A fehérjék hierarchikus szerkezete

Méret: px

Mutatás kezdődik a ... oldaltól:

Download "A fehérjék hierarchikus szerkezete"

Lajos Barna
7 évvel ezelőtt
Látták:

Fehérjék felosztása A fehérjék hierarchikus szerkezete Smeller László Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biológiai funkció alapján Enzimek (pl.

: inzulin, növekedési hormon ) Kontraktilis fehérjék (pl.: miozin, aktin, dinein) Struktúrfehérjék (pl.:kollagén, elasztin ) Taratlékfehérjék (pl.:ovalbumin, kazein, ferritin ) Egyéb (pl.

1 Fehérjék felosztása A fehérjék hierarchikus szerkezete Smeller László Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biológiai funkció alapján Enzimek (pl.: tripszin, citokróm-c ) Transzportfehérjék (pl.: hemoglobin, mioglobin... ) Védőfehérjék (pl.: ellenanyagok, interferonok ) Toxinok (pl.: ricin, kígyómérgek ) Hormonok (pl.: inzulin, növekedési hormon ) Kontraktilis fehérjék (pl.: miozin, aktin, dinein) Struktúrfehérjék (pl.:kollagén, elasztin ) Taratlékfehérjék (pl.:ovalbumin, kazein, ferritin ) Egyéb (pl.:hisztonok ) Fehérjék felosztása Alak alapján Fibrilláris fehérjék (pl.: kollagén ) Globuláris fehérjék (pl.: hemoglobin, mioglobin... ) Membránfehérjék (pl.: rodopszin ) Másodlagos szerkezet alapján Kizárólag helikális (pl.: mioglobin ) Alfa/béta szerkezetű (pl.: Triózfoszfat-izomeráz ) Alfa+beta (pl.:ribonukleáz ) Kizárólag béta (pl.:tenascin ) Alfa/béta szerkezetű (Triózfoszfat-izomeráz) Alfa+beta (ribonukleáz)

2 Szerkezeti hierarchia Elsődleges szerkezet Másodlagos szerkezet Harmadlagos szerkezet Negyedleges szerkezet A fehérjék építőkövei az aminosavak Az aminosavak általános felépítése: Szerkezeti variabilitás: Szupramolekuláris szerveződések H CH 3 CH 3 CH 3 COO CH CH2 A fehérjékben előforduló aminosavak A fehérjékben előforduló aminosavak

3 Az aminosavak tulajdonságai Az aminosavak tulajdonságai Kiralitás Kiralitás az alanin példáján Tükör Kiralitásközpont: egy szénatomhoz 4 különböző atom ill. atomcsoport kapcsolódik Optikai aktivitás (polarizációsík elforgatása) Kéz: D L

4 D és L enantiomerek Aminosavak kapcsolódása: peptidkötés Peptid 2.. kb 20 aminosav kapcsolódása (láncszerű molekula) Élő szervezetekben: L módosulat Fehérje több mint 20 aminosav kapcsolódása A polarizációs sík forgatásának iránya és L-D között nincs egyértelmű kapcsolat. Pl.: (+)alanin (-)cisztein (-)tirozin (+)valin Az elsődleges szerkezet Elsődleges szerkezet: az aminosavak sorrendje a polipeptid láncban Milyen irányban? N terminális -> C-terminális Pl: (mioglobin, 1YMB) GLY LEU SER ASP GLY GLU TRP GLN GLN VAL LEU ASN VAL... ALA LYS TYR LYS GLU LEU GLY PHE GLN GLY Példa: Mioglobin Elsődleges szerkezet 3 betűs kóddal (153 as.): GLY LEU SER ASP GLY GLU TRP GLN GLN VAL LEU ASN VAL TRP GLY LYS VAL GLU ALA ASP ILE ALA GLY HIS GLY GLN GLU VAL LEU ILE ARG LEU PHE THR GLY HIS PRO GLU THR LEU GLU LYS PHE ASP LYS PHE LYS HIS LEU LYS THR GLU ALA GLU MET LYS ALA SER GLU ASP LEU LYS LYS HIS GLY THR VAL VAL LEU THR ALA LEU GLY GLY ILE LEU LYS LYS LYS GLY HIS HIS GLU ALA GLU LEU LYS PRO LEU ALA GLN SER HIS ALA THR LYS HIS LYS ILE PRO ILE LYS TYR LEU GLU PHE ILE SER ASP ALA ILE ILE HIS VAL LEU HIS SER LYS HIS PRO GLY ASP PHE GLY ALA ASP ALA GLN GLY ALA MET THR LYS ALA LEU GLU LEU PHE ARG ASN ASP ILE ALA ALA LYS TYR LYS GLU LEU GLY PHE GLN GLY

DAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG (FASTA format) Merev és elforgatható kötések a fehérje gerincén rotációs szabadsági fokok Aminosavanként: 3 kötés ebből: 1 fix

5 Példa: Mioglobin Elsődleges szerkezet 1 betűs kóddal (153 as.): >1YMB:A PDBID CHAIN SEQUENCE GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAE MKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFIS DAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG (FASTA format) Merev és elforgatható kötések a fehérje gerincén rotációs szabadsági fokok Aminosavanként: 3 kötés ebből: 1 fix (delokalizáció) 2 elforgatható: Φ, Ψ dihedrális szögek 2N rotációs szabadsági fok: konformáció Másodlagos szerkezet Alfa hélix A másodlagos vagy szekunder szerkezeten a peptidgerinc hidrogénkötések által stabilizált lokális (legalább négy aminosavra kiterjedő) rendezettségét értjük. Fajtái: béta lemez alfa hélix

6 Alfa hélix Béta lemez antiparallel Béta lemez Másodlagos szerkezet megjelenítése egy dimenzióban

Méretek Stabilizáló hidrogénhidak 12-30 kj/mol

Boltzmann faktor: (ΔE=20kJ/mol) ΔE e RT = 0.

speciális helikális szerkezetek 3 10 -hélix* i

helix cis Polyprolin II helix*** trans *az

7 Méretek Stabilizáló hidrogénhidak kj/mol vö: kovalens: 200 kj/mol Van der Wals:1-2 kj/mol termikus energia (RT): 2.5 kj/mol (T=300K) 3,6 aminosav/menet i -> i+4 Boltzmann faktor: (ΔE=20kJ/mol) ΔE e RT = = Ramachandran plot Egyéb speciális helikális szerkezetek hélix* i -> i+3 (10 atom) π-hélix i -> i+5* Polyprolin I helix cis Polyprolin II helix*** trans *az α-helix: i->i+4 3,6 16 helix **nem fordul elő fehérjékben *** vízben ez keletkezik Polyprolin I II

8 Egyéb nem helikális szerkezetek Hurkok és kanyarok (loop) (turn) Harmadlagos szerkezet A másodlagos szerkezeti elemek térbeli elrendeződése (A teljes polipeptidlánc térbeli szerkezete) Mioglobin β-turn i->i+3 γ-turn i->i+2 További példák További példák Lizozim (HEW) Dihidrofolát reduktáz Lipoxigenáz

ionos hidrogénhíd Van der Waals A harmadlagos ionos hidrogénhíd

9 Példák: Foszfoglicerát-kináz Példák: GFP A harmadlagos szerkezetet stabilizáló kötések Oldalláncok között: diszulfid híd ionos hidrogénhíd Van der Waals A harmadlagos szerkezetet stabilizáló kötések Oldalláncok között: diszulfid híd ionos hidrogénhíd Van der Waals

Negyedleges szerkezet További példa: Transztiretin

10 Negyedleges szerkezet További példa: Transztiretin Csak több láncból álló fehérjéknél. Pl: Hemoglobin tetramer További példa: DUTPáz A fehérjeszerkezettel kapcsolatos további fontos fogalmak Domének Prosztetikus csoportok Poszttranszlációs módosulások Acitve site Zseb Ábra forrása:

A domén a fehérjeszerkezet egy része, ami

csoportok Nem fehérje természetű molekulák

fehérje-természetű molekula pl: kromofor

11 A domén a fehérjeszerkezet egy része, ami önállóan feltekeredik, a fehérje többi része nélkül is stabil és működőképes. Gyakran az egyes domének eltérő funkcióval bírnak. pl. ATP-kötő domén, stb. Domének További alkotóelemek: prosztetikus csoportok Nem fehérje természetű molekulák amelyek a fehérjéhez erősen kapcsolódnak. Pl: hem További alkotóelemek: koenzimek Poszttranszlációs módosulások Az enzimek aktiválásához szükséges, gyengén, reverzibilisen kapcsolódó, nem fehérje-természetű molekula pl: kromofor kialakulása a GFP-ben Pl: coenzyme A Ciszteaminból, pantoténsavból és ATP-ből épül fel.

12 Aktív centrum Hem-zseb (heme pocket) Surface representations of WT Ns H-NOX depicting (A) the protein exterior and (B) a crosssectional view where putative channels between the solvent and heme pocket are evident. Aktív centrum (active site): az enzimnek az a része, ahol a katalizált reakció végbemegy. heme nitric oxide/oxygen binding (H-NOX) domain Winter M B et al. PNAS 2011;108:E881-E by National Academy of Sciences A víz szerepe Membránfehérjék hidrációs réteg 2-3 vízréteg hidrofób hidrofil felületű domének

Szupramolekuláris szerveződések Coiled coil

fehérjeszerkezet meghatározásra használható

spektroszkópiai módszerek Cirkuláris dikroizmus

13 Szupramolekuláris szerveződések Coiled coil Kollagén Fibrillumok kollagén fibrillumok A fehérjeszerkezet meghatározásra használható módszerek Röntgen krisztallográfia NMR Predikciós módszerek (homológia modellezés) A fehérjeszerkezet változásaira érzékeny spektroszkópiai módszerek Cirkuláris dikroizmus (CD) Infravörös spektroszkópia (IR, FTIR) Lumineszcencia spektroszkópia UV abszorpciós spektroszkópia

14 Krisztallográfia <-> NMR mioglobin Fehérje adatbázisok PDB Protein Data Bank 3D szerkezetek kb (80 ezer) Röntgenkrisztallográfiai ill. NMR mérésekből Swiss-prot Szekvenciák Proteomikai segédprogramok, Szerkezet becslés (homológia modellezés) Kémiai paraméterek becslése (pl. izoelektromos pont ) Szekvenciák hasonlósága PDB adatbázis: fehérje 3D szerkezetek Rtg és NMR alapján Feb 18, 2014: Irodalom

Hasonló dokumentumok

A fehérjék hierarchikus szerkezete

Fehérjék felosztása A fehérjék hierarchikus szerkezete Smeller László Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biológiai funkció alapján Enzimek (pl.: tripszin, citokróm-c ) Transzportfehérjék