CLUSTALW Multiple Sequence Alignment

Hasonló dokumentumok
first base of sequence is at -32 with respect to the ATG of start site of At1g10010 start site of At1g10010

Gyakorlati bioinformatika

Problémák és megoldások a bioinformatikában. Válogatott fejezetek a bioinformatikából. Gyimesi Gergely, február 25.

Supporting Information

Significance assessment in local sequence alignment with gaps. Ralf Bundschuh Department of Physics, The Ohio State University

1. Gyakorlat: Telepítés: Windows Server 2008 R2 Enterprise, Core, Windows 7

Laborgyakorlat: A Windows XP haladó telepítése




Correlation & Linear Regression in SPSS

Manuscript Title: Identification of a thermostable fungal lytic polysaccharide monooxygenase and

SOLiD Technology. library preparation & Sequencing Chemistry (sequencing by ligation!) Imaging and analysis. Application specific sample preparation

discosnp demo - Peterlongo Pierre 1 DISCOSNP++: Live demo

IRODALOMJEGYZÉK 67: 181: 97: 229: 190: 39: 48: 32: 16: 103: 17: 25: 12:

Molekuláris evolúció második gyakorlat

Számla Hiteles másolat 2/2.példány 1.lap

Klaszterezés, 2. rész

Using the CW-Net in a user defined IP network

Széchenyi István Egyetem

Miskolci Egyetem Gazdaságtudományi Kar Üzleti Információgazdálkodási és Módszertani Intézet. Correlation & Linear. Petra Petrovics.

Csatlakozás a BME eduroam hálózatához Setting up the BUTE eduroam network

Formula Sound árlista

Stage 1st 1. pálya. Bel SE Hungary IPSC. Course Designer:Attila Belme, Attila Kovács

Bioinformatics: Blending. Biology and Computer Science

Bozóki Sándor. MTA SZTAKI, Budapesti Corvinus Egyetem. Vitaliy Tsyganok

Phenotype. Genotype. It is like any other experiment! What is a bioinformatics experiment? Remember the Goal. Infectious Disease Paradigm

Használati útmutató. Figyelem. Egészsége megőrzése érdekében a gépen való edzés megkezdése előtt kérje orvosa tanácsát.

Modellalkotás UML-ben

A TV2 Mű szaki Mé dia Spécifika ció ja nak mégféléló fa jlók éló a llí ta sa kű ló nbó zó va gó i szóftvérékbén

Alkalmazás-shop (Internet-kapcsolat szükséges)

FELÜLET...13 PROJEKTTERV...14

BEVEZETÉS Az objektum fogalma

KIEGÉSZÍTŽ FELADATOK. Készlet Bud. Kap. Pápa Sopr. Veszp. Kecsk Pécs Szomb Igény

Internet technológiák

Szélesség (cm) 60 x 60. Magasság (cm) 60. Mélység (cm) 30. Felső sarok ferde konyhabútor elem. Ajtó típus ÁR kulcsrakész ÁR lapraszerelt

Szélesség (cm) 60 x 60. Magasság (cm) 60. Mélység (cm) 30. Felső sarok L konyhabútor elem. Ajtó típus ÁR kulcsrakész ÁR lapraszerelt

FOSS4G-CEE Prágra, 2012 május. Márta Gergely Sándor Csaba

A library for the user: new building, new organisation, new services

IKR Agrár Kft. biztonsági elemzése Füzesabony Területi Központ

Mai témák. Fehérjék dinamikájának jelentősége. Számítógépes modellezés jelentősége

ESZTERHÁZY KÁROLY FŐISKOLA, EGER. Beszámoló könyvtári szakmai gyakorlatról

1. Ismerkedés a Hyper-V-vel, virtuális gépek telepítése és konfigurálása

HQ-TH40. Programozható termosztát érintőképernyővel ANLEITUNG MANUALE HASZNÁLATI ÚTMUTATÓ KÄYTTÖOHJE NÁVOD K POUŽITÍ BRUKSANVISNING

2017/01/27 08:59 1/6 Gettext Rendszer

DropsA VIP-5 Külső vezérlőegység Telepített és mobil alkalmazásokhoz. Kezelési és karbantartási utasítás

Planetary Nebulae, PN PNe PN

ȾȿɉȺɊɌȺɆȿɇɌ ɎɂɁɂɑȿɋɄɈɃ ɄɍɅɖɌɍɊɕ ɂ ɋɉɉɋɍⱥ ȽɈɊɈȾȺ ɆɈɋɄȼɕ ɎȿȾȿɊȺɐɂə ɋɂɇɏɋɉɇɇɉƚɉ ɉʌⱥȼⱥɇɂə ɆɈɋɄȼɕ ǽdzǿǰdzǻǿȁǰǽ ǺǼǿǸǰȉ ȝȝ ȟȗțȣȟȝțțȝțȡ ȝșȏȑȏțȗȭ

3. Gyakorlat ellenőrzés nélküli osztályozás

Publikációs lista. Gódor Győző július 14. Cikk szerkesztett könyvben Külföldön megjelent idegen nyelvű folyóiratcikk...

Computer Architecture

Mapping Sequencing Reads to a Reference Genome

FELÜLVIZSGÁLATI JEGYZŐKÖNYV (E-DS10F1_TANF-SW) MELLÉKLETE

Correlation & Linear Regression in SPSS

AS-i illesztő-tápegység Pick-to Light rendszerekhez. Kábel keresztmetszet

T Á J É K O Z T A T Ó. A 1108INT számú nyomtatvány a webcímen a Letöltések Nyomtatványkitöltő programok fülön érhető el.

AZ IDŐBEN KORLÁTOZOTT TAKARMÁNYOZÁS HATÁSA A NÖVENDÉKNYULAK TERMELÉSÉRE

PARK ATRIUM IRODAHÁZ PARK ATRIUM OFFICE BUILDING

Report on the main results of the surveillance under article 11 for annex II, IV and V species (Annex B)

Kúpos illesztőszeg DIN 1 A 1 A 4 ISO 2339 UNI. Kúpos illesztőszeg. 1) This size is not DIN standardised. NB

Bel SE Hungary IDPA. Stage 1st: Running to you 1. pálya: Lerohanás. Course Designer:Attila Belme

Lecture 11: Genetic Algorithms

Használati útmutató NPD HU

Miskolci Egyetem Gazdaságtudományi Kar Üzleti Információgazdálkodási és Módszertani Intézet Factor Analysis

Az Ön kézikönyve HP COMPAQ DC5700 MICROTOWER PC

4. Gyakorlat: Csoportházirend beállítások

kmµvifisiksa kumbüút½r fñak;qñmasiksamuldæanena RULE cmnyn 45 h= 3eRkDIt

Operációs rendszerek Memóriakezelés 1.1

Stage 1st: 1. pálya:

Cluster Analysis. Potyó László

ICT ÉS BP RENDSZEREK HATÉKONY TELJESÍTMÉNY SZIMULÁCIÓJA DR. MUKA LÁSZLÓ

Expression analysis of PIN genes in root tips and nodules of Lotus japonicus

Current Weed Control strategies in sorghum I

Cloud computing. Cloud computing. Dr. Bakonyi Péter.

Get Instant Access to ebook Modon PDF at Our Huge Library MODON PDF. ==> Download: MODON PDF

ELŐADÁS ÁTTEKINTÉSE 5. ea.: Projekttervezés II.

16F628A megszakítás kezelése

Készítette: Szabóné Nacsa Rozália

Adatközpont-központ: Storage Made Easy Regisztráció

A W3C Web Payments kezdeményezése Bernard Gidon - W3C Virág Éva - W3C Magyar Iroda

5. téma XML DB. Az adatkezelés és XML kapcsolata. Miért fontos az XML használata az adatbázis kezelésben?

Laborgyakorlat: Virtuális memória beállítások testreszabása

Adatbázis-kezelés ODBC driverrel

Stateless Session Bean

Az 1. gyakorlat anyaga. B x. Rácsos szerkezet definíciója: A rudak kapcsolódási pontjaiban (a csomópontokban) csuklók

Első lépések. File/New. A mentés helyét érdemes módosítani! Pl. Dokumentumok. Fájlnév: pl. Proba

Hozzunk ki többet abból amink van. Fehér Lajos

Performance Modeling of Intelligent Car Parking Systems

catalogue katalógus AIR CONDENSER KONDENZÁTOROK v.1

Budapest By Vince Kiado, Klösz György

i1400 Image Processing Guide A-61623_zh-tw

USER MANUAL Guest user

Out-Look. Display. Analog Bar. Testing Mode. Main Parameter. Battery Indicator. Second Parameter. Testing Frequency



Forensic SNP Genotyping using Nanopore MinION Sequencing

HAMBURG Használati útmutató Vezérlőmodul UKSM 24VDC Cikkszám:

Drótposta: ; ; Honlapom:

Construction of a cube given with its centre and a sideline

Stage 1st: 1. pálya: Boszorkány

Átírás:

Version 3.2 CLUSTALW Multiple Sequence Alignment Selected Sequences) FETA_GORGO FETA_HORSE FETA_HUMAN FETA_MOUSE FETA_PANTR FETA_RAT Import Alignments) Return Help Report Bugs Fasta label *) Workbench label FETA_GORGO FETA_GORGO FETA_HORSE FETA_HORSE FETA_HUMAN FETA_HUMAN FETA_MOUSE FETA_MOUSE FETA_PANTR FETA_PANTR FETA_RAT FETA_RAT *) Clustalw cuts off Fasta labels after the first space e.g. ">abc def" becomes ">abc"). Sequence alignment Consensus key see documentation for details) * - single, fully conserved residue : - conservation of strong groups. - conservation of weak groups Page 1 of 6

- no consensus CLUSTAL W 1.81) multiple sequence alignment FETA_HUMAN ------MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQF FETA_GORGO ------MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQF FETA_PANTR ------MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEINLTDLATIFFAQF FETA_HORSE ------MKWVVSILLIFLLNSTESRTMHSNAYGIASALDSFQCSPEMNLVDLATIFFAQF FETA_RAT MKQPATMKWSASISFLLLLNFAEPRVLHTNEFGIESTLDSSQCPTEKNMFNVATIVVAQF FETA_MOUSE ------MKWITPASLILLLHFAASKALHENEFGIASTLDSSQCVTEKNVLSIATITFTQF ***. :::**: :.:.:* * :** * *** **.*.:.:***.:** FETA_HUMAN VQEATYKEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGHSDCC FETA_GORGO VQEATYKEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSAGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGLSDCC FETA_PANTR VQEATYKEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSAGCLENQLPAFLEELCREKEILEKYGHSDCC FETA_HORSE VQEATYKEVSKMVKDVLTVTEKSTGSEQPTGCSENRLSAFLEEICHEEEIPEKYGLSGCC FETA_RAT VQDATKAEVNKMSSDALAAMKENTGD----GCLENQLSVFLDEICHETELSNKYGFSGCC FETA_MOUSE VPEATEEEVNKMTSDVLAAMKKNSGD----GCLESQLSVFLDEICHETELSNKYGLSGCC * :** **.**.*.*:. :: :*. ** *.:*..**:*:*:* *: :*** *.** FETA_HUMAN SQSEEGRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLY FETA_GORGO SQSEEGRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLY FETA_PANTR SQSEEGRHNCFLAHKKPTPASIPFFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLY FETA_HORSE SQNEEERHNCLLARKKDSPASIPPFQVPEPVTSCKAYEENREMFLNRYLYEIARRHPFLY FETA_RAT NQSGVERHQCLLARKKTAPDSVPPFHFPETAESCPAYEENRAMSINTFIYDVSKRNPFLY FETA_MOUSE SQSGVERHQCLLARKKTAPASVPPFQFPEPAESCKAHEENRAVFMNRFIYEVSRRNPFMY.*. **:*:**:** :* *:* *:.**.. ** *:**:* :* ::*::::*:**:* FETA_HUMAN APTILLWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRT FETA_GORGO APTILLWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRT FETA_PANTR APTILLWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRT FETA_HORSE SSTALYLASHYDKIISACCKSENAVECFQSKAATITKELRETSLLNQHVCAVIRNFGPRT FETA_RAT APTILYLAAQYDKAVPACCKADNMEECFQTKRASMAKELREGSMLNEHVCAVIRKFGSRN FETA_MOUSE APAILSLAAQYDKVVLACCKADNKEECFQTKRASIAKELREGSMLNEHVCSVIRKFGSRN :.: * *::*** : :***::* ****:* *:::***** *:**:*.*:*:::**.*. FETA_HUMAN FQAITVTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDT FETA_GORGO FQAITVTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDT FETA_PANTR FQAITVTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDT FETA_HORSE LQAITVTTLSQRYSKANFTEIQKLVLDVAHAHEECCRGNVEECVQDGEKLISYVCSQEDI FETA_RAT LQAVLIIKLSQKFPKANITEIRKLALDVAHIHEQCCHGNAMECLQDGESVMTHMCSQQEI FETA_MOUSE LQATTIIKLSQKLTEANFTEIQKLALDVAHIHEECCQGNSLECLQDGEKVMTYICSQQNI :** :.***:.:.*:***:**.***** **.**:*: :*:****.:::::***:: FETA_HUMAN LSNKITECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASF FETA_GORGO LSNKITECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASF FETA_PANTR LSNKITECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASF FETA_HORSE LSSSIVECCKLPTVELAQCIIHAENDDKPEGLSPNLNRLLGERDFNQFSSKEKDLFMARF FETA_RAT LSSKTAECCKLPTIELGYCIIHAENGDKPEGLTLNPSEFLGDRNFAQFSSEEKLLFMASF FETA_MOUSE LSSKIAECCKLPMIQLGFCIIHAENGVKPEGLSLNPSQFLGDRNFAQFSSEEKIMFMASF **...*****. ::. *******. *****: *..:**:*:* **** ** :*:* * FETA_HUMAN VHEYSRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKR FETA_GORGO VHEYSRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKR FETA_PANTR VHEYSRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKR FETA_HORSE TYEYSRRHTKLAVPVILRVAKGYQEFLEKCSQSENPLECQDKGEEELQKYIQEGQALAKR FETA_RAT LHEYSRNHPNLPVSVILKTAKSYQEILEKCSQSETPSKCQDNMEEELQKHIQESQALAKQ Page 2 of 6

FETA_MOUSE LHEYSRTHPNLPVSVILRIAKTYQEILEKCSQSGNLPGCQDNLEEELQKHIEESQALSKQ :**** *.:*.*.***: ** ***:**** *:. ***: ******:*:*.***:*: FETA_HUMAN SCGLFQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGE FETA_GORGO SCGLFQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGE FETA_PANTR SCGLFQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGE FETA_HORSE SCGLFQKLGDYYLQNAFLVAYTKKAPQLTPPELIALTRKMATAAATCCQLSEDKQLACGE FETA_RAT SCNLYQKLGPYYLQNLFLIGYTRKAPQLTSAELIDLTGKMVSIASTCCQLSEEKRSACGE FETA_MOUSE SCALYQTLGDYKLQNLFLIGYTRKAPQLTSAELIDLTGKMVSIASTCCQLSEEKWSGCGE ** *:*.** * *** **:.**:******..**: :* **.: *:*******:*.*** FETA_HUMAN GAADIIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFH FETA_GORGO GAADIIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFH FETA_PANTR GAADIIIGHLCIRHETTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFH FETA_HORSE QVAGLIIGQLCIRHEESPINPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPPFSDDKFIFH FETA_RAT GLADIYIGHLCLRHEANPVNSGINHCCSSSYSNRRLCITSFLRDETYVPPPFSEDKFIFH FETA_MOUSE GMADIFIGHLCIRNEASPVNSGISHCCNSSYSNRRLCITSFLRDETYAPPPFSEDKFIFH *.: **:**:*:*.*:*.*:.:**.***:*** *::*:: ****.**.**:****** FETA_HUMAN KDLCQAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAE FETA_GORGO KDLCQAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLETVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAE FETA_PANTR KDLCQAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAE FETA_HORSE KDLCQAQGVALQTMKQQFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQGQEVCFSE FETA_RAT KDLCQAQGRALQTMKQELLINLVKQKPEMTEEQHAAVTADFSGLLEKCCKDQDQEACFAK FETA_MOUSE KDLCQAQGKALQTMKQELLINLVKQKPELTEEQLAAVTADFSGLLEKCCKAQDQEVCFTE ******** *******::*********::**** :* ***********: * **.**:: FETA_HUMAN EGQKLISKTRAALGV FETA_GORGO EGQKLISKTRTALGV FETA_PANTR EGQKLISKTRAALGV FETA_HORSE EGPQLISKTRAALGV FETA_RAT EGPKLISKTREALGV FETA_MOUSE EGPKLISKTRDALGV ** :****** **** Clustal W dendrogram Unrooted tree generated by Phylip's Drawtree) Page 3 of 6

Download a PostScript version of the output Phylip-format dendrogram FETA_RAT:0.09490, FETA_MOUSE:0.08526) :0.16133, FETA_HORSE:0.10606) :0.08896, FETA_PANTR:0.00544) :0.00277, FETA_HUMAN:0.00216, Page 4 of 6

FETA_GORGO:0.00441); Clustal W options and diagnostic messages Alignment type: Protein Alignment order: aligned Pairwise alignment parameters Method: accurate Matrix: Gonnet Gap open penalty: 10.00 Gap extension penalty: 0.10 Multiple alignment parameters Matrix: Gonnet Negative matrix?: no Gap open penalty: 10.00 Gap extension penalty: 0.20 % identity for delay: 30 Residue-specific gap penalties: on Penalize end gaps: on Hydrophilic gap penalties: on Gap separation distance: 0 Hydrophilic residues: GPSNDQEKR CLUSTAL W 1.81) Multiple Sequence Alignments Sequence type explicitly set to Protein Sequence format is Pearson Sequence 1: FETA_RAT 611 aa Sequence 2: FETA_PANTR 609 aa Sequence 3: FETA_MOUSE 605 aa Sequence 4: FETA_HUMAN 609 aa Sequence 5: FETA_HORSE 609 aa Sequence 6: FETA_GORGO 609 aa Start of Pairwise alignments Aligning... Sequences 1:2) Aligned. Score: 65 Sequences 1:3) Aligned. Score: 81 Sequences 1:4) Aligned. Score: 65 Sequences 1:5) Aligned. Score: 63 Sequences 1:6) Aligned. Score: 64 Sequences 2:3) Aligned. Score: 65 Sequences 2:4) Aligned. Score: 99 Sequences 2:5) Aligned. Score: 79 Sequences 2:6) Aligned. Score: 98 Sequences 3:4) Aligned. Score: 65 Sequences 3:5) Aligned. Score: 64 Sequences 3:6) Aligned. Score: 65 Sequences 4:5) Aligned. Score: 79 Sequences 4:6) Aligned. Score: 99 Sequences 5:6) Aligned. Score: 79 Time for pairwise alignment: 0.388162 Guide tree file created: [../tmp-dir/4506.clustalw.dnd] Page 5 of 6

Start of Multiple Alignment There are 5 groups Aligning... Group 1: Sequences: 2 Score:13254 Group 2: Sequences: 3 Score:13224 Group 3: Sequences: 4 Score:12140 Group 4: Sequences: 2 Score:12162 Group 5: Sequences: 6 Score:10976 Time for multiple alignment: 0.530662 Alignment Score 44652 CLUSTAL-Alignment file created [../tmp-dir/4506.clustalw.aln] Import Alignments) Return Help Report Bugs Citation Algorithm Citation: Higgins, D.G., Bleasby, A.J. and Fuchs, R. 1992) CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences CABIOS), 82):189-191. Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J. "CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice." Nucleic Acids Res. 22:4673-46801994). Felsenstein, J. 1989. PHYLIP -- Phylogeny Inference Package Version 3.2). Cladistics 5: 164-166. Program Citation: CLUSTAL W: Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins and Toby J. Gibson, modified; any errors are due to the modifications. PHYLIP: Felsenstein, J. 1993. PHYLIP Phylogeny Inference Package) version 3.5c. Distributed by the author. Department of Genetics, University of Washington, Seattle. Copyright C) 1999, Board of Trustees of the University of Illinois. Page 6 of 6