő régióval, amely elkülöníti a CT/NG belső kontrollt a target amplikontól. Ezeket a jellemzőket azért választották ki, hogy biztosítsák mind a CT/NG belső kontroll, mind a C. trachomatis target DNS ekvivalens amplifikálását. Az AMPLICOR CT/NG Amplification Kit tartalmazza 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 3/35

a CT/NG belső kontroll reagenst, és a reagens a klinikai mintából származó target DNS-sel való egyidejű amplifikálás céljából minden egyes amplifikálási reakcióhoz hozzá van adva. Az opcionális COBAS AMPLICOR Internal Control Detection Kit tartalmaz egy belső kontroll specifikus oligonukleotid capture próbát, amely a reakcióelegyben a pozitív belső kontroll jelének azonosítására használható. A CT/NG belső kontrollt azon minták azonosítására tervezték, amelyek olyan gátló anyagokat tartalmaznak, amelyek a C. trachomatis target nukleinsav (Poissonanalízissel meghatározott) 20 feletti kópiaszámban való amplifikálását és detektálását zavarják. A Chlamydia kultúra transzport tápközegbe levett és transzportált vizelet vagy tamponos minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatása egy felhasználási lehetőség. A belső kontroll kimutatása kötelező olyan tamponos minták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. Szelektív amplifikálás A COBAS AMPLICOR CT Test a target-nukleinsav szelektív amplifikálását a klinikai mintából az AmpErase (uracil-n-glikoziláz) enzim és dezoxiuridin-trifoszfát (dutp) használatával éri el. Az AmpErase enzim felismeri és katalizálja az olyan DNSszálak megsemmisítését, amelyek dezoxiuridint tartalmaznak 15, a dezoxitimidint tartalmazókét viszont nem. A dezoxiuridin a természetes DNS-ben nincs jelen, ugyanakkor az amplikonokban mindig megtalálható, miután a master mix reagens a dntp-ok egyikeként dezoxitimidin-trifoszfát helyett dezoxiuridin-trifoszfátot használ; tehát csak az amplikonok tartalmaznak dezoxiuridint. A dezoxiuridinnak köszönhetően a szennyező amplikont az AmpErase enzim még a target DNS amplifikálását megelőzően lebontja. A master mix reagensben lévő AmpErase enzim katalizálja a dezoxiuridint tartalmazó DNS hasítását a dezoxiuridin csoportoknál úgy, hogy a dezoxiribóz lánc felnyílását okozza a C1 helyen. Az első hevítési lépésben a master mix reagens bázikus ph-ján az amplikon DNS-lánc eltörik a dezoxiuridin helyén, tehát a DNS nem lesz amplifikálható. Az AmpErase enzim 55 C felett, azaz a hevítési lépések során inaktív, azaz nem bontja le a targetamplikont. Az amplifikálást követően a maradék enzim a denaturáló oldat hozzáadásakor denaturálódik, megelőzve ezáltal a targetamplikonok lebontását. A COBAS AMPLICOR CT Test alkalmazásakor az AmpErase enzim mérések szerint legalább 10 3 darab dezoxiuridint tartalmazó C. trachomatis amplikont inaktivál egy PCR során. Hibridizáció Kimutatási reakció A PCR-amplifikálást követően a COBAS AMPLICOR Analizátor automatikusan denaturáló oldatot adagol az A-csövekhez, ezáltal a CT-amplikon és a CT/NG belső kontroll amplikon kémiai denaturálást szenved, és egyszálú DNS lesz. A denaturált amplikonok kis részletei a kimutatási csövekbe (D-csövekbe) kerülnek. A C. trachomatis (illetve felhasználói lehetőségként belső kontroll) specifikus oligonukleotid próbával fedett mágneses részecskék szuszpenziója a megfelelő D-csövekhez hozzáadásra kerül. A biotinilált CT és CT/NG belső kontroll amplikonok a mágneses részecskékhez kötött targetspecifikus oligonukleotid próbákhoz hibridizálnak. A targetspecifikus próbákhoz való amplikonhibridizáció növeli a vizsgálat teljes specificitását. A hibridizációt követően a COBAS AMPLICOR Analizátor mossa a mágneses részecskéket a D-csövekben, melynek során a nem kötődött anyag eltávozik, ezután avidin-tormaperoxidáz konjugátumot adagol a csövekbe. Az avidintormaperoxidáz konjugátum a mágneses részecskékhez kötött target specifikus oligonukleotid próbákhoz hibridizált biotinilált amplikonokhoz kötődik. A COBAS AMPLICOR Analizátor a mágneses részecskék mosása révén eltávolítja a nem kötődött konjugátumot, majd minden egyes D-csőhöz hidrogén-peroxidot és 3,3',5,5'-tetrametil-benzidint (TMB) tartalmazó szubsztrátoldatot ad. Hidrogénperoxid jelenlétében a kötődött tormaperoxidáz katalizálja a TMB színes komplexszé történő oxidációját, amelynek abszorbanciáját a COBAS AMPLICOR Analizátor 660 nm-es hullámhosszon méri. 4/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Reagensek AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 teszt P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR CT/NG mintaelőkészítő készlet US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG vizelet mosó puffer) trisz-hcl puffer 300 mm nátrium-klorid < 0,1% detergens 0,09% nátrium-azid CT/NG LYS (CT/NG roncsoló reagens) trisz-hcl puffer < 1% oldószer 0,09% nátrium-azid CT/NG DIL (CT/NG mintaoldószer) trisz-hcl puffer 6 mm magnézium-klorid < 25% detergens 0,05% nátrium-azid 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 teszt P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG amplifikáló készlet US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG master mix) trisz-hcl puffer EDTA 100 mm magnézium-klorid glicerol < 0,016% dutp < 0,01% AmpliTaq (Taq DNS polimeráz, mikrobiális) < 0,005% datp, dctp, dgtp < 0,01% AmpErase (uracil-n-glikoziláz) enzim (mikrobiális) < 0,0004% SS01, SS02, CP24 és CP27 primerek, biotinilált 0,05% nátrium-azid CT/NG IC (CT/NG belső kontroll) trisz-hcl puffer < 0,001% nem fertőző rekombináns plazmid (mikrobiális) DNS, amely CT primer kötő szekvenciákat és egy egyedi próbához kötődő régiót tartalmaz < 0,005% poli ra RNS (szintetikus) EDTA amarántvörös festék 0,05% nátrium-azid 3 x 1,8 ml 3 x 0,1 ml 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 5/35

CT (+) C [C. trachomatis (+) kontroll] trisz-hcl puffer < 0,001% nem fertőző rekombináns plazmid (szintetikus) DNS, amely C. trachomatis szekvenciákat tartalmaz < 0,005% poli ra RNS (szintetikus) < 0,5% detergens EDTA 0,05% nátrium-azid NG (+) C [C. trachomatis ( ) kontroll] trisz-hcl puffer < 0,001% nem fertőző rekombináns plazmid (szintetikus) DNS, amely N. gonorrhoeae szekvenciákat tartalmaz < 0,005% poli ra RNS (szintetikus) < 0,5% detergens EDTA 0,05% nátrium-azid 1 x 0,8 ml 1 x 0,8 ml COBAS AMPLICOR CT DK 100 teszt P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis kimutatási készlet CT PS1 (CT próba szuszpenzió 1) MES puffer < 0,3% Dynabeads szuszpenzió (paramágneses részecskék) C. trachomatis specifikus oligonukleotid capture próbával (CP35) fedve 0,9% nátrium-azid CT4 (CT próba szuszpenzió 2) nátrium-foszfát puffer 25% nátrium-tiocianát < 0,2% oldószer + 1 x 100 teszt 1 x 100 teszt Xn 25% (w/w) nátrium-tiocianát Ártalmas 6/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis COBAS AMPLICOR DK 100 teszt P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR US: 83276 kimutatási reagensek készlete DN4 (denaturáló oldat) 1,6% nátrium-hidroxid EDTA timolkék + 1 x 100 teszt Xi 1,6% (w/w) nátrium-hidroxid Irritatív CN4 (avidin-tormaperoxidáz konjugátum) trisz-hcl puffer < 0,001% avidin-tormaperoxidáz konjugátum marha-szérumalbumin (emlős) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1% fenol 1% ProClin 150 SB3 (szubsztrát A) citrátoldat 0,01% hidrogén-peroxid 0,1% ProClin 150 SB (szubsztrát B) 0,1% 3,3',5,5'-tetrametil-benzidin (TMB) 40% dimetil-formamid (DMF) 1 x 100 teszt 5 x 75 teszt 5 x 5 ml T 40% (w/w) dimetil-formamid (DMF) Mérgező R: 61-20/21-36 A születendő gyermekre ártalmas lehet. Belélegezve és bőrrel érintkezve ártalmas. Szemizgató hatású. S: 53-45 Kerülni kell az expozíciót használata előtt szerezze be a külön használati utasítást. Baleset vagy rosszullét esetén azonnal orvoshoz kell fordulni. Ha lehetséges, a ímkét meg kell mutatni. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 7/35

COBAS AMPLICOR WB 500 teszt P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR mosópuffer US: 83314 WB (10X-mosókoncentrátum) < 2% foszfátpuffer < 9% nátrium-klorid EDTA < 2% detergens 0,5% ProClin 300 2 x 250 teszt Figyelmeztetések és óvintézkedések In vitro diagnosztikai célra. Ebben a módszertani kézikönyvben a kópia kifejezés a C. trachomatis target nukleinsavjának 1 kópiáját jelenti. Egy (1) kópia ekvivalens a C. trachomatis target nukleinsavjának azzal a legkisebb mennyiségével, amely pozitív PCRteszteredményt ad. Ez a teszt csak endocervicalis, urethralis és vizeletminták vizsgálatára alkalmas. Ehhez a vizsgálathoz nem szabad torok, végbél vagy egyéb nem javasolt mintát használni. Ne pipettázzon szájjal. Ne egyen, igyon vagy dohányozzon a laboratórium területén. Viseljen egyszer használatos védőkesztyűt, védőruhát és szemvédőt a minták és a készlet reagensei kezelése közben. A minták és a tesztreagensek kezelését követően gondosan mosson kezet. A reagensflakonokból való anyagkivétel során kerülje el a reagensek mikrobiális szennyezését. Steril, egyszer használatos pipetták és pipettahegyek használata javasolt. Ne öntsön össze különböző tételekből, vagy azonos tételből, de különböző flakonokból származó reagenseket. A fel nem használt reagensek és a hulladék kezelésének összhangban kell lennie a megfelelő országos, szövetségi, állami és helyi szabályozásokkal. Ne használja a készletet a lejárati idő után. Az anyagok biztonsági adatlapjai (MSDS) igény esetén hozzáférhetők a helyi Roche-irodában. A laboratóriumi munkafolyamatnak egyirányú módon kell zajlania, kezdve a preamplifikálási területtől a posztamplifikálási (amplifikálási/kimutatási) területig haladva. A preamplifikálási műveleteket a reagens-előkészítéssel kell kezdeni, és a minta-előkészítéssel folytatni. Valamennyi preamplifikálási művelethez tartozó felszerelést és eszközt jelölni kell, és tilos használni más művelethez vagy más munkaterületre átvinni. Valamennyi munkaterületen kesztyűt kell viselni, és a terület elhagyása előtt le kell venni. A reagens-előkészítéshez használt felszerelést és eszközöket tilos használni minta-előkészítési műveletekhez, amplifikált DNS vagy más target DNS forrás pipettázásához vagy feldolgozásához. A posztamplifikálási műveletekhez tartozó felszerelést és eszközöket mindenkor a posztamplifikálási munkaterületen kell tartani. 8/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis A mintákat fertőzőként kell kezelni a Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 16 és az CLSI Dokumentum M29-A 17 előírásoknak megfelelő biztonságos laboratóriumi eljárásokat alkalmazva. Gondosan tisztítson meg, és ioncserélt vagy desztillált vízzel frissen készített 0,5% nátrium-hipoklorit oldattal fertőtlenítsen minden munkaterületet. A kereskedelemben kapható háztartási fehérítő rendszerint 5,25%-ban tartalmaz nátrium-hipokloritot. 1:10 arányban hígított háztartási fehérítő megfelel 0,5% nátrium-hipoklorit oldatnak. A laboratórium által kapott olyan minták, amelyeknél a tampon még mindig az AMPLICOR STM transzportközegben van, nem fogadhatóak el vizsgálatra. Ezeket a mintákat ki kell dobni, és új mintát kell levenni. Az AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével levett és transzportált minták gátolhatják a PCR-t. Ezen minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni. Chlamydia kultúra transzport tápközegben transzportált minták esetén a mintainokuláció szemmel látható bizonyságául a mintavételező tamponokat a transzportcsőben kell hagyni. A Chlamydia trachomatis kimutatására szolgáló COBAS AMPLICOR CT/NG Test klinikai értékelését olyan minták használatával végezték, amelyeket Chlamydia kultúra transzport tápközeges (CTM) csőben lévő tamponnal együtt transzportáltak. CTM tápközegben, mintavételező tampon nélkül transzportált mintákat nem értékeltek, és ezek használata ehhez a vizsgálathoz nem javasolt. Vizeletminták 24 órát meghaladó tárolása szobahőmérsékleten a minta lebomlását eredményezheti. Szobahőmérsékleten 24 óránál hosszabb ideig tárolt vizeletmintákat a vizsgálatra nem szabad használni. A CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, CT (+) C, NG (+) C, CT PS1 és IC PS1 nátrium-azidot tartalmaz. A nátrium-azid ólom- és rézcsövekkel erősen robbanékony fém-azidokat képezve reakcióba léphet. Amikor nátrium-azid tartalmú oldatokat önt ki a laboratóriumi mosogatóba, az azidlerakódás megakadályozására nagy mennyiségű vízzel öblítse ki a lefolyót. Viseljen szemvédőt, laboratóriumi védőruhát és egyszer használatos védőkesztyűt a következő anyagok kezelése során: DN4, CN4, SB3, SB és szubsztrát munkareagens (kevert SB3 és SB reagens). Ezen anyagok bőrrel, szemmel és nyálkahártyákkal való érintkezése kerülendő. Ha mégis előfordul érintkezés, azonnal mossa le nagy mennyiségű vízzel. Ellenkező esetben égő érzés előfordulhat. Ezen reagensek kiömlése esetén szárazra törlés előtt vízzel hígítsa. Az SB vagy a szubsztrát munkareagens bőrrel vagy nyálkahártyával való érintkezése kerülendő. Ha előfordul bőrrel való érintkezés, azonnal mossa le nagy mennyiségű vízzel. Az SB és a szubsztrát munkareagens dimetil-formamidot tartalmaz, amelyről ismert, hogy nagy orális adagban mérgező, továbbá a születendő gyermekre nézve ártalmas hatású lehet. A bőrrel való érintkezést, a gőzök belégzését és az anyag lenyelését el kell kerülni. Ha mégis előfordul a bőrrel érintkezés, gondosan mossa le szappanos vízzel, és azonnal forduljon orvoshoz. A minták kiloccsanását és keresztszennyeződését megelőzendő a minta- és a kontroll-előkészítéshez csavarókupakos csöveket kell használni. Ne használjon pattintókupakos csöveket. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/35

Tárolási és kezelési követelmények A reagenseket tilos lefagyasztani. A CT/NG LYS 2 25 C-on tárolandó. A CT/NG URINE WASH és CT/NG DIL 2 8 C-on tárolandó. Ha tárolás közben bármelyik reagensben csapadék képződik, használat előtt melegítse szobahőmérsékletre és erőteljesen keverje fel. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A CT/NG MMX és CT/NG IC 2 8 C-on tárolandók. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A master mix munkareagenst CT/NG IC reagenst adva a CT/NG MMX reagenshez) 2 8 C-on kell tárolni, és 4 hétig stabil. A CT (+) C és NG (+) C 2 8 C-on tárolandók. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A CT PS1 és CT4 2 8 C-on tárolandók. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A CT PS1 és CT4 összekeverése után a munkareagens 30 napig stabil 2 8 C-on. Ezt a munkareagenst legfeljebb 6 gépi cikluson keresztül lehet használni (12 óra ciklusonként), és a gépi ciklusok között 2 8 C-on kell tárolni. A DN4 2 25 C-on tárolandó. A DN4 a jelölt lejárati dátumig stabil. Felbontást követően a DN4 2 8 C-on 30 napig vagy a lejárati dátumig stabil, amelyik előbb következik. A DN4-et legfeljebb 6 gépi cikluson keresztül lehet használni (12 óra ciklusonként), és a gépi ciklusok között 2 8 C-on kell tárolni. A CN4 2 8 C-on tárolandó. A CN4 a jelölt lejárati dátumig stabil. Felbontást követően a CN4 reagens 2 8 C-on 30 napig vagy a lejárati dátumig stabil, amelyik előbb következik. A CN4-et legfeljebb 6 gépi cikluson keresztül lehet használni (12 óra ciklusonként), és a gépi ciklusok között 2 8 C-on kell tárolni. Az SB3 és SB 2 8 C-on tárolandók. Felbontatlanul ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A szubsztrát munkareagenst minden nap el kell készíteni az SB3 és az SB összekeverésével. A szubsztrát munkareagens a COBAS AMPLICOR készülékben 16 óráig stabil. Az SB3-t, SB-t vagy a szubsztrát munkareagenst ne tegye ki fémeknek, oxidáló anyagoknak vagy direkt fénynek. A WB 2 30 C-on tárolandó. A WB a jelölt lejárati dátumig stabil. A WB oldatot vizsgálja meg, és szükség esetén a csapadék visszaoldására melegítse 30 37 C-ra. A WB desztillált vagy ioncserélt vízzel való 1:10 hígításával készített mosó munkapuffert (1X) 2 25 C-on, a COBAS AMPLICOR mosópuffertartályában kell tárolni, és az elkészítéstől számított 2 hétig stabil. A részben felhasznált kimutatási reagensek 2 8 C-n tárolandók két gépi ciklus között. Ellenőrizze a felbontott reagensek, illetve a munkareagens lejárati idejét a COBAS AMPLICOR készülékbe betöltés előtt. 10/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis A készlet tartalma AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR CT/NG mintaelőkészítő készlet US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG vizelet mosó puffer) CT/NG LYS (CT/NG roncsoló reagens) CT/NG DIL (CT/NG mintaoldószer) AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG amplifikáló készlet US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG master mix) CT/NG IC (CT/NG belső kontroll) CT (+) C [C. trachomatis (+) kontroll] NG (+) C [C. trachomatis ( ) kontroll] COBAS AMPLICOR P/N: 20757497 122 CT DK Chlamydia trachomatis Detection Kit ART: 07 5749 7 COBAS AMPLICOR US: 83277 Chlamydia trachomatis kimutatási készlet CT PS1 (CT próba szuszpenzió 1) CT4 (CT próba szuszpenzió 2) COBAS AMPLICOR DK P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR US: 83276 kimutatási reagensek készlete DN4 (denaturáló oldat) CN4 (avidin-tormaperoxidáz konjugátum) SB3 (szubsztrát A) SB (szubsztrát B) 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 11/35

COBAS AMPLICOR WB P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR mosópuffer US: 83314 WB (10X-mosókoncentrátum) Szükséges, de nem biztosított anyagok A minta levétele Endocervicalis és urethralis mintavételező tamponok: Csak dakron, műselyem vagy kalcium-alginát végű, műanyag- vagy alumíniumtól eltérő fém pálcás mintavételező tampont használjon Chlamydia kultúra transzport tápközegek (Chlamydia transzport médium vagy CTM): Csak 2SP CTM, Bartels ChlamTrans CTM (Bartels, Inc.), SPG CTM vagy M4 CTM (MicroTest, Inc.) használható. Polipropilén, tartósítószermentes vizeletgyűjtő tartályok Preamplifikálás Reagens-előkészítő terület COBAS AMPLICOR A-gyűrű 12 A-csövekkel ellátva (ART: 10 4563 6; P/N: 21045636001) COBAS AMPLICOR A-gyűrűtartó Eppendorf Multipette pipetta 1,25 ml Combitip tartóval (steril, egyenként csomagolt) Pipettahegyek (kapacitás 100 µl)* aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos hegyek Vortex keverő Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes Preamplifikálás Minta- és kontroll-előkészítő terület 2,0 ml polipropilén csavarókupakos csövek, steril, nem szilikonozott, kúpos (Sarstedt 72.693.005, vagy ekvivalens)** Csőállvány (Sarstedt 93.1428 vagy ekvivalens) Steril transzfer pipetták, skálázott Pipettahegyek (kapacitás 50 µl, 100 µl, 200 µl, 250 µl, 500 µl és 1000 µl)* aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos hegyek Mikrocentrifuga (max. RCF 16 000 g, min. RCF 12 500 g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M, vagy ekvivalens Kiterjesztett aeroszolbarrierrel ellátott hegyek (Matrix 7055 vagy ekvivalens) AMPLICOR STM, M4 Culture Transport Medium vagy Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium tápközegben transzportált mintákhoz 37 C ± 2 C fűtőblokk Vortex keverő Szűrőpapír Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes 12/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Posztamplifikálás Amplifikálási/Kimutatási terület COBAS AMPLICOR Analizátor és nyomtató Felhasználói kézikönyv a COBAS AMPLICOR készülékhez COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test Módszertani kézikönyv D-cső állványok (ART: 10 4564 4; P/N: 21045644001) Desztillált vagy ioncserélt víz 5 ml szerológiai pipetták Mérőhenger (minimum 1 liter) Vortex keverő Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes * Pipetták pontossága a névleges térfogat 3%-án belül legyen. Aeroszolbarrieres vagy pozitív kiszorításos pipettahegyeket kell használni ott, ahol alapvető megelőzni a minta és az amplikon keresztszennyeződését. ** A minták és kontrollok kiloccsanását és keresztszennyeződését megelőzendő a minta és a kontroll előkészítéshez csavarókupakos csöveket kell használni. Ne használjon pattintókupakos csöveket. A minta levétele, transzportja és tárolása Valamennyi mintát fertőzések átvitelére alkalmasként kell kezelni. Kizárólag az alábbi minták elfogadhatóak: 1. Vizeletminták (férfi és női), tiszta polipropilén tartályokban transzportálva. Tartósítószert tartalmazó tartályokba gyűjtött vizeletmintákat ne használjon. 2. Endocervicalis és urethralis tamponos minták, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. Ezen minták vizsgálatakor CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni. 3. Endocervicalis és urethralis tamponos minták, amelyek levétele és transzportja az alábbi tápközegekben történt: 2SP Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Bartels, Inc), SPG CTM, M4 Culture Transport Medium (MicroTest, Inc.). A tápközeg tételeknek minden laboratóriumban való használatra kvalifikáltaknak kell lenniük (a részleteket illetően lásd: Minőség-ellenőrzés ). A megbízható vizsgálati eredmények érdekében kövesse az alábbi utasításokat a megfelelő mintavételezésre vonatkozóan. Ehhez a vizsgálathoz nem szabad torok, végbél vagy egyéb nem javasolt mintát használni. A laboratóriumi vizsgálatra kerülő minták jó minőségének biztosítása érdekében, a vizelet és az urogenitális tamponos mintákat a lehető legrövidebb időn belül a laboratóriumba kell transzportálni. Nem szabad a mintákat ellenőrzött hőmérsékleti körülmények biztosítása nélkül transzportálni. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 13/35

A minta levétele Vizeletminták A betegnek nem szabad a mintavételezést megelőző 2 órában vizelnie. 1. Gyűjtsön 10 50 ml elsősugár vizeletet (a vizeletáram első részét) egy tiszta, tartósítószert nem tartalmazó polipropilén tartályba. 2. Zárja le a tartályt, és lássa el megfelelő címkézéssel. Kövesse a laboratóriumi mintavételezési és transzport eljárást. A minta a vizsgálati helyre szobahőmérsékleten (18 25 C) transzportálható. Tamponos minták AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) tápközegbe levéve 1. A készletben lévő nagy tamponok egyikével távolítsa el a nyákot az exocervixből. 2. Helyezze a másik nagy tampont az endocervicalis csatornába addig, amíg a tampon csúcsa már nem látható. 3. Forgassa meg 3 5 másodpercig, majd húzza ki ügyelve arra, hogy ne érjen a hüvely felületéhez. 4. Helyezze a tampont az AMPLICOR STM csőbe, erőteljesen kavarja fel a folyadékot a tamponnal 15 másodpercig. Ha a tampont 15 másodpercnél tovább hagyja érintkezésben az STM tápközeggel, az a PCR gátlását eredményezheti. 5. A tampont a cső falához nyomva préselje ki a folyadékot a tamponból. A mintában lévő felesleges nyákot ekkor a tamponon való összegyűjtéssel el kell távolítani. A tampont a cső falához nyomva préselje ki a maradék folyadékot a nyákból. Vegye ki a tampont a rajta összegyűjtött nyák felesleggel együtt, és dobja ki. Tegye a csőre a kupakot. 6. Zárja le a tartályt, és lássa el megfelelő címkézéssel. Kövesse a laboratóriumi transzport eljárást. A laboratóriumba történő transzportig tárolja a mintákat szobahőmérsékleten. Tamponos minták kultúra transzport tápközegbe (CTM) levéve 1. Az endocervicalis és urethralis tamponos minták levétele és transzportja a következő tápközegek 1 3 ml-ébe is történhet: 2SP Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Bartels, Inc.), SPG Culture Transport Medium vagy M4 Culture Transport Medium (MicroTest, Inc.). Alkalmazzon ajánlott módszereket hengerhám és laphám-hengerhám sejtek nyerésére a cervicalis nyák eltávolítását követően 16. 2. Csak dakron, műselyem vagy kalcium-alginát végű, műanyag- vagy alumíniumtól eltérő fém pálcás mintavételező tampont használjon. Ne használjon fa- vagy alumíniumpálcás mintavételező tampont. 3. Hagyja a tamponokat a kultúra transzport tápközegben. Zárja le a tartályt, és lássa el megfelelő címkézéssel. Kövesse a laboratóriumi mintavételezési és transzporteljárást. Ha a tamponos minták transzportja a laboratóriumba a levételtől számítva több, mint egy óráig késik, akkor a mintákat tegye hűtőszekrénybe. 14/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis A minta transzportja Vizeletminták 1. A vizeletminták a vizsgálati helyre 18 25 C-on transzportálhatók. 18 25 C hőmérsékleten a minták 24 óra hosszat stabilak. A mintavételtől számított 24 órán belül fel nem dolgozott mintákat 2 8 C-on kell tárolni, és a mintavételtől számított 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott vizeletmintákat -20 C-on vagy az alatti hőmérsékleten lehet tárolni, és a mintavétel időpontjától számított 30 napon belül fel kell dolgozni. 2. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó vizeletmintákat olyan éjszakai kézbesítéssel kell megoldani, ahol garantált a 24 órán belüli megérkezés; a szállítás 18 25 C-on történhet. Ha a vizeletmintákat 18 25 C-on szállítják, akkor a szállítást megelőzően azokat 2 8 C-on kell tárolni annak biztosítására, hogy a 18 25 C-on való tárolás ne haladja meg a 24 órát. A minták szállítása meg kell feleljen a kóroki ágensek transzportjára vonatkozó valamennyi helyi, állami és országos szabályozásnak 18. Tamponos minták AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) tápközegbe levéve 1. A tamponos minták legfeljebb 10 napig stabilak 18 25 C között. A tamponos minták szobahőmérsékleten tárolandók, és a levételtől számított 10 napon belül fel kell azokat dolgozni. 2. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó tamponos mintákat a szállítás időpontjáig szobahőmérsékleten kell tárolni. Szobahőmérsékleten szállítandóak, és meg kell érkezniük a vizsgálat helyszínére úgy, hogy a levételtől számított 10 napon belül feldolgozhatóak legyenek. A minták szállítása meg kell feleljen a kóroki ágensek transzportjára vonatkozó valamennyi helyi, állami és országos szabályozásnak 18. Tamponos minták kultúra transzport tápközegbe (CTM) levéve 1. A tamponos minták a vizsgálati helyre 18 25 C-on transzportálhatók feltéve, ha 18 25 C-on a tárolás és transzport összideje kevesebb, mint 1 óra. Ha a tamponos minták transzportja a laboratóriumba a levételtől számítva több, mint egy óráig késik, akkor a mintákat tegye hűtőszekrénybe. 2. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó tamponos mintákat a levételt követően a lehető legkorábban hűtőszekrény hőmérsékletén kell szállítani a chlamydiatenyészet-minták transzportjára vonatkozó laboratóriumi eljárásoknak megfelelően. A minták szállítása meg kell feleljen a kóroki ágensek transzportjára vonatkozó valamennyi helyi, állami és országos szabályozásnak 18. A minta tárolása A minták rutinszerű lefagyasztása vagy hosszú távú tárolása befolyásolhatja a vizsgálat eredményességét. Vizeletminták 1. A mintavételtől számított 24 órán belül fel nem dolgozott mintákat 2 8 C-on kell tárolni, és a mintavételtől számított 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott minták -20 C vagy az alatti hőmérsékleten legfeljebb 30 napig tárolhatók. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 15/35

Tamponos minták AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) tápközegbe levéve 1. A tamponos minták legfeljebb 10 napig stabilak 18 25 C között. A tamponos minták 18 25 C között tárolandók, és a levételtől számított 10 napon belül fel kell azokat dolgozni. 2. A tamponos mintákat a szállítás időpontjáig szobahőmérsékleten kell tárolni. 18 25 C között szállítandóak, és meg kell érkezniük a vizsgálat helyszínére úgy, hogy a levételtől számított 10 napon belül feldolgozhatóak legyenek. Tamponos minták kultúra transzport tápközegbe (CTM) levéve 1. Ha a tamponos minták transzportja a laboratóriumba vagy feldolgozása a levételtől számítva több, mint egy óráig késik, akkor a mintákat tegye hűtőszekrénybe. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó tamponos mintákat a levételt követően a lehető legkorábban el kell szállítani a chlamydiatenyészet-minták transzportjára vonatkozó laboratóriumi eljárásoknak megfelelően. 2. Azokat a tamponos mintákat, amelyeket megérkezésükkor a vizsgáló laboratórium nem tesztel azonnal, 2 8 C-on tárolni szükséges, és 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott tamponos mintákat -20 C-on vagy az alatti hőmérsékleten kell tárolni, és a mintavételtől számított 30 napon belül fel kell dolgozni. Használati utasítás Futtatási mennyiség A részletes használati utasításokat illetően lásd a COBAS AMPLICOR Analizátor Felhasználói kézikönyvét. Felhasználás előtt valamennyi reagensnek szobahőmérsékletűnek kell lennie. Használjon aeroszolbarrieres pipettákat vagy pozitív kiszorításos hegyeket, ahol indokolt. A szelektív amplifikálás érdekében rendkívüli gondossággal járjon el. Felhasználás előtt a vizelet és tamponos mintáknak szobahőmérsékletűnek kell lennie. Használjon aeroszolbarrieres pipettákat vagy pozitív kiszorításos hegyeket, ahol indokolt. A szelektív amplifikálás érdekében rendkívüli gondossággal járjon el. Ha a feldolgozott mintákat a master mix munkaoldathoz 21 való hozzáadásuk előtt egy éjszakán át 2 8 C hőmérsékleten tárolja, akkor a PCR gátlása csökkenthető. A minták kiloccsanását és keresztszennyeződését megelőzendő a minta- és a kontroll-előkészítéshez csavarókupakos csöveket kell használni. Ne használjon pattintókupakos csöveket. Valamennyi készlet elegendő reagenst tartalmaz nyolc darab 12 mintás futtatáshoz, amelyek kivitelezhetőek külön-külön vagy párhuzamosan. Valamennyi futtatásnak legalább egy C. trachomatis (+) kontrollt és egy C. trachomatis ( ) kontrollt kell tartalmaznia (ld. Minőség-ellenőrzés ). Az NG (+) kontroll a CT ( ) kontrollként szolgál a COBAS AMPLICOR CT Test számára. 16/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis A mintaelőkészítő reagensek 100 teszt elvégzéséhez elegendő csomagolásban vannak. A CT (+) kontroll és az NG (+) kontroll külön üvegekben vannak, amelyek 8 szett feldolgozott kontroll elkészítéséhez elegendő anyagot tartalmaznak. A CT/NG master mix és a CT/NG belső kontroll három üvegben vannak, amelyek a mintákat és kontrollokat is beleértve legfeljebb 32 vizsgálat futtatásához elegendő anyagot tartalmaznak. A reagensek leghatékonyabb felhasználása céljából a mintákat és a kontrollokat 12 többszörösének megfelelő tételekben kell feldolgozni. Munkafolyamat Reagens előkészítése A COBAS AMPLICOR CT Test egy vagy két nap alatt végezhető el. Ha a vizsgálatot egyetlen munkanap alatt kell elvégezni, kövesse sorban az utasításokat a Reagens előkészítése, Minta előkészítése, Kontroll előkészítése, Amplifikálás és Kimutatás lépéseknek megfelelően. A vizsgálat 2 nap alatt végezhető el, ha az 1. nap a Minta előkészítését és Kontroll előkészítését végzi, majd a 2. nap folytatja a Reagens előkészítése, Amplifikálás és Kimutatás lépésekkel, vagy az 1. nap a Reagens előkészítését, a Minta előkészítését és a Kontroll előkészítését végzi el, valamint hozzáadja az előkészített mintákat és kontrollokat a master mixhez, majd a 2. nap folytatja az Amplifikálás és Kimutatás lépésekkel. Munkaterület: Preamplifikálás Reagens-előkészítő terület 1. Határozza meg a beteg minta- és a kontrollvizsgálatokhoz szükséges A-gyűrűk számát. Helyezze az A-gyűrű(ke)t az A-gyűrűtartóba. A CT/NG belső kontrollt akkor is hozzá kell adni a master mixhez, ha a kimutatása nem is lesz elvégezve. 2. Készítse el a master mix munkareagenst 100 µl CT/NG IC, egy ampulla CT/NG MMX reagenshez való hozzáadásával. A master mix térfogatát nem szükséges megmérnie. Mérjen 100 µl CT/NG IC oldatot egy teljes üveg CT/NG MMX reagenshez. Csavarja rá a kupakot, majd a cső 10 15-szöri fordítgatásával keverje jól össze az oldatokat. A master mix munkareagenst ne vortexelje. A CT/NG IC rózsaszín színe alkalmas, hogy meggyőződjön arról, hogy a CT/NG IC oldatot a CT/NG MMX reagenshez adta. A maradék CT/NG IC oldatot dobja ki. A cső 10 15-szöri fordítgatásával keverje jól össze az oldatokat. A master mix munkareagens 2 8 C-on tárolandó, és az elkészítést követő 4 héten belül fel kell használni. 3. Mérjen valamennyi A-csőbe 50 µl master mix munkareagenst ismétlő pipettával vagy aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos heggyel ellátott pipettával. Ezután ne zárja le az A-csöve(ke)t. 4. Helyezze a master mix munkareagenst tartalmazó A-gyűrű(ke)t egy újrazárható műanyag tasakba, és gondosan zárja le a műanyag tasakot. Az A-gyűrű(ke)t vigye át a Preamplifikálás Minta előkészítő területre. A minta és kontroll előkészítése befejezéséig tárolja a master mix reagenst tartalmazó A-gyűrű(ke)t 2 8 C-on a Preamplifikálás Minta előkészítő területen. A master mix munkareagens az A-csövekben lezárt műanyag tasakban 2 8 C-on 48 óra hosszat stabil. Minta előkészítése Munkaterület: Preamplifikálás Minta előkészítő terület Vizeletminták 1. Minden egyes mintához címkézzen fel egy-egy 2,0 ml-es csavarókupakos csövet. Ne használjon pattintókupakos csöveket. 2. Mérjen 500 µl CT/NG URINE WASH puffert minden egyes megcímkézett csőbe. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 17/35

3. Vortexelje a vizeletet alaposan (3 10 másodpercig). Fagyasztott minták használatakor vortexelés előtt olvassza fel a mintákat szobahőmérsékleten (2 ml-nél nagyobb térfogatokat egy éjszakán át olvadni kell hagyni 2 8 C-on); folytassa a feldolgozást akkor is, ha esetleg csapadékos a minta. Óvatosan távolítsa el a vizeletminta-tartályok kupakjait. Ügyeljen a kesztyűknek a kupakokban levő vizelettel való szennyezésének elkerülésére. Ha mégis előfordulna szennyeződés, akkor a következő mintára való továbblépés előtt cserélje le a kesztyűket egy tiszta párra. 4. Mérjen minden egyes jól megkevert betegvizeletből 500 µl-t a megfelelően címkézett CT/NG URINE WASH puffert tartalmazó csőbe. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. 5. Inkubálja a csöveket 15 percig 37 C-on. 6. Centrifugázza 12 500 x g-n 5 percig. 7. Öntse le a felülúszót, és itassa ki az egyes csöveket egy-egy szűrőpapír lapra. 8. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes minta esetén, és mérjen minden egyes csőbe 250 µl CT/NG LYS reagenst. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. 9. Inkubálja a csöveket 15 percig szobahőmérsékleten. 10. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes minta esetén, és mérjen minden egyes csőbe 250 µl CT/NG DIL reagenst. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. 11. Centrifugázza a csöveket 12500 x g-n 10 percig. 12. A feldolgozott mintákat legfeljebb 2 óra hosszat lehet szobahőmérsékleten tartani azt megelőzően, hogy kis részletüket master mix munkareagenst tartalmazó A-csövekbe transzferálná. Ha a részletek A-csövekbe való bemérése nem történik meg 2 órán belül, a feldolgozott mintákat tárolja 2 8 C-on. A 2 8 C-on tárolt feldolgozott mintákat 7 napon belül tesztelni kell. 13. Az amplifikálást megelőzően a 2 8 C-on tárolt feldolgozott mintákat hagyja felmelegedni szobahőmérsékletre, és keverje jól össze vortexszel. Vortexelés után centrifugázza a feldolgozott mintákat 12500 x g-n 10 percig. 14. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 50 µl felülúszót a megfelelő A-csőbe. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Ügyeljen rá, hogy ne zavarja fel az üledéket (amely esetleg nem is látható tisztán). Rögzítse a betegminták helyzetét az A-gyűrű térképen. Csavarja az A-csövekre a kupakokat. 15. A feldolgozott minták maradékát 2 8 C-on tárolja arra az esetre, ha a vizsgálatot meg kellene ismételni. Bármilyen ismételt vizsgálatot a minta feldolgozástól számított 7 napon belül el kell végezni. Tamponos minták Tamponos minták AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) tápközegben transzportálva Ezen minták vizsgálatakor CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni. 1. Ellenőrizze az AMPLICOR STM minta transzport csövet. Ha egy mintát olyan csőben transzportáltak, amelyikben benne van a mintavételező tampon, akkor azt a mintát ki kell dobni, és egy új mintát kell levenni. 18/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis 2. Pipettázzon 1 ml CT/NG DIL oldatot minden egyes transzportcsőbe minden esetben külön steril pipettát használva. 3. Csavarja vissza a csőre a kupakot. Vortexelje 5 10 másodpercig. 4. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. 5. A feldolgozott mintákat legfeljebb 2 óra hosszat lehet szobahőmérsékleten tartani azt megelőzően, hogy kis részletüket master mix munkareagenst tartalmazó A-csövekbe transzferálná. Ha a részletek A-csövekbe való bemérése nem történik meg 2 órán belül, a feldolgozott mintákat tárolja 2 8 C-on. A 2 8 C-on tárolt feldolgozott mintákat 4 napon belül tesztelni kell. 6. Az amplifikálást megelőzően a 2 8 C-on tárolt feldolgozott mintákat hagyja felmelegedni szobahőmérsékletre, és keverje jól össze vortexszel. 7. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott mintából 50 µl-t a megfelelő A-csőbe. Rögzítse a betegminták helyzetét az A-gyűrű térképen. Csavarja a csövekre a kupakokat. 8. A feldolgozott minták maradékát 2 8 C-on tárolja arra az esetre, ha a vizsgálatot meg kellene ismételni. Bármilyen ismételt vizsgálatot a minta feldolgozástól számított 4 napon belül el kell végezni. Tamponos minták kultúra transzport tápközegben (CTM) transzportálva A COBAS AMPLICOR CT Test értékelését az alábbi tápközegekkel végezték: 2SP Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Bartels, Inc.), SPG CTM és M4 Culture Transport Medium (MicroTest, Inc.). Más transzportközeg használatát a laboratóriumnak kell kiértékelni. 1. Ellenőrizze, hogy a kultúra transzport tápközeg cső tartalmazza-e a mintavételező tampont. A vizsgálat teljesítményjellemzőinek értékelését olyan mintákra nem végezték el, amelyek nem tartalmaznak mintavételező tampont. 2. Minden egyes mintához címkézzen fel egy-egy 2,0 ml-es csavarókupakos csövet. Ne használjon pattintókupakos csöveket. 3. Mérjen 100 µl CT/NG LYS reagenst a megfelelően megcímkézett 2 ml-es polipropilén csövekbe. 4. Keverje össze a mintákat vortexszel. Fagyasztva tárolt minták esetén vortexelés előtt olvassza fel a mintákat szobahőmérsékleten. Óvatosan távolítsa el a mintacsövek kupakjait. Ügyeljen a kesztyűk szennyeződésének elkerülésére. Ha mégis előfordulna szennyeződés, akkor a következő mintára való továbblépés előtt cserélje le a kesztyűket egy tiszta párra. 5. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 100 µl jól összekevert mintát a megfelelő CT/NG LYS reagenst tartalmazó csőhöz. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Csavarja vissza a csőre a kupakot, és vortex segítségével keverje meg alaposan. 6. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. 7. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes minta esetén, és mérjen minden egyes csőbe 200 µl CT/NG DIL oldószert. Csavarja vissza a csőre a kupakot, és vortex segítségével keverje meg alaposan. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 19/35

8. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. 9. A feldolgozott mintákat legfeljebb 2 óra hosszat lehet szobahőmérsékleten tartani azt megelőzően, hogy kis részletüket master mix munkareagenst tartalmazó A-csövekbe transzferálná. Ha a részletek A-csövekbe való bemérése nem történik meg 2 órán belül, a feldolgozott mintákat tárolja 2 8 C-on. A 2 8 C-on tárolt feldolgozott mintákat 7 napon belül tesztelni kell. 10. Az amplifikálást megelőzően a 2 8 C-on tárolt feldolgozott mintákat hagyja felmelegedni szobahőmérsékletre, és keverje jól össze vortexszel. 11. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott mintából 50 µl-t a megfelelő A-csőbe. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Rögzítse a betegminták helyzetét az A-gyűrű térképen. Csavarja az A-csövekre a kupakokat. 12. A feldolgozott minták maradékát 2 8 C-on tárolja arra az esetre, ha a vizsgálatot meg kellene ismételni. Bármilyen ismételt vizsgálatot a minta feldolgozástól számított 7 napon belül el kell végezni. Kontroll előkészítése Munkaterület: Preamplifikálás Kontroll-előkészítő terület A kontroll munkaoldatokat frissen kell elkészíteni minden nap, mikor mintavizsgálat történik. A kontroll munkaoldatok a nap során többször felhasználhatók feldolgozott kontroll oldatok készítésére, de a nap végén ki kell őket dobni. A CT (+) kontroll a CT vizsgálat pozitív kontrolljaként szolgál. Az NG (+) kontroll a CT vizsgálat negatív kontrolljaként szolgál. Ha tamponos és vizeletmintákat is vizsgál, akkor mindkét mintatípus számára szükséges egy-egy kontrollszett elkészítése. A. Készítse el a következő CT (+) és CT ( ) kontroll munkaoldatokat. Kontroll munkaoldatok: A1. Steril pipettahegy segítségével mérjen 1 ml CT/NG DIL oldószert két darab 2 ml-es csavarókupakos polipropilén cső mindegyikébe. Címkézze fel a csöveket a következőképpen: CT (+) kontroll munkaoldat, illetve CT ( ) kontroll munkaoldat. A2. Vortexelje a CT (+) C és NG (+) C csöveket maximum sebességen 5 másodpercig. Óvatosan távolítsa el a csövek kupakjait. Ügyeljen a kesztyűk szennyeződésének elkerülésére. Ha mégis előfordulna szennyeződés, akkor a továbblépés előtt cserélje le a kesztyűket egy tiszta párra. A3. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 100 µl CT (+) C kontrollt a CT (+) kontroll munkaoldat címkéjű csőbe. A4. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 100 µl NG (+) C kontrollt a CT ( ) kontroll munkaoldat címkéjű csőbe. A5. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. Tárolja szobahőmérsékleten, és dobja ki őket a munkanap végén. 20/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis B. Készítse el a következő CT (+) és CT ( ) feldolgozott kontroll oldatokat. Vizelet- és AMPLICOR STD tamponos minták: B1. Steril pipettahegy segítségével mérjen 250 µl CT/NG LYS reagenst két darab 2 ml-es csavarókupakos polipropilén cső mindegyikébe. Címkézze fel a csöveket a következőképpen: CT (+) feldolgozott kontroll oldat, illetve CT ( ) feldolgozott kontroll oldat. B2. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 250 µl CT (+) kontroll munkaoldatot a CT (+) feldolgozott kontroll oldat címkéjű csőbe. B3. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 250 µl CT ( ) kontroll munkaoldatot a CT ( ) feldolgozott kontroll oldat címkéjű csőbe. B4. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. Tárolja szobahőmérsékleten, és dobja ki őket a munkanap végén. B5. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott kontrollból 50 µl-t a megfelelő A-csőbe. Csavarja az A-csövekre a kupakokat, és rögzítse a kontrollok helyzetét az A-gyűrű térképen. B6. Vigye át az A-gyűrűkben lévő feldolgozott beteg mintákat és kontrollokat a posztamplifikálási területre. Ezek a PCR-kész minták 2 8 C-on 16 óra hosszat tárolhatóak. C. Készítse el a következő CT (+) és CT ( ) feldolgozott kontroll oldatokat. CTM tamponos minták: C1. Steril pipettahegy segítségével mérjen 100 µl CT/NG LYS reagenst két darab 2 ml-es csavarókupakos polipropilén cső mindegyikébe. Címkézze fel a csöveket a következőképpen: CT (+) feldolgozott kontroll oldat, illetve CT ( ) feldolgozott kontroll oldat. C2. Steril pipettahegy segítségével mérjen 100 µl kultúra transzport tápközeget mindegyik CT/NG LYS reagenst tartalmazó csőhöz. C3. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. C4. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 200 µl CT (+) kontroll munkaoldatot a CT (+) feldolgozott kontroll oldat címkéjű csőbe. C5. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 200 µl CT ( ) kontroll munkaoldatot a CT ( ) feldolgozott kontroll oldat címkéjű csőbe. C6. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. Tárolja szobahőmérsékleten, és dobja ki őket a munkanap végén. C7. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott kontrollból 50 µl-t a megfelelő A-csőbe. Csavarja az A-csövekre a kupakokat, és rögzítse a feldolgozott minták és kontrollok helyzetét az A-gyűrű térképen. C8. Vigye át az A-gyűrűkben lévő feldolgozott beteg mintákat és kontrollokat a posztamplifikálási területre. Ezek a PCR-kész minták 2 8 C-on 16 óra hosszat tárolhatóak. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 21/35

Amplifikálás és Kimutatás Munkaterület: Posztamplifikálás Amplifikálási/Kimutatási terület Végezzen napi eszközkarbantartást a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvében vázoltaknak megfelelően: Törölje le az indító helyet szálmentes nedves ruhával, és szárítsa meg. Törölje le a D-csőtartó hegyet szálmentes nedves ruhával, és szárítsa meg. Ellenőrizze a mosópuffertartályt, és ha szükséges, töltse fel. Készítse el a mosó munkapuffert (1X) a következők szerint: A WB oldatot vizsgálja meg, és szükség esetén a csapadék visszaoldására melegítse 30 37 C-ra. Adjon 1 térfogatrész WB oldatot 9 térfogatrész ioncserélt vagy desztillált vízhez. Keverje jól össze. Mindig tartson legalább 3 4 liter mosó munkapuffert (1X) a készülék mosópuffertartályában. Ürítse ki a hulladéktárolót. Indítsa be a készüléket. A beindítás során ellenőrizze a fecskendőket és a csövezést. A beindítás során ellenőrizze a transzferhegyet. Minden egyes futtatás előtt: Ellenőrizze a hulladéktárolót, és ürítse ki, ha szükséges. Ellenőrizze a mosópuffertartályt, és ha szükséges, töltsön hozzá puffert. Cserélje ki a használt D-cső állványokat. Indítsa be a készüléket. Eszköz feltöltése és a rendszer működtetése 1. Vizsgálja meg az asztali reagensek mennyiségeit a COBAS AMPLICOR készüléken. Készítsen elegendő reagenskazettát a műveletekhez való feltöltéshez. 2. Vortexelje jól össze a CT PS1 szuszpenziót. Mérjen 2,5 ml CT PS1 szuszpenziót a CT4 kazettába. Helyezze a kazettát a tesztspecifikus reagensállványra. Dobja ki a használt CT PS1 ampullát. Jegyezze fel a reagens készítési dátumát az CT4 kazettára. Ha a belső kontroll kimutatása nem lesz elvégezve, akkor menjen a 4. lépéshez, egyébként folytassa a 3. lépéssel. A CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. 3. Vortexelje jól össze a IC PS1 szuszpenziót. Mérjen 2,5 ml IC PS1 szuszpenziót az IC4 belső kontrollt tartalmazó kazettába. Helyezze a kazettát a tesztspecifikus reagensállványra. Dobja ki a használt IC PS1 ampullát. Jegyezze fel a reagens készítési dátumát az IC4 kazettára. 4. Készítsen 5 ml SB egy SB3 kazettába való pipettázásával szubsztrát munkareagenst. Fel-le pipettázással keverje össze. Dobja ki az üres SB ampullát. Jegyezze fel a reagens készítési dátumát az SB3 kazettára. 5. Helyezze a szubsztrát munkareagenst a generikus reagensállványba. 6. Helyezze a DN4 és CN4 kazettákat a generikus reagensállványba. Jegyezze fel a felnyitás dátumát mindegyik kazettára. 22/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis 7. Azonosítsa a reagensállványokat mint generikus vagy tesztspecifikus, a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően, billentyűzet vagy vonalkód-leolvasó segítségével, illetve az AMPLILINK szoftver segítségével, az AMPLILINK szoftver Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően. 8. Konfigurálja a reagensállványokat a reagenspozícióknak és tételszámoknak a készülékbe való bevitelével a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően, billentyűzet vagy vonalkód-leolvasó segítségével, illetve az AMPLILINK szoftver segítségével, az AMPLILINK szoftver Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően. 9. Töltse a reagensállványokat a készülékre a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően, billentyűzet vagy vonalkód-leolvasó segítségével, illetve az AMPLILINK szoftver segítségével, az AMPLILINK szoftver Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően. Győződjön meg arról, hogy minden egyes reagenskazetta a jelölt pozíziójában van, és szorosan illeszkedik az állványba. 10. Helyezze a D-cső állványt a D-cső platformra. Egy D-cső szükséges minden egyes minta vagy kontroll kimutatáshoz, és kettő D-cső szükséges minden egyes szubsztrát munkaoldat kazettához, tekintettel a COBAS AMPLICOR készülék általi kiürítésre. 11. Helyezze az A-gyűrű(ke)t a COBAS AMPLICOR készülék PCRkészülékszegmense(i)be. 12. Töltse be az A-gyűrűket a készülékbe a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően, billentyűzet vagy vonalkód-leolvasó segítségével, illetve az AMPLILINK szoftver segítségével, az AMPLILINK szoftver Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően. 13. Készítsen egy A-gyűrű munkalistát a COBAS AMPLICOR Analizátor Felhasználói kézikönyvében leírtaknak megfelelően. 14. Szorosan zárja le a PCR-készülékszegmens(ek) tetejét. 15. Indítsa el a COBAS AMPLICOR készüléket a COBAS AMPLICOR Analizátor Felhasználói kézikönyvben leírtaknak megfelelően. 16. Várja meg, míg a készülék kijelzi, hogy a töltés ellenőrzése megtörtént. A COBAS AMPLICOR készülék minden egyes A-cső tartalmának 6-szori önálló detektálását teszi lehetővé. A kimutatási reagens szükséges mennyiségét minden esetben a készülék kiszámolja, és minden egyes futtatás kezdetén egy töltésellenőrzés határozza meg, hogy az adott teszthez elegendő reagens áll-e rendelkezésre. 17. A COBAS AMPLICOR Analizátor az amplifikálást és kimutatást automatikusan elvégzi. Az eredmények 660 nm-en mért abszorbancia értékben, valamint pozitív, negatív, illetve bizonytalan megjelöléssel vannak megadva az abszorbancia értéknek egy előre meghatározott vizsgálatspecifikus cut-off értékkel való öszehasonlítása alapján. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 23/35

Minőség-ellenőrzés Valamennyi futtatásnak legalább egy CT (+) feldolgozott kontrollt és egy CT ( ) feldolgozott kontrollt kell tartalmaznia. Mint minden új laboratóriumi eljárás esetében a vizsgálatot végző használjon további kontrollokat minden alkalommal, amíg az eljárás kivitelezését nagyfokú megbízhatósággal nem képes elvégezni. Nincsenek ajánlások a kontrolloknak és mintáknak az A-gyűrű(k)ben való elhelyezését illetően. Negatív kontroll A CT ( ) kontroll abszorbanciája kisebb kell legyen, mint 0,20 660 nm-en. Ha a CT ( ) kontroll abszorbanciája nagyobb vagy egyenlő, mint 0,20, a teljes futtatás érvénytelen. A teljes vizsgálati eljárást (minta és kontroll előkészítése, amplifikálás és kimutatás) meg kell ismételni. Ha a CT ( ) kontroll abszorbanciája rendszeresen nagyobb, mint 0,20, kérjen technikai segítséget a helyi Roche-irodától. A CT ( ) kontroll nemhomológ DNS-t (N.gonorrhoeae szekvenciákat) tartalmaz, és az a feladata, hogy a reagensek és a berendezés target DNS-sel történő szennyeződését monitorozza. Pozitív kontroll A CT (+) kontroll abszorbanciája nagyobb vagy egyenlő kell legyen, mint 2,0 660 nm-en. Ha a CT (+) kontroll abszorbanciája kisebb, mint 2,0, a teljes futtatás érvénytelen. A teljes vizsgálati eljárást (minta és kontroll előkészítése, amplifikálás és kimutatás) meg kell ismételni. Ha a CT (+) kontroll abszorbanciája rendszeresen kisebb, mint 2,0, kérjen technikai segítséget a helyi Roche-irodától. A CT (+) kontroll megközelítően 20 kópia/teszt C. trachomatis plazmid DNS szekvenciát tartalmaz. Ez körülbelül a vizsgálat Poisson-analízissel meghatározott alsó kimutatási szintjének a négyszerese. A CT (+) kontroll amplifikálása és kimutatása mutatja, hogy az amplifikálás megtörtént. A CT (+) kontroll ugyanakkor nem mutatja az amplifikálás hatékonyságát vagy a vizsgálat kimutatási szintjét. Mintavételező tamponok és kultúra transzport tápközegek validálása Mintafeldolgozás ellenőrzése Tamponos mintáknak laboratóriumba történő transzportálásához használatos mintavételező tamponok és kultúra transzport tápközegek (CTM) új tételeit a COBAS AMPLICOR CT Test vizsgálathoz minősíteni kell, annak biztosítására, hogy a tamponok és a tápközegek nem tartalmaznak PCR-t zavaró anyagokat. A Mintavételező tampon és transzport tápközeg validálási eljárás egy példányát kérje a helyi Roche-irodától. A mintafeldolgozás hatékonyságának vizsgálatához C. trachomatis fertőzött McCoy sejteket (beszerezhető az American Type Culture Collectionből) kell adni egy kultúra transzport tápközeges csőhöz vagy egy AMPLICOR STM csőhöz 10 3 10 4 sejt/ml koncentrációban, és szobahőmérsékleten inkubálni egy óra hosszat. A beoltott kultúra transzport tápközeget vagy AMPLICOR STM-et fel kell dolgozni és vizsgálni a megfelelő típusú tamponos mintára vonatkozó eljárásnak megfelelően, ahogy azt a jelen Módszertani kézikönyv leírja. A helyes módon feldolgozott mintáknak pozitív COBAS AMPLICOR CT Test eredményt kell adniuk úgy, hogy az abszorbancia nagyobb vagy egyenlő kell legyen, mint 0,8 660 nm-en. 24/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Eredmények Az eredmények értékelése Belső kontroll kimutatása nélkül Az eredmények kinyomtatását, valamint a jelzők és megjegyzések értelmezését illetően lásd a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvét. 1. Ellenőrizze a kinyomtatott eredménylapon a jelzőket (FLG) és megjegyzéseket, hogy meggyőződjön arról, hogy a futtatás érvényes. Ha afuttatás érvénytelen (invalid), ismételje meg a teljes futtatást (minta- és kontroll-előkészítés, amplifikálás és kimutatás). 2. Ha a futtatás érvényes, a minta eredmények az alábbiak szerint értékelendők: A 660 Jelző Eredmény Értékelés < 0,2 NEGATIVE C. trachomatis DNS nem kimutatható. A minta feltételezhetően negatív C. trachomatis-ra. A negatív eredmény nem zárja ki a C. trachomatisfertőzés jelenlétét, mivel az eredmény a megfelelő mintavételen, a átlóanyagok hiányán és az elegendő mennyiségű kimutatható DNS jelenlétén is múlik. 0,8 POSITIVE C. trachomatis DNS kimutatható. A minta pozitív C. trachomatis-ra. 0,2, < 0,8 GZ 0.2 0.8 A minta bizonytalan C. trachomatis-ra. Ismételje meg két párhuzamos méréssel a vizsgálatot afeldolgozott mintából. Az eredmények értékelését mindhárom érték alapján végezze. 3. Bizonytalan eredményű minták esetén ezen minták végső vizsgálati értékeléséhez 0,20 A 660 cut-off értéket kell használni. A kezdetben bizonytalan eredményt adó minták (GZ 0,2 0,8) vizsgálatát a feldolgozott minta újabb párhuzamos mérésével meg kell ismételni mielőtt kiadná a végső eredményt. Az olyan minták, amelyek 3 eredménye közül legalább 2 (az eredeti és legalább egyik ismétlés) nagyobb vagy egyenlő, mint 0,2 A 660, pozitívnak tekintendők C. trachomatis-ra. Ha mindkét ismétlés eredménye kisebb, mint 0,2 A 660, a minta feltehetően negatív C. trachomatis-ra. Az eredmények értékelése Belső kontroll kimutatással Az eredmények kinyomtatását, valamint a jelzők és megjegyzések értelmezését illetően lásd a COBAS AMPLICOR készülék Felhasználói kézikönyvét. 1. Ellenőrizze a kinyomtatott eredménylapon a jelzőket (FLG) és megjegyzéseket, hogy meggyőződjön arról, hogy a futtatás érvényes. Ha a futtatás érvénytelen (invalid), ismételje meg a teljes futtatást (minta- és kontroll-előkészítés, amplifikálás és kimutatás). 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 25/35

2. Ha a futtatás érvényes, az A 660 < 0,2 eredményű minták az alábbiak szerint értékelendők: CT-eredmény IC-eredmény Értékelés A 660 A 660 < 0,2 0,2 C. trachomatis DNS nem kimutatható. A minta feltételezhetően negatív C. trachomatis-ra. A negatív eredmény nem zárja ki a C. trachomatis-fertőzés jelenlétét, mivel az eredmény a megfelelő intavételen, a gátlóanyagok hiányán, és az elegendő mennyiségű kimutatható DNS jelenlétén is múlik. < 0,2 < 0,2 Gátlóanyagot tartalmazó minták. C. trachomatis DNS, ha jelen is van, nem kimutatható. Az eredeti minta egy másik részletével ismételje meg a vizsgálatot. A gátlóanyagok gyakran labilisak, és az eredetileg ilyen tartalmú minták az ismétléskor már nem mutatnak gátlást. Ha az eredeti minta nem érhető el, új mintát kell venni. 3. Ha a futtatás érvényes, az A 660 0,8 eredményű minták a belső kontroll eredményétől függetlenül pozitívként értékelendők C. trachomatis-ra. 4. Érvényes futtatás esetén a kezdetben szürke zónába (A 660 0,2, < 0,8) eső CT-eredményt adó minták vizsgálatát a belső kontroll eredménytől függetlenül a feldolgozott minta újabb párhuzamos mérésével meg kell ismételni mielőtt kiadná a végső eredményt. Ezen minták végső vizsgálati értékeléséhez 0,2 A 660 cut-off értéket kell használni. A megismételt vizsgálat értékelése: Ismételt Ismételt CT-minta eredménye IC-minta eredménye Értékelés Legalább egy eredmény 0,2 Bármilyen érték A minta pozitív C. trachomatis-ra. Mindkét eredmény < 0,2 Mindkét eredmény 0,20 A minta feltételezhetően negatív C. trachomatis-ra. Mindkét eredmény < 0,2 Legalább egy eredmény < 0,20 Érvénytelen negatív eredmény. A minta bizonytalan C. trachomatis-ra. 26/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Eljárással kapcsolatos óvintézkedések A laboratóriumi munkafolyamatnak egyirányú módon kell zajlania, kezdve a preamplifikálási területtől a posztamplifikálási (amplifikálási/kimutatási) területig haladva. A preamplifikálási műveleteket a reagens-előkészítéssel kell kezdeni, és a minta-előkészítéssel folytatni. Valamennyi preamplifikálási művelethez tartozó felszerelést és eszközt jelölni kell, és tilos használni más művelethez vagy más munkaterületre átvinni. Valamennyi munkaterületen kesztyűt kell viselni, és a terület elhagyása előtt le kell venni. A reagens-előkészítéshez használt felszerelést és eszközöket tilos használni minta-előkészítési műveletekhez, amplifikált DNS vagy más target DNS-forrás pipettázásához vagy feldolgozásához. A posztamplifikálási műveletekhez tartozó felszerelést és eszközöket mindenkor a posztamplifikálási munkaterületen kell tartani. Mint minden vizsgálati eljárásnál, a helyes laboratóriumi technika alapvető a vizsgálat megfelelő kivitelezéséhez. A vizsgálat magas érzékenysége miatt rendkívüli gondossággal kell ügyelni a reagensek, illetve az amplifikálási elegyek kezelése során azok szennyeződésének elkerülésére. Dobjon ki bármilyen gyanús reagenst. Eljárással kapcsolatos korlátozások Csak a jelzett mintatípusokat vizsgálja. A COBAS AMPLICOR CT Test értékelése 2SP, M4 és SPG kultúra transzport tápközegbe levett női endocervicalis tamponos minták, férfi urethralis tamponos minták, valamint tartósítószer nélkül gyűjtött női és férfi vizeletminták vizsgálatával történt. Más típusú minták vizsgálatát nem értékelték, és az álnegatív vagy álpozitív eredménnyel járhat. A C. trachomatis kimutatása a mintában jelen lévő organizmusok jelenlététől függ, ezért befolyásolhatják a mintalevételi módszerek, betegfaktorok (azaz kor, STD az anamnézisben, tünetek megléte), a fertőzés stádiuma és/vagy a fertőző C. trachomatis törzs. Álnegatív eredmények előfordulhatnak polimerázgátlás miatt. Az COBAS AMPLICOR CT Test-hez CT/NG belső kontroll lett hozzáadva, hogy lehetővé váljon az olyan feldolgozott minták azonosítása, amelyekben a 20 kópia/tesztnél nagyobb PCR-amplifikációt esetleg zavaró anyagok vannak jelen. A CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. Azoknak a laboratóriumoknak, amelyek most vezetik be a COBAS AMPLICOR CT/NG Test vizsgálatot a Chlamydia trachomatis diagnosztikájában, vagy új felhasználókat alkalmaznak, vagy megváltoztatják a vizsgálati vagy mintavételezési eljárást szükségük lehet a CT/NG belső kontroll használatára annak meghatározásához, hogy a Chlamydia kultúra transzport tápközegben transzportált vizelet vagy tamponos minták vizsgálata során a saját vizsgálati anyagukban mekkora a gátlási arány. Ezen kezdeti felmérések eredményeitől függően a laboratórium véleményt alkothat a CT/NG belső kontroll használatának folytatásáról az adott mintatípusokhoz. A chlamydia infekció előfordulási gyakorisága egy populációban hatással lehet a vizsgálat eredményességére. A pozitív prediktív értékek csökkennek, amikor alacsony előfordulási gyakoriságú populációkat vagy fertőzési kockázattal nem rendelkező egyéneket vizsgálnak. A megbízható eredmény a megfelelő mintalevételen, transzporton, tároláson és feldolgozáson múlik. A tárolásból származó eltéréseket nem határozták meg maradéktalanul. Minta stabilitási vizsgálatokban a hűtöszekrényben tárolt és a lefagyasztott mintákkal végzett vizsgálatok hasonlóak voltak. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 27/35

AmpErase enzim hozzáadása a master mixhez lehetővé teszi a target DNS szelektív amplifikálását; ugyanakkor a reagensek szennyeződésének elkerüléséhez helyes laboratóriumi gyakorlat és ezen Módszertani kézikönyvben meghatározott eljárások gondos betartása szükséges. A vizsgálat segítségével terápiás siker vagy kudarc nem határozható meg. Mint minden vizsgálat esetén, a COBAS AMPLICOR CT Test eredményeinek értékelését a klinikai és laboratóriumi leletekkel együtt kell megtenni. A terméket a PCR-technikák terén képzett személy használhatja. A COBAS AMPLICOR CT Test nem mutatja ki a C. trachomatis plazmidmentes variánsait. A minta megfelelő mivolta (tamponos minták esetén) csak a mintákban lévő hengerhámsejtek mikroszkópos megtekintésével értékelhető. A COBAS AMPLICOR CT Test nem javasolt nemi erőszak vagy egyéb igazságügyi orvostani javallatok értékelésére. További vizsgálatok javasoltak bármely olyan esetben, amikor az álpozitív vagy álnegatív eredményeknek káros orvosi, társadalmi vagy pszichológiai következményei lehetnek. A minta tárolásra vonatkozó ajánlások 21 tenyésztéssel pozitív (10 tamponos és 11 vizelet), valamint 52 tenyésztéssel negatív beteg mintával végzett vizsgálatokon alapultak. A COBAS AMPLICOR CT Test minőségi eredményeket szolgáltat. Semmilyen korreláció nem állítható fel egy pozitív COBAS AMPLICOR CT Test abszorbancia jele és egy fertőzött mintában lévő C. trachomatis sejtek száma között. A vizsgálat csak a C. trachomatis kimutatására alkalmas, a C. psittaci és a C. pneumoniae kimutatására nem. Férfi és női vizelet vizsgálata esetén a COBAS AMPLICOR CT Test elvégzése elsősugár random vizeletmintákon (definíció szerint a vizeletsugár első 10 50 ml-én) javasolt. Egyéb mintavételi lehetőségek, mint például elsősugár vs. középsugár, irrigálás utáni stb. mintavétel hatását nem vizsgálták. Más potenciális tényezők, mint a hüvelyfolyás, tamponhasználat, hüvelyöblítés stb., valamint a mintavételi körülmények hatását nem vizsgálták. A COBAS AMPLICOR CT Test nem helyettesíti a méhnyak vizsgálatát, és az endocervicalis mintavételt urogenitális fertőzések diagnosztikája céljából. A betegeknek lehet egyéb eredetű cervicitise, urethritise, húgyúti fertőzése vagy hüvelyfertőzése, illetve egyéb ágens okozta társfertőzése. 28/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Zavarást okozó anyagok PCR-inhibitorok jelenléte álnegatív eredményeket okozhat. Zavaró anyagok egyebek között, de nem kizárólag az alábbiak: A Replens síkosítóról kimutatták, hogy gátolja a PCR-t, és álnegatív eredményeket okozhat ebben a vizsgálatban. Nyák jelenléte a cervicalis mintákban gátolhatja a PCR-t, és álnegatív eredményeket okozhat. A vizsgálat optimális kivitelezéséhez nyákmentes minták javasoltak. Mintavétel előtt távolítsa el a cervicalis váladékot és folyást szivacs vagy egy nagy törlő segítségével 19. Teljesítményjellemzők Az 5%-nál (v/v) több vért tartalmazó minták álpozitív eredményt adhatnak. Klinikai vizsgálatokban 2306 női tamponos mintából 689 esetben jegyezték fel, hogy véres. Az álpozitivitás aránya nem volt magasabb ezekben a mintákban. Analitikai specificitás: Sejt- és víruskultúrák A COBAS AMPLICOR CT Test specificitását a sejt- és víruskultúráknak CTM tápközeghez és normál emberi vizelethez való hozzáadásával vizsgálták. A CTM tápközeget és a vizeletet feldolgozták és COBAS AMPLICOR CT Test segítségével vizsgálták. A vizsgált organizmusok között sok olyan van, amely az urogenitális traktusból izolálható. Az alább felsorolt organizmusok vagy vírusok között egy sem mutatott reaktivitást a COBAS AMPLICOR CT Test vizsgálatban. Achromobacter xerosis Acinetobacter calcoaceticus Acinetobacter lwoffi Acinetobacter sp. genospecies 3 Actinomyces israelii Aerococcus viridans Aeromonas hydrophila Agrobacterium radiobacter Alcaligenes faecalis Bacillus subtilis Bacillus thuringiensis Bacteriodes fragilis Bacteroides caccae Bacteroides gracilis Bifidobacillus longum Bifidobacterium adolescentis Branhamella catarrhalis Brevibacterium linens Candida albicans Candida glabrata Candida guilliermondi Candida krusei Candida parapsilosis Candida tropicalis Chlamydia pneumoniae Lactococcus lactis subsp. cremoris Legionella bozemnii Legionella pneumophila Leuconostoc paramesenteroides Micrococcus luteus Mobiluncus curtsil subsp. curtsii Mobiluncus curtsil subsp. holmesii Moraxella osloensis Morganella morganii Mycobacterium smegmatis Mycoplasma genitalium Mycoplasma hominis Mycoplasma pneumoniae Neisseria cinerea Neisseria elongata Neisseria flavescens Neisseria gonorrhoeae Neisseria kochi Neisseria lactamica Neisseria meningitidis W135 Neisseria mucosa Neisseria perflava Neisseria polysaccharea Neisseria sicca Neisseria subflava 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 29/35

Chlamydia psittaci Chromobacter violaceum Chryseobacterium meningosepticum Citrobacter freundii Clostridium innocuum Clostridium perfringens Corynebacterium genitalium Corynebacterium xerosis Cryptococcus neoformans Cytomegalovírus Deinococcus radiopugnans Derxia gummosa Escherichia coli Edwardsiella tarda Eikenella corrodens Enterobacter cloacae Enterococcus avium Enterococcus faecium Epstein Barr vírus Erysipelothrix rhusiopathiae Ewingella americana Gardnerella vaginalis Gemella haemolysans Gemella morbillorum Haemophilus ducreyi Haemophilus influenzae Herpes simplex vírus 1 Herpes simplex vírus 2 Human papilloma vírus 16-os típus Human papilloma vírus 18-as típus Kingella kingae Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae Lactobacillus acidophillus Lactobacillus brevis Lactobacillus crisptus Lactobacillus jensenii Lactobacillus lactis subsp. lactis Lactobacillus oris Lactobacillus parabuchnerri Lactobacillus vaginalis Paracoccus denitrificans Pasteurella maltocida Pediococcus acidilactica Peptostreptococcus anaerobius Peptostreptococcus magnus Peptostreptococcus productus Prevotella bivia Prevotella corporis Prevotella intermedia Propionibacterium acnes Proteus mirabilis Providencia stuartii Pseudomonas putida Pseudomonas aeruginosa Rahnella aquatilis Rhodospirillum rubrum Salmonella minnesota Salmonella typhimurium Serratia marcescens Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Streptococcus agalactiae Streptococcus anginosus Streptococcus bovis Streptococcus dysgalatia Streptococcus equinis Streptococcus mitis Streptococcus mutans Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Streptococcus salivarius Streptococcus sanguis Streptomyces griseinus Treponema pallidum* Trichomonas vaginalis Ureaplasma urealyticum Vibrio parahaemolyticus Yersinia enterocolitica * Tisztított DNS-t adtak a feldolgozott CTM tápközeghez és vizelethez. Analitikai érzékenység: Tisztított DNS-re vizsgált analitikai érzékenység meghatározása során Tisztított DNS a COBAS AMPLICOR CT Test reprodukálhatóan képes volt kimutatni 5 vagy több kópia tisztított C. trachomatis DNS-t PCR-reakciónként. Az ebben a kísérletben használt C. trachomatis DNS kópiaszámát Poisson-analízissel határozták meg. 30/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Analitikai érzékenység: A COBAS AMPLICOR CT Test képes kimutatni egy IFU C. trachomatis-t PCR C. trachomatis sejtek reakciónként. Ezt az analitikai érzékenységet 12 C. trachomatis szerovariáns ismert titerű CTM törzsoldataiból készült hígítási sor segítségével határozták meg. Valamennyi hígítás mintáit a standard COBAS AMPLICOR CT Test segítségével dolgozták fel és vizsgálták. Valamennyi szerovariáns esetén a 80 IFU/ml tartalmú CTM hígítás (ami 1 IFU-nak felel meg amplifikálásonként) adta a legerősebb pozitív szignált. Pontosság A COBAS AMPLICOR CT Test egy adott futtatáson belüli, futtatások közötti, napok közötti és teljes pontosságát CT (+) kontroll segítségével határozták meg. A CT (+) kontrollt feldolgozták, és minta feldolgozó pufferekkel 0, 5, 10 és 20 DNS kópia/amplifikálási reakció koncentrációknak megfelelően tovább hígították. Nyolc napon keresztül három vizsgáló valamennyi DNS-koncentráció öt ismétlését tesztelte naponta egyszer. Tehát minden egyes DNS-koncentráció 15 ismétlése lett naponta amplifikálva, és minden egyes amplifikálást két párhuzamos mérésben mutattak ki, vagyis összesen 240 vizsgálat történt. Lásd 1. táblázat 1. táblázat A COBAS AMPLICOR CT Test* pontossága CT target 0 5 10 20 Kópiaszám/PCR Kópia/PCR Kópia/PCR Kópia/PCR Kópia/PCR Vizsgált ismétlések 240 240 240 240 teljes száma Átlagos abszorbancia 0,014 3,978 3,942 3,942 Minimumérték 0,002 3,559 1,770 3,478 Maximumérték 0,031 4,000 4,000 4,000 Napok közötti Szórás 0,0012 0,00360 0,00964 0,01604 Variációs koefficiens 8,9% 0,1% 0,2% 0,4% Futtatások közötti Szórás 0,0064 0,02875 0,09561 0,00474 Variációs koefficiens 45,7% 0,7% 2,4% 0,1% Egy futtatáson belüli Szórás 0,0030 0,06694 0,20616 0,09978 Variációs koefficiens 21,8% 1,7% 5,2% 2,5% Teljes Szórás 0,0072 0,07295 0,22746 0,10117 Variációs koefficiens 51,4% 1,8% 5,8% 2,6% * Az egy adott futtatáson belüli és a teljes pontossággal kapcsolatos számítások az NCCLS (EP5A) irányelven alapulnak. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 31/35

Klinikai értékelés A COBAS AMPLICOR CT Test értékelését egyetlen helyszínen lefolytatott klinikai vizsgálatban végezték. Összesen 144 női endocervicalis tamponos, 144 női vizelet, 50 férfi urethralis tamponos és 50 férfi vizelet mintát értékeltek. Az egy adott betegtől származó tamponos és vizeletmintákat tenyésztéssel vizsgálták, és ezek bizonyos helyeken referenciatesztként szolgáltak. Az eltérő eredményeket adó mintákat ismételten megvizsgálták a COBAS AMPLICOR CT Test és egy alternatív Chlamydia-specifikus target DNS szekvenciát [a fő külsőmembrán-fehérje (Major Outer Membrane Protein) gén egy szakaszát] alkalmazó PCR-vizsgálat segítségével 20. Az eredmények igazolását két módon végezték. Az első módszer szerint (minta analízis) a referencia teszt negatív fertőzések PCR-eredmények felhasználásával történő azonosítását csak egyik minta típusra (tamponos vagy vizelet) végezték. A betegek fertőzöttnek lettek minősítve, ha a referenciatesztre pozitív volt, vagy ha az értékelt minta típus PCR-pozitív volt az elsődleges és az alternatív targettel egyaránt. A második módszer szerint (beteganalízis) a referenciatesztre negatív fertőzések PCR-eredmények felhasználásával történő azonosítását egy adott beteg esetében mind a tamponos, mind a vizeletmintára elvégezték. A betegek fertőzöttnek lettek minősítve, ha a referenciateszt pozitív volt, vagy ha bármelyik minta típus PCR-pozitív volt az elsődleges és az alternatív targettel egyaránt. A vizsgálat teljesítményjellemzőit külön-külön mindegyik mintatípusra kiszámították. Az érzékenységet és a specificitást a referenciateszt eredményeivel, a mintánként igazolt eredményekkel és a betegenként igazolt eredményekkel összevetve egyaránt kiszámították. A COBAS AMPLICOR CT Test klinikai érzékenységének és specificitásának valós mértékét a betegenként igazolt eredményekkel való összehasonlítás alapján kell megadni. CT belső kontroll használata nélküli teljesítményjellemzői a tenyésztéssel összehasonlítva Hely Minta- N Prevalencia Tenyésztéssel szemben Igazolt eredménnyel szemben kategória Mintánként Betegenként Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás 1 Férfi vizelet 50 20,0% 100,0% 79,2% 100,0% 95,0% 100,0% 95,0% (2/2) (38/48) (10/10) (38/40) (10/10) (38/40) Férfi tamponos 50 20,0% 100,0% 85,4% 100,0% 100,0% 90,0% 100,0% (2/2) (41/48) (9/9) (41/41) (9/10) (40/40) Női vizelet 144 15,3% 60,0% 87,1% 90,0% 97,6% 81,8% 97,5% (3/5) (121/139) (18/20) (121/124) (18/22) (119/122) Női tamponos 144 15,3% 60,0% 87,1% 90,5% 98,4% 86,4% 98,4% (3/5) (121/139) (19/21) (121/123) (19/22) (120/122) CT belső kontroll használata melletti teljesítményjellemzői a tenyésztéssel összehasonlítva Hely Minta- N Pre- Gát- Tenyésztéssel szemben Igazolt eredménnyel szemben kategória valencia lás Mintánként Betegenként Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás 1 Férfi vizelet 50 20% 2,0% 100,0% 79,2% 100,0% 95,0% 100,0% 95,0% (1/50) (2/2) (38/48) (10/10) (38/40) (10/10) (38/40) Férfi tamponos 50 20% 100,0% 85,4% 100,0% 100,0% 90,0% 100,0% (0/50) (2/2) (41/48) (9/9) (41/41) (9/10) (40/40) Női vizelet 144 15,3% 10,4% 75,0% 86,3% 94,7% 97,4% 85,7% 97,4% (15/144) (3/4) (113/131) (18/19) (113/116) (18/21) (111/114) Női tamponos 144 15,3% 2,8% 60,0% 86,9% 90,5% 98,3% 86,4% 98,3% (3/144) (3/5) (119/137) (19/21) (119/121) (19/22) (118/120) 32/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Hivatkozások 1. Schachter, J. and Stamm, W.E. 1999. Chlamydia. In: Manual of Clinical Microbiology, (P.R. Murray, ed.) 7th ed., ASM Press, Washington, D.C., 795-800. 2. Grayston, J.T., Kuo, C.C., Campbell, L.A. et al. 1989. Chlamydia pneumoniae sp.nov.for Chlamydia sp. strain TWAR. International Journal of Systematic Bacteriology 39: 88-90. 3. Grayston, J.T. 1990. Chlamydia pneumoniae, strain TWAR. In: Chlamydial Infections: Proceedings of the Seventh International Symposium on Human Chlamydial Infections, W.R. Bowie, et al., Cambridge University Press, New York, 389-401. 4. Gerbase, A., Rowley J.T., and Mertens, T.E. 1998. Global epidemiology of sexually transmitted diseases. Lancet 351:(S3) 2-4. 5. Screening Tests to detect Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae Infections 2002. Morbidity and Mortality Weekly Reports 2002 51: (No. RR- 15): 1-48. 6. Thompson, S.E. and Washington, A. E. 1983. Epidemiology of sexually transmitted Chlamydia trachomatis infections. Epidemiological Reviews. 5: 96-123. 7. Pao, C.C., Lin, S-S, Yang, T-E., et al. 1987. Deoxyribonucleic acid hybridization analysis for the detection of urogenital Chlamydia trachomatis infections in women. American Journal of Obstetrics and Gynocology. 156: 195-199. 8. Loeffelholz, M. J., Lewinski, C. A., Silver, S. R. et al. 1992. Detection of Chlamydia trachomatis in endocervical specimens by polymerase chain reaction. Journal of Clinical Microbiology 30: 2847-2851. 9. Chernesky, M. A., Lee, H., Schachter, J. et al. 1994. Diagnosis of Chlamydia trachomatis urethral infection in symptomatic and asymptomatic men by testing first-void urine in a ligase chain reaction assay. Journal of Infectious Diseases 179: 1308-1311. 10. Schachter, J., Stamm, W. E. Chernesky, M. A., et al. 1992. Nonculture tests for genital tract chlamydial infection: What does the package insert mean, and will it mean the same thing tomorrow? Sexually Transmitted Diseases 19: 243-244. 11. Saiki, R.K., Scharf, S., Faloona, F., et al. 1985. Enzymatic amplification of β-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 230: 1350-1354. 12. Mullis, K.B. and Faloona, F.A. 1987. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods in Enzymology 155: 335-350. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 33/35

13. Palmer, L. and Falkow, S. 1986. A common plasmid of Chlamydia trachomatis. Plasmid 16: 52-63. 14. Peterson, E.M. and de la Maza, L.M. 1988. Restriction endonuclease analysis of DNA from Chlamydia trachomatis biovars. Journal of Clinical Microbiology 26: 625-629. 15. Longo, M.C., Berninger, M.L.S., and Hartley J.L. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene 93: 125-128. 16. Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 1999. Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. eds. 4th Edition. HHS Publication Number (CDC) 93-8395. 17. Clinical and Laboratory Standards Institute. Protection of Laboratory Workers from Infectious Disease Transmitted by Blood, Body Fluids, and Tissue. Approved Guideline. CLSI Document M29-A Villanova, PA: CLSI, 1997. 18. International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 41st Edition, 2000. 704. 19. Guidelines for Treatment of Sexually Transmitted Diseases. Morbidity and Mortality Weekly Reports 1998 (No. RR-1): 1-118. 20. Dutilh, B., Bebear, C., Rodriguez, P. et al. 1989. Specific amplification of a DNA sequence common to all Chlamydia trachomatis serovars using the polymerase chain reaction. Research Microbiology 140: 7-16. 21. Toye, B., Woods, W., Bobrowska, M., and Ramotar K. 1998. Inhibition of PCR in genital and urine specimens submitted for Chlamydia trachomatis testing. Journal of Clinical Microbiology 36:2356-2358. 34/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis " Distributed by Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ 08876 USA A Roche csoport tagja Roche Diagnostics Roche Diagnostics Indianapolis, IN 46256 USA H7V 4A2 Laval, Quebec (For Technical Assistance call the (For Technical Assistance call: Roche Response Center Pour toute assistance technique, toll-free: 1-800 526 1247) appeler le: 1-877 273 3433) Roche Diagnostics (Schweiz) AG CH-6343 Rotkreuz Roche Diagnostics F-38240 Meylan Roche Diagnostics GmbH Distributore in Italia: D-68298 Mannheim, Germany Roche Diagnostics SpA Piazza Durante 11 I-20131 Milano Roche Diagnostics S.L. Distribuidor em Portugal: E-08006 Barcelona Roche Farmacêutica Química, Lda P-2700 Amadora A ROCHE, a COBAS, az AMPLICOR, az AMPLILINK, az AMPLITAQ és az AMPERASE a Roche védjegye. A ROCHE RESPONSE CENTER a Roche szolgáltatási védjegye. A ChlamTrans a Bartels, Inc. védjegye. A Dynabeads paramágneses részecskék szabadalmai a Dynal Biotech ASA, Oslo, Norway birtokában vagy általa licenszelve vannak. A Dynabeads a Dynal Biotech ASA, Oslo, Norway bejegyzett védjegye, engedélyezve a Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, Indiana számára. Az Eppendorf Multipette és Eppendorf Combitip az Eppendorf-Netheler-Hinz GmbH, Hamburg, Németország, bejegyzett védjegye. A ProClin a Rohm and Haas Company bejegyzett védjegye. A Replens a Columbia Laboratories Inc. bejegyzett védjegye. Copyright 2006, Roche Molecular Systems, Inc. Minden jog fenntartva. 9/2006 (00058003569-03ENGL) 04741889001-02 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 35/35