IVD Bacterial Test Standard

Átírás

1 Használati útmutató IVD Bacterial Test Standard Típusos Escherichia coli DH5-alfa-peptid- és fehérjeprofilt és további fehérjéket mutató tömegkalibrációs standard. Mátrixtámogatott lézer deszorpciós/ionizációs repülési idő tömegspektrometriához történő használat céljára (MALDI-TOF-MS). A CARE termékek ügyfeleink kiváló minőségű fogyóeszközökkel, tartozékokkal és dedikált készletekkel történő támogatására szolgálnak világszerte. A CARE termékek skáláját speciálisan a Bruker Daltonics rendszerekkel való használathoz optimalizáltuk és minősítettük. nyelv: hu 1. kiadás (2014. március)

2 1 Alkalmazási terület 2 2 Termékleírás 2 3 Szemrevételezés, tárolás és stabilitás Szemrevételezés érkezéskor Tárolás érkezéskor Tárolás alikvotokba történő elosztást követően 3 4 Kockázatra és biztonságra vonatkozó információk 3 5 Szoftverrel kapcsolatos követelmények 4 6 IVD BTS minta-előkészítési eljárás Az IVD BTS alikvotok oldhatóvá tétele és elkészítése Az IVD BTS minta elkészítése MALDI tárgylemezen 5 7 A Bruker MALDI-TOF tömegspektrométer kalibrálása az IVD BTS segítségével A használt kalibrációs pontok Kalibrálási eljárások Kézi kalibrálási eljárás Automatikus kalibrálási eljárás 9 8 Gyártó 12 1 Alkalmazási terület Az IVD Bacterial Test Standard egy in vitro diagnosztikai termék, amely a Bruker MALDI- TOF tömegspektrométerek kalibrálására és optimalizálására, valamint a humán mintákból tenyésztett mikroorganizmusok azonosításának teljesítmény-ellenőrzésére szolgál. 2 Termékleírás Az IVD Bacterial Test Standard (más néven IVD BTS ) körültekintően előállított Escherichia coli DH5- alfa- kivonatot tartalmaz, amely jellegzetes peptid- és fehérjeprofilt mutat a MALDI- TOF tömegspektrumokon. A kivonatot két további fehérje egészíti ki, amelyek kiterjesztik az IVD BTS által lefedett tömegtartomány felső határát. Az IVD BTS által lefedett általános tömegtartomány 3,6 és 17 kda közötti. Minden egyes cső mintegy 40 MALDI tárgylemezminta elkészítéséhez elegendő anyagot tartalmaz. Ez a készlet egy in vitro diagnosztikai eszköz. Rendelési adatok Termék Cikkszám IVD Bacterial Test Standard, 5 cső vagy /2. oldal IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 1. kiadás

3 3 Szemrevételezés, tárolás és stabilitás 3.1 Szemrevételezés érkezéskor Érkezéskor ellenőrizze az IVD BTS csomagot. Ha a csomag sérült, ellenőrizze a csöveket. Ha a csövek sérültek, az IVD BTS analitot tilos használni. Ártalmatlanítsa az IVD BTS terméket (csövek és csomag) a termék anyagbiztonsági adatlapján található iránymutatást követve, és lépjen kapcsolatba a Bruker Daltonik GmbH szervizosztályával (biotyper.support@bdal.de) a csereeszköz beszerzése érdekében. 3.2 Tárolás érkezéskor 18 C Az IVD BTS szállítása környezeti hőmérsékleten történik, de szállítás után azonnal biztosítani kell a 18 C-on vagy annál alacsonyabb hőmérsékleten való tárolást. A csomagoláson feltüntetett lejárati idő akkor érvényes a benne lévő IVD BTS analitra vonatkozóan, ha érkezés után 18 C- on vagy annál alacsonyabb hőmérsékleten való tárolják. 3.3 Tárolás alikvotokba történő elosztást követően Az IVD BTS analitot használat előtt fel kell oldani. Kifejezetten javasoljuk, hogy a feloldott IVD BTS analitot osszák szét alikvotokra, és fagyasszák le 0,5 ml-es csavaros kupakú mikrocsövekben. 18 C A lefagyasztott, feloldott IVD BTS analitok legfeljebb 5 hónapig tárolhatók 18 C- on vagy ennél alacsonyabb hőmérsékleten. Idővel előfordulhat, hogy oxidációs termékek lesznek észlelhetők benne. Ezek az oxidációs termékek nem befolyásolják jelentős mértékben a spektrumminőséget. 4 Kockázatra és biztonságra vonatkozó információk Ez a termék nincs osztályozva az 1272/2008/EK rendelet szerint, így a vegyi anyagok osztályozásának és címkézésének globálisan harmonizált rendszere (Globally Harmonized System of Classification and Labeling of Chemicals, GHS) szerint sincs osztályozva. A gyártó tapasztalata szerint a terméknek nincs semmilyen káros hatása, ha a specifikációknak megfelelően használják és kezelik. Ennek ellenére minden anyag esetében jelentkezhetnek ismeretlen veszélyek, így óvatosan kell kezelni őket. További információkat a oldalról letölthető anyagbiztonsági adatlapon olvashat. A használati útmutatóban leírt eljárásokhoz további vegyi anyagokra lehet szükség. Olvassa el figyelmesen a szállító által biztosított anyagbiztonsági adatlapot, és kövesse az általános biztonsági előírásokat a vegyi anyagok és a biológiailag veszélyes anyagok kezelése során. 1. kiadás IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 12/3. oldal

4 5 Szoftverrel kapcsolatos követelmények Bizonyos szoftververziók/kombinációk esetében ingyenes szoftverjavításra van szükség az IVD BTS támogatásához (lásd: 1. táblázat). Kérjük, forduljon a helyi Bruker Daltonics szervizcsapathoz a telepítéssel kapcsolatos támogatásért. 1. táblázat A szoftverjavítással kapcsolatos követelmények Szoftververzió Compass verzió Van szükség szoftverjavításra? flexcontrol verzió Nem Nem Igen Igen Igen Igen Igen Igen 6 IVD BTS minta-előkészítési eljárás Megjegyzés A következő eljárást nem szabad alkalmazni, ha az Ön munkafolyamata előírt IVD BTS minta-előkészítési módszereket (például IVD MALDI Biotyper SOP-kat) tartalmaz. Előzetes megjegyzések A gyenge minőségű minta-előkészítés csökkenteni fogja az érzékenységet, és alacsony felbontást, valamint rossz reprodukálhatóságot fog eredményezni. A MALDI-n keresztül történő iongenerálás az optimális mátrix-analit arány jelenlététől függ. A legjobb eredmények érdekében használjon frissen elkészített oldatokat és az elérhető legnagyobb tisztaságú vegyi anyagokat (például CHROMASOLV LC-MS oldószereket). Szükséges vegyszerek és anyagok IVD Matrix HCCA- portioned (más néven IVD HCCA ) (cikkszám vagy cikkszám ) vagy Matrix HCCA- portioned (más néven HCCA, HCCA = α- ciano- 4- hidroxifahéjsav) (cikkszám vagy cikkszám ), amelyet a releváns használati útmutatóban leírtak alapján kell előkészíteni. Standard oldószer (acetonitril 50%, víz 47,5% és trifluor-ecetsav 2,5%), a Sigma-Aldrich vállalat terméke (cikkszám: 19182), amelyet a Bruker Daltonik GmbH tesztelt, és amelynek használatát javasolja az IVD BTS oldhatóvá tételéhez. Csavaros kupakú mikrocsövek (Sarstedt, cikkszám: ) csavaros kupakkal (Sarstedt, cikkszám: ). Az Ön munkafolyamatához kiválasztott típusú MALDI tárgylemez. Szükséges berendezések és eszközök Centrifuga, pipetták, pipettahegyek 12/4. oldal IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 1. kiadás

5 6.1 Az IVD BTS alikvotok oldhatóvá tétele és elkészítése 1. Adjon 50 µl standard oldószert az IVD BTS pellethez, és oldja azt fel szobahőmérsékleten legalább 20-szori fel-le pipettázással. Ügyeljen arra, hogy az oldat ne habosodjon fel! 2. Inkubálja az IVD BTS oldatot szobahőmérsékleten 5 percig, majd keverje össze legalább 20-szori fel-le pipettázással. 3. Centrifugálja 2 percig rpm fordulatszámon, szobahőmérsékleten. 4. Pipettázzon a felülúszóból 5 µl- nyi alikvotokat csavaros kupakú mikrocsövekbe, és zárja le szorosan a csöveket. 5. Tárolja az alikvotokat 18 C-on vagy ennél alacsonyabb hőmérsékleten. 6.2 Az IVD BTS minta elkészítése MALDI tárgylemezen Megjegyzés A lefagyasztott IVD BTS alikvotokat fel kell oldani szobahőmérsékleten, és ujjpöcköléssel összekeverni a csavaros kupakú mikrocső tartalmát. A csavaros kupakú mikrocsöveket le kell zárni, és biztosítani legfeljebb 18 C- on történő tárolásukat közvetlenül az IVD BTS minták elkészítését követően. Minden 5 µl-es alikvot legalább négy mintához elegendő anyagot tartalmaz. 1. Helyezzen 1 µl IVD BTS oldatot a MALDI tárgylemez tetszőleges pozíciójába. 2. Hagyja az IVD BTS mintát szobahőmérsékleten megszáradni. 3. Száradás után azonnal fedje be az IVD BTS mintát 1 µl IVD HCCA vagy HCCA oldattal. 4. Hagyja a mintát szobahőmérsékleten megszáradni. A készítménynek homogénnek kell lennie. 1. kiadás IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 12/5. oldal

6 7 A Bruker MALDI-TOF tömegspektrométer kalibrálása az IVD BTS segítségével 7.1 A használt kalibrációs pontok 2. táblázat A kalibrációs pontok és a ±300 ppm-es tömegtűréshatárok Fehérje Referenciatömeg (átlagos tömeg) ± 300 ppm tartomány RL29 [M+2H] ,8 Da 3636,7 Da 3638,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da 5095,3 Da 5098,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da 5379,8 Da 5383,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da 6253,5 Da 6257,3 Da RL29 [M+H] ,5 Da 7272,3 Da 7276,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da 10297,0 Da 10303,2 Da RNáz A [M+H] ,2 Da 13679,1 Da 13687,3 Da Mioglobin [M+H] ,3 Da 16947,2 Da 16957,4 Da 7.2 Kalibrálási eljárások Kézi és automatikus kalibrálási eljárások egyaránt rendelkezésre állnak. A kézi eljárás alkalmazható a flexcontrol valamennyi verziójával, míg az automatikus eljáráshoz a flexcontrol 3.3-as vagy későbbi verziójára van szükség Kézi kalibrálási eljárás 1. Helyezze be az IVD BTS mintával előkészített MALDI tárgylemezt a MALDI- TOF tömegspektrométerbe. 2. Ellenőrizze, hogy fut-e a flexcontrol. 3. Használja a standard flexcontrol módszert MBT_ FC.par (lineáris és pozitív mód) a méréshez és kalibráláshoz. 4. Kézzel mérjen egy összegspektrumot az IVD BTS mintáról különböző raszterpozíciókból készített 6 40 lézeres felvétel összeadásával. Minden egyes kívánt raszterpozícióban kattintson a Start gombra, majd a Add gombra összesen 240 lézerfelvétel rögzítéséhez, ami a következőképpen jelenik meg: kell.. A lézerenergia szintjét optimalizálni 12/6. oldal IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 1. kiadás

7 Opcionális: másik lehetőségként összegspektrum automatikusan is mérhető a következő módon: kattintson az AutoXecute lapfülre, válassza ki az autox módszert MBT_AutoX a Method legördülő listából (1. ábra), kattintson a Run method on current spot gombra. 1. ábra Az AutoXecute lapfül az MBT_AutoX módszer kijelölésével az automatikus összegspektrum méréséhez. Ez automatikusan megmér egy összegspektrumot. 5. Kattintson az Single Buffer eszköztárgombra az aktuálisan megjelenített egyszeres spektrum elrejtéséhez. Ez aktiválja a Sum Buffer eszköztárgombot, és megjeleníti a mért összegspektrumot. 6. Kattintson a Smooth Spectrum eszköztárgombra az összegspektrum simításához (2. ábra). 2. ábra Az IVD BTS simított összegspektruma 7. Kattintson a Calibration lapfülre, és válassza ki a kalibrációs fájlt MBT_Standard a Mass Control List legördülő listából (3. ábra). 3. ábra A Calibration lapfül és a Mass Control List 8. Kattintson az Automatic Assign gombra a helyes kalibrációs csúcsok kiválasztásához. 1. kiadás IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 12/7. oldal

8 9. Ellenőrizze, hogy a kalibrációs csúcsok automatikus hozzárendelése megfelelően működött-e. A kalibrációs csúcs listán látszania kell annak, hogy az összes csúcs hozzárendelése megtörtént, és az Err/ppm maximális eltérés egyik csúcs esetében sem több, mint ± 300 ppm (4. ábra). 4. ábra A kalibrációs csúcsok automatikus hozzárendelésének eredménye az összes csúcs hozzárendelése esetén, amikor az Err/ppm maximális eltérés egyik csúcs esetében sem több, mint ± 300 ppm. Az eredménytől függően a következők szerint járjon el: Ha az összes csúcs hozzárendelése megtörtént, és az Err/ppm maximális eltérés az összes csúcs esetében kevesebb, mint ±300 ppm, a kalibrációs csúcsok automatikus hozzárendelése sikeres volt. Folytassa a (12) lépéssel. Ha az összes csúcs hozzárendelése megtörtént, de az Err/ppm maximális eltérés bármelyik csúcs esetében több, mint ± 300 ppm, ismételje meg a (4) (9) lépéseket. Ha néhány csúcs hozzárendelése történt meg, és az Err/ppm maximális eltérés az összes csúcs esetében kevesebb, mint ± 300 ppm, folytassa a (10) lépéssel. Ha néhány csúcs hozzárendelése történt meg, de az Err/ppm maximális eltérés bármelyik csúcs esetében kevesebb, mint ± 300 ppm, ismételje meg a (4) (9) lépéseket. Ha egyik csúcs sincs hozzárendelve, folytassa a (11) lépéssel. 10. Kattintson az Apply gombra, és ismételje meg az automatikus csúcshozzárendelést az Automatic Assign gombra kattintva. Ellenőrizze, hogy valamennyi csúcs hozzárendelése megtörtént-e, és hogy az Err/ppm maximális eltérés kevesebb-e, mint ± 300 ppm az összes csúcs esetében. Ha az összes csúcs hozzárendelése megtörtént, és az Err/ppm maximális eltérés az összes csúcs esetében kevesebb, mint ±300 ppm, a kalibrációs csúcsok automatikus hozzárendelése sikeres volt. Folytassa a (12) lépéssel. Ha nem minden csúcs hozzárendelése történt meg, vagy az Err/ppm maximális eltérés bármely csúcs esetében több, mint ± 300 ppm, ismételje meg a (4) (9) lépéseket. 12/8. oldal IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 1. kiadás

9 11. Kézzel válassza ki az m/z 6255,4 Da-nál lévő csúcsot, a csúcstól balra kattintva a spektrumon. A csúcs melletti függőleges vonalnak pirosról zöldre kell váltania sikeres csúcs-hozzárendelés esetén (a megfelelő adatokat a kalibrációs csúcslistába kell beírni). Kattintson az Apply gombra gombra, és ismételje meg az automatikus csúcs-hozzárendelést az Automatic Assign kattintva. Ellenőrizze, hogy valamennyi csúcs hozzárendelése megtörtént-e, és hogy az Err/ppm maximális eltérés kevesebb-e, mint ± 300 ppm az összes csúcs esetében. Ha az összes csúcs hozzárendelése megtörtént, és az Err/ppm maximális eltérés az összes csúcs esetében kevesebb, mint ±300 ppm, a kalibrációs csúcsok automatikus hozzárendelése sikeres volt. Folytassa a (12) lépéssel. Ha nem minden csúcs hozzárendelése történt meg, vagy az Err/ppm maximális eltérés bármely csúcs esetében több, mint ± 300 ppm, ismételje meg a (4) (9) lépéseket. 12. Miután megtörtént az összes csúcs automatikus hozzárendelése úgy, hogy az Err/ppm maximális eltérés az összes csúcs esetében kevesebb, mint ±300 ppm, kattintson az Apply gombra. 13. Mentse el az új kalibrációs értékeket a flexcontrol módszerbe (MBT_FC.par). A Save method as eszköztárgombra kattintva megnyílik a Save flexcontrol Method As párbeszédpanel. Kattintson a Save gombra. Erősítse meg a fájl (MBT_FC.par) cseréjét az Yes gombra kattintva a megerősítő párbeszédpanelen (5. ábra). 5. ábra Megerősítő párbeszédpanel a megadott módszerfájl cseréjére vonatkozóan Automatikus kalibrálási eljárás Megjegyzés Az automatikus kalibrálási eljáráshoz a flexcontrol 3.3-as vagy újabb verziójára van szükség. 1. Helyezze be az IVD BTS mintával előkészített MALDI tárgylemezt a MALDI- TOF tömegspektrométerbe. 2. Ellenőrizze, hogy fut-e a flexcontrol. 3. Használja a standard flexcontrol módszert MBT_ FC.par (lineáris és pozitív mód) a méréshez és kalibráláshoz. 1. kiadás IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 12/9. oldal

10 4. Válassza az Tools > Method Calibration Parameters lehetőséget ( 6. ábra ) a flexcontrol módszer kalibrálásának beállításához, illetve a beállítások ellenőrzéséhez. Megjegyzés A kalibrálási paraméterek beállítására csak az első (kezdeti) kalibrálás esetében van szükség. A későbbi kalibrálások során csupán a helyes autox módszer ( MBT_ AutoX) kiválasztását kell ellenőrizni. 6. ábra A Method Calibration Parameters parancs a Tools menüben 5. Írja be vagy ellenőrizze a 7. ábra bemutatott automatikus kalibrálási paraméterbeállításokat. Ezután kattintson az OK gombra. 7. ábra Az Edit Auto Calibration Parameters párbeszédpanel 12/10. oldal IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 1. kiadás

11 6. A Calibration lapfülön (3. ábra) ellenőrizze, hogy a Peak Assignment Tolerance paraméter az 1000 ppm-es maximális értékre van-e beállítva (8. ábra). 8. ábra A Peak Assignment Tolerance paraméter 7. A kalibrálási eljárás elindításához kattintson a Calibrate gombra. Automatikusan begyűjtésre kerül egy összegspektrum az IVD BTS mintáról különböző pozíciókból készített 6 40 lézeres felvétel összeadásával, és a kalibrálás automatikusan megtörténik. A sikeres kalibrálás után megnyílik egy kalibrálási információs ablak (9. ábra ). Kattintson az OK gombra a kalibrálás befejezéséhez. 9. ábra Kalibrálási információs párbeszédpanel 8. Ha a kalibrálás sikertelen, ismételje meg az automatikus kalibrálási eljárás (4) (7) lépéseit, vagy kövesse a részben leírt kézi kalibrálási eljárás lépéseit. 1. kiadás IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 12/11. oldal

12 8 Gyártó Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Németország Ügyfélszolgálat biotyper.support@bdal.de Telefon: Fax: Értékesítési információk care@bdal.de Telefon: Weboldal: cikkszám vagy cikkszám A leírások és specifikációk felülírnak minden korábbi információt, és értesítés nélkül megváltoztathatók. Copyright 2014 Bruker Daltonik GmbH 12/12. oldal IVD Bacterial Test Standard Használati útmutató 1. kiadás