Influenza A vírusok magyarországi sertésekben Dán Ádám, Biksi Imre

Átírás

1 Influenza A vírusok magyarországi sertésekben Dán Ádám, Biksi Imre XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 1

2 Nemzeti referencia laboratórium NRL Molekuláris Biológia 1/115/2017. Bacillus anthracis kimutatása real-time PCR módszerrel 2/115/2017. Baromfipestis vírusának kimutatása real-time RT-PCR módszerrel 3/115/2017. Bőrcsomósodáskór, juh- és kecskehimlő vírusainak kimutatása és elkülönítése real-time PCR módszerrel 4/115/2017. Brucellák azonosítása New Bruce-ladder multiplex PCR módszerrel 5/115/2017. Burkholderia mallei kimutatása PCR módszerrel 6/115/2017. H5, H7 és N1 madárinfluenza vírusok azonosítása real-time RT-PCR módszerrel 7/115/2017. Influenza A vírus kimutatása madarakból és sertésekből real-time RT-PCR módszerrel 8/115/2017. Kis kaptárbogár (Aethina thumida) kimutatása real-time PCR módszerrel 9/115/2017. Koi Herpes vírusának kimutatása real-time PCR-módszerrel 10/115/2017. Mycobacterium tuberculosis komplex elkülönítése reverz hibridizációs módszerrel 11/115/2017. Nyugat-Nílusi láz vírusának kimutatása real-time RT-PCR módszerrel 12/115/2017. Nyulak vérzéses betegsége vírusának kimutatása RT-PCR módszerrel 13/115/2017. Schmallenberg vírus kimutatása real-time RT-PCR módszerrel 14/115/2017. Trichinella spiralis kimutatása PCR módszerrel 15/115/2017. Tritrichomonas foetus kimutatása PCR módszerrel Több mint 150 egyéb PCR, RT-PCR vagy valós real-time PCR rendszer XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 2

3 Madárinfluenza Vírus Nemzeti referencia laboratórium Madárinfluenza (AIV). A madárinfluenza vírus laboratóriumi kimutatását kizárólag a NÉBIH Állategészségügyi Diagnosztikai Igazgatóság budapesti akkreditált laboratóriumai végezhetik. az AIV NRL egy az európai szabványoknak megfelelően működő, értékelt és akkreditált laboratórium a molekuláris biológiai laboratóriumban: real-time RT PCR, RT-PCR, hagyományos Sanger szekvenálás (szerződés; eredmények 6 órán belül), szekvencia alapon történő tipizálás, filogenetikai vizsgálatok Sürgős minták esetében : az RNS kivonás, szűrés, differenciálás, szekvenálás, szekvencia elemzés 24 órán belül Teljes genom szekvenálás (szerződés) 61 teljes AIV genom a es HPAIV járvány XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 3

4 Nemzeti referencia laboratórium A diagnosztikai munka minőség folyamatosságának biztosítása az összes diagnosztikai teszt kivitelezése a 2006/437/EC EU bizottsági határozat alapján jóváhagyott Madárinfluenza Diagnosztikai Kézikönyv által biztosított protokollok alapján történik; a protokollokat az EU CRL AIV referencia laboratórium biztosítja validált pozitív és negatív kontrollok használata 2006 óta, sikeres részvétel az évente EU AIV CRL által megszervezett körvizsgálatokon a laboratórium dolgozói célzott hazai és nemzetközi képzéseken vesznek részt részvétel az évente az EU AIV CRL által szervezet workshop -okon részvétel az EU által alapított OIE és vagy FAO projektekben XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 4

5 Nemzeti referencia laboratórium Tudomány és fejlesztés Részvétel új módszerek validálásában és optimalizálásában Nagy, A., Vostinakova, V., Pirchanova, Z., Cernikova, L., Dirbakova, Z., Mojzis, M., Jirincova, H., Havlickova, M., Dán, A., Ursu, K., Vilcek, S. & Hornickova, J. (2010). Development and evaluation of a one-step realtime RT-PCR assay for universal detection of influenza A viruses from avian and mammal species. Archives of Virology, 155, Az RT-PCR rendszert az EU referencia laboratóriuma validálta és jelenleg már egy elfogadott alternatívája a jelenleg EU által javasolt AIV de SIV kimutatásra szolgáló PCR-nek. Nagy, A., Černíková, L., Vitásková, E., Křivda, V., Dán, Á., Dirbáková, Z., Jiřincová, H., Procházka, B., Sedlák, K. & Havlíčková, M. (2016). MeltMan: optimization, evaluation, and universal application of a qpcr system integrating the TaqMan qpcr and melting analysis into a single assay. PLOS ONE. Published: March 31, Kiss, I., Germán, P., Sámi, L., Antal Márta, Farkas, T., Kardos, G. Kecskeméti, S., Dán, Á. & Belák, S. (2006). Application of real-time rt-pcr utilising lux (light upon extension) fluorogenic primer for the rapid detection of avian influenza viruses. Acta Veterinaria Hungarica, 54, XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 5

6 Nemzeti referencia laboratórium Tudomány és fejlesztés Projektek: EU, FAO, WHO, OIE, IAEA FP SSP-5B-INFLUENZA. Project title: Development and enhancement of laboratory networks for avian influenza (Flu Lab Net). International Atomic Energy Agency Technical Cooperation Project, Joint FAO/IAEA Programme. Supporting Early Warning and Surveillance of Avian Influenza Infection in Wild and Domestic Birds and Assessing Genetic Markers for Bird Resistance Regional training course on Animal health in molecular diagnosis, genotyping and phylogenetic analyses of avian influenza (bird flu) and other mammalian influenza A subtypes. Supported by the TC-Europe project "RER/5/015 - Supporting Early Warning and Surveillance of Avian Influenza Infection in Wild and Domestic Birds and Assessing Genetic Markers for Bird Resistance" and the tripartite WHO/FAO/OIE Identify project, funded by the USAID XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 6

7 Tapasztalatok, projektek és eddigi munkáink a sertésinfluenza vírus kutatás és diagnosztikájában FP7-INFLUENZA Project title: ESNIP3-European Surveillance Network for Influenza in Pigs 3. (három éves projekt). Watson, S., Langat, P., Reid, S., Lam, T., Cotten, M,. Kelly, M., Van Reeth, K., Qiu, K., Simon, G., Bonin, E., Foni, E., Chiapponi, C., Larsen, L., Hjulsager, C., Markowska-Daniel, I., Urbaniak, K., Dürrwald, R., Schlegel, M., Huovilainen, A., Davidson, I., Dán, Á., Loeffen, W. L., Edwards, S., Bublot, M., Vila, T. Maldonado, J., Valls, L., NFN ESNIP3 Consortium, Brown, I., Pybus, O., & Kellam, P. (2015). Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and Journal of Virology, 89, Simon, G., Lars E. Larsen, L.E., Dürrwald, R., Foni, E., Harder, T., VanReeth, K., Markowska- Daniel, I., Reid, S.M., Dán, Á., Maldonado, J., Huovilainen, A., Billinis, C., Davidson, I., Agüero, M., Vila, T., Hervé, S., Breum, S. Ø., Chiapponi, C., Urbaniak, K., Constantinos S., Kyriakis, K.C., ESNIP3 consortium, Brown, I. H. & Loeffen, W. (2014). European surveillance network for influenza in pigs: surveillance programs, diagnostic tools and swine influenza virus subtypes identified in 14 European countries from 2010 to PLOS ONE DOI: /journal.pone published online,december 26, XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 7

8 Tapasztalatok, projektek és eddigi munkáink a sertésinfluenza vírus kutatás és diagnosztikájában Humán A (H1N1) pdm09 Sertés Influenza vírusok (H1N1sw, H1N1 reasszortáns pdm09, H3N2, stb.) Bálint, Á., Kiss, I., Bányai, K., Biksi, Szentpáli-Gavallér, K., Magyar, T., Jankovics, I., Rózsa, M., Szalai, B., Takács, M., Tóth, Gy.Á. & Dán, Á. (2012). Emergence and characterization of pandemic H1N1 influenza viruses in Hungarian swine herds. Acta Veterinaria Hungarica, 61, Bányai, K., Kovács, E., Tóth, Á., Gy., Biksi, I., Szentpáli-Gavallér K., Bálint, Á., Dencső, L. & Dán, Á. (2012). Genome sequence of a monoreassortant H1N1 swine influenza virus isolated from a pig in Hungary. Journal of Virology, 86, XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 8

9 SIV kimutatására külön real-time PCR protokollok (EU referencia labor, saját fejlesztés) Állat-egészségügy- Humán Együttműködés Ezért a kimutatására végig fel voltunk készülve, és a 2009-es H1N1pdm pandemiás járvány sem ért felkészületlenül. OEK együttműködés: 2010-ben személyesen megkerestem dr. Jankovits Istvánt, az OEK munkatársát és elkértem az addigi humán H1N1pdm törzseket tőle, annak céljából, hogy összehasonlítsam a sertésben talált H1N1 vírusokkal. Jankovits dr. nagyon kedvezően fogadta az együttműködési javaslatomat, ennek eredményeképp le is tudtunk közölni egy cikket, amelyben elsők között bizonyítjuk egy lehetséges emberről sertésre terjedő H1N1 fertőződési utat. Bálint, Á., Kiss, I., Bányai, K., Biksi, Szentpáli-Gavallér, K., Magyar, T., Jankovics, I., Rózsa, M., Szalai, B., Takács, M., Tóth, Gy.Á. & Dán, Á. (2012). Emergence and characterization of pandemic H1N1 influenza viruses in Hungarian swine herds. Acta Veterinaria Hungarica, 61, XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 9

10 Nemzeti referencia laboratórium NRL Diagnosztika Molekuláris Biológiai laboratórium Minta homogenizálás DNA/RNA kivonó robot DNA/RNA kivonó robot Eszközök Automatizált rendszerek Tissue Lyser (Qiagen) 48 minta 5 perc Magnapure 96 (Roche) 96 minta, 90 perc 2 db KingFisher Flex 96 minta, 90 perc XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 10

11 Nemzeti referencia laboratórium NRL Automata PCR mix pipettázó robot Automata PCR mix pipettázó robot Diagnosztika Molekuláris Biológiai laboratórium Eszközök Automatizált rendszerek Corbett 96 minta, 35 perc Qiagen 96 minta, 35 perc XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 11

12 Nemzeti referencia laboratórium NRL 8 real-time és 6 konvencionális PCR készülék Diagnosztika Molekuláris Biológiai laboratórium Eszközök Hagyományos és Realtime PCR készülékek XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 12

13 Nemzeti referencia laboratórium NRL Diagnosztika Molekuláris Biológiai laboratórium H5N8 járvány miatti átszervezés, fejlesztés Next Generation PCR 35 ciklusos 3 lépéses PCR, 2-7 perc alatt (1 óra 30 perc helyett) XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 13

14 Influenza vírus A Gazdaspektrum Az influenza A vírus természetes rezervoárjai a vad vízi vadmadarak. 4. kép. Képaláírás: Az Influenza A gazdafajai. Az influenza A vírusnak a természetes gazdafajai a vad vízimadarak. Forrás: Yasuo Suzuki. Recent research on influenza virus receptor and the mechanism of its host range mutation. XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 14

15 Influenza vírus A Orthomyxoviridae vírus család Szerkezet Helikális szimmetriájú kapszid Nyolc negatív egyszálú RNS szegmensből áll Lipid tartalmú burok veszi körül Hemagglutinin (HA) és Neuraminidáz (NA) felszíni fehérjék alapján az Influenza vírusok altípusba sorolása A HA 1-16, NA 1-9 változat (pl. H5N1, H1N1, H3N8, H6N2, stb) HA 17 és 18 denevérek (2012 és 2013) XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 15

16 Influenza vírus A Szerkezet PB1, PB2, PA: replikációban szerepet játszó vírus polimerázok HA: felszíni glikoprotein fehérje: receptor felismerés, kapcsolódás (sejtfelszíni glikoproteinek sziálsav részéhez), bejutás NP: szegmensek stabilitásáért felelős nukleoproteinek NA: felszíni glikoprotein fehérje: vírus replikáció után receptor megsemmisítése, sziálsav eltávolításával, újabb sejtek fertőződnek M1: vírus összeszerelésében szerepet játszó fehérje; M2:vírus replikációért felelős proton ioncsatorna, amely a sejtmembránba kötödik NS1: gátolja a gazdasejt védekezését és elősegíti a vírusgének transzkripcióját; NS2 (NEP) a nukleáris fehérje komplex exportjában játszik szerepet 5. kép. Képaláírás: Az Influenza A vírus szerkezete és a felszíni fehérjék sematikus ábrázolása. Forrás: Lofano és mtsai, Front. Immunol., 30 June XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 16

17 Influenza vírus A Változékonyság Pont mutáció Reasszortáció Új patogén változatok: Kisebb mértékű változás: pont mutáció, aminosav változás antigen drift. Drasztikus változás: két egyszerre fertőző vírus, a 8 RNS szegmens közül egy vagy többet kicserél egymással (reasszortáció vagy antigenic shift ). Új felépítésű vírus jön létre. 6. kép. Forrás: XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 17

18 Influenza vírus A Nevezéktan Az influenzavírusoknak egy általánosan elfogadott nevezéktanuk van, amely magába foglalja: a vírus típusát (A, B, C vagy D) faját (kivéve ember) földrajzi eredetet egy egyedi azonosító számot izolálás vagy kimutatás évét HA és NA számát Pl.: A/Swine/Hungary/362/2011/H1N1. XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 18

19 Sertésinfluenza vírus Fontos általánosságok Az A influenza vírus a sertések egyik legjelentősebb légzőszervi kórokozója Gazdasági károkat okoz: morbiditás, másodlagos fertőzések Emberre is veszélyt jelenthet; zoonotikus potenciál Emberben nem vagy enyhe tüneteket okoz. DE okozhat illetve hozzájárulhat pandémiás vírus változatok kialakulásához (lásd H1N1, 2009) Számos reasszortáns, nagyon szerteágazó genetikai rokonság, könnyen változik. Keverő tégely Az EU kötelezően nem írja elő, így a legtöbb országban nincs felmérő vizsgálat Nem kell bejelenteni az Állategészségügyi Hatóságoknak. XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 19

20 Sertésinfluenza vírus A, B, C, D Influenza vírus A (IVA): sertés: H1N1, H2N1, H3N2, H1N1 pdm 09, stb. (légzőszervi megbetegedések ) Influenza vírus B (IVB): fogékony rá de nem okoz betegséget (kísérlet, felmérő vizsgálatokkal: több mint 30% vizsgált sertés pozitív ellenanyag) 8 RNS szegmens IVA és IVB: két felületi fehérje, HA, NA; hasonló genomszerveződés Influenza vírus C (IVC): nincs enyhe légzőszervi vagy jellegtelen klinikai tünetek Influenza vírus D (IVD): okozhat betegséget (szarvasmarha is [légzőszervi betegség komplex ], oda vissza fertőződnek, Olaszország felmérő vizsgálat) 7 RNS szegmens IVC és IVD hasonló genomszerveződés: 1 felületi fehérje, hemagglutinin-esterase (HE) fuziós fehérje: egyesíti a HA és NA szerepét (felismerés, receptor kapcsolódás és gazdasejt receptor megsemmisítés) XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 20

21 Sertésinfluenza vírus Két receptor A madárinfluenza vírusok a hemagglutinin segítségével madarak a légúti hámsejtjeiben megtalálható úgynevezett -2,3-sziálsav-receptoraihoz (Nacetylneuraminic acid-α2,3-galactose) képesek kötődni Humán influenzavírusok ember: humán légutakban megtalálható -2,6- sziálsav-receptoraihoz (N-acetylneuraminic acid-α2,6-galactose) kötődnek Sertés: keverő tégely mindkét receptor megtalálható, ezért mindkét vírus fertőzheti (reasszortáció) XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 21

22 Sertésinfluenza vírus Reasszortáció Vírus A: Lehet humán Vírus B: lehet madár Drasztikus változás: két egyszerre fertőző vírus, a 8 RNS szegmens közül egy vagy többet kicserél egymással (reasszortáció vagy antigenic shift ). Új felépítésű vírus jön létre. 6. kép. Forrás: XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 22

23 Sertésinfluenza vírus Történelem USA Első dokumentált sertésinfluenza vírus eset pandemikus H1N1 vírus 1918, Észak Amerika, madárról emberre, valamikor nem sokkal 1918 előtt, pandémia alatt át/bejutott a sertésekbe/re klasszikus H1N1 sertésinfluenza Észak Amerika, classical H1N1 swine influenza (CS) (1930-ban izolálták először) H3N Canada, humán H3N2/1975 nem terjedt el rh3n2 vírusok , Észak Amerika, klasszikus H1N1 sertésinfluenza (NP, M, NS), az akkori szezonális humán H3N2 (HA, NA, PB1), dupla reasszortáns (Észak Karolina), valamint az előző és egy madárinfluenza vírus (PB2, PA) tripla reasszortáns (Minnesota, Iowa, Texas) A dupla nem, de a tripla reasszortáns vírus 2000-ig elterjedt, reasszortálodott a klasszikus H1N1 SIV-el, számos vírusváltozatot eredményezett: több H3N2 változat, H1N2, rh1n óta USA-ban humán eredetű HA és NA tartalmazó H1N1 és H1N2 vírusok; különböznek az addigi H1 sertésvírusoktól 2009 A (H1N1) pdm09 pandémikus vírus XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 23

24 Sertésinfluenza vírus Történelem USA reasszortációk: összes eddigi bemutatott USA-ban elterjedt vírusváltozat egymással: Egyik legjelentősebb: H3N2v 2011 július, Amerikai Egyesült Államok, A (H1N1) pdm09-rh3n2 vírus reasszortáció [M gén A (H1N1) pdm09 vírusból] augusztus ig 426 emberi megbetegedés. XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 24

25 Sertésinfluenza vírus Történelem EU H1N Olaszország import ÉA-ból ( EU), classical H1N1 swine influenza (CS). H1N Belgium és Németország; madár eredet Eurázsiai madár eredetű H1N1, (EA avian like swine H1N1; EA H1avN1) stabil vonal, EU-ban ez terjedt el; genetikailag más, mint az ÉA-i H1N1 CS, amit ki is szorított. Kínában 2005-ben. Ez a változat a későbbi években reasszortálodott a humán szezonális influenzavírusokkal, H3N Gent; madár és humán eredet human reasszortáns (European H3N2 sw/gent/1/84 like lineage;gent/84), HA és NA humán H3N2-ből belső gének klasszikus EA avian like swine H1N Egyesült Királyság, humán eredet, human like H1N2 (sw/scotland/410440/94 like H1huN2 lineage; Scott/94), HA a humán H1N1 (1980-hoz hasonló), NA humán (1980 előtti ), belső gének klasszikus EA avian like swine Vietnam, 2016 XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 25

26 Sertésinfluenza vírus A (H1N1) pdm09 A (H1N1) pdm09 pandémikus vírus Április 2009, Mexico,Egyesült Államok sertés eredet: Az eurázsiai madár eredetű sertésvírus átjutott Amerikába és reasszortálodott a tripla reasszortáns sertés rh3n2 vírussal (madár, humán, és klasszikus sertés gének) GJD Smith et al. Nature 459, (2009) doi: /nature08182 XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 26

27 Sertésinfluenza vírus Monitoring Európában ESNIP 3 European surveillance network for influenza in pigs 3 FP7-INFLUENZA Project title: ESNIP3-European Surveillance Network for Influenza in Pigs 3. (három éves projekt). EU finanszírozta a nagyarányú EU SIV monitoring hálózatot Konzorcium célja volt többek között: az EU különböző SIV vírusainak (információk) gyűjtése, tárolása adatbázisok kialakítása mintagyűjtés és monitoring módszerek standardizálása harmonizálása SIV genetikai változékonyságának feltérképezése széleskörű filogenetikai vizsgálatok elvégzése XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 27

28 Sertésinfluenza vírus Monitoring Európában ESNIP 3 European surveillance network for influenza in pigs 3 Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and Journal of Virology, 2015 Simon J. Watson, Pinky Langat, Scott M. Reid, Tommy Tsan-Yuk Lam, Matthew Cotten, Michael Kelly, Kristien Van Reeth, Yu Qiu, Gaëlle Simon, Emilie Bonin, Emanuela Foni, Chiara Chiapponi, Lars Larsen, Charlotte Hjulsager, Iwona Markowska-Daniel, Kinga Urbaniak, Ralf Dürrwald, Michael Schlegel, Anita Huovilainen, Irit Davidson, Ádám Dán, Willie Loeffen, tephanie Edwards, Michel Bublot,Thais Vila, Jaime Maldonado, Laura Valls, ESNIP3 Consortium, Ian H. Brown, Oliver G. Pybus, Paul Kellama Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, United Kingdoma; Animal and Plant Health Agency, Addlestone, Surrey, United Kingdomb; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdomc; Laboratory of Virology, Ghent University, Merelbeke, Belgiumd; Anses, Ploufragan-Plouzané Laboratory, Swine Virology Immunology Unit, Ploufragan, Francee; Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell Emilia Romagna, Parma, Italyf; Department of Veterinary Diagnostics and Research, Technical University of Denmark, Copenhagen, Denmarkg; Department of Swine Diseases, Panstwowy Instytut Weterynaryjny, Pulawy, Polandh; IDT Biologika GmbH, Dessau-Roßlau, Germanyi; Finnish Food Safety Authority EVIRA, Helsinki, Finlandj; Division of Avian Diseases, Kimron Veterinary Institute, Bet Dagan, Israelk; National Food Chain Safety Office, Budapest, Hungary; Central Veterinary Institute, Wageningen UR, Lelystad, The Netherlandsm; Virology Department, Discovery Research, Merial, Lyon, Francen; Veterinary Diagnostic Services DIAGNOS, Laboratorios HIPRA SA, Gerona, Spaino; Division of Infection & Immunity, University College London, London, United Kingdomp XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 28

29 Sertésinfluenza vírus Monitoring Európában ESNIP 3 néhány eredmény a cikkből Ez volt az első nagyléptékű EU sertésinfluenza monitoring (azóta is az egyetlen) Kb. 30%-a sertéspopulációknak fertőzött SIV-el Európában 14 európai országból 2009 és 2013 között gyűjtött 290 sertésinfluenza vírus teljes körű genetikai jellemzése A vírusok genetikai diverzitása főleg a 4 fő európai SIV különböző reasszortációinak köszönhető (EA H1avN1, H1huN2 Scott/94, H3N2 Gent/84, A(H1N1)pdm09 valamint, egy ötödik vírusnak,amelyet Olaszországban írtak le H1N Olaszország, humán eredet, H1huN2hu reasszortáns, belső gének EA, HA a H1huN2 (Scot/94), NA humán eredet, A/swine/Italy/4675/2003 human- like N2 lineage. HA1 régióban dupla deléció 23 különböző SIV genotípus jelenlétének felderítése (A-W jelzett a következő ábrán) az esetek 82%-ban 7 gyakori genotípus fordult elő (A, B, C, D, P, Q, R) Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and Watson et al., Journal of Virology XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 29

30 Sertésinfluenza vírus Monitoring Európában ESNIP 3 néhány eredmény a cikkből Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and Watson et al., Journal of Virology XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 30

31 Sertésinfluenza vírus Magyarországi adatok szubtípus genotípus vírustörzs neve Ország Megye év hónap H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/1/2008 Hungary Tolna H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/2/2008 Hungary Jász-Nagykun- Szolnok H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/3/2009 Hungary Bács Kiskun H1N2 hu-like reassortant swine H1N2 A/swine/Hungary/4/2009 Hungary Komárom Esztergom H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/5/2010 Hungary Jász-Nagykun- Szolnok H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/6/2010 Hungary Jász-Nagykun- Szolnok H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/7/2010 Hungary Tolna H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/8/2010 Hungary Békés rh1n1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/9/2011 Hungary Tolna H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/10/2011 Hungary H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/11/2011 Hungary H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/12/2011 Hungary Komárom Esztergom H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/13/2011 Hungary H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/14/2012 Hungary Tolna H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/15/2012 Hungary Komárom Esztergom H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/16/2012 Hungary Baranya H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/17/2012 Hungary Fejér H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/18/2012 Hungary Komárom Esztergom rh1n1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/19/2013 Hungary H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/20/2013 Hungary Komárom Esztergom H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/21/2013 Hungary Veszprém rh1n1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/22/2013 Hungary Hajdú Bihar H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/23/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/24/2013 Hungary Veszprém H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/25/2013 Hungary Tolna H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/26/2013 Hungary Bács Kiskun H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/27/2013 Hungary Komárom Esztergom H1N2 hu-like reassortant swine H1N2 A/swine/Hungary/28/2013 Hungary Komárom Esztergom H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/29/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/30/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/31/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/32/2013 Hungary Pest H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/33/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/34/2013 Hungary Hajdú Bihar H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/35/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/36/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/37/2013 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/38/2013 Hungary Veszprém H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/39/2013 Hungary Pest H3N2 hu-like reassortant swine H3N2 A/swine/Hungary/40/2013 Hungary Fejér H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/41/2014 Hungary Komárom Esztergom H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/42/2014 Hungary Baranya H1N1 reassortant pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/43/2014 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/44/2015 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/45/2015 Hungary Hajdú Bihar H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/46/2017 Hungary Fejér H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/47/2017 Hungary Hajdú Bihar H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/48/2017 Hungary Baranya H1N1 pdm-like swine H1N1 A/swine/Hungary/49/2017 Hungary Bács Kiskun H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/50/2018 Hungary Tolna H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/51/2018 Hungary Baranya H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/52/2018 Hungary Tolna H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/53/2018 Hungary Somogy H1N1 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/54/2018 Hungary Komárom Esztergom rh1n2 avian-like swine H1N1 A/swine/Hungary/55/2018 Croatia Kneževo megye 119 állomány 304 beküldés 534 Intézeti +734 Pályázathoz állatorvosok által beküldött minták pozitív állomány (2013 után a mintaküldés célzott volt ( csak ) pozitív állományból, ezért a 35% nem a feltüntetett adatok alapján lett kiszámolva 55 tipizálva 20 teljes SIV genom 44 részleges humán influenzavírus HA A(H1N1) pdm09 2 teljes humán influenzavírus A (H1N1) pdm09 vírus genom 10 év sertésinfluenza víruskutatás kb. 35 % pozitivitás XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 31

32 Sertésinfluenza vírus vírus PB2 PB1 PA NP MP NS HA NA Genotípus Deléció HA-ban A/swine/Hungary/25/2011 EA EA EA EA EA EA EA EA A A/swine/Hungary/32/2013 EA EA EA EA EA EA EA EA A Magyarországi adatok A/swine/Hungary/38/2013 EA EA EA EA EA EA EA EA A A/swine/Hungary/53/2018 EA EA EA EA EA EA EA EA A A/swine/Hungary/45/2015 EA EA EA EA EA EA EA EA A A/swine/Hungary/5/2010 EA EA EA EA EA EA Gent84 Gent84 B A/swine/Hungary/6/2010 EA EA EA EA EA EA Gent84 Gent84 B A/swine/Hungary/20/2013 EA EA EA EA EA EA Gent84 Gent84 B A/swine/Hungary/8/2010 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P A/swine/Hungary/23/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P A/swine/Hungary/31/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P A/swine/Hungary/33/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P A/swine/Hungary/30/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P A/swine/Hungary/7/2010 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 P A/swine/Hungary/17/2011 EA EA EA EA EA EA Scott/94 EA H 1AA deléció Franciország 2 eset A/swine/Croatia/55/2018 EA EA EA EA EA EA Scott/95 Gent84 E Németország 7, Hollandia 3 eset 20 teljes SIV genom A/swine/Hungary/53/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA S 1 AA deléció Anglia 2 eset A/swine/Hungary/9/2011 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA S A/swine/Hungary/22/2013 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA EA U Spanyolország 2 eset A/swine/Hungary/43/2014 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 pdm09 EA EA U XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 32

33 Sertésinfluenza vírus Magyarországi adatok szúbtípus vírus szám genotípus filogenetikai alapú nevezéktan EA avian-like swine H1avN1 26 A genotípus 1C.2.1* hu-like reassortant swine H3N2 Gent/84 5 B genotípus ez nem H1 hu-like reassortant swine H1huN2 Scot/94 2 C genotípus 1B pdm-like swine A (H1N1) pdm09 16 P genotípus 1A EA avian-like recombinant swine rh1avn1 1 H genotípus 1B avian-like reassortant swine H1N2 1 E genotípus 1B reassortant pdm-like swine H1N1 2 S genotípus 1A reassortant pdm-like swine H1N1 2 U genotípus 1A Anderson TK, et al. A Phylogeny-Based Global Nomenclature System and Automated Annotation Tool for H1 Hemagglutinin Genes from Swine Influenza A Viruses. msphere. 2016, 1(6): e PMID: tipizált SIV vírus PROTOCOL FOR INFLUENZA A VIRUS GLOBAL SWINE H1 CLADE CLASSIFICATION. January 23, 2017 Background Swine H1 viruses have diversified into three major genetic lineages over time. Recently, Anderson et al. (2016) proposed a global classification scheme for swine H1 influenza A virus based on the phylogenetic relationships of the H1 HA segment sequences. This new global swine H1 clade classification scheme extends the previous US swine H1 classification scheme implemented in the Influenza Research Database (IRD, 2015) by incorporating additional swine sequences from outside North America, in particular Europe and Asia. XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 33

34 Sertésinfluenza vírus Dr. Biksi Imre, Állatorvostudományi Egyetem, Nagyállat klinika aktív monitoring önszorgalom kutatási együttműködés alapon 20 különböző farm vizsgálata Időtartam: 6 hónap Átlagos életkor: 3 hét Több beküldés Klinikai tünetek és korbonctani elváltozások jegyzőkönyvezése PRRS, M. Hyopneumonieae vizsgálata gyanú esetén Bakteriológia vizsgálatok Dr. Dán Ádám, NÉBIH ÁDI Molekuláris Biológia A minták vizsgálata SIV real-time PCR-el Pozitív minták szekvenálása Szekvenciák elemzése Filogenetikai vizsgálatok, adatefeldolgozás XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 34

35 Sertésinfluenza vírus aktív monitoring részleges HA szekvencia illesztések alapján készült fa járványtani összefüggések kiderítésére H1N1-avian S214-Herd NETHERLAND S157-Herd NGS-CAO-in prog S737-Herd Herd Herd S123-Herd Herd Herd S116-Herd S087-Herd S052-Herd Herd 3 S252-Herd NGS-CAO-in prog 100 S55-Herd NGS-CAO S168-Herd Herd 4 S379-Herd Herd Commercial connection 92 S651-Herd S375-Herd Herd Herd km from Herd S068-Herd NGS-CAO S103-Herd S104-Herd Herd 2 avian-like sw 99 S136-Herd NGS-CAO-in prog S229-Herd Herd 11 S069-Herd S212-Herd S064-Herd NGS-CAO S178-Herd Herd 10 S164-Herd S149-Herd S137-Herd S015-Herd NGS-CAO-in prog S023-Herd S012-Herd S362-Herd S165-Herd Herd Herd 23 S745-Herd ROMANIA S499-Herd NGS-CAO-in prog S566-Herd S098-Herd24-H1N H1N H1N2-Herd pdm-like sw 0.05 XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 35

36 Sertésinfluenza vírus aktív monitoring Eredmények és tanulságok 3 év rutin diagnosztika során beküldött minták során: 7 detektált vírus 6 H1avN1 1 H3N2 3 év kérésemre állatorvos által beküldött mintákból: 13 detektált vírus 5 H1avN1 4 A(H1N1)pdm09 1 H1huN2 2 H3N2 1 A(H1N1)pdm09 reasszortáns 6 hónap célzott aktív és szervezett monitoring: 18 detektált vírus 7 H1avN1 9 A(H1N1)pdm09 1 H3N2 1 A(H1N1)pdm09 reasszortáns XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 36

37 Köszönöm a figyelmüket! XXVII. Köves Napok május Balatonfüred 37