Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Erőterek. Probléma: fehérjéknél nagy dimenziók értelmetlen QM eredmények.
|
|
|
- Ervin Pintér
- 6 évvel ezelőtt
- Látták:
Átírás
1 fehérjéknél nagy dimenziók értelmetlen QM eredmények Megoldás: egyszerűsítés dimenzió-csökkentés Közelítések Born-Oppenheimer közelítés (Ψ mol = Ψ el Ψ mag ; E tot =E el +E mag ) az energia párkölcsönhatások összege a konformációs energia tagokra bontható (kötéshossz nyújtás, kötésszög hajlítás, torzió) konformációs tagok járulékai egyszerű függvényekkel leírhatók az atomok pont-töltéseknek tekinthetők QM MM Meghatározandók: erőállandók (k,v) egyensúlyi paraméterek (l i,0,θ i,0 ) atomi paraméterek (q i, ε i,σ i ) kötés-nyújtás kötésszög-hajlítás torzió változtatás δ δ+ Alapelv: molekulák atomtípusokra bontása (pl. sp3 C, sp2 C, C-N) hidrogének kezelése (all-atom vs. united atom erőterek) azonos típusú atomok paraméterei azonosak a paraméterek átvihetők kell legyenek hasonló molekulákra kifejlesztett paraméterek (fehérjék, kisebb szerves molekulák, nukleinsavak) figyelembe kell venni a környezeti feltételeket is (AMBER vs. CHARMM erőtér) δ+ van der Waals tag elektrosztatikus tag Kötésnyújtás harmonikus közelítés: Hook törvény Kötésszög hajlítás Harmonikus közelítés: Anharmonikus közelítés anharmonikus közelítés Torzió változtatás Morse potenciál magasabb rendű tagok: paraméterek meghatározása : ab initio számítások, geometria optimálás, rezgési analízis a planáris rendszerekre külön tagot kell bevezetni (out of plane) 1
2 Planáris rendszerek: improper torsion (nem folyamatosan kötött atomok) (nem ) out-of-plane torsion Parametrizálás ab initio potenciáltérkép számítása: MP2/TZP, DFT módszerrel gáz fázisban geometriai paraméterek, erőállandók dipeptid egységeknek más az energiaminimuma θ Megoldás: magas felbontású röntgenszerkezetekhez fittelni oldatfázishoz kell fittelni Coulomb törvény Elektrosztatikus hozzájárulás számítása Atomi töltések számítása Mulliken analízis Bader analízis atomi töltések (nem fizikai paraméter, függ a konformációtól) ε 0 (fehérjék dielektromosan inhomogének) magasabb rendű kölcsönhatásokat elhanyagolja (dipól-dipól, dipól-quadrupól, stb.) Elektrosztatikus potenciálhoz fittelés (RESP) Töltések parametrizálása Molekuláris környezet hatása: gázfázisban kisebb a töltés szétválás polarizáció hatását is figyelembe kell venni van der Waals tag 12-6 potenciál magasabb bázisok használata nagyobb fragmensek számítása hosszabb szimulációk geometria hatása: konformerek átlagolása polarizálható erőterek léteznek, de még nem eléggé eredményesek ε ütközési átmérő: σ, potenciálvölgy mélysége: ε Különböző atomok esetén: 1,4 kölcsönhatások speciális esetet képeznek (skálázás 1/1.2) 2
3 van der Waals paraméterek számítása korai erőterek: ab initio számítások gázfázisban sok-test kölcsönhatások effektív párpotenciálok 3 pontos modell Víz 4 pontos modell 5 pontos modell Paraméterek optimálása, tesztelése: szimulációk folyadékfázisban kísérleti és számított adatok összehasonlítása geometria, párkorrelációs függvények, fajhő, belső energia, dipólusmomentum, dielektromos állandó sűrűség SPC, SPC/E, TIP3P TIP4P Polarizálható: BSV, Chialvo-Cummings, Dang-Chang, PPC ST2, TIP5P SPC, TIP4P: szerkezet, termodinamika, dinamika SPC/E: molekulák átlagos polarizálhatósága BSV: dielektromos állandó, szerkezet sűrűségmaximum: BSV, PPC (SPC, SPC/E nincs max., TIP4P 30 C max.) Ismertebb erőterek: Biomolekulákra: AMBER Kollman csoport (USF, Scripps) CHARMM Karplus csoport (Harvard) Oldatfázisra: OPLS Jorgensen csoport Általános (kisebb molekulákra is) GROMOS Berendsen, van Guntersen (united atom) MM Allinger csoport CVFF Lifson, Hagler (Discover) TRIPOS SYBYL ECEPP Scheraga, Némethy Potenciális energia felszín (sokváltozós függvény) Alakja minimumok maximumok nyeregpontok Célkitűzések i probléma: optimális geometria (legalacsonyabb energiájú minimum) meghatározása stabil konformerek meghatározása konformerek arányának meghatározása konformációs átalakulások útvonalának meghatározása sztérikus ütközések megszüntetése molekula mozgásirányainak meghatározása Energia MM: optimálás descartes koordinátákban QM: optimálás belső koordinátákban konformációs paraméter legközelebbi minimum helyét határozzuk meg 3
4 Steepest descent módszer lépés iránya mindig párhuzamos az eredő erő irányával Conjugate gradient módszer lépés iránya függ az előző lépés irányától line search fittelés (quadratikus) lépés; új irány: kevesebb lépés is elég Módszerválasztás: 1. minimumtól távol: lassabb, pontosabb módszer 2. minimum közelében: gyorsabb, pontatlanabb módszer Stratégia: 1. Oldószer környezetet optimálni 2. ionokat optimálni 3. flexibilis részeket optimálni 4. mindent optimálni Környezetválasztás (tárgyalása később) víz modellezése csak kristályvizek grid vizek MC vizek (NPT) MD vizek ionok beépítése Fázis modellezése: periódusos határfeltétel első hidrátburok többrétegű vízburok Hosszú távú kölcsönhatások kezelése (Ewald, reakciótér korrekció) rezgési sajátvektorok és sajátfrekvenciák meghatározása Hessian mátrix meghatározása Erőállandó mátrix λ sajátérték ν sajátfrekvencia Alacsony frekvenciájú cm -1 mozgások az érdekesek (domain movement) harmonikus közelítés! minimumtól távolabb kváziharmonikus analízis (QHA) MD alapján E+GTP E+GDP 4
5 Módszer Következtetés E+GTP E+GDP Energiaminimalizálás GTP* forma NMA G12D mutáns Switch régiók szerepe GTP forma: szoros nukleotid kötés GDP forma: aktív hely nyílás-zárás minimumtól való eltérés merevebb, on-state marad J.Ma, M. Karplus: J. Mol. Biol. (1997) 274, pp
Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások. Elektrosztatikus számítások Definíciók
Jelentősége szubsztrát kötődés szolvatáció ionizációs állapotok (pka) mechanizmus katalízis ioncsatornák szimulációk (szerkezet) all-atom dipolar fluid dipolar lattice continuum Definíciók töltéseloszlás
? ligandum kötés konformációs változás aktiválási energia számítás pka számítás kötési energiák
Szabadenergia Definíció:? ligandum kötés konformációs változás aktiválási energia számítás pka számítás kötési energiák Fázistér teljes térfogatára kell számítani! Mennyiség átlagértéke: Sokaság-átlag
Kémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval
Kémiai reakciók mechanizmusa számítógépes szimulációval Stirling András stirling@chemres.hu Elméleti Kémiai Osztály Budapest Stirling A. (MTA Kémiai Kutatóközpont) Reakciómechanizmus szimulációból 2007.
A racionális gyógyszertervezés lehetőségei. A racionális gyógyszertervezés lehetőségei. A racionális gyógyszertervezés lehetőségei
Cél: kis koncentrációban kötődő célvegyület tervezése Agonista: segíti az enzim működését, hatékonyabb, mint a természetes szubsztrát Antagonista: gátolja az enzim működését, ellentétes hatású, mint a
A kovalens kötés polaritása
Általános és szervetlen kémia 4. hét Kovalens kötés A kovalens kötés kialakulásakor szabad atomokból molekulák jönnek létre. A molekulák létrejötte mindig energia csökkenéssel jár. A kovalens kötés polaritása
A kovalens kötés elmélete. Kovalens kötésű molekulák geometriája. Molekula geometria. Vegyértékelektronpár taszítási elmélet (VSEPR)
4. előadás A kovalens kötés elmélete Vegyértékelektronpár taszítási elmélet (VSEPR) az atomok kötő és nemkötő elektronpárjai úgy helyezkednek el a térben, hogy egymástól minél távolabb legyenek A központi
A SZILÁRDTEST FOGALMA. Szilárdtest: makroszkópikus, szilárd, rendezett anyagdarab. molekula klaszter szilárdtest > σ λ : rel.
A SZILÁRDTEST FOGALMA Szilárdtest: makroszkópikus, szilárd, rendezett anyagdarab. a) Méret: b) Szilárdság: molekula klaszter szilárdtest > ~ 100 Å ideálisan rugalmas test: λ = 1 E σ λ : rel. megnyúlás
Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis. Fehérjeszerkezet analízis
Szerkezet Protein Data Bank (PDB) http://www.rcsb.org/pdb ~ 35 701 szerkezet közepes felbontás 1552 szerkezet d 1.5 Å 160 szerkezet d 1.0 Å 10 szerkezet d 0.8 Å (atomi felbontás) E globális minimum? funkció
Atomok és molekulák elektronszerkezete
Atomok és molekulák elektronszerkezete Szabad atomok és molekulák Schrödinger egyenlete Tekintsünk egy kvantummechanikai rendszert amely N n magból és N e elektronból áll. Koordinátáikat jelölje rendre
A kémiai kötés eredete; viriál tétel 1
A kémiai kötés ereete; viriál tétel 1 Probléma felvetés Ha egy molekula atommagjai közötti távolság csökken, akkor a közöttük fellép elektrosztatikus taszításhoz tartozó energia n. Ugyanez igaz az elektronokra
A kémiai kötés magasabb szinten
A kémiai kötés magasabb szinten 11-1 Mit kell tudnia a kötéselméletnek? 11- Vegyérték kötés elmélet 11-3 Atompályák hibridizációja 11-4 Többszörös kovalens kötések 11-5 Molekulapálya elmélet 11-6 Delokalizált
3. A kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás
3. A kémiai kötés Kémiai kölcsönhatás ELSŐDLEGES MÁSODLAGOS OVALENS IONOS FÉMES HIDROGÉN- KÖTÉS DIPÓL- DIPÓL, ION- DIPÓL, VAN DER WAALS v. DISZPERZIÓS Kémiai kötések Na Ionos kötés Kovalens kötés Fémes
A kémiai kötés magasabb szinten
A kémiai kötés magasabb szinten 13-1 Mit kell tudnia a kötéselméletnek? 13- Vegyérték kötés elmélet 13-3 Atompályák hibridizációja 13-4 Többszörös kovalens kötések 13-5 Molekulapálya elmélet 13-6 Delokalizált
dinamikai tulajdonságai
Szilárdtest rácsok statikus és dinamikai tulajdonságai Szilárdtestek osztályozása kötéstípusok szerint Kötések eredete: elektronszerkezet k t ionok (atomtörzsek) tö Coulomb- elektronok kölcsönhatás lokalizáltak
Víz. Az élő anyag szerkezeti egységei. A vízmolekula szerkezete. Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges
Az élő anyag szerkezeti egységei víz nukleinsavak fehérjék membránok Olyan mindennapi, hogy fel sem tűnik, milyen különleges A Föld felszínének 2/3-át borítja Előfordulása az emberi szövetek felépítésében
Cikloalkánok és származékaik konformációja
1 ikloalkánok és származékaik konformációja telített gyűrűs szénhidrogének legegyszerűbb képviselője a ciklopropán. Gyűrűje szabályos háromszög alakú, ennek megfelelően szénatomjai egy síkban helyezkednek
Sajátértékek és sajátvektorok. mf1n1a06- mf1n2a06 Csabai István
Sajátértékek és sajátvektorok A fizika numerikus módszerei I. mf1n1a06- mf1n2a06 Csabai István Lineáris transzformáció Vektorok lineáris transzformációja: általános esetben az x vektor iránya és nagysága
4. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés
4. A -()- molekula ab iníció egyensúlyi geometriája és egy disszociációs csatornája. A CT2 módszer. A DFT módszerek teljesítõképessége kéntartalmú molekulák esetében III. IV. Csonka, G. I., Loos, M., Kucsman,
Atomszerkezet. Atommag protonok, neutronok + elektronok. atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok
Atomszerkezet Atommag protonok, neutronok + elektronok izotópok atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok periódusos rendszer csoportjai Periódusos rendszer A kémiai kötés Kémiai
Célkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése
Célkitűzés/témák Fehérje-ligandum kölcsönhatások és a kötődés termodinamikai jellemzése Ferenczy György Semmelweis Egyetem Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet Biokémiai folyamatok - Ligandum-fehérje kötődés
Szalai István. ELTE Kémiai Intézet 1/74
Elsőrendű kötések Szalai István ELTE Kémiai Intézet 1/74 Az előadás vázlata ˆ Ismétlés ˆ Ionos vegyületek képződése ˆ Ionok típusai ˆ Kovalens kötés ˆ Fémes kötés ˆ VSEPR elmélet ˆ VB elmélet 2/74 Periodikus
Számítógépes szimulációk: molekuláris dinamika és Monte Carlo
Számítógépes szimulációk: molekuláris dinamika és Monte Carlo Boda Dezső Fizikai Kémiai Tanszék Pannon Egyetem boda@almos.vein.hu 2014. március 21. Boda Dezső (Pannon Egyetem) Habilitációs előadás 2014.
Bevezetés a lézeres anyagmegmunkálásba
Bevezetés a lézeres anyagmegmunkálásba FBN332E-1 Dr. Geretovszky Zsolt 2010. október 6. Anyagcsaládok Fémek Kerámiák, üvegek Műanyagok Kompozitok A családok közti különbségek tárgyalhatóak: atomi szinten
Elektronegativitás. Elektronegativitás
Általános és szervetlen kémia 3. hét Elektronaffinitás Az az energiaváltozás, ami akkor következik be, ha 1 mól gáz halmazállapotú atomból 1 mól egyszeresen negatív töltésű anion keletkezik. Mértékegysége:
Molekuláris dinamika. 10. előadás
Molekuláris dinamika 10. előadás Mirőlis szól a MD? nagy részecskeszámú rendszerek ismerjük a törvényeket mikroszkópikus szinten? Hogyan tudjuk megérteni a folyadékok, gázok, szilárdtestek makroszkópikus
Molekuláris dinamika I. 10. előadás
Molekuláris dinamika I. 10. előadás Miről is szól a MD? nagy részecskeszámú rendszerek ismerjük a törvényeket mikroszkópikus szinten minden részecske mozgását szimuláljuk? Hogyan tudjuk megérteni a folyadékok,
Modern Fizika Labor. Fizika BSc. Értékelés: A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 13. mérés: Molekulamodellezés PC-n. 2008. április 29.
Modern Fizika Labor Fizika BSc A mérés dátuma: A mérés száma és címe: 13. mérés: Molekulamodellezés PC-n Értékelés: A beadás dátuma: 2008. május 6. A mérést végezte: 1/5 A mérés célja A mérés célja az
5. Az elektronkorreláció szerepe a metil-amin nagy amplitúdójú mozgásainak leírásában. DFT és poszt Hartree- Fock számítások
5. Az elektronkorreláció szerepe a metil-amin nagy amplitúdójú mozgásainak leírásában. DFT és poszt artree- Fock számítások VI. XIX. Csonka, G. I. and Sztraka L., Density functional and post artree-fock
TERMÉKTERVEZÉS NUMERIKUS MÓDSZEREI. 1. Bevezetés
TERMÉKTERVEZÉS NUMERIKUS MÓDSZEREI Dr. Goda Tibor egyetemi docens Gép- és Terméktervezés Tanszék 1. Bevezetés 1.1. A végeselem módszer alapjai - diszkretizáció, - szerkezet felbontása kicsi szabályos elemekre
Elektrosztatikus modell fragmens méretű ligandumok fehérje komplexeinek vizsgálatára
Elektrosztatikus modell fragmens méretű ligandumok fehérje komplexeinek vizsgálatára Szakdolgozat Vegyész Mesterszak KISS DÓRA JUDIT Témavezető: Dr. Ferenczy György MTA TTK Gyógyszerkémiai Kutatócsoport
Atomok. szilárd. elsődleges kölcsönhatás. kovalens ionos fémes. gázok, folyadékok, szilárd anyagok. ionos fémek vegyületek ötvözetek
Atomok elsődleges kölcsönhatás kovalens ionos fémes véges számú atom térhálós szerkezet 3D ionos fémek vegyületek ötvözetek molekulák atomrácsos vegyületek szilárd gázok, folyadékok, szilárd anyagok Gázok
Speciális fluoreszcencia spektroszkópiai módszerek
Speciális fluoreszcencia spektroszkópiai módszerek Fluoreszcencia kioltás Fluoreszcencia Rezonancia Energia Transzfer (FRET), Lumineszcencia A molekuláknak azt a fényemisszióját, melyet a valamilyen módon
LIE. Lineáris Kölcsönhatás Módszere. Vázlat LIE. Fehérje-ligandum kölcsönhatás kvantitatív jellemzése számítógépes modellezéssel 2.
Fehérje-ligandum kölcsönhatás kvantitatív jellemzése számítógépes modellezéssel 2. rész Ferenczy György MTA-SE Molekuláris Biofizikai Kutatócsoport ferenczy.gyorgy@med.semmelweis-univ.hu Vázlat Kötődési
ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával.
ALKÍMIA MA Az anyagról mai szemmel, a régiek megszállottságával www.chem.elte.hu/pr Kvíz az előző előadáshoz Programajánlatok október 18. 16:00 ELTE Kémiai Intézet 065-ös terem Észbontogató (www.chem.elte.hu/pr)
Periódusos rendszer (Mengyelejev, 1869) nemesgáz csoport: zárt héj, extra stabil
s-mezı (fémek) Periódusos rendszer (Mengyelejev, 1869) http://www.ptable.com/ nemesgáz csoport: zárt héj, extra stabil p-mezı (nemfém, félfém, fém) d-mezı (fémek) Rendezés elve: növekvı rendszám (elektronszám,
Vezetők elektrosztatikus térben
Vezetők elektrosztatikus térben Vezető: a töltések szabadon elmozdulhatnak Ha a vezető belsejében a térerősség nem lenne nulla akkor áram folyna. Ha a felületen a térerősségnek lenne tangenciális (párhuzamos)
Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39
Kémiai kötés 4-1 Lewis elmélet 4-2 Kovalens kötés: bevezetés 4-3 Poláros kovalens kötés 4-4 Lewis szerkezetek 4-5 A molekulák alakja 4-6 Kötésrend, kötéstávolság 4-7 Kötésenergiák Általános Kémia, szerkezet
Kolloidkémia 1. előadás Első- és másodrendű kémiai kötések és szerepük a kolloid rendszerek kialakulásában. Szőri Milán: Kolloidkémia
Kolloidkémia 1. előadás Első- és másodrendű kémiai kötések és szerepük a kolloid rendszerek kialakulásában 1 Órarend 2 Kurzussal kapcsolatos emlékeztető Kurzus: Az előadás látogatása ajánlott Gyakorlat
Energiaminimum- elve
Energiaminimum- elve Minden rendszer arra törekszi, hogy stabil állapotba kerüljön. Milyen kapcsolat van a stabil állapot, és az adott állapot energiája között? Energiaminimum elve Energiaminimum- elve
KISS PÉTER. Vízklaszterek vizsgálata klasszikus modellek segítségével
Tudományos Diákköri Dolgozat KISS PÉTR Vízklaszterek vizsgálata klasszikus modellek segítségével Témavezető: Dr. Baranyai András egyetemi tanár Fizikai Kémia Tanszék ötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi
Hamilton rendszerek, Lyapunov függvények és Stabilitás. Hamilton rendszerek valós dinamikai rendszerek, konzerva3v mechanikai rendszerek
Hamilton rendszerek, Lyapunov függvények és Stabilitás Hamilton rendszerek valós dinamikai rendszerek, konzerva3v mechanikai rendszerek Sokszor nem lehetséges, hogy a tanult linearizációs módszerrel meghatározzuk
A hidrogénmolekula. Energia
A hidrogénmolekula Emlékeztető: az atompályák hullámok (hullámfüggvények!) A hullámokra érvényes a szuperpozíció (erősítés és kioltás) elve! Ezt két H-atomra alkalmazva: Erősítő átfedés csomósík Energia
Bioinformatika 2 6. előadás
6. előadás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2018.10.08. PDBj: http://www.pdbj.org/ Fehérjék 3D szerkezeti adatbázisai - PDBj 2 2018.10.08.
Idegen atomok hatása a grafén vezet képességére
hatása a grafén vezet képességére Eötvös Loránd Tudományegyetem, Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék Mahe Tisk'11 Vázlat 1 Kisérleti eredmények Kémiai szennyez k hatása a Fermi-energiára A vezet képesség
January 16, ψ( r, t) ψ( r, t) = 1 (1) ( ψ ( r,
Közelítő módszerek January 16, 27 1 A variációs módszer A variációs módszer szintén egy analitikus közelítő módszer. Olyan esetekben alkalmazzuk mikor ismert az analitikus alak amelyben keressük a sajátfüggvényt,
Altalános Kémia BMEVESAA101 tavasz 2008
Folyadékok és szilárd anayagok 3-1 Intermolekuláris erők, folyadékok tulajdonságai 3-2 Folyadékok gőztenziója 3-3 Szilárd anyagok néhány tulajdonsága 3-4 Fázisdiagram 3-5 Van der Waals kölcsönhatások 3-6
Folyadékok és szilárd anyagok
Folyadékok és szilárd anyagok 7-1 Intermolekuláris erők, folyadékok tulajdonságai 7-2 Folyadékok gőztenziója 7-3 Szilárd anyagok néhány tulajdonsága 7-4 Fázisdiagram 7-5 Van der Waals kölcsönhatások 7-6
Atomszerkezet. Atommag protonok, neutronok + elektronok. atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok
Atomszerkezet Atommag protonok, neutronok + elektronok izotópok atompályák, alhéjak, héjak, atomtörzs ---- vegyérték elektronok periódusos rendszer csoportjai Periódusos rendszer energia szintek atomokban
Vizsgatémakörök fizikából A vizsga minden esetben két részből áll: Írásbeli feladatsor (70%) Szóbeli felelet (30%)
Vizsgatémakörök fizikából A vizsga minden esetben két részből áll: Írásbeli feladatsor (70%) Szóbeli felelet (30%) A vizsga értékelése: Elégtelen: ha az írásbeli és a szóbeli rész összesen nem éri el a
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség
Evans-Searles fluktuációs tétel Crooks fluktuációs tétel Jarzynski egyenlőség Osváth Szabolcs Evans-Searles fluktuációs tétel Denis J Evans, Ezechiel DG Cohen, Gary P Morriss (1993) Denis J Evans, Debra
Számítógépek és modellezés a kémiai kutatásokban
Számítógépek és modellezés a kémiai kutatásokban Jedlovszky Pál Határfelületek és nanorendszerek laboratóriuma Alkímia ma 214 április 3. VALÓDI RENDSZEREK MODELL- ALKOTÁS MODELL- RENDSZEREK KÍSÉRLETEK
A kémiai kötés. Kémiai kölcsönhatás
A kémiai kötés Kémiai kölcsönhatás ELSŐDLEGES MÁSODLAGOS KOVALENS IONOS FÉMES HIDROGÉN- KÖTÉS DIPÓL- DIPÓL, ION- DIPÓL, VAN DER WAALS v. DISZPERZIÓS Ionos kötés Na Cl Ionpár képződése e - Na + Cl - Na:
összetevője változatlan marad, a falra merőleges összetevő iránya ellenkezőjére változik, miközben nagysága ugyanakkora marad.
A termodinamika 2. főtétele kis rendszerekben Osváth Szabolcs Semmelweis Egyetem Statisztikus sokaságok Nyomás Nyomás: a tartály falával ütköző molekulák, a falra erőt fejtenek ki Az ütközésben a részecske
Kutatási terület. Szervetlen és szerves molekulák szerkezetének ab initio tanulmányozása
Kutatási terület zervetlen és szerves molekulák szerkezetének ab initio tanulmányozása Cél: a molekulák disszociatív ionizációja során keletkező semleges és ionizált fragmentumok energetikai paramétereinek
Szilárdtestek el e ek e tr t o r n o s n zer e k r ez e et e e t
Szilárdtestek elektronszerkezete Kvantummechanikai leírás Ismétlés: Schrödinger egyenlet, hullámfüggvény, hidrogén-atom, spin, Pauli-elv, periódusos rendszer 2 Szilárdtestek egyelektron-modellje a magok
Kötések kialakítása - oktett elmélet
Kémiai kötések Az elemek és vegyületek halmazai az atomok kapcsolódásával - kémiai kötések kialakításával - jönnek létre szabad atomként csak a nemesgázatomok léteznek elsődleges kémiai kötések Kötések
Kémiai kötés. Általános Kémia, szerkezet Dia 1 /39
Kémiai kötés 4-1 Lewis-elmélet 4-2 Kovalens kötés: bevezetés 4-3 Poláros kovalens kötés 4-4 Lewis szerkezetek 4-5 A molekulák alakja 4-6 Kötésrend, kötéstávolság 4-7 Kötésenergiák Általános Kémia, szerkezet
2015/16/1 Kvantummechanika B 2.ZH
2015/16/1 Kvantummechanika B 2.ZH 2015. december 10. Információk 0. A ZH ideje minimum 90 perc, maximum 180 perc. 1. Az összesen elérhet pontszám 270 pont. 2. A jeles érdemjegy eléréséhez nem szükséges
Fizikai kémia 2. Előzmények. A Lewis-féle kötéselmélet A VB- és az MO-elmélet, a H 2+ molekulaion
06.07.5. Fizikai kémia. 4. A VB- és az -elmélet, a H + molekulaion Dr. Berkesi ttó ZTE Fizikai Kémiai és Anyagtudományi Tanszéke 05 Előzmények Az atomok szerkezetének kvantummehanikai leírása 90-30-as
OH ionok LiNbO 3 kristályban (HPC felhasználás) 1/16
OH ionok LiNbO 3 kristályban (HPC felhasználás) Lengyel Krisztián MTA SZFKI Kristályfizikai osztály 2011. november 14. OH ionok LiNbO 3 kristályban (HPC felhasználás) 1/16 Tartalom A LiNbO 3 kristály és
Katalízis. Tungler Antal Emeritus professzor 2017
Katalízis Tungler Antal Emeritus professzor 2017 Fontosabb időpontok: sósav oxidáció, Deacon process 1860 kéndioxid oxidáció 1875 ammónia oxidáció 1902 ammónia szintézis 1905-1912 metanol szintézis 1923
http://www.nature.com 1) Magerő-sugár: a magközéppontból mért távolság, ameddig a magerők hatótávolsága terjed. Rutherford-szórásból határozható meg. R=1,4 x 10-13 A 1/3 cm Az atommag terének potenciálja
Modern fizika laboratórium
Modern fizika laboratórium 11. Az I 2 molekula disszociációs energiája Készítette: Hagymási Imre A mérés dátuma: 2007. október 3. A beadás dátuma: 2007. október xx. 1. Bevezetés Ebben a mérésben egy kétatomos
Kémiai kötések. Kémiai kötések kj / mol 0,8 40 kj / mol
Kémiai kötések A természetben az anyagokat felépítő atomok nem önmagukban, hanem gyakran egymáshoz kapcsolódva léteznek. Ezeket a kötéseket összefoglaló néven kémiai kötéseknek nevezzük. Kémiai kötések
Tartalomjegyzék. Emlékeztetõ. Emlékeztetõ. Spektroszkópia. Fényelnyelés híg oldatokban A fény; Abszorpciós spektroszkópia
Tartalomjegyzék PÉCS TUDOMÁNYEGYETEM ÁLTALÁNOS ORVOSTUDOMÁNY KAR A fény; Abszorpciós spektroszkópia Elektromágneses hullám kölcsönhatása anyaggal; (Nyitrai Miklós; 2015 január 27.) Az abszorpció mérése;
Sillabusz orvosi kémia szemináriumokhoz 1. Kémiai kötések
Sillabusz orvosi kémia szemináriumokhoz 1. Kémiai kötések Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar 2010-2011. 1 A vegyületekben az atomokat kémiai kötésnek nevezett erők tartják össze. Az elektronok
Mátrixhatvány-vektor szorzatok hatékony számítása
Mátrixhatvány-vektor szorzatok hatékony számítása Izsák Ferenc ELTE TTK, Alkalmazott Analízis és Számításmatematikai Tanszék & ELTE-MTA NumNet Kutatócsoport munkatárs: Szekeres Béla János Alkalmazott Analízis
Határfelületi jelenségek. Fogorvosi anyagtan fizikai alapjai 3. Általános anyagszerkezeti ismeretek. N m J 2
Határelületi jelenségek 1. Felületi eszültség Fogorvosi anyagtan izikai alapjai 3. Általános anyagszerkezeti ismeretek Határelületi jelenségek Kiemelt témák: elületi eszültség adhézió nedvesítés ázis ázisdiagramm
Mechanika, dinamika. p = m = F t vagy. m t
Mechanika, dinamika Mozgás, alakváltozás és ennek háttere Newton: a mozgás természetes állapot. A témakör egyik kulcsfontosságú fizikai mennyisége az impulzus (p), vagy lendület, vagy mozgásmennyiség.
Atomi és molekuláris kölcsönhatások. Pásztázó tűszondás mikroszkópia.
Atomi és molekuláris kölcsönhatások. Pásztázó tűszondás mikroszkópia. Kiss Balázs Nanobiotechnológia és Egyedi Molekula Kutatócsoport, Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet 2013. november 28. 2 Atomi kölcsönhatások
Az anyagi rendszer fogalma, csoportosítása
Az anyagi rendszer fogalma, csoportosítása A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011 1 1 A rendszer fogalma A körülöttünk levő anyagi világot atomok, ionok, molekulák építik
Atomok. szilárd. elsődleges kölcsönhatás. kovalens ionos fémes. gázok, folyadékok, szilárd anyagok. ionos fémek vegyületek ötvözetek
Atomok elsődleges kölcsönhatás kovalens ionos fémes véges számú atom térhálós szerkezet 3D ionos fémek vegyületek ötvözetek molekulák atomrácsos vegyületek szilárd gázok, folyadékok, szilárd anyagok Gázok
Osztályozó vizsga anyagok. Fizika
Osztályozó vizsga anyagok Fizika 9. osztály Kinematika Mozgás és kölcsönhatás Az egyenes vonalú egyenletes mozgás leírása A sebesség fogalma, egységei A sebesség iránya Vektormennyiség fogalma Az egyenes
Tartalomjegyzék. Emlékeztetõ. Emlékeztetõ. Spektroszkópia. Fényelnyelés híg oldatokban 4/11/2016. A fény; Abszorpciós spektroszkópia
Tartalomjegyzék PÉCS TUDOMÁNYEGYETEM ÁLTALÁNOS ORVOSTUDOMÁNY KAR A fény; Abszorpciós spektroszkópia Elektromágneses hullám kölcsönhatása anyaggal; (Nyitrai Miklós; 2016 március 1.) Az abszorpció mérése;
Tartószerkezet-rekonstrukciós Szakmérnöki Képzés
1_5. Bevezetés Végeselem-módszer Végeselem-módszer 1. A geometriai tartomány (szerkezet) felosztása (véges)elemekre.. Lokális koordináta-rendszer felvétele, kapcsolat a lokális és globális koordinátarendszerek
Projektfeladatok 2014, tavaszi félév
Projektfeladatok 2014, tavaszi félév Gyakorlatok Félév menete: 1. gyakorlat: feladat kiválasztása 2-12. gyakorlat: konzultációs rendszeres beszámoló a munka aktuális állásáról (kötelező) 13-14. gyakorlat:
Savak bázisok. Csonka Gábor Általános Kémia: 7. Savak és bázisok Dia 1 /43
Savak bázisok 121 Az Arrhenius elmélet röviden 122 BrønstedLowry elmélet 123 A víz ionizációja és a p skála 124 Erős savak és bázisok 125 Gyenge savak és bázisok 126 Több bázisú savak 127 Ionok mint savak
Nukleinsavak építőkövei
ukleinsavak Szerkezeti hierarchia ukleinsavak építőkövei Pirimidin Purin Pirimidin Purin Timin (T) Adenin (A) Adenin (A) Citozin (C) Guanin (G) DS bázisai bázis Citozin (C) Guanin (G) RS bázisai bázis
9. évfolyam. Osztályozóvizsga tananyaga FIZIKA
9. évfolyam Osztályozóvizsga tananyaga A testek mozgása 1. Egyenes vonalú egyenletes mozgás 2. Változó mozgás: gyorsulás fogalma, szabadon eső test mozgása 3. Bolygók mozgása: Kepler törvények A Newtoni
Fluoreszcencia 2. (Kioltás, Anizotrópia, FRET)
Fluoreszcencia 2. (Kioltás, Anizotrópia, FRET) Gerjesztés A gerjesztett állapotú elektron lecsengési lehetőségei Fluoreszcencia 10-9 s k f Foszforeszcencia 10-3 s k ph 10-15 s Fizika-Biofizika 2. Huber
Kolloidkémia 5. előadás Határfelületi jelenségek II. Folyadék-folyadék, szilárd-folyadék határfelületek. Szőri Milán: Kolloidkémia
Kolloidkémia 5. előadás Határfelületi jelenségek II. Folyadék-folyadék, szilárd-folyadék határfelületek 1 Határfelületi rétegek 2 Pavel Jungwirth, Nature, 2011, 474, 168 169. / határfelületi jelenségek
Pethes Ildikó SzFi Komplex Folyadékok Osztály Folyadékszerkezet Kutatócsoport
Pethes Ildikó SzFi Komplex Folyadékok Osztály Folyadékszerkezet Kutatócsoport Tartalom Rendezetlen rendszerek Vizsgálati módszerek Kalkogén üvegek LiCl oldatok S (Q) Rendezetlen rendszerek Kristályos rendszerek
20/10/2016 tema04_biolf_
4. Molekulák, ionok, kémiai alapelvek, a kémiai kötés típusai Kémiai kötés kialakulásának oka: energianyereség. Típusai: ionos kötés kovalens kötés fémes kötés Egy egyszerű modell a kémiai kötések kialakítására:
Bioinformatika előad
7.. előad adás Prof. Poppe László BME Szerves Kémia és Technológia Tsz. Bioinformatika proteomika Előadás és gyakorlat 2009. 04. 03. Térszerkezet előrejelz rejelzés s főf módszerei Homológia modellezés
Általános és szervetlen kémia 3. hét. Kémiai kötések. Kötések kialakítása - oktett elmélet. Az elızı órán elsajátítottuk, hogy.
Általános és szervetlen kémia 3. hét Az elızı órán elsajátítottuk, hogy milyen a kvantummechanikai atommodell hogyan épül fel a periódusos rendszer melyek a periodikus tulajdonságok Mai témakörök elsıdleges
Monte Carlo módszerek a statisztikus fizikában. Az Ising modell. 8. előadás
Monte Carlo módszerek a statisztikus fizikában. Az Ising modell. 8. előadás Démon algoritmus az ideális gázra időátlag fizikai mennyiségek átlagértéke sokaságátlag E, V, N pl. molekuláris dinamika Monte
Fluoreszcencia módszerek (Kioltás, Anizotrópia, FRET)
Fluoreszcencia módszerek (Kioltás, Anizotrópia, FRET) Biofizika szeminárium PTE ÁOK Biofizikai Intézet Huber Tamás 2014. 02. 11-13. A gerjesztett állapotú elektron lecsengési lehetőségei Gerjesztés Fluoreszcencia
Koherens lézerspektroszkópia adalékolt optikai egykristályokban
Koherens lézerspektroszkópia adalékolt optikai egykristályokban Kis Zsolt MTA Wigner Fizikai Kutatóközpont H-1121 Budapest, Konkoly-Thege Miklós út 29-33 2015. június 8. Hogyan nyerjünk információt egyes
Kolloid állapotjelzők. Molekuláris kölcsönhatások. Határfelületi jelenségek: fluid határfelületek
Kolloid állapotjelzők. Molekuláris kölcsönhatások. Határfelületi jelenségek: fluid határfelületek Dr. Berka Márta Debreceni Egyetem TEK Kolloid- és Környezetkémiai Tanszék http://dragon.unideb.hu/~kolloid/
Munkagázok hatása a hegesztési technológiára és a hegesztési kötésre a CO 2 és a szilárdtest lézersugaras hegesztéseknél
Munkagázok hatása a hegesztési technológiára és a hegesztési kötésre a CO 2 és a szilárdtest lézersugaras hegesztéseknél Fémgőz és plazma Buza Gábor, Bauer Attila Messer Innovation Forum 2016. december
f = n - F ELTE II. Fizikus 2005/2006 I. félév
ELTE II. Fizikus 2005/2006 I. félév KISÉRLETI FIZIKA Hıtan 2. (X. 25) Gibbs féle fázisszabály (0-dik fıtétel alkalmazása) Intenzív állapotothatározók száma közötti összefüggés: A szabad intenzív paraméterek
3. Fejezet Csonka Gábor István MTA Doktori Értekezés
3. Az elektronkorreláció és a bázis függvények hatása a disziloxán hajlítási potenciális energiagörbéjére I. Csonka, G. I., Erdõsy, M. and Réffy, J., Structure of Disiloxane: Semiempirical and post-artree-fock
Gázok. 5-7 Kinetikus gázelmélet 5-8 Reális gázok (limitációk) Fókusz Légzsák (Air-Bag Systems) kémiája
Gázok 5-1 Gáznyomás 5-2 Egyszerű gáztörvények 5-3 Gáztörvények egyesítése: Tökéletes gáz egyenlet és általánosított gáz egyenlet 5-4 A tökéletes gáz egyenlet alkalmazása 5-5 Gáz halmazállapotú reakciók
Mechanika I-II. Példatár
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Műszaki Mechanika Tanszék Mechanika I-II. Példatár 2012. május 24. Előszó A példatár célja, hogy támogassa a mechanika I. és mechanika II. tárgy oktatását
Az A 2 -probléma eliminálása a rezonátoros kvantumelektrodinamikából
Az A 2 -probléma eliminálása a rezonátoros kvantumelektrodinamikából Vukics András MTA Wigner FK, SzFI, Kvantumoptikai és Kvantuminformatikai Osztály SzFI szeminárium, 2014. február 25. Tartalom Az A 2
Anyagszerkezet vizsgálati módszerek
Kromatográfia Folyadékkromatográfia-tömegspektrometria Anyagszerkezet vizsgálati módszerek Pannon Egyetem Mérnöki Kar Anyagszerkezet vizsgálati módszerek Kromatográfia 1/ 25 Folyadékkromatográfia-tömegspektrometria
A lézer alapjairól (az iskolában)
A lézer alapjairól (az iskolában) Dr. Sükösd Csaba c. egyetemi tanár Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Tartalom Elektromágneses hullám (fény) kibocsátása Hogyan bocsát ki fényt egy atom? o
A fel és legombolyodás molekuladinamikai szimulációi
A fel és legombolyodás molekuladinamikai szimulációi 1. Mi a molekuladinamika? 2. Modern módszerek a molekuladinamikában 3. Peptidek vizsgálata MD vel 4. Fehérjék natív szerkezetének MD szimulációi 5.
Kvantummechanika gyakorlat Beadandó feladatsor Határid : 4. heti gyakorlatok eleje
Kvantummechanika gyakorlat 015 1. Beadandó feladatsor Határid : 4. heti gyakorlatok eleje 1. Mutassuk meg, hogy A és B tetsz leges operátorokra igaz, hogy e B A e B = A + [B, A] + 1![ B, [B, A] ] +....
A hidrogénmolekula. Emlékeztető: az atompályák hullámok (hullámfüggvények!) A hullámokra érvényes a szuperpozíció (erősítés és kioltás) elve!
Energia A hidrogénmolekula Emlékeztető: az atompályák hullámok (hullámfüggvények!) A hullámokra érvényes a szuperpozíció (erősítés és kioltás) elve! Ezt két H-atomra alkalmazva: Erősítő átfedés csomósík