KUTATÁSI TÉMAJAVASLAT ITC hallgatónak jelentkezők számára
|
|
- Andrea Kelemen
- 9 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 KUTATÁSI TÉMAJAVASLAT ITC hallgatónak jelentkezők számára témavezető: intézet: cím: HORVÁTH Péter, Ph.D. Biokémiai Intézet téma címe: AKTÍV GÉPI TANULÁSI ÉS REGRESSZIÓS MÓDSZEREK NAGY LÉPTÉKŰ 3D BIOLÓGIAI KÉPI ADATOK FELDOLGOZÁSÁRA ÖSSZEFOGLALÁS A BIOMAG kutatócsoport Ph.D. kutatói állást hirdet gépi tanulás témakörben, egysejtek analízise 2/3D nagy áteresztőképességű mikroszkópos adatokon gépi tanulási módszerek segítségével témakörben. Olyan interaktív gépi tanulási módszerek fejlesztését tervezzük, melyek kevesebb es intelligensebb kérdést tesznek fel az orvos kutatóknak úgy, hogy az adatelemzés pontosságát a legnagyobb mertekben javítsak. Biológiai folyamatok közben a sejtek állandó változáson mennek keresztül, mely nem-diszkrét folyamatokat felügyelt klasszifikációs módszerek nem képesek megfelelően modellezni. Célunk ilyen folyamatok elemzése (aktív) felügyelt regressziós módszerekkel. A fejlesztett módszereket az idegtudományban es tumor biológiai kutatásban fogjuk alkalmazni. Az algoritmusokat be fogjuk integrálni az egysejt kinyerő rendszerünkbe. HÁTTÉR BIOMAG (Biológiai Képfeldolgozó es Gépi Tanulási Csoport) egy újonnan indított kutatócsoport a Szegedi Biológiai Kutatóintézetben (SZBK), illetve egy testvér csoporttal a Finn Molekuláris Medicina Intézetben (FIMM) Helsinkiben. A kutatócsoport kutatási területe gépi tanulási es képfeldolgozó algoritmusok fejlesztése es alkalmazása nagy léptékű biológiai képeken, i) az analízis javítása érdekében, ii) újabb biológiai összefüggések felfedezése, iii) kevesebb es intelligensebb kérdések automatikus generálása. A módszereinket a precíziós gyógyászat különböző területein alkalmazzák, mint például rákkutatás vagy neurodegeneratív betegségek kezelése. A betegségek pontosabb megértése céljából hisszük, hogy mikroszkopikus technikák alkalmazása egysejt vagy sejtalkotó szinten elkerülhetetlen. A közelmúltban bemutattunk egy forradalmian új módszer, mely képek illuminációs problémait javítja (Smith etal. Nature Methods 2015), új képfeldolgozási módszereket (Horvath etal. Pattern Recognintion 2009, Koos etal, KEPAF 2015), gépi tanulási módszereket (Horvath etal JBS 2011, Smith etal. JBS 2014), és magas áteresztőképességű képalkotási alkalmazásokat (Banerjee etal. Science 2014, Balistreri etal. Cell 2014). A BIOMAG csoport az SZBK Szintetikus és Rendszerbiológiai egységének a tagja ( Az Egység a Magyar Tudományos Akadémia részeként, kimagasló rendszerbiológiai tudásbázist, inspiráló környezetet, és state-of-the-art analízis
2 facilitásokat biztosit. A kutatócsoport az EUCAI es az SBI2 igazgatóságának tagja, melyek a világ két legnagyobb biológiai képinformatikai társasága. KUTATÁSI IRÁNY Kutatásaink során a mozgató idegsejtek sérülésének különböző kísérletes modelljeit alkalmazzuk a sérülés elsődleges helyének és időbeli/térbeli változásának követésére, illetve a sérülés mértékének kísérletes befolyásolására. Erre a célra a széles körben elterjedt, de igen drága transzgenikus állatmodellek helyett a sérülés akut modelljeit állítjuk be, melyekkel a kísérletek gyorsabban és hatékonyabban végezhetők el. Ezekben a kísérletekben olyan motoneuron populációk összehasonlító vizsgálata, melyek a humán ALS-ben (is) különböző mértékben sérülnek (III., VII., XII. agyidegi magvak, különböző gerincvelői régiók), a krónikus degeneráció folyamataira és neuroprotektív próbálkozásokra is adaptálható eredményekre vezethetnek. Mindezek a kiváltott sérülés helyének, az érintett agyrégión belüli határainak, térbeli (és időbeli) variabilitásának számszerű ismeretét tételezik fel, melyek azonban nem állnak rendelkezésre. Minthogy ezek azok a lényeges paraméterek, melyek egy kísérletes protektív beavatkozás sikerének jellemzéséhez, vagy részletesebb mikro-anatómiai vizsgálatok elvégzéséhez a mintavételi régiók helyének meghatározásához szükségesek, vizsgálatainkat ezek megszerzésére irányítjuk. CÉLKITŰZÉS Az ideális jelölt az alkalmazott gépi tanulási munkacsoport tagja lesz. A projekt keretében új gépi tanulási módszereket fejleszt majd, melyekkel sejtek viselkedését es működését szeretnénk jobban megérteni 2 es 3D képeken. A fő kutatási terület aktív és semi-supervised tanulás kombinációja lesz. Az ideális jelölt: MSc diplomával rendelkezik informatika, matematika, fizika, biomérnöki vagy hasonló tudományterületen. Gépi tanulás ismeret plusz Kezdeményező csapatjátékos, aki képes önállóan is dolgozni Anyanyelvi szinten kommunikál angolul (szóban és írásban) Érdeklődés biológiai kutatás iránt plusz Magas szintű programozási ismeretek Aktív es semi-supervised tanulási módszerek ismerete plusz Erős matematikai es statisztikai háttér plusz MatLab, Python, R, C++ ismerete plusz Fontosnak tartjuk, hogy a jövő nemzedék kutatóit keressük, akik meg akarjak változtatni a világot es a tudományos fokozat megszerzését nem csupán egy munkának, hanem küldetésnek érzik. ALKALMAZANDÓ / ELSAJÁTÍTANDÓ MÓDSZEREK Az ideális jelölt professzionális szinten sajátítja el a gépi tanulási módszereket. Haladó szinten kezeli a csoport mikroszkópjait, ezen felül betekintést nyer a modern bioinformatikai es képfeldolgozó módszerekbe. JAVASOLT IRODALOM Javasoljuk gépi tanulási és képfeldolgozási kézikönyvek tanulmányozását, ezen felül érdemes high-content screening könyvek elolvasása. Javasoljuk a BIOMAG csoport publikációinak elolvasását. a program a TÁMOP C -13/1/KONV projekt támogatásával készült
3 A FOGADÓ LABORATÓRIUM RÖVID BEMUTATÁSA Jelentősebb publikációk Smith K, et al.: CIDRE: A general illumination correction method for optical microscopy. Nature Methods, (2015) Banerjee I, et al.: Influenza A virus uses the aggresome processing machinery for host cell entry. Science, 346: (2014) Balistreri G, et al.: UPF1 and components of nonsense-mediated mrna decay restrict replication of mammalian RNA viruses. Cell Host and Microbe, 16: (2014) Smith K, et al.: Active Learning Strategies for Phenotypic Profiling of High-Content Screens. Journal of Biomolecular Screening, 19: (2014) Indranil B, et al.: High-content analysis of sequential events during the early phase of influenza A virus infection. PLoS One, 8:e68450(2013) Reprezentatív kutatási pályázatok NAP-B brain research grant (2014, 4 years, Szeged, BRC HAS) Finland Distinguished Professor award and fellowship (2014, 5 years, University of Helsinki, Finland) Center of Excellence grant of the HAS (2015) A laboratórium néhány közelmúltbeli hallgatója Koos K, Ph.D., 2014-jelenleg; Reconstruction algorithms for label-free microscopy Szucs A, Ph.D., 2014-jelenleg; 3D image segmentation methods using variational framework and GPU computations Szkalisity A, research associate, 2014-jelenleg; Active regression methods for large biological datasets Balind A, research associate, 2014-jelenleg; Correlative Light-light Microscopy Botyanszki B, predoc, 2015-jelenleg; High-content analysis of neurodegenerative cell models a program a TÁMOP C -13/1/KONV projekt támogatásával készült
KUTATÁSI TÉMAJAVASLAT ITC hallgatónak jelentkezők számára ROP GTPÁZOK ÁLTAL KÖZVETÍTETT JELÁTVITEL NÖVÉNYEKBEN
KUTATÁSI TÉMAJAVASLAT ITC hallgatónak jelentkezők számára témavezető: MÉNESI Dalma, M.Sc. intézet: Növénybiológiai Intézet e-mail cím: menesi.dalma@brc.mta.hu CV: http://www.szbk.hu/file/cv/plant_menesi_dalma_hu.pdf
RészletesebbenAz utóbbi fél évszázad változásai nyomán a társadalmi-gazdasági
A TANULÁS DIMENZIÓI ÉS A TUDÁS SZERVEZŐDÉSE Az utóbbi fél évszázad változásai nyomán a társadalmi-gazdasági fejlődéssel foglalkozó elemzések középpontjába került a tudás, a tanulás és az oktatás. Három
RészletesebbenÁttekintés. Az agy megértése: útban egy új tanulástudomány felé
Áttekintés Az agy megértése: útban egy új tanulástudomány felé Overview Understanding the Brain: Towards a New Learning Science Az Áttekintések az OECD kiadványok kivonatos fordításai. Az Online Könyvesboltban
RészletesebbenÚj lehetőségek kiváló alapok
Új lehetőségek kiváló alapok Magyar sikertörténetek a 7. keretprogramból NIH Új lehetőségek kiváló alapok Magyar sikertörténetek a 7. keretprogramból 3 Köszöntő 5 FP7 részvételünk számokban 7 Magyar sikerek
Részletesebbenkutatasmodszertan:ii. KOR 2009. 10. 05. 23:27 Page 1 LÁZÁR EDE KUTATÁSMÓDSZERTAN A GYAKORLATBAN AZ SPSS PROGRAM HASZNÁLATÁVAL
kutatasmodszertan:ii. KOR 2009. 10. 05. 23:27 Page 1 LÁZÁR EDE KUTATÁSMÓDSZERTAN A GYAKORLATBAN AZ SPSS PROGRAM HASZNÁLATÁVAL kutatasmodszertan:ii. KOR 2009. 10. 05. 23:27 Page 2 SAPIENTIA ERDÉLYI MAGYAR
RészletesebbenKognitív és affektív fejlôdési folyamatok diagnosztikus értékelésének lehetôségei az iskola kezdô szakaszában
Kognitív és affektív fejlôdési folyamatok diagnosztikus értékelésének lehetôségei az iskola kezdô szakaszában Szerkesztette: Csapó Benő és Zsolnai Anikó Kognitív és affektív fejlõdési folyamatok diagnosztikus
RészletesebbenTartalmi keretek az olvasás diagnosztikus értékeléséhez. Szerkesztette: Csapó Benő és Csépe Valéria
Tartalmi keretek az olvasás diagnosztikus értékeléséhez Szerkesztette: Csapó Benő és Csépe Valéria Tartalmi keretek az olvasás diagnosztikus értékeléséhez TARTALMI KERETEK AZ OLVASÁS DIAGNOSZTIKUS ÉRTÉKELÉSÉHEZ
Részletesebben4.1. A szakcikkek felépítése... 4
Kutatási eredmények publikálásának módszertana 1. Előszó a fejezethez... 2 2. Első lépés... 2 3. A kutatástól tudományos közlésig... 3 4. Tudományos szakcikk... 4 4.1. A szakcikkek felépítése... 4 5. Egyéb
RészletesebbenA pályaorientáció/karrier-tanácsadás rendszere, helyzete a magyar felsőoktatásban lehetséges partnerek egy nemzeti lifelong guidance hálózatban ***
A pályaorientáció/karrier-tanácsadás rendszere, helyzete a magyar felsőoktatásban lehetséges partnerek egy nemzeti lifelong guidance hálózatban *** Az ÁFSZ belső és kiszerveződött pályaorientációs szolgáltatói
RészletesebbenX. Magyar Számítógépes Nyelvészeti Konferencia MSZNY 2014. Szerkesztette: Tanács Attila Varga Viktor Vincze Veronika
X. Magyar Számítógépes Nyelvészeti Konferencia MSZNY 2014 Szerkesztette: Tanács Attila Varga Viktor Vincze Veronika Szeged, 2014. január 16-17. http://rgai.inf.u-szeged.hu/mszny2014 ISBN: 978 963 306 246
RészletesebbenDISZLEXIÁS FIATALOK 21. SZÁZADI LEHETŐSÉGEKKEL 1
DISZLEXIÁS FIATALOK 21. SZÁZADI LEHETŐSÉGEKKEL 1 Gyarmathy Éva, gyarmathy.eva@gmail.com Óbudai Egyetem, Trefort Ágoston Mérnökpedagógiai Központ Renate Motschnig, renate.motschnig@univie.ac.at Ján Struhár,
RészletesebbenA kutatásalapú tanulás/tanítás ( inquiry-based learning/teaching, IBL) és a természettudományok tanítása
Nagy Lászlóné SZTE, TTIK Biológiai Szakmódszertani Csoport SZTE, BTK Neveléstudományi Intézet Oktatáselméleti Kutatócsoport SZTE-MTA, Képességkutató Csoport A kutatásalapú tanulás/tanítás ( inquiry-based
RészletesebbenA Ki-67 Proliferációs Index Meghatározásának Különböző Vonatkozásai Emlőrákban
A Ki-67 Proliferációs Index Meghatározásának Különböző Vonatkozásai Emlőrákban Ph.D. Tézis Témavezető: Prof. Dr. Cserni Gábor D.Sc. Szegedi Tudományegyetem Pathologiai Intézet Szeged 2014 0 AZ ÉRTEKEZÉS
RészletesebbenJAVASLAT A nemzeti oktatási innovációs rendszer fejlesztésének STrATégiáJárA
JAVASLAT a nemzeti oktatási innovációs rendszer fejlesztésének stratégiájára A Társadalmi Megújulás Operatív Program 3.1.1 számú, 21. századi közoktatás fejlesztés, koordináció című kiemelt projekt stratégiai
Részletesebben12 TUDÓS A 21. SZÁZADRÓL
12 TUDÓS A 21. SZÁZADRÓL 1 2 3 12 TUDÓS A 21. SZÁZADRÓL TINTA KÖNYVKIADÓ BUDAPEST, 2009 4 A kötet a Miniszterelnöki Hivatal és a Magyar Tudományos Akadémia 2008 2009. évi stratégiai kutatási programja
RészletesebbenA Kreditrendszer Megvalósítása a Magyar Felsőoktatási intézményekben
A felsœoktatási intézmények regisztrácós eljárásainak a Kreditrendszer bevezetése céljából történœ auditálása 1 A Kreditrendszer Megvalósítása a Magyar Felsőoktatási intézményekben Dr. C. J. Koster & Dr.
RészletesebbenHalász Gábor A pedagógiai rendszerek általános hatás- és beválás vizsgálati rendszere
1 Halász Gábor A pedagógiai rendszerek általános hatás- és beválás vizsgálati rendszere TARTALOM Bevezetés 1 A hatás és beválás értelmezése 3 Hatás 3 Beválás 4 A hatásvizsgálat és beválás-vizsgálat 5 A
RészletesebbenI. ATK Tudományos Nap
Magyar Tudományos Akadémia Agrártudományi Kutatóközpont I. ATK Tudományos Nap Felfedezõ Kutatások az Agrártudományi Kutatóközpontban A rendezvény célja: az MTA ATK-ban folyó alapkutatási eredmények bemutatása
RészletesebbenJó kormányzás a sportban
Jó kormányzás a sportban Magyar Sportmenedzsment Társaság Magyar Sporttudományi Társaság A fizikai aktivitás és a sport magyarországi dimenzióinak feltárása TÁMOP-6.1.2/11/2-2012-0002 kódszámú projekt
RészletesebbenLogisztikai információs rendszerek felépítés és fejlődési tendenciái. Gelei Andrea Kétszeri Dávid
Műhelytanulmányok Vállalatgazdaságtan Intézet 1053 Budapest, Veres Pálné u. 36., 1828 Budapest, Pf. 489 (+36 1) 482-5901, fax: 482-5844, www.uni-corvinus.hu/vallgazd Vállalatgazdaságtan Intézet Logisztikai
RészletesebbenAz iskolai teljesítmények alakulása Magyarországon nemzetközi összehasonlításban
Az iskolai teljesítmények alakulása Magyarországon nemzetközi összehasonlításban Csapó Benő Fejes József Balázs Kinyó László Tóth Edit Magyarország a kezdetektől, az 1970-es évek óta részt vesz a fontosabb
RészletesebbenHOSSZMETSZETI FELMÉRÉSEK ISKOLAI KONTEXTUSBAN AZ ELSŐ ÁTFOGÓ MAGYAR ISKOLAI LONGITUDINÁLIS KUTATÁSI PROGRAM ELMÉLETI ÉS MÓDSZERTANI KERETEI
MAGYAR PEDAGÓGIA 107. évf. 4. szám 321 355. (2007) HOSSZMETSZETI FELMÉRÉSEK ISKOLAI KONTEXTUSBAN AZ ELSŐ ÁTFOGÓ MAGYAR ISKOLAI LONGITUDINÁLIS KUTATÁSI PROGRAM ELMÉLETI ÉS MÓDSZERTANI KERETEI Csapó Benő
RészletesebbenBefektetések kockázatának mérése*
Befektetések kockázatának mérése* Bugár Gyöngyi PhD, a Pécsi Tudományegyetem egyetemi docense E-mail: bugar@ktk.pte.hu Uzsoki Máté, a Budapesti Műszaki Egyetem hallgatója E-mail: uzsoki.mate@gmail.com
RészletesebbenForrai Szilvia. Az Európai Uniós irányelvek hatása a magyar élethosszig tartó tanulás szakpolitikájára Az elmúlt 10 év retorikája 2014.
1 Forrai Szilvia Az Európai Uniós irányelvek hatása a magyar élethosszig tartó tanulás szakpolitikájára Az elmúlt 10 év retorikája 2014. 2 TARTALOMJEGYZÉK BEVEZETÉS... 4 I. A LIFELONG LEARNING, MINT SZAKPOLITIKAI
RészletesebbenJózsa Krisztián egyetemi adjunktus, Neveléstudományi Tanszék, BTK, SZTE, Szeged SZTE-MTA Képességkutató Csoport, Szeged
Iskolakultúra 2004/11 Józsa Krisztián egyetemi adjunktus, Neveléstudományi Tanszék, BTK, SZTE, Szeged SZTE-MTA Képességkutató Csoport, Szeged Az elsõ osztályos tanulók elemi alapkészségeinek fejlettsége
RészletesebbenA HATÁS-MONITOROZÁS NÉHÁNY MÓDSZERELMÉLETI KÉRDÉSE
A Magyar Biológiai Társaság XXVII. Vándorgyűlése, 2008. szeptember 25-26. 55 A HATÁS-MONITOROZÁS NÉHÁNY MÓDSZERELMÉLETI KÉRDÉSE HORVÁTH ANDRÁS MTA Ökológiai és Botanikai Kutatóintézete, 2163 Vácrátót,
RészletesebbenA nem-formális és informális tanulás elismerése OECD RNFIL project Country Backgroud Report Hungary TARTALOM
A nem-formális és informális tanulás elismerése OECD RNFIL project Country Backgroud Report Hungary TARTALOM 1. KÖRNYEZETI TÉNYEZŐK...3 1.1. Demográfiai összefüggések...3 1.2. Nemzetköziesedés...8 1.3.
RészletesebbenAz egész életen át tartó tanulás paradigma gyakorlati megvalósulása Magyarországon Szakmapolitikák kontra gyakorlat
Az egész életen át tartó tanulás paradigma gyakorlati megvalósulása Magyarországon Szakmapolitikák kontra gyakorlat Forrai Szilvia Andragógia mester szak I. évfolyam Szegedi Tudományegyetem Juhász Gyula
RészletesebbenÖnképzés. 1 Aktuális. 2 Információs sarok... 4 Következı események... 5 Néhány ötlet... 5. A szerkesztı üzenete
Mi az önképzés? Erre a fogalomra nincs olyan átfogó definíció, amely minden szakember számára elfogadható. Mégis, hogy tisztábbá tegyük ezzel kapcsolatos gondolatainkat, és félre tegyük az elıítéleteket,
Részletesebben