Számítógépes kémiai irodalmazás

Átírás

1 Számítógépes kémiai irodalmazás Készítette: Mátyus Péter és Balogh Balázs január 1

2 TÉMAKÖRÖK I. Bevezetés, alapfogalmak Tudományos cikk, szabadalom II. Adatbázisok: kémiai egyetemi ingyenes gyógyszer III. Kémiai nevezéktani és rajzoló programok 2

3 I. Bevezetés, alapfogalmak 3

4 Tudományos közlemény: folyóirat Cím Szerzők Kivonat (Abstract) Ha forrásként hivatkozunk egy cikkre, mindig adjuk meg az alábbiakat: a folyóirat címe (rövidítések!) kötet száma, oldalszámok a publikálás éve

5 Tudományos közlemény: folyóiratcikk Tudományos közlemény részei (általában): abstract (kivonat) introduction (bevezetés) materials and methods (alkalmazott anyagok és módszerek) discussion (leíró rész) conclusions (összefoglalás) references (irodalmi hivatkozások) supplementary materials (kiegészítések) A cikkekben a nem saját eredményeket minden esetben forrás megjelöléssel kell ellátni, ezeket a szövegben a megfelelő helyen szám (esetleg első szerző + et al. + évszám) jelzi. Az adott jelöléshez tartozó irodalmakat a cikk végén az Irodalom (references) fejezetben találjuk mindig az adott újság által előírt formában. Ezek sorrendje általában megegyezik szövegben való első felbukkanással, (ritkábban, főleg review cikkek esetében) első szerzők neve szerint ABC sorrendben. A cikkekben található ábrákra, grafikonokra, táblázatokra stb. valamint ezek számozására és hivatkozására szintén szigorú folyóiratonként eltérő megkötések vonatkoznak.

6 A tudományos cikkek legfontosabb alaptípusai Letter (vagy communication) rövid, általában egy-két oldalas leírása egy-egy fontos és aktuális kutatási eredménynek, amelyet általában gyorsított eljárásban közölnek le, mivel ezt a szerzők sürgősnek tekintik. Articles (alap közlemény) teljes leírása egy aktuális és eredeti ( originális ) kutatási eredmények. Bár a terjedelmük tudományterületenként és újságonként eltérő lehet, általában öttől húsz oldal terjedelműek. Review articles (összefoglaló/áttekintő cikkek), eredeti kutatási eredményt nem tartalmaznak, hanem egy adott tudományos terület egy vagy néhány témakörének hosszabb-rövidebb időszakára vonatkozó tudományos eredményeit sorolja fel és foglalja össze. Amellett, hogy az adott témakörről szolgáltat információt, a benne található hivatkozásokkal az originális kutatást is segíti. Lehet teljes egészében leíró jellegű de a meta-analízis eszköztárát felhasználva kvantitatív becsléseket is tartalmazhat.

7 Impakt faktor és citáció Az impakt faktor (hatástényező) a folyóiratok idézetelemzésen alapuló minősítője, valamely szakfolyóirat idézettségét jelző mutató, a folyóirat 2 közvetlenül egymást követő évfolyamában közölt cikkeinek (a cikkek számával arányosított) átlagos idézettsége a rákövetkező 3. tárgyévben (2015) (2015) Az idézettség (citáció) egy adott publikációra mint forrásmunkára hivatkozó más publikációk száma. Egy kutató munkájának jelentőségét kifejezheti az, hogy műveire összesen hány mások által írott hivatkozást kap. Az önhivatkozásoknak (vagyis mikor a szerző egyik művében saját másik művére utal) e szempontból általában nem tulajdonítanak jelentőséget. Több helyen csak a független idézetek számát elemzik, ez esetben a citált mű szerzői és a citáló mű szerzői között egyetlen azonos személy sem lehet. 7

8 Szabadalom (patent) A szabadalom a találmányok egyik iparjogvédelmi oltalmi formálja, csak az a találmány szabadalmaztatható, amely a következő ismérvekkel rendelkezik: új, feltalálói tevékenységen alapuló, iparilag alkalmazható műszaki megoldás. A szabadalmi oltalom azt jelenti, hogy a szabadalom jogosultjának kizárólagos joga van a találmány hasznosítására, illetve arra, hogy a hasznosításra másnak engedélyt (licenszt) adjon, időtartama a bejelentés napjától számított húsz év, tartalmát a szabadalmi bejelentésben foglalt igénypontok határozzák meg. Az eljárás a szabadalmi bejelentés benyújtásával indul, eljárásra kizárólagos hatáskörrel és illetékességgel Magyarországon a Szellemi Tulajdon Nemzeti Hivatala rendelkezik.

9 Szabadalom (patent) Szabadalom legfontosabb elemei: title (a szabadalom címe) applicant (benyújtó általában intézmény) inventors (feltalálók természetes személyek) abstract (kivonat szöveg és ábra is lehet) description (szabadalmi leírás) claims (igénypontok) search report (eredetiség vizsgálat) bibliography (irodalmi adatok) A Publikációs szám (publication number) a publikálás céljából benyújtott szabadalomhoz rendelt szám, amely egy két betűs országkódból (vagy WO = World) és egy, a benyújtás évét is tartalmazó sorozatszámból (2+6 vagy 4+6 számjegy) áll, tehát általában HUYYnnnnnn vagy HUYYYYnnnnnn (pl. DE ). Az Egyesült Államok szabadalmi hivatala által kiadott számok 4+7 szám-jegyből állnak: USYYYYnnnnnnn (pl. US ). Ezeket a számokat gyakran tagolják szóközzel, kötőjellel (perjellel). Bár a szabadalmon több különböző dátum szerepelhet, például a benyújtás dátuma (filing date) vagy a publikálás dátuma (publication date), a legfontosabb azonban az érvényesség dátuma (priority date), amely a védettség idejének kezdetét jelöli (az előbbieknél akár korábbi is lehet).

10 Szabadalmi iroda (patent office) A Szellemi Tulajdon Nemzeti Hivatala (SZTNH), korábban Magyar Szabadalmi Hivatal (MSZH), Angol nyelvű elnevezése: Hungarian Intellectual Property Office (HIPO), a szellemi tulajdon védelméért (ezen belül a szerzői jogért és az iparjogvédelemért) felelős magyar kormányhivatal. ( The European Patent Organisation is an intergovernmental organisation that was set up on 7 October 1977 on the basis of the European Patent Convention (EPC) signed in Munich in It has two bodies, the European Patent Office (EPO) and the Administrative Council, which supervises the Office's activities. (

11 Espacenet offers free access to information about inventions and technical developments from the 19 th century right up to today. Espacenet contains data on more than 90 million patent documents from around the world. Supporting information can help you understand whether a patent has been granted or not and if it is still in force. Szabadalmi adatbázis

12 Példák: Folyóiratok, címek rövidítése (Abbreviations) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of Current Opinion in Neurobiology Computational & Theoretical Chemistry Nucleic Acids Research Applied Nanoscience Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. (vagy PNAS) Curr. Opin. Neurobiol. Comput. Theor. Chem Nucleic Acids Res. Appl. Nanosci. Kivételek: Science (Washington, DC, U.S.) nem rövidítjük ChemMedChem egybe írjuk (pontok nélkül)

13 Kémiai folyóirat cím rövidítés adatbázis Rövidítés teljes cím VAGY teljes cím rövidítés Kereshetünk folyóiratokat teljes- vagy rövidített cím (vagy csak kezdőbetűk), töredék vagy kulcsszó a alapján is.

14 Digitális objektumok azonosító szám A digitálisobjektum-azonosító vagy digitális objektumok azonosítója (digital object identifier, DOI) elektronikus dokumentumok azonosítását lehetővé tevő jelzés (pl.: Formátum: /xyz123 előtag 1: 10 az un. directory code, jelenleg ez az egy van használatban előtag 2: 1000 a regisztrált kiadó (publisher) kódja utótag: xyz123: az un. item ID, vagyis az egyedi dokumentum kódja Az előtagot a DOI regisztrációs ügynöksége osztja ki a regisztrálásukat kérőknek, az utótagot a kiadó maga a regisztrált adja hozzá (ügyelve arra, hogy az előtagon belül egyedi legyen). A Nemzetközi DOI Alapítvány (International DOI Foundation, IDF) bejegyzett védjegye. Az IDF meghatározása szerint a egy digitális azonosító bármely szellemi termék számára, amely lehetővé teszi, hogy szellemi termékeket digitális hálózatokon állandóan azonosítani lehessen, és a rájuk vonatkozó kurrens adatokat el lehessen érni.

15 ISBN és ISSN számok ISBN (International Standard Book Number) szám: a könyvek (és egyéb monografikus jellegű művek) nyilvántartására szolgáló nemzetközi szabványos számrendszerhez tartozó kód. 13 jegyű (2007 után): ISBN jegyű (2007 előtt): ISBN Magyarországon az Országos Széchényi Könyvtártól igényelhető. ISSN (International Standard Serial Number) szám: Időszaki kiadványok (folyóiratok vagy sorozatok) nyilvántartására szolgáló nemzetközi szabványos számrendszerhez tartozó kód. Ez mindig 8 (4+4) jegyű: ISSN Bizonyos kiadványok rendelkezhetnek külön nyomtatot (p-issn) és elektronikus (e-issn) számmal is. 15

16 Forrás megadásának módja Tudományos folyóirat cikk (Journal article): Hu: szerző(k) + folyóirat neve (általában rövidítve) + év + kötet (+ füzet) + oldalak En: author(s) + journal (abbreviated) + year + volume (+ issue) + pages A folyóiratok nevét általában rövidítve adjuk meg, elválasztva, ponttal vagy anélkül, pl. J Med Chem / J. Med. Chem. (abbreviations, lásd később). Szerző(k) neve: vezeték- és keresztnév(ek) vesszővel elválasztva, utóbbiak rövidítve, ponttal (vagy anélkül), több szerző esetén általában pontosvesszővel elválasztva, esetleg csak az első szerző vezetékneve + et al. (pl. Kovacs et al.) A cikk címét (title) nem minden esetben tüntetik fel, ennek helye a szerzők és a folyóirat neve között, általában csak az első betű nagy de lehet csupa nagybetűs, mindig ponttal a végén. Az évszám vastagon szedve vagy zárójelben, állhat a cím előtt is (ilyenkor mindig zárójelben). A kötetszám (volume) kötelező, a füzetszám (issue) opcionális, előbbit döntve, utóbbit zárójelben szokás megadni. Általában a cikk első és az utolsó oldalának számát is meg szokták adni, de az elsőt mindenképpen 16 kötelező (bizonyos csak elektronikusan megjelenő cikkek esetében más azonosítókat is használnak).

17 Forrás megadásának módja Könyv (book) vagy könyvfejezet (book chapter): Hu: szerző(k) / szerkeszt(ők) + könyv / fejezet címe + kiadó + kiadás éve (+ város) (+ oldal) (+ISBN) En: author(s) / editor(s) + title / chapter + publisher + year (+city) (+ pages) (+ISBN) Példa: Le Couteur, P.; Burreson, J. Napoleon s Buttons: How 17 Molecules Changed History; Putnam: New York, 2003; pp Az összes szerző nevét megadjuk, vezetéknév + keresztnév(ek) rövidítve, vesszővel vagy pontosvesszővel elválasztva. 17

18 Szabadalom (patent): Forrás megadásának módja Hu: feltaláló(k) / benyújtó(k) + találmány címe + szabadalom száma + kiadás dátuma (nap, hónap, év) En: inventor(s) / applicant(s) + patent title + publisher + publication number + publication date (day, month, year) An applicant is a person or organisation (e.g. company, university, etc.) who/which has filed a patent application. There may be more than one applicant per application. The applicant may also be the inventor, although this is not necessarily the case. The inventor is the person named in a patent application as the inventor. There may be more than one inventor. The inventor can also be the applicant. The publication number is the number assigned to a patent application on publication. The application number is the number assigned to a patent application when it is filed. The priority number is the number of the application in respect of which priority is claimed, i.e. it is the same as the application number of the claimed priority document. Példa: Papp, Gy. Novel Antiarrhytmic Compounds. World Patent , June 17,

19 Ahogy mi kérjük: Forrás megadásának módja Folyóirat: Sun, L.; Bera, H.; Chui, W. K. Synthesis of pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine derivatives as inhibitors of thymidine phosphorylase. Eur. J. Med. Chem. 2013, 65, Könyv: Le Couteur, P.; Burreson, J. Napoleon s Buttons: How 17 Molecules Changed History; Putnam: New York, 2003; pp Szabadalom: Shimizu, Y.; Kajiyama, H. (Kanebo, Ltd., Japan), Novell Synthetic Fibers. Japane Patent , 19 June, A prezentációknál a dia alján tüntessük fel a forrást, rövidített formában, az alábbi módon: Sun et al., Eur. J. Med. Chem. 2013, 65,

20 II. Adatbázisok: 1. Kémiai adatbázisok 20

21 Chemical Abstracts Cég: Chemical Abstracts Service Keresőprogram: Scifinder Scholar Webcím: A világ egyik legnagyobb és leginkább használt kémiaitudományos információgyűjteménye, a kémiai tudomány, illetve a vegyipar teljes területét lefedi. A SciFinder bibliográfiai adatbázis nélkülözhetetlen az agrártudomány, biológia és élettudomány, mérnöktudomány, általános kémia, földtudomány, orvostudomány, fizika, élelmiszertudomány területén. A SciFinder Scholar a világ vezető tudományos keresőeszköze, amelynek segítségével pl. kémiai reakciók, adatok, vegyület-tulajdonságok kereshetők. Forrás: 21

22 Mit csinál a Chemical Abstracts? A CAS figyeli, indexálja és kivonatokat készít a Világ kémiai ill. kémiai határterületi irodalmából a szabadalmakat is beleértve -, ezt az információt naponta aktualizálja, és hozzáférhetővé teszi csúcstechnológiájú információs rendszerében. A CAS databázis sok tudományágat fed le, például az orvostudományt, a kémiát, a mérnöki tudományokat, az anyagtudományt, a mezőgazdasági tudományt, és sok mást Forrás: 22

23 CAS adatbázisok A CAS REGISTRY SM több, mint 126 millió egyedi szerves és szervetlen kémiai anyagot referál, például ötvözeteket, koordinációs vegyületeket, ásványokat, elegyeket, polimereket és sókat, valamint több, mint 66 millió makromolekulát - többet, mint bármely más hasonló adatbázis. Amikor azonosítani kell egy vegyületet, támaszkodhatunk a CAS REGISTRY megbízható elnevező és szerkezet-azonosító rendszerére. Másfelől, minden vegyületet és származékait is (pl. sztereoizomerjeit, sóit) az egyedi CAS Registry Number -rel lehet azonosítani, amely általánosan használt és a kémiai anyagok egyedi, egyértelmű azonosítójának használható. A CAS REGISTRY rendszerében megtalálhatóak irodalmi hivatkozások a vegyületről kísérletileg mért és megjósolt jellemzők (pl. forrás- és olvadáspont, stb.) kereskedelmi beszerezhetőség előállítási módszerek spektrumok nemzetközi forrású törzskönyvezési adatok Forrás: 23

24 CAS adatbázisok Tartalomjegyzék A CAS által létrehozott CAplus több, mint 44 millió kémiai és kémiai határterületi tudományos publikációt csoportosít 80 szekcióba, különös tekintettel az alábbiakra: Biokémia növénykémiai szabályozók biokémiai genetika fermentálás immunkémia gyógyszerhatástan Szerves kémia aminosavak biopolimerek szénhidrátok szerves fémvegyületek szteroidok Makromolekuláris kémia cellulóz, lignin, papír festékek és tinták szerves pigmentek szintetikus gumi-oligomerek textilek, műszálak Alkalmazott kémia légszennyezés kerámiák illóolajok, kozmetikumok szénhidrogén alapú tüzelőanyagok mágnesezhető fémek és ötvözetek Forrás: Fizikai kémia, szervetlen és analitikai kémia, határfelületi kémia katalizátorok fázisegyensúlyok nukleáris jelenségek elektrokémia 24

25 Aatabázis számláló A szerves és a szervetlen vegyületeken túlmenően a REGISTRY jelenleg biopolimert kódol (indexál). CAS RN a legutóbbi CAS Registry Number A CAS egyúttal a kémiai reakciók, törzskönyvezett és kereskedelmileg beszerezhető vegyszerek különleges adatbázisa is, valamint a Markush-anyagokról is közöl adatokat. Speciális Anyaggyűjtemények Számlálója CASREACT (1) egy- és többlépéses reakció és szintetikus készítmény CHEMLIST feltalált/törzskönyvezett anyag CHEMCATS kereskedelmileg beszerezhető vegyszerek MARPAT kereshető Markush-szerkezet (1) A CASREACT-statisztika még több információt ad. 25

26 CAS Registration number (CASRN) Mi a CAS REGISTRY? Mi a CAS Registry Number (CAS RN)? CAS REGISTRY 1957-től mostanáig fedi le a tudományos szakirodalomban azonosított vegyületeket, kiegészítve további, egészen 1900-as évek elejétől azonosított vegyületekkel. Minden CAS Registry Number (rövidítve CAS Number) olyan kód, ami: Egyedi vegyületszám Csak 1 anyaghoz van hozzárendelve Nincs kémiai jelentése Az adott vegyület bőségére utaló információt tartalmaz. Forrás: 26

27 Hogy néz ki a CAS Registry Number? Hogyan és mikor rendelik hozzá a CAS Registry Number-t a vegyületekhez? Milyen típusú vegyületeket tartalmaz a CAS REGISTRY? CAS Registration number (CASRN) A CAS Registry Number egy olyan kód, amely akár 10 számjegyet is tartalmazhat, amelyek kötőjelekkel 3 részre vannak osztva. A legjobboldalibb számjegy egy ellenőrző számjegy a teljes szám érvényességének és egyediségének ellenőrzésére. Például az a koffein CAS Registry Number-ja. A CAS Registry Number-t minden egyes vegyülethez akkor rendelik hozzá, amikor bevezetik a CAS REGISTRY databázis rendszerébe. A számok bizonyos, növekvő sorrendben követik egymást, azért, hogy az eredeti új vegyületeket is be tudják illeszteni a CAS szakemberei az adatbázisba. CAS REGISTRY a vegyületek legszélesebb körét tartalmazza, többek között: Szerves és szervetlen vegyületeket, fémeket és ötvözeteket, ásványokat, koordinációs vegyületeket, szerves fémvegyületeket, elemeket, izotópokat, atomi részecskéket, fehérjéket és nukleinsavakat, polimereket, amorf anyagokat (UVCB-k) 27 Forrás:

28 Mi a SciFinder? A SciFinder mind a hivatásos kutatók, mind a kutató tudósok számára hozzáférhető felfedezést elősegítő eszköz. Azonban senkinek sem kell nagy gyakorlattal rendelkeznie ahhoz, hogy használni tudja a SciFinder-t. Világszerte számos intézmény biztosít kutatói részére a CAS-adatbázisokhoz való közvetlen hozzáférést. 28 Forrás:

29 A SciFinder főmenü 1. keresés kutatási téma alapján (pl. Suzuki reaction) 2. keresés szerző neve alapján (pl. Mátyus P) 3. keresés cég (vagy intézmény) neve alapján (pl. Semmelweis University) 4. dokumentum azonosító (pl. Accession number) 5. folyóirat (név, kötet, oldal, évszám megadásával) 6. szabadalom szám (publication / application / priority) 1. keresés kémiai szerkezet alapján (berajzolás) 2. keresés összegképlet alapján (túl általános) 3. keresés vegyület azonosító alapján (CASRN, bármilyen kémiai név, gyógyszer vagy hatóanyag, vegyületkód pl. MP-1961 ) keresés kémiai szerkezetek (reagens(ek), reaktáns(ok) és/vagy termék(ek) alapján 29

30 Reaxys adatbázis Cég: Elsevier Webcím: A Reaxys az Elsevier Kiadó kémiai adatbázisa, gazdag kísérleti anyaggal és a kémiai reakciók adatállományával. Kémiai reakciók, szerkezetek és elemek fizikai tulajdonságait tartalmazza, és teszi ezeket kereshetővé. reakcióegyenlet szerkezet, név, összegképlet stb. kulcsszó, cím, szerző neve, egyéb irodalmi adatok fizikokémiai tulajdonságok spektrumok természetes vegyületek összetett keress Forrás: 30

31 Cambridge Structural Database (CSD) Comprehensive of the published literature and highly curated, the Cambridge Structural Database (CSD) is an essential resource to scientists around the world. Established in 1965, the CSD is the world s repository for small-molecule organic and metal-organic crystal structures. Containing the results of over half-a-million x-ray and neutron diffraction analyses this unique database of accurate 3D structures has become an essential resource to scientists around the world. With comprehensive and fully retrospective coverage of the published literature you can have full confidence that your CSD searches are returning all crystal structure matches. The CSD also contains directly deposited data that are not available anywhere else. 31

32 Cambridge Structural Database (CSD) Growth of the Cambridge Structural Database (CSD) since Lamotrigine (EFEMUX01) - the 500,000th structure archived to the CSD Each crystal structure undergoes extensive validation and cross-checking by expert chemists and crystallographers to ensure that the CSD is maintained to the highest possible standards. Also, each database entry is enriched with bibliographic, chemical and physical property information, adding further value to the raw structural data. These editorial processes are vital for enabling scientists to interpret structures in a chemically meaningful way. The CSD is continually updated with >40,000 new structures each year and with improvements to existing entries. With regular web-updates and early online access to newly published structures you can keep fully informed of the latest research. 32

33 2. Egyetemi adatbázisok 33

34 Semmelweis Egyetem Központi Könyvtár honlapja Néhány kiemelt szolgáltatás: Adatbázisok: az Egyetem / EISZ által előfizetett adatbázisok listája (kémiai adatbázisok: Reaxys, SciFinder) Folyóirat katalógus: az ingyenesen elérhető vagy Egyetem által előfizetett folyóiratok listája Impakt Faktor kereső Hallgatói VPN hozzáférés EndNote 34

35 Semmelweis Egyetem folyóirat adatbázis (Központi Könyvtár) Források Folyóirat katalógus kereshetünk folyóirat cím (részlet) / rövidítés vagy ISSN szám alapján Néhány gyakori jelölés: Alap információk: ISSN, impakt faktor(elmúlt 5 év), kiadó, szolgáltató Szabad hozzáférésű (openasscess) Teljes szöveg elérhető (az adott dátumtól, ált év) Teljes szöveg elérhető késleltetéssel(ált. fél-egy év, az adott dátumtól)

36 EndNote bibliográfiai alkalmazás (Thomson Reuters) Az Egyetemi Könyvtár honlapjáról letölthető az ingyenes változat. 36

37 EISZ Az Elektronikus Információszolgáltatás (EISZ) nemzeti program célja, hogy a felsőoktatás és a tudományos kutatás számára nélkülözhetetlen elektronikus információforrásokat központilag, nemzeti licenc alapján vásárolja meg, melynek eredményeként az eddigieknél lényegesen több információt tud biztosítani. Az EISZ fontos része a felsőoktatási fejlesztési programnak, hiszen jelentősen megnöveli a magyar felsőoktatási intézmények és nonprofit kutatóhelyek versenyképességét a világ tudományos életében, és egyben elősegíti az információhoz való hozzáférés demokráciájának kiterjesztését is. Az EISZ az elektronikus tartalmak elérhetőségének fenntartására, a legszélesebb körben használt nagy értékű nemzetközi tudományos információkat tartalmazó adatbázisok beszerzésére, elérhetővé tételére jött létre. Az EISZ Nemzeti Program fenntartása a hazai kutatói szféra működése szempontjából nélkülözhetetlen. Az EISZ Alapprogram keretében nyújtott országos hatókörű adatbázis-szolgáltatás a kutatási infrastruktúra szerves része, ez tartalmazza a kurrens folyóiratok, szakcikkek, tudományos kiadványok bibliográfiai adataités full text verzióit, a kutatásokhoz elengedhetetlen adatbázisokat. Forrás: 37

38 EISZ: Web of Science A Web of Science (WoS) interdiszciplináris bibliográfiai adatbázis, amelynek heti frissességgel közreadott anyaga a tudomány e- gész területére kiterjed. A WoS szolgáltatása a citációs index, amely lehetővé teszi a tudománymetriai elemzéseket, mivel a cikkek bibliográfiai adatain kívül a szerzői hivatkozásokat is feltárja. Science Citation Index Expanded & SciSearch: Természet- és műszaki tudományos index, amely több mint 150 tudományterületet ölel fel, és közel 8300 fontos, akadémiai és alkalmazott műszaki tudományos dokumentumot (folyóiratot) tartalmaz, 1900-tól művészeti és humán folyóiratból, valamint több, mint 6000 természet- és társadalomtudományi folyóiratból nyújt lehetőséget a keresésre. 38

39 EISZ: Nature A Nature Publishing Group (NPG) kiadásában megjelenő folyóirat portfólió tartalmazza az 1869 óta megjelenő Nature folyóiratot, a Journal Citation Reports Science Edition (Thomson Reuters) adatai szerint a világ legnagyobb idézettséggel bíró interdiszciplináris lektorált folyóiratát. Impakt faktora 38,138. Nature Chemistry: 2009 óta, havonta megjelenő folyóirat, a kémiai tudományok minden területéhez kapcsolódva. Impakt faktora a legmagasabb a multidiszciplináris kémiai folyóiratok között. Nature Medicine: a legfrissebb kutatási eredményeket IF: 27,897 IF: 28,457 publikálja a rákkutatás,az idegtudományok, fertőző-, gyulladásos- és anyagcsere betegségek és sok más egyéb területen és

40 EISZ: Science Nemzetközi tudományos hetilap, az American Association for the Advancement of Science (AAAS) kiadványa ben indult a Science Online, melynek egyik legfontosabb része a Science Magazine, mely full-text folyóiratokat tartalmazó adatbázis és 2004 között a magazin a legmagasabb impakt faktorral rendelkezett az alábbi hat tudományterületen: molekuláris biológia és genetika, fizika, biológia és biokémia, növényés állattan, űr-tudomány, immunológia. Cikkei folyamatosan a világ leginkább idézett kutatásai között vannak. Forrás: 34,661 (2015) 40

41 EISZ: ScienceDirect A ScienceDirect az Elsevier tudományos kiadó fulltext adatbázis szolgáltatása. Fő profilja a természettudományos, műszaki és orvosi folyóiratok nyomtatott és elektronikus formában való terjesztése. Teljes szövegű változatban csak az előfizetett, a listában zöld lappal jelzett folyóiratok cikkei tölthetők le (azok közül is csak az 1995-ben és az azóta megjelentek), ezek száma több mint 9,5 millió. IF: IF: IF: IF: IF: Forrás: 41

42 EISZ: Springerlink A SpringerLink a világ egyik legszéleskörűbb online gyűjteménye természettudományos, technológiai és orvosi folyóiratokból. A szolgáltatás keretében jelenleg közel 2600 folyóirat érhető el től teljes szöveggel, többek között az élettudományok, kémia, és orvostudomány területén. OVID Medline Több mint 4500 e-könyv és gyűjtemény, több mint 1300 folyóirat teljes szövegű bibliográfiák és adatbázisok az orvostudomány területén. Forrás: 42

43 3. Szabad hozzáférésű adatbázisok 43

44 PubMed: orvostudományi irodalmak A PubMed kb. 20 millió orvostudományi irodalmi hivatkozást referál a MEDLINE-ból, élettudományi folyóiratokból és online könyvekből. A PubMed hivatkozások és tartalmi kivonatok az orvostudomány, az ápolás, a fogászat, az állatgyógyászat, a gondozási rendszer és a preklinikai tudományok területét öleli fel. A PubMed emellett további releváns Web-oldalakhoz és linkekhez biztosít hozzáférést, valamint más NCBI molekuláris biológiai forrásokhoz. A PubMed ingyenes irodalmi forrás, melyet a National Institutes of Health (NIH)-ben elhelyezett, az U.S. National Library of Medicine (NLM) részeként működő National Center for Biotechnology Information (NCBI) fejlesztett ki és tart karban. A folyóiratok kiadói eljuttatják referenciáikat az NCBI-hez, amely a cikkek teljes szövegű olvasását és letöltését teszi lehetővé az adott folyóirat Web-oldalain keresztül, a LinkOut funkciót használva. Forrás: 44

45 PubMed: Genome Project The Genome database contains sequence and map data from the whole genomes of over 1000 species or strains. The genomes represent both completely sequenced genomes and those with sequencing in-progress. All three main domains of life (bacteria, archaea, and eukaryota) are represented, as well as many viruses, phages, viroids, plasmids, and organelles. Forrás: 45

46 PubMed: Pubchem Project A PubChem az NIH Molekuláris Könyvtárak Vegyülettérkép Kezdeményezésének egy eleme, amely a kis molekulák biológiai tulajdonságairól nyújt információt. A weboldalon név, szerkezet, azonosítók vagy tulajdonságok alapján kereshetünk vegyület-információt, szerkezeti képleteket, biológiai hatás-adatokat. Forrás: 46

47 ChemSpider ChemSpider is a free chemical structure database providing fast text and structure search access to over 40 million structures from hundreds of data sources. Search by chemical names systematic names synonyms trade names database identifiers Search by chemical structure create structure-based queries draw structures in the web page use structure files from your computer Forrás: Find important data literature references physical properties interactive spectra chemical suppliers 47

48 Protein databases: UniProt Knowledgebase The Universal Protein Resource (UniProt) is a comprehensive resource for protein sequence and annotation data. The UniProt databases are the UniProt Knowledgebase (UniProtKB), the UniProt Reference Clusters (UniRef), and the UniProt Archive (UniParc). The UniProt Metagenomic and Environmental Sequences (UniMES) database is a repository specifically developed for metagenomic and environmental data. UniProt is a collaboration between the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) and the Protein Information Resource (PIR). Across the three institutes more than 100 people are involved through different tasks such as database curation, software development and support. EMBL-EBI and SIB together used to produce Swiss-Prot and (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) TrEMBL, while PIR produced the Protein Sequence Database (PIR-PSD). In 2002 the three institutes decided to pool their resources and expertise and formed the UniProt consortium.

49 Protein databases: the RCSB PDB The Protein Data Bank (PDB) archive is the single worldwide repository of information about the 3D structures of large biological molecules, including proteins and nucleic acids. These are the molecules of life that are found in all organisms including bacteria, yeast, plants, flies, other animals, and humans. Understanding the shape of a molecule helps to understand how it works. This knowledge can be used to help deduce a structure's role in human health and disease, and in drug development. The structures in the archive range from tiny proteins and bits of DNA to complex molecular machines like the ribosome. The PDB was established in 1971 at Brookhaven National Laboratory under the leadership of Walter Hamilton and originally contained 7 structures. After Hamilton's untimely death, Tom Koetzle began to lead the PDB in 1973, and then Joel Sussman in In 1998, the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) became responsible for the management of the PDB. In 2003, the wwpdb was formed to maintain a single PDB archive of macromolecular structural data that is freely and publicly available to the global community. It consists of organizations that act as deposition, data processing and distribution centers for PDB data. In addition, the RCSB PDB supports a website where visitors can perform simple and complex queries on the data, analyze, and visualize the results. Details about the history, function, progress, and future goals of the RCSB PDB can be found in our Annual Reports and Newsletters

50 4. Gyógyszer adatbázisok 50

51 USA: FDA The Food and Drug Administration is an federal agency of the United States Department of Health and Human Services, one of the United States federal executive departments. The FDA is responsible for protecting and promoting public health through the regulation and supervision of food safety, tobacco products, dietary supplements, prescription and over-the-counter pharmaceutical drugs (medications), vaccines, biopharmaceuticals, blood transfusions, medical devices, electromagnetic radiation emitting devices (ERED), cosmetics, animal foods & feed and veterinary products. The Center for Drug Evaluation and Research has different requirements for the three main types of drug products: new drugs, generic drugs and over-the-counter drugs. A drug is considered "new" if it is made by a different manufacturer, uses different excipients or inactive ingredients, is used for a different purpose, or undergoes any substantial change. The most rigorous requirements apply to "new molecular entities": drugs that are not based 51 on existing medications. Forrás:

52 FDA: Drug Approvals and Databases Acronyms and Abbreviations Approved Drug Products with Therapeutic Equivalence Evaluations (Orange Book) Bioresearch Monitoring Information System (BMIS) Clinical Investigator Inspection List (CLIIL) Dissolution Methods Database Drug Establishments Current Registration Site Drug Shortages FDA Adverse Event Reporting System (FAERS) Quarterly Data Files Inactive Ingredient Search for Approved Drug Products National Drug Code Directory Orange Book (Approved Drug Products with Therapeutic Equivalence Evaluations) Postmarket Requirements and Commitments 52

53 adatbázis Az FDA adatbázisában a gyógyszer készítmény neve (Drug Name, pl. Prozac), hatóanyag név (Active Ingredient, pl. Fluoxetin) vagy szabadalom száma (Application Number) alapján kereshetünk. 53

54 DrugBank database The DrugBank database is a unique bioinformatics and cheminformatics resource that combines detailed drug (i.e. chemical, pharmacological and pharmaceutical) data with comprehensive drug target (i.e. sequence, structure, and pathway) information. The database contains 7740 drug entries including 1584 FDA-approved small molecule drugs, 157 FDA-approved biotech (protein/peptide) drugs, 89 nutraceuticals and over 6000 experimental drugs. Additionally, 4282 non-redundant protein (i.e. drug target/enzyme/transporter/carrier) sequences are linked to these drug entries. Each DrugCard entry contains more than 200 data fields with half of the information being devoted to drug/chemical data and the other half devoted to drug target or protein data. Forrás: 54

55 DrugBank adatbázis A DrugBank adatbázisában a gyógyszer készítmény (Drug Name) / hatóanyag (Active Ingredient) mellett gyógyszer célpontokra (targets) vagy útvonalakra (pathways) is kereshetünk. Megoldott továbbá a kémiai szerkezet (pontos szerkezet, substructure vagy hasonlóság) alapján történő keresés is. 55

56 DailyMed database DailyMed is the official provider of FDA label information (package inserts). This Web site provides a standard, comprehensive, up-to-date, look-up and download resource of medication content and labeling found in medication package inserts. The National Library of Medicine (NLM) provides this as a public service and does not accept advertisements. The drug labeling information on this Web site is the most recent submitted to the Food and Drug Administration (FDA) and currently in use; it may include, for example, strengthened warnings undergoing FDA review or minor editorial changes. These labels have been reformatted to make them easier to read. 56

57 DailyMed adatbázis lekérdezés: rifampin 57

58 European Medicines Agency The European Medicines Agency s (EMA) main responsibility is the protection and promotion of public and animal health, through the evaluation and supervision of medicines for human and veterinary use. As an agency of the European Union, roughly parallel to the U.S. FDA, but without FDA-style centralisation, the European Medicines Agency was set up in 1995 with funding from the European Union and the pharmaceutical industry, as well as indirect subsidy from member states, in an attempt to harmonise (but not replace) the work of existing national medicine regulatory bodies. It is located in London. 58

59 EMA adatbázis Medicines search A medicines 'Quick search' bar is featured on the homepage under 'Search for medicines'. If you are looking for information on a specific medicine assessed by the EMA, and if you know the medicine name or the active substance, you can use this feature to search our full database of human medicines, veterinary medicines and herbal medicines. The main human medicines search provides more options for searching or browsing information on medicines. It may be useful if you are looking for medicines for a particular disease area or therapeutic indication, if you wish to browse by date of approval or alphabetical listing, or if you are looking for specific types of medicines such as generics, biosimilars or orphan medicines. 59

60 Országos Gyógyszerészeti és Élelmezésügyi Intézet (OÉGYI) Az Országos Gyógyszerészeti és Élelmezés-egészségügyi Intézetről szóló 28/2015. (II. 25.) Korm. rendelet értelmében március 1-jétől az újonnan felállított Országos Gyógyszerészeti és Élelmezés-egészségügyi Intézet (OGYÉI) látja el a gyógyszerészeti államigazgatási feladatokat, valamint egyes feladatok tekintetében egészségügyi államigazgatási szervként is kijelölték. Az OGYÉI a GYEMSZI Gyógyszerészeti Intézet Főigazgatósága, Eszközminősítő és Kórháztechnikai Igazgatósága, Technológiaértékelő Főosztálya által ellátott feladatok tekintetében a GYEMSZI, az ÁNTSZ meghatározott feladatai tekintetében az ÁNTSZ valamint az Országos Élelmezés- és Táplálkozástudományi Intézet (OÉTI) jogutódja. Az OGYÉI tevékenységei: Az OGYÉI ellátja a gyógyszer-felügyeleti hatósági, piacfelügyeleti hatósági, egészségügyi géntechnológiai hatósági, továbbá, adatgyűjtési, elemzési, értékelési, kutatási, szakértői és szakmai módszertani támogatási feladatokat. Az OGYÉI ellátja a gyógyszer-ellátással kapcsolatos hatósági feladatokat, a gyógyszertárak működésének és gyógyszerellátási tevékenységének ellenőrzését, koordinálását, felügyeletét, a megyei, illetve fővárosi tiszti főgyógyszerészek, tiszti 60 gyógyszerészek felügyeletét.

61 OÉGYI gyógyszeradatbázis A OGYEI Gyógyszeradatbázis az összes Magyarországon forgalomba hozatali engedéllyel rendelkező gyógyszerkészítmény publikus - az OGYEI illetékességi körébe tartozó - adatát tartalmazza. Alkalmazási előírat Betegtájékoztató Címkeszöveg 61

62 III. Kémiai nevezéktan és rajzoló programok 62

63 Az International Union of Pure and Applied Chemistry (Tiszta és Alkalmazott Kémia Nemzetközi Uniója) rövidítése, amelynek célja világszerte a kémiai tudományok aspektusainak fejlesztése és közreműködés a kémiának az emberiség szolgálatába történő állításában. Fő feladatai közé tartozik az egységes nemzetközi kémiai nómenklatúra (nevezéktan) kialakítása, melyet az alábbi kiadványokban - ú.n. "színes" könyvekben - publikálnak: IUPAC A kémiai terminológia kompendiuma (Arany könyv) Fizikai kémiai nevezéktan (Zöld könyv) Szervetlen kémiai nevezéktan (Piros könyv) Szerves kémiai nevezéktan (Kék könyv) Makromolekuláris nevezéktan kompendiuma (Bíbor könyv) Analitikai nevezéktan kompendiuma (Narancs könyv) Klinikai laboratóriumi tudományok nevezéktanának kompendiuma (Ezüst könyv) Biokémiai nevezéktan (Fehér könyv) Ezeken kívül az alábbi folyóiratokat is a IUPAC adja ki: Pure and Applied Chemistry IUPAC Information Bulletin Technical Reports Forrás: 63

64 IUPAC: GoldBook Forrás: 64

65 Kémiai szerkezet kódolása ASCIIkarakterekkel: SMILES A SMILES betűszó, az angol simplified molecular input line entry specification (egyszerűsített, begépelhető molekula-leíró rendszer) rövidítéséből ered, Arthur és David Weininger fejlesztette ki az 1980-as években 1,2. Széles körben használt leíró nyelv a molekulák ASCII-karakterekkel történő tömör kódolására. A legtöbb molekula-rajzoló és kémiai adatbázis program elfogadja bemenetként a SMILES kódokat, és képes azokat kétdimenziós rajzokká konvertálni. C H 3 SMILES code: CCO SMILES code: OC=1C(=O)O[C@H]([C@@H](O)CO)C=1O 1 Weininger, D. (1988), SMILES, a chemical language and information system. 1. Introduction to methodology and encoding rules, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 28, Weininger, D.; Weininger, A.; Weininger, J.L. (1989) SMILES. 2. Algorithm for generation of unique SMILES notation J. Chem. Inf. Comput. Sci. 29, OH HO HO HO O OH O 65

66 Kémiai szerkezet kódolása ASCIIkarakterekkel: InChI Az InChI betűszó az angol International Chemical Identifier (nemzetközi kémiai azonosító) rövidítéséből ered, az IUPAC és az NIST (National Institute of Standards and Technology) fejlesztette ki az 2000 és 2005 között. 1,2 Arra tervezték, hogy segítségével a molekuláris információt standardizált és ember által is könnyen értelmezhető módon kódolják, ingyenesen hozzáférhető, szabad forráskódú szoftver. Az InChI Key rögzített hosszúságú (25 karakter), tömör, digitális leképezése az InChI-nek, amely azonban ember által már nem értelmezhető. 1 McNaught, Alan (2006). "The IUPAC International Chemical Identifier:InChl". Chemistry International (IUPAC) 28 (6). Retrieved on The IUPAC International Chemical Identifier (InChI)". IUPAC. 5 September Retrieved on H 3 C HO HO OH HO InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3 InChI Key=LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYAB O OH O InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2/t2-,5+/m0/s1 InChI Key=CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCBT 66

67 ChemSketch: kémiai rajzoló- és nevezéktan program Cég: ACD Labs Rajzolóprogram: ChemSketch az Advanced Chemistry Development (ACD/Labs) ingyenes ChemSketch-licenszeket adott számos akadémiai intézménynek A nómenklatúra modul gomb: Az ingyenes változat korlátozásai: - Maximum 50 atom - Maximum 3 (anellált) gyűrű A vegyület szótár az ingyenes változatban nem érhető el: A program képes szerkezetet alapján SIMILES- és InChi kódok meghatározására vagy ezek alapján a szerkezet megrajzolására 67 Forrás:

68 MarvinSketch: kémiai rajzoló- és nevezéktan program Cég: Chemaxon Rajzolóprogram: MarvinSketch Az ingyenes akadémiai licensz-programú iskolák és egyetemek részére Komputációs eszközök, a protonáltság (pka), a megoszlás (logp, logd), az izomerizáció és a töltések becslésére, valamint NMR spektrum szimuláció. A beépített nómenklatúra modul segítségével korlátozások nélkül tudunk szabályos kémiai (IUPAC) nevet generálni, a szoftver adatbázisában pedig a legtöbb ismert szerves vegyület tradicionális elnevezése is szerepel. 68 Forrás:

69 Néhány általános szabály vegyületek (számítógépes) rajzolásával kapcsolatban A szénatomokat általában nem szoktuk kirajzolni: ha nincs feltüntetve a vegyjel, akkor szénatomról beszélünk. Kivétel: a láncvégi szénatomok. CH 3 CH 3 H 3 C CH 3 H 3 C CH 3 A hidrogénatomokat általában nem szoktuk kirajzolni: ha egy atomnak szabad vegyértéke lenne, azt úgy kell tekintenünk, mintha hidrogénnel lennének helyettesítve. Kivétel: a láncvégi és a heteroatomokon található hidrogének. CH 3 O H 3 C CH 3 H 3 C OH H 3 C CH3 H3C N CH 3 H 3 C NH 2 H 3 C NH CH3 Vegyületek berajzolásánál a szerkezeteket általában síkban kiterítve rajzoljuk oly módon, hogy a három egymást követő atom által bezárt szög 120 legyen. Hosszabb láncok esetén arra törekszünk, hogy egyszer az egyik, majd a másik irányba törjük meg a láncot, így zegzugos vonalat kapunk. H 3 C CH 3