4. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés

Hasonló dokumentumok
8. Egyszerû tesztek sûrûség funkcionál módszerek minõsítésére

3. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés

5. Az elektronkorreláció szerepe a metil-amin nagy amplitúdójú mozgásainak leírásában. DFT és poszt Hartree- Fock számítások

Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 13. mérés: Molekulamodellezés PC-n április 29.

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39

Kémiai kötések. Kémiai kötések. A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39

A kovalens kötés elmélete. Kovalens kötésű molekulák geometriája. Molekula geometria. Vegyértékelektronpár taszítási elmélet (VSEPR)

FELADATMEGOLDÁS. Tesztfeladat: Válaszd ki a helyes megoldást!

A kovalens kötés polaritása

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Slide 1 /39

Elektronegativitás. Elektronegativitás

Általános és szervetlen kémia 3. hét Kémiai kötések. Kötések kialakítása - oktett elmélet. Lewis-képlet és Lewis szerkezet

Kötések kialakítása - oktett elmélet

Savak bázisok. Csonka Gábor Általános Kémia: 7. Savak és bázisok Dia 1 /43

Kutatási terület. Szervetlen és szerves molekulák szerkezetének ab initio tanulmányozása

Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Slide 1 /39

3. A kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás

Fizikai kémia 2. Előzmények. A Lewis-féle kötéselmélet A VB- és az MO-elmélet, a H 2+ molekulaion

BÍRÁLAT. Kállay Mihály Automatizált módszerek a kvantumkémiában című MTA doktori értekezéséről.

A SZILÁRDTEST FOGALMA. Szilárdtest: makroszkópikus, szilárd, rendezett anyagdarab. molekula klaszter szilárdtest > σ λ : rel.

Energiaminimum- elve

Savak bázisok. Csonka Gábor Általános Kémia: 7. Savak és bázisok Dia 1 /43

Kinetika. Általános Kémia, kinetika Dia: 1 /53

A kémiai kötés magasabb szinten

Kémiai kötés Lewis elmélet

Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Probléma: fehérjéknél nagy dimenziók értelmetlen QM eredmények.

Kémiai alapismeretek 3. hét

A kémiai kötés magasabb szinten

Periódusos rendszer (Mengyelejev, 1869) nemesgáz csoport: zárt héj, extra stabil

A kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás

Kémiai átalakulások. A kémiai reakciók körülményei. A rendszer energiaviszonyai

Sillabusz orvosi kémia szemináriumokhoz 1. Kémiai kötések

Kémiai kötések. Kémiai kötések kj / mol 0,8 40 kj / mol

A kémiai kötés eredete; viriál tétel 1

Reakciókinetika. Általános Kémia, kinetika Dia: 1 /53

Átmenetifém-komplexek mágneses momentuma

Fémorganikus kémia 1

1. változat. 4. Jelöld meg azt az oxidot, melynek megfelelője a vas(iii)-hidroxid! A FeO; Б Fe 2 O 3 ; В OF 2 ; Г Fe 3 O 4.

Atomszerkezet. Atommag protonok, neutronok + elektronok. atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok

Víz. Az élő anyag szerkezeti egységei. A vízmolekula szerkezete. Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges

Szénhidrogének II: Alkének. 2. előadás

R nem hidrogén, hanem pl. alkilcsoport

Cikloalkánok és származékaik konformációja

Általános és szervetlen kémia 3. hét. Kémiai kötések. Kötések kialakítása - oktett elmélet. Az elızı órán elsajátítottuk, hogy.

Jegyzet. Kémia, BMEVEAAAMM1 Műszaki menedzser hallgatók számára Dr Csonka Gábor, egyetemi tanár Dr Madarász János, egyetemi docens.

20/10/2016 tema04_biolf_

Termokémia. Hess, Germain Henri ( ) A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011

tema04_

4. Molekulák, ionok, kémiai alapelvek, a kémiai kötés típusai. Kémiai kötés kialakulásának oka: energianyereség.

A periódusos rendszer, periodikus tulajdonságok

Szalai István. ELTE Kémiai Intézet 1/74

Fizikai kémia 2. ZH II. kérdések I. félévtől

Atomok. szilárd. elsődleges kölcsönhatás. kovalens ionos fémes. gázok, folyadékok, szilárd anyagok. ionos fémek vegyületek ötvözetek

Kémiai átalakulások. A kémiai reakciók körülményei. A rendszer energiaviszonyai

Atommodellek de Broglie hullámhossz Davisson-Germer-kísérlet

R nem hidrogén, hanem pl. alkilcsoport

Periciklusos reakciók

Alapvető bimolekuláris kémiai reakciók dinamikája

Szemináriumi feladatok (alap) I. félév

Periódusosság. Általános Kémia, Periódikus tulajdonságok. Slide 1 of 35

Katalízis. Tungler Antal Emeritus professzor 2017

4. változat. 2. Jelöld meg azt a részecskét, amely megőrzi az anyag összes kémiai tulajdonságait! A molekula; Б atom; В gyök; Г ion.

Periódusosság. Általános Kémia, Periódikus tulajdonságok. Slide 1 of 35

Szénhidrogének III: Alkinok. 3. előadás

Kémiai reakciók. Kémiai reakció feltételei: Aktivált komplexum:

Célkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése

MÉRÉSI EREDMÉNYEK PONTOSSÁGA, A HIBASZÁMÍTÁS ELEMEI

Az egyensúly. Általános Kémia: Az egyensúly Slide 1 of 27

Ψ N (r 1 s 1, x 2 x N )Ψ * N(r 1 s 1, x 2 x N ) ds 1 dx 2 dx N (1) A sűrűségmátrixok

A kémiatanári zárószigorlat tételsora

SZÁMÍTÓGÉPES KÉMIA ALAPJAI VEGYÉSZMÉRNÖK BSc. NAPPALI TÖRZSANYAG

Kémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval

Atomszerkezet. Atommag protonok, neutronok + elektronok. atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok

Sav bázis egyensúlyok vizes oldatban

Spektroszkópiai módszerek 2.

OH ionok LiNbO 3 kristályban (HPC felhasználás) 1/16

Kutatási beszámoló 2006

Reakciókinetika és katalízis

Modern fizika laboratórium

Adatgyűjtés, mérési alapok, a környezetgazdálkodás fontosabb műszerei

Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások Definíciók

Figyelem, próbálja önállóan megoldani, csak ellenőrzésre használja a következő oldalak megoldásait!

Modern Fizika Labor. 12. Infravörös spektroszkópia. Fizika BSc. A mérés dátuma: okt. 04. A mérés száma és címe: Értékelés:

A mérési eredmény megadása

Gázok. 5-7 Kinetikus gázelmélet 5-8 Reális gázok (korlátok) Fókusz: a légzsák (Air-Bag Systems) kémiája

Adatgyűjtés, mérési alapok, a környezetgazdálkodás fontosabb műszerei

HALOGÉNEZETT SZÉNHIDROGÉNEK

1 Műszaki hőtan Termodinamika. Ellenőrző kérdések-02 1

KÉMIA ÍRÁSBELI ÉRETTSÉGI- FELVÉTELI FELADATOK 1997

Kémiai kötés: több atom reakcióba lépése során egy közös, stabil (telített) külső elektronhéj alakul ki.

Modern fizika laboratórium

Általános Kémia. Sav-bázis egyensúlyok. Ecetsav és sósav elegye. Gyenge sav és erős sav keveréke. Példa8-1. Példa 8-1

1.7. Felületek és katalizátorok

Az elemeket 3 csoportba osztjuk: Félfémek vagy átmeneti fémek nemfémek. fémek

Szemináriumi feladatok (alap) I. félév

ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.

Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 12. mérés: Infravörös spektroszkópia május 6.

dinamikai tulajdonságai

A hidrogénmolekula. Emlékeztető: az atompályák hullámok (hullámfüggvények!) A hullámokra érvényes a szuperpozíció (erősítés és kioltás) elve!

Átírás:

4. A -()- molekula ab iníció egyensúlyi geometriája és egy disszociációs csatornája. A CT2 módszer. A DFT módszerek teljesítõképessége kéntartalmú molekulák esetében III. IV. Csonka, G. I., Loos, M., Kucsman, A, and Csizmadia, I. G., Ab Initio study of the energy hypersurface of uneven sulfuranes. Dissociation of from -()-, Chem. Phys. Lett., 230 (1994) 203. Csonka, G. I., Loos, M., Kucsman, A, and Csizmadia, I. G., Ab Initio geometry optimization of the -()- uneven sulfurane with the inclusion of electron correlation, J. Mol. truct. (Theochem), 315 (1994) 29. VII. VIII. Csonka, G. I. and Anh, N., The ability of the MP2 and MP3 methods to model the QCID(T) basis set extension effects for the hydrogen atoms in molecules, Porceedings of First Electronic Computational Chemistry Conference (1995). Csonka, G. I., Anh, N., and Réffy, J., The performance of Generalized Gradient Approximation DFT methods with gaussian basis sets: ulfur and Chlorine-containing molecules, Porceedings of First Electronic Computational Chemistry Conference (1995). 4.1. Bevezetés A -()- molekulában egyszerûbb F számítások szerint 1,2,3 a két - kötés nem egyforma hosszú. Megvizsgáltam, hogy az elektronkorreláció figyelembevételével számított MP2 és CCD(T) eredmények alátámasztják-e ezt. Analizáltam a kötéshossz különbség okát és annak egyik következményét, kihasadását a molekulából. Megtaláltam a szulfuránok elõállításakor tapasztalt nehézségek egyik lehetséges eredetét is. Az energia különbségek kiszámításához a G2(MP2) módszert és annak általam módosított változatát használtam. Külön figyelmet fordítottam a bázis növelési hatásokra és a DFT módszerek alkalmazhatóságára kéntartalmú vegyületek esetén. syn 4.1. ábra. A -()- molekula két azonos energiájú aszimmetrikus egyensúlyi konformációja és két szimmetrikus (C s ) anti és szin átmeneti állapota. 4.2. Eredmények anti 22

4.1. táblázat. A -()- molekula különbözõ módszerekkel számított egyensúlyi geometriája. Az alapértelmezés RF módszer, az MP2 és CCD módszereket külön jelöltük. a Geometriai Módszer / bázis paraméter 3-21G(d) 6-31G(d) CEP-121G(d) MP2/6-311G(d) CCD/6-311G(d) -(1) 248,48 249,52 241,59 234,90 236,07 -(2) 208,88 208,34 211,72 219,67 218,51-160,07 159,86 161,17 162,71 162,49-131,69 131,90 133,32 134,33 134,58-98,12 96,36 95,85 97,12 96,62 (1)--(2) 173,12 174,27 174,22 174,05 173,98 --(1) 84,41 84,63 85,97 87,96 87,68 --(1) 82,76 82,87 84,28 86,33 85,95 -- 111,27 107,37 107,57 108,29 108,66 a A kötéstávolságokat pm-ben, a kötésszögeket -ban adtam meg. Megállapítottam, hogy az MP2 és CCD/6-311G(d) módszer szerint a -()- molekula aszimmetrikus formája stabilabb, mint az átmeneti állapotnak tekinthetõ szimmetrikus C s forma. Az MP2 és CCD egyensúlyi geometria azt mutatja, hogy az csoport hidrogénje felé esõ (1)- kötés 15-18 pm-rel hosszabb, mint az ellenkezõ irányban álló (2)- kötés [III]. Az MP2/6-311G(d) egyensúlyi geometria felhasználásával végzett CCD(T)/6-311G(d) számítások szerint a -()- molekulában az - csoport forgási gátmagassága 3,61 kcal/mol az anti átmeneti állapot irányában számítva és 5,08 kcal/mol a szin átmeneti állapot irányában számítva. Tapasztalatunk szerint az RF/CEP számítások a korrelált számításokkal egyezõ gátmagasságot adnak. Ez az egyezés a F módszer és a CEP bázisok hibáinak kiegyenlítõdésébõl adódik [III]. Tanulmányoztam a -()- molekula legfelsõ betöltött molekulapályáit. Az RF/6-31G(d) számítások szerint a M-1 és -2 molekulapályák az hidrogénhez közelebb esõ (1) atomi pályái. A következõ két molekulapálya a másik, (2) atom pályáiból alakul ki. A következõ két pálya (M-5 és -6) az oxigén magányos párjainak és az -(2) kötés pályáinak erõs kölcsönhatását mutatja. Ez a kölcsönhatás felelõs az -(2) kötés megrövidüléséért [III]. MP2/6-311G(d) szinten tanulmányoztam, hogy a -()- molekulában az -(1) kötés további nyújtása milyen geometria és energia változásokat okoz. Eredményeink alapján a (1) atom és az csoport hidrogénatomja közötti kölcsönhatás elegendõen erõs ahhoz, hogy az -(1) kötés nyújtásakor az kötés is elszakadjon és egy molekula lépjen ki. A -()- molekula többféleképpen is disszociálhat, de a molekula aszimmetriája és torzult szerkezete - a hosszabb -(1) kötés - jelzi az egyik lehetséges disszociációs utat, a kihasadását [IV]. Az általam javasolt CT2 módszerrel a következõ módon lehet egy molekula energiáját 0 K hõmérsékleten kiszámítani: E CT2 (0) = E[CCD(T)/6-311G(d)] E (MP2) E(ZPE), (4.1) ahol E (MP2) = E[MP2/6-311G(3df,2p)] - E[MP2/6-311G(d)] és E(ZPE) a F/6-31G(d) szinten számított, 0,893 konstanssal skálázott zérus pont 23

energia. A számításokhoz MP2=FC/6-31G(d) szinten optimalizált geometriát használtam. A módszer lényegesen gyorsabb a Pople és mtsai által ajánlott G2(MP2) módszernél, viszont hasonló jó eredményt ad. A sebesség növekedés a gyorsabb MP2 geometria optimalizálásból és fõleg a legdrágább CCD(T) módszer esetén a kisebb bázis használatából adódik (a CT2 módszerben nem alkalmazunk a hidrogéneken polarizációs függvényeket) [IV]. 4.2 táblázat. 32 kiválasztott molekula E = E(6-311G(d)) - E(6-311G(d,p)) energiacsökkenése MP2, MP3 és QCID(T) módszerekkel számítva, artree egységekben, csökkenõ sorrendben. A -()- molekula (19) és a disszociácó két lehetséges terméke (4) és (9) félkövér karakterekkel van szedve. Molekula E(MP2) E(MP3) E(QCID(T)) 1 Na -0,0068-0,0075-0,0067 2 Li -0,0072-0,0082-0,0078 3 gyök -0,0145-0,0146-0,0148 4 -() -0,0142-0,0146-0,0148 5 C 2 triplett -0,0151-0,0162-0,0161 6 Mg 2-0,0156-0,0179-0,0174 7 C 2 singlett -0,0162-0,0175-0,0174 8 Be 2-0,0148-0,0174-0,0176 9-0,0174-0,0176-0,0176 10 - -0,0176-0,0176-0,0177 11 F -0,0182-0,0179-0,0182 12 C 3-0,0188-0,0204-0,0205 13 i 2 triplett -0,0207-0,0228-0,0220 14 C 3 gyök -0,0224-0,0242-0,0239 15 i 2 singlett -0,0222-0,0246-0,0241 16 B 3-0,0226-0,0255-0,0254 17 C 2-0,0242-0,0255-0,0257-18 N 2-0,0258-0,0265-0,0263 19 -()- -0,0283-0,0293-0,0290 20 2-0,0291-0,0292-0,0295 21 N 3-0,0285-0,0296-0,0295 22 2-0,0293-0,0299-0,0298 23 N 4-0,0288-0,0301-0,0301 24 2-0,0296-0,0308-0,0302 25 Al 3-0,0271-0,0311-0,0307 26 C 4-0,0299-0,0323-0,0318 27 3-0,0313-0,0319-0,0323 28 i 3 gyök -0,0314-0,0351-0,0341 29 P 3-0,0363-0,0392-0,0382 30 3-0,0374-0,0393-0,0386 31 P 4-0,0428-0,0467-0,0459 32 i 4-0,0420-0,0473-0,0463 Vizsgálataim szerint az MP2 módszer egyes fémes és fémorganikus hidridek, valamint kationok esetében (Mg 2, Be 2, C 3, i 2 (singlett), B 3, Al 3, i 3 gyök, P 4 és i 4 ) közelíti legrosszabbul a QCID(T) (4.2 táblázat) és a CCD(T) eredményeket (4.2 24

táblázat). Ezekben az esetekben a hiba elérheti a 0.0020-0.0040 artree-t (1-2 kcal/mol). Az átlagos hiba 0.0014 artree (0.9 kcal/mol). A statisztikai analízis szerint az illeszthetõ nulla tengelymetszetû egyenes iránytangense 1.057 (R 2 = 0.990). Néhány esetet leszámítva az MP2 módszer megfelelõ pontossággal tudja visszaadni a bázis bõvítésének hatását. Az MP3 módszerrel még jobb eredményt kapunk, mert az MP2 számára nehéznek bizonyult esetekben is jó közelítést ad. Az illeszthetõ nulla tengelymetszetû egyenes iránytangense 0,988 (R 2 = 0.998). A G2(MP2) módszerben szereplõ QCID(T) módszer lecserélése CCD(T)-re elvileg javítja a módszer megbízhatóságát, de megjegyezzük, hogy az általunk vizsgált molekulákban a két módszer azonos eredményeket ad [VII]. 4.3. táblázat. A, -() és -()- molekulák számított teljes és zéruspont rezgési energiái (ZPE) (artree) és a -()- -() reakció disszociációs energiája (kcal/mol). a) -() -()- E(dissoc.) CCD(T)/6-311G(d) -460,24573-932,92718-1393,16041-7,84 MP2/6-311G(d) -460,22658-932,88737-1393,10106-8,09 MP2/6-311G(d,p) -460,24400-932,90156-1393,12938-10,14 MP2/6-311G(2d,p) -460,26487-932,99096-1393,24616-6,07 MP2/6-311G(3df,p) -460,29712-933,08496-1393,37291-5,75 MP2/6-311G(3df,2p) -460,29874-933,08612-1393,37617-5,45 QCID(T)/6-311G(d) -460,24577-932,92842-1393,16123-8,13 QCID(T)/6-311G(d,p) -460,26336-932,94324-1393,19022-10,27 E(ZPE) b) F/6-31G(d) 0,00649 0,01773 0,02756-2,09 a) MP2=FC/6-31G(d) egyensúlyi geometriával számítva. b) 0.893-mal korrigált érték. A -()- molekula -re és -()-ra történõ disszociációját G2(MP2) és az általam javasolt CT2 szinten tanulmányoztam. Mindkét módszer közel azonos eredményt adott, a G2(MP2) módszer -7,68 kcal/mol, a CT2 módszer, (4.1) egyenlet, -7,29 kcal/mol disszociációs energiát jósol (v.ö. 4.3 táblázat). Megjegyezzük, hogy a G2(MP2) módszerben alkalmazott magasabb szintû, empirikus korrekciók itt kiesnek, mivel a reakció során a párosítatlan elektronok száma nem változik. Ez a viszonylag jó egyezés mindkét számítás jó minõségét alátámasztja. Az a tény, hogy a -()- egy viszonylag magas energiájú energia minimumban található a -hez és ()-hez képest, arra utal, hogy a szulfurán szintézis energia szempontjából kedvezõtlen. A = kötésre történõ addíciójához ezért ebben az esetben energia befektetésre van szükség [IV]. 25

2/s-cl 2/cl-s-cl 2.12 2.10 2.08 2.06 2.04 2.02 2.00 F B3-P86 B3-LYP B-P86 B-LYP 105.50 105.00 104.50 104.00 103.50 103.00 102.50 102.00 F B3-P86 B3-LYP B-P86 B-LYP 4.2 ábra. Az 2 molekula különbözõ DFT módszerekkel számított egyensúlyi - kötéstávolsága (Å) és -- kötésszöge ( ). A nyíllal jelölt érték az MP2/6-311G(d) módszerrel számított érték. -C-/c-s F2/-F 1.58 1.68 1.66 1.57 1.56 1.55 1.54 1.64 1.62 1.60 1.58 1.56 F B3- P86 B3- LYP B- P86 B- LYP 1.54 F B3-P86 B3-LYP B-P86 B-LYP 4.3 ábra. A C 2 és az F 2 molekulák különbözõ DFT módszerekkel számított egyensúlyi kötéstávolságai (Å). A nyíllal jelölt érték az MP2/6-311G(d) módszerrel számított érték. A 2, a 2 2, a 2, a C 2 és az F 2 molekulák különbözõ GGA- és ACM-DFT módszerekkel számított egyensúlyi geometriája alapján megállapítható hogy a bázis minõségének javítása fokozatos -, C- és F- kötés rövidülést okoz. A módszerek közül a bázistól függetlenül a legrövidebb kötést a F módszer adja. A Coulomb korreláció figyelembevétele kötéshossz növekedést okoz. Megállapítható, hogy a DFT módszerek között ebbõl a szempontból egy meglehetõsen szigorú sorrend van. A legrövidebb kötést a B3P86 módszer adja, majd ennél egyre hosszabb kötéstávolságokat kapunk a B3LYP, a B- P86 és a B-LYP módszerrel. Az MP2 módszerrel számított kötéshossz általában a B3P86 és B3LYP módszerekhez közeli eredményt ad (4.2. és 4.3. ábra). A kötésszögek esetében a bázistól való függés kicsi, és módszertõl való függés hasonló a kötéshosszak esetében tapasztalható függéshez (4.2 ábra) [VIII]. Irodalomjegyzék 1 M. Loos, J.-L. Rivail, Á. Kucsman, I.G. Csizmadia, J. Mol. truct. (TECEM) 230 (1991) 143. 2 M. Loos, J.-L. Rivail, Á. Kucsman, I.G. Csizmadia, Phosphorus, ulfur and ilicon 74 (1993) 441. 3 Á. Kucsman, E. A. Innes, I.G. Csizmadia, Can. J. Chem. 1994 (72) 2153. 26