Összehasonlító környezetmikrobiológiai. Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején

Méret: px

Mutatás kezdődik a ... oldaltól:

Download "Összehasonlító környezetmikrobiológiai. Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején"

Rudolf Csonka
5 évvel ezelőtt
Látták:

1 Összehasonlító környezetmikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea Eötvös Loránd Tudományegyetem, Mikrobiológiai Tanszék

2 Fotoszintetizáló prokarióták Chloroflexaceae Cyanobacteria Heliobacteriaceae Chlorobiaceae Chromatiaceae & Ectothiorhodospiraceae (g-p) Rhodospirillaceae (a-p) & Rhodocyclaceae (b-p)

Mintavétel Böddi-szék: 2004 2008 min. max. átl. jún.

3 Mintavétel Böddi-szék: min. max. átl. jún. vízmélység (cm) víz hőmérséklete ( C) konduktivitás ( S cm -1 ) szalinitás (g L -1 ) 1,78 13,18 6,37 12,34 ph 8,90 9,83 9,28 9,7 oldott oxigén (mg L -1 ) ,7 oldott oxigén (%)

4 Tenyésztésen alapuló vizsgálati módszerek Higított minták szélesztése tengervizes és 5% (w/v) NaCl-dal kiegészített R2A táptalajokra (DSMZ 246 és 830, ph 9) Inkubálás (28 C, 1 hét), random izolálás, baktériumtörzs tiszta tenyészetek fenntartása DNS izolálás, 16S rrns gén felszaporítása PCR (27f és 1492r primerek) segítségével Csoportosítás restrikciós enzimekkel (MspI, BsuI) végzett hasítási mintázatok (ARDRA) alapján Reprezentáns törzsek 16S rdns szekvencia analízise (519r primer), faji szintű identifikáció (NCBI és EzTaxon adatbázisok)

5 Tenyésztésen alapuló vizsgálati módszerek Higított minták szélesztése tengervizes és 5% (w/v) NaCl-dal kiegészített R2A táptalajokra (DSMZ 246 és 830, ph 9) Inkubálás (28 C, 1 hét), random izolálás, baktériumtörzs tiszta tenyészetek fenntartása ph- és sótolerancia vizsgálata 7-, 8-, 9-, 10-, 11-es ph-jú, és 0, 2, 4, 6, 8, 10 NaCl %-os (w/v) nutrient táplevesekben

6 Tenyésztéstől független vizsgálati módszerek DNS izolálás tömörített (12000 rpm, 3 min) vízmintából Fast DNA kit for Soil (BIO 101), tisztítás Geneclean Spin kit (BIO 101) 16S rdns fragmentumok felszaporítása PCR-rel (27f és 1492r primerek) Klónkönyvtár létrehozása (pgem-t Cloning Kit) Inzert kinyerése PCR-rel (M13f és M13r, illetve 27f és 1492r primerek) Klónok ARDRA csoportosítása (MspI, BsuI) enzimek) Reprezentáns klónok 16S rdns szekvencia analízise Faji szintű filogenetikai identifikáció (NCBI és EzTaxon)

7 Eredmények Tenyésztésen alapuló vizsgálatok - 93 baktériumtörzs izolálása, 66 csoportosítása ARDRA-val - 23 reprezentatív törzs 16S rrns génjének elemzése 93-99%-os szekvencia-hasonlóság a Firmicutes, Proteobacteria és Bacteroidetes törzsek fajaival Molekuláris klónozás - 96 klón ARDRA csoportosítása 44 különböző hasítási mintázat -reprezentatívok 93-99%-os szekvencia-hasonlóság az Actinobacteria, Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes, Spirochaetes, Cyanobacteria, Fibrobacteres, Lentisphaerae és Tenericutes filogenetikai törzsek fajaival % hasonlóság eddig még tenyésztésbe nem vont környezeti klónokkal

8 A tenyésztéses vizsgálatok eredményei Alpha Proteobacteria Gamma Proteobacteria Bacteroidetes Firmicutes

9 A Böddi-szék vizéből izolált baktériumtörzsek ph toleranciája Erythrobacter sp. Rhodobaca sp. Halomonas sp. Marinospirillum sp. Nitrincola sp. Alkalimonas sp. Aquiflexum sp. Bacillus sp. Bacillus mojavensis Gracilibacillus sp ph

10 A Böddi-szék vizéből izolált baktériumtörzsek sótoleranciája Erythrobacter sp. Rhodobaca sp. Halomonas sp. Marinospirillum sp. Nitrincola sp. Alkalimonas sp. Aquiflexum sp. Bacillus sp. Bacillus mojavensis Gracilibacillus sp NaCl % (w/v)

11 Tenyésztéssel és klónozással kimutatott filogenetikai törzsek a Böddi-szék vizében Bacteroidetes (Phylum XX) 20% Tenyésztés a-proteobacteria (Phylum XII) 12% g-proteobacteria (Phylum XII) 47% Firmicutes (Phylum XIII) 21% Klónozás Bacteroidetes (Phylum XX) 20% Tenericutes 2% Lentisphaerae 5% Cyanobacteria (Phylum X) 3% a-proteobacteria (Phylum XII) 7% g-proteobacteria (Phylum XII) 23% Fibrobacteres (Phylum XVIII) 2% Spirochaetes (Phylum XVII) 15% Actinobacteria (Phylum XIV) 5% Firmicutes (Phylum XIII) 10% d-proteobacteria (Phylum XII) 8%

Összefoglalás Aerob kemoorganotróf heterotrófok g-proteobacteria Alkalimonas (T) Marinospirillum (T, K) Nitrincola (T) Aerob vízréteg Cyanobacteria (K) Firmicutes Bacillus, Gracilibacillus (T)

12 Összefoglalás Aerob kemoorganotróf heterotrófok g-proteobacteria Alkalimonas (T) Marinospirillum (T, K) Nitrincola (T) Aerob vízréteg Cyanobacteria (K) Firmicutes Bacillus, Gracilibacillus (T) Bacteroidetes Aquiflexum (T) Cyclobacterium (T) Fulvivirga (T) Aerob fototrófok Bíbor kénbaktériumok g-proteobacteria Alkalilimnicola (K) Ectothiorhodospira (K) Thiorhodospira (K) Anaerob vízréteg a-proteobacteria Erythrobacter (T, K) Rhodobaca (T, K) Rubritepida (K) Bíbor nem kénbaktériumok Anaerob fermentáló baktériumok H 2 S szulfurétum SO 4 2- Firmicutes Clostridium (K), Anoxynatronum (K) Spirochaetes (K) Anaerob üledék d-proteobacteria Desulfobotulus (K) Desulfonatronum Szulfátredukáló baktériumok

13 Köszönet a segítségért! Dr. Borsodi Andrea Palatinszky Márton, Knáb Mónika, Krett Gergely

14 Köszönöm a figyelmet!

Hasonló dokumentumok

Válogatott fejezetek mikrobiológiából

BUDAPESTI MŰSZAKI ÉS GAZDASÁGTUDOMÁNYI EGYETEM Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék Válogatott fejezetek mikrobiológiából Dr. Tardy Gábor, Dr. Sveiczer Ákos Tantárgyprogram A baktériumok