CH 2 OH O 2 NOH 2 C CH 2 ONO 2



Hasonló dokumentumok

A fehérjék hierarchikus szerkezete

A fehérjék harmadlagos vagy térszerkezete. Még a globuláris fehérjék térszerkezete is sokféle lehet.

Olyan magkedvelő részecske, amely (legalább) két különböző atomján képes kötést létesíteni a(z elektrofil) reakciópartnerrel.

A sejtek élete. 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék R C NH 2. C COOH 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános

I. Atomszerkezeti ismeretek (9. Mozaik Tankönyv: oldal) 1. Részletezze az atom felépítését!

Az enzimek katalitikus aktivitású fehérjék. Jellemzőik: bonyolult szerkezet, nagy molekulatömeg, kolloidális sajátságok, alakváltozás, polaritás.

A Ca 2+ szerepe a tormaperoxidáz enzim aktív szerkezetében. Szigeti Krisztián

3. Sejtalkotó molekulák III.

AMINOSAVAK, FEHÉRJÉK

A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete)

,:/ " \ OH OH OH / \ O / H / H HO-CH, O, CH CH - OH ,\ / "CH - ~(H CH,-OH \OH. ,-\ ce/luló z 5zer.~ezere

SZERKEZET ALAPÚ VIRTUÁLIS SZŰRŐVIZSGÁLATOK A GYÓGYSZERKUTATÁS KORAI FÁZISÁBAN

Kristályos fullerénszármazékok topokémiai reakciói

A jel-molekulák útja változó hosszúságú lehet. A jelátvitel. hírvivő molekula (messenger) elektromos formában kódolt információ

kutatás során legfőbb eredményeinket a szerin proteázok aktiválódásának mechanizmusával és az aktiválódás fiziológiai következményeinek

Bioinformatika előad

A tananyag felépítése: A BIOLÓGIA ALAPJAI. I. Prokarióták és eukarióták. Az eukarióta sejt. Pécs Miklós: A biológia alapjai

A fehérjék szerkezete és az azt meghatározó kölcsönhatások

DER (Felületén riboszómák találhatók) Feladata a biológiai fehérjeszintézis Riboszómák. Az endoplazmatikus membránrendszer. A kódszótár.

ZÁRÓJELENTÉS. Fény hatására végbemenő folyamatok önszerveződő rendszerekben

H H 2. ábra: A diazometán kötésszerkezete σ-kötések: fekete; π z -kötés: kék, π y -kötés: piros sp-hibrid magányos elektronpár: rózsaszín

O k t a t á si Hivatal

(11) Lajstromszám: E (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA

Peptid- és fehérjék másodlagos-, harmadlagos- és negyedleges szerkezete

Tevékenység: Olvassa el a fejezetet! Gyűjtse ki és jegyezze meg a ragasztás előnyeit és a hátrányait! VIDEO (A ragasztás ereje)

CzB Élettan: a sejt

Inzulinutánzó vanádium-, és cinkkomplexek kölcsönhatásának vizsgálata vérszérum fehérjékkel

Fehérjék rövid bevezetés

Szerkesztette: Vizkievicz András

AMINOKARBONILEZÉS ALKALMAZÁSA ÚJ SZTERÁNVÁZAS VEGYÜLETEK SZINTÉZISÉBEN


INFORMATIKA EMELT SZINT%

HEVESY GYÖRGY ORSZÁGOS KÉMIAVERSENY

ESR színképek értékelése és molekulaszerkezeti értelmezése

BIOLÓGIAI OXIDÁCIÓK BIOMIMETIKUS MODELLEZÉSE

A nukleinsavak polimer vegyületek. Mint polimerek, monomerekből épülnek fel, melyeket nukleotidoknak nevezünk.

PANNON EGYETEM. 2,3-DIHIDRO-2,2,2-TRIFENIL-FENANTRO-[9,10-d]-1,3,2λ 5 -OXAZAFOSZFOL KIALAKULÁSA ÉS REAKCIÓJA SZÉN-DIOXIDDAL ÉS DIOXIGÉNNEL

A MITOKONDRIUMOK SZEREPE A SEJT MŰKÖDÉSÉBEN. Somogyi János -- Vér Ágota Első rész

Az AT 1A -angiotenzinreceptor G-fehérjétől független jelátvitelének vizsgálata C9 sejtekben. Doktori tézisek. Dr. Szidonya László

Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés

Biológiai makromolekulák szerkezete

Az élő anyag szerkezeti egységei: víz, nukleinsavak, fehérjék. elrendeződés, rend, rendszer, periodikus ismétlődés

Az enzimműködés termodinamikai és szerkezeti alapjai

Részletes tematika: I. Félév: 1. Hét (4 óra): 2. hét (4 óra): 3. hét (4 óra): 4. hét (4 óra):

NAPJAINK KOORDINÁCIÓS KÉMIÁJA II *

TRANSZPORTFOLYAMATOK 1b. Fehérjék. 1b. FEHÉRJÉK TRANSZPORTJA A MEMBRÁNONOKBA ÉS A SEJTSZERVECSKÉK BELSEJÉBE ÁLTALÁNOS

Az aminosav anyagcsere orvosi vonatkozásai Csősz Éva

PALLÁDIUM KATALIZÁLT KARBONILEZÉSI REAKCIÓK PETZ ANDREA ALKALMAZÁSA SZINTÉZISEKBEN TÉMAVEZETİ: DR. KOLLÁR LÁSZLÓ EGYETEMI TANÁR. PhD értekezés tézisei

(11) Lajstromszám: E (13) T2 EURÓPAI SZABADALOM SZÖVEGÉNEK FORDÍTÁSA

1. ábra. Jellegzetes heteropolisav-szerkezetek, a Keggin-, illetve Dawson-anion

Hisztamin receptorok térszerkezetének vizsgálata és alkalmazása a gyógyszerkutatásban

Doktori értekezés. Kiss András László Témavezető: Polgár László professzor. 1. oldal

Szakközépiskola évfolyam Kémia évfolyam

A KAR-2, egy antimitotikus ágens egyedi farmakológiájának atomi és molekuláris alapjai

1. Tömegszámváltozás nélkül milyen részecskéket bocsáthatnak ki magukból a bomlékony atommagok?

MEDICINÁLIS ALAPISMERETEK AZ ÉLŐ SZERVEZETEK KÉMIAI ÉPÍTŐKÖVEI AZ AMINOSAVAK ÉS FEHÉRJÉK 1. kulcsszó cím: Aminosavak

1. előadás Membránok felépítése, mebrán raftok, caveolák jellemzője, funkciói

Tartalomjegyzék. Szénhidrogének... 1

A kristálytérelmélet alapjai

Dipoláris relaxáció vizsgálata idıbontott spektroszkópiai módszerekkel

Több oxigéntartalmú funkciós csoportot tartalmazó vegyületek

Dr. Csanády László: Az ioncsatorna-enzim határmezsgye: egyedi CFTR és TRPM2 csatornák szerkezete, működése c. MTA doktori értekezésének bírálata

Javítóvizsga. Kalász László ÁMK - Izsó Miklós Általános Iskola Elérhető pont: 235 p

Klasszikus analitikai módszerek:

Egy idegsejt működése

Fehérje-fehérje kölcsönhatások és kölcsönhatási hálózatok. Szilágyi András

NEUTRON-DETEKTOROK VIZSGÁLATA. Mérési útmutató BME NTI 1997

Elérhetőségi viszonyok területi különbségekre gyakorolt hatása a magyarországi kistérségek esetében

Affinitás kromatográfiai hordozók fejlesztése fehérjék szelektív elválasztására

Dürer Kémiaverseny K+ kategória, Helyi forduló

A KUTATÁS EREDMÉNYEI.

Az elemeket 3 csoportba osztjuk: Félfémek vagy átmeneti fémek nemfémek. fémek

A szénhidrátok lebomlása

Kétfogú N-donor ligandumok által irányított C-H aktiválási reakciók vizsgálata

Szteránvázas vegyületek csoportosítása

A KIMOTRIPSZIN C SZABÁLYOZÓ SZEREPÉNEK ÉS N-GLIKOZILÁCIÓJÁNAK VIZSGÁLATA

Válasz Tombácz Etelkának az MTA doktorának disszertációmról készített bírálatában feltett kérdéseire és megjegyzéseire

A humán tripszinogén 4 expressziója és eloszlási mintázata az emberi agyban

L Ph 1. Az Egyenlítő fölötti közelítőleg homogén földi mágneses térben a proton (a mágneses indukció

9. előadás Sejtek közötti kommunikáció

4. FEHÉRJÉK. 2. Vázanyagok. Az izmok alkotórésze (pl.: a miozin). Inak, izületek, csontok szerves komponensei, az ún. vázfehérjék (szkleroproteinek).

Vízoldható foszfint tartalmazó ródium- és ruténium-katalizátorok működési mechanizmusának vizsgálata

A XVII. VegyÉSZtorna I. fordulójának feladatai és megoldásai

X. Fénypolarizáció. X.1. A polarizáció jelenségének magyarázata

Röntgendiffrakció, tömegspektrometria, infravörös spektrometria.

Richter Gedeon Nyrt. Felfedező Kémiai Kutatólaboratórium

KÉMIA Kiss Árpád Országos Közoktatási Szolgáltató Intézmény Vizsgafejlesztő Központ 2003

Heterogén Cu/Fe katalizátor alkalmazása benzoxazinok szintézisében

A DERECSKE-LÉTAVÉRTESI KISTÉRSÉG FEJLESZTÉSI KONCEPCIÓJA ÉS

SZENT ISTVÁN EGYETEM GÖDÖLLŐ. DOKTORI (PhD) ÉRTEKEZÉS - TÉZISFÜZET

MŰANYAGOK FELDOLGOZÁSA

8. A fehérjék térszerkezetének jóslása

1. Bevezetõ. 2. Az acélok zárványtartalmának csökkentése. Szabó Zoltán*

Diabéteszes redox változások hatása a stresszfehérjékre

FAUR KRISZTINA BEÁTA, SZAbÓ IMRE, GEOTECHNIkA

Az örökítőanyag. Az élőlények örökítőanyaga minden esetben nukleinsav (DNS,RNS) (1)Griffith, (2)Avery, MacLeod and McCarty (3)Hershey and Chase

1. Melyik az az elem, amelynek csak egy természetes izotópja van? 2. Melyik vegyület molekulájában van az összes atom egy síkban?

KÉMIA. Kiss Árpád Országos Közoktatási Szolgáltató Intézmény Vizsgafejlesztő Központ 2003

Vezető kutató: Farkas Viktor OTKA azonosító: típus: PD

Átírás:

Xenobiotikumokat átalakító flavoenzimek szerkezet-funkció vizsgálata doktori (PhD) értekezés tézisei Barna Teréz Mária Debreceni Egyetem Természettudományi Kar Debrecen, 2005. 1

Értekezés előzményei PET reduktáz Az Enterobacter cloacae PB2 törzset, robbanóanyag által szennyezett talajból izolálta Binks és Bruce, felhasználva a baktérium törzs azon képességét, hogy talajból nitrát észtereket [pentaeritrit-tetranitrátot (PET); glicerin-trinitrátot [nitroglicerin, (GT)] nitrogén forrásként hasznosít (1. ábra). Ugyancsak nitrogén forrásként képes hasznosítani az egyik legmakacsabb, a biotranszformációnak legjobban ellenálló aromás nitrovegyületet, a 2,4,6-trinitro-toluolt (TT) is. Az Enterobacter cloacae PB2 törzs nitrátésztereket és aromás nitrovegyületeket lebontó képessége egyetlen flavoenzimhez rendelhető, a nikotinamid koenzim (ADPH) függő PET reduktázhoz. Sikeresen folynak a PET reduktázhoz kapcsolódó bioremedíciós és fitoremedíciós kísérletek. A PET reduktázt kódoló gént tartalmazó transzgenikus dohány képes csírázni és növekedni TT-vel vagy GT-nel szennyezett tápoldatban, szemben a vad típussal, amely elpusztult ilyen körülmények között. 2 H 2 C CH 2 2 2 H 2 C CH 2 2 ADPH ADP + - 2 2 H 2 C 2 H 2 C CH 2 H CH 2 2 ADPH ADP + - 2 2 H 2 C HH 2 C CH 2 H CH 2 2 1.ábra Morfinon reduktáz Morfinon reduktázt (M), opiátot termelő gyógyszergyár környékéről származó baktérium a Pseudomonas putida M10 termeli (Bruce et al., 1990). A baktérium a morfint és a kodeint két lépésben, két különböző enzim közreműködésével hidromorfonná és hidrokodonná alakítja át (2. ábra). A morfinon és a kodeinon C7-C8 kettős kötését a ADH-függő morfinon hidrogénezi, hidromorfonná és hidrokodonná alakítja. ADP+ ADPH ADH AD + Morfindehidrogenáz CH 3 Morfinonreduktáz CH 3 CH 3 H 8 7 :H,morfin : H, morfinon : H, hidromorfon : CH3, kodein : CH3, kodeinon : CH3, hidrokodon 2. ábra A hidromorfon és hidrokodon értékes gyógyszeralapanyag. A Pseudomonas putida M10 tenyészetből, morfin illetve kodein alapanyagból kiinduló, kétlépéses biotranszformáción alapuló ipari méretekben történő termelés, költség meghatározó tényezője a felhasznált kétfajta nikotinamid koenzim mennyisége. Morfin dehidrogenáz működéséhez ADP +, míg morfinon reduktázéhoz ADH szükséges. M nagy fokú preferenciát mutat β-adh iránt, sem α-adh-val, sem ADPH-val nem reagál. Fehérje mérnökséggel, kívánatos lenne a morfinon reduktáz koenzim specificitását ADPH-ra változtatni, mivel a koenzim specificitás cseréjével a kétlépéses folyamatban megvalósulna a nikotinamid koenzim újrahasznosítása. A PET reduktáz és M 48%-ban azonos aminosav szekvenciával rendelkezik, nagy fokú homológiát mutatva az öreg sárga enzim (ÖSE) családba tartozó több fehérjével is. A szerkezeti adatok és aktivitásuk alapján, a család tagjait úgy jellemezhetjük, hogy FM kofaktort tartalmazó, β/α szerkezeti egységekből felépülő, nikotinamid koenzim függő oxido-reduktázok. Az ÖSE homológjai elterjedtek az élővilágban, mind a baktériumokban, gombákban és a növényekben, jelenleg közel 90 ÖSE homológot ismerünk. A hasonló vázszerkezet ellenére, katalitikus aktivitásuk illetve funkciójuk igen eltérő. 2

A disszertáció célkitűzése öntgen diffrakciós, klasszikus - és tranziens kinetikai valamint célzott aminosav kicserélési kísérletekben arra kerestem a választ, hogy nagy szekvencia homológiával rendelkező enzimek esetében, mint a PET reduktáz és M, milyen faktorok befolyásolják és határozzák meg az eltérő katalitikus aktivitást és szubsztrátspecificitást. Atomos felbontású enzim-szubsztrátum - és enzim-inhibitor komplexek háromdimenziós molekula szerkezetei alapján, célul tűztem ki a PET reduktáz és M molekuláris enzimszabályozásának a megismerését. A PET reduktáz bioremedícós és fitoremedciós kísérletekben való részvételéhez, szükség van nagy specificitású és aktivitású enzim használatára. Hogyan magyarázható a PET reduktáz különleges nitroaromás gyűrű hidrogénezési aktivitása a flavoenzimek csoportjában? A szerkezet-funkció kapcsolatot ismerve fehérje mérnökséggel növelhető-e a PET reduktáz nitroaromás gyűrű telítési aktivitása, illetve megjósolható-e a kérdédes aktivitás eddig még nem vizsgált ÖSE homológok esetében, az aminosav sorrend ismeretében. Mindkét enzim háromdimenziós szerkezetének felderítésével, kihasználva A M és a PET reduktáz eltérő koenzim specificitását, célul tűztem ki a nikotinamid felismerő szerkezeti egység meghatározását. Alkalmazott vizsgálati módszerek A PET reduktáz és morfinon reduktáz izolálása rekombináns JM109 Escherichia coli törzsekből történt, amelyek PET reduktázt kódoló plazmidot (p1) és morfinon reduktázt kódoló plazmidot tartalmaztak (pmorb). A p és pmorb plasmid mutagenezisét Pfu turbo DA polimerázt tartalmazó QuikChange Site-directed Mutagenesis Kit-tel (Stratagene) végeztem, a megfelelő mutációt tartalmazó szensz és antiszensz komplementer primerek felhasználásával. Steady-state - és transziens kinetikai mérésekhez, redoxtitrálásokhoz, ligandumkötő kisérletekhez UV-látható spektroszkópiát használtam. Gyors enzimreakciókat stopped-flow spektrofotometriásan követtem, inert atmoszférában. A TT degradáció köztitermékeinek analízise HPLC, TLC és ESI-MS mérésekkel végeztem. PET reduktáz és M kristályosítása gőztenzión alapulú függőcsepp és ülőcsepp módszerrel történt. Sugárforrásként igaku forgóanódos röntgensugár generátor használtam, szinkrotonsugárforrást Daresbury (Anglia) és ESF (Franciaország) szinkrotonok szolgáltatták. Az adatfeldolgozáshoz DEZ és SCALEPACK programot, a finomításhoz CS, CCP4 és SHELX programokat használtam. A molekulaépítést XTALVIEW programcsomag segítségével végeztem. Az értekezés új tudományos eredményei PET reduktáz és morfinon reduktáz molekulaszerkezete - TIM hordó vázszerkezet, hidrogénhíd hálózattal stabilizált FM yolc ismétlődő β/α egységből felépülő TIM hordó alakzat határozza meg a PET reduktáz és M vázát, a hordókat összekötő hurkok további alegységeket zárnak magukba, meghatározott funkcióval (3.ábra). A PET reduktáz monomer, míg a M két TIM hordóbál álló homodimer. A flavin-mononukleotid 4.ábra) a TIM hordó középpontjában, kiterjedt hidrogénhíd hálózatban kötődik az őt körülvevő β-redőkhöz (3.ábra). Az FM- kötődés hasonló hidrogénhíd mintázatot követ az ÖSE család tagjaiban. 3

3.ábra 4. ábra 5.ábra 3 2 2 1 C D 4 3 4 HB 5 HC HD 5 6 7 8 FM Tyr 68 6 7 Tyr351 Különlegesen nagy fokú szekvencia homológia hordozója az α3, β4/α4 motívum, valamint a β4 és α4 egységeket összekötő rendezetlen orsó és HB hélix. Ebből a rendezetlen orsóból kerül ki az aktív centrum ligandum kötődésében részt vevő és a katalitikusan aktív aminosavak. Ennek a motívumnak α3 és α4 tagja az enzimek felületén helyezkedik, egyaránt szerepe lehet a TIM hordó váz kialakításában és eddig még ismeretlen fehérjéhez való kötődésben. A harmadik hordó szuperszekunder szerkezete - nikotinamid koenzim felismerő hely A legkisebb homológiát mutató régió a harmadik hordó kitüremkedéseként megjelenő szuperszekunder szerkezet (2.ábra): egy α/βhordó és egy antiparalel futó β-redő pár (C és D). Az antiparalel futó β-redő pár határolja az enzimek ligandum kötő csatornáját. A PET reduktázban szteroid ligandumok kötődése a β-redő pár két argininjében (Arg 142 és Arg 130 ) jelentős konformációs változást idéz elő. A két arginin mobilis oldalláncának helyzete és töltése kedvezően befolyásolhatja, a ADPH nikotimamid gyűrűtől távoli adenozin-foszfát rész 2 -foszfát csoportjának kötődését, amely döntő szerepet játszik a koenzim specifitás meghatározásában. A M β-redőjében az argininek helyén levő glutamát csoportok, elektrosztatikusan gátolják a ADPH foszfát csoportjának kötődését, viszont hidrogénhidat alkothatnak a ADH 2 -H csoportjával. A β-redő párban a nikotinamid koenzim adenozin végének felismeréséért felelős szerkezeti egységet feltételezzük, amely a PET reduktázban a ADPH, míg a M-ban a ADH specificitást határozza meg. Ez a szerkezeti motívum, új a flavoenzimek körében. Az ÖSE enzim tagok nem rendelkeznek kofaktor stabilizáló egységgel, míg a multidomén flavofehérjéknél erre külön domén szakosodott. Ligandum kötődés flavin elektronszerkezete és aktív centrumú hisztidinek szerepe A PET reduktázban és M-ban 20Å hosszú, oldószernek kitett csatornán keresztül jut a ligandum az enzimek aktív centrumába A csatornában, két fenolos csoportjával szembe néző tirozin szabályozza a ligandum bejutását ( gating mechanism ) (5.ábra). Mind M-ban és mind a PET reduktázban a ligandumok a flavin si oldalához kötődnek. A PET reduktázban a ligandumok -donor atomjaival [fenol származékok (pikrinsav, 2,4-DP) fenolos oxigénjükkel, a ciklikus enonok (1-ciklohexén-2-on, 3-oxo steroidok) karbonil oxigénjükkel] hidrogénhidat alakítanak ki az aktív centrum konzervatív hisztidinjeivel, His 181 és His 184 vel. A M-ban, a kodeinon karbonil oxigénje hasonló hidrogénhidat létesít a konzervatív His 186 - és Asn 189-nal. 4

A PET reduktázban egyértékű anionok (klorid, acetát, tiocianát, azid) kötődnek a flavin izoalloxazin gyűrűjének C1-1-2 elektronhiányos régiója fölé. Ezen anionak kompeteív inhibitorai az enzimeknek. edukció hatására az izoalloxazin gyűrű elektronszerkezete megváltozik, az anionok disszociálnak és rendezett víz molekula koordinálódik az említett régió fölé. Az izoalloxazin gyűrű az 5-10 tengelymentén meghajlik, úgynevezett lepke meghajlást szenved az 5 sp 3 hibridállapota miatt. A redukált enzim fehérje részének szerkezete megegyezik az oxidált enzimével (6. ábra). 6. ábra 7. ábra M opiát szubsztrátspecificitásáért felelős aminosav: Cys 191 A két enzim aktív centrumát összehasonlítva a legnagyob eltérést a M, Cys 191 jelenléte okozza. Ezen a helyen az ÖSE család tagjaiban konzervatív tirozin található, így a PET reduktázban is (Tyr 186 ). Az aktív centrum ezen tirozinja putatív proton donor, ciklikus enonok kettős kötésének redukciójában. A M-kodeinon komlex molekulaszerkezetében, a cisztein oldallánc iránya és távolsága, kizárja a lehetőségét annak, hogy a szubsztrátum és a cisztein közötti proton transzfer játszódjon le (7. ábra). A C191A M mutánssal végzett oldattanulmányok megerősítették a szerkezeti adatokat. A C191 nem szerepel katalitikusan aktív savként, oldalláncának mégis nagy szerepe van a szubsztrátspecificitás maghatározásában. Kis térkitöltése révén lehetővé teszi a kodeinon merev, robosztus vázának kötődését az aktív centrumhoz. Szteroid szubsztrátum különböző geometriájú kötődése az oxidált és az aktivált enzim-komplexben ligandum kötődés dinamikája PET reduktáz régió specifikusan redukálja a 3-oxo-1,4-dién szteroidok (prednizon, 1,4- androsztadién-3,17-dion) C1-C2 olefin kötését. Hasonló enzimaktivitásról nem számoltak be az ÖSE család tagjainak körében. Az oxidált PET reduktáz-szteroid szubsztrátum komplexben a szteroid β oldala néz szembe az izoalloxazin si oldalával (8.ábra, 5. ábra ). Ebben a geometriában a szubsztrátum redukálandó C1-C2 kettős kötése kedvezőtlen elrendezésben található, a hidridtranszfer szempontjából. Ahhoz, hogy a C1-C2 kettős kötés redukálódni tudjon, a katalitikusan aktív, két elektron redukált enzim-komplexben a szubsztrátum C1-C2 kö- 8. ábra Tyr 68 Arg 130 H H H H Tyr 186 5 C1 H H C2 FM 180 9. ábra His 184 5

tésének a flavin -5 atomjával fedésben kell lennie. Az optimális koordináció kialakulását két modellel értelmezhetjük a redukált enzimben: a szubsztrátum transzlációs mozgásával, és a szubsztrátum 180 -os fordulatával (9.ábra). A merev szteroid váznak köszönhetően, deutérium jelölő módszer segítségével és 2D-M spektroszkópia alkalmazásával a kettős kötés redukciójának sztereokémiája és mechanizmusa megállapíthatóvá vált. A vizsgálat alapján, az aktivált enzim-szubsztrátum komplexben a flavin -5 atomjáról kiinduló hidridtranszfer a szteroid A gyűrűjének 1α helyzetére irányul. Az ezt követő proton transzfer, pedig a putatív proton donorról (Tyr186) a szteroid 2β helyzetére történik. A szubsztrátum 180 -os fordulatot tesz, az oxidált komplexhez képest. A redukált enzimben a flavin lepke meghajlása indukálja azt a szteroid koordinációt, amelyben a síkból kilépő -5 és C19-βmetil csoport közötti sztérikus taszítás megszűnik. A szteroid szubsztrátum-enzim komplexek vizsgálata felhívta a figyelmet a ligandum kötődés dinamikájának fontosságára az aktivált enzimszubsztrátumok tanulmányozására. Elegendő a flavin elektronszerkezetének a megváltozása, hogy új sztérikus és elektrosztatikus viszonyokat teremtsen, amelyre az alkalmas szubsztrátum produktív kötődéssel válaszol. itroaromás vegyületek PET reduktáz katalizálta redukciója PET reduktáz kivételes nitroaromás gyűrű hidrogénezési aktivitással rendelkezik, TT és pikrinsav szubsztrátum esetén. Ezzel szemben a nikotinamid kofaktor függő flavoenzimek általános nitroreduktáz aktivitást mutatnak, a nitroaromás vegyületek nitrocsoportját redukálják. Stopped-flow spektrofotometriás vizsgálatok alapján, a két elektron redukált PET reduktáz két konszekutív hidridtranszfer lépésben alakítja át a TT-t. Az első hidridátadás a TT aromás gyűrűjének elektrofil C3 atomjára történik, hidrid-meisenheimer TT komplex képződése közben. A második hidridátadást a redukált PET reduktáz a hidrid-meisenheimer komplex elektrofil C5 atomján hajtja végre, dihidrid-meisenheimer TT komplexet képezve. A redukció azonban itt nem áll meg, gyors reakciós kinetikai vizsgálatok megerősítették, a redukált PET reduktáz egyedülálló katalitikus aktivitását dihidro-meisenheimer TT komplexszel szemben. A PET reduktáz katalizálta redukcióból idővel a dihidro-meisenheimer komplex elfogy és nitrit ion szabadul fel. PET reduktáz TT dihidrid-meisenheimer komplex redukáló aktivitásának jelentősége abban rejlik, hogy a reakció eredményeképpen a TT-ből nitrit ion szabadul fel. Így a PET reduktázt termelő Enterobakter cloacea nitrogén forrásként képes hasznosítani a táptalajból megfelelő koncentrációban jelenlevő TT-t. A TT-hez hasonlóan, a pikrinsavat a redukált PET reduktáz a nitroaromás gyűrű C5 és C5 helyzetében telíti, hidrid-meisenheimer - és dihidrid-meisenheimer pikrinsav komplex képződése közben. Az aromásgyűrű hidrogénezési aktivitás szerkezeti magyarázata - aktív centrumú hisztidinek szerepe PET reduktáz TT, PET reduktáz-pikrinsav valamint a PET reduktáz- 2,4-dinitrofenol komplexek molekula szerkezeteiben, mindhárom nitroaromás ligandum az izoalloxazin váz pirimidin gyűrűje fölé koordinálódik. Pikrinsav szubsztrátum és 2,4-dinitrotoluol inhibitor esetén, az aromás gyűrű szubsztituenseinek irányultságát a ligandumok fenolos oxigénje és a hisztidil oldalláncok között kialakuló hidrogénkötés határozza meg, TT kötődésekor, pedig az aromás gyűrű szubsztituensei és a hisztidil oldalláncok között fellépő sztérikus kényszerek (van der Waals taszítás). Mindezen kölcsönhatások a TT és pikrinsav elektrofil C5 illetve C3 atomját helyezik a flavin 5 atomja fölé, hidridtranszferhez kedvező elrendeződésben. A PET reduktáz homológjai is ÖSE, M is képesek a TT-t átalakítani, azonban a flavoenezimekre általánosan jellemző, nitroreduktáz aktvitással rendelkeznek. Az enzimek aktív centrumában, a flavin van der 6

Waals sugárnyi távolságában levő aminosavak közül, a három enzim a PET reduktáz 184-es helyén levő hisztidinben különböznek egymástól. Itt a M-ban Asn 189, az ÖSE-ben Asn 194 található. A ligandum kötődésében aktív szerepet játszó His 181 és His 184 aminosavakat hely-specifikus mutációval anilinre cserélve, az így előállított H181A - és H184A PET reduktáz mutánsok katalizálta TT degradációban, elmaradt a hidrid-meisenheimer TT komplex képződés. A hisztidin/alanin csere kioltotta az enzim nitroaromás gyűrű hidrogénezési aktivitását, helyette a nitrocsoport redukció volt tapasztalható. A nitroaromások aromás gyűrűjének telítéséhez pontos ligandum koordináció szükséges, olyan geometria, ahol a hidridetátadó flavin 5 és az aromás gyűrű elektrofil atomja közvetlen közelben kerülnek. Ezeket a sztérikus kényszereket mindkét hisztidin oldallánc együttes jelenléte alakítja ki az aktív centrumban. Valamelyik hisztidil oldallánc kiiktatásával, a TT aromás gyűrűje könnyen elmozdulhat az izoalloxazin gyűrűn, így a hiridátadás nem az aromás gyűrűn, hanem a nitrocsoporton valósul meg. Ezen eredmények felhasznásásával predikciós analízisre tehetünk kísérletet, azon enzimek felkutatására, amelyek az ÖSE családon belül rendelkezhetnek direkt nitroaromás gyűrű hidrogénezési aktivitással. Trp102 szerepe nitroaromások biodegradációjában- PET reduktáz- pikrinsav komplex molekula szerkezete szubatomos felbontásban Az 1,5 Å felbontású PET reduktáz pikrinsav komplex molekulaszerkezete a Trp 102 oldallánc és a pikrinsav 6-os helyzetű nitrocsoportjának sajátos kölcsönhatására hívta fel a figyelmet (8. ábra). A pikrinsavenzim komplex szubatomos felbontású szerkezete lehetővé tette, hogy az elektron sűrűség térképen láthatóvá váljanak a multikonformációban jelenlevő aminosavak, azaz a fehérje dinamikájára is felvilágosítást kaphassunk. Az 1,5 Å felbontásban látott egységes konformációjú Trp 102 aminosav két konformációra hasad a 0,9 Å felbontásban (10.ábra). Mindezt azzal magyarázhatjuk, hogy a kristályban a pikrinsav részlegesen kötődik az aktív centrumhoz, 1 mól enzim csupán 0,34 mól pikrinsavat köt meg. A szubsztrátum jelenléte a triptofán oldalláncát elmozdulásra kényszeríti. Ennek megfelelően a Trp 102 34%-nál észlejük a pikrinsav-kötődés indukálta konformáció módosulást, míg a fennmaradó 66%-nál, a szabad enzimre jellemző konformációt látjuk. 8. ábra 10. ábra A Trp 102 indol gyűrűjének elmozdulása konformáció változások sorozatát indukálja oldalláncon és a fehérje főláncában. A szubsztrátum kötődés okozta konformációs változások mellett, a molekulaszerkezet rendezetlen régiói, a multikonformációban jelenlevő aminosavak is láthatóvá válnak. A leggyakrabban az α- hélixek (α4, α8, és α2) glutamát -, valin és lizin oldallácai valamint β-redőben és hurokban is előforduló argininek és szerinek töltenek be kevert konformációs állapotot. Hely-specifikus mutációval előállított W102Y és W102F PET reduktáz kinetikai és szerkezeti vizsgálata azt bizonyította, hogy az indolnál kisebb térkitöltésű oldallánccal rendelkező aminosavak szorosabb ligandum kötődést tesznek lehetővé A W102Y PET reduktáz aktív centrumához a szubsztrátum nemcsak 7

szorosabban, hanem hidridtranszfer szempontjából kedvezőbb geometriával kötődik, mint a vad típusú enzimhez. Ezt igazolja TT szubsztrátum esetén az oxidatív-félreakcióban mért Meisenheimer-komplex képződési sebességi állandójának közel háromszorosára történő növekedése, a vad típusú enzimnél mérthez képest. Szerkezeti alapokon nyugvó célzott fehérje mérnökséggel, kisebb térkitöltésű aminosav cserével kiiktatható volt a Trp 102 oldallánc, ligandum kötődést csökkentő sztérikus gátlása, ezáltal megtöbbszöröződött az enzim nitroaromás gyűrű telítési aktivitása. Konklúzió agy fokú homológiát mutató, az öreg sárga enzimek családjához tartozó enzimek, PET reduktáz és M reduktáz, atomos felbontású háromdimenziós molekula szerkezeteivel, az enzimszabályozás néhány fontos jellemzőjére sikerült rávilágítanunk. Fontos szerepük lehet a mobilis hurkokat meghatározó, kis homológiát mutató szekvencia régióknak családon belül. Ebből a régiókból alakulhatnak ki az evolúció során a szuperszekunder szerkezetek, amelyek specializálódhatnak például koenzim felismerő helyekké. A szubsztrátum-enzim komplexek vizsgálata felhívta a figyelmet az enzim dinamika és a ligandum kötődés dinamikájának fontosságára. Elegendő a flavin elektronszerkezetének a megváltozása, hogy új sztérikus és elektrosztatikus viszonyokat teremtsen, amelyre az alkalmas szubsztrátum produktív kötődéssel válaszol. Ugyanakkor láthattuk, hogy az aktív centrum aminosavait hidrogénhid hálózat rögzít, ezzel meghatározva az aktív centrum geometriáját. Amikor kis geometriai változást okozó aminosavcserét hajtottunk végre, például Trp/Tyr csere esetén, akkor az aktív centrum geometriai merevségét győztük le. Ezzel, az addig, a nitroaromásokkal szemben kis aktivitást mutató enzim működése hatékonyabbá vált a kívánt mechanizmus irányába. Azonban eszenciális aminosav cserével, mint a ligandum kötést befolyásoló hisztidinek, kiolthatjuk az enzim addigi tevékenységét. Az öreg sárga enzim család fehérjéi biodiverzitásukat részben vázszerkezetüknek köszönhetik, hiszen néhány pont mutációval merőben megváltozik kémiai aktivitásuk és szubsztrátspecificitásuk. Ezért nem véletlen, hogy a család tagjai xenobiotikumok átalakításában vesznek részt. 8

Publications/A disszertáció alapját képező közlemények listája Atomic resolution structures and solution behaviour of enzyme-substrate complexes of Enterobacter cloacae PB2 pentaerythritol tetranitrate reductase (2004). Khan, H. Barna T.,. C., Scrutton,. S. & Moody. J. Biol. Chem. 279, 30563-30572. Crystal structure of bacterial morphinone reductase and properties of the C191A mutant enzyme (2002). Barna, T., Messiha, H. L.,Petoza, C., Bruce,. C., Scrutton,. S. & Moody, P. C. E. J. Biol. Chem. 277, 30976-30983. Kinetic and structural basis of reactivity of pentaerythritol tetranitrate reductase with ADPH, 2- cyclohexenone, nitroesters and nitroaromatic explosives (2002). Khan, H., Harris,. J., Barna, T., Craig, D. H., Bruce,. C., Munro, A. W., Moody, P. C. E. and Scrutton,. S. J. Biol. Chem. 277, 21906-21912. Mechanistic studies of Trp-102 mutant forms of pentaerythritol tetranitrate reductase (2002). Bruce,. C., Barna, T., Harris,. J., Khan, H., Moody, P. C. E. & Scrutton,. S. In Flavins and flavoproteins (eds. Perham,.., Chapman, S. K.) 205-210. Pentaerythritol tetranitrate reductase: reaction with ADPH, steroids, 2-cyclohexenone, nitroesters and nitroaromatic explosives (2002). Bruce,. C., Barna, T., Khan, H., Harris,. J., Munro, P. C. E. & Scrutton,. S. In Flavins and flavoproteins (eds. Perham,.., Chapman, S. K.) 247-252. Bacterial morphinone reductase: active site structure and properties of active site mutant enzymes (2002). Bruce,. C., Messiha, H. L., Barna, T., Moody, P. C. E. & Scrutton,. S. In Flavins and flavoproteins (eds. Perham,.., Chapman, S. K.) 287-292. Effects of environment on flavin reactivity in morphinone reductase: analysis of enzymes displaying differential charge near the 1 and C2 carbonyl region of the active site flavin (2001). Craig, D. H., Barna, T., Moody, P. C. E., Bruce,. C., Chapman, S. K., Munro, A. W. & Scrutton,. S. Biochem. J. 359 315-323. Crystal structure of pentaerythritol tetranitrate reductase: 'flipped' binding geometries for steroid substrates in different redox states of the enzyme (2001) Barna, T., Khan, H., Bruce,.C., Barsukov, I., Scrutton,.S. & Moody, P.C.E. J. Mol. Biol.310 433-447. Structure and mechanism of an explosives-degrading enzyme: PET reductase (1999). Barna, T., Moody, P. C. E., Craig, D. H., Bruce,. C. & Scrutton,. S. In Flavins and flavoproteins (eds.ghisla, S, Kroneck, P.,) pp. 671-674. 9

10