A minimális sejt Avagy hogyan alkalmazzuk a biológia több területét egy kérdés megválaszolására
Anyagcsere
Gánti kemoton elmélete
Minimum sejt Top down: Meglevő szervezetek genomjából indulunk ki Bottom up: Minimális funkciók, élő sejt szintézise
Minimum sejt felülről lefelé A gének legkisebb lehetséges halmaza, amivel fenntartható egy működő sejt a legjobb körülmények között (minden forrás rendelkezésre áll, nincs környezeti stressz) Bioinformatika Knock-out kísérletek
Endoszimbióták Nasuia deltocephalinicola (112,091 base) 137 peptide genes, 2 pseudogenes, 3 rrna, 29 trna Tremblaya princeps (138,927 / 138,931 base-pairs) 110 protein genes, 23 pseudogenes, 2 sets of 3 rrna, 8 trna Zinderia insecticola (208,564 base) 202 protein coding genes, 25 trna, 3 rrna, tmrna Sulcia muelleri (146,384 / 190,733 / 190,405 / 276,511 / 243,933 base-pairs) 3 rrna, 29 trna and 187 protein coding genes Uzinura diaspidicola (263,431 base) 227 protein coding genes, 7 pseudogenes, 3 rrna and 30 trna
Minimális genom - összehasonlítás Mycoplasma genitalium 477 gén Haemophyllus influenzae 1703 gén 240 ortológ gén közös 22 gént kell hozzárakni még, hogy működjön 6-ot kivettek mert parazita specifikusnak tűnt (később egyikről kiderült, hogy konzerválódott más bacikban, tehát nem parazita specifikus)
Minimális genom I Transzláció (95 gén) DNS replikáció (18 gén) Rekombináció és javítás (8 gén) Transzkripció (9 gén) Chaperon feladatok (13 gén) Nucleotid metablizmus (23 gén): lebontás, s ezekből újabbak előállítása (salvage pathway) Aminosav metabolizmus (7 gén): proteázok Energia (34 gén): glikolízis és szubsztrát foszforiláció Koenzim metabolizmus és felhasználás (8 gén) Exopoliszachardiok (8 gén) Szervetlen ion felvétel (5 gén) Szekréció, receptorok (5 gén) Egyéb konzervált fehérjék (18 gén) Lipid metabolizmus (6 gén): zsírsavak + glicerol kondenzáció
Minimum genom II - endoszimbióták Blochmannia floridanus (625 gén) Buchnera aphidicola (BAp, BSg, BBp) (608, 596, 545 gén) Wigglesworthia glossinidia (661 gén) 277 közös fehérje kódoló gén 36 RNS-specifikus közös gén Összesen 313 közös gén
Minimum genom III + Rickettsia prowazekii + Chlamydia trachomatis 156 közös gén Mint láttuk és látni fogjuk a közös gének nem jelentik a minimumot!
Konzerválódott fehérjék Legjobban a transzláció és az RNS polimerázok konzerválódtak Metabolizmusban viszont kevés konzerválódott (több genom összehasonlításában) enzim van A konzerváltság nem jelenti, hogy laborban elengedhetetlen (kilőhető). Például repair nélkül a sejt jól él, de fenmaradhat-e?
Minimum gén halmaz minimum funkció? Az ortológ gének közül közel sem az összes fontos enzim Nem ortológ áthelyeződés (non-orthologous displacement) Nem hasonló enzim végzi ugyan azt a funkciót Működés szinten kell konzisztensnek lennie a minimum sejtnek!
Baktérium minimum genom Minden adatot összeszedve Blochmannia floridanus, Buchnera aphidicola, Wigglesworthia glossinidia, Mycoplasma genitalium, Haemophyllus influenzae, Escherichia coli, Bacillus substilis, Staphylococcus aureus, Phytoplasma asteris 206 gén a minimum
Minimum sejt funkciók I 1. DNS metabolizmus (replikáció, módosítás, javítás és hasítás) 16 gén 2. RNS metabolizmus (transzkripció, transzláció, RNS degradáció) 106 gén 3. Fehérje feldolgozás (módosítás, felgombolyodás, áthelyezés, lebontás) 15 gén 4. Sejtszintű működés (osztódás, transzport) 5 gén
Minimum sejt funkciók II Köztes metabolizmus és energetika 1. Glikolízis (10 gén) 2. ATP szintézis, H + gradiens (9 gén) 3. Pentóz-foszfát út (3 gén) 4. Lipid metabolizmus (7 gén) 5. Nukleotid bioszintézis (15 gén) 6. Kofaktor bioszintézis (12 gén) 7. Egyéb (8 gén)
Minimum sejt? Ilyen lehetett az ősi sejt? Honnan vannak a tápanyagok? (Egyenes zsírsav?, Egyes aminosavak? Nukleotidok?) A minimum környezet függű 206 rengeteg gén
Mi csökkenthető még? (I) Kofaktor használat kiküszöbölése. Nem hiszem, hogy lehet. (II) Szabályozó gének kidobása (III) Paralogok felváltása egy generalista enzimmel. Például csak 2 aminoacil-trns szintáz maradna (IV) Ami nem közös az archaeában és baktériumokban, vagy a baktériumokban és az eukariótákban az biztosan nem volt benne az első sejtben. (???)
RNS fehérje világ Ha RNS genomja volt az utolsó közös ősnek, akkor az összes DNS replikáló enzim felesleges. Ha az első sejtben (proto sejt) nincs fehérje (vagy kevesebb aminosav), akkor transzláció gén szükséglete is csökkenthető 50 100 gén körül lehet a minimum
Mi lehetett már az RNS világban? Volt RNS világ a fehérje RNS (s a fehérje DNS világ előtt) Legtöbb enzimfunkciót átvették a fehérjék Relikviák vannak (katalitikus, központi, mindenhol jelen van)
Alulról felfelé: Élet szintézise Replikáz ribozim Membrán előállításban résztvevő ribozim Sejtosztódás magától