A MITOKONDRIÁLIS CITOKRÓM C POSZTTRANSZLÁCIÓS ÉRÉSE. Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei. Tenger Katalin



Hasonló dokumentumok
Fehérjékben lejátszódó fizikai folyamatok dinamikája kinetikus abszorpciós spektroszkópiával vizsgálva

K68464 OTKA pályázat szakmai zárójelentés

Inzulinutánzó vanádium-, és cinkkomplexek kölcsönhatásának vizsgálata vérszérum fehérjékkel

Diabéteszes redox változások hatása a stresszfehérjékre

ERD14: egy funkcionálisan rendezetlen dehidrin fehérje szerkezeti és funkcionális jellemzése

A Ca 2+ szerepe a tormaperoxidáz enzim aktív szerkezetében. Szigeti Krisztián

Az AT 1A -angiotenzinreceptor G-fehérjétől független jelátvitelének vizsgálata C9 sejtekben. Doktori tézisek. Dr. Szidonya László

BIOFIZIKA. Metodika- 4. Liliom Károly. MTA TTK Enzimológiai Intézet

Biokatalitikus Baeyer-Villiger oxidációk Doktori (PhD) értekezés tézisei. Muskotál Adél. Dr. Vonderviszt Ferenc

Két kevéssé ismert humán ABCG fehérje expressziója és funkcionális vizsgálata: ABCG1 és ABCG4 jellemzése

Fotoszenzibilizátorok felhalmozódásának nyomonkövetése és mennyiségi

Regressziószámítás alkalmazása kistérségi adatokon

A KAR-2, egy antimitotikus ágens egyedi farmakológiájának atomi és molekuláris alapjai

A DOHÁNYZÁS OKOZTA DNS KÁROSODÁSOK ÉS JAVÍTÁSUK VIZSGÁLATA EMBERI CUMULUS ÉS GRANULOSA SEJTEKBEN. Sinkó Ildikó PH.D.

ZÁRÓJELENTÉS. Fény hatására végbemenő folyamatok önszerveződő rendszerekben

A Caskin1 állványfehérje vizsgálata

A fotodegradációs folyamat színváltoztató hatása a bútoriparban felhasználható faanyagoknál

New York, március 12. Dr. Sugár István. Kritikai észrevételek

A doktori értekezés tézisei. A növényi NRP fehérjék lehetséges szerepe a hiszton defoszforiláció szabályozásában, és a hőstressz válaszban.

1. A támogatott kutatás menete, az azt befolyásoló történések, változások

Fehérjék nyomás által indukált szerkezetváltozásainak jellemzése infravörös és fluoreszcencia spektroszkópiai módszerekkel

Az ABCG2 multidrog transzporter fehérje szerkezetének és működésének vizsgálata

A basidiomycota élesztőgomba, a Filobasidium capsuligenum IFM törzse egy olyan

1) CO 2 hidrolízise a) semleges és b) bázikus körülmények között.

SZERKEZET ALAPÚ VIRTUÁLIS SZŰRŐVIZSGÁLATOK A GYÓGYSZERKUTATÁS KORAI FÁZISÁBAN

A fehérjék szerkezete és az azt meghatározó kölcsönhatások

kutatás során legfőbb eredményeinket a szerin proteázok aktiválódásának mechanizmusával és az aktiválódás fiziológiai következményeinek

Készítette: Bujnóczki Tibor Lezárva:

OTKA beszámoló

Részletes szakmai beszámoló

Fehérjeszerkezet, fehérjetekeredés

SZENT ISTVÁN EGYETEM

Klinikai metionin-anyagcsere kutatásainkhoz, amint már említettem, 35. S radioaktív kénizotóppal jelzett metionint használtunk (gondolom, a

Szerves kémiai analízis TANTÁRGYI KOMMUNIKÁCIÓS DOSSZIÉ

A 9,9 -biantril különleges fluoreszcenciája

NEUTRON-DETEKTOROK VIZSGÁLATA. Mérési útmutató BME NTI 1997

A pulzáló és folyamatos norfloxacin itatás összehasonlító vizsgálata csirkében és pulykában. Sárközy Géza

Oszvald Mária. A búza tartalékfehérjék tulajdonságainak in vitro és in vivo vizsgálata rizs modell rendszerben

XVIII-XIX. SZÁZADBAN KÉZMŰVES TECHNOLÓGIÁVAL KÉSZÍTETT KOVÁCSOLTVAS ÉPÜLETSZERKEZETI ELEMEK VIZSGÁLATA

Érzelmi megterhelődés, lelki kiégés az egészségügyi dolgozók körében

Rezisztens keményítők minősítése és termékekben (kenyér, száraztészta) való alkalmazhatóságának vizsgálata

A MITOKONDRIUMOK SZEREPE A SEJT MŰKÖDÉSÉBEN. Somogyi János -- Vér Ágota Első rész

Tranzakciós költségek: optimum, méretgazdaságosság, egyensúly

AZ IS30 BAKTERIÁLIS INSZERCIÓS ELEM CÉLSZEKVENCIA VÁLASZTÁSÁNAK MOLEKULÁRIS TÉNYEZŐI DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI SZABÓ MÓNIKA

Bioaktív peptidek technológiáinak fejlesztése

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI AZ OPPORTUNISTA HUMÁNPATOGÉN CANDIDA PARAPSILOSIS ÉLESZTŐGOMBA ELLENI TERMÉSZETES ÉS ADAPTÍV IMMUNVÁLASZ VIZSGÁLATA

3. Sejtalkotó molekulák III.

A sejtek élete. 5. Robotoló törpék és óriások Az aminosavak és fehérjék R C NH 2. C COOH 5.1. A fehérjeépítőaminosavak általános

Az időtől független Schrödinger-egyenlet (energia sajátértékegyenlet), A Laplace operátor derékszögű koordinátarendszerben

Nemlineáris és femtoszekundumos optika Szakmai záróbeszámoló OTKA K 47078

A POLIELEKTROLIT/TENZID ASSZOCIÁCIÓ SZABÁLYOZÁSA NEMIONOS TENZIDEK ÉS POLIMEREK SEGÍTSÉGÉVEL

Immunológiai módszerek a klinikai kutatásban

DOKTORI ÉRTEKEZÉS TÉZISEI HÁROMFÁZISÚ MEGOSZLÁS ALKALMAZÁSA ÉLELMISZERFEHÉRJÉKVIZSGÁLATÁBAN

A zsírszövet mellett az agyvelő lipidekben leggazdagabb szervünk. Pontosabban az agy igen gazdag hosszú szénláncú politelítetlen zsírsavakban

6. Zárványtestek feldolgozása

A Globális regulátor mutációknak mint az attenuálás lehetőségének vizsgálata Escherichia coli-ban

A felvétel és a leadás közötti átalakító folyamatok összességét intermedier - köztes anyagcserének nevezzük.

Válasz Tombácz Etelkának az MTA doktorának disszertációmról készített bírálatában feltett kérdéseire és megjegyzéseire

TRANSZPORTFOLYAMATOK 1b. Fehérjék. 1b. FEHÉRJÉK TRANSZPORTJA A MEMBRÁNONOKBA ÉS A SEJTSZERVECSKÉK BELSEJÉBE ÁLTALÁNOS

A BIZOTTSÁG 2009/120/EK IRÁNYELVE

Városi légszennyezettség vizsgálata térinformatikai és matematikai statisztikai módszerek alkalmazásával

DOKTORI (PhD) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI JÓZSA MÁTÉ JÓZSEF MOSONMAGYARÓVÁR

Egy Polycomb Response Element (PRE) in situ vizsgálata Drosophila melanogaster-ben génkonverzió segítségével. Kozma Gabriella

A fehérjék hierarchikus szerkezete

A tananyag felépítése: A BIOLÓGIA ALAPJAI. I. Prokarióták és eukarióták. Az eukarióta sejt. Pécs Miklós: A biológia alapjai

Riboszóma. Golgi. Molekuláris sejtbiológia

A vidéki városi terek átalakulása Magyarországon szuburbanizáció és dzsentrifikáció az átmenet korszakában Kutatási zárójelentés

Baranyáné Dr. Ganzler Katalin Osztályvezető

Mart gránitfelület-élek minősítése és kitöredezéseinek vizsgálata technológiai optimalizálás céljából

A fehérje-fehérje kölcsönhatás szerkezeti alapjai és biológiai szerepük: multidiszciplináris megközelítés (zárójelentés)

Szimulációk egyszerősített fehérjemodellekkel. Szilágyi András

Hibrid mágneses szerkezetek

(Közlemények) AZ EURÓPAI UNIÓ INTÉZMÉNYEITŐL ÉS SZERVEITŐL SZÁRMAZÓ KÖZLEMÉNYEK BIZOTTSÁG

Dr. Csanády László: Az ioncsatorna-enzim határmezsgye: egyedi CFTR és TRPM2 csatornák szerkezete, működése c. MTA doktori értekezésének bírálata

A stresszteli életesemények és a gyermekkori depresszió kapcsolatának vizsgálata populációs és klinikai mintán

A szárazmegmunkálás folyamatjellemzőinek és a megmunkált felület minőségének vizsgálata keményesztergálásnál

A szociális partnerek mint kedvezményezettek

AMINOSAVAK, FEHÉRJÉK

A humán tripszinogén 4 expressziója és eloszlási mintázata az emberi agyban

A projekt eredetileg kért időtartama: 2002 február december 31. Az időtartam meghosszabbításra került december 31-ig.

Zárójelentés. Célul tűztük ki a szilárd adalékanyagok (ható és segédanyagok) hatásának vizsgálatát mind a

Kvartó elrendezésű hengerállvány végeselemes modellezése a síkkifekvési hibák kimutatása érdekében. PhD értekezés tézisei

Ha vasalják a szinusz-görbét

AMINOKARBONILEZÉS ALKALMAZÁSA ÚJ SZTERÁNVÁZAS VEGYÜLETEK SZINTÉZISÉBEN

Ph. D. értekezés tézisei

2011. november DIGITÁLIS ÁTÁLLÁS MONITORING (1. FÉLÉV) KUTATÁSI EREDMÉNYEK LAKOSSÁGI ADATOK

Hydrogen storage in Mg-based alloys

L Ph 1. Az Egyenlítő fölötti közelítőleg homogén földi mágneses térben a proton (a mágneses indukció

A fehérjék térszerkezetének jóslása (Szilágyi András, MTA Enzimológiai Intézete)

τ Γ ħ (ahol ħ=6, evs) 2.3. A vizsgálati módszer: Mössbauer-spektroszkópia (Forrás: Buszlai Péter, szakdolgozat) A Mössbauer-effektus

Ezeket az előírásokat az alábbiakban mutatjuk be részletesebben:

Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 9. mérés: Röntgen-fluoreszcencia analízis április 22.


Tárgyszavak: alakmemória-polimerek; elektromosan vezető adalékok; nanokompozitok; elektronika; dópolás.

Röntgensugárzás 9/21/2014. Röntgen sugárzás keltése: Röntgen katódsugárcső. Röntgensugárzás keletkezése Tulajdonságok Anyaggal való kölcsönhatás

EBSD-alkalmazások. Minta-elôkészítés, felületkezelés

Az Rh. vércsoport rendszer. Az Rh vércsoport rendszer(isbt 004) jelentısége. Egészségügyi szakdolgozók transzfúziológiai továbbképzése

A felületi szabadenergia hatása az előállított pelletek paramétereire

7. előadás: A plazma mebrán szerkezete és funkciója. Anyagtranszport a plazma membránon keresztül.

AZ EMBERKÖZPONTÚ CSELEKVÉSI MODELL TÁBLÁZAT Az emberközpontú modell fő hangsúlyai

Átírás:

A MITOKONDRIÁLIS CITOKRÓM C POSZTTRANSZLÁCIÓS ÉRÉSE Doktori (Ph.D.) értekezés tézisei Tenger Katalin Témavezető: Dr. Zimányi László Konzulens: Dr. Rákhely Gábor Biológia Doktori Iskola Szegedi Tudományegyetem Magyar Tudományos Akadémia Szegedi Biológiai Kutatóközpont, Biofizikai Intézet Szeged 2010

Bevezetés A c típusú citokrómok esszenciális hemtartalmú fehérjéi majdnem minden élőlénynek. Szerkezeti és funkcionális sokszínűségükben a közös vonást a kovalensen kapcsolt prosztetikus csoportjuk jelenti, amely színt és jellegzetes abszorpciós spektrumot kölcsönöz a fehérjéknek. A hem kovalens kötésére a c típusú citokrómok döntő többsége egy Cys-Xxx- Xxx-Cys-His hemkötő motívumot tartalmaz. A poszttranszlációs lépést, amely a hem kovalens kapcsolását jelenti a hemkötő motívumhoz, a c típusú citokrómok érésének nevezzük. A c típusú citokrómoknak többféle, eltérő bonyolultságú érlelő rendszere ismert. A kovalensen kötött hem, a citokróm c fehérjék sokszínűsége és a c típusú citokrómok érleléséhez kialakult többféle rendszer megléte számos, még megválaszolatlan kérdést vetnek fel szerkezeti, működésbeli és evolúciós szempontból. A sokféle szerkezettel és funkcióval bíró c típusú citokrómok közül az elektrontovábbító szerepet betöltő mitokondriális szolubilis c típusú citokrómok különösen alkalmasak különféle kísérletek elvégzésére. Ezek a fehérjék a mitokondriumok intermembrán terében helyezkednek el, a légzési lánc komponensei, és két membránkötött partnerük között H + transzport nélkül szállítanak elektronokat. A kísérleteinkben felhasznált ló mitokondriális citokróm c alkalmas lehet arra, hogy heterológ in vivo és in vitro citokróm c érési kísérletekkel a helyes érés biokémiai feltételeit tisztázni lehessen. A mitokondriális c típusú citokrómok érési vizsgálatokon túl alkalmasak elektrontranszfer kísérletek elvégzésére is. A c típusú citokrómok nem fotoaktív redoxmolekulák abban az értelemben, hogy az elektronfelvételt és -leadást a hemcsoport elektronikus gerjesztése nélkül végzik. Gyors, jó időfelbontású elektrontranszfer vizsgálatokhoz kovalensen és aminosavakra nézve szelektíven kell jelölni őket fénnyel gerjeszthető, fotoaktív (azaz gerjesztett állapotban redox aktív) molekulákkal, festékekkel. A szelektív jelöléshez felületi, funkció szempontjából semleges aminosavakat kell mutagenezissel jelölhetőekre cserélni. A külsőleg kovalensen hozzáadott festék előnye az, hogy a fehérje bármilyen kívánt pozícióban jelölhető, miáltal a donor és az akceptor (azaz a festék és a hem) távolsága, az elektrontranszfer iránya szinte tetszőlegesen változtatható. Az ily módon jelölt fehérjéken végzett elektrontranszfer kísérletek választ adhatnak a fehérjekomplexeken, ill. fehérjéken belüli elektrontranszfer mechanizmusának és természetének a kérdésére. A mitokondriális citokróm c és mutánsainak előállításához gondoskodni kell nemcsak a fehérje expressziójáról, hanem annak éréséről is, azaz a hem kovalens kötéséről és a fehérje 1

megfelelő feltekeredéséről. Ehhez valamely érlelő rendszer megfelelő fehérjéjét is ki kell fejezni a gazdasejtben. A citokróm c mutánsok előállításának igénye természetesen vezetett el dolgozatom fő témájához, a citokróm c érésének és az érlelő fehérje, a citokróm c hem liáz (CCHL) működésének vizsgálatához. Célkitűzések Kutatásaink a citokróm c mutánsok előállításával és jelölésével annak a kérdésnek a tisztázására irányulnak, hogy hogyan szabályozza a fehérje a redox reakciók sebességét. Ezt olyan fehérjén, illetve fehérje-komplexen végzett elektrontranszfer kísérletekkel vizsgáljuk, amelyekben különböző kísérleti paramétereket változtatunk meg. Főként az elektrondonor és - akceptor relatív pozícióját, miáltal módszeresen vizsgálható egyrészt az elektrontranszfer útvonal hosszának, másrészt a donor és akceptor közötti fehérjemátrix molekuláris szerkezetének a hatása az elektrontranszferre. A citokróm c mutánsok előállítása egy megbízhatóan működő és nagy hozamot biztosító expressziós rendszert igényel. A jó expressziós rendszer, valamint egy hatékony fehérje-tisztítási procedúra kidolgozása elengedhetetlen ahhoz, hogy nagy mennyiségben álljon rendelkezésre a kívánt fehérje. A munka ezen részének célja a ló holocitokróm c mutánsok megbízható és hatékony előállításának a kidolgozása volt. Az eukarióta citokróm c mutánsoknak sikeres heterológ koexpressziója az érlelő enzimmel felvetette az igényét annak, hogy az érést magát önálló kutatási területként vizsgáljuk. Heterológ gazdában a sikeres in vivo érési kísérletek nem adhatnak választ arra vonatkozóan, hogy melyek azok a minimális kísérleti körülmények, amelyek sikeres éréshez vezethetnek. Ennek a kérdésnek a megválaszolására kontrollált in vitro vizsgálatok kellenek. A sikeres in vitro rekonstitúciós kísérlet előfeltétele, hogy az érlelő enzim tisztított, aktív formája rendelkezésre álljon, ehhez pedig egy tisztítási procedúrának a kidolgozása volt a cél. Célul tűztük ki tehát a CCHL enzim heterológ expresszióját és tisztítását, különös tekintettel arra, hogy a szakirodalom tanúsága szerint ezt a fehérjét még nem tisztították ki, ezért az elsődleges szekvenciáján túl semmilyen szerkezeti ismeretünk nincs róla. Célul tűztük ki a CCHL fehérje szerkezetének és működésének, illetve a szubsztrátjaival (hem és apocitokróm c) való kölcsönhatásának a tanulmányozását. Mivel a fehérje aktív formában való előállítása meglehetősen kis hatásfokú, egyelőre kristályosításhoz vagy NMR szerkezet-meghatározáshoz elegendő mennyiségre nem gondolhatunk. Ezért főként spektroszkópiai mérések elvégzését tűztük ki célul a tisztított fehérjén önmagában, 2

illetve szubsztrátjaival együtt. A CCHL szekvenciájának felhasználásával pedig homológiakeresés és in silico szerkezet-predikciós számolások segítségével kívántunk ismereteket szerezni a fehérje várható szerkezetéről és tulajdonságairól. Az expressziós kísérletek során kiderült, hogy E. coli-ban overnight inkubáció alatt akkor is képződik holocitoktróm c igaz, meglehetősen kis hatásfokkal ha a sejt csak az apocitokróm c génjét tartalmazza, a CCHL génjét nem. Ezt a nem-enzimatikus az egyszerűség kedvéért spontán érésnek nevezett jelenséget is alaposabb vizsgálat alá kívántuk vonni, hiszen a nem-enzimatikus érés lehetősége és az így képződött citokróm c összehasonlítása az enzimatikusan érlelt citokrómmal az enzimatikus érés mechanizmusáról és körülményeiről is elárulhat fontos részleteket. Kísérleti módszerek Citokróm c túltermelésére alkalmas plazmid-konstrukciókat állítottunk elő, amelyekkel a feladatra alkalmas E. coli baktérium-törzseket transzformáltuk. A CCHL génjét tartalmazó plazmidot ajándékba kaptuk Dr. Carsten Sanders-től (Kutztown University of Pennsylvania). A DNS-manipulációs eljárásokat, a kompetens sejt készítést és a törzsek transzformálását az általános gyakorlatnak megfelelően végeztük, amint az a laboratóriumi tankönyvekben és cikkekben le van írva. A citokróm c mutagenezist kétlépéses PCR amplifikációval hajtottuk végre, restrikciós endonukleáz hasítással a gént a megfelelő orientációban a túltermelő plazmidba ligáltuk, majd a mutációt szekvenálást követően igazoltuk. A citokróm c expressziójára két különböző expressziós rendszer is szolgált. Az egyik rendszerben a két gén tandem módon egy közös promóterről íródott át, míg a másikban genetikailag kompatibilis plazmidok hordozták a citokróm c és a CCHL géneket, amelyek más - más erősségű promóterekről íródtak át. A túltermelést követően a fehérjetisztítás első lépésében kémiai és mechanikai (szonikálás) módszerekkel feltárt sejtekből ultracentrifugálással szolubilis extraktumot nyertünk. A citokróm c-t tartalmazó extraktumot előbb 50% ammónium szulfáttal kezelve egy tisztítási lépésnek vetettük alá, majd dialízist és töményítést követően ioncserélő kromatográfiás lépéssel a holocitokróm c-t megtisztítottuk. A fehérjeoldatok tisztaságának megállapítására denaturáló poliakrilamid gélelektroforézis vizsgálatot alkalmaztunk, a szétválasztott fehérjéket Coomassie BB G-250 festékkel tettük láthatóvá. A Strep II peptiddel ellátott citokróm c-t az ioncserélő lépést követően egy affinitás-tisztítási lépésnek is 3

alávetettük. A His 6 A Strep II és His peptid-fuzionált CCHL-t az extraktumból affinitás-kromatográfiával tisztítottuk ki. A fehérjetisztítás kromatográfiás lépéseit FPLC (Pharmacia) készüléken végeztünk. 6 A fehérjék tisztaságának megállapítására, a fehérjeoldatok koncentrációjának meghatározására és a citokróm c spektrális vizsgálatára alkalmas módszer az abszorpciós spektrum felvétele. Ezért UV-látható hullámhossz-tartományú spektrumokat mértünk Unicam UV4 spektrofotométeren. peptidekkel fuzionált fehérjéket elválasztásukat követően Westernblot analízisnek vetettük alá, majd immunodetekcióval azonosítottuk. Az így keletkezett kemilumineszcenciás jelet egy VersaDoc Imaging System készülékkel vagy röntgen filmen autoradiográfiás módszerrel detektáltuk. Másodlagos szerkezeti elemzések céljából az ultraibolya tartományban cirkuláris dikroizmus (CD) méréseket végeztünk Jasco J-815 spektropolariméteren. A hem kovalens kötésének kimutatására a denaturáló gélben megfutatott citokróm c hemjének peroxidáz-aktivitásából származó kemilumineszcenciás jelet detektáltunk VersaDoc Imaging System készülékkel. A hem kétszeres tioéter kötésének bizonyítékául megmértük a nem-enzimatikusan érő citokróm c redukált, piridin-koordinált hemokróm abszorpciós spektrumát. Ezen mérési körülmények között a spektrum α csúcsának pozíciója a hem egyszeres vagy kétszeres kötésének függvényében változik. A különböző módokon érő citokrómok redukciós potenciáljának meghatározására kémiai módszert, ferri-/ferrocianidos redox titrálást alkalmaztunk. A citokróm c középponti redoxpotenciálját a Nernst egyenlet legkisebb négyzetes illesztésével határoztuk meg. A citokrómok elektrontranszfer aktivitásának vizsgálatára citokróm c oxidázzal (COX) aktivitási kísérleteket végeztünk. Ezzel a módszerrel az oxigén fogyását követtük, amely a COX enzim aktivitásának a következménye. Az aktivitásméréseket Model 10 (Rank Brothers Ltd) oxigráfon végeztük. A mérésekből meghatároztuk az enzimaktivitásra jellemző, a Michaelis-Menten egyenletben szereplő paramétereket, a K m -et és a V max -ot. 4

Eredmények és megvitatásuk 1. Kidolgoztunk egy kontrollálható, nagy hozamot biztosító citokróm c expressziós rendszert Irodalmi előzmények és partnereinktől kapott kiinduló plazmidok alapján sikerült kísérleteink számára kidolgozni egy megbízható és nagy hozamot biztosító saját expressziós rendszert. Érdekessége a rendszernek, hogy eukarióta enzim érlel tökéletesen eukarióta fehérjét prokarióta citoplazmában. Semmilyen más külsőleg hozzáadott faktor nem szükséges a citokróm c éréséhez. A saját expressziós rendszerben a citokróm c és hem liáz génjeit tartalmazó kazettát, illetve a citokróm c génjét a pbad24 plazmid szigorú szabályozást biztosító arabinóz promóterének és szabályozó régiójának ellenőrzése alá helyeztük. A szigorú szabályozás érdekében a plazmid hordozza a P BAD promóter negatív és pozitív kontrollját biztosító AraC fehérje génjét, amely konstrukció így magas indukált és rendkívül alacsony nem indukált expressziót biztosít. 2. Kimutattuk, hogy egy eukarióta citokróm c érése nem-enzimatikus körülmények között is lehetséges bakteriális citoplazmatikus környezetben Nem tisztázott még a mitokondriális citokróm c CCHL általi enzimatikus érésének a mechanizmusa, de az általunk végzett heterológ in vivo és in vitro kísérletek ismereteket szolgáltatnak a pontos molekuláris folyamatoknak a megértéséhez. Kísérleteinkkel bizonyítottuk, hogy a CCHL közreműködése nélkül is, igaz lényegesen alacsonyabb hozammal, de képes a ló citokróm c az E. coli citoplazmájában érni, oly módon, hogy helyes kovalens kötés alakuljon ki a hem vinilcsoportjai és a polipeptidlánc ciszteinjei között. Ez az első olyan munka, amely prokarióta közegben eukarióta citokróm c enzimes asszisztencia nélküli éréséről szolgáltat bizonyítékot és ismereteket. A nem-enzimatikus érést az E. coli EC06 Ccm (citokróm c maturációban) deficiens törzsében is megfigyeltük. CCHL jelenlétében, illetve hiányában a citokróm c expressziós hozama egyforma, mivel ugyanazok a kísérleti körülmények, beleértve az expressziós konstrukciót és az E. coli törzset is. A citokróm c nem-enzimatikus érése jóval lassabb folyamat, mint az enzimatikus érés. Overnight inkubáció után, a fehérjék tisztítását követően adható hozzávetőleges hozambecslés alapján a nem-enzimatikusan érő citokróm c hozama ~2 %-a az enzimatikusan érőnek. A nem-enzimatikusan érő citokróm c kovalens hem kötését mindenekelőtt az SDS gél-elektroforézis során denaturálódott fehérje pozitív hem peroxidáz-aktivitási eredményével igazoltuk. Ez a kísérlet ugyanakkor nem tesz különbséget a hem egyszeres vagy kétszeres 5

kötése között. A hem helytelen orientációja, pl. elfordulása az α, γ mezo tengelye körül a hem nem megfelelő illeszkedését jelentené a polipeptidlánchoz, és ez egyszeres hem kötést eredményezne. A nem-enzimatikusan érő citokróm c piridin hemokróm spektruma azonban világosan megmutatta, hogy a fehérje a hemkötő motívumának mindkét ciszteinjén keresztül köti a hemet, ami az utóbbi natív orientációjára utal. 3. Megvizsgáltuk a CCHL szerepét a hem natív környezetének a kialakításában A CCHL hiánya nemcsak a hozamban, hanem kisebb spektrális eltolódásokban és fizikokémiai eltérésekben is megnyilvánul. A nem-enzimatikusan érő citokróm c a natívhoz hasonlóan erős axiális ligandumokkal hatszorosan koordinált, alacsony spinű citokróm c-re jellemző Q sávval rendelkezik, de a natívhoz képest 1 nm spektrális eltolódást mutat. A natív, enzimatikusan és enzim nélkül érő citokróm c-k spektrumainak Q sávjai ugyanarra az öt Gauss görbére voltak felbonthatóak. A Q sávjának Gauss felbontása a nem-enzimatikusan érő citokróm homogenitását és a natívval való hasonlóságát támasztja alá. A nem-enzimatikusan érő citokróm c 1 nm-es vöröseltolódása a legalacsonyabb energia-átmenet esetében minimális energiaszint csökkenést jelent az alapállapot és az első gerjesztett állapot között. Az 551 nm-es csúcs vállát képező egyik Gauss görbe kiszélesedése olyan konformációs heterogenitásról árulkodhat, amely a natív, illetve az enzimatikusan érő fehérjék esetében nincsen jelen, vagy csak nagyon kis mértékben. Ez jelentheti azonban az alapállapotú hem vibrációs szintjeinek a különböző populációját, amely szintén árulkodhat a nem-enzimatikusan érő citokróm c hemjének enyhén megváltozott geometriájáról és/vagy környezetéről. A nem-enzimatikusan érő citokróm c redoxpotenciálja valamivel alacsonyabb az autentikus és a rekombináns fehérjék redukciós potenciáljánál. Az oxidált vasnak (Fe 3+ ) ez a relatív stabilitása lehet a vas és a 80-as metionin axiális ligandum közötti kölcsönhatás csekély változásának a következménye. Ugyanerre utal a 695 nm-es jellegzetes töltéstranszfer sáv eltűnése is a nem-enzimatikusan érő oxidált citokróm c abszorpciós spektrumából. A koordináció teljes megszűnése jóval nagyobb negatív redoxpotenciál-változást eredményezett volna, mint amekkorát mértünk. A hem zseb nagymértékű szerkezetváltozása jelentős autoxidációs sebesség-növekedéssel is járna, de ezt sem tapasztaltuk. Kisebb változások a hem geometriájában, koordinációjában, illetve a hem zseb polaritásában magyarázhatják azt az eredményt is, hogy a nem-enzimatikusan érő citokróm c és a COX kölcsönhatásából számolt Michaelis-Menten konstans (K m ), mely a citokróm c-nek COX-szal való 6

komplexképző képességéről árulkodik, kismértékben eltért a natív citokrómmal kapott értéktől. A nem-enzimatikusan érő citokróm c spektrális és fizikai-kémiai paraméterei alapján a fehérje tehát nem szenvedett lényeges szerkezeti változást. Az eredményeink alapján mondhatjuk, hogy egy eukarióta citokróm c is képes enzimatikus segítség nélkül funkcionális fehérjévé érni, de a CCHL katalízise a magas hozam és a natív folding szempontjából nélkülözhetetlen. 4. Expresszáltuk, kitisztítottuk és részlegesen jellemeztük a CCHL érlelőenzimet A CCHL in vivo aktivitását már bizonyítottuk heterológ gazdában: az E. coli citoplazmájában koexpresszálva képes nagy hozammal (~4-5 mg/1g nedves sejt) holocitokróm c-t érlelni. Az érés molekuláris mechanizmusának vizsgálatát lehetővé tevő in vitro kísérlethez és a CCHL jellemzéséhez az enzimet rekombináns módon túltermeltettük és kidolgoztunk egy tisztítási procedúrát, amelynek hozama: ~0,25 mg/1g nedves sejt. A His peptiddel fuzionált CCHL-t affinitás-kromatográfiával megtisztítottuk és tisztaságát denaturáló poliakrilamid gélelektroforézissel bizonyítottuk. Megvizsgáltuk a CCHL szekvenciáját másodlagos szerkezeti elemeket prediktáló programok (IUPred, DisProt) segítségével. Ezen vizsgálatok szerint a fehérje N- terminálisának jelentős hosszúságú összefüggő része (a 16-80 szakasz nagy bizonyossággal) rendezetlen szerkezetű, amely tartalmazza az irodalomból ismert két hemszabályozó CPV motívumot. Megmértük a fehérje UV CD spektrumát. A CD-spektrum illesztéséből kiszámolható a szabályos és szabálytalan α -hélixek és β -lemezek, valamint a rendezetlen részek aránya. Az UV CD-spektrum illesztéséből az valószínűsíthető, hogy a CCHL fehérje annak másodlagos szerkezettel rendelkező része 8 α-hélixet és 12 β -lemezt tartalmaz. Ezek között a szerkezeti elemek között persze lehetnek annyira rövidek is, hogy nem is tartalmaznak szabályos helyzetű aminosavakat. A CCHL rendezetlen és másodlagos szerkezettel rendelkező szakaszainak aminosavösszetételét is összehasonlítottuk, és azt találtuk, hogy bizonyos aminosavak jól megkülönböztethető megoszlást mutatnak a kétféle szerkezetű szakasz között, összhangban a rendezetlen fehérjék statisztikai adataival. Megállapításainkat az N-terminális szakasz szerkezetére vonatkozóan alátámasztja egy az irodalomból ismert tripszines emésztési kísérlet eredménye is. 6 7

5. Tanulmányoztuk a CCHL kölcsönhatását szubsztrátjaival és in vitro környezetben rekonstituáltuk a citokróm c érését. Megvizsgáltuk a tisztított CCHL és a hem kölcsönhatását. A CCHL és a hem kölcsönhatásának vizsgálatakor mért abszorpciós változások magyarázatot adnak számunkra az IUPred programmal végzett szerkezet-predikciós és az irodalomból ismert proteolítikus emésztési eredményekre. Az abszorpció-változásnak két lépése van, az első lépésben az enzim kölcsönhatásba lép a szubsztráttal, a második lépésben kialakul egy hatszorosan koordinált hem spektrum. Ezt a kétlépéses folyamatot azzal magyaráztuk, hogy a fehérje rendezetlen szerkezetű szakasza lép kölcsönhatásba a hemmel, ebben a lépésben a szabad hem fogyását követhettük nyomon spektrálisan, majd a második fázisban valószínű, hogy a hemszabályozó CPV motívumoknak a segítségével kialakul a hem és az enzim között egy stabilabb kölcsönhatás, amelyben a motívum cisztein oldalláncai koordinálják a vasat. In vitro holocitokróm c érési kísérleteket végeztünk a tiszta CCHL-lel és az apocitokróm c-vel. Ezzel az in vitro kísérlettel sikerült rekonstituálni az enzimatikus citokróm c érést, amelyet denaturáló gélben detektált hem kemilumineszcenciás jellel és spektrálisan is igazoltunk. A rekombináns citokróm c mutánsok előállításának, a folyamat optimalizálásának eredeti célja fehérje-elektrontranszfer mérésekhez jelölhető citokrómok készítése volt. Ugyanakkor a rekombináns mutáns citokróm c előállításának optimalizálása, a CCHL heterológ expressziójának és tisztításának kidolgozása lehetőséget teremt arra is, hogy a jövőben a citokróm c és a CCHL irányított mutagenezisével vizsgálni tudjuk a citokróm c érésének molekuláris mechanizmusát, elegendő mennyiségű tiszta CCHL előállítása után pedig megkíséreljük a CCHL szerkezetének további felderítését röntgendiffrakciós vagy NMR módszerrel. 8

Az értekezés témájához szorosan kapcsolódó közlemények és konferencia-kiadványok 1. Tenger K, Khoroshyy P, Leitgeb B, Rákhely G, Borovok N, Kotlyar A, Dolgikh DA, Zimányi L. 2005. Complex kinetics of the electron transfer between the photoactive redox label TUPS and the heme of cytochrome c. J. Chem. Inf. Mod. 45(6):1520-1526. IF: 2,923 2. Tenger K, Khoroshyy P, Kovács KL, Zimányi L, Rákhely G. 2007. Improved system for heterologous expression of cytochrome c mutants in Escherichia coli. Acta. Biol. Hung. 58:23-35. IF: 0,688 3. Tenger K, Khoroshyy P, Rákhely G, Zimányi L. 2008. Heterologous overexpression of eukaryotic cytochrome c and cytochrome c heme lyase to study the mechanism of cytochrome c maturation. Biochim. Biophys. Acta 1777:S90. 4. Tenger K, Khoroshyy P, Rákhely G, Zimányi L. 2010. Maturation of a eukaryotic cytochrome c in the cytoplasm of Escherichia coli without the assistance by a dedicated biogenesis apparatus. J. Bioenerg. Biomembr. 42:125-133. IF: 4,015 További közlemények 1. Kotlyar AB, Borovok N, Khoroshyy P, Tenger K, Zimányi L. 2004. Redox photochemistry of thiouredopyrenetrisulfonate. Photochem. Photobiol. 79(6): 489-493. IF: 2,054 További kiadványok 1. Khoroshyy P, Tenger K, Borovok N, Kotlyar A, Siletsky S, Zimányi L. 2003. Electron transfer steps in the complex of cytochrome c and cytochrome oxidase. 10 th European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules, Szeged, Hungary, ISBN 963 482 614 8, p. 153. 2. Zimányi L, Kulcsár Á, Tenger K, Borovok N, Kotlyar A. 2003. Effect of the protein th medium and dynamics on electron transfer in cytochrome c. 10 European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules, Szeged, Hungary, ISBN 963 482 614 8, p. 154. 3. Zimányi L, Tenger K, Khoroshyy P, Dolgikh D, Siletsky N, Borovok N, Kotlyar A. 2004. Photoinduced electron transfer in cytochrome c and cytochrome c oxidase. EBEC 2004 Short Reports. Biochim. Biophys. Acta 13:158. 4. Tenger K, Khoroshyy P, Leitgeb B, Rákhely G, Borovok N, Kotlyar A, Zimányi L. 2005. Complex electron transfer kinetics between the photoactive label TUPS and the heme of cytochrome c. Eur. Biophys. J. 34(6):665. 5. Khoroshyy P, Tenger K, Zimányi L. 2006. Intra- and interprotein photoinduced electron transfer in respiratory chain redox proteins. Biochim. Biophys. Acta 1757(14):187. 6. Khoroshyy P, Tenger K, Zimányi L. 2008. Tuning the electron transfer rate by the redox potential of cytochrome c in complex with cytochrome c oxidase. Biochim. Biophys. Acta 1777:S90. 9