ELIXIR-Magyarország: lehetőségek és kihívások: Bálint Bálint L, Debreceni Egyetem, ELIXIR-Magyarország oktatási koordinátor

Átírás

1 ELIXIR-Magyarország: lehetőségek és kihívások: Bálint Bálint L, Debreceni Egyetem, ELIXIR-Magyarország oktatási koordinátor

2 ELIXIR European Life Science Infrastructure for Biological InfoRmation Cél: élettudományi adatok és kapcsolódó szolgáltatások hozzáférhetőségének koordinálása

3 Az ELIXIR, mint kutatási infrastruktúra HEALTH & FOOD European Strategy Forum on Research Infrastructures 5 munkacsoport 13 db biológiai és orvosi kutatási infrastruktúra (RI)

4 ELIXIR: European infrastructure for biological information Data infrastructure for Europe s life-science research: Data Interoperability Tools Compute

5 Fókuszpontok Humán genomika Proteomika Mezőgazdasági genomika Állatorvos-tudomány Ökológia

6 Project vision: A virtuous cycle that join People and Data across disciplines, countries and projects through standards, tools and clouds and supports the best science Users doing the best science, wherever they are based FAIR Data Users Data from advanced facilities across Europe Deploying common workflows at shared clouds Clouds Data Generating open access scientific data published in long-lasting archives Tools Standards

7

8

9

10

11

12

13

14

15 Tíz szabály egy bioinformatikai közösség felépítéshez 1. Megéri bekapcsolódni. 2. Egyértelmű célok, vízió. 3. Biztosítani kell a horizontális kommunikációs csatornákat: levelezőlista 4. Átlátható döntéshozatal. 5. Nyílt kommunikáció. 6. Könnyű bekapcsolódás és pozitív befogadó közeg. 7. Működéshez szükséges eszközök biztosítása. PLoS Comput Biol Feb 5;11(2):e doi: /journal.pcbi A quick guide for building a successful bioinformatics community.

16 2018 Nov 17-18: GALAXY RNA SEQ- kurzus, Debrecen Dec 1-2: Software Carpentry workshop, Debrecen Oktatási tervek 2019 Február közepe: Train the Trainer workshop, Debrecen Tavasz_1: Data Carpentry: Semmelweis Egyetem Tavasz_2: Data Carpentry, Debrecen TBD: Genome Assembly Workshop (ELIXIR SI) Rare Diseases Data Analysis Workshop Proteomics in Galaxy Workshop SWC2 SWC végére cél, hogy valamenyi nagy egyetemi központban legyen elérhető bioinformatikai oktatási csapat.

17 Networking tervek és lehetőségek 2018 Beadásra került egy Rare Disease Oktatási pályázat (1 FTE) : INFRADEV-3: Két magyar javaslatot továbbítottunk a HUB-ba. Egy szakmai csoport felállítása Dosztányi Zsuzsa javaslatára Egy hálozatosodási terv, regionális és ELIXIR-EUROPE kapcsolódási pontokkal. Prioritások: EGA- local EGA- European Genome-Phenotype Archive felállítása FAIR-ification: Findable Accessible, Interoperable, Reusable Data-Stewardship képzések beindítása

18 ELIXIR Human genomics portfolio Generate Diverse data from diverse providers Archive, discover, manage Store, access and share data of multiple types and origin Analyse Remote real-time visualization of human rare disease genomics data (RD-Connect) stored at the EGA Interpretation of phenotypic and genotypic variation for rare diseases in terms of biological pathways

19 Local EGA Sensitive data are stored locally EGA provides the software platform First example in late 2018 with national partners

20 The ELIXIR Training Portal - TeSS

21 Együttműködési lehetőséget kínáló Use Case-ek Use case Kontakt Intézmény Marine metagenomics Human Genomics and Translational Data Rare disease community Jordán Ferenc Pongor Sándor Bálint Bálint Győrffy Balázs Balogh István Gyenesei Attila MTA ÖK PPKE DE MTA TTK DE PTE SZKK Tusnády Gábor MTA TTK Proteomics + Csikász-Nagy Attila, Gáspári Zoltán PPKE Galaxy + Gyenesei Attila PTE SZKK Microbial biotechnology Pongor Sándor PPKE Fuxreiter Mónika DE Intrinsically Disordered Simon István MTA TTK Proteins Dosztányi Zsuzsanna ELTE Human Cell Atlas Gáspári Zoltán PPKE Human copy number variation Monostory Katalin MTA TTK

22 elixir-hungary.org Az ELIXIR Board magyar delegáltjai: Patthy László MTA TTK EI (tudományos del.) Dr. Győrffy Balázs Head of Node Tóth Gábor NKFIH (adminisztratív del.) A magyar Node honlapja: elixir-hungary.org