Klinikai Genomikai és Személyreszabott Orvoslási Központ. Biobankok. Dr. Scholtz Beáta

Átírás

1 Klinikai Genomikai és Személyreszabott Orvoslási Központ Biobankok Dr. Scholtz Beáta

2 Célunk: Tudásbázis és laboratóriumi infrastuktúra a Debreceni Egyetem biobank projektjeihez

3 Egy biobank felállításának folyamata Miben tud közrem"ködni a Genomika Központ? 1. Infrastruktúra, know-how 2. Biobank projektjeink 3. Szolgáltatás és kollaboráció Tervezés El!készítés Minták, adatok Kísérletek Fenntartás

4 A biobank létrehozása: Tervezés Páciensek köre, mintatípusok Vizsgálati módszerek, technikák kiválasztása Célkit!zések Eredmények analízise

5 Mintafeldolgozás: eddigi munkáink 1. Vérminták szérum vagy plazmafrakciójának, ill. vizeletmintáknak biobankolása 2. Genom DNS, RNS, mikrorns izolálása vérb!l friss, fagyasztott, FFPE szövetekb!l 3. Spontán és indukált sputum minták feldolgozása, makrofágok izolálása 4. Bronchoalveoláris lavage minták feldolgozása, makrofágok izolálása 5. Vérmintákból sejtpopulációk izolálása Végcél: Nagyszámú minta SOP alapú feldolgozása Proteomikai, genetikai, genomikai felhasználás

6 Mintafeldolgozás: infrastruktúra, eszközök Jelenleg: Dedikált szövetfeldolgozó laboratórium Vonalkód nyomtató QiaCube dedikált RNS izoláló robotok Hermle asztali centrifugák: h"thet! (Vacutainer) H"thet! zúzóeszköz ln 2 fagyasztott mintákhoz Szövethomogenizátor friss mintákhoz 2 SANYO -70 C h"t!, 710 l (H!m. monitor, riasztó, CO 2 backup) 1 Jouan -70 C h"t!, 520 l (riasztó, CO 2 backup) 2 Skadi -70 C h"t!, 730 l (H!m. monitor, riasztó) ln 2 tárolók, automatikus utántöltés"

7 Biobank tervezés: Kérdésfeltevés Betegcsoport kiválasztása Kísérlettervezés Pályázat Etikai engedélyek Minták, adatok Tervezés El!készítés Elemzés, eredmények Fenntartás Kísérletek Biobank el!készítés: Adatbázis, mintakódolás

8 Biobank adatbázis Projekt-specifikus adatbázis Költséges Nem fejleszthet" IT háttér? Flexibilis biobank adatbázis Open source, freeware IT háttér (LIMS vagy egyéb) cabig, catissue (USA) BBMRI projekt (EU) Adatbázis hosszú távú használhatósága szerver, szoftver, informatikus

9 Mi történik a mintagy"jtéskor? A klinikától a biobank laboratóriumig Összehangolni a mindennapi kórházi gyakorlatot és a vizsgálati technológia kívánalmait Tervezhet"ség Mintaszállítás: minta + adatok Együttgondolkodás és képzés Flexibilitás?... Standard operating procedures (SOP) Mintakövetés Klinikai protokollok Mol. biol. protokollok

10 Kihívások Beválasztási kritériumok pácienslétszám ecrf = eletronic case report form több kórház/orvos bevonása Study coordinator kapcsolattartás, mintavétel szervezése (egységcsomagok, azonosítók kiadása, behívások nyomonkövetése...) Szociológiai/demográfiai adatok felvétele dedikált személyzet Adatbevitel adatbázisba - dedikált személyzet klinikai adatok közvetlen adattranszfer? Bevitt adatok ellen"rzése - monitoring

11 Kihívások A biobank fenntartása Tárolókapacitás hosszú távú biztosítása: tárolóeszközök karbantartása, tárolási körülmények változásainak rögzítése Adatbázis hosszú távú használhatósága szerver, szoftver, informatikus Átlátható és átadható m!ködési rend kialakítása, minták felhasználása új kollaborációkban, új kísérletekhez Személyi és pénzügyi stabilitás

12 Biobank projektek: partnereink DEOEC Klinikák: Tüd!klinika Neurológiai Klinika Pszichiátria Reumatológia Konzerváló Fogászati Tanszék Küls! partnerek: Pfizer AstraZeneca Richter Egis Csertex

13 SCHIZO-08 Biobank Biobank projektek Debreceni Egyetem és UD-GenoMed Richter Gedeon Vegyészeti Gyár NyRt. Magyar Klinikai Neurogenetikai Társaság Astrid Research Kutatásfejlesztési Kft. >500 páciens, több mintavétel, plazma, RNS, DNS minták

14 Biobank projektek Pfizer Inc. - Debreceni Egyetem COPD Biobank - Tüd!klinika, Dr. Csánky Eszter FFPE immunhisztokémia - Patológiai Intézet, Dr. Dezs! Balázs Globális génexpressziós analízis - Genomika Központ Proteomikai analízis: Ciphergen >500 páciens, plazma, vizelet, BAL, sputum, tüd!szövet, RNS, DNS minták

15 Biobank projektek Debreceni Egyetem, Genomika Központ SCLC Biobank - Tüd!klinika, Dr. Csánky Eszter FFPE minták - Patológiai Intézet, Dr. Dezs! Balázs Globális génexpressziós ill. metilációs analízis - Genomika Központ >300 páciens, er!s dohányos/tumoros, több mintavétel plazma, friss és FFPE tüd!szövet, RNS, DNS minták

16 Egyetemi együttm"ködés: Klinikák és Genomika Központ Tervezés El!készítés Minták, adatok Kísérletek Fenntartás K G K G K: Klinika, G: Genomika K G K

17 Egyetemi együttm"ködés: Klinikák és Genomika Központ 1. Szolgáltatás: UD GenoMed, Dr. Zahuczky Gábor Projekt-specifikus ár Publikációban: Materials and Methods Közvetlen szolgáltatás a Klinikai Projektvezet!nek Közvetett szolgáltatás: Harmadik partner részére, Klinikai Projektvezet! közrem"ködésével 2. Tudományos kollaboráció Önköltség Közös pályázat, vagy Genomika költségeinek fedezése Klinikai Projektvezet! pályázatából Publikáció társszerz!

18 Köszönöm a figyelmet!